Taulukko 1. RespiFinder RG Panel -tuotteen toteamisraja puhdistus huomioiden (QIAamp MinElute Virus Spin -sarja) 10(0,40) TCID 50 /0,2 ml

Transkriptio

1 RespiFinder RG Panel Suorituksen ominaispiirteet RespiFinder RG Panel, versio 1, Tarkista ennen kokeen suorittamista uusien elektronisten etikettiversioiden saatavuus osoitteesta Ajankohtainen versio käy ilmi julkaisupäivämäärästä (muoto: kuukausi/vuosi). Toteamisraja (Limit of Detection, LOD) Puhdistuksen huomioiva RespiFinder RG Panel -tuotteen toteamisraja (LOD) (herkkyysraja) arvioitiin käyttäen virus- ja bakteerinäytteitä Universal Transport Medium (UTM) -kuljetusaineessa yhdistettynä QIAamp MinElute Virus Spin -sarjalla suoritettuun eristämiseen. RespiFinder RG Panel -tuotteen puhdistuksen huomioiva toteamisraja määritettiin käyttämällä virusja bakteerikantojen laimennussarjoja (ATCC, Zeptometrix, Viral Culture) UTM-aineessa. RNA/DNA eristettiin QIAamp MinElute Virus Spin -sarjan avulla (eristämismäärä: 200 µl, eluaatin määrä: 60 µl). Kaikki 5 laimennusta analysoitiin RespiFinder RG Panel -tuotteella käyttäen kustakin 11 replikaattia. Tulokset määritettiin osumatarkkuuden perusteella ( 95 % osumatarkkuudeksi määritettiin kyseisen patogeenin analyyttinen toteamisraja). Yleiskuva kaikkien testattujen patogeenien toteamisrajasta on taulukossa 1. Taulukko 1. RespiFinder RG Panel -tuotteen toteamisraja puhdistus huomioiden (QIAamp MinElute Virus Spin -sarja) Patogeeni Alatyyppi/kanta Lähde LOD titteri Osumatarkkuus (%) Virukset ATCC* 10(0,40) TCID 50 /0,2 ml 95 Bokavirus Ei tied. Yhdistelmäplasmidi 4 x 10 3 fg/µl 100 Koronavirus 229E ATCC 10(-3,95) TCID 50 /0,2 ml 100 * American Type Culture Collection, USA (amerikkalainen solutietokanta, Yhdysvallat). Ei tied.: tietoa ei käytettävissä. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Marraskuu 2013 Sample & Assay Technologies

2 Taulukko 1. Jatkoa Patogeeni Alatyyppi/kanta Lähde LOD titteri Osumatarkkuus (%) Virukset (jatkoa) Koronavirus OC43 ATCC* 10(-2,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Koronavirus NL63 Zeptometrix Ei tied. 100 Coxsackievirus A9 ATCC 10(-0,60) TCID 50 /0,2 ml 95 hmpv B3 Zeptometrix Ei tied. 100 Influenssa A H3N2 Victoria ATCC 10(-1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 Influenssa A H1N1 Virginia ATCC 10(0,10) TCID 50 /0,2 ml 100 Influenssa B Maryland ATCC 10(-1,17) TCID 50 /0,2 ml 100 Parainfluenssa 1 ATCC 10(-3,25) TCID 50 /0,2 ml 95 Parainfluenssa 2 ATCC 10(-1,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Parainfluenssa 3 ATCC 10(-0,25) TCID 50 /0,2 ml 100 Parainfluenssa 4a ATCC 10(-0,75) TCID 50 /0,2 ml 100 Rinovirus 16 ATCC 10(1,50) TCID 50 /0,2 ml 100 RSV-A 2 ATCC 10(-2,25) TCID 50 /0,2 ml 95 RSV-B ATCC 10(-1,75) TCID 50 /0,2 ml 100 Bakteerit B. pertussis Ei tied. ATCC 8 x L. pneumophila Ei tied. ATCC 10( 1.70) bakt./0,2 ml 100 M. pneumoniae Ei tied. ATCC * American Type Culture Collection, USA (amerikkalainen solutietokanta, Yhdysvallat). Ei tied.: tietoa ei käytettävissä. Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 2 / 9

3 Tarkkuus RespiFinder RG Panel -tuotteen tarkkuus varmistetaan ennen kaikkea primeerien ja koettimien sekä erittäin vaativien reaktio-olosuhteiden valinnalla. Primeerien ja koettimien mahdollinen homologia kaikkien geenipankeissa julkaistujen sekvenssien kanssa tarkistetaan sekvenssivertailuanalyysilla. Kaikkien olennaisten genotyyppien detektoitavuus on siten varmistettu Rotor-Gene Q MDx - laitteessa suoritettavissa RespiFinder RG Panel -tuotteen ajoissa seuraavilla genotyypeillä (katso taulukko 2). Taulukko 2. Olennaisten kantojen spesifisyyden testaus Patogeeni Lähde FAM /ROX FAM/Cy 5 Sisäinen kontrolli (FAM/BHQ )) Adenovirus B7 ATCC* Adenovirus B11 ATCC Adenovirus B14 ATCC Adenovirus C1 ATCC Adenovirus C5 ATCC Adenovirus C6 ATCC Adenovirus E4 ATCC Coxsackievirus A10 ATCC + + Coxsackievirus A24 ATCC + + Coxsackievirus B1 ATCC + + Coxsackievirus B2 ATCC + + Coxsackievirus B3 ATCC + + Coxsackievirus B5 ATCC + + Echovirus 4 ATCC + + Echovirus 11 ATCC + + Echovirus 30 ATCC + + * American Type Culture Collection, USA (amerikkalainen solutietokanta, Yhdysvallat). Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 3 / 9

4 Taulukko 2. Jatkoa Patogeeni Lähde FAM/ROX FAM/Cy5 Sisäinen kontrolli (FAM/BHQ)) Influenssa A H1N1 New Jersey ATCC Parainfluenssa 4b ATCC* Rinovirus 1A ATCC + + Rinovirus 1B ATCC + + Rinovirus 2 ATCC + + Rinovirus 30 ATCC + + Rinovirus 39 ATCC + + Rinovirus 60 ATCC + + RSV-A pitkä ATCC RSV-B WV ATCC * American Type Culture Collection, USA (amerikkalainen solutietokanta, Yhdysvallat). RespiFinder RG Panel -tuotteen mahdollinen ristiin reagointi testattiin taulukossa 3 mainitulla kontrolliryhmällä. Yksikään testatuista patogeeneistä ei ollut reaktiivinen. Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 4 / 9

5 Taulukko 3. Sarjan spesifisyyden testaus mahdollisesti ristiin reagoivilla patogeeneillä Patogeeni FAM/ROX FAM/Cy5 Sisäinen kontrolli (FAM/BHQ) Virukset Sytomegalovirus + Epstein-Barrin virus + Herpes simplex -virus + Varicella-zoster -virus + Bakteerit A. baumannii + A. fumigatus + C. albicans + C. krusei + C. lusitaniae + E. cloacae + E. coli + H. influenzea + K. pneumoniae + K. oxytoca + M. catarrhalis + M. tuberculosis + P. aeruginosa + S. aureus + S. marcescens + S. pneumoniae + Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 5 / 9

6 Samanaikaiset infektiot RespiFinder RG Panel validoitiin moni-infektioille oleellisten samanaikaisten infektioiden detektoitumisen vahvistamiseksi. Taulukossa 4 esitetyn mukaisesti samanaikainen influessa A-, influenssa B-, RSV-A- tai RSV-B-infektio ja adenovirus tai rinovirus testattiin kummankin patogeenin eri pitoisuuksilla. Kaikki samanaikaiset infektiot detekoitiin. Taulukko 4. Sarjan spesifisyyden testaus moni-infektioilla Patogeeni 1 Patogeeni 2 FAM/ROX FAM/Cy5 Sisäinen kontrolli (FAM/BHQ)) Influenssa A H3N2 Victoria Influenssa B Maryland 10x LOD 100x LOD 100x LOD 100x LOD 100x LOD Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 6 / 9

7 Taulukko 4. Jatkoa Patogeeni 1 Patogeeni 2 FAM/ROX FAM/Cy5 Sisäinen kontrolli (FAM/BHQ)) RSV-A 2 RSV-B x LOD 100x LOD 100x LOD 100x LOD Varmuus Varmuuden verifioinnin avulla voidaan määrittää RespiFinder RG Panel -tuotteen sisäisen kontrollin virhetodennäköisyys. Varmuuden verifiointia varten testattiin 30 negatiivista Universal Transport Medium (UTM) -aineessa ollutta nenänielunäytettä RespiFinder RG Panel -tuotteessa. QIAamp MinElute Virus Spin Kit -sarjalla suoritetun eristämisen jälkeen (eristämismäärä: 200 µl, eluaatin määrä: 60 µl) näytteet analysoitiin RespiFinder RG Panel -tuotteessa. Kaikkien näytteiden sisäinen kontrolli detekoitiin ja oli kelvollinen. Siten RespiFinder RG Panel -tuotteen varmuus on 99 %. Häiritsevät aineet RespiFinder RG Panel testattiin nenäsumutteen (Otrivin, Novartis ) ja ihmisen genomisen DNA:n aiheuttamien häiriöiden osalta. Kaikki taulukossa 1 (sivut 1 2) mainitut patogeenit testattiin. Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 7 / 9

8 Pitoisuus oli 3 x LOD ja ihmisen DNA:ta oli 50 ng. Muita negatiivisia kontrollinäytteitä testattiin ihmisen DNA:n kanssa. Oikeat patogeenit detekoitiin kaikissa lisäksi ihmisen DNA:ta sisältävissä näytteissä, ja sisäinen kontrolli detekoitiin negatiivisissa kontrollinäytteissä, joissa ei ilmennyt ihmisen DNA:n aiheuttamia häiriöitä RespiFinder RG Panel -tuotteen suoritukseen. 10 edustavaa patogeenia taulukosta 1 (adenovirus B3, koronavirus OC43, hmpv B3, influenssa A H1N1 Virginia, influenssa B Maryland, parainfluenssa 1, rinovirus 16, RSV-A 2, L. pneumophila, ja M. pneumoniae) testattiin. Pitoisuus oli 3 x LOD ja nenäsumutetta oli 10 % (v/v). Muita negatiivisia kontrollinäytteitä testattiin 10 % nenäsumutteen kanssa. Oikeat patogeenit detekoitiin kaikissa lisäksi nenäsumutetta sisältävissä näytteissä, ja sisäinen kontrolli detekoitiin negatiivisissa kontrollinäytteissä, joissa ei ilmennyt nenäsumutteen (10 % näytteestä: näyte Universal Transport Medium -kuljetusaineessa) aiheuttamia häiriöitä RespiFinder RG Panel -tuotteen suoritukseen. Suorituksen ominaispiirteet: RespiFinder RG Panel sivu 8 / 9

9 Katso päivitetyt lisenssitiedot ja tuotekohtaiset vastuuvapauslausekkeet vastaavan QIAGEN-sarjan käsikirjasta tai käyttöoppaasta. QIAGEN-sarjojen käsikirjat ja käyttöoppaat ovat saatavina osoitteessa tai ne voi tilata QIAGENin teknisestä palvelupisteestä tai paikalliselta jälleenmyyjältä. Tavaramerkit: QIAGEN, QIAamp, MinElute, Rotor-Gene (QIAGEN Group); ATCC (American Type Culture Collection); BHQ (Biosearch Technologies, Inc.); Cy (GE Healthcare); FAM, ROX (Life Technologies); Novartis, Otrivin (Novartis); RespiFinder (PathoFinder BV); Zeptometrix (Zeptometrix Corp.). Mar QIAGEN, kaikki oikeudet pidätetään. Tanska Italia Singapore Australia Suomi Japani Espanja Itävalta Ranska Etelä-Korea Ruotsi Belgia Saksa Luxemburg Sveitsi Brasilia Hongkong Meksiko Taiwan Kanada Intia Alankomaat UK Kiina Irlanti Norja USA Sample & Assay Technologies