Kohdennettu MRSA-seulonta ja B- streptokokin osoittaminen geenitekniikan keinoin

Transkriptio

1 Geenitekniikan rooli tämän päivän päivystysluontoisessa diagnostiikassa: Kohdennettu MRSA-seulonta ja B- streptokokin osoittaminen geenitekniikan keinoin Labqualitypäivät 2013 Kaisu Rantakokko-Jalava LT, kliinisen mikrobiologian el ja dos

2 Introduction Few branches of biological sciences remained unchanged after the invention of PCR in the mid-1980 s It was now possible to detect the presence of microbes in hours by amplifying representative fragments of their nucleic acids. Discussion 6.2. Clinical value of PCR and other NAA tests So far, NAAs have had little impact on the treatment of patients with bacterial or fungal infections Because of the need for several separate work steps, they have not been faster than culture in the detection of readily growing bacteria If the tests were simple enough to be done in hospital laboratories on a 24-h basis, relevant information for decisions considering need for hospitalization and initiation of antimicrobial treatment could be obtained in a timely manner.

3 Molekyylibiologiaa infektioiden pikadiagnostiikkaan Tulevaisuuden päivystystutkimuksia? Kaisu Rantakokko-Jalava TYKSLAB kliininen mikrobiologia

4 So far the practical clinical usefulness of molecular methods has constantly lagged behind their promise ASM News 2001

5 Synnyttäjien S. agalactiae seulonta GeneXpert -laitteistolla Kaisu Rantakokko-Jalava maaliskuu 2010

6 Paikallismaantiedettä

7 Paikallismaantiedettä Synnäri Päiv.labra 8/12 Päiv.labra

8 GeneXpert Xpert -kasetti GeneXpert -laite

9 GeneXpert

10 Streptococcus agalactiae alias beetahemolyyttinen streptokokki, ryhmä B (GBS) kuuluu vaginan ja alemman suoliston normaalimikrobistoon vaginassa kantaa 5-40% naisista, Suomessa n. 20% synnyttäjistä

11 Vastasyntyneen GBS-infektiot varhaisinfektio (early onset) 6 vrk syntymästä yleensä jo 20 tunnin kuluessa sepsis, pneumonia, meningiitti tartunta synnytyskanavasta myöhäisinfektio (late onset) 1-12 viikon iässä, keskimäärin 6 vk tartuntalähde ympäristöstä

12 Tartunta synnytysteistä Synnytysteistään kolonisoituneen äidin lapsista 50-60% kolonisoituu B-streptokokilla Noin 1%:lla kolonisoituneista vastasyntyneistä riski saada invasiivinen infektio Riski ennenaikainen synnytys: äidiltä saatujen suojaavien vasta-aineiden määrä pieni äidin runsas kolonisaatio Pitkä väli (>18 h) lapsiveden menosta synnytykseen Äidin kuume synnytyksen aikana

13 Vastasyntyneiden taudin ehkäisy (USA) CDC guidelines 1996 Seulonta- tai riskipohjainen ab-profylaksi 2002 kaikkien äitien seulonta h35-37 vagina ja rektum rikastusviljely Suomessa esiintyvyys 0.76/1000 elävänä syntynyttä. Seulonta- ja ab-profylaksiakäytännöt vaihtelevat.

14 CDC:n testiohjeet Ei GBS-testausta, jos GBS virtsassa nyk. raskauden aikana ( 10 4 ) aiemmalla lapsella GBS-infektio Kaikilta muilta seulonta h35-37 ja positiivisille abprofylaksi alatiesynnytyksen yhteydessä Rikastusviljely, näyte vaginasta ja rektumista Rikasteesta voidaan tehdä perinteinen viljely + tunnistustestit, antigeeninosoitus tai PCR Suora PCR sallittu, jos seulontatulos ei tiedossa/ei tehty synnytys käynnissä ei riskitekijöitä, joiden perusteella antibioottiprofylaksia indisoitu CDC päivitetyt ohjeet, 2010

15 Kenelle profylaksia annetaan synnytyksessä? kaikille, joilla Str. agalact. + (näyte otettu tässä raskaudessa ja mielellään > H35) kun lapsivedenmenosta > 18 h eikä Str.agalact. vastaus ole tiedossa ennenaikaisesti synnyttäville (< H34), joilla agalact.-vastaus ei ole tiedossa mikäli aikaisemmalla lapsella ollut Str. agalact.-infektio vastasyntyneenä mikäli äidillä nykyraskauden aikana ollut Str. agalact. aiheuttama virtsatietulehdus/bakteruria mikäli äidillä synnytyksen aikana lämpöä > 38 o C toistetusti Ulla Ekblad/TYKS naistenklinikka

16 Evaluaatio (2010) Synnytyssalin pyytämät GBSnäytteet Rikastusviljely Stragal (6-)12h + B-antigeenin osoitus Xpert GBS 938/930 24h/7 Maaliskuu 2010 Tarv. viljely, jos ristiriitaa

17 Tulokset 141 näytettä molemmilla positiivisia 103 molemmilla negatiivisia Ristiriitaisia 8 näytteellä 2 Xpert-, ag +, vilj+ (= Xpert väärä negatiivinen) 3 Xpert-, ag+, vilj (=epäspesifinen tai väärin tulkittu agglutinaatio) 1 Xpert+, ag-, vilj+ (=ag-osoitus väärä negatiivinen) 1 xpert+, ag ei tulosta, vilj+ (=ag ei tulosta, näyte positiivinen) 1 xpert +, ag-, vilj (=väärä xpert pos, tai pieni määrä nonhemolyyttistä S. agalactiaeta) 1 Xpert error; uus neg, ag neg 1 Xpert invalid; uus neg, ag neg Xpert herkk 31/33 (94%); spes 98% (1 väärä pos, 1 negat ei tulosta) Ag herkk 31/33 (94%, 1 pos ei tulosta!), spes 105/108 (97%) Maaliskuu 2010

18 StrB kantajuus vaihtelee 968 naista, joille Viljely h35-37 (ilman rikastusta!) Synnytyksen aikana PCR ja rikastusviljely Tulokset h35-37 viikon viljelyssä positiivisista 60% oli positiivisia synnytyshetkellä Synnytyshetkellä positiivisista 47% oli positiivisia h35-37 viljelyssä Samanaikaisesti otettuun rikastusviljelyyn verrattuna PCR:n herkkyys oli 98.5% ja spesifisyys 99.5% 10%:lle synnyttäjistä ei saatu PCR-tulosta El Helali et al. CID 2009:49 (1 August)

19 Päivystyslaboratorion tekemän StrBNhO:n vastausviiveet 2010 Lkm <1 h 1-2 h 2-4 h 4-8 h 8-12 h h

20 Synnytyssalin pyytämät StrB-tutkimukset StrBNhO StrAg ka StrBNhO 90 (x/11 75 ), StrBAg 15 Synnytyksiä yhteensä noin 420/kk

21 Xpert GBS-pilotti synnytyssalissa 12/2012 1/2013 Firman kokeilulaite pikkuvälikössä yhdessä Astrup (HEtase) -laitteen kanssa Tehtiin 37 testiä, noin 20 kätilöä suoritti Vertailu Laboratorion PCR-testiin (vahingossa) 2 molemmilla pos, 5 molemmilla neg, 1 synn neg / lab ei tulosta Samanaikaisesti otettuun rikastusviljelyyn 22 PCR neg / r-viljely neg 2 PCR pos / r-viljely pos 2 PCR neg / r-viljely pos 1 PCR pos / r-viljely neg 1 PCR ei tulosta / r-viljely neg 1 PCR neg / r-viljely ei vastausta (?) Synnäri valmistelee oman laitteen hankintaa

22 TYKSLAB: Pika-MRSA Saatavilla arkipäivisin tarvittaessa MRSA-altistuneet potilaat Erityisesti teho ja traumatologia käyttävät Näytteet nenä, nielu, kainalo/nivunen, perineum mahdolliset haavat, kanyylit, katetroidulta virtsa Kukin tikku tutkitaan erikseen Aina lisäksi MRSA-rikastusviljelyt x2, mutta eristys voidaan purkaa negatiivisen PCRtuloksen perusteella 8/ /2012 tehty 573 näytettä

23 GenXpert MRSA/SA Nasal PCR-kohteet 1 meca 2 SCCmec S.aureus liitos 3 spa (Staf. prot. A) SCC kohde varmistaa, että S. aureus ja meca signaalit tulevat samasta bakteerista (vs. MSSA + KNS) SCCmec kaseteissa ja liitoskohdassa paljon vaihtelua

24 Pika-MRSA-testin tausta GenXpert hankittiin MRSA-kantojen varmistukseen 2009 Pelkällä scc-testillä vääriä positiivisia ja vääriä negatiivisia MRSA Nasal testi tuli markkinoille 2009 Kannasta tehtynä meca pos ja spa pos = MRSA Tutkittiin laajasti PFGE- tai spa-tyypitettyjä kantoja 5/92 kannalla SCC neg (spa t002, t172, t688, t1642) 6/92 kannalla SCC kynnyssykli >35 (spa t002, t688, t5755) Kannasta tehtynä kynnyssyklit lähellä toisiaan Yhtä kantaa lukuunottamatta [spa-mec ] 1 (ka 0.28, SD 0.43) 81/92 kannalla ka (SD) [spa-scc ] 1.80 (0.60)

25

26 Xpert MRSA Nasal suoraan näytteestä Koneen tulkinta MRSA positiivinen MRSA negatiivinen, SA positiivinen MRSA negatiivinen, SA negatiivinen Kynnyssyklit spa+, mec+, scc+ Kaikki noin 2(-3) syklin sisällä spa+, mec+, scc spa ja mec kynnyssyklien erotus 2 spa+, mec+, scc spa ja mec kynnyssyklien erotus >2 ei vaikutusta Vastataan MRSA positiivinen vastataan +/- ja kommentti: PCRtutkimuksella ei voi poissulkea MRSA:a. Viljelytulos ratkaisee. MRSA negatiivinen

27

28 Harmaan alueen tulos Ero 1 sykli

29 Pika-MRSAn suorituskyky 307 näytettä / 67 potilasta ( v loppuun) 1 MRSA-positiivinen 11/66 (17%) potilaalla ainakin yhdessä näytteessä [spa-mec ] 2*; kaikki viljelynegatiivisia 55/66 (83%) MRSA-kantajuus voitiin poissulkea 4-paikkaisella laitteella onnistuu <4h mblabrassakin. Päivystyskäyttö harkinnassa. *14 kantajan viljelypositiivisissa näytteissä maksimierotus oli 1.4

30 Genomera MRSA Screen Abacus Diagnostica Vain meca ja S. aureus -spesifiset kohteet Kaikki (meca-) kannat tunnistuvat 3 tikkua yhteen eswab-putkeen Pieni esikäsittely lastuun 50 min 14 kantajan joukosta kaikki 12 jostain näytteestä viljelypositiivista potilasta löytyivät, viimeistään yksittäin tutkituista haavanäytteistä (1 puuli oli neg) Väärien hälytysten määrä negatiivisessa materiaalissa, eli poissulkukyky?

31 Yhteenveto Markkinoilla on vihdoin PCR-testejä, jotka sopivat myös päivystyskäyttöön, jopa hoitoyksiköissä Vaikutus hoitoratkaisuihin tai resurssien käyttöön Influenssa, Li-enterovirus, C. difficile, noro Labran kannalta malaria Esteinä HINTA, erikoisalarajat, paikallinen työnjako ja maantiede