Vitek 2 identifikaatioautomaatti (herkkyysmääritysautomaatti) Olli Meurman

Transkriptio

1 Vitek 2 identifikaatioautomaatti (herkkyysmääritysautomaatti) Olli Meurman

2 Vitek 2 - laitteisto

3 Vitek 2 - laitteisto

4 Vitek 2 - workflow LECTURE INCUBATION ELIMINATION INOCULATION SEALING DILUTION DATA SALINE DENSITOMETER 0.5 McF CARRIER CARD Auckenthaler 1999

5 Vitek 2 - laitteisto Monikanavadetektiolaitteisto, joka mahdollistaa - fluoresenssin - turbiditeetin - kolorimetristen reaktioiden lukemisen

6 GNB-kortin reaktiot 18 fermentaatiotestiä 18 assimilaatiotestiä 2 dekarboksylaasitestiä (ODC ja LDC) 3 muuta (ureaasi, malonaatti, tryptofaani-deaminaasi) Adonitol L-arabinose D-cellobiose D-galacturonate D-glucose D-glucuronate myo-inositol D-maltose D-mannitol D-melibiose Palatinose D-raffinose L-rhamnose Saccharose D-sorbitol D-trehalose glucose-1-phosphate 5-keto-D-gluconate -arabinosidase -galactosidase -glutamate ß-cellobiosidase ß-galactosidase ß-glucosidase ß-glucuronidase ß-mannosidase ß-N-acetyl-glucosaminidase ß-N-acetyl-galactosaminidase ß-xylosidase Glu-Gly-Arg arylamidase -glutamyl-transferase L-lysine arylamidase Phosphatase L-proline arylamidas L-pyrrolidonyl arylamidase CBZ-arginine arylamidase

7 GNB-kortin lisätestit indoli liikkuvuus oksidaasi ß-hemolyysi pigmentinmuodostus (ruskea, oranssi, purppura, punainen tai keltainen)

8 GPC-kortin reaktiot 22 entsymaattista testiä aminopeptidaasien ja aminopeptosidaasien detektoimiseen 16 fermentaatiotestiä 2 dekarboksylaasitestiä (ODC ja LDC) 6 muuta testiä (ureaasi, pyruvaatti, optokiini, novobiosiini, polymyksiini B, 6,5% NaCl) α-l-arabinofuranoside α-d-galactoside α-d-glucoside α-d-n-acetylneuraminic acid β-d-galactoside β-d-glucoside β-d-glucuronide β-d-mannoside n-acetyl-β-d-glucosaminide phosphate alanine arginine aurease Histidine α-glutamic acid threonine lysine phenylalanine proline pyroglutamic acid tyrosine D-raffinose Salicin amygdaline D-sorbitol Arbutine D-trehalose D-galactose, D-melibiose Glycerol D-xylose D-glucose L-arabinose Lactose D-maltose D-mannitol N-acetylglucosamine,

9 GPC-kortin lisätestit sappiliukenevuus katalaasi koagulaasi ß-hemolyysi liikkuvuus oksidaasi polymyksiini B resistenssi streptokokkiagglutinaatiot pigmentinmuodostus (keltainen)

10 Gramnegatiivisten identifikaatio Tested Correct Low False No ID n % % % % Monney Funke Desmonceaux Auckenthaler Jossart Ling Sanders Gavin O Hara Funke

11 Enterobakteerien identifikaatio Gavin ym N Correct Low False No ID E. coli K. pneumoniae E. cloacae C. freundii ryhmä S. marcescens K. oxytoca C. diversus E. aerogenes M. morganii P. stuartii P. mirabilis Total (%) (93.8) (2.2) (2.1) (1.9)

12 Enterobakteerien identifikaatio Gavin ym Väärät enterobakteeri-identifikaatiot Referenssimääritys N Vitek 2 K. pneumoniae 5 K. oxytoca K. pneumoniae 3 K. oxytoca/planticola/terrigena K. oxytoca 1 K. pneumoniae C. freundii ryhmä 2 E. cloacae C. freundii ryhmä 1 E. cloacae/amnigenus E. aerogenes 1 E. cloacae P. mirabilis 1 M. morganii Klebsiellat: väärä positiivinen 5-keto-D-gluconate Citrobacter: väärä negatiivinen ureaasi

13 Enterobakteerien identifikaatio O Hara ym Väärät enterobakteeri-identifikaatiot: 482 kantaa, 55 lajia Referenssimääritys Vitek 2 Citrobacter amalonaticus Citrobacter youngae (low) Citrobacter braakii Citrobacter freundii (low) Enterobacter cancerogenus Enterobacter amnigenus (low) Enterobacter cloacae Enterobacter asburiae (good) Edwardsiella tarda, biogroup 1 Salmonella group (very good) Escherichia coli, LAOa negative Citrobacter freundii (low) Kluyvera cryocrescens Enterobacter amnigenus (low) Pantoea agglomerans Citrobacter freundii (acceptable) Salmonella, lactose-positive Escherichia coli (very good; 3 str) S. arizonae, lactose-positive Escherichia coli (very good) Serratia liquefaciens Serratia odorifera (excellent) Shigella flexneri Escherichia coli (good) Yersinia pseudotuberculosis Yersinia pestis (low)

14 Non-enterobakteerien identifikaatio Gavin ym N Correct Low False No ID P. aeruginosa A. baumannii S. maltophilia B. cepacia 1 1 A. xylosoxidans 1 1 P. Multocida 3 3 Total (%) (93.6) (0) (0.6) (5.8) Väärät identifikaatiot Referenssimääritys Vitek 2 S. maltophilia Chryseobacterium indologenes

15 Non-enterobakteerien identifikaatio O,Hara ym N Correct Low False No ID Total * *29 eri bakteerilajia Väärät identifikaatiot Referenssimääritys Vitek 2 Aeromonas sobria A. hydrophila/caviae (excellent) Brevundimonas vesicularis Chryseob. Indologenes (low) Empedobacter brevis Chryseob. Indologenes (very good)

16 Enterobakteerien identifikaatio Funke ym Testattu käyttäen uutta NGNC-korttia, jossa 47 eri testiä Yhteensä 655 kantaa, 54 eri lajia N Correct Low False No ID Kaikki Väärät enterobakteeri-identifikaatiot: Referenssimääritys Vitek 2 Acinetobacter lwoffii Moraxella sp. Enterobacter amnigenus Enterobacter cloacae Pseudomonas stutzeri CDC group EO-2 tai Psychrobact. Rahnella aquatilis Pantotea sp.

17 Grampositiivisten identifikaatio Tested Correct Low False No ID n % % % % Bassel 1997 stock isolates fresh isol. (strep) fresh isol. (staph) Garcia-Garrote Ligozzi Spanu

18 Stafylokokkien identifikaatio Ligozzi ym N Correct Low False No ID S. aureus S. epidermidis S. haemolyticus S. hominis S. saprophyticus 4 4 S. xylosus 2 2 S. capitis S. simulans S. cohnii 1 1 S. warneri 1 1 S. lugdunensis S. sciuri 1 1 Total (%) (92.5) (5.0) (1.0) (1.5)

19 Stafylokokkien identifikaatio Spanu ym N Correct Low False No ID S. aureus S. capitis S. cohnii subsp. cohnii S. cohnii ss. urealyticum S. epidermidis S. haemolyticus S. hominis S. lugdunensis S. schleiferi S. simulans S. warneri S. xylosus Total (%) (95.6) (3.2) (0.2) (1.0)

20 Stafylokokkien identifikaatio Ligozzi ym. 2002, Spanu ym Väärät stafylokokki-identifikaatiot Referenssimääritys N Vitek 2 S. aureus 1 S. warneri S. simulans 1? S. hominis 1 S. epidermidis

21 Streptokokkien identifikaatio Ligozzi ym N Correct Low False No ID Enterococci E. faecalis E. faecium E. durans E. gallinarum 2 2 Total (%) (83) (8) (5) (5) Streptococci S. agalactiae (97) 1 (3) S. pneumoniae (76) 14 a (21) 2 (3) a kaikki 14 kantaa osoitettiin optokiinitestillä pneumokokeiksi

22 Tulosten valmistumisaika Identification Susceptibility % <2 <4 <6 <8 <10 <12 <14 <16 <18 hours Auckenthaler 1999

23 Hiivojen identifikaatio TYKSLAB 2004 (evaluaatio kesken) N Correct Low False No ID C. albicans C. dubliniensis C. glabrata C. guilliermondii C. krusei C. lusitaniae C. parapsilosis C. rugosa C. tropicalis C. zeylanoides G. candidum R. glutinis Total (%) (92.5) (2.5) (5.0) (0)

24 Vitek 2 laitteisto identifikaatiossa Helppokäyttöinen Nopea (2 5 tuntia) Enterobakteerit, tavalliset nonfermentoijat ja stafylokokit tunnistuvat 90 95% luotettavuudella Enterokokkien tunnistuksessa vielä puutteita (E. faecium, E. hirae, and E. durans eivät aina erotu toisistaan) Grampositiivisille sauvoille ei tarjolla korttia Hiivat tunnistuvat noin 90% luotettavuudella