Mikrobiologian diagnostiikan uudet tuulet Alueellinen mikrobiologian ja infektioiden torjunnan toimintayksikön koulutuspäivä 21.10.2014 Sairaalamikrobiologi Kerttu Saha
Uudet PCR-tutkimukset Mikrobiologian laboratorio ottanut käyttöön päivytysoloihinkin soveltuvan PCR-menetelmän (GeneXpert) Uudet PCR- tutkimukset: Chlamydia trachomatis- ja Neisseria gonorrhoeae Influenssa A ja B nenänielueritteistä Norovirus Cl.difficile toksiini ulosteesta Staph aureus/mrsa veriviljelystä, jos gramposit. ryhmäkokki MRSA:n osoitus pesäkkeistä (tai suoraan näytteestä) M.tuberculosis-kompleksi ja rifampisiini-resistenssigeeni B-ryhmän streptokki suoraan vagina-rectum-eritteestä riskisynnyttäjiltä 2
C.trachomatis- /N. gonorrhoeae PCR virtsasta Virtsaamatta vähintään 1 h ennen näytteenottoa Ei alapesua! 8 ml ensivirtsanäytettä keltakorkkisessa kierrekorkillisessa, säilöntäaineettomassa putkessa ei liian täyteen näytettä Tutkimuspyyntö :4807 ChtrNhO tai 1738 CtNgNhO Säilytys jääkaappilämpötilassa (enintään 6 vrk) Jos > 6 vrk, laboratorio siirtää virtsanäytteen Xpert Urine Sample Collection-putkeen, jossa näyte säilyy 45 vrk jääkaappilämmössä tutkimuksia tehdään arkipäivisin ma-pe 3
C.trachomatis ja N. gonorrhoae- PCR näytteenotto cerviksistä Oma näytteenottosetti (Xpert CT/NG Vaginal/Endocervical Specimen Collection kit) Ylimääräinen lima pois! lima voi inhiboida PCR-tutkimusta Pyöritä näytteenottotikkua cervixkanavassa yhteen suuntaan 10-30 sek. Laita tikku putkeen, katkaise tikku ja sulje putki huolellisesti näyte säilyy 60 vrk huoneenlämmössä 4
Respiratoriset virukset Respiratoristen virusten antigeeni (2579 RVirAg) Influenssa A/B, RSV, metapneumo, adeno, parainfluenssa 1-3, (boca) myös viikonloppuisin Influenssa A ja B -PCR Tutkimuspyyntö: 6193 InABNhO (tai 4896 InfANhO) kaikilta sairaalahoitoon joutuneilta myös viikonloppuisin näyte otetaan nenä-nielusta nukkatikulla UTM-putkeen tulos: influenssa A tai B pos/neg, lisäksi inf. A-tyyppi H1N1 5
Respiratoristen virusten näytteenotto Nenänielunäytenukkatikulla tai imulimanäyte 6
Ulostenäytteiden otto Kerää tuoretta ulostetta näyteastiaan esim. kaarimalja Näytettä ulostepurkkiin ja noin tikunpään kokoinen nokare ulostetta bakteerien kuljetustikkuun Siirrä näytepurkkiin ja bakteerien kuljetustikkuun limainen, verinen tai muuten poikkeavan näköinen kohta Sulje purkki ja tikku huolellisesti tartuntavaaran vuoksi ja laita suojapussiin Lähetä ulostenäyte mahdollisimman nopeasti (1 vrk sisällä) mikrobiologian laboratorioon Lyhytaikainen säilytys jääkaappilämpötilassa 10.11.2014 7
Norovirus Norovirus -PCR lähetetty aikaisemmin ulkopuoliseen laboratorioon -> vastausviiveet Norovirus -antigeenitesti (8156 F-NoroAg käyttöön 2011 NoroAg vs. Xpert Norovirus (n=50) vertailu 2014 NoroAg-testin herkkyys vain 60 % Norovirus PCR (4940 F-NoroNhO) Genoryhmät I ja II myös viikonloppuisin Noro-antigeenitestiä suositellaan vain epidemiatilanteissa, jos useita samaan epidemiaan kuuluvia näytteitä, jos negatiivinen, kommentti 8
Norovirusantigeeni-tutkimuksen vastausvaihtoehdot: Norovirus-PCR-tutkimuksen vastausvaihtoehdot: Antigeenitesti halvempi, mutta epäherkempi testi verrattuna PCR:ään! PCR-testillä saadaan lisäksi genoryhmä. Ota näytteet heti oireiden alkuvaiheessa! 9
Noroviruksen kiertokulkua Eläimistä? Infektoitunut ruuan käsittelijä Henkilöstä toiseen Äyriäiset Vesi Ruoka: vadelmat, salaatit, voileivät Ympäristöstä tullut kontaminaatio (esim. jätteillä likaantuminen) 10
Milloin C. difficile -näyte otetaan? mikäli epäillään antibioottiripulia potilaalla 3 vetistä ulostekertaa vuorokauden sisällä ( huom! ei kiinteästä ulosteesta) vastasyntyneiltä kannattaa näyte ottaa vain poikkeustapauksissa ulostenäytteestä haetaan PCR:llä C. difficile- bakteerikantoja, joilla on toksiini B-geeni C.difficile -PCR positiivinen => toksiinigeeni voi löytyä äskettäin sairastuneilta tai jo hoidetuilta potilailta Näyte vain kliinisen epäilyn ja oireilun (mm. ripuli) perusteella kontrollinäytteen ottoa ei suositella hoidon jälkeen, koska potilas voi kantaa toksiinia tuottavaa Cl. difficileä vielä kliinisen paranemisen jälkeenkin 11
Clostridium difficile (6064 F-CldiViT) Aiemmin toksiini suoraan ulosteesta toksiinitestillä Viljely erityiselatusmaljalle Jos suora toksiini ulosteesta negatiivinen, toksiini tehtiin uudelleen pesäkkeestä hidasta ja työlästä -> vastausviiveet PCR suoraan ulosteesta osoittaa toksiinia tuottavan geenin Jos PCR negatiivinen, ei viljelyä, kommentti Jos PCR positiivinen, tehdään myös viljely tehdään myös viikonloppuisin Ripuliulostenäytettä purkissa ja tikussa! Lähetteeseen antibioottihoito ja kesto! 12
C. difficile -tutkimuksen vastausvaihtoehdot: Vastauksen tulkinta: C. difficile- infektio epätodennäköinen C. difficile- infektio tai jo hoidettu tauti Toksiinia tuottamaton (PCR negatiivinen kanta) ei ole kliinisesti merkitsevä eikä aiheuta infektiota! Äskettäinen C. difficile- infektio todennäköinen 13
S. aureus ja MRSA veriviljelypullosta, jos gram+rk -> herkkyys heti ja tunnistus seuraavana aamuna staph.latexilla/tarv. Vitekillä MRSA-viljely selektiivisellä maljalla 2 vrk MRSA-Screen latex aiemmin Staph.aureus/MRSA:n osoitus suoraan veriviljelypullosta, jos värjäys gram+ryhmäkokki MRSAVi -seulonta edelleen kromogeenisella maljalla MRSAn varmistus (mecageeni) PCR-testillä MRSA-PCR suoraan näytteestä mahdollista erityistilanteissa 14
MRSA-viljely (4358 MRSAVi) Seulonnat mieluiten alkuviikosta (ma-ke) Näytteenottokohdat MRSA-ohjeen mukaan Yksi näyte yhteen tikkuun (ei puhdistusta!) Jokaiselle näytteelle oma lähete, jossa näytteenottokohtaan näytteen anatominen ottopaikka (ei Lisätiedotkohtaan) ja mahdollinen antibiootti ja sen kesto Tarra vaakasuoraan, ei korkin päälle, ottokohta tarraan Epidemioissa ollut käytössä myös kolmen tikun MRSApakettiviljely (ns. MRSA-poolinäyte esim. nenä, nielu, nivuset) Vain infektioyksikön ohjeistuksen mukaan Perinteinen maljaviljely erityiselatusaineelle 2 vrk MRSA-kannan resistenssigeenin (meca) PCR:llä tarvittaessa Poolinäyte 15
TbVr ja TbVi ysköksestä tai muista eritteistä Rikastusputkesta MTB-pikatesti Positiiviset tbviljelyt lähetetään THL:een MGIT-rikastusputki Kiinteä tbelatusaineputki L+J Tb Värjäyspositiivisista näytteistä TB-PCR Mycob.tuberculosiskompleksi- ja rifampisiiniherkkyys Dekontaminoitu yskösnäyte, MGIT Suora PCR myös näytteestä (yskös ja muut eritteet) Pyyntö 4490 TbNhO Pyydä aina myös tbviljely ja värjäys, joille oma putki 16
Streptococcus agalactiae (GBS) Viljely vaginasta ja rectumista ennen synnytystä (1729 Fl-StrBVi) tyypitys streptokokki- B- latexilla viljely jää edelleen eikiireellisten seulontaan GBS-PCR käyttöön riskiraskauksissa, ennenaikaisissa synnytyksissä näyte erityistikulla ns. kaksoistikulla 17
Pneumokokki - ja legionella - antigeenitestit virtsasta pneumokokki- (3326 StpnAg) ja legionellaantigeeni (4632 U-LepnAg) -testit nopeita pikatestejä Streptococcus pneumoniaen tai Legionella pneumophilan aiheuttamien keuhkokuumeiden diagnostiikkaan 5-10 ml virtsaa säilöntäaineell.(boorihappo) tai tehdassteriilissä putkessa pneumokokkitesti voi antaa väärän positiivisen tuloksen, jos pieni lapsi tai < 5 vrk sitten annettu pneumokokkirokote legionellatesti löytää vain L. pneumophilakannat, ei muita Legionella-kantoja 18
Moniresistenttien mikrobien diagnostiikka moniresistenttien mikrobien kantajuuden selvittämiseksi tehtävien seulontatestien tulisi olla mahdollisimman herkkiä MRSA MRSA -viljely edellytys herkkyysmääritykselle ja tyypitykselle suora PCR ei korvaa MRSA-viljelyä, mutta varmistaa MRSA:n ESBL-tuottavat enterobakteerit testataan ESBL-tuottoa E.coli-, Klebsiella, (Proteus mirabilis ja Salmonella) -kannoilta CPE (karbapenemaasia tuottavat enterobakteerit) MDRsVi -seulontaviljely vähintään 2 x ja PCR Multiresistentit Acinetobacter ja Pseudomonas aerginosa- lajit MDRsVi -seulontaviljely ja PCR tarvittaessa torjunta bakteerin herkkyysprofiilin perusteella (Acinetobacter meropeneemi R ja Pseudomonas meropeneemi ja keftatsidiimi R) Lähde: E.Kolho ja O. Lyytikäinen, Moniresistenttien mikrobien tartunnantorjunnasta/2014, THL 19
Moniresistentit gramnegatiiviset sauvat, seulontaviljely (8589-MDRsVi) suorat sairaalasiirrot tai > 24 h sairaalahoito ulkomailla edeltävän vuoden aikana etsitään moniresistenttien gramnegatiivisten sauvojen kolonisaatiota Enterobakteerit (E.coli, Klebsiella, Proteus) Muut resistentit sauvat (Acinetob.baumannii, Pseudomonas aeruginosa ) laajakirjoisia beetalaktaameja (ESBL) ja karbapeneemeja hajottavia entsyymeitä (ns. karbapenemaaseja) Erikoisviljely + resistenssigeenien varmistus PCR:llä MDRsVi x 3 kahden päivän välein: haavat, uloste, jos potilaalla keinoilmatie, otetaan trakeaerite 20
K.Saha Kiitos! 10.11.2014 21