Uutta pikadiagnostiikkaan

Transkriptio

1 Uutta pikadiagnostiikkaan Joanna Peltola Sairaalamikrobiologi NordLab Rovaniemi Käsitteitä Perinteiset mikrobiologiset menetelmät Viljely Biokemiallinen tunnistus Kiekkoherkkyysmääritys Pikatestit Immunografiset pikatestit (antigeeni vastaainetestit) Uudet pikamenetelmät Nukleiinihappoperusteiset menetelmät MALDI -TOF 2 1

2 Viljelymenetelmä 3 Biokemiallinen bakteerien tunnistaminen 4 2

3 Kiekkoherkkyysmääritys 5 Automatisoitu herkkyysmääritys VITEK2 6 3

4 Immunokromatografinen pikatesti Vastaainetesti Antigeeniainetesti 7 Uutta pikadiagnostiikkaa on kaupallisesti tarjolla, mutta sen käyttöönotto on hidasta Pikadiagnostiikka on laboratorion näkökulmasta kallista Esimerkkejä uudesta pikadiagnostiikasta GeneXpert FilmArray Eazyplex Novodiag BDMax Amplidiag PNA-FISH MALDI TOF jne. 8 4

5 Nukleiinihappoperusteiset -menetelmät Yksittäinen DNA jakso (esim. geeni) monistetaan polymeraasi entsyymien toimesta Monistettu geeni havaitaan (geelielektroforeesi, fluoresoivat värit, sulamiskäyränalyysi jne.) Nukleiinihappoperusteisen menetelmän vaiheet: DNA eristys DNA puhdistus Käänteiskopiointi (jos monistetaan RNA:ta) PCR (voi olla useampiakin) tai isoterminen monistaminen Lopputuotteen analyysi 9 GeneXpert (Cepheid) 300 µl näyte 1-2 h ajoaika 10 5

6 GeneXpert testit (Cepheid) NordLab Rovaniemellä käytössä olevat: Influenssa RSV kombi testi Norovirus testi MTB testi (sisältää rifampisiini geenin detektion) GBS testi (B ryhmän betahemolyyttinen streptokokki) Muita saatavilla olevia: Clostridium difficile testi Enterovirus testi HPV testi Klamydia / GC -testi Trichomonas testi MRSA testi Resistenssigeenitestit (vana, vanb, karpapenemaasit) 11 Abacus (Genomera) 12 6

7 Abacus testit (Genomera) NordLab Rovaniemellä käytössä olevat: Cl. difficile S. aureus + meca -> MRSA:n osoitus Muita: GBS (B ryhmän betahemolyyttinen streptokokki) Streptococcus pneumoniae (veriviljelypositiivinen) 13 FilmArray 14 7

8 Näytteen analysointi 15 Näytteen analysointi 200 µl näytettä 1 tunnin ajoaika 16 8

9 Meningitis / encephalitis panel Bakteerit: N. meningitidis, S. pneumoniae, S. agalactiae, L. monocytogenes, H. influenzae, E. coli K1 Hiiva: Cryptococcus neoformans Virukset: HSV1, HSV2, HHV6, VZV, CMV, enterovirus, human parechovirus Blood culture identification panel L. monocytogenes, S. aureus, Str. agalactiae, Str. pyogenes, Str. pneumoniae, A. baumannii, H. influenzae, N. meningitidis, P. aeruginosa, Enterobacteriaceae (Kl. pneumoniae, Kl. oxytoca, E. coli, Proteus, S. marcescens, E, cloaceae complex), C. albicans, C. glabrata, C. krusei, C. parapsilosis, C.tropicalis + antibioottiresistenssigeenejä (meca, vana/b, KPC) Gastrointestinal panel Bakteerit: kampylobakteerit, C. difficile, P. shigelloides, Salmonella, Y. enterocolitica, Vibrio, E. coli / Shigella Parasiitit: Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, E. histolytica, G. lamblia Virukset: Adeno- (F 40/41), astro-, noro- (GI/GII), rota-, sapovirus Respiratory panel Bakteerit: B. pertussis, C. pneumoniae, M. pneumoniae Virukset: Adeno-, korona- (HKU1, NL63, 229E, OC43), metapneumo-, rino- / entero-, influenssa- (A, A/H1, A/H1-2009, A/H3), parainfluenssa- (1-4), RS -virus 17 FilmArray Nopea menetelmä (1 tunti ajoaikaa) Pieni näytemäärä (200 µl) Samalla ajolla saadaan tutkittua monta mikrobia (mm. lasten näytteissä näytemäärä yleensä pieni) Erittäin helppo tehdä (pieni kontaminaatioriski) Herkkyys vaihtelee mikrobista riippuen (ab hoito alentaa herkkyyttä) 18 9

10 MALDI TOF (Matrix assisted laser desorption / ionization time of light mass spectrometer) Tutkittavaa mikrobia (bakteeria / hiivaa) sekoitetaan matriisiin Seos pipetoidaan levylle, joka viedään laitteen sisään Matriisi absorboi laser valon ja se höyrystyy yhdessä näytteen kanssa Matriisi-mikrobiseos ionisoituu (saa elektronisen varauksen) Sähkökentät ohjaavat varautuneet proteiinit putkeen, jossa niiden lentomatka analysoidaan -> massaspektri Mikrobien massaspektriä verrataan laitteen tietokannassa olevan kirjaston massaspektreihin -> mikrobien tunnistus 19 MALDI-TOF 20 10

11 21 Yhteenveto Perinteiset viljelymenetelmät ovat hitaita Perinteinen viljely - > 1-3 vrk (tubit 2-3 viikkoa) PCR -> 1-2 h MALDI-TOF -> 20 min Käsittelyaika pikamenetelmissä huomattavasti lyhyempi kuin perinteisellä viljelyllä Viljelyä tarvitaan edelleen herkkyysmäärityksiä varten 22 11

12 Kiitos 12