Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa Labquality Days 5.2.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks mikrobiologia ja genetiikka VSSHP Tyks-Sapa-liikelaitos
Uusia tuulia kl. mikrobiologiassa MALDI-TOF bakteerien tunnistamisessa Bakteeriviljelyjen osittainen korvautuminen muilla tutkimuksilla virtsan partikkelilaskenta osana virtsaviljelyä uusi bakteeriripulidiagnostiikka Helpot ja nopeat PCR-testit Yksittäiset testit on-demand Testipaneelit
MALDI-TOF MS Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry Proteiinisormenjälki
Tunnistus perustuu spektriin Tietokannassa ~5000 bakteeri- ja sienispektriä Tutkittavan kannan spektriä verrataan tietokantaan ja saadaan pisteet eli score (log 0-3) score <1.7 Ei luotettavaa tunnistusta 1.7-2.0 Tunnistus sukutasolle >2 Tunnistus lajitasolle
Mitä MALDI-TOF on muuttanut? Bakteereille nimi n. 1 vrk aiemmin kuin ennen anaerobeilla muutos jopa >3 vrk Sama tunnistusmenetelmä sopii lähes kaikille bakteereille Erilaisten tunnistustestien määrä vähentynyt Ei tarvita ennakkoarvausta Saadaan paljon nimiä, joita ei ennen olisi saatu Kun tiedetään nimet heti, voidaan jatkotutkimukset ja herkkyysmääritykset suunnata paremmin
Dia marraskuulta 2012
Esimerkkinä veriviljely + Gram-värjäys Identifikaatio Herkkyydet Uudet mahdollisuudet
Veriviljely + Gram-värjäys Identifikaatio Herkkyydet ID Maldilla 3-4 h maljakasvatuksen jälkeen Uusi Bactec (päivystyslaboratoriossa, 24/7 täyttö) Puolella potilaista ensimmäinen veriviljelypullo hälyttää 12 h inkuboinnin jälkeen
MALDI-TOF varhaisesta kasvusta Bakteeri n Laji Suku Yht. (%) E. coli 82 80 1 81 (99%) Muut enterobakteerit 21 21 0 21 (100%) P. aeruginosa 4 3 0 3 (75%) S. aureus 39 30 5 35 (90%) Koag.negat. staf. 35 15 5 20 (57%) Β-hemol streptokokit 25 24 1 25 (100%) enterokokit 9 4 1 5 (55%) Gramnegatiiviset yht Grampositiiviset yht 111 126 106 77 2 14 108 (97%) 91 (72%) ECCMID 2014 P495, HUSLAB, ISLAB, Tykslab
Partikkelilaskijan käyttö virtsatieinfektiodiagnostiikassa Uusissa malleissa (UF 500i tai 1000i) on paranneltu bakteerikanava verrattuna aikaisempiin malleihin Ihanteellisesta olisi, jos voitaisiin nopeasti varmistaa VTI Jos VTI voidaan luotettavasti poissulkea, voidaan vähentää turhien viljelyjen määrää
Virtsaviljelyt
Seulonta bakteerija leukosyyttimäärän mukaan ryhmittäin (N,M,L) Sarkkinen ym. SLL 2012
Oma aineisto (2011) 1123 potilasta, joista 640 naisia 416 miehiä 67 lapsia (<16v) Viljelypositiivisia 163 (14,5%) (N 117, M 37, L 9) Viljelynegatiivisia 847 (75,4%) (N 443, M 356, L 48) Sekakasvuja yms. 113 (10,1%) (N 81, M 23, L 10)
Seulonta bakt + leuk yhdistelmällä Ptryhmä Naiset Miehet Aikuiset Rajaarvot Bakt 200 Leuk 11 Bakt 75 Leuk 37 Bakt 40 Leuk 17 Herkkyys 95.7 % 91.9 % 94.8 % Tarkkuus 62.5 % 87.4 % 76.3 % NPV 98.4 % 99.0 % 98.5 % PPV 43.7 % 43.0 % 43.6 % VN* 0.78% 0.72 % 0.76 % Seul. neg 52 % 77 % 62 % *Laboratorio vastannut merkittävänä pidettyä kasvua. Oireinen infektio oli vain 2-3:lla 8:sta vääräksi negatiiviseksi luokitellusta.
Virtsaviljelyn tulkinnasta Tulkinta riippuu Kasvavasta bakteerista/bakteereista Näytteenottotavasta (plv, katetri, punktio ) Rakkoajasta Laboratoriosta ja lukijasta Bakteerilöydös ilman oireita EI ole vti Partikkelilaskennassa raja-arvot vs. liikkuva maali
Virtsaviljely Tykslabissa nyt Ohituskaista U-BaktEVi (erikoisviljely) Lapset Hematologia Muut leukosyyttipuutteiset? U-BaktVi 2 partikkelilaskijaa Tyks, TKS näytteet N. 50% seulontanegatiivisia (vastaus heti) Viljellyistä n. puolet kasvaa; +sekakasvut Samat löydökset kuin 2012
Antibioottiripulin diagnostiikka F-CldiVi Korvannut F- BaktVi2:n Kasvavan kannan toksiinintuotto varmistetaan PCR:llä F-CldiTx Suora toksiinin osoitus ulosteesta epäherkkä (<70%) Korvattava GDH + varmistus toksiinintuotosta PCR l. toksiinigeenin osoitus suoraan ulosteesta
GDH Cdiff seulontatestinä Soluseinäantigeeni, jota esiintyy sekä toksiinia tuottavissa että ei-tuottavissa kannoissa (ja C. sordelliissa) Herkkyys >>90% Ribotyyppi 002 voi olla ongelma (Suomessa 6%) Testattu 257 näytettä GDH vs 2-3 PCR-testiä Toksiinigeenipositiivisia oli yht. 73 GDH löysi 71 (97%). Missatut negatiivisia myös yhdellä PCR:llä, muilla myöhäinen Ct (siis heikkoja positiivisia) Toinen viljelynegatiivinen, toinen ei viljelty GDH-positiivisista 90% on toksiinigeenipositiivisia
Tykslabin uusi C. difficile -seulonta Seulonta negat GDH Vidaksella - + Seulonta negat PCR - + Seulonta posit Vastaus Positiivinen Negatiivinen Tulkinta Näytteessä on C. difficile, jonka kyky tuottaa toksiinia on varmistettu PCR:llä Näytteessä ei todeta C. difficilen antigeenia tai Näytteessä on C. difficilen antigeeni, mutta kanta ei tuota toksiinia
GenXpert C. difficile toksiini-pcr BD Max Genomera Markkinoilla helppoja PCR-testejä Kohde toksiini B:tä koodaava geeni Näyte vorteksoidaan puskuriin, laite hoitaa loput Tulos 1-2 tunnissa Herkkyys > viljelyllä (kliinisesti?) Samoilla laitteilla esim. influenssaa, norovirusta, MRSA, klamydia Mahdollistavat nopeat PCR-tutkimukset keskussairaalassa/jopa päivystysaikana
Cldi seulonta vs. viljely (tx+) Seulonta pos Seulonta neg Yht Viljely pos, tx pos 155 16 171 Viljely neg 28 999 1027 1198 Seulonta (GDH+ toxb-pcr) os:lla 938 F-CldiVi os:lla 906, eristetyistä kannoista toksiini-pcr (toxa, toxb, säätelygeenin deleetio) Seulonnan herkkyys 91%, spesifisyys 97% 7/16 missatussa GDH pos /toxb-pcr neg GDH:n herkkyys 95%
Helpot PCR-laitteet jatkuu Xpert -kasetti GeneXpert -laite
GeneXpert
Testivalikoima MRSA kannan varmistaminen veriviljelypullot, joissa värj stafylokokkia suoraan näytteestä tietyin varauksin VRE kannan varmistaminen Carba kannan varmistaminen Str. agalactiae vaginanäytteestä synnyttäjältä Enterovirus Likvorista Influenssavirukset A / A H1N1 / B C. difficile toksiini Tox B / binaaritx / 027 Mtb/rif
Laajat paneelit päivystyksenä? Hematologisten potilaiden respiratoriset infektiot Tehopotilaiden illalla hälyttävät veriviljelyt Meningiitit/enkefaliitit
Yhteenveto Mikrobiologiseen diagnostiikkaan on jo saatu ja tulossa uutta teknologiaa, joiden avulla vastauksia voidaan nopeuttaa Usein kallista, hyödyn arviointi Hyödyntäminen voi vaatia työtapojen ja työnjaon uudistamista Mikrobiologian laboratorio ja sen aukioloajat Muutenkin päivystävä laboratorio Vieritestaus
KIITOKSET