MALDI-TOF MS menetelmä. Uuden laitteen myötä tarkka bakteeridiagnoosi nopeasti

Koko: px
Aloita esitys sivulta:

Download "MALDI-TOF MS menetelmä. Uuden laitteen myötä tarkka bakteeridiagnoosi nopeasti"

Transkriptio

1 MALDI-TOF MS menetelmä Uuden laitteen myötä tarkka bakteeridiagnoosi nopeasti Erikoistutkija Tarttuvien tautien erikoiseläinlääkäri Eläintautibakteriologian tutkimusyksikkö Helsingin laboratoriojaosto Evira

2 Esityksen sisältö MALDI-TOF MS -laitteen toimintaperiaate ja käyttö Laitteen toimintaperiaate Bakteerin tunnistus käytännössä Menetelmän edut Menetelmän rajoitukset ja kriittiset tekijät Eviran kokemuksia menetelmän käytöstä kalatautibakteereiden tunnistuksessa Hyvin tunnistuvat kalabakteerit Huonommin tunnistuvat kalabakteerit

3 MALDI-TOF MS Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry l. Matriisiavusteinen laserdesorptio/ionisaatio-lentoaika massaspektrometria

4 Laitteen toimintaperiaate Mittaa bakteerin hyvin konservoitunutta ja runsasta pääasiassa ribosomaalista proteiinia (proteomia) Analysoi minkä painoisia (=massa) proteiinimolekyylejä ja kuinka paljon niitä bakteerissa on (=intensiteetti) massavälillä Da (~m/z)

5 Laitteen toimintaperiaate 1. Laite laskee eripainoisten proteiinimolekyylien määristä > massaspektrin ( sormenjälki ) 2. Laite vertaa saatua kannan massaspektriä laitteen kirjastossa (tietokannassa) oleviin bakteerikantojen spektreihin 3. Laite listaa 10 parasta tunnistusosumaa tulosarvoilla l. scoreilla 0 3.0

6 Tulosarvojen (0 3.0) luotettavuus Tulosarvo : hyvin todennäköinen lajitunnistus Tulosarvo : varma sukutunnistus, todennäköinen lajitunnistus Tulosarvo : todennäköinen sukutunnistus Tulosarvo : epäluotettava tunnistus (not reliable id) No peaks 0 (ei spektriä, näytteessä vika, yl. liian paksu levitys näytepaikkaan tai joku muu virhe)

7 Bakteerikannan tunnistus käytännössä Näytteen käsittely: 1. Bakteerimassaa pesäkkeestä sellaisenaan levitetään näytelevylle ja päälle lisätään matriisia (apuainetta) Matriisi: kyllästetty alfa-syano-4-hydroksikanelihappo Tai (harvemmin): 2. Pikauutto: näytelevylle levitetyn bakteerimassan päälle pipetoidaan 70% muurahaishappoa ja päälle lisätään matriisia 3. Uutto: bakteerimassasta erotetaan proteiini uuttamalla, uutetta pipetoidaan näytelevylle ja päälle lisätään matriisia

8 Tunnistus suoraan bakteeripesäkkeestä Hammastikulla otetaan bakteerimassaa pesäkkeestä (+ tätä ennen viljellään puhdasviljelmä samasta pesäkkeestä)

9 Näyte levitetään näytelevylle Näyte levitetään teräksisen 96-paikkaisen näytelevyn 2 näytepaikkaan (spottiin)

10 Matriisin lisäys Näytteen päälle lisätään 1 ul matriisia

11 Näytelevy viedään laitteen sisään

12 :

13 Ajon kulku Ajo seurattavissa näytöllä on-line: laite laskee näytteen molekyylien lentoajoista ja määristä summaspektrin ja hakee ja listaa osumat

14 Massaspektri (x = massa, y= intensiteetti)

15 Neljän eri bakteerilajin spektrit suurennos massavälillä Da (m/z)

16 Yhden näytteen tulos (Hafnia alvei)

17 Menetelmän edut Nopeus ja suuri kapasiteetti Tunnistus onnistuu yleensä suoraan yhdestä primaari l. ensiviljelmän bakteeripesäkkeestä eikä muita tunnistustestejä tarvita Yhden kannan näytelevylle laitto, kirjaus laitteen ohjelmaan ja ajo (yleensä kaksi näytepaikkaa/kanta) kestää muutamia minuutteja Kapasiteetti jopa n. 500 kantaa/työpäivä Yksinkertainen suorittaa Yl. riittää suora bakteerimassan levitys hammastikulla näytelevylle Pikauutto näytelevyllä helppo ja nopea, uutto n. 15 min

18 Menetelmän edut Kirjastoa voi itse täydentää (Brukerin laite) Edullisuus Yhden näytteen (2 näytepaikkaa) ajon kuluttamat tarvikkeet ja reagessit 80 snt, uutto n. 15 snt / näyte Laite n huoltosopimus Vähentää jatkoviljelmiä, niistä tehtäviä muita tunnistustestejä, elatusaineita ja työtä Huolto Melko toimintavarma Muutama huolto-säätötoimenpide mahdollista tehdä itse Etähuolto toiminut hyvin

19 Rajoitukset ja kriittiset tekijät Tunnistaa vain kirjastossa olevia bakteerikantoja Laitevalmistajan kirjastossa nyt n eri lajia, 5627 eri kantaa (päivityksiä tulee ajoittain) Jos kirjastossa on vain yksi ko. lajin kanta edustettuna > tunnistusvarmuus heikompi kuin jos kirjastossa on useita eri kantoja ko. lajia (kantavaihtelu lajin sisällä) Tunnistusvarmuus yleensä paranee, kun viety itse eristetty paikallinen kanta kirjastoon Kirjastoon saa viedä vain luotettavasti varmennettuja kantoja (ATCC, DSM, NCTC, sekvensoidut, PCRtunnistetut ) TUVI kokous

20 Rajoitukset ja kriittiset tekijät Tiettyjen bakteerisukujen lajien spektrit hyvin lähellä toisiaan > lajitunnistus epävarma, menevät sekaisin Alalajien erottaminen ei yleensä onnistu > tarvitaan muita lisätestejä erottamiseen On hyvä edelleen tuntea eri bakteerisukujen ja lajien pesäkkeiden ulkonäköä, jotta voi kriittisesti arvioida hyvänkin osuman ja tulosarvon luotettavuutta Jotkut toistensa lähellä olevat suvut ja lajit voivat tunnistua ristiin ja joskus harvoin saadaan myös täysin virheellisiä hyviä tuloksia TUVI kokous

21 Rajoitukset ja kriittiset tekijät Näytteen pitää olla ehdottomasti puhdas ja (yleensä) tuore bakteerimassa - kanta tai miel. 1 pesäke Sopivanpaksuisen bakteerimassan levitys näytelevylle kriittinen tekijä! erilaiset pesäkekonsistenssit kädenjälki vaikuttaa

22 MALDI-TOF MS -kokemuksia kalabakteereiden tunnistuksessa

23 Laite ollut käytössä Evirassa tammikuusta 2014 alkaen (Bruker Biotyper MALDI-TOF MS laite) Tutkittu mm. Eviran kantakokoelmaan pakastettuja bakteerikantoja, ml. kalabakteerikantoja (tyyppikantoja ja omia eristyksiä) sekä 2014 alusta alkaen on-line näytteeksi tulleista eläimistä ml. kaloista eristettyjä bakteerikantoja Laitteen omassa kirjastossa on valmiiksi monia kaloille tauteja aiheuttavia bakteerilajeja: Yersinia ruckeri, Hafnia alvei, Vibrio anguillarum, monia muita vibriolajeja, ASS, Carnobacterium maltaromaticum (ent. piscicola), Iodobacterium fluviatilis, Edwardsiella tarda, Aeromonas hydrophila, A, caviae, A. sobria, Shewanella, Plesiomonas ym.

24 Laitteen omasta kirjastosta puuttuu kaloille tauteja aiheuttavia tärkeitä bakteerilajeja: Renibacterium salmoninarum, Flavobacterium psychrophilum, F. columnare ja Pseudomonas anguilliseptica > Olemme lisänneet kirjastoon itse em.: - Renibacterium salmoninarum - Flavobacterium psycrophilum - Flavobacterium columnare - Pseudomonas anguilliseptica (sekvensoitu itse eristetty kanta)

25 Kalabakteereiden spektrejä Renibacterium salmoninarum, Yersinia ruckeri, Flavobacterium psychrophilum, Pseudomonas anguilliseptica, Edwardsiella tarda

26 Kalabakteerit ovat yl. hidaskasvuisia kasvua kasvualustalle ilmaantuu 2-7 päivässä, renibakteerin kasvu jopa 6(-12) viikkoa >Perinteisiä biokemiallisia tunnistustestejä käytettäessä tarvittavan puhtaan ja riittävän bakteerimassan kasvatus jatkoviljelmässä vie aikaa > bakteriologinen tutkimustulos valmistuu n. 1-2 vk:ssa (flavot ja varsinkin renibakteeri pidempään) > Maldi-tof -tunnistus nopeuttaa huomattavasti tutkimusta, kun voidaan useimmiten tehdä jo ensiviljelmän yksittäisestä pesäkkeestä

27 Maldi-tofilla hyvin tunnistuvia kalabakteerilajeja Renibacterium salmoninarum tunnistuu erittäin hyvin ( score 2,25) ilman uuttoa primaariviljelmästä, heti kun kasvua (10 pv us. vk), mutta myös jopa 3-4 viikon ikäisestä kasvusta Flavobacterium psychrophilum tunnistuu hyvin ( 2.0) suoraan 3-7 pv ikäisen primaariviljemän pesäkkeestä kannattaisi viedä kirjastoon paikallinen kanta > tunnistusvarmuus/tulosarvo paranisi Flavobacterium columnare? Tunnistuu todennäköisesti hyvin (SVA) vähän testattu Evirassa Agariin tarttuva hankala pesäke, vaikea saada sopivaa tasaista massaa näytelevylle edes uuttamalla

28 Hyvin tunnistuvia kalabakteerilajeja Yersinia ruckeri (enterobakteeri) Tunnistuu erittäin hyvin suoraan ( 2,3) (1-)2 pv ikäisen primaari(ensi)viljelmän pesäkkeestä Ei erota biotyyppejä 1 ja 2 > lisäksi liikkuvuus, SW-malja (Tween 80 hydrolyysi) > biotyyppi (+ 2 pv) - Hafnia alvei (enterobakteeri) Tunnistuu erittäin hyvin suoraan pesäkkeestä ( 2,3) (1-)2 pv ikäisen primaariviljelmästä (Y. ruckerin diffinä tärkeä erottaa) Edwardsiella tarda (enterobakteeri) Tunnistuu erittäin hyvin ( 2.3) suoraan (1-)2 pv ikäisen primaariviljelmän pesäkkeestä

29 Hyvin tunnistuvia kalabakteerilajeja Vibrio anguillarum Tunnistuu hyvin ( 2,3) suoraan (1-)2 pv ikäisen primaariviljelmän pesäkkeestä. Pieni varaus vielä muiden vibrioiden suhteen (sekoittuvatko lajit), vähän ehditty vertailla Evirassa. (Kaikki tutkitut V.a tulleet V.a toistaiseksi) Pseudomonas anguilliseptica tunnistuu erittäin hyvin suoraan ( 2,3), 3-7 päivän ikäisen primaariviljelmän pesäkkeestä suht. hidaskasvuinen ja biokemiallisesti reagoi huonosti > vaikea tunnistaa biokem. testeillä

30 Ongelmalliset Aeromonas salmonicida ssp salmonicida ASS ASA (epätyypillinen AS) puuttuu kirjastosta A. salmonicidat sekoittuvat keskenään ja ainakin Aeromonas bestiarumin kanssa (spektrit hyvin lähellä toisiaan) Aeromonas hydrophila, sobria, caviae Sekoittuvat ja joskus jopa A. salmonicidan kanssa (kanta antanut joskus hyvän tulosarvon A. salmonicida!) Pesäkkeet kuitenkin tunnistettavan erilaisia! > Aeromonakset tunnistuvat hyvin sukutasolle, ehkä lajitasolle osittain. Ei alalajitasolle.

31 Kalabakteerit, joita testattu vähän Muut vibriot kuin anguillarum? vähän testattu Evirassa Iodobacterium sp. (lahnoilla ym.) laitteen kirjastossa yksi kanta: I. fluviatilis? Vähän kantoja testattu: Eviran eristykset I. fluviatilis > 1.7 (=sukutasolle) Carnobacterium maltaromaticum (ent. piscicola) Laitteen kirjastossa yksi kanta? Kokeiltu vähän Evirassa (vähän kantoja kokoelmassa), saattaa mennä sekaisin Lactobacillus-suvun lajien kanssa

32 >> Kannoille, jotka eivät tunnistu luotettavasti, on tehtävä edelleen perinteisiä biokemiallisia ja molekyylibiologisia tunnistustestejä (PCR).

33 YHTEENVETO MALDI-TOF MS on mullistavan nopea, helppo, halpa ja luotettava useimpien (kala)bakteerilajien tunnistusmenetelmä (kunhan muistaa menetelmän rajoitukset!)

34 KIITOS!

Kalojen lääkitykset. Antibiootit. Loiskäsittelyt. Anestesia. Hormonihoidot. Rokotteet

Kalojen lääkitykset. Antibiootit. Loiskäsittelyt. Anestesia. Hormonihoidot. Rokotteet Kalojen lääkitykset Antibiootit Loiskäsittelyt Anestesia Hormonihoidot Rokotteet 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 Antibioottien käyttö

Lisätiedot

Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen.

Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen. Vastuuhenkilö Hakkinen Marjaana Sivu/sivut 1 / 8 Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat NMKL 119:2007, muunnos. (kampylobakteeririkastusliemi

Lisätiedot

Kuolioinen suolistotulehdus kalkkunoilla -projektin kuulumisia. Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki

Kuolioinen suolistotulehdus kalkkunoilla -projektin kuulumisia. Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki Kuolioinen suolistotulehdus kalkkunoilla -projektin kuulumisia Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki Tutkimuksen tarkoitus on ymmärtää paremmin kuolioisen suolistotulehduksen syntyä

Lisätiedot

Kalataudit vuonna 2014

Kalataudit vuonna 2014 Kalataudit vuonna 214 Perttu Koski Elintarviketurvallisuusvirasto Evira Kalaterveyspäivä 26.3.215 Tampere Pintavesien lämpötila satelliittitulkinnan perusteella Jaakon heittäessä kylmän kiven veteen (25.7.214)

Lisätiedot

Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa

Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa Labquality Days 5.2.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks mikrobiologia ja genetiikka VSSHP Tyks-Sapa-liikelaitos Uusia tuulia kl. mikrobiologiassa MALDI-TOF bakteerien

Lisätiedot

Phoenix Automated Microbiology System. Terhi Miikkulainen-Lahti HUSLAB

Phoenix Automated Microbiology System. Terhi Miikkulainen-Lahti HUSLAB Phoenix Automated Microbiology System Terhi Miikkulainen-Lahti HUSLAB 03.11.2009 Phoenix AP Phoenix automaatti BDXpert system Kuva: BD Phoenix AP Phoenix AP laimentaa näytteen (0,5 tai 0,25 McF) Valmistaa

Lisätiedot

MALDI-TOF massaspektrometria mikrobitunnistuksessa:

MALDI-TOF massaspektrometria mikrobitunnistuksessa: MALDI-TOF massaspektrometria mikrobitunnistuksessa: oikotie parempaan asumisterveysdiagnostiikkaan? Anna-Mari Pessi ¹, Santeri Kankaanpää ¹, Inka Harju ², Erkki Eerola ², Annika Saarto ¹, Antti Hakanen²

Lisätiedot

Miten MALDI-TOF MS -menetelmä on muuttanut diagnostiikkaa ja tunnistusta?

Miten MALDI-TOF MS -menetelmä on muuttanut diagnostiikkaa ja tunnistusta? Miten MALDI-TOF MS -menetelmä on muuttanut diagnostiikkaa ja tunnistusta? Risto Vuento Fimlab mikrobiologia 1 Sidonnaisuudet kahden viimeisen vuoden ajalta LKT, dosentti, kl. mikrobiologian erikoislääkäri,

Lisätiedot

Bakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella:

Bakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella: Bakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella: ja b) värjäytyvyyden perusteella: 1) Gram-positiiviset Soluseinän ulkokalvo värjäytyy 2) Gram negatiiviset Soluseinän ulkokalvo jää värjäytymättä Laborointi

Lisätiedot

VITEK2 -käyttökokemuksia

VITEK2 -käyttökokemuksia VITEK2 -käyttökokemuksia Päijät-Hämeen keskussairaala Lähtötilanne Miten työvoimaresurssi riittää laboratoriossa? Onko käsityönä tehtävä massatutkimus = virtsaviljely automatisoitavissa? Voidaanko elatuskeittiön

Lisätiedot

Ohje laboratorioille mikrobikantojen ja positiivisten näytteiden lähettämisestä tutkittaessa ilmoitettavia eläintauteja

Ohje laboratorioille mikrobikantojen ja positiivisten näytteiden lähettämisestä tutkittaessa ilmoitettavia eläintauteja Vastuuhenkilö Sinikka Pelkonen Sivu/sivut 1 / 5 Ohje laboratorioille mikrobikantojen ja positiivisten näytteiden lähettämisestä tutkittaessa 1 Kantojen ja näytteiden lähettämiseen velvoittava lainsäädäntö

Lisätiedot

Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä

Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä Vastuuhenkilö Suvi Nykäsenoja, Sivu/sivut 1 / 8 Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat Performance Standards for Antimicrobial Disk and

Lisätiedot

Yersinia pseudotuberculosis bakteerin osoittaminen

Yersinia pseudotuberculosis bakteerin osoittaminen Vastuuhenkilö Saija Hallanvuo Sivu/sivut 1 / 8 Yersinia pseudotuberculosis bakteerin osoittaminen 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat Bacteriological Analytical Manual Online, 2001. USDA, Center for Food

Lisätiedot

Sairauden oireet viljelykaloilla. ELL Pia Vennerström Erikoistutkija Tuotanto- ja villieläintutkimusyksikkö Evira, Helsinki

Sairauden oireet viljelykaloilla. ELL Pia Vennerström Erikoistutkija Tuotanto- ja villieläintutkimusyksikkö Evira, Helsinki Sairauden oireet viljelykaloilla ELL Pia Vennerström Erikoistutkija Tuotanto- ja villieläintutkimusyksikkö Evira, Helsinki Aamupäivä Yleistä kalatautien esiintymisestä ja leviämisestä Terve/Sairas kala

Lisätiedot

Käänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin?

Käänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin? Käänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin? 26.3.2015 Kalaterveyspäivät, Tampere Krister Sundell Akvaattisen patobiologian laboratorio Åbo Akademi Flavobacterium psychrophilum Aiheuttaa

Lisätiedot

Kalatautikatsaus vuodelle 2016

Kalatautikatsaus vuodelle 2016 Kalaterveyspäivä 23.3. 2017 Kalatautikatsaus vuodelle 2016 Anna Maria Eriksson-Kallio DVM, M Aq Med Kalatautieläinlääkäri, tutkija Laboratoriopalvelut Eläintautibakteriologian ja patologian yksikkö Villi-

Lisätiedot

Ulosteen bakteeriviljely 1 (F-BaktVi1) Markku Koskela, OYS, mikrobiologia Eveliina Tarkka, Huslab, bakteriologia

Ulosteen bakteeriviljely 1 (F-BaktVi1) Markku Koskela, OYS, mikrobiologia Eveliina Tarkka, Huslab, bakteriologia Ulosteen bakteeriviljely 1 (F-BaktVi1) Markku Koskela, OYS, mikrobiologia Eveliina Tarkka, Huslab, bakteriologia 250909 Tässä kuvakoosteessa on esitetty F-BaktVi1:n normaaleita ja patologisia maljaviljelynäkymiä

Lisätiedot

Patogeenisten Vibrio suvun bakteerien osoittaminen elintarvikkeista

Patogeenisten Vibrio suvun bakteerien osoittaminen elintarvikkeista Vastuuhenkilö Hakkinen Marjaana Sivu/sivut 1 / 5 Patogeenisten Vibrio suvun bakteerien osoittaminen elintarvikkeista 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat NMKL 156:1997, muunnos 1) Menetelmä ei sisällä kvantitatiivista

Lisätiedot

Flavobakteerien taltuttaminen bakteerinsyöjillä - uusi mahdollinen vaihtoehto?

Flavobakteerien taltuttaminen bakteerinsyöjillä - uusi mahdollinen vaihtoehto? Flavobakteerien taltuttaminen bakteerinsyöjillä - uusi mahdollinen vaihtoehto? Krister Sundell & Tom Wiklund Akvaattisen patobiologian laboratorio Åbo Akademi Åbo Akademi Domkyrkotorget 3 20500 Åbo 03-04-2018

Lisätiedot

Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriosta

Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriosta Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriosta Kysely vertailututkimustuloksista 2015 Tuula Pirhonen Tutkimus ja laboratorio osasto Kyselylomake 2015 Paranneltu excel, joka tehtiin Eviran laboratoriorekisterissä

Lisätiedot

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa Listerian, Salmonellan ja kampylobakteerien tunnistus elintarvikkeista ja rehuista 29.11.2012 Eva Fredriksson-Lidsle Listeria monocytogenes Salmonella (spp) Campylobacter

Lisätiedot

1) Siipikarjanlihaa tutkittaessa esirikastusliemen määrä on 1000 ml:n sijasta 225 ml.

1) Siipikarjanlihaa tutkittaessa esirikastusliemen määrä on 1000 ml:n sijasta 225 ml. Vastuuhenkilö T. Johansson Sivu/sivut 1 / 12 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat NMKL 71:1999 (Puskuroitu 1 % peptonivesi / steriloitu tislattu vesi + briljanttivihreä / kuorittu maito - ravintoliemi / puskuroitu

Lisätiedot

Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriotoiminnasta Standardisointiasiat

Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriotoiminnasta Standardisointiasiat Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriotoiminnasta Standardisointiasiat Tuula Pirhonen Tutkimus- ja laboratorio-osasto Evira Standardisointi- ja menetelmäorganisaatiot ISO - kansainvälinen CEN - eurooppalainen

Lisätiedot

Hengityssuojainten käyttäjäkokemuksia Evirassa

Hengityssuojainten käyttäjäkokemuksia Evirassa Hengityssuojainten käyttäjäkokemuksia Evirassa Erikoistutkija, Tarttuvien eläintautien erikoiseläinlääkäri Eläintautibakteriologian ja patologian tutkimusyksikkö Eläintautibakteriologia Helsingin laboratoriojaosto

Lisätiedot

MALDI-TOF MS -menetelmän soveltuvuus eläinlääketieteellisesti merkittävien Pasteurellaceae-heimon

MALDI-TOF MS -menetelmän soveltuvuus eläinlääketieteellisesti merkittävien Pasteurellaceae-heimon Ella Koskinen MALDI-TOF MS -menetelmän soveltuvuus eläinlääketieteellisesti merkittävien Pasteurellaceae-heimon bakteerien tunnistuksessa Metropolia Ammattikorkeakoulu Insinööri (AMK) Bio- ja elintarviketekniikka

Lisätiedot

Mittausepävarmuuden laskeminen ISO mukaisesti. Esimerkki: Campylobacter

Mittausepävarmuuden laskeminen ISO mukaisesti. Esimerkki: Campylobacter Mittausepävarmuuden laskeminen ISO 19036 mukaisesti. Esimerkki: Campylobacter Marjaana Hakkinen Erikoistutkija, Elintarvike- ja rehumikrobiologia Mikrobiologisten tutkimusten mittausepävarmuus 18.3.2019

Lisätiedot

Ajankohtaista referenssilaboratoriosta. Marjaana Hakkinen Evira, Elintarvike- ja rehumikrobiologian laboratoriojaosto

Ajankohtaista referenssilaboratoriosta. Marjaana Hakkinen Evira, Elintarvike- ja rehumikrobiologian laboratoriojaosto Ajankohtaista referenssilaboratoriosta Marjaana Hakkinen Evira, Elintarvike- ja rehumikrobiologian laboratoriojaosto Ajankohtaiset asiat Suositeltavien menetelmien luettelo ja standardien uudet versiot

Lisätiedot

Mikrobilääkeresistenssin seuranta Suomessa ja tilanne muuhun Eurooppaan nähden

Mikrobilääkeresistenssin seuranta Suomessa ja tilanne muuhun Eurooppaan nähden Mikrobilääkeresistenssin seuranta Suomessa ja tilanne muuhun Eurooppaan nähden Suvi Nykäsenoja Erikoistutkija Antibioottijaosto, Mikrobiologian tutkimusyksikkö, Laboratoriopalveluiden tutkimusosasto Ajankohtaista

Lisätiedot

Bakteeriperäisen turistiripulin diagnostiikka nukleiinihaponosoitusmenetelmillä

Bakteeriperäisen turistiripulin diagnostiikka nukleiinihaponosoitusmenetelmillä Bakteeriperäisen turistiripulin diagnostiikka nukleiinihaponosoitusmenetelmillä Sointu Mero HUSLAB 5.2.2015 Labquality Days Luennon sisältöä: matkailutaustaa ulosteen bakteeriviljely nukleiinihaponosoitusmenetelmät

Lisätiedot

Tornionjoen lohikuolemat 2014-15: kuinka selvittää ja torjua samankaltaista tulevina vuosina? Perttu Koski, Tornio 4.11.2015

Tornionjoen lohikuolemat 2014-15: kuinka selvittää ja torjua samankaltaista tulevina vuosina? Perttu Koski, Tornio 4.11.2015 Tornionjoen lohikuolemat 2014-15: kuinka selvittää ja torjua samankaltaista tulevina vuosina? Perttu Koski, Tornio 4.11.2015 Vuosina 2014-2015 on Tornionjoella kuollut epänormaalin paljon merilohiemoja

Lisätiedot

Vetyperoksididekontaminaatiokokemuksia Evirassa Bioquell Z laitteistolla

Vetyperoksididekontaminaatiokokemuksia Evirassa Bioquell Z laitteistolla Vetyperoksididekontaminaatiokokemuksia Evirassa Bioquell Z laitteistolla Mikko Virta 7.11.2018 Bioquell Z laitteisto Laitteisto hankittiin Eviraan 2010. Käyttötarkoitus Evirassa DKkerroksen turvalaboratorioiden

Lisätiedot

Menestyminen ulkoisessa laadunarvioinnissa Miten meillä ja muualla? Eveliina Tarkka HUSLAB Bakteriologia Labqualitypäivät

Menestyminen ulkoisessa laadunarvioinnissa Miten meillä ja muualla? Eveliina Tarkka HUSLAB Bakteriologia Labqualitypäivät Menestyminen ulkoisessa laadunarvioinnissa Miten meillä ja muualla? Eveliina Tarkka HUSLAB Bakteriologia Labqualitypäivät 5.2.2009 Suomi muu maailma Vertailu UK Neqasin laadunarviointitulosten perusteella

Lisätiedot

Miten tulkitsen mikrobiologisia laboratoriovastauksia?

Miten tulkitsen mikrobiologisia laboratoriovastauksia? Miten tulkitsen mikrobiologisia laboratoriovastauksia? 08.11.2017 Sisätautimeeting Kerttu Saha, sairaalamikrobiologi Seinäjoen keskussairaala, Kliininen mikrobiologia Mikrobiologiset tutkimukset - Etsitään

Lisätiedot

Utaretulehdusta aiheuttavien mikrobien eristäminen ja tunnistaminen

Utaretulehdusta aiheuttavien mikrobien eristäminen ja tunnistaminen Sivu/sivut 1 / 6 1 Menetelmä T. Honkanen-Buzalski and E. Seuna: Isolation and identification of pathogens from milk. Teoksessa The bovine udder and mastitis, 1995, 121-141. Muunnos. 2 Poikkeamat viitemenetelmästä

Lisätiedot

Kalojen siirtoihin liittyvien tautiriskien hallinta Hanna Kuukka-Anttila

Kalojen siirtoihin liittyvien tautiriskien hallinta Hanna Kuukka-Anttila Kalojen siirtoihin liittyvien tautiriskien hallinta Hanna Kuukka-Anttila Eläinten terveyden ja lääkitsemisen yksikkö 28.3.2019 Lakisääteiset säännöt (Suomen sisäiset siirrot) Merialue vs. sisävesialue

Lisätiedot

Yersinioiden laboratoriodiagnostiikka: viljely ja fenotyypitys

Yersinioiden laboratoriodiagnostiikka: viljely ja fenotyypitys Yersinioiden laboratoriodiagnostiikka: viljely ja fenotyypitys Suolistobakteerilaboratorio Bakteeri- ja tulehdustautien osasto Kansanterveyslaitos Yersinioosit ja kotimaiset salmonelloosit Ilmoitetut tapaukset

Lisätiedot

Alere i. Molecular. In minutes. PAINA TÄTÄ NIIN NÄET SEURAAVAN SIVUN

Alere i. Molecular. In minutes. PAINA TÄTÄ NIIN NÄET SEURAAVAN SIVUN Alere i Molecular. In minutes. PAINA TÄTÄ NIIN NÄET N SIVUN Alere i yhdistää nopeuden ja tarkkuuden hyödyt. Enää ei tarvitse tehdä kompromisseja potilaiden testauksessa ja kliinisessä päätöksenteossa.

Lisätiedot

Kliinisesti merkittävien bakteerien jaottelua

Kliinisesti merkittävien bakteerien jaottelua Johdanto kliinisesti merkittäviin bakteereihin Miksi kliininen bakteriologia on tärkeää? Bakteerien luokittelusta Bakteeri-infektiot Patogeeni Tartunnanlähde Ennaltaehkäisy Bakteriologista diagnostiikkaa

Lisätiedot

Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka.

Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka. Vastuuhenkilö Marjaana Hakkinen, Sivu/sivut 1 / 6 Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 7937:2004 (SC 37 C /

Lisätiedot

UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA

UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA LIITU-päivä 4.5.2006 FT Helena Rintala Kansanterveyslaitos, Ympäristöterveyden osasto Mihin sisäympäristön mikrobien mittauksia tarvitaan? Rakennusten

Lisätiedot

Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa

Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa 27.01.2005 1 (6) Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa Kun kunnallinen viranomainen saa tiedon epäillystä elintarvike- tai talousvesiepidemiasta, kunnan ruokamyrkytysten

Lisätiedot

Olli Meurman Labquality-päivät

Olli Meurman Labquality-päivät Olli Meurman Labquality-päivät 8.2.2007 Värimaljoja virtsaviljelyyn Chromagar Orientation (BD) CPS ID3 (biomérieux) Uriselect 4 (Bio-Rad Laboratories) Chromogenic UTI Medium (Oxoid) Harlequin CLED (Lab

Lisätiedot

Kokemuksia kromogeenisten maljojen käytöstä sienilaboratoriossa. Pirkko Koukila-Kähkölä Mykologian yksikkö

Kokemuksia kromogeenisten maljojen käytöstä sienilaboratoriossa. Pirkko Koukila-Kähkölä Mykologian yksikkö Kokemuksia kromogeenisten maljojen käytöstä sienilaboratoriossa Pirkko Koukila-Kähkölä Mykologian yksikkö HUSLAB:n Candida -lajit / 2004 ja 2005 Candida albicans 5497 / (2156 mykologia) Candida glabrata

Lisätiedot

Mikrobiologisten menetelmien uudistukset vuonna 2017

Mikrobiologisten menetelmien uudistukset vuonna 2017 Mikrobiologisten menetelmien uudistukset vuonna 2017 Ajankohtaista laboratoriorintamalla 3.10.2017 Helsinki, Evira Saija Hallanvuo Erikoistutkija Mikrobiologian tutkimusyksikkö, Evira Taustaa: Mikrobiologisten

Lisätiedot

Koagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka.

Koagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka. Vastuuhenkilöt Hakola Satu, Sivu/sivut 1 / 5 Koagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 6888-1:1999,/ Amd 1:2003, muunnos. (Baird-Parker

Lisätiedot

M I K P I N T A S I V E L Y N Ä Y T T E E T. Jokivarren koulu Sorvatie 16 Vantaa Hanke 5271

M I K P I N T A S I V E L Y N Ä Y T T E E T. Jokivarren koulu Sorvatie 16 Vantaa Hanke 5271 Kiratek Oy Irmeli Heikkinen, puh. 0207 401 008 07.03.2011 M I K 2 4 2 6 MIKROBITUTKIMUS P I N T A S I V E L Y N Ä Y T T E E T Jokivarren koulu Sorvatie 16 Vantaa Hanke 5271 2 (5) Kiratek Oy Jyrki Pulkki

Lisätiedot

Uutta pikadiagnostiikkaan

Uutta pikadiagnostiikkaan Uutta pikadiagnostiikkaan Joanna Peltola Sairaalamikrobiologi NordLab Rovaniemi Käsitteitä Perinteiset mikrobiologiset menetelmät Viljely Biokemiallinen tunnistus Kiekkoherkkyysmääritys Pikatestit Immunografiset

Lisätiedot

Nekroottinen enteriitti kalkkunoilla

Nekroottinen enteriitti kalkkunoilla Nekroottinen enteriitti kalkkunoilla Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki Kuva: Sirkka Karikko Nekroottinen enteriitti Nekroottinen enteriitti on Clostridium perfringens bakteerin

Lisätiedot

Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä

Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä Vastuuhenkilö Suvi Nykäsenoja, Sivu/sivut 1 / 9 Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Disk

Lisätiedot

1.1 Rypsin ja rapsin muut kuin hybridit, muut kuin rehukäyttöön tarkoitetut lajikkeet vähintään - perussiemen 99.9 % - sertifioitu siemen 99.

1.1 Rypsin ja rapsin muut kuin hybridit, muut kuin rehukäyttöön tarkoitetut lajikkeet vähintään - perussiemen 99.9 % - sertifioitu siemen 99. LIITE SIEMENTAVARAN LAATUVAATIMUKSET PERUSSIEMEN JA SERTIFIOITU SIEMEN 1. AITOUS Siementen tulee olla riittävän lajiketunnistettavia ja puhtaita. 1.1 Rypsin ja rapsin muut kuin hybridit, muut kuin rehukäyttöön

Lisätiedot

Laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavat bakteerit ja MRSA - Uudet ilmoitettavat eläintaudit

Laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavat bakteerit ja MRSA - Uudet ilmoitettavat eläintaudit Laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavat bakteerit ja MRSA - Uudet ilmoitettavat eläintaudit Erikoistutkija Suvi Nykäsenoja Jaostopäällikkö Antibioottijaosto Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö

Lisätiedot

Kokogenomisekvensointi (WGS)

Kokogenomisekvensointi (WGS) Kokogenomisekvensointi (WGS) - Esimerkkinä tuberkuloosi FT, Dos., johtava asiantuntija Hanna Soini Terveysturvallisuusosasto 14.11.2017 WGS - Hanna Soini 1 Sidonnaisuudet Hanna Soini Johtava asiantuntija,

Lisätiedot

Campylobacter jejuni/coli/lari- bakteerien osoittaminen siipikarjan umpisuolinäytteistä.

Campylobacter jejuni/coli/lari- bakteerien osoittaminen siipikarjan umpisuolinäytteistä. Vastuuhenkilö Marjaana Hakkinen Sivu/sivut 1 / 6 Campylobacter jejuni/coli/lari- bakteerien osoittaminen siipikarjan umpisuolinäytteistä. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 10272-1:2017 (Näytteiden

Lisätiedot

ANVIA ONLINE BACKUP ASENNUSOPAS 1(7) ANVIA ONLINE BACKUP ASENNUSOPAS 1.0

ANVIA ONLINE BACKUP ASENNUSOPAS 1(7) ANVIA ONLINE BACKUP ASENNUSOPAS 1.0 1(7) ANVIA ONLINE BACKUP Asioita, jotka tulee huomioida ennen asennusta! Koska palvelu sisältää myös sharing-ominaisuuden, on asiakas itse vastuussa millaisia tiedostoja palvelimelle varmuuskopioi ja kenelle

Lisätiedot

Salmonella. Osoittaminen eläinten elin- ja ulostenäytteistä, tuotantoympäristönäytteistä ja elintarvikkeista MSRVmenetelmällä.

Salmonella. Osoittaminen eläinten elin- ja ulostenäytteistä, tuotantoympäristönäytteistä ja elintarvikkeista MSRVmenetelmällä. Vastuuhenkilö Henry Kuronen Sivu/sivut 1 / 10 Salmonella. Osoittaminen eläinten elin- ja ulostenäytteistä, tuotantoympäristönäytteistä ja elintarvikkeista MSRVmenetelmällä. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat

Lisätiedot

www.bosch-professional.fi

www.bosch-professional.fi Laadun takeena Bosch! Maailman ensimmäinen lattiapintalaser UUTUUS! Lattiapintalaser GSL 2 Professional Lopultakin voidaan tarkistaa lattioiden, kuten tasoitettujen tai valettujen betonilattioiden, epätasaisuudet

Lisätiedot

THL:n laboratoriopohjainen seuranta ja kantakokoelmaan lähetettävät bakteerikannat,

THL:n laboratoriopohjainen seuranta ja kantakokoelmaan lähetettävät bakteerikannat, THL:n laboratoriopohjainen seuranta ja kantakokoelmaan lähetettävät bakteerikannat, 1.1.2015 Bakteeri Lähetysperuste Tyypitys THL:ssa ja vastauskäytäntö Minne lähetetään Metisilliiniresistentti Staphylococcus

Lisätiedot

Streptococcus equi ssp. zooepidemicus -bakteerin osoittaminen ja tunnistaminen

Streptococcus equi ssp. zooepidemicus -bakteerin osoittaminen ja tunnistaminen Vastuuhenkilö Hakkinen Marjaana Sivu/sivut 1 / 5 Streptococcus equi ssp. zooepidemicus -bakteerin osoittaminen ja tunnistaminen 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat Balter, S. et al. 2000 Nuppunen, M. 2006

Lisätiedot

Bioturvakoulutus Kalaterveyspäivä

Bioturvakoulutus Kalaterveyspäivä Bioturvakoulutus Kalaterveyspäivä 28.3. 2019 Anna Maria Eriksson-Kallio Kalaterveyspäivä 28.3.2019 Erikoistutkija Eläintautibakteriologian ja -patologian tutkimusyksikkö, Villi- ja vesieläinpatologian

Lisätiedot

Faban korvamerkit. tammikuu 2012 Hannu Myllymäki / Jalostusneuvojat

Faban korvamerkit. tammikuu 2012 Hannu Myllymäki / Jalostusneuvojat Faban korvamerkit tammikuu 2012 Hannu Myllymäki / Jalostusneuvojat FabaPutiikki tarjoaa erikoistuotteita eläinten merkintään, lisääntymiseen ja hoitoon Faban myynnissä olevat viralliset nautojen korvamerkit

Lisätiedot

Elatusaineiden laadunvarmistus esimerkki tulkinnasta ISOstandardimenetelmässä

Elatusaineiden laadunvarmistus esimerkki tulkinnasta ISOstandardimenetelmässä Elatusaineiden laadunvarmistus esimerkki tulkinnasta ISOstandardimenetelmässä Ajankohtaista laboratoriorintamalla 3.10.2017 Helsinki, Evira Saija Hallanvuo Erikoistutkija Mikrobiologian tutkimusyksikkö,

Lisätiedot

Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari

Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpuiden vaivat Metsäpuiden eloa ja terveyttä uhkaavat monet taudinaiheuttajat: Bioottiset taudinaiheuttajat

Lisätiedot

Kalataudit vuonna 2017

Kalataudit vuonna 2017 Kalataudit vuonna 2017 Perttu Koski Elintarviketurvallisuusvirasto Evira Kalaterveyspäivä 22.3.2015 Helsinki Vuonna 2017 valmistetun ja maahan tuodun antibioottirehun käyttömäärä tuotettua ruokakalakiloa

Lisätiedot

LC-MS JA MASSASPEKTROMETRIAN MONET KÄYTTÖTARKOITUKSET KLIINISESSÄ KEMIASSA

LC-MS JA MASSASPEKTROMETRIAN MONET KÄYTTÖTARKOITUKSET KLIINISESSÄ KEMIASSA LC-MS JA MASSASPEKTROMETRIAN MONET KÄYTTÖTARKOITUKSET KLIINISESSÄ KEMIASSA Outi Itkonen Sairaalakemisti, dos. HUSLAB 11.2.2016 O. Itkonen 1 LC-MS LC: nestekromatografia näytteen komponenttien erottaminen

Lisätiedot

VERIRYHMÄT JA VERIRYHMÄVASTA-AINEET

VERIRYHMÄT JA VERIRYHMÄVASTA-AINEET VERIRYHMÄT JA VERIRYHMÄVASTA-AINEET Raskaudenaikaiset veriryhmäimmunisaatiot 2018 Kati Sulin Biokemisti 12.4.2018 Sisältö Veriryhmät ABO Rh-veriryhmäjärjestelmä Sikiön veriryhmämääritykset äidin verinäytteestä

Lisätiedot

Aloittelevan kunnallispoliitikon tunnustukset

Aloittelevan kunnallispoliitikon tunnustukset Aloittelevan kunnallispoliitikon tunnustukset Jyrki J.J. Kasvi (toisinto vuonna 1997 tehdyistä kalvoista) Ekaa kertaa pappia kyydissä Mikä Espoo, missä Espoo Myyttien ja tosiasioiden erottaminen Miten

Lisätiedot

MRSA-kantojen seulonta rikastusten ja selektiivisen kiinteän kasvatusalustan avulla

MRSA-kantojen seulonta rikastusten ja selektiivisen kiinteän kasvatusalustan avulla Vastuuhenkilö Nykäsenoja Suvi Sivu/sivut 1 / 6 MRSA-kantojen seulonta rikastusten ja selektiivisen kiinteän kasvatusalustan avulla 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat Euroopan yhteisön referenssilaboratorion

Lisätiedot

VERTAILULABORATORIOTOIMINTA

VERTAILULABORATORIOTOIMINTA VERTAILULABORATORIOTOIMINTA MIKROBILÄÄKEHERKKYYDEN TESTAAMINEN Liite 3. Testattavat mikrobilääkkeet Staphylococcus sp. ß-laktamaasitesti* G-penisilliini amoksisilliinikl. happo kefalotiini 2 oksasilliini**:

Lisätiedot

LIITE 5: VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEITA VALMISTAVA ELINTARVIKEHUONEISTO, KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN MAAHANTUOJAT

LIITE 5: VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEITA VALMISTAVA ELINTARVIKEHUONEISTO, KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN MAAHANTUOJAT OMAVALVONNAN NÄYTTEENOTTOTIHEYDET KASVISTUOTTEITA VALMISTAVASSA ELINTARVIKEHUONEISTOSSA LIITE 5 VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEET, KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN MAAHANTUONTI (6) LIITE 5: VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEITA

Lisätiedot

sulfatiatsoli meripihkahappoanhydridi eli dihydro-2,5- furaanidioni etanoli (EtaxA, 99 %)

sulfatiatsoli meripihkahappoanhydridi eli dihydro-2,5- furaanidioni etanoli (EtaxA, 99 %) ANTIBIOOTTISYNTEESI TAUSTAA Olet kesätöissä lääketehtaalla. Lääkefirman kemistit ovat kehittäneet antibiootin, sulfiatsolin, joka estää bakteerien foolihapon synteesiä. Foolihappoa tarvitaan esimerkiksi

Lisätiedot

Massaspektrometria ja kliiniset proteiinibiomarkkerit

Massaspektrometria ja kliiniset proteiinibiomarkkerit Massaspektrometria ja kliiniset proteiinibiomarkkerit 1 Leena Valmu FT, Dosentti, R&D Manager The world leader in serving science MS ja kliiniset proteiinibiomarkkerit Biomarkkereiden massaspektrometria

Lisätiedot

1) Jatkotutkimuksiin on lisätty serotyypitys sekä virulenssigeenien osoitus PCRmenetelmillä.

1) Jatkotutkimuksiin on lisätty serotyypitys sekä virulenssigeenien osoitus PCRmenetelmillä. Vastuuhenkilö Saija Hallanvuo Sivu/sivut 1 / 11 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO/DIS 10273:2015 (Suoraviljely CIN agar 30 C/24 h. Rikastus ITC-liemessä 25 C/2 vrk, KOH-käsittelyn jälkeen ja ilman

Lisätiedot

Mikrobilääkeresistenssin esiintyminen sianlihan tuotantoketjussa

Mikrobilääkeresistenssin esiintyminen sianlihan tuotantoketjussa Mikrobilääkeresistenssin esiintyminen sianlihan tuotantoketjussa Suvi Nykäsenoja erikoistutkija antibioottijaosto, mikrobiologian yksikkö Mikrobilääkeresistenssin hallinta ja ehkäisy sianlihan tuotantoketjussa

Lisätiedot

1. ELÄINLÄÄKKEEN NIMI. ALPHA JECT 3000 Injektioneste, emulsio merilohelle 2. LAADULLINEN JA MÄÄRÄLLINEN KOOSTUMUS

1. ELÄINLÄÄKKEEN NIMI. ALPHA JECT 3000 Injektioneste, emulsio merilohelle 2. LAADULLINEN JA MÄÄRÄLLINEN KOOSTUMUS 1. ELÄINLÄÄKKEEN NIMI ALPHA JECT 3000 Injektioneste, emulsio merilohelle 2. LAADULLINEN JA MÄÄRÄLLINEN KOOSTUMUS Vaikuttavat aineet: 1 annos (0.1 ml) sisältää: Formaliinilla inaktivoituja bakteerikantoja:

Lisätiedot

1) Jatkotutkimuksiin on lisätty serotyypitys sekä virulenssigeenien osoitus PCRmenetelmillä.

1) Jatkotutkimuksiin on lisätty serotyypitys sekä virulenssigeenien osoitus PCRmenetelmillä. Vastuuhenkilö Saija Hallanvuo Sivu/sivut 1 / 11 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat EN ISO 10273:2017 (Suoraviljely CIN agar 30 C/24 h. Rikastus ITC-liemessä 25 C/2 vrk, KOH-käsittelyn jälkeen ja ilman KOH-käsittelyä

Lisätiedot

Mikrobiologisten tulosten laskeminen

Mikrobiologisten tulosten laskeminen Vastuuhenkilö Tuula Johansson Sivu/sivut 1 / 6 1 Pesäkkeiden laskeminen maljoilta 1.1 Yleistä Pesäkkeitä laskettaessa tarvittaessa apuna käytetään suurennuslasilla varustettua pesäkelaskijaa. Siihen kuuluu

Lisätiedot

Materiaalinäytteiden qpcr-tulosten tulkinnasta

Materiaalinäytteiden qpcr-tulosten tulkinnasta Materiaalinäytteiden qpcr-tulosten tulkinnasta Helena Rintala ja Teija Meklin Sisäilmastoseminaari 13.3.2014 Taustaa qpcr (kvantitatiivinen PCR) on nopea menetelmä mikrobien toteamiseen Käytetty paljon

Lisätiedot

Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa

Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa Maria Valkonen, Kaisa Jalkanen, Martin Täubel, Anne Hyvärinen 31.3.2014 Sisäilmastoseminaari 2014 1 Tausta Asumisterveysoppaan mukaiset sisäympäristön

Lisätiedot

Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka.

Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka. Vastuuhenkilö Marjaana Hakkinen, Sivu/sivut 1 / 7 Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 7937:2004 (SC 37 C /

Lisätiedot

Liuottimien analytiikka. MUTKU-päivät 2016, 16.3.2016 Jarno Kalpala, ALS Finland Oy

Liuottimien analytiikka. MUTKU-päivät 2016, 16.3.2016 Jarno Kalpala, ALS Finland Oy Liuottimien analytiikka MUTKU-päivät 2016, 16.3.2016 Jarno Kalpala, ALS Finland Oy RIG H T S O L U T I O N S R IGH T PA RT N ER Sisältö Terminologia Näytteenoton ja analysoinnin suurimmat riskit ja niiden

Lisätiedot

Vaatimusmääritelystä UML:n avulla

Vaatimusmääritelystä UML:n avulla Vaatimusmääritelystä UML:n avulla Mitä käyttötapauskaaviolla voi kuvata? Mitkä ovat sen keskeiset elementit? Miten laaditaan käyttötapauskaavio? Miksi laaditaan kirjallisia kuvauksia? Miksi käyttötapaukset

Lisätiedot

Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa

Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa Vastuuhenkilö Tuula Johansson Sivu/sivut 1 / 12 Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa 1 Yleistä Ohje on tarkoitettu laboratorioille ja elintarvikevalvontaviranomaisille.

Lisätiedot

VESIMIKROBIOLOGIA Ajankohtaista laboratoriorintamalla Workshop yhteenveto 13.10.2010 1

VESIMIKROBIOLOGIA Ajankohtaista laboratoriorintamalla Workshop yhteenveto 13.10.2010 1 VESIMIKROBIOLOGIA Ajankohtaista laboratoriorintamalla Workshop yhteenveto 13.10.2010 1 Talousveden turvallisuus Ulosteperäisen saastumisen lähteet: -Jätevesi (putkirikot, purkuvesistöihin) -Eläinten ulosteet

Lisätiedot

Entsyymit ja niiden tuotanto. Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä

Entsyymit ja niiden tuotanto. Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä Entsyymit ja niiden tuotanto Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä Mitä ovat entsyymit? Entsyymit ovat proteiineja (eli valkuaisaineita), jotka vauhdittavat (katalysoivat) kemiallisia

Lisätiedot

Tieteellisen kirjoittamisen kurssi, kevät Teemu Kerola. Referaatti. Valitse tutkielman aihepiiriin sopiva artikkeli

Tieteellisen kirjoittamisen kurssi, kevät Teemu Kerola. Referaatti. Valitse tutkielman aihepiiriin sopiva artikkeli Teemu Kerola Tieteellisen kirjoittamisen kurssi Ryhmä 4, kevät 2010 http://www.cs.helsinki.fi/u/arytkone/tiki/sisalto.html Referaatti Aine, tutkielma Kypsyysnäyte Esitelmä Arvostelu Kirjoittaminen 1 Referaatti

Lisätiedot

ILMASTOINTI Texa Konfort 780R Bi-Gas

ILMASTOINTI Texa Konfort 780R Bi-Gas 32 220 9865 Texa Konfort 780R Bi Gas on täysautomaattinen ilmastointijärjestelmän huoltolaite sekä R134a että R1234yf kaasuille. Laitteessa on kaksi erillistä järjestelmää samoissa kuorissa. Koko huoltotapahtuma

Lisätiedot

Luonnossa menestyvät istukkaat Kalatautien haitallisuuden vähentäminen

Luonnossa menestyvät istukkaat Kalatautien haitallisuuden vähentäminen Luonnossa menestyvät istukkaat Kalatautien haitallisuuden vähentäminen - Luonnonvarakeskus Anssi Karvonen - Jyväskylän yliopisto Evira, kalanviljely-yritykset (Voimalohi Oy, Montan Lohi Oy, Savon taimen

Lisätiedot

Kokogenomisekvensointi elintarvikevälitteisten tautibakteerien seurannassa ja epidemianselvityksissä

Kokogenomisekvensointi elintarvikevälitteisten tautibakteerien seurannassa ja epidemianselvityksissä Kokogenomisekvensointi elintarvikevälitteisten tautibakteerien seurannassa ja epidemianselvityksissä Anniina Jaakkonen ja Maria Simola, Evira Ajankohtaista laboratoriorintamalla 27.9.2018 Kokogenomisekvensointi

Lisätiedot

Enterobakteerien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka.

Enterobakteerien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka. Vastuuhenkilö Satu Hakola Sivu/sivut 1 / 5 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 21528-2:2017 (VRBG 37 C/24h, ravintoagar/tsa 37 C/24h, oksidaasikoe, glukoosiagar 37 C/24h) 1) Siirrostettava näytemäärä

Lisätiedot

5. Luento: Rinnakkaisuus ja reaaliaika. Tommi Mikkonen, tommi.mikkonen@tut.fi

5. Luento: Rinnakkaisuus ja reaaliaika. Tommi Mikkonen, tommi.mikkonen@tut.fi 5. Luento: Rinnakkaisuus ja reaaliaika Tommi Mikkonen, tommi.mikkonen@tut.fi Agenda Perusongelmat Jako prosesseihin Reaaliaika Rinnakkaisuus Rinnakkaisuus tarkoittaa tässä yhteydessä useamman kuin yhden

Lisätiedot

GPS Miten opin käyttämään? Mihin käytän?

GPS Miten opin käyttämään? Mihin käytän? GPS Miten opin käyttämään? Mihin käytän? Perusohjeita GPS-reitin siirtämisestä kartalle, Vinkkejä oman suunnistustekniikan analysoimiseen GPS-tiedon avulla Kuvat alla: o-training.net ja worldofo.com GPS-viiva

Lisätiedot

Maaperän biologinen monimuotoisuus Tuhannet tuntemattomat jalkojemme alla

Maaperän biologinen monimuotoisuus Tuhannet tuntemattomat jalkojemme alla Maaperän biologinen monimuotoisuus Tuhannet tuntemattomat jalkojemme alla Jari Haimi Bio- ja ympäristötieteiden laitos Jyväskylän yliopisto 24.11.2015 Maaperän monimuotoisuus 2 Maaperässä elää ja vaikuttaa

Lisätiedot

MITÄ VIRHEITÄ TEHDÄÄN VIERIANALYTIIKASSA

MITÄ VIRHEITÄ TEHDÄÄN VIERIANALYTIIKASSA MITÄ VIRHEITÄ TEHDÄÄN VIERIANALYTIIKASSA Kerttu Irjala 10.10.2014 LÄHTÖKOHTAVIRHEET Ryhdytään tekemään testiä, jonka tuloksia ei hyödynnetä/ymmärretä Valitaan väärä laite ja/tai pakkauskoko, huono testi

Lisätiedot

Kesän 2014 lohikuolemat uhkaavatko kalataudit Tornionjoen lohikantoja? Perttu Koski, Tornio 11.11.2014

Kesän 2014 lohikuolemat uhkaavatko kalataudit Tornionjoen lohikantoja? Perttu Koski, Tornio 11.11.2014 Kesän 2014 lohikuolemat uhkaavatko kalataudit Tornionjoen lohikantoja? Perttu Koski, Tornio 11.11.2014 Heinä-elokuun 2014 aikana Tornionjoella kuoli epänormaalin paljon nousevia lohiemoja Lapin ELY-keskukseen

Lisätiedot

Meritaimenen taudit ja laatu poikaslaitoksilla. Päivi Rintamäki PRIK-palvelut 4.2.2016

Meritaimenen taudit ja laatu poikaslaitoksilla. Päivi Rintamäki PRIK-palvelut 4.2.2016 Meritaimenen taudit ja laatu poikaslaitoksilla Päivi Rintamäki PRIK-palvelut 4.2.2016 Meritaimenen taudit ja laatu poikaslaitoksilla Kuka olen ja mitä teen: yliopistotutkijasta yrittäjäksi Kalataudeista

Lisätiedot

REKISTERIOTE Hyväksytty tai rekisteröity laboratorio. SeiLab Oy, Seinäjoen elintarvike- ja ympäristölaboratorio. Vaasantie 1 C SEINÄJOKI Puh.

REKISTERIOTE Hyväksytty tai rekisteröity laboratorio. SeiLab Oy, Seinäjoen elintarvike- ja ympäristölaboratorio. Vaasantie 1 C SEINÄJOKI Puh. 1 SeiLab Oy, Seinäjoen elintarvike- ja ympäristö Vaasantie 1 C 60100 SEINÄJOKI Puh. 06 425 5701 EVIRAN REKISTERISSÄ OLEVAT MENETELMÄT elintarvikkeet Aerobiset mikro-organismit akkr NMKL 86:2013 Ei maitotuotteet

Lisätiedot

Massaspektrometria. magneetti negat. varautuneet kiihdytys ja kohdistus

Massaspektrometria. magneetti negat. varautuneet kiihdytys ja kohdistus 11.5.2017 Massaspektrometria IHMISEN JA ELINYMPÄ- RISTÖN KEMIAA, KE2 Määritelmä Massaspektrometria on tekniikka-menetelmä, jota käytetään 1) mitattessa orgaanisen molekyylin molekyylimassaa ja 2) määritettäessä

Lisätiedot

KROMOGEENISET MALJAT, PERIAATE, TAUSTA. Pauliina Kärpänoja Laaduntarkkailupäivät 2007

KROMOGEENISET MALJAT, PERIAATE, TAUSTA. Pauliina Kärpänoja Laaduntarkkailupäivät 2007 KROMOGEENISET MALJAT, PERIAATE, TAUSTA Pauliina Kärpänoja Laaduntarkkailupäivät 2007 Yleinen periaate Kromogeenisella maljalla tarkoitetaan elatusainetta, joka sisältää väriyhdisteen (kromogeenin). Kromogeeni

Lisätiedot

Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen.

Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen. Vastuuhenkilö Hakkinen Marjaana Sivu/sivut 1 / 7 Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 10272-1 DIS:2015 Rikastus Bolton-liemessä

Lisätiedot

Moderni diagnostiikka, nopeampi vastaus Kokemuksia Puijon laboratoriosta. Sairaalamikrobiologi Jaana Pentikäinen

Moderni diagnostiikka, nopeampi vastaus Kokemuksia Puijon laboratoriosta. Sairaalamikrobiologi Jaana Pentikäinen Moderni diagnostiikka, nopeampi vastaus Kokemuksia Puijon laboratoriosta Sairaalamikrobiologi Jaana Pentikäinen ISLAB Liikelaitoskuntayhtymä Neljä aluelaboratoriota, yhteensä 7 sairaalaa Kuopio Iisalmi

Lisätiedot