Syto- ja molekyyligeneettisten

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Koko: px
Aloita esitys sivulta:

Download "Syto- ja molekyyligeneettisten"

Transkriptio

1 1831 Katsausartikkeli Sytogenetiikka ja molekyylipatologia syöpätautien diagnostiikassa esimerkkeinä lymfoomat ja sarkoomat SAKARI KNUUTILA Syto- ja molekyyligenetiikka perinteisen patologian tukena täsmentää histopatologista luokitusta joissakin tilanteissa. Erityisesti hematologisissa maligniteeteissa ja sarkoomissa on sytogeneettisiä ja molekulaarisia muutoksia, joilla on itsenäistä kliinistä merkitystä. Geenien toimintaa laajaalaisesti mittaava mikrolevyanalytiikka avaa uusia näköaloja histologisesti yhtäläisten syöpätyyppien jaotteluun ennusteen tai hoitovasteen suhteen erilaisiin geeniekspressioryhmiin. Syto- ja molekyyligeneettisten menetelmien kehitys on ollut nopeaa viime vuosien aikana. Fluoresoivien koettimien käyttö in situ -hybridisaatiossa ja digitaalinen kuvankäsittely ovat tarkentaneet, täsmentäneet ja ennen muuta herkistäneet perinteistä kromosomiraitoihin perustuvaa sytogeneettistä tutkimusta. Perinteisessä sytogenetiikassa on tutkittavien solujen oltava mitoosissa ja tutkimuksen työläyden vuoksi voidaan yleensä analysoida vain 20 solua (herkkyys kärsii) ja poikkeavuuksien yksityiskohtainen tulkinta on hankalaa. Näiden rajoitusten vuoksi menetelmästä on hyötyä lähinnä hematologisten maligniteettien ja sarkoomien diagnostiikassa. Syto- ja molekyyligeneettiset tutkimukset varmentavat ja täsmentävät leukemioiden ja myös lymfoomien ja sarkoomien diagnostiikkaa ja ennusteen arviointia, ja menetelmillä on erityinen merkitys taudin seurannassa. Tässä katsauksessa tarkastelen uuden sytogenetiikan ja molekyyligenetiikan hyötyä ensisijaisesti lymfoomien ja sarkoomien valossa. Tarkastelu pohjautuu paljolti vuosien kuluessa rakennetun syto- ja molekyyligenetiikan (CMG) laboratorion kokemuksiin. Kuva 1 esittää syto- ja molekyyligeneettisten menetelmien viimeaikaisen kehityskulun. Portaikon menetelmät ovat rutiininomaisesti käytössä HYKS-Laboratoriodiagnostiikan CMG-laboratoriossa. KROMOSOMIRAITA- TUTKIMUS, TRANSLOKAATION PALJASTAVA MENETELMÄ Kromosomiraitoihin perustuva metafaasivaiheisten kromosomien morfologinen tutkimus on perusmenetelmä, joka paljastaa sekä lukumääräiset että rakenteelliset kromosomien poikkeavuudet (kuva 2). Rakenteellisista poikkeavuuksista diagnostiikan kannalta keskeisimpiä ovat kromosomien translokaatiot. Näillä poikkeavuuksilla on hämmästyttävä syöpätyyppispesifisyys. Monet leukemioiden spesifisistä translokaatioista ovat niin merkittäviä, että leukemioita jo puolittain luokitellaan translokaatioiden mukaisesti: Philadelphia- (9;22-translokaatio), 15;17-translokaatio- tai 8;14-translokaatio-positiiviset leukemiat. Taulukossa 1 on esitetty lymfooma- ja sarkoomaspesifisiä translokaatioita. Hodgkinin taudissa ei toistaiseksi tunneta erityisen spesifisiä kromosomipoikkeavuuksia. Sarkoomat jakautuvat spesifisten poikkeavuuksien suhteen kahtia siten, että joissakin alatyypeissä on hyvinkin spesifisiä translokaatioita (taulukko 1), kun taas joissakin, esimerkiksi osteo- ja kondrosarkoomassa sekä malignissa fibroosisessa histiosytoomassa ja leiomyosarkoomassa, ei tyyppipoikkeavuuksia todeta. Useimpien translokaatioiden molekulaarinen tausta on selvitetty. Translokaatiossa kromosomin osien vaihtaessa paikkaansa tapahtuu geenien uudelleenjärjestymistä. Geenifuusiossa aktivoituu useimmiten solun kasvua, DNA:n kahdentumista, transkriptiota, solusykliä tai solukuolemaa säätelevä geeni. Lymfaattisten kasvainten kohdalla toisena osapuolena on useasti jokin immunoglobuliini- tai T-solureseptorigeeneistä: B-soluisessa maligniteetissa yleensä immunoglobuliinigeeni ja T- soluisessa T-solureseptorigeeni. Näyttää siltä, että sellainen antigeenireseptorigeeni, joka on aktiivinen (tapahtuu normaalifysiologista uudelleenjärjestymistä), on osallisena translokaatiossa aktivoimalla soluonkogeenin. Antigeenireseptorigeenin muodostamat geenifuusiot

2 1832 S UOMEN L ÄÄKÄRILEHTI 17/2000 VSK 55 Taulukko 1. Lymfoomien ja sarkoomien toistuvia kromosomipoikkeavuuksia. Syöpätyyppi Kromosomipoikkeavuus Geenimuutos 1 Lymfoomat Burkitt t(8;14)(q24;q32) CMYC;IGH (80 %) B-solu t(14q32), t(2p12), t(22q11) IGH, IGK, IGL Manttelisolu t(11;14)(q13;q32) BCL1;IGH del(11q22)? Pienilymfosyyttinen t(9;14)(p13;q32)?; IGH +12? MALT t(11;18)(q21:q21) API2;MLT Follikulaarinen t(14;18)(q32;q21) IGH;BCL2 Ki-1 t(2;5)(p23;q35) ALK;NPM Plasmasolu t(14q32) IGH del(13q)? T-solu t(7q34), t(14q11), t(7p15) TCRB, TCRD, TCRG Sarkoomat Osteosarkooma kompleksinen Kondrosarkooma useita Ekstraskeletaalinen kondrosarkooma t(9;22)(q22;q12) CHN;EWS t(9;17)(q22;q11) CHN;TAF2N Ewingin sarkooma t(11;22)(q24;q12) FLI1;EWS (n. 90 %) t(21;22)(q22;q12) ERG;EWS (n. 5 %) t(7;22)(p22;q12) ETV1;EWS (< 5 %) t(2;22)(q33;q12) FEV;EWS t(17;22)(q12;q12) EIAF;EWS Lipooma t(3;12)(q27-29;q14-15) LPP;HMGIC Neurilemmooma del(22q) BCH (puutos) Dermatofibrosarkooma t(17;22)(q22;q13) COL1A1;PDGFB Kirkassolusarkooma (clear cell) t(12;22)(q13;q12) ATF1;EWS Desmoplastinen pieni pyöreätumainen t(11;22)(p13;q12) WT1;EWS Juveniili fibrosarkooma t(12;15)(p13;q25-26) ETV6;NTRK3 Leiomyosarkooma kompleksinen Myksoidinen liposarkooma t(12;16)(q13;p11) CHOP;FUS (n. 90 %) t(12;22)(q13;q12) CHOP;EWS (n. 5 %) MFH (maligni fibroottinen histiosytooma) kompleksinen Alveolaarinen rabdomyosarkooma t(2;13)(q35;q14) PAX3;FKHR (n. 70 %) t(1;13)(q36;q14) PAX7;FKHR (n. 5 %) Synoviaalisarkooma t(x;18)(p11;q11) SYT;SSX1, SSX2 Alveolaarinen pehmytosasarkooma t(x;17)(p11;q25)? Aneurysmaattinen luukysta t(16;17)(q22;p13)? 1 puolipiste erottaa geenifuusioon osallistuvat geenit; t = kromosomien translokaatio; del = kromosomideleetio Tuumori-mikrolevytesti/Syöpägeenien kliinisen merkityksen selvittäminen cdna-mikrolevytesti/syövän molekulaarinen luokittelu PCR/Luuytimensiirronjälkeinen kimerismi 24-väri-FISH/Perusmenetelmän täydentäminen VGH/Perusmenetelmän täydentäminen Geenifuusion osoittaminen PCR:llä/Jäännöstauti FISH/Jäännöstauti Southern blotting/antigeenireseptorien klonaliteetti Geenifuusion osoittaminen Southern blottingilla/ Kromosomitranslokaation varmentaminen MAC/Immunofenotyypin yhdistäminen/linjaspesifisyyden osoittaminen Kromosomien raidoitus/perusmenetelmä Kuva 1. Syöpätautien syto- ja molekyyligeneettinen diagnostiikkaportaikko HYKS-Laboratoriodiagnostiikassa rajoittuvat lymfaattisiin maligniteetteihin eikä lymfaattisen maligniteetin geenifuusiossa ole aina osallisena antigeenireseptorigeeni. KROMOSOMI- TRANSLOKAATIO DNA- JA RNA-TUTKIMUKSESSA Kromosomitranslokaatioiden aiheuttamat geenifuusiot voidaan todeta Southern blotting -hybridisaatiomenetelmällä ja käänteistranskriptaasipolymeraasiketjureaktioeli RT-PCR-menetelmällä. Southern blottingissa sopivilla DNA:ta pilkkovilla entsyymeillä fuusiogeenistä pilkkoutuu normaaliin geeniin verrattuna poikkeavan kokoinen DNApätkä, joka voidaan havaita geenin tunnistavalla koettimella elektroforeesiajon jälkeen (1) (kuva 3). Molekyylitasolla geenifuusion syntyessä DNA:n katkoskohdat vaihtelevat potilaasta toiseen siinä määrin, ettei PCR:ssa yhdellä eikä edes muutamalla alukeparilla pystytä jäljittämään eikä monistamaan fuusioaluetta. DNA:ta ei tällöin voida käyttää tutkimuksessa. Sen sijaan RNA:n syntyessä DNA:sta pilkkoutuvat eikoodaavat intronialueet pois, joten lyhyempään RNA:han voidaan rakentaa fuusiokohdan tunnistavat alukkeet. RNA:n hajoamisen vuoksi tutkimuksessa käytetään RNA:sta käänteiskopioijaentsyymillä (reverse transcriptase) rakennettua komplementaarista DNA:ta (cdna). Follikulaarisen lymfooman 14;18- translokaation aiheuttamassa IGH- BCL2-geenifuusiossa katkoskohdat eri potilailla rajoittuvat lähinnä kahdelle suppealle alueelle, jolloin PCR:lla voidaan kahta erillistä alukeparia käyttämällä tunnistaa fuusioalue suoraan DNA:sta (kuva 4) yli 80 %:lta kaikista translokaatiopositiivisista potilaista (1). Näitä DNA- ja RNA-menetelmiä käytetään diagnostiikan tukena tavanomaisen kromosomiraita-analyysin tuloksen mukaan. Tärkeää on aina pakastaa näytettä 80 C:n lämpötilaan, jotta tutkimus voidaan tarvittaessa tehdä myöhemmin. Etenkin silloin, kun taudin seurannassa tulee tarve käyttää geenifuusiota, on seurannan välttämättömänä perustana, että diagnosointihetken näytteestä on osoitettu geenien uudelleenjärjestymä eli geenifuusio. RNA:n eristäminen ei ole nykyisin hankalaa, mutta se edellyttää

3 1833 Kuva 2. Epätyypillisellä (follikulaarisen lymfooman piirteitä) Burkittin lymfoomapotilaalla todettu kromosomipoikkeavuus imusolmukkeen soluissa. Nuolet osoittavat Burkittin lymfoomaan liittyvän 8;22- translokaation ja follikulaarisen lymfooman 14;18-translokaation. Lisäksi kromosomi 1 on poikkeava ja kromosomi 7 on ylimääräinen. Karyotyyppipoikkeavuus merkitään: 47,XX,add(1)(q32),+7,t(8;22) (q24;q11),t(14;18)(q32;q21). Kuva 3. Autoradiografian antama tulos Ph-translokaation DNAanalyysista. Näytteissä 4, 5 ja 8 (kroonista myelooista leukemiaa sairastavia potilaita) nähdään normaali BCR-signaali sekä muuttuneet BCR-signaalit, jotka on merkitty kuvaan nuolilla. Näytteissä 1 3 ja 6 7 (akuuttia myelooista leukemiaa sairastavia potilaita) nähdään ainoastaan normaali BCR-signaali. Kustannus Oy Duodecimin luvalla (1) kasvainbiopsian nopeaa (alle 2 tuntia) kuljettamista laboratorioon. Luuydinnäyte tulee ottaa RNA:n hajoamista estävään liuokseen. 9;22-Philadelphia-translokaatioon ja 11;22-Ewing-translokaatioon liittyviä ABL/BCR- ja EWS/FLI1-fuusiogeenejä tutkitaan HYKS:n CMGlaboratoriossa ensisijaisesti RT-PCRmenetelmällä ja tarvittaessa Southern blotting -menetelmällä. 14;18- translokaatioon liittyvä IGH/BCL2- fuusiogeeni tutkitaan DNA:sta herkennetyllä polymeraasiketjureaktiolla (nested PCR). DNA- JA RNA-TUTKIMUS PALJASTAA KLONAALISEN SOLUKON LYMFAATTISISSA MALIGNITEETEISSA Southern blotting- ja RT-PCR-analyyseillä voidaan siis todeta spesifinen kromosomipoikkeavuus ja siihen liittyvä geenien uudelleenjärjestyminen. Muista kuin kromosomitranslokaatioiden aiheuttamista geenitason muutoksista kliinistä merkitystä on immunoglobuliini- ja T-solureseptorigeenien normaaliin fysiologiaan liittyvällä uudelleenjärjestymisellä. Vaikka viime aikoina on kuvattu valtava määrä erilaisia geenimuutoksia erityyppisissä syö- vissä, ei tämä tieto ole vielä varsinaisesti kliinisen hyödyntämisen tasolla lymfoomissa eikä sarkoomissa. Eräiden geenien monistumisella, kuten NMYC neuroblastoomassa, ja P53- mutaatioilla erityyppisissä syövissä saattaa olla kliinistä merkitystä. Tässä katsauksessa en käsittele periytyvän rintasyövän, paksusuolen syövän enkä muiden periytyvien syöpien geenimutaatioita ja niiden toteamiseen käytettäviä testejä; niitä on käsitelty mm. Mecklinin ym. katsauksessa (2). Immunoglobuliinigeenien ja T-solureseptorigeenien uudelleenjärjestyminen kuuluu B- ja T-solujen normaaliin fysiologiaan (1) (kuva 5). Koska uudelleenjärjestymät normaalisti vaihtelevat soluittain näin taataan suunnaton vasta-aineiden kirjo tarvitsematta tuhansia erillisiä geenejä ei Southern blotting -menetelmä havaitse niitä. Vain mikäli soluja, joissa on samanlainen uudelleenjärjestymä, on vähintään 5 %, voidaan uudelleenjärjestymä todeta Southern blotting -menetelmällä. Koska lymfaattiset maligniteetit, kuten muutkin syövät, ovat monoklonaalisia tauteja, ovat syöpäsolut samankaltaisia myös uudelleenjärjestymisen suhteen ja Southern blottingissa voidaan todeta uudelleenjärjestymäraita. Kuva 4. Seitsemän lymfoomapotilaan imusolmukenäytteiden tutkiminen PCR-menetelmällä pääkatkosalueen (MBR) alukkeilla (kaistat 1 7). Kahdeksas näyte on negatiivinen reagenssikontrolli ilman DNA:ta, ja laitimmaisen kaistan juovat ovat DNAfragmenttien kokoa ilmaisevia verrokkeja. Näytteissä 1, 4 ja 6 on uudelleenjärjestymäjuova. Kustannus Oy Duodecimin luvalla (1) Antigeenireseptorigeenin uudelleenjärjestymän osoittamisessa voidaan käyttää myös PCR-menetelmää, joko suoraan DNA:sta tai cdna:sta. DNA:n PCR:ssa tarvitaan useita alukepareja, jotta uudelleenjärjestymä voidaan löytää, ja parhaimmillaan noin 80 % uudelleenjärjestymistä on löydettävissä. Jotta antigeenireseptorin uudelleenjärjestymän toteaminen RT-PCRmenetelmällä on mahdollista, on jokaiselle potilaalle rakennettava DNA-sekvensointia apuna käyttäen kloonispesifiset alukkeet. Menetelmä on vaativa ja tulkinta aiheuttaa vaikeuksia; on mm. havaintoja, että

4 1834 S UOMEN L ÄÄKÄRILEHTI 17/2000 VSK 55 Kantalinja (germ line) V n V n+1 V n+2 V n+3 V n+4 V n+5 D n n+5 J 1 6 C + Uudelleenjärjestymä Kantalinja (germ line) V n V n+1 V n+2 C A. D n J 3 6 B. Uudelleenjärjestymä Kuva 5 A. Hypoteettinen esimerkki yhdessä B-solussa tapahtuvasta immunoglobuliinigeenin normaalista fysiologisesta uudelleenjärjestymästä. Ylhäällä on esitetty V-, D-, J- ja C-osat IGH-geenissä ja alaosassa muokkautunut uudelleenjärjestynyt geeni. Nuolet osoittavat restriktioentsyymin katkaisukohtia. V n, V +1 ja V n+5 ovat viimeiset sadoista V-geeneistä, jotka ovat kromosomeissa peräkkäin. Kun solut erilaistuvat B-lymfosyyteiksi, jokin viidestä D-geenistä saa kylkiinsä yhden V-geeneistä ja yhden J-geeneistä. Tällöin välissä olevat osat häviävät. Normaalisti samalla tavalla uudelleenjärjestyneitä soluja esiintyy vain harvoin, mistä johtuen SB-menetelmän herkkyys ei riitä osoittamaan uudelleenjärjestymiä. B. Klonaaliseen yhdestä solusta lähtöisin olevaan lymfosyyttipopulaatioon viittaava uudelleenjärjestymä. Kustannus Oy Duodecimin luvalla (1) TEL A Normaali Normaali AML TEL-AML1-fuusio taudin edetessä uudelleenjärjestymä voi muuttua toisenlaiseksi, jolloin alun perin rakennetuilla alukkeilla ei enää voidakaan todeta uudelleenjärjestymistä. HYKS:n CMG-laboratoriossa on käytössä Southern blotting -pohjainen menetelmä sekä immunoglobuliinigeenin raskaan ketjun että T-solureseptorigeenin (b) uudelleenjärjestymän katsomiseksi ja lisäksi PCR-menetelmä IGH:n uudelleenjärjestymien katsomiseksi. Southern blottingia voidaan käyttää vain tuore- ja pakastusnäytteiden tutkimuksiin, kun taas PCR-menetelmää voidaan käyttää myös parafiinileikemateriaaliin. B. Kuva 6. Lasten akuutin lymfaattisen leukemian yleisimmän translokaation t(12;21) osoittaminen in situ -kaksivärifluoresenssihybridisaatiolla. A. Koettimet on valittu niin, että translokaation tapahtuessa TEL-geenin vihreä signaali sulautuu punaiseen AML-geenin signaaliin muodostaen keltaisen signaalin. Lisäksi AML-geenistä jää pieni fragmenttisignaali, sillä koetin on valittu keskeltä geeniä, jolloin se translokaation myötä halkeaa. B. 12;21-translokaation osoittavia sinisiä interfaasisoluja. IN SITU -MONIVÄRI- FLUORESENSSI- HYBRIDISAATIO JA VERTAILEVA GENOMINEN HYBRIDISAATIO TÄYDENTÄVÄT KROMOSOMIRAITA- TUTKIMUSTA Tavanomaiseen kromosomitutkimukseen liittyy kolme keskeistä heikkoutta: interfaasisoluja ei voida tutkia, kromosomien raidoituksen laatu ei aina riitä kyllin yksityiskohtaiseen analyysiin ja todettu poikkeavuus on liian monimutkainen tulkittavaksi. In situ -fluoresenssihybridisaatiomenetelmät ja vertaileva genominen hybridisaatio tuovat ratkaisun mainittuihin ongelmiin. Ne täydentävät kromosomiraitatutkimusta mutta eivät korvaa sitä.

5 1835 Interfaasisytogenetiikassa ei tarvita mitoottisia soluja Fluoresoivilla paikkaspesifisillä DNA-koettimilla in situ -hybridisaatiossa voidaan tutkia kromosomien lukumäärää, geenikopioita ja kromosomitranslokaatioita (kuva 6), myös interfaasisoluista. HYKS:n CMG-laboratoriossa on käytössä lähes jokaisen kromosomin sentromeerikoettimet, joilla voidaan tunnistaa näiden kromosomien lukumääräiset poikkeavuudet. Taulukossa 2 on esitetty käytettävissä olevat interfaasisytogenetiikkaan soveltuvat translokaatio-, geenideleetioja geenimonistumaspesifiset koettimet. Vertailevalla genomisella hybridisaatiolla voidaan selvittää kromosomaalisia muutoksia DNA:sta Käänteinen kromosomimaalaus eli vertaileva genominen in situ -hybridisaatio (VGH) on avannut merkittäviä mahdollisuuksia syöpätautien, myös lymfoomien ja sarkoomien syöpägeenien monistumisen ja syövän suojageenien häviämisen tutkimisessa. Tässä menetelmässä kasvain- ja vertailukudoksen eri väreillä merkittyä DNA:ta käytetään samanaikaisesti testikromosomivalmisteiden koettimina (3) (kuva 7). Mikäli kahden värin esimerkiksi punaisen kasvainkudoksen ja vihreän vertailu-dna:n sävykartta muuttuu, voidaan osoittaa kromosomialueet, joissa on tapahtunut geeniaineksen määrän muutoksia. Analyysiin tarvitaan fluoresenssimikroskoopin lisäksi puna-viherintensiteetit herkästi paljastava CCD-kamera ja tietokoneohjelma, joka esittää kunkin kromosomin ja kromosomiraidan osalta DNA:n kopiomäärän käyränä ja osoittaa normaalit rajaarvot ylittävät kohdat (kuva 8). Sen jälkeen kun menetelmä 1992 kuvattiin, on eri syöpien DNA:n kopiomääristä ilmestynyt yli 300 julkaisua (4). Tutkimusryhmämme www-sivuille on syöpätyypeittäin taulukoitu tiedot DNA:n kopiomäärien muutoksista ( Parafiiniblokkien hyväksikäyttö on mahdollistanut monista syövistä ensimmäistä kertaa kromosomaalisten muutoksien kuvaamisen. Menetelmän avulla on kuvattu huomatta- Vertailu-DNA 800 emäsparin pätkinä punaiseksi leimattuna Nick-translaatio VGH-1 In situ -hybridisaatio Nick-translaatio 1 Fluoresoiva kromosomi Tutkittava DNA 800 emäsparin pätkinä vihreäksi leimattuna 1,17-raja-arvo DNA-ylimäärä 0,85-raja-arvo DNA-puutos Kuva 7. Vertaileva genominen hybridisaatio kaavamaisesti esitettynä. Punainen ja vihreä fluoresenssi mitataan fluoresenssimikroskoopissa digitaalisella kuvankäsittelyohjelmalla ja tulos esitetään kunkin kromosomin osalta suhdekäyrällä. Kromosomit tunnistetaan DAPIfluoresenssilla. Kustannus Oy Duodecimin luvalla (3) Taulukko 2. Spesifisten kromosomi- ja geenimuutosten osoittaminen interfaasisoluista (poikkeavuus voidaan luonnollisesti todeta myös metafaasivaiheen solusta). Maligniteetti Kromosomipoikkeavuus Geeni Krooninen myelooinen ja akuutti lymfaattinen leukemia t(9;22)(q34;q11) ABL; BCR Akuutti myelooinen leukemia AML-M3 t(15;17)(q22;q21) PML; RARA Akuutti lymfaattinen leukemia t(12;21)(p13;q22) TEL; AML1 Anaplastinen suurisoluinen lymfooma t(2;5)(p23;q35) ALK;NPM Myelodysplastinen oireyhtymä/ akuutti myelooinen leukemia del(5)(q31) EGR1 Myelodysplastinen oireyhtymä/ akuutti myelooinen leukemia del(5)(q33-q34) CSFIR B-solutyypin krooninen lymfaattinen leukemia del(13)(14.3) RB1 Akuutti myelooinen leukemia del(7)(q31)? Myeloproliferatiiviset taudit, myelodysplastinen oireyhtymä del(20)(q12)? Useat tuumorit del(17p13.1) P53 Neuroblastooma amp 2p23-p24 MYCN Eturauhassyöpä amp Xq12 AR Useat tuumorit amp 8q24 MYC Rintasyöpä, useat muut amp 17q11.2-q12 ERBB2/HER2/ neu Useat tuumorit amp 20q13.2 ZNF217 Rintasyöpä, useat muut amp 11q13 Cyclin D, PRAD1, CCND1 amp DNA:n kopiomäärän monistuminen; t kromosomien translokaatio; del kromosomideleetio

6 1836 S UOMEN L ÄÄKÄRILEHTI 17/2000 VSK 55 Kuva 8. Vertailevassa genomisessa hybridisaatiossa nähdään DNA:n kopiomäärän muutokset koko kromosomiston osalta (yläosa). Digitaalinen kuvankäsittelyohjelma paljastaa vihreän (kopiomäärän lisääntyminen) ja punaisen (kopiomäärän puuttuminen) rajaarvon ylittävät kopiomäärän muutokset. va määrä uusia kromosomaalisia alueita, joissa on joko DNA:n puutosta tai monistumaa. Mikrodissektoimalla parafiinileikkeestä haluttu alue ja monistamalla DNA:ta ns. DOP-PCR:lla on tutkimus voitu kohdistaa muutaman solun suuruiselle alueelle, jolloin on saatu uutta tietoa syövän progressioon liittyvistä geneettisistä muutoksista. Menetelmä on niin ikään tuonut uutta tietoa monien syöpien molekulaarisista mekanismeista. Se on paljastanut kromosomialueita, joilta on muilla menetelmillä myöhemmin kloonattu syöpägeenejä; esimerkki tästä on LKB1-geeni Peutz Jeghersin oireyhtymän polyypeissä. Kliinistä hyötyä menetelmästä olemme todenneet lasten akuutissa lymfaattisessa leukemiassa tavanomaisen kromosomitutkimuksen täsmentäjänä. VGH-tutkimuksella voidaan paljastaa tässä leukemiatyypissä usein olevat ylimääräiset kromosomit (kuva 9). Ilman varmuutta siitä, mitkä kromosomit ovat ylimääräisiä, ei in situ -fluoresenssihybridisaatioon ole valittavissa luotettavia koettimia (markkereita). Useilla syöpätyypeillä on tyypillinen DNA:n kopiomäärään perustuva profiili. Esimerkiksi manttelisolulymfoomassa on tyypillisesti kromosomin 3 monistuma ja kromosomin 11 puutos. Näitä muutoksia ei nähdä diffuusissa suurisoluisessa B-solulymfoomassa, mutta nähdään 18q (BCL2)-monistuma. Mesoteliooman DNA-kopiomäärän Kuva 9. Vertaileva genominen hybridisaatio (vasemmalla alhaalla) varmentaa ongelmallisissa tilanteissa G- raita-analyysia (ylhäällä). Kuvassa on VGH:n avulla varmennettu kromosomin 5 ylimäärä. Tätä poikkeavuutta on käytetty taudin seurannassa in situ -hybridisaatiomenetelmässä (vasemmalla alhaalla kromosomin 5 ylimäärä metafaasivaiheisessa solussa).

7 X X Amplifikaatio, lisäys 1,3 ja <1,5 Korkea-asteinen amplifikaatio, lisäys 1,5 profiili poikkeaa siinä määrin keuhkojen adenokarsinooman profiilista, että nämä kaksi toisinaan erotusdiagnostisen ongelman aiheuttavaa syöpää voidaan erottaa toisistaan yli 90 %:n todennäköisyydellä (5) (kuva 10). Sarkoomissa on toistuvia spesifisiä monistuma-alueita, joiden merkitys ei ole ainoastaan biologinen vaan myös diagnostinen ja ennusteellinen (taulukko 3). VGH-menetelmä on rutiininomaisesti käytössä HYKS:n CMG-laboratoriossa. Tutkimus voidaan tehdä myös parafiiniblokeista tai -leikkeistä eristetystä ja monistuneesta DNA:sta. In situ -monivärifluoresenssihybridisaatio tarkentaa komplisoitunutta karyotyyppipoikkeavuutta In situ -monivärifluoresenssihybridisaatiossa (M-FISH) saadaan viiden fluoresoivan aineen erilaisia yhdistelmiä käyttäen jokainen kromosomi maalattua eriväriseksi (kuva 11). Menetelmällä on suuri merkitys määritettäessä komplisoituneita kromosomipoikkeavuuksia, alkuperäl- Kuva 10. DNA:n kopiomäärän profilointi mesotelioomassa (MM) on merkittävästi erilainen kuin keuhkojen adenokarsinoomassa (LC). Erosta on erotusdiagnostista hyötyä. Viiva kuvaa potilasta, jolla on kyseisellä kromosomialueella DNA:n kopiomäärän lisääntymistä (kromosomin oikealla puolella) ja puuttumista (vasemmalla). British Journal of Cancerin luvalla (5) Taulukko 3. Lymfoomien ja sarkoomien toistuvia DNA:n kopiomäärän muutoksia. Syöpätyyppi Muutos Merkitys Ewingin sarkooma amp 1q22 amp 1q Useat amp 2 RET-monistuma Manttelisolulymfooma amp 3q Non-Hodgkin-lymfooma loss 6q Useat sarkoomat amp 8q24 ennustetta huonontava Useat loss 9p Manttelisolulymfooma, krooninen lymfaattinen leukemia loss 11q Liposarkooma amp 12q Krooninen lymfaattinen leukemia loss 13q ennustetta huonontava Osteosarkooma, leiomyosarkooma amp 17p Dermatofibrosarkooma amp 17q Diffuusi suurisoluinen B-solulymfooma amp 18q BCL2-monistuma amp = kopiomäärän monistuminen merkityllä kromosomialueella; loss = kopiomäärän vähentyminen; p = kromosomin lyhyt haara; q = kromosomin pitkä haara

8 1838 S UOMEN L ÄÄKÄRILEHTI 17/2000 VSK 55 Kuva värimaalatut kromosomit paljastavat luotettavasti translokaatioita, mistä tässä esimerkkinä komplisoitunut t(9;13;22)- Philadelphia-translokaatio. Vertailukudos mrna cdna Mikrolevy Kuva 12. cdna-mikrolevytestin periaate. Tuumorikudos tään tunnistamattomia marker-kromosomeja ja raitamenetelmän ulottumattomissa olevia kromosomipoikkeavuuksia. Menetelmä täsmentää erityisesti lymfoomien sytogeneettistä tutkimusta. M-FISH on rutiininomaisesti käytössä. Se täydentää tarvittaessa kromosomien raita-analyysiä. Tutkimukseen ei useinkaan tarvita uutta näytettä, vaan tavanomaisesta tutkimuksesta ylijääviä valmisteita voidaan käyttää tutkimukseen (M- FISH-värjäykseen käytettävät valmisteet ovat samanlaisia kuin raita-analyysiin käytettävät valmisteet). MIKROLEVYTESTEILLÄ VOIDAAN TUTKIA TUHANSIEN GEENIEN TOIMINTAA JA TUHANSIA NÄYTTEITÄ SAMANAIKAISESTI cdna-mikrolevytestissä tuumorista eristettyä vihreäksi leimattua ja muusta kudoksesta eristettyä punaiseksi leimattua RNA:ta (komplementaariseksi DNA:ksi muutettuna) hybridisoidaan mikrolevyllä oleville tuhansille geenejä edustaville cdnajaksoille (6) (kuva 12). Mitä voimakkaammin geeni on ekspressoitunut, sitä voimakkaampi on vihreäksi leimatun koettimen fluoresenssi, ja punainen väri kuvastaa puolestaan geenin heikkoa ekspressiota (kuva 13). Yhdellä hybridisaatiolla voidaan näin selvittää tuhansien geenien samanaikaista toimintaa syöpäkudoksessa. Tehokkaiden bioinformaatioohjelmien avulla on ollut mahdollista tarkastella ekspressiota geeniryhmittäin. Gene clustering onkin käsite, joka on esiintynyt usein tuoreimpien Nature Genetics -aikakausilehtien sivuilla. Geeniklusterien avulla on voitu luokitella yhtenäinen histologinen syöpätyyppi useaan ennusteellisesti ja hoitovasteeltaan erilaiseen molekulaariseen alatyyppiin. Diffuusi suurisoluinen B-solulymfooma on tästä hyvä esimerkki (7) (kuva 14 A). Histologisesti tauti on samankaltainen (homogeeninen) mutta kliiniseltä kulultaan, kuten ennusteeltaan ja hoitovasteeltaan, heterogeeninen. Amerikkalaiset tutkijaryhmät osoittivat, että geeniekspressioklusteri, joka muistuttaa itukeskuksesta peräisin olevien solujen geeniekspressiota, on ennusteen kannalta suotuisa merkki, kun taas aktivoituneiden B-solujen ekspressiota muistuttava geeniekspressioklusteri on ennusteen kannalta huono merkki (kuva 14 B). Vastaavanlaista geeniryhmien ekspressioon perustuvaa molekulaarista luokittelua ollaan tekemässä useista eri syöpätyypeistä monissa laboratorioissa. HYKS:n CMG-laboratoriossa on tutkittu mm. kroonisen lymfaattisen leukemian geeniekspressiota ja todettu geeniekspressiossa eroja todettujen kromosomipoikkeavuuksien suhteen. Jo nyt on markkinoilla erityyppisiä joko lasi- tai filtteripohjaisia mikrolevystöjä, mm. yleissyöpälevystöjä, prostatamikrolevystö, hematologi-

9 1839 Kuva 13. Mikrolevystöllä vihreänä fluoresoivat levyt osoittavat geenin voimakasta ekspressiota, punaiset levyt heikkoa ja keltaiset normaalia ekspressiota käytettyyn referenssiin nähden. nen tai immunologinen tai hematoimmunologinen levystö, onkogeeni-, kasvutekijä- ja apoptoosilevystöjä. On myös mahdollista teettää yksilöllinen mikrolevystö valitsemalla omaan kysymyksen asetteluun tarvittavat cdna:t. Kaupalliset levystöt ovat suhteellisen kalliita. Siksi Meilahden kampusalueelle on perusteilla tukilaboratorio, joka auttaa yksilöllisten levystöjen suunnittelussa ja tekemisessä. Toistaiseksi HYKS:n CMG-laboratorion useissa tutkimusprojekteissa on käytetty filtteripohjaista mikrolevytestiä. Tutkimustulokset ovat siinä määrin rohkaisevia, että olen vakuuttunut menetelmän olevan kliinisessä käytössä kahden vuoden kuluttua. Tuumorimikrolevystöllä selviää tutkittavan geenin kliininen merkitys Yhdelle tuumorimikrolevystölle voidaan panna jopa tuhannen potilaan parafiinikudosnäytteet. Halutusta tuumoriblokin kohdasta otetaan erityislaitteistoon kiinnitetyllä neulalla 0,6 mm:n levyinen näyte, joka siirretään tyhjään parafiiniblokkiin (8) (kuva 15). Blokkiin voidaan sijoittaa näytteet jopa tuhannesta tuumorista. Blokista voidaan leikata 4 5 µm:n viipale tavanomaisesti ja asettaa se lasille. Näin aikaansaatu mikrolevystö voidaan värjätä periaatteessa kaikilla histokemiallisilla ja immunohistokemiallisilla menetelmillä tai sille voidaan tehdä in situ -fluoresenssihybridisaatioanalyysi yhdellä tai useammalla geeni-, lokus- tai kromosomispesifisellä koettimella (kuva 16). Myös geenien toiminnan selvittäminen RNA in situ -hybridisaatiolla on mahdollista, joskin hankalaa. HYKS:n CMG-laboratoriossa on tehty tuumorimikrolevystöjä joillekin tuumorityypeille; valmius tuumorimikrolevystöjen tekemiseen on siis olemassa. Lähinnä yhteistyössä on tehty levystöjä muillekin. A. B. 1,0 Eloonjäämisen todennäköisyys 0,5 Kaikki potilaat GC B-kaltainen 19 potilasta 6 kuolemaa Aktivoitu B-kaltainen 21 potilasta 18 kuolemaa 0, Kuva 14 A. Normaalien B-solujen erilaistumiseen ja aktivaatioon perustuva geeniekspressioryhmittely diffuusissa suurisoluisessa B-solulymfoomassa. Oranssi: itukeskusperäisten solujen kaltainen geeniekspressio; sininen: aktivoituneiden B-lymfosyyttien kaltainen geeniekspressio. Pystyrivit edustavat potilaita ja vaakarivit geenejä. Punainen väri kuvaa geenin voimakasta ekspressiota ja vihreä osoittaa ettei geeni ekspressoidu. Potilaat voidaan jakaa geeniekspression mukaan kahteen ryhmään: itukeskussolujen geeniekspression kaltaisiin ja aktivoituneiden B- solujen geeniekspression kaltaisiin. B. Ensimmäiseen ryhmään kuuluvilla potilailla (oranssi käyrä) on merkittävästi parempi ennuste kuin jälkimmäiseen ryhmään (sininen käyrä) kuuluvilla. Naturen luvalla (7), copyright 2000 Macmillan Magazines Ltd

10 1840 S UOMEN L ÄÄKÄRILEHTI 17/2000 VSK 55 Tuumoriblokki Uusi blokki johon stanssatut tuumoripalat on sijoitettu Leike stanssatuista tuumoripaloista Kuva 15. Kudosmikrolevystön periaate Konosen ym. (8) mukaan. Parafiiniin valetusta tuumorinäytteestä otetaan 0,6 mm levyinen näyte, joka siirretään tyhjään parafiiniblokkiin. Tästä voidaan tehdä tavanomaisia leikkeitä histokemiallisia, immunologisia ja sytogeneettisiä värjäyksiä varten (kuva 16). Kuva 16. In situ -2-värihybridisaatiolla värjätty tuumorimikrolevystö (alla) diffuusista suurisoluisesta B-solulymfoomasta. MIKÄ MENETELMÄ LYMFOOMIEN JA SARKOOMIEN DIAGNOSTIIKKAAN? Diagnostiikassa kromosomiraitatutkimus antaa yleiskuvan perintöaineksen muutoksista paljastaen kliinispatologisesti merkittäviä, jopa diagnostisia poikkeavuuksia. Perusmenetelmän täydentämiseen ja täsmentämiseen käytetään tarvittaessa moniväri- ja muita in situ -fluoresenssihybridisaatiomenetelmiä ja vertailevaa genomista hybridisaatiota. Lymfooma- ja sarkoomaspesifisten translokaatioiden varmentamiseen ja toteamiseen voidaan käyttää Southern blotting- ja PCR-menetelmiä tai jompaakumpaa niistä, ellei kromosomiraitatutkimusta tuorenäytteen puuttuessa ole voitu tehdä. Immunoglobuliini- ja T-solureseptorigeenien uudelleenjärjestymän tutkimisesta on apua lymfooman ja muiden pieni- ja pyöreätumaisten tuumorien (small round cell tumors) erotusdiagnostiikassa (lymfooma, Ewingin sarkooma ja neuroblastooma). MITÄ MENETELMIÄ JÄÄNNÖSTAUDIN TOTEAMISEEN JA SEURANTAAN? Perinteinen kromosomitutkimus ei ole riittävän herkkä jäännöstaudin tutkimiseen. In situ -fluoresenssihybridisaatio on jopa sata kertaa herkempi. Menetelmää voidaan kuitenkin käyttää vain silloin, kun diagnoosivaiheessa todettu kromosomipoikkeavuus on löydettävissä kromosomimaalauksella tai interfaasisytogeneettisellä tutkimuksella tai kummallakin. Molekyylisytogenetiikan herkkyys löytää maligneja soluja on noin 1/1 000 (0,1 %); Southern blotting -analyysin vastaava herkkyys on 2 5 %, joten siitä ei ole sanottavasti hyötyä jäännöstaudin osoittamisessa. PCR:n herkkyys on jopa 1/10 000, mutta sen käyttö rajoittuu aiemmin mainittujen translokaatioiden toteamiseen. Molekyylisytogenetiikkaan verrattuna PCRmenetelmä ei ole kvantitatiivinen ja kontaminaatio-ongelmat ovat merkittäviä.

11 1841 Leukemiaspesifisen translokaation osoittaminen fluoresenssi in situ -hybridisaatiolla spesifinen ja luotettava jäännössolujen osoittamisessa. Interfaasisytogenetiikassa arvioidaan hybridisaatiosignaaleja. Koska siinä ei voida suoraan nähdä poikkeavuutta, liittyy menetelmään noin prosentin suuruinen väärän positiivisen tulkinnan mahdollisuus. Väärien positiivisten signaalien määrä vähenee merkittävästi, jos on mahdollista käyttää kaksi eri poikkeavuutta samanaikaisesti osoittavaa kaksivärifluoresenssi in situ -hybridisaatiota. Noin 30 %:lla non-hodgkin-lymfooma- ja sarkoomapotilaista on sellainen poikkeavuusyhdistelmä, että kaksivärimenetelmää voidaan käyttää luotettavasti interfaasisytogenetiikassa. Metafaasivaiheen in situ -hybridisaatioon soveltuu noin 60 % non-hodgkin-lymfoomapotilaista. Sarkoomat ovat translokaatioiden suhteen varsin erilaisia, joten myös metafaasi-fish soveltuu seurantaan hyvin eri tavalla eri sarkooma-alatyypeissä. Taulukossa 1 on esitetty ne sarkoomat, joihin liittyy spesifisiä translokaatioita. SYTOGENETIIKKA JA MOLEKYYLIPATOLOGIA JO NYT KLIINISTÄ PATOLOGIAA Kromosomien taustavärjäys DAPI:lla In situ -hydridisaatio kromosomin 17 maalauskoettimella Edellä esitetty sytogenetiikan ja molekyylipatologian diagnostiikkaportaikko on tullut mukaan kliiniseen syöpäpatologiaan. Lyhyesti kuvaamani esimerkit toivon mukaan valaisivat sitä, kuinka sytogeneettisellä ja molekyyligeneettisellä alaluokittelulla entistä kliinismorfologista luokittelua täydentämällä voidaan morfologisesti tai histologisesti yhteneväisestä entiteetistä löytää molekulaarisia alatyyppejä, joilla on erilainen kliininen käyttäytyminen ja hoitovaste. Uskonkin, että lymfoomien ja sarkoomien lisäksi myös muita syöpätyyppejä on lähitulevaisuudessa mahdollista jaotella täsmähoidon kannalta merkittäviin molekulaarisiin alatyyppeihin. Kuva ;17-translokaation osoittaminen metafaasi-fish:lla (oikealla alhaalla). Kromosomit voidaan tunnistaa DAPI-kromosomien taustavärjäyksellä. Nuolet osoittavat translokaation. Maligneja jäännössoluja tutkittaessa voidaan genotyypin määritys kohdistaa tiettyyn fenotyyppiin. Kromosomitutkimuksen spesifisyyttä ja herkkyyttä voidaan lisätä kohdistamalla se esimerkiksi B-solulymfoomassa immunoglobuliini-kevytketjun suhteen klonaalisiin soluihin. MAC-yhdistelmämenetelmään voidaan liittää solujen rikastaminen esimerkiksi immunomagneettihelmien avulla. Jäännöstaudin toteamisen ohella MAC-menetelmää voidaan käyttää myös perifeerisen veren kantasolusiirrossa leukafereesillä ja kantasolurikastuksella saatujen solujen karakterisointiin. Metafaasikromosomien maalaus in situ -hybridisaatiolla mahdollistaa kromosomin morfologian toteamisen (kuva 17). Menetelmä onkin varsin KIRJALLISUUTTA 1 Knuutila S. Sytogeneettiset ja molekyylibiologiset tutkimukset. Kirjassa: Ruutu T, Rajamäki A, Krusius T, toim. Veritaudit. Jyväskylä: Kustannus Oy Duodecim 1996; Mecklin J-P, Peltomäki P, Aaltonen L, Kääriäinen H. Periytyvä syöpä. Suom Lääkäril 1995;50: Knuutila S. Kromosomien rakenne ja toiminta. Kirjassa: Aula P, Kääriäinen H, Leisti J, toim. Perinnöllisyyslääketiede. Jyväskylä: Kustannus Oy Duodecim 1998; Knuutila S, Björkqvist A-M, Autio K ym. DNA copy number amplifications in human neoplasms. Review of comparative genomic hybridization studies. Am J Pathol 1998;152: Björkqvist A-M, Tammilehto L, Nordling S ym. Comparison of DNA copy number changes in malignant mesothelioma, adenocarcinoma and largecell anaplastic carcinoma of the lung. Br J Cancer 1998;77: Nat Genet 1999;21 supplement. 7 Alizadeh AA, Eisen MB, Davis RE ym. Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling. Nature 2000;403: Kononen J, Bubendorf L, Kallioniemi A ym. Tissue microarrays for high-throughput molecular profiling of tumor specimens. Nat Med 1998;4: Kirjoittaja SAKARI KNUUTILA FT, professori Haartman-instituutti ja HYKS, lääketieteellisen genetiikan osasto sähköposti:

LYMFOSYTOOSIT SANOIN JA KUVIN. Pentti Mäntymaa TAYS, Laboratoriokeskus

LYMFOSYTOOSIT SANOIN JA KUVIN. Pentti Mäntymaa TAYS, Laboratoriokeskus LYMFOSYTOOSIT SANOIN JA KUVIN Pentti Mäntymaa TAYS, Laboratoriokeskus Lymfosytoosin määritelmä veren lymfosyyttien määrä >3.5 x 10 9 /l lymfosyyttien kohonnut %-osuus erittelyjakaumassa voi johtua joko

Lisätiedot

Virtaussytometrian perusteet

Virtaussytometrian perusteet Virtaussytometrian perusteet 11.2.2016 Sorella Ilveskero LT, erikoislääkäri Virtaussytometrian perusteet ja käyttö kliinisessä laboratoriossa virtaussytometrian periaate virtaussytometrinen immunofenotyypitys

Lisätiedot

Sarkoomien syto- ja molekyyligenetiikkaa Iina Tuominen, FT Erikoistuva sairaalasolubiologi Tyks-Sapa-liikelaitos IAP:n kevätkokous 12.5.

Sarkoomien syto- ja molekyyligenetiikkaa Iina Tuominen, FT Erikoistuva sairaalasolubiologi Tyks-Sapa-liikelaitos IAP:n kevätkokous 12.5. Sarkoomien syto- ja molekyyligenetiikkaa Iina Tuominen, FT Erikoistuva sairaalasolubiologi Tyks-Sapa-liikelaitos IAP:n kevätkokous 12.5.2016 Iina.Tuominen@tyks.fi Genetiikan tutkimukset sarkoomien diagnostiikassa

Lisätiedot

Lasten luuydinpatologiaa. Jouko Lohi HUSLAB, Patologian keskuslaboratorio ja Helsingin yliopisto

Lasten luuydinpatologiaa. Jouko Lohi HUSLAB, Patologian keskuslaboratorio ja Helsingin yliopisto Lasten luuydinpatologiaa Jouko Lohi HUSLAB, Patologian keskuslaboratorio ja Helsingin yliopisto Päivän prikalta 3 v 11 kk tyttö Ontuminen, jalkakipu Osteomyeliitti? Cristabiopsiat molemmin puolin Leder

Lisätiedot

NOPEAKASVUISET B SOLUB NON HODGKIN LYMFOOMAT. Tampere 4. 5. 2006 derström

NOPEAKASVUISET B SOLUB NON HODGKIN LYMFOOMAT. Tampere 4. 5. 2006 derström NOPEAKASVUISET B SOLUB NON HODGKIN LYMFOOMAT Tampere 4. 5. 2006 Karl Ove SöderstrS derström B solujen erilaistuminen Nopeakasvuiset B solub lymfoomat Diffuusi suurisoluinen B solub lymfooma Manttelisolu

Lisätiedot

PCR syöpädiagnostiikassa ja seurannassa -tekniikka ja sovellutuksia. Veli Kairisto Kl. kemian ja lab.hematologian el. oyl., dos. Tyks-Sapa, Tykslab

PCR syöpädiagnostiikassa ja seurannassa -tekniikka ja sovellutuksia. Veli Kairisto Kl. kemian ja lab.hematologian el. oyl., dos. Tyks-Sapa, Tykslab PCR syöpädiagnostiikassa ja seurannassa -tekniikka ja sovellutuksia Veli Kairisto Kl. kemian ja lab.hematologian el. oyl., dos. Tyks-Sapa, Tykslab Polymeraasiketjureaktio (PCR) Reaaliaikainen kvantitatiivinen

Lisätiedot

Luutuumorit IAP Turku Tom Böhling HUSLAB/Peijas-Hyvinkää ja HY

Luutuumorit IAP Turku Tom Böhling HUSLAB/Peijas-Hyvinkää ja HY Luutuumorit IAP Turku 7.5.2010 Tom Böhling HUSLAB/Peijas-Hyvinkää ja HY Luutuumori tiimi älä tee diagnoosia yksin Ortopedi Radiologi Onkologi Geneetikko ja Patologi -kliiniset tiedot/löydökset -natiivi-rtg,

Lisätiedot

IAP Kuopio 27.9.2007. Mesenkymaalisia. kasvaimia iholla, ja vähän v n muuallakin Jyrki Parkkinen ja Tom BöhlingB

IAP Kuopio 27.9.2007. Mesenkymaalisia. kasvaimia iholla, ja vähän v n muuallakin Jyrki Parkkinen ja Tom BöhlingB IAP Kuopio 27.9.2007 Mesenkymaalisia kasvaimia iholla, ja vähän v n muuallakin Jyrki Parkkinen ja Tom BöhlingB Pehmytkudoskasvainten patologiaa Valtaosa pehmytkudoskasvaimista benignejä, malignit harvinaisia,

Lisätiedot

Glioomien molekyylidiagnostiikkaa Maria Gardberg TYKS-Sapa Patologia / Turun Yliopisto

Glioomien molekyylidiagnostiikkaa Maria Gardberg TYKS-Sapa Patologia / Turun Yliopisto Glioomien molekyylidiagnostiikkaa 30.8.2013 Maria Gardberg TYKS-Sapa Patologia / Turun Yliopisto Glioomien WHO-luokitus on morfologinen Gradusten I-IV ryhmittelyn perustana on toiminut ennusteen huononeminen

Lisätiedot

KATSAUS. REAL miksi jälleen uusi lymfoomien luokittelu? Kaarle Franssila

KATSAUS. REAL miksi jälleen uusi lymfoomien luokittelu? Kaarle Franssila KATSAUS REAL miksi jälleen uusi lymfoomien luokittelu? Kaarle Franssila Uusi kansainvälinen REAL-luokitus (Revised European-American Classification of Lymphoid Neoplasms) on nopeasti saavuttanut laajan

Lisätiedot

Molekyyligenetiikka. Arto Orpana, FT dos. apulaisylikemisti

Molekyyligenetiikka. Arto Orpana, FT dos. apulaisylikemisti Molekyyligenetiikka Arto Orpana, FT dos. apulaisylikemisti Molekyyligenetiikka Pikaperusteet Miten meillä Automaation aika Geenitestien käyttö Mihin menossa Molekyyligenetiikka: pikaperusteet DNAn rakennevirheet

Lisätiedot

Bioteknologian perustyökaluja

Bioteknologian perustyökaluja Bioteknologian perustyökaluja DNAn ja RNAn eristäminen helppoa. Puhdistaminen työlästä (DNA pestään lukuisilla liuottimilla). Myös lähetti-rnat voidaan eristää ja muuntaa virusten käänteiskopioijaentsyymin

Lisätiedot

In Situ Hybridisaatio - menetelmä patologian laboratorion työvälineenä

In Situ Hybridisaatio - menetelmä patologian laboratorion työvälineenä In Situ Hybridisaatio - menetelmä patologian laboratorion työvälineenä Mervi Jumppanen sairaalasolubiologi Seinäjoen keskussairaala, patologian yksikkö Sisält ltö Menetelmän n periaate FISH ja CISH Käyttöalueet

Lisätiedot

Molekyylikaryotyypitys raja sytogenetiikan ja molekyylibiologian väliltä häviämässä

Molekyylikaryotyypitys raja sytogenetiikan ja molekyylibiologian väliltä häviämässä Katsaus Anne Tyybäkinoja ja Sakari Knuutila Molekyylikaryotyypitys raja sytogenetiikan ja molekyylibiologian väliltä häviämässä Lääketieteellisessä tutkimuksessa ja diagnostiikassa käytetään yhä enemmän

Lisätiedot

TIEDOTE HELSINGIN JA UUDENMAAN SAIRAANHOITOPIIRI 23.11.2006 PATOLOGIAN VASTUUALUE

TIEDOTE HELSINGIN JA UUDENMAAN SAIRAANHOITOPIIRI 23.11.2006 PATOLOGIAN VASTUUALUE TIEDOTE HELSINGIN JA UUDENMAAN SAIRAANHOITOPIIRI 23.11.2006 PATOLOGIAN VASTUUALUE Hyks Helsingin alueen patologian ja hematologian QPati vastausten tulostus Multilab/Weblab Clinical laboratoriojärjestelmien

Lisätiedot

Ekstranodaaliset lymfoomat. Kliinisen patologian osasto Kuopion yliopistollinen sairaala

Ekstranodaaliset lymfoomat. Kliinisen patologian osasto Kuopion yliopistollinen sairaala Ekstranodaaliset lymfoomat Jan Böhm,, LT, erikoislää ääkäri Kliinisen patologian osasto Kuopion yliopistollinen sairaala Ekstranodaaliset lymfoomat yleensä: Suomessa vuosittain hieman yli 300 tapausta/v.

Lisätiedot

Meeri Apaja-Sarkkinen. Aineiston jatkokäyttöön tulee saada lupa oikeuksien haltijalta.

Meeri Apaja-Sarkkinen. Aineiston jatkokäyttöön tulee saada lupa oikeuksien haltijalta. Meeri Apaja-Sarkkinen Aineiston jatkokäyttöön tulee saada lupa oikeuksien haltijalta. HODGKININ LYMFOOMA IAP Tampere 4.-5.5.2006 Dosentti Meeri Apaja-Sarkkinen OYS/Patologian osasto Hodgkinin lymfooma/alatyypit

Lisätiedot

Leukemioiden, lymfoomien ja muiden pahanlaatuisten veritautien ilmaantuvuus Suomessa

Leukemioiden, lymfoomien ja muiden pahanlaatuisten veritautien ilmaantuvuus Suomessa Leukemioiden, lymfoomien ja muiden pahanlaatuisten veritautien ilmaantuvuus Suomessa 2007-2013 1 Sisältö Imukudoksen ja verta muodostavan kudoksen kasvaimien pääryhmät 2 Uudet tapaukset koko maassa sukupuolittain

Lisätiedot

Leukemioiden, lymfoomien ja muiden pahanlaatuisten veritautien ilmaantuvuus Suomessa

Leukemioiden, lymfoomien ja muiden pahanlaatuisten veritautien ilmaantuvuus Suomessa Leukemioiden, lymfoomien ja muiden pahanlaatuisten veritautien ilmaantuvuus Suomessa 2008-2014 1 Sisältö Imukudoksen ja verta muodostavan kudoksen kasvaimien pääryhmät 3 Uudet tapaukset koko maassa sukupuolittain

Lisätiedot

Syövän lääkehoito. Salla Kalsi

Syövän lääkehoito. Salla Kalsi Syövän lääkehoito Salla Kalsi Syöpä Yleisnimitys maligneille (pahanlaatuisille) kasvaimille Karsinogeeninen = syöpää aiheuttava Syövän taustalla voi olla Ympäristötekijät, elintavat, perimä, eräät virus-

Lisätiedot

TIIMITYÖSKENTELY LYMFOOMADIAGNOSTIIKAN JA HOIDON KULMAKIVI. K Franssila & E Jantunen

TIIMITYÖSKENTELY LYMFOOMADIAGNOSTIIKAN JA HOIDON KULMAKIVI. K Franssila & E Jantunen TIIMITYÖSKENTELY LYMFOOMADIAGNOSTIIKAN JA HOIDON KULMAKIVI K Franssila & E Jantunen KLIINIKON PERSPEKTIIVI DIAGNOSTIIKKAAN ilman diagnoosia rationaalinen, tavoitteellinen hoito mahdotonta diagnostiikkaan

Lisätiedot

ALKIODIAGNOSTIIK KA ANN-MARIE NORDSTRÖM

ALKIODIAGNOSTIIK KA ANN-MARIE NORDSTRÖM ALKIODIAGNOSTIIK KA ANN-MARIE NORDSTRÖM 180114 Lapsettomuushoidot 80-luvulla Ensimmäiset IVF-lapset Suomessa 1984 Hoidon onnistuminen 80-luvulla - hormonistimulaatiomenetelmät vasta kehittymässä - siirrettiin

Lisätiedot

Plasmasolukasvaimet (hematologin näkökulmasta) Eeva-Riitta Savolainen LKT, dos Os.ylilääkäri

Plasmasolukasvaimet (hematologin näkökulmasta) Eeva-Riitta Savolainen LKT, dos Os.ylilääkäri Plasmasolukasvaimet (hematologin näkökulmasta) Eeva-Riitta Savolainen LKT, dos Os.ylilääkäri Monoklonaaliset gammapatiat (plasmasolutaudit) Plasmasolumyelooma Merkitykseltään epäselvä monoklonaalinen gammapatia

Lisätiedot

ikiön seulonta- ja kromosomitutkimukset

ikiön seulonta- ja kromosomitutkimukset POTILASOHJE 1 (8) S ikiön seulonta- ja kromosomitutkimukset POTILASOHJE 2 (8) SISÄLLYSLUETTELO Mitä kehityshäiriöiden seulonta tarkoittaa? 3 Ultraääniseulontatutkimukset 4 Varhainen ultraääniseulonta Toisen

Lisätiedot

IAP syyskokous 2008 Lasiseminaari

IAP syyskokous 2008 Lasiseminaari IAP syyskokous 2008 Lasiseminaari Tapaus 1 45 vuotias mies, ei aiempia sairauksia. Oikean kiveksen 3,5 cm läpimittainen tuumori. 14.11.2008 CD99 Inhibin Ki67 AE1/AE3 14.11.2008 Muita immunovärjäyksiä

Lisätiedot

Miten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä

Miten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä Miten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä Genomitiedon vaikutus terveydenhuoltoon työpaja 7.11.2014 Sitra, Helsinki Jaakko Ignatius, TYKS Kliininen genetiikka Perimän

Lisätiedot

ylilääkäri Teijo Kuopio

ylilääkäri Teijo Kuopio ylilääkäri Teijo Kuopio 28.8.2013 Vasteiden tarkastelu voi tapahtua: Elinten tasolla (makroskooppinen patologia) Kudostasolla (histopatologia) Solutasolla (solupatologia) Molekyylitasolla (molekyylipatologia)

Lisätiedot

ANEMIA (=Veren puute)

ANEMIA (=Veren puute) Leif C. Andersson 1 ANEMIA (=Veren puute) 1) VERENVUOTO - akuutti verenvuoto (vuotoshokki) - krooninen vuoto (raudanpuute-anemia) 2) HEMOLYYSI A) Punasolun sisäiset syyt 1) SYNNYNNÄISET (Mutaatiot) - virhe

Lisätiedot

Kohdun sileälihaskasvaimet. Molekylaariset mekanismit ja histologiset kriteerit. Tom Böhling Haartman-instituutti, HY HUSLAB

Kohdun sileälihaskasvaimet. Molekylaariset mekanismit ja histologiset kriteerit. Tom Böhling Haartman-instituutti, HY HUSLAB Kohdun sileälihaskasvaimet. Molekylaariset mekanismit ja histologiset kriteerit Tom Böhling Haartman-instituutti, HY HUSLAB Lääketieteellinen tiedekunta / Tom Böhling 20.9.2013 1 Sileälihaskasvaimet Leiomyooma

Lisätiedot

UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA

UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA LIITU-päivä 4.5.2006 FT Helena Rintala Kansanterveyslaitos, Ympäristöterveyden osasto Mihin sisäympäristön mikrobien mittauksia tarvitaan? Rakennusten

Lisätiedot

Tavallisimmat lymfaattiset sairaudet

Tavallisimmat lymfaattiset sairaudet Tavallisimmat lymfaattiset sairaudet Syöpäpäivä 10.5.2016 Mirja Vapaatalo Verisolut Lymfosyytti immunologinen solu, joka osallistuu elimistön puolustukseen infektioita vastaan 20-40% verenkierron valkosoluista

Lisätiedot

NIPT. Non-invasiivinen prenataalitutkimus

NIPT. Non-invasiivinen prenataalitutkimus NIPT Non-invasiivinen prenataalitutkimus Non-invasiivinen prenataalitutkimus, NIPT B -NIPT-D ATK 8598 Non-invasiivinen prenataalitutkimus B -NIPTlaa ATK 8599 Non-invasiivinen prenataalitutkimus, laaja

Lisätiedot

Ihotuumorin biopsia vai leikkaushoito

Ihotuumorin biopsia vai leikkaushoito Ihotuumorin biopsia vai leikkaushoito Tiina Jahkola HYKS Plastiikkakirurgian klinikka Malignit ihokasvaimet - tavalliset insidenssi Suomessa v. 2004 Levyepiteelikarsinooma = okasolusyöpä = ca spinocellulare

Lisätiedot

Autoimmuunitaudit: osa 1

Autoimmuunitaudit: osa 1 Autoimmuunitaudit: osa 1 Autoimmuunitaute tunnetaan yli 80. Ne ovat kroonisia sairauksia, joiden syntymekanismia eli patogeneesiä ei useimmissa tapauksissa ymmärretä. Tautien esiintyvyys vaihtelee maanosien,

Lisätiedot

Miten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa?

Miten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa? ChemBio Helsingin Messukeskus 27.-29.05.2009 Miten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa? Kristiina Aittomäki, dos. ylilääkäri HYKS Perinnöllisyyslääketieteen yksikkö Genomin tutkiminen FISH Sekvensointi

Lisätiedot

IAP, Majvik 17 18.04.2008 (ka)

IAP, Majvik 17 18.04.2008 (ka) Kliiniset esitiedot: 22v Elektiivinen sektio, sikiön raskausaikana todetun kookkaan päänvuoksi, ensimmäinen raskaus. Sattumalöydöksenä todetaan kohdun takana. 6 cm pehmeähkö tuumori, lähtee sigman mesosta.

Lisätiedot

Oili Aumo, kätilö 25.9.2015 Vantaa

Oili Aumo, kätilö 25.9.2015 Vantaa Oili Aumo, kätilö 25.9.2015 Vantaa SIKIÖSEULONNAT SUOMESSA Seulonta-asetus annettiin v 2007 (1339/2006 päivitys 339/2011), jolloin annettiin kolmen vuoden siirtymäaika. Seulonta Seulonta on osa ehkäisevää

Lisätiedot

AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY FIMLAB LABORATORIOT OY

AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY FIMLAB LABORATORIOT OY T043 Liite 1.05 / Appendix 1.05 Sivu / Page 1(5) AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY FIMLAB LABORATORIOT OY FIMLAB MEDICAL LABORATORIES LTD Tunnus Code Yksikkö tai toimintoala

Lisätiedot

Immunohistokemia HPV-muutosten ja tavallisten gynekologisten adenokarsinoomien diagnostiikassa. Elisa Lappi-Blanco OYS, patologian osasto

Immunohistokemia HPV-muutosten ja tavallisten gynekologisten adenokarsinoomien diagnostiikassa. Elisa Lappi-Blanco OYS, patologian osasto Immunohistokemia HPV-muutosten ja tavallisten gynekologisten adenokarsinoomien diagnostiikassa Elisa Lappi-Blanco OYS, patologian osasto Gynekopatologian tavallisia ongelmia HPV-muutosten vaikeusasteen

Lisätiedot

Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari

Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpuiden vaivat Metsäpuiden eloa ja terveyttä uhkaavat monet taudinaiheuttajat: Bioottiset taudinaiheuttajat

Lisätiedot

kertomus 2 Hematologi Aino Lepän

kertomus 2 Hematologi Aino Lepän Toiminta015 kertomus 2 skus e k ä p ö y S S HYK a Hematologi talo Aino Lepän SISÄLLYS Toiminta 2 Toiminnan tulokset 5 Laadunhallinta ja potilasturvallisuus 7 Kehittämisprojektit 8 Käynnissä olevat tutkimukset

Lisätiedot

Mesotelioomadiagnostiikan osuvuus ja ammattisyövän toteamisen käytännöt Suomessa. 1 Loppuraportti 31.8.2011 Sisko Anttila

Mesotelioomadiagnostiikan osuvuus ja ammattisyövän toteamisen käytännöt Suomessa. 1 Loppuraportti 31.8.2011 Sisko Anttila 1 Mesotelioomadiagnostiikan osuvuus ja ammattisyövän toteamisen käytännöt Suomessa Vastuututkija: Muut osallistujat:, HUSLAB ja TTL Henrik Wolff, TTL Eeva Kettunen, TTL Tom Böhling, HUSLAB Aija Knuuttila,

Lisätiedot

Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia

Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia 12.12.2017 Epigenetic inheritance: A heritable alteration in a cell s or organism s phenotype that does

Lisätiedot

BENIGNIN JA MALIGNIN LYMFAATTISEN PROLIFERAATION EROTUSDIAGNOSTIIKKA

BENIGNIN JA MALIGNIN LYMFAATTISEN PROLIFERAATION EROTUSDIAGNOSTIIKKA BENIGNIN JA MALIGNIN LYMFAATTISEN PROLIFERAATION EROTUSDIAGNOSTIIKKA MARTINE VORNANEN LABORATORIOKESKUS PSHP 04.05.2006 IMUSOLMUKKEEN ANATOMIA perinteisesti imusolmuke jaetaan 3 alueeseen korteksi; joka

Lisätiedot

Lymfoomien diagnostiikka kliinikon tarpeet ja toiveet. Sirkku Jyrkkiö Hoyl, syöpäklinikka, Tyks 10.10.2014

Lymfoomien diagnostiikka kliinikon tarpeet ja toiveet. Sirkku Jyrkkiö Hoyl, syöpäklinikka, Tyks 10.10.2014 Lymfoomien diagnostiikka kliinikon tarpeet ja toiveet Sirkku Jyrkkiö Hoyl, syöpäklinikka, Tyks 10.10.2014 Lymfoomat n 1500 uu.a/v Hodgkinin lymfooma Lymphocy

Lisätiedot

Syöpägeenit. prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto

Syöpägeenit. prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto Syöpägeenit prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto Mitä syöpä on? Ryhmä sairauksia, joille on ominaista: - solukasvun säätelyn häiriö - puutteet solujen erilaistumisessa

Lisätiedot

Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehduksen osuus syövän synnyssä. Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehdus ja karsinogeneesi

Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehduksen osuus syövän synnyssä. Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehdus ja karsinogeneesi Tulehduksen osuus syövän synnyssä Ari Ristimäki, professori Patologia Helsingin yliopisto esiasteissa ja useissa eri syöpäkasvaintyypeissä. 1 A Mantovani, et al. NATURE Vol 454 24 July 2008 Figure 15.22d

Lisätiedot

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa Listerian, Salmonellan ja kampylobakteerien tunnistus elintarvikkeista ja rehuista 29.11.2012 Eva Fredriksson-Lidsle Listeria monocytogenes Salmonella (spp) Campylobacter

Lisätiedot

Molekyylidiagnostiikka keuhkosyövän hoidossa. Jussi Koivunen, el, dos. Syöpätautien ja sädehoidon klinikka/oys

Molekyylidiagnostiikka keuhkosyövän hoidossa. Jussi Koivunen, el, dos. Syöpätautien ja sädehoidon klinikka/oys Molekyylidiagnostiikka keuhkosyövän hoidossa Jussi Koivunen, el, dos. Syöpätautien ja sädehoidon klinikka/oys Sidonnaisuudet Taloudelliset riippuvuudet: Konsultointi: - Tutkimusrahoitus: - Honorariat:

Lisätiedot

Immuunipuutokset. Olli Vainio OY Diagnostiikan laitos OYS Kliinisen mikrobiologian laboratorio 17.10.2008

Immuunipuutokset. Olli Vainio OY Diagnostiikan laitos OYS Kliinisen mikrobiologian laboratorio 17.10.2008 Immuunipuutokset Olli Vainio OY Diagnostiikan laitos OYS Kliinisen mikrobiologian laboratorio 17.10.2008 Immuunijärjestelm rjestelmän n toiminta Synnynnäinen immuniteetti (innate) Välitön n vaste (tunneissa)

Lisätiedot

Uusia mahdollisuuksia FoundationOne

Uusia mahdollisuuksia FoundationOne Uusia mahdollisuuksia FoundationOne FI/FMI/1703/0019 Maaliskuu 2017 FoundationOne -palvelu FoundationOne on kattava genomianalysointipalvelu, jossa tutkitaan 315 geenistä koko koodaava alue sekä 28 geenistä

Lisätiedot

Tupakointiin ja asbestialtistukseen liittyvät diagnostiset ja hoidolliset biomarkkerit eipienisoluisissa keuhkosyövissä ja mesotelioomassa

Tupakointiin ja asbestialtistukseen liittyvät diagnostiset ja hoidolliset biomarkkerit eipienisoluisissa keuhkosyövissä ja mesotelioomassa TYÖSUOJELURAHASTO 21.2..2015 LOPPURAPORTTI: Työterveyslaitoksen osuus Tupakointiin ja asbestialtistukseen liittyvät diagnostiset ja hoidolliset biomarkkerit eipienisoluisissa keuhkosyövissä ja mesotelioomassa

Lisätiedot

GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA

GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA GEENITEKNIIKKKA ON BIOTEKNIIKAN OSA-ALUE! Biotekniikka tutkii ja kehittää elävien solujen, solun osien, biokemiallisten menetelmien sekä molekyylibiologian uusimpien menetelmien

Lisätiedot

Geenitekniikan perusmenetelmät

Geenitekniikan perusmenetelmät Loppukurssikoe To klo 14-16 2 osiota: monivalintatehtäväosio ja kirjallinen osio, jossa vastataan kahteen kysymykseen viidestä. Koe on auki klo 14.05-16. Voit tehdä sen oppitunnilla, jolloin saat tarvittaessa

Lisätiedot

Rustotuumorit. IAP Turku 13.5.2016 Mikko Rönty Fimlab, Tampere

Rustotuumorit. IAP Turku 13.5.2016 Mikko Rönty Fimlab, Tampere Rustotuumorit IAP Turku 13.5.2016 Mikko Rönty Fimlab, Tampere Rustotuumorit yleistä Suurimpia primäärien luutuumoreiden ryhmiä Tyyppipiirre on kasvainsolujen tuottama kondroidi matriksi (soluväliaine)

Lisätiedot

Perinnöllisyyden perusteita

Perinnöllisyyden perusteita Perinnöllisyyden perusteita Perinnöllisyystieteen isä on augustinolaismunkki Gregor Johann Mendel (1822-1884). Mendel kasvatti herneitä Brnon (nykyisessä Tsekissä) luostarin pihalla. 1866 julkaisu tuloksista

Lisätiedot

Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa

Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa Maria Valkonen, Kaisa Jalkanen, Martin Täubel, Anne Hyvärinen 31.3.2014 Sisäilmastoseminaari 2014 1 Tausta Asumisterveysoppaan mukaiset sisäympäristön

Lisätiedot

Ekologiset ympäristöongelmat. 10. Geeniteknologia. BI5 II Geeniteknologia 4. Geenitekniikan perusmenetelmiä

Ekologiset ympäristöongelmat. 10. Geeniteknologia. BI5 II Geeniteknologia 4. Geenitekniikan perusmenetelmiä Ekologiset ympäristöongelmat 10. Geeniteknologia Dna:n ja rna:n käsittely Eristäminen Puhdistaminen Lähetti-rna:t voidaan muuntaa niiden emäsjärjestystä vastaavaksi ns. komplementaariseksi dna:ksi (c-dna)

Lisätiedot

Syöpä lapsella. Kim Vettenranta, dos. Osastonylilääkäri Lasten veri- ja syöpätautien sekä kantasolusiirtoklinikka HYKS

Syöpä lapsella. Kim Vettenranta, dos. Osastonylilääkäri Lasten veri- ja syöpätautien sekä kantasolusiirtoklinikka HYKS Syöpä lapsella Kim Vettenranta, dos. Osastonylilääkäri Lasten veri- ja syöpätautien sekä kantasolusiirtoklinikka HYKS Lasten syöpätaudit Leukemiat (30%) Aivotuumorit (28%) Lymfoomat (Hodgkin, NHL) (11%)

Lisätiedot

Suuontelon lymfoomat. Outi Käppi, HLK Hammaslääketieteen laitos

Suuontelon lymfoomat. Outi Käppi, HLK Hammaslääketieteen laitos Suuontelon lymfoomat Outi Käppi, HLK Hammaslääketieteen laitos Helsinki 25.06.2013 Tutkielma Ohjaajat: Jaana Hagström Panu Kovanen HELSINGIN YLIOPISTO Lääketieteellinen tiedekunta outi.kappi@helsinki.fi

Lisätiedot

Peittyvä periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com

Peittyvä periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com 12 Peittyvä periytyminen Muokattu allamainittujen instanssien julkaisemista vihkosista, heidän laatustandardiensa mukaan: Guy's and St Thomas' Hospital, London, United Kingdom; and the London IDEAS Genetic

Lisätiedot

Muuttuva diagnostiikka avain yksilöityyn hoitoon

Muuttuva diagnostiikka avain yksilöityyn hoitoon Muuttuva diagnostiikka avain yksilöityyn hoitoon Olli Carpén, Patologian professori, Turun yliopisto ja Patologian palvelualue, TYKS-SAPA liikelaitos ChemBio Finland 2013 EGENTLIGA HOSPITAL FINLANDS DISTRICT

Lisätiedot

Avainsanat: BI5 III Biotekniikan sovelluksia 9. Perimä ja terveys.

Avainsanat: BI5 III Biotekniikan sovelluksia 9. Perimä ja terveys. Avainsanat: mutaatio Monitekijäinen sairaus Kromosomisairaus Sukupuu Suomalainen tautiperintö Geeniterapia Suora geeninsiirto Epäsuora geeninsiirto Kantasolut Totipotentti Pluripotentti Multipotentti Kudospankki

Lisätiedot

Istukkagonadotropiini (hcg) - enemmän kuin raskaushormoni. Kristina Hotakainen, LT. Kliinisen kemian yksikkö Helsingin yliopisto ja HUSLAB

Istukkagonadotropiini (hcg) - enemmän kuin raskaushormoni. Kristina Hotakainen, LT. Kliinisen kemian yksikkö Helsingin yliopisto ja HUSLAB Istukkagonadotropiini (hcg) - enemmän kuin raskaushormoni Kristina Hotakainen, LT. Kliinisen kemian yksikkö Helsingin yliopisto ja HUSLAB Istukkagonadotropiini (Human Chorionic Gonadotropin, hcg) Kuuluu

Lisätiedot

Etunimi: Henkilötunnus:

Etunimi: Henkilötunnus: Kokonaispisteet: Lue oheinen artikkeli ja vastaa kysymyksiin 1-25. Huomaa, että artikkelista ei löydy suoraan vastausta kaikkiin kysymyksiin, vaan sinun tulee myös tuntea ja selittää tarkemmin artikkelissa

Lisätiedot

Geneettisen tutkimustiedon

Geneettisen tutkimustiedon Geneettisen tutkimustiedon omistaminen Tutkijan näkökulma Katriina Aalto-Setälä Professori, sisätautien ja kardiologian erikoislääkäri Tampereen Yliopisto ja TAYS Sydänsairaala Etiikan päivät 9.3.2016

Lisätiedot

Potilasopas. 12 Mitä Genetiikan Laboratoriossa Tapahtuu?

Potilasopas. 12 Mitä Genetiikan Laboratoriossa Tapahtuu? 12 Mitä Genetiikan Laboratoriossa Tapahtuu? ei halua, että hänen näytettään käytetään näihin tarkoituksiin. Kuten muutkin lääketieteelliset näytteet, DNA katsotaan osaksi potilaan potilasasiakirjoja, joten

Lisätiedot

Veren kantasolujen määrää alentavan hoidon (myeloablatiivisen hoidon) jälkeen luuytimensiirron saaneet potilaat

Veren kantasolujen määrää alentavan hoidon (myeloablatiivisen hoidon) jälkeen luuytimensiirron saaneet potilaat VI.2 Julkisen yhteenvedon osiot VI.2.1 Tietoa sairauden esiintyvyydestä Neupogenia voidaan käyttää: - lisäämään veren valkosolujen määrää solunsalpaajahoidon jälkeen infektioiden ehkäisemiseksi. - lisäämään

Lisätiedot

KLL Lymfosytoosin selvittely KLL:n seuranta ja hoito. Hematologian alueellinen koulutuspäivä 14.4.2016 Anu Laasonen

KLL Lymfosytoosin selvittely KLL:n seuranta ja hoito. Hematologian alueellinen koulutuspäivä 14.4.2016 Anu Laasonen KLL Lymfosytoosin selvittely KLL:n seuranta ja hoito Hematologian alueellinen koulutuspäivä 14.4.2016 Anu Laasonen www.hematology.fi KLL:n diagnostiikka, seuranta ja hoito-ohjeet löytyvät täältä: -> Hoito-ohjeet

Lisätiedot

Luennon sisältö. Lastenpatologiaa. Patologian työnjako (HUSLAB) Mitä lastenpatologia on? Mitä lastenpatologi tutkii? Mitä lastenpatologia on?

Luennon sisältö. Lastenpatologiaa. Patologian työnjako (HUSLAB) Mitä lastenpatologia on? Mitä lastenpatologi tutkii? Mitä lastenpatologia on? Luennon sisältö Lastenpatologiaa Jouko Lohi HY Patologian laitos ja HUSLAB Patologian keskuslaboratorio 3.10.2012 Mitä lastenpatologia on? Lastenpatologian erityispiirteitä Lasten benignejä kasvaimia Lasten

Lisätiedot

focus PATOLOGIA Immunohistokemia Tissue Micro Array Biopankit Molekyylibiologia

focus PATOLOGIA Immunohistokemia Tissue Micro Array Biopankit Molekyylibiologia focus PATOLOGIA AH diagnostics edustaa Pohjoismaiden laajinta valikoimaa primäärivasta-aineissa ja immunohistokemiaan soveltuvissa uuden sukupolven erittäin herkissä detektiosysteemeissä. Meiltä saat lisäksi

Lisätiedot

PERINNÖLLISET TEKIJÄT JA NIIDEN MERKITYS RINTASYÖPÄSAIRASTUMISESSA. Robert Winqvist. SyöpägeneCikan ja tuumoribiologian professori Oulun yliopisto

PERINNÖLLISET TEKIJÄT JA NIIDEN MERKITYS RINTASYÖPÄSAIRASTUMISESSA. Robert Winqvist. SyöpägeneCikan ja tuumoribiologian professori Oulun yliopisto PERINNÖLLISET TEKIJÄT JA NIIDEN MERKITYS RINTASYÖPÄSAIRASTUMISESSA Robert Winqvist SyöpägeneCikan ja tuumoribiologian professori Oulun yliopisto PROFESSORILIITON SYYSSEMINAARI TUTKIMUSTA KAIKKIEN HYÖDYKSI

Lisätiedot

Genomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma

Genomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja

Lisätiedot

Koonneet: Mervi Taskinen Jaana Vettenranta Kim Vettenranta (vastuuhenkilö)

Koonneet: Mervi Taskinen Jaana Vettenranta Kim Vettenranta (vastuuhenkilö) Koonneet: Mervi Taskinen Jaana Vettenranta Kim Vettenranta (vastuuhenkilö) SISÄLLYS Käytetyt lyhenteet... Yksikön esittely... Kansainväliset/pohjoismaiset tutkimus- ja hoito-ohjelmat, joissa olemme jo

Lisätiedot

LOBULAARISET NEOPLASIAT

LOBULAARISET NEOPLASIAT LOBULAARISET NEOPLASIAT IAP 2. 4.4.2009 Ruka, Kuusamo Meeri Apaja Sarkkinen OYS Patologian osasto LOBULAARISET NEOPLASIAT/YLEISTÄ lobulaariset ja duktaaliset neoplasiat saavat alkunsa terminaalisesta duktolobulaarisesta

Lisätiedot

Yersinia-serologia. Markus Penttinen 041105 Lääketieteellinen mikrobiologia Turun yliopisto

Yersinia-serologia. Markus Penttinen 041105 Lääketieteellinen mikrobiologia Turun yliopisto Yersinia-serologia Markus Penttinen 041105 Lääketieteellinen mikrobiologia Turun yliopisto Yersiniainfektio Yersiniainfektio aiheuttaa mm. seuraavia tauteja: 1. Akuutteja tauteja - suolistotulehduksia

Lisätiedot

LUOKITUSPERUSTEITA INTERNATIONAL ACADEMY OF PATHOLOGY SUOMEN OSASTO LAADUNVARMISTUSTYÖRYHMÄ

LUOKITUSPERUSTEITA INTERNATIONAL ACADEMY OF PATHOLOGY SUOMEN OSASTO LAADUNVARMISTUSTYÖRYHMÄ LUOKITUSPERUSTEITA INTERNATIONAL ACADEMY OF PATHOLOGY SUOMEN OSASTO LAADUNVARMISTUSTYÖRYHMÄ Vastuuhenkilö: Heikki Aho Julkaisupäivämäärä: 26.2.2013 Version numero: 2.5 Luokitusperusteita Sivu 2 SISÄLLYS

Lisätiedot

MITÄ PATOLOGIN LAUSUNNON IHOKASVAIMISTA PITÄISI SISÄLTÄÄ?

MITÄ PATOLOGIN LAUSUNNON IHOKASVAIMISTA PITÄISI SISÄLTÄÄ? MITÄ PATOLOGIN LAUSUNNON IHOKASVAIMISTA PITÄISI SISÄLTÄÄ? Riitta Huotari-Orava Patologian erikoislääkäri Iho-ja sukupuolitautien erikoislääkäri 9.1.2007 Löydöksenä on basaliooma. Kasvain yltää reunaan.

Lisätiedot

9/30/2013. GMO analytiikka. Termistöä. Markkinoilla olevien GM kasvien ominaisuuksia

9/30/2013. GMO analytiikka. Termistöä. Markkinoilla olevien GM kasvien ominaisuuksia GMO analytiikka Kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö Evira Termistöä geenimuuntelu muuntogeeninen siirtogeeninen GM GMO (geneettisesti muunnettu organismi) GM tapahtuma (event): käytetään silloin kun

Lisätiedot

Pienisoluiset imusolmukeperäiset B solulymfoomat K. Franssila / T. Lehtinen

Pienisoluiset imusolmukeperäiset B solulymfoomat K. Franssila / T. Lehtinen Pienisoluiset imusolmukeperäiset B solulymfoomat K. Franssila / T. Lehtinen Ryhmänä tavallisin NHL, noin 40 % kaikista Usein, mutta ei aina, diagnoosi helppo ilman IH:aa IH tehtävä kuitenkin aina, koska

Lisätiedot

TUKIMATERIAALI IMMUNOHISTOKEMIAL- LISISTA CD-VÄRJÄYKSISTÄ

TUKIMATERIAALI IMMUNOHISTOKEMIAL- LISISTA CD-VÄRJÄYKSISTÄ TUKIMATERIAALI IMMUNOHISTOKEMIAL- LISISTA CD-VÄRJÄYKSISTÄ Iina Puuppo Viktoria Pälvi Opinnäytetyö Lokakuu 2015 Bioanalytiikka 2 SISÄLLYS JOHDANTO... 3 Novocastra TM Liquid Mouse Monoclonal Antibody CD10...

Lisätiedot

Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20

Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien

Lisätiedot

Keuhkosyövän molekyylipatologia

Keuhkosyövän molekyylipatologia Professori Sakari Knuutila Helsingin yliopisto Keuhkosyövän molekyylipatologia Keuhkosyövän tunnuspiirteenä ovat lukuisat muutokset genomin rakenteessa ja toiminnassa. Sama ilmiö liittyy kaikkiin pitkälle

Lisätiedot

Yleisimmät idiopaattiset interstitiaalipneumoniat ja tavalliset keuhkovauriot - avainasemassa moniammatillisuus

Yleisimmät idiopaattiset interstitiaalipneumoniat ja tavalliset keuhkovauriot - avainasemassa moniammatillisuus Yleisimmät idiopaattiset interstitiaalipneumoniat ja tavalliset keuhkovauriot - avainasemassa moniammatillisuus 12.11.2015 IAP Tampere Airi Jartti Elisa Lappi-Blanco Sidonnaisuudet Luentopalkkioita Oy

Lisätiedot

Koonneet: Mervi Taskinen Jaana Vettenranta Kim Vettenranta (vastuuhenkilö)

Koonneet: Mervi Taskinen Jaana Vettenranta Kim Vettenranta (vastuuhenkilö) Koonneet: Mervi Taskinen Jaana Vettenranta Kim Vettenranta (vastuuhenkilö) SISÄLLYS Käytetyt lyhenteet... 2 Yksikön esittely... 3 Konventionaalinen syöpähoito... 3 1. Yleiset tunnusluvut... 3 2. Leukemiat...

Lisätiedot

Focus Oncologiae. Syöpäsäätiön julkaisusarja No 13, 2012. Lymfoomat

Focus Oncologiae. Syöpäsäätiön julkaisusarja No 13, 2012. Lymfoomat Focus Oncologiae Syöpäsäätiön julkaisusarja No 13, 2012 Lymfoomat Syöpäsäätiön XXXIX Symposiumi 9. 10.2.2012 Focus Oncologiae -sarjan julkaisut: Lymfoomat 2012 Aivokasvaimet 2011 Eturauhasen syöpä 2010

Lisätiedot

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi

Lisätiedot

B-solulymfoomien geenivirheiden kliininen merkitys

B-solulymfoomien geenivirheiden kliininen merkitys Annika Pasanen, Leo Meriranta ja Sirpa Leppä B-solulymfoomien geenivirheiden kliininen merkitys Lymfoomat eli imukudossyövät ovat monimuotoinen sairausryhmä. Niiden jakautuminen lukuisiin alaryhmiin on

Lisätiedot

Vallitseva periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com

Vallitseva periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com 12 Vallitseva periytyminen Muokattu allamainittujen instanssien julkaisemista vihkosista, heidän laatustandardiensa mukaan: Guy's and St Thomas' Hospital, London, United Kingdom; and the London IDEAS Genetic

Lisätiedot

Diagnostiikka. Non-Hodgkin-lymfoomat. Hoito. Follikulaarinen lymfooma. Kasvainkuorman ja levinneisyyden selvittely

Diagnostiikka. Non-Hodgkin-lymfoomat. Hoito. Follikulaarinen lymfooma. Kasvainkuorman ja levinneisyyden selvittely Lymfoomat Non-Hodgkin-lymfoomat n. 1000/v Hodgkin-lymfooma n. 120/v Noin 5 % kaikista syövistä Lymfoomien etiologia Tuntematon Immuunipuutos synnynnäiset immuunipuutostaudit elimensiirrot HIV EB-virus

Lisätiedot

Ituepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista. Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö

Ituepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista. Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö Ituepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö Ajankohtaista laboratoriorintamalla / 12.10.2011 EHEC-ITUEPIDEMIAN VAIHEITA: Vahva signaali epidemiasta

Lisätiedot

Miten uudet verenkuvan viitearvot toimivat. Pirkko Lammi 2004

Miten uudet verenkuvan viitearvot toimivat. Pirkko Lammi 2004 Miten uudet verenkuvan viitearvot toimivat Pirkko Lammi 2004 Lähtökohdat Jotta sairaus voidaan erottaa terveydestä laboratoriolääketieteen keinoin, on tiedettävä, millaisia arvoja terveet henkilöt saavat.

Lisätiedot

VASTAUS 1: Yhdistä oikein

VASTAUS 1: Yhdistä oikein KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen

Lisätiedot

PERINNÖLLISYYSLÄÄKETIEDE

PERINNÖLLISYYSLÄÄKETIEDE 2009-2011 PERINNÖLLISYYSLÄÄKETIEDE Vastuuhenkilö: Dos. Kristiina Aittomäki, HYKS Perinnöllisyyslääketieteen yksikkö, PL 140 (Haartmaninkatu 2 B), 00029 HUS, puh. (09) 471 72187, kristiina.aittomaki@hus.fi

Lisätiedot

Ajankohtaista hematologiasta: Anemian laboratoriotutkimukset. Eeva-Riitta Savolainen Osastonylilääkäri Nordlab Oulu/OYS

Ajankohtaista hematologiasta: Anemian laboratoriotutkimukset. Eeva-Riitta Savolainen Osastonylilääkäri Nordlab Oulu/OYS Ajankohtaista hematologiasta: Anemian laboratoriotutkimukset Eeva-Riitta Savolainen Osastonylilääkäri Nordlab Oulu/OYS Anemia mitä tarkoitetaan? Veren hemoglobiini tai punasoluarvot ovat pienemmät kuin

Lisätiedot

TMED5 JA DR1 VIRTSARAKON LEVYEPITEELISYÖVÄSSÄ

TMED5 JA DR1 VIRTSARAKON LEVYEPITEELISYÖVÄSSÄ TMED5 JA DR1 VIRTSARAKON LEVYEPITEELISYÖVÄSSÄ Sini Tulisalmi syventävien opintojen kirjallinen työ Tampereen yliopisto Lääketieteen laitos Eturauhassyövän tutkimusryhmä 03/2013 TIIVISTELMÄ Tampereen yliopisto

Lisätiedot

Ennen verensiirtoa tehtävät tutkimukset miksi veret viipyvät?

Ennen verensiirtoa tehtävät tutkimukset miksi veret viipyvät? Ennen verensiirtoa tehtävät tutkimukset miksi veret viipyvät? 16.3.2016 Anu Korhonen www.veripalvelu.fi Veriryhmät punasolun pintarakenne periytyvä löydetty siihen tarttuvan vasta-aineen perusteella veriryhmäjärjestelmät

Lisätiedot

Uudet tutkimusmenetelmät rintadiagnostiikassa

Uudet tutkimusmenetelmät rintadiagnostiikassa Uudet tutkimusmenetelmät rintadiagnostiikassa Mammografiapäivät 25-26.5.09 Tampere-Talo ayl Anna-Leena Lääperi TAYS, Kuvantamiskeskus, Radiologia Uusia menetelmiä ja mahdollisuuksia rintadiagnostiikassa

Lisätiedot

Nivelreuman serologiset testit: mitä ne kertovat? LT, apulaisylilääkäri Anna-Maija Haapala TAYS Laboratoriokeskus

Nivelreuman serologiset testit: mitä ne kertovat? LT, apulaisylilääkäri Anna-Maija Haapala TAYS Laboratoriokeskus Nivelreuman serologiset testit: mitä ne kertovat? LT, apulaisylilääkäri Anna-Maija Haapala TAYS Laboratoriokeskus Sisältö 1. Nivelreuma: etiologia, esiintyvyys, diagnostiikka 2. Nivelreuman serologiset

Lisätiedot