Vitek 2 identifikaatioautomaatti (herkkyysmääritysautomaatti) Olli Meurman
Vitek 2 - laitteisto
Vitek 2 - laitteisto
Vitek 2 - workflow LECTURE INCUBATION ELIMINATION INOCULATION SEALING DILUTION DATA SALINE DENSITOMETER 0.5 McF CARRIER CARD Auckenthaler 1999
Vitek 2 - laitteisto Monikanavadetektiolaitteisto, joka mahdollistaa - fluoresenssin - turbiditeetin - kolorimetristen reaktioiden lukemisen
GNB-kortin reaktiot 18 fermentaatiotestiä 18 assimilaatiotestiä 2 dekarboksylaasitestiä (ODC ja LDC) 3 muuta (ureaasi, malonaatti, tryptofaani-deaminaasi) Adonitol L-arabinose D-cellobiose D-galacturonate D-glucose D-glucuronate myo-inositol D-maltose D-mannitol D-melibiose Palatinose D-raffinose L-rhamnose Saccharose D-sorbitol D-trehalose glucose-1-phosphate 5-keto-D-gluconate -arabinosidase -galactosidase -glutamate ß-cellobiosidase ß-galactosidase ß-glucosidase ß-glucuronidase ß-mannosidase ß-N-acetyl-glucosaminidase ß-N-acetyl-galactosaminidase ß-xylosidase Glu-Gly-Arg arylamidase -glutamyl-transferase L-lysine arylamidase Phosphatase L-proline arylamidas L-pyrrolidonyl arylamidase CBZ-arginine arylamidase
GNB-kortin lisätestit indoli liikkuvuus oksidaasi ß-hemolyysi pigmentinmuodostus (ruskea, oranssi, purppura, punainen tai keltainen)
GPC-kortin reaktiot 22 entsymaattista testiä aminopeptidaasien ja aminopeptosidaasien detektoimiseen 16 fermentaatiotestiä 2 dekarboksylaasitestiä (ODC ja LDC) 6 muuta testiä (ureaasi, pyruvaatti, optokiini, novobiosiini, polymyksiini B, 6,5% NaCl) α-l-arabinofuranoside α-d-galactoside α-d-glucoside α-d-n-acetylneuraminic acid β-d-galactoside β-d-glucoside β-d-glucuronide β-d-mannoside n-acetyl-β-d-glucosaminide phosphate alanine arginine aurease Histidine α-glutamic acid threonine lysine phenylalanine proline pyroglutamic acid tyrosine D-raffinose Salicin amygdaline D-sorbitol Arbutine D-trehalose D-galactose, D-melibiose Glycerol D-xylose D-glucose L-arabinose Lactose D-maltose D-mannitol N-acetylglucosamine,
GPC-kortin lisätestit sappiliukenevuus katalaasi koagulaasi ß-hemolyysi liikkuvuus oksidaasi polymyksiini B resistenssi streptokokkiagglutinaatiot pigmentinmuodostus (keltainen)
Gramnegatiivisten identifikaatio Tested Correct Low False No ID n % % % % Monney 1997 395 94.2 4.5 0.7 0.6 Funke 1998 845 84.7 13.3 0.8 1.2 Desmonceaux 1998 1963 96.8 0 1.4 1.8 Auckenthaler 1999 769 96.4 1.6 0 2.0 Jossart 1999 502 85.6 10.9 2.1 1.1 Ling 2001 281 95.0 0.7 1.4 2.8 Sanders 2001 210 93.8 4.3 0 1.9 Gavin 2002 858 93.2 2.2 1.7 2.9 O Hara 2003 585 85.8 7.5 3.1 3.6 Funke 2004 655 97.3 2.1 0.6 0
Enterobakteerien identifikaatio Gavin ym. 2002 N Correct Low False No ID E. coli 260 256 4 K. pneumoniae 144 122 10 8 4 E. cloacae 78 78 C. freundii ryhmä 48 40 3 5 S. marcescens 41 41 K. oxytoca 39 33 5 1 C. diversus 18 18 E. aerogenes 17 16 1 M. morganii 14 14 P. stuartii 11 11 P. mirabilis 8 7 1 Total 678 636 15 14 13 (%) (93.8) (2.2) (2.1) (1.9)
Enterobakteerien identifikaatio Gavin ym. 2002 Väärät enterobakteeri-identifikaatiot Referenssimääritys N Vitek 2 K. pneumoniae 5 K. oxytoca K. pneumoniae 3 K. oxytoca/planticola/terrigena K. oxytoca 1 K. pneumoniae C. freundii ryhmä 2 E. cloacae C. freundii ryhmä 1 E. cloacae/amnigenus E. aerogenes 1 E. cloacae P. mirabilis 1 M. morganii Klebsiellat: väärä positiivinen 5-keto-D-gluconate Citrobacter: väärä negatiivinen ureaasi
Enterobakteerien identifikaatio O Hara ym. 2003 Väärät enterobakteeri-identifikaatiot: 482 kantaa, 55 lajia Referenssimääritys Vitek 2 Citrobacter amalonaticus Citrobacter youngae (low) Citrobacter braakii Citrobacter freundii (low) Enterobacter cancerogenus Enterobacter amnigenus (low) Enterobacter cloacae Enterobacter asburiae (good) Edwardsiella tarda, biogroup 1 Salmonella group (very good) Escherichia coli, LAOa negative Citrobacter freundii (low) Kluyvera cryocrescens Enterobacter amnigenus (low) Pantoea agglomerans Citrobacter freundii (acceptable) Salmonella, lactose-positive Escherichia coli (very good; 3 str) S. arizonae, lactose-positive Escherichia coli (very good) Serratia liquefaciens Serratia odorifera (excellent) Shigella flexneri Escherichia coli (good) Yersinia pseudotuberculosis Yersinia pestis (low)
Non-enterobakteerien identifikaatio Gavin ym. 2002 N Correct Low False No ID P. aeruginosa 134 127 7 A. baumannii 22 21 1 S. maltophilia 10 8 1 1 B. cepacia 1 1 A. xylosoxidans 1 1 P. Multocida 3 3 Total 171 160 0 1 10 (%) (93.6) (0) (0.6) (5.8) Väärät identifikaatiot Referenssimääritys Vitek 2 S. maltophilia Chryseobacterium indologenes
Non-enterobakteerien identifikaatio O,Hara ym. 2003 N Correct Low False No ID Total * 103 88 10 2 3 *29 eri bakteerilajia Väärät identifikaatiot Referenssimääritys Vitek 2 Aeromonas sobria A. hydrophila/caviae (excellent) Brevundimonas vesicularis Chryseob. Indologenes (low) Empedobacter brevis Chryseob. Indologenes (very good)
Enterobakteerien identifikaatio Funke ym. 2004 Testattu käyttäen uutta NGNC-korttia, jossa 47 eri testiä Yhteensä 655 kantaa, 54 eri lajia N Correct Low False No ID Kaikki 655 637 14 4 0 Väärät enterobakteeri-identifikaatiot: Referenssimääritys Vitek 2 Acinetobacter lwoffii Moraxella sp. Enterobacter amnigenus Enterobacter cloacae Pseudomonas stutzeri CDC group EO-2 tai Psychrobact. Rahnella aquatilis Pantotea sp.
Grampositiivisten identifikaatio Tested Correct Low False No ID n % % % % Bassel 1997 stock isolates 1945 89.0 9.2 1.5 0.3 fresh isol. (strep) 250 86.3 12.0 1.5 0.2 fresh isol. (staph) 134 84.3 14.2 0.7 0.7 Garcia-Garrote 2000 150 87.3 6.7 6.0 0 Ligozzi 2002 384 91.4 4.4 1.6 2.6 Spanu 2003 405 95.6 3.2 0.2 1.0
Stafylokokkien identifikaatio Ligozzi ym. 2002 N Correct Low False No ID S. aureus 100 99 1 S. epidermidis 50 45 2 3 S. haemolyticus 23 21 2 S. hominis 7 4 3 S. saprophyticus 4 4 S. xylosus 2 2 S. capitis 5 4 1 S. simulans 5 3 1 1 S. cohnii 1 1 S. warneri 1 1 S. lugdunensis 1 0 1 S. sciuri 1 1 Total 200 185 10 2 3 (%) (92.5) (5.0) (1.0) (1.5)
Stafylokokkien identifikaatio Spanu ym. 2003 N Correct Low False No ID S. aureus 130 130 0 0 0 S. capitis 18 18 0 0 0 S. cohnii subsp. cohnii 3 3 0 0 0 S. cohnii ss. urealyticum 1 1 0 0 0 S. epidermidis 140 136 0 0 4 S. haemolyticus 50 48 2 0 0 S. hominis 32 21 10 1 0 S. lugdunensis 8 8 0 0 0 S. schleiferi 2 2 0 0 0 S. simulans 8 8 0 0 0 S. warneri 11 10 1 0 0 S. xylosus 2 2 0 0 0 Total 405 387 13 1 4 (%) (95.6) (3.2) (0.2) (1.0)
Stafylokokkien identifikaatio Ligozzi ym. 2002, Spanu ym. 2003 Väärät stafylokokki-identifikaatiot Referenssimääritys N Vitek 2 S. aureus 1 S. warneri S. simulans 1? S. hominis 1 S. epidermidis
Streptokokkien identifikaatio Ligozzi ym. 2002 N Correct Low False No ID Enterococci E. faecalis 55 51 1 1 2 E. faecium 28 20 4 2 2 E. durans 4 1 2 1 E. gallinarum 2 2 Total 89 74 7 4 4 (%) (83) (8) (5) (5) Streptococci S. agalactiae 29 28 (97) 1 (3) S. pneumoniae 66 50 (76) 14 a (21) 2 (3) a kaikki 14 kantaa osoitettiin optokiinitestillä pneumokokeiksi
Tulosten valmistumisaika 60 50 Identification Susceptibility % 40 30 20 10 0 <2 <4 <6 <8 <10 <12 <14 <16 <18 hours Auckenthaler 1999
Hiivojen identifikaatio TYKSLAB 2004 (evaluaatio kesken) N Correct Low False No ID C. albicans 21 21 0 0 0 C. dubliniensis 1 1 0 0 0 C. glabrata 12 12 0 0 0 C. guilliermondii 2 1 0 1 0 C. krusei 9 9 0 0 0 C. lusitaniae 6 5 0 1 0 C. parapsilosis 18 17 1 0 0 C. rugosa 2 0 1 1 0 C. tropicalis 6 6 0 0 0 C. zeylanoides 1 0 0 1 0 G. candidum 1 1 0 0 0 R. glutinis 1 1 0 0 0 Total 80 74 2 4 0 (%) (92.5) (2.5) (5.0) (0)
Vitek 2 laitteisto identifikaatiossa Helppokäyttöinen Nopea (2 5 tuntia) Enterobakteerit, tavalliset nonfermentoijat ja stafylokokit tunnistuvat 90 95% luotettavuudella Enterokokkien tunnistuksessa vielä puutteita (E. faecium, E. hirae, and E. durans eivät aina erotu toisistaan) Grampositiivisille sauvoille ei tarjolla korttia Hiivat tunnistuvat noin 90% luotettavuudella