NGS-tutkimukset lääkärin työkaluna Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio

Koko: px

Aloita esitys sivulta:

Download "NGS-tutkimukset lääkärin työkaluna Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio"

Anja Kapulainen
6 vuotta sitten
Katselukertoja:

1 NGS-tutkimukset lääkärin työkaluna Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio

2 Mihin genetiikkaa tarvitaan? taudin patogeneesin ymmärtäminen diagnoosin varmentaminen/vahvistaminen periytyvän riskin määrittäminen, arvioiminen seurannan suunnitteleminen, järjestäminen ennaltaehkäisyn suunnitteleminen taudin luokittelu ennusteellinen tekijä hoidon valinta seurantamarkkeri uusien lääkkeiden, hoitojen kehittäminen yksilöity hoito

3 Yksilöity/Yksilöllistetty lääkehoito (personalized medicine) oikea lääkehoito oikealle potilaalle oikeaan aikaan oikealla annostuksella vaatii luotettavan, tarkan ja herkän geneettisen testin

4 Genomin laajuiset teknologiat, uuden polven sekvensointi

5 Next generation sequencing, NGS Massive parallel sequencing, MPS sekvensoidaan moninkertaisesti useita geenialueita (useilta potilailta) samanaikaisesti nopea, edullinen analytiikka kohdennetut geenipaneelit, transkriptomit, eksomit, koko genomi

6 Ion Torrent platform PGM Proton

7 1. vaihe DNA:n eristys paljon tietoa yhdellä kerralla tulos jopa parissa vuorokaudessa hinta inhimillinen NGS-vaiheiden kesto

8 Analysointi Peitto (coverage) = kuinka monta kertaa kukin emäs on sekvensoitu Herkkyys laskennallinen peiton mukaan

9 Kopiolukumuutokset EGFR-geenin monistuma 9

10 Melanooma BRAF V600E/K 37% negative 63 % negative 34 % BRAF V600E/K 37 % KIT 4 % NRAS 19 % BRAF other 6 % 100 näytettä

11 Kolorektaalisyöpä KRAS mut 12/13 39 % negative 61 % negative 26 % KRAS mut 12/13 39 % PIK3CA 14 % BRAF 11 % NRAS 4 % KRAS other 6 % 700 näytettä

12 Kirjallisuus vs. oma NGS näytettä NGS 23 kpl ALK pos. (FISH) 79 kpl EGFR pos. (qpcr) 12

Uudet EGFR-mutaatiot EGFR (NM_005228.3) c.

13 Uudet EGFR-mutaatiot EGFR (NM_ ) c.2240_2266delinsctccgaatc, p.leu747_asn756delinsserproasnhis Mutanttialleelin osuus on 70 %. EGFR (NM_ ): c.2311delinscccccac, p.(asn771delinsproprohis) Mutanttialleelin osuus on 13 %.

14 Insertioita eksonissa 20 enemmän c.2317_2319dup,p.(his773dup) c.2316_2317insggcaacccc, p.(pro772_his773insglyasnpro) c.2303_2311dup,p.(ser768_asp770dup) Merkitys??? 14

15 22062 Ts-NGSsBR1 NGS rintasyöpägeenipaneeli 3/2015 alkaen Sisältää: AKT1 EGFR FGFR1 FGFR2 HER2 HER3 PTEN TP53 PIK3CA IH:vahvasti positiivinen

16 Ts-NGSsBO1 B -NGSgBO1 Periytyvä rinta- ja munasarjasyöpäalttius, BRCA1- ja BRCA2-geenit Periytyvä rinta- ja munasarjasyöpäalttius, BRCA1- ja BRCA2-geenit ja MLPA 5/2015 alkaen Sisältää: BRCA1 BRCA2 nopeuttaa vastausaikoja n. 500 näytettä diagnostinen, ennakoiva Lisäksi siirrytty NGS-menetelmään valtamutaatioiden (61 kpl) tutkimuksissa: B BRCA-D ja Ts-BRCA-D.

Tunnettu mutaatio Sairastunut lobulaariseen rintasyöpään 49-vuotiaana. Äiti kuollut rintasyöpään 77-vuotiaana ja veljen tytär 48- vuotiaana. Pk. BRCA1 ja BRCA2 NGS ja MLPA. c.7480c>t p.

17 Tunnettu mutaatio Sairastunut lobulaariseen rintasyöpään 49-vuotiaana. Äiti kuollut rintasyöpään 77-vuotiaana ja veljen tytär 48- vuotiaana. Pk. BRCA1 ja BRCA2 NGS ja MLPA. c.7480c>t p.(arg2494ter) - varmistaa perinnöllisen rinta- ja munasarjasyöpäalttiuden - mahdollistaa ennustavan geenidiagnostiikan - suositellaan perinnöllisyysneuvontaa - geenivirheen perineille henkilöille suositellaan seurannan järjestämistä

18 20534 B BRCAY-D BRCA1- tai BRCA2-geenin yksittäisen mutaation DNA-tutkimus B BO3-D BRCA1- tai BRCA2-geenien deleetioja duplikaatiotutkimus (MLPA) tunnettu suvun mutaatio ennustava geenitesti riskisuvuissa

19 Rintasyöpä 64 v. vas. ja 67 v. oik. Siskolla rintasyöpä 65 v. Pk. BRCA1 ja BRCA2 NGS ja MLPA. Ei mutaatiota Kohdealueen peitto alle asetetun juostekohtaisen tai yleisen raja-arvon (Juostekohtainen raja: 6. Yleinen raja: 30): 0.7% Kohdealueista katettu vähintään asetettujen juostekohtaisen ja yleisen rajojen verran: 99.3% Peitto alle raja-arvojen (Juostekohtainen raja: 6. Yleinen raja: 30) KromosomEksonin al Eksonin logeeni_ekseksonin pijuoste Alhaisen palhaisen pminimipeitto chr BRCA2_ex chr BRCA2_ex chr BRCA1_ex chr BRCA2_ex chr BRCA2_ex chr BRCA2_ex chr BRCA1_ex chr BRCA1_ex Peitto alle hotspot raja-arvojen (Hotspot juostekohtainen raja-arvo: 3. Hotspot raja-arvo: 15) KromosomHotspot alhotspot logeeni_kohhotspot pijuoste Minimipeitto Poisjääneet hotspot muutokset TULOS: Tutkitussa näytteessä ei todeta käytetyillä menetelmillä (rinnakkaissekvensointi ja MLPA) BRCA1- tai BRCA2-geenin mutaatioita. TULKINTA: Tutkimus ei poissulje muiden rinta- ja munasarjasyövän alttiusgeenien mutaatioita. Potilaalle suositellaan perinnöllisyysneuvontaa.

Patogeeninen variantti? Miehen rintasyöpä hoidettu 2007, selvitetään perinnöllisyyttä TULOS: Tutkitussa näytteessä todetaan BRCA2-geenin mutaatio c.

20 Patogeeninen variantti? Miehen rintasyöpä hoidettu 2007, selvitetään perinnöllisyyttä TULOS: Tutkitussa näytteessä todetaan BRCA2-geenin mutaatio c.2376c>g heterotsygoottisena eli toisessa geenikopiossa. TULKINTA: Tutkimuksessa todettu BRCA2-geenin muutos c.2376c>g johtaa aminohappo tyrosiinin muuttumiseen lopetuskodoniksi kohdassa 792 ja ennenaikaiseen proteiinisynteesin päättymiseen, p.(tyr792ter). BRCA2- geenin mutaatiota c.2376c>g ei ole raportoitu BIC-, HGMDtai ClinVar-tietokannoissa eikä normaaliväestössä ExActietokannassa. Muutoksen luonteesta johtuen BRCA2-geenin mutaatiota c.2376c>g, p.(tyr792ter) voidaan pitää patogeenisena mutaationa. c.2376c>g, p.(tyr792ter) Muutos varmistetaan suoralla sekvensoinnilla, ja tästä tutkimuksesta annetaan lisälausunto. Potilaalle suositellaan perinnöllisyyslääkärin konsultaatiota.

21 Iltasanomat Paneelien päivitys

22 22063, Ts-NGSsOV1 B -NGSgOV1 NGS-munasarjasyöpägeenipaneeli Periytyvä munasarjasyöpäalttius 12/2015 alkaen Sisältää: BARD1 BRIP1 MRE11A NBN PPM1D RAD51 RAD51C RAD51D TP53 RAD50 BRCA1 BRCA2 - diagnostinen, ennakoiva, hoidollinen merkitys

23 Ulkoinen laaduntarkkailu

24 NGS:n haasteita näytteen haastavuus uusien paneelien validoiminen/verifioiminen isot deleetiot, insertiot haastavia logistiikan toimivuus moniammatillista (mm. bioinformaatikkojen saatavuus) sovituissa toimitusajoissa pysyminen, kiirenäytteet laitteiden, analyysiohjelmien toimiminen raakadatan pitkäaikainen ja rajallinen säilöminen tuntemattomat variantit, merkintä, kliininen merkitys ja lausuminen lausuntojen selkokielisyys lääkäreille potilaiden pääsy lausuntoihinsa (kanta) 24

Soluvapaan DNA:n, ctdna tutkiminen Liquid biopsies are non-invasive blood tests that detect circulating tumour cells (CTCs) and fragments of tumour DNA that

25 Soluvapaan DNA:n, ctdna tutkiminen Liquid biopsies are non-invasive blood tests that detect circulating tumour cells (CTCs) and fragments of tumour DNA that are shed into the blood from the primary tumour and from metastatic sites - taudin diagnosointi? - prediktiivinen, prognostinen tekijä - taudin, hoidon seuranta

26 Droplet digital PCR, ddpcr absoluuttinen kvantitointi luotettava, tarkkuus yksinkertainen kvantitointi 26

27 Kiitos!

Samankaltaiset tiedostot

NGS:n haasteet diagnostiikassa. 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio

NGS:n haasteet diagnostiikassa 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio Sidonnaisuudet Kokousmatkoja: Novartis Luentopalkkioita: AstraZeneca, Roche, Pfizer, Lilly