Molekyylibiologian perusmenetelmät P Biokemian menetelmät I Juha Kerätär / BMTK
|
|
- Kari Aro
- 6 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 Molekyylibiologian perusmenetelmät P Biokemian menetelmät I Juha Kerätär / BMTK
2 Päivän aiheet Mitä on molekyylibiologia? Mitä ovat keskeiset molekyylibiologian menetelmät ja mihin ne perustuvat? Tavoitteet: Opiskelija tietää ja osaa kertoa, mitä tarkoittaa molekyylibiologia. Opiskelija ymmärtää molekyylibiologian perusmenetelmien biokemiallisen taustan ja osaa kertoa mihin menetelmiä voidaan käyttää. 2
3 Keskustelu Keskustelkaa parin kanssa tai pienessä ryhmässä: Mitä tarkoittaa molekyylibiologia? Mitä on geeniteknologia? Muutama minuutti keskustelua, jonka jälkeen kommentteja. 3
4 Molekyylibiologia Molekyylibiologia on biologian osa-alue, joka tutkii elävissä soluissa esiintyvien orgaanisten yhdisteiden molekulaarisia ominaisuuksia. Molekyylibiologiset tutkimusmenetelmät ovat mahdollistaneet esimerkiksi genomiseen DNA:han ja lähetti-rna:han taltioidun tiedon tutkimisen. Menetelmät ovat kehittyneet viimeisen vuoden aikana. Tätä ennen tutkittiin proteiineja, tuntematta niitä koodaavia geenejä! 4
5 Yhdistelmä-DNA (recombinant DNA) EX 1 INT EX 2 INT EX 3 Genominen DNA 5 cap ekspressio poly A käänteiskopiointi mrna DNA-molekyyli, joka syntyy, kun laboratoriossa yhdistetään eri lähteistä olevaa geneettistä materiaalia koeputkessa puhutaan myös kloonauksesta. Tutkittava geeni liitetään kuljettaja-dna:han, esimerkiksi plasmidi-dna:han. Liitettävä DNA: insertti Kuljettava DNA: vektori Alkuperäisestä DNA:sta ekspressoidaan lähetti-rna (mrna, messenger RNA), josta tehdään käänteiskopioijaentsyymillä (reverse transcriptase) komplementaarinen DNA (cdna, complementary DNA). cdna Tutkittavaa geeniä voidaan monistaa bakteerisoluissa. kloonaus Geeni voidaan ilmentää eli ekspressoida mrna:ksi ja siitä edelleen translaation kautta proteiiniksi. 5
6 DNA-insertin liittäminen vektori-dna:han Tutkittava geeni eristetään solusta tai monistetaan solun ulkopuolella. Katkaistaan siirrettävä DNA-jakso (insertti) ja vektori, johon DNA ollaan siirtämässä siten, että niihin muodostuvat samanlaiset yhteenliittyvät päät. Klassinen menetelmä DNA:n leikkaamiseen ovat restriktioentsyymit. Yhdistetään tutkittava DNA ja vektori. Siirretään vektori isäntäsoluun. Vektori monistuu ja proteiinia tuotetaan geenin ohjeen mukaan. 6
7 Vektorit ja plasmidit Tyypillisin vektori laboratoriossa on vektorina käytettäväksi muokattu plasmidi. Plasmidit ovat luonnossa lähinnä bakteereissa esiintyviä, kromosomin ulkopuolella sijaitsevia kaksijuosteisia DNA-rakenteita. - Rengasmaisia, kooltaan kromosomaalista DNA:ta pienempiä (laboratorioplasmidit tyypillisesti bp eli 1-20 kbp). - Itsenäisesti kahdentuvia. - Voivat siirtyä bakteerista toiseen. - Voivat sisältää bakteerille hyödyllisiä geenejä, esimerkiksi jonkin antibioottiresistenssin antava geeni. Plasmideja on muokattu kaupallisesti tutkimuskäyttöön, näitä käytetään vektoreina. - Kloonausvektori: käytetään insertin monistamiseen. - Ilmentämis- eli ekspressiovektori: käytetään proteiinin tuotantoon. 7 - Muokattu promoottorialue mrna:n synteesiä varten. - Puhdistusmerkki esim. histidiini-tag (His-tag) - mrna:n synteesin lopetuskoodi
8 Antibioottiresistenssigeeni, marker: mahdollistaa vain plasmidin sisältävien solujen säilyttämisen kasvatuksessa. MCS, multiple cloning site, polylinker: alue, jolla katkaisukohtia useille restriktioentsyymeille. 8 ORI, origin of replication: plasmidin replikaation aloituskohta
9 Restriktioentsyymit (restriktioendonukleaasit) 5 N N N G A A T T C N N N 3 3 N N N C T T A A G N N N 5 Entsyymeitä, jotka katkaisevat kaksijuosteisen DNA:n tietyn nukleotidisekvenssin kohdalta. Tunnistavat DNA:sta tietyn emäsjärjestyksen, joka usein on palindrominen (esim. kuvassa EcoRI). - Katkaisussa leikkauskohtaan muodostuu kohesiivinen pää (cohesive end, sticky end), jossa on yhden tai useamman nukleotidin yksijuosteinen osa (overhang). Joillain restriktioentsyymeillä muodostuu tylppä pää (blunt end) jossa tätä ei ole. Restriktioentsyymit ovat peräisin bakteereista. - Pilkkovat bakteereille vierasta DNA:ta. - Bakteereiden oma DNA on suojattu metyloimalla. Saatavana on satoja erilaisia kaupallisia restriktioentsyymejä - Esim. NEB: 9
10 DNA:n katkaisu restriktioentsyymillä (digestio) Sama entsyymi katkaisee aina saman sekvenssin mistä tahansa DNA:sta. Samanlaiset kohesiiviset päät insertissä ja vektorissa tarttuvat toisiinsa. DNA:t voidaan liittää saumattomasti toisiinsa ligaatioreaktiossa DNA-ligaasientsyymillä. Yhdistelmä-DNA Restriktioentsyymin toimintateho: 1 U (unit) = entsyymin määrä, joka pilkkoo 1 µg DNA:ta optimiolosuhteissa yhdessä tunnissa (yksi katkaisukohta). Entsyymi toimii tietyssä puskuriliuoksessa: - ph, suolapitoisuus, tarvitaanko albumiinia (BSA)? - Uudemmat kaupalliset restriktioentsyymit usein muokattu toimimaan samassa puskuriliuoksessa perinteisten kanssa täytyy olla tarkempi. Entsyymi lisätään viimeisenä jäillä olevaan reaktioputkeen. Pilkkomisen reaktiolämpötila tyypillisesti +37 C riippuu entsyymistä. Entsyymin säilytys työskennellessä jäillä, ja sen jälkeen -20 C. Entsyymi viimeisenä pakkasesta reaktioon, ja ensimmäisenä takaisin pakkaseen! 10
11 Laskuesimerkki Reaktion kokoaminen: - Pipetoidaan jäillä olevaan 1,5 ml mikroputkeen (eppendorf-putkeen, eppariin ): dh 2 O 23,8 µl Plasmidi (500 µg/ml) 8 µl EcoRI-reaktiopuskuri (5x) 8 µl EcoRI (20 U/µl) 0,2 µl 40 µl - Annetaan digestion tapahtua 1 H +37 C vesihauteessa tai lämpöblokissa. - Mitä muuta tarvitaan: jäitä tai kylmäblokki entsyymin säilyttämiseen; automaattipipettisarja; lämpöblokki tai lämmitettävä vesihaude; putki; vortex; minisentrifugi. Sinun pitää katkaista 4 µg plasmidi- DNA:ta EcoRI-restriktioentsyymillä. Reaktion kokonaistilavuus on 40 µl. Käytössä olevat reagenssit: Plasmidi-DNA, pitoisuus 500 µg/ml EcoRI-reaktiopuskuriliuos, 5x Restriktioentsyymi EcoRI, 20 U/µl. Kuinka paljon komponentteja pipetoit DNA:n katkaisureaktioon? Mitä välineitä tarvitset? Plasmidi: V = 4 µg 500 µg Puskuri: V = ml 1x 40 µl 5x = 0,008 ml = 8 µl = 8 µl Restriktioentsyymi: V = 4 U 20 U µl = 0,2 µl Vesi: V = 40 µl 8 µl 8 µl 0,2 µl = 23,8 µl 11
12 Keskustelu Keskustele vierustoverin kanssa: Mikä on polymeraasiketjureaktio (PCR) ja mitä sillä voidaan tehdä? Mitä reaktioon tarvitaan? Mitä reaktiossa tapahtuu? 12
13 Polymeraasiketjureaktio (PCR) PCR (polymerase chain reaction) mahdollistaa tarkasti valitun DNA-jakson, esimerkiksi yhden geenin monistamisen koeputkessa. Ensimmäiset julkaisut DNA:n monistamisesta koeputkessa 70-luvun alussa (Kleppe ja Khorana), menetelmä kehitettiin lopullisesti 1983 (Mullis). Kary Mullisille kemian Nobel Avain teknologian kehittämiseen DNApolymeraasin eristäminen termofiilisistä (kuumissa oloissa elävistä) bakteereista Thermus aquaticus. Polymeraasi aktiivinen olosuhteissa, joissa DNA on denaturoitunut. Haluttu DNA-jakso rajataan käyttäen alukkeita, lyhyitä oligonukleotideja jotka sitoutuvat monistettavaan DNA-jaksoon, templaattiin. Reaktiossa syntynyt uusi DNA-juoste voi toimia uutena templaattina DNA:n määrä kasvaa reaktiossa eksponentiaalisesti. 13
14 Mitä PCRreaktioon tarvitaan? Lämpötila riippuu alukkeen sekvenssistä! Templaatti-DNA (template) Templaattiin spesifisesti sitoutuvat oligonukleotidi-alukkeet (primer, forward ja reverse) Vapaita deoksinukleotideja: datp, dgtp, dctp, dttp (dntp-seos) Puskuriliuos, joka sisältää MgCl 2 :a, polymeraasientsyymin kofaktoria Korkeita lämpötiloja kestävä DNApolymeraasientsyymi: useita erilaisia entsyymejä saatavana kaupallisesti. PCR-laite: lämpöhaude, joka nopeasti ja tarkasti lämmittää ja viilentää näytteitä haluttuihin lämpötiloihin, ja pitää ne niissä. 14
15 PCR-alukkeet 5...CTACGGATTAGCGTGGCAATCGATGAACGT CGGATTAGCGTGGCAATC GATGCCTAATCGCACCGTTAGCTACTTGCA......TGCCATGAAGGCTCCGATGCTTAAGCCCTA CGAGGCTACGAATTCGGG-5...ACGGTACTTCCGAGGCTACGAATTCGGGAT pää: fosfaattiryhmä 3 -pää: hydroksyyliryhmä Synteettisiä oligonukleotideja. Toinen aluke koodaavan juosteen, toinen ei-koodavan juosteen sekvenssiä. Alukkeiden 3 -päät (= alukkeen pää, johon polymeraasi alkaa rakentaa uutta DNAjaksoa) toisiaan kohti. Alukkeet voi suunnitella itse, tai käyttää suunnitteluohjelmaa (tarkemmin Molekyylibiologia I kurssilla). Alukkeen pituus tyypillisesti bp. Alukkeita käytetään aina parina, parilla oltava suunnilleen sama sulamislämpötila (T m ) jotta ne toimivat PCR-reaktiossa hyvin. Tm määrittää reaktiossa käytetyn Alukkeet tilataan kaupalliselta valmistajalta. 15
16 Mitä PCR-reaktion aikana tapahtuu? 4. Uusi sykli: palataan kohtaan 1 ja denaturoidaan syntynyt kaksijuosteinen DNA. Sykli toistetaan yleensä kertaa. PCR-reaktion edetessä synteesin mallina (templaattina) toimii yhä useammin reaktion aikana syntynyt DNAjuoste. 1. DNA:n denaturoituminen: juosteet irtoavat toisistaan korkeassa lämpötilassa (98 C). 2. Sitoutuminen (annealing): lämpötilaa lasketaan, alukkeet sitoutuvat templaattiin (esim 55 C). 3. DNA:n synteesi: polymeraasi syntetisoi deoksinukleotideista uuden juosteen alukkeiden jatkeeksi, käyttäen templaatti-dna:ta mallina (72 C). DNA monistuu PCRreaktiossa eksponentiaalisesti: Teoriassa esim. 30 sykliä = 2 30 = 1,07 x 10 9 kertainen kohdesekvenssin monistus! 16
17 Esimerkki PCR-reaktion suunnittelusta 500 µl 17
18 Huomioita PCRreaktion tekemisestä laboratoriossa Polymeraasiketjureaktio on herkkä menetelmä: pienikin määrä DNA:ta voidaan monistaa moninkertaiseksi. Työskentele puhtaasti, ja käytä steriilejä pipetinkärkiä ja putkia pyritään estämään vieraan DNA:n pääsy kontaminoimaan reaktio. Reaktioissa usein varsinaisen PCR-reaktion lisäksi kontrollireaktioita: Esimerkiksi kontrolli-pcr-reaktio, joka muuten samanlainen kuin varsinainen PCR, mutta templaatti-dna:n tilalla dh 2 O. Jos tässä reaktiossa monistuu DNA:ta, jokin työväline tai reagenssi kontaminoitunut! Liiallinen templaatin määrä voi inhiboida reaktiota. Onnistumisen kannalta tärkeintä: alukkeiden suunnittelu ja oikea sitoutumislämpötila; reaktion tarkka kokoaminen. 18
19 Yhdistelmä-DNA:n monistaminen bakteereissa Escherichia coli -bakteerin pesäkkeitä agaroosimaljalla Yhdistelmä-DNA (tyypillisesti plasmidi- DNA:na) siirretään bakteeriin transformaatioreaktiolla (transformation). Genetiikassa transformaatio = ulkoisen geneettisen informaation siirto soluun. Käsitellään tarkemmin kurssilla Molekyylibiologia I. Bakteereja kasvatetaan ensin maljalla, mutta plasmidin tai plasmidin sisältämän geenin ohjeella tuotetun proteiinin eristämiseksi bakteereista tehdään liuoskasvatus. Muista ohjeet bakteerijätteen käsittelyyn luennolta 1! 19
20 GMM geenimuunnellut mikro-organismit Yhdistelmä-DNA:n siirtäminen bakteeriin tai muuhun isäntäsoluun synnyttää geenimuunnellun mikro-organismin (GMM). Käytetyistä GMM:eista pidettävä kirjaa, tarpeen tullen tehtävä ilmoitus valvovalle viranomaiselle. (ks. Luento 1) 20
21 Selektiivisellä maljalla kasvatettu yksittäisiä bakteeripesäkkeitä, joissa käytetty plasmidi. Tuotetaan siirretyn geenin koodaama proteiini uudessa kasvustossa, joka siirrostetaan y/y kasvustosta: Lämpötila +37 C Aika 2-3 h y/y Kasvatusliuos ehkä erilainen Bakteerien kasvatus Pesäkkeen siirrostus Kasvatus LBliemessä, jossa antibiootteja, y/y +37 C sekoittajassa Monistuneen plasmidi-dna:n eristys Bakteeripesäke siirrostetaan maljalta steriilisti kasvatusliuokseen. Kaikkien käytettävien tarvikkeiden tulee olla steriilejä. Kasvatusliuos tyypillisesti LB-liemi, joka sisältää pääasiassa hiivauutetta ja tryptonia (trypsiinillä hajotettua proteiinia). Antibioottia voidaan lisätä kasvatusliuokseen, jotta vain tietyn plasmidin sisältävät bakteerit kasvavat. Kasvatusastian tulee olla tilavuudeltaan vähintään 5x suurempi kuin kasvatusliuoksen tilavuus (hapetus!). Kasvatetaan yön yli sekoittavassa inkubaattorissa, yleensä +37 C. Yön yli kasvatetusta kasvustosta voidaan: Eristää plasmidi-dna:ta. Tehdä uusi, hyvässä kasvuvaiheessa oleva kasvusto, jossa voidaan tuottaa rekombinanttiproteiinia. Bakteerisolut kerätään sentrifugoimalla. 21
22 Plasmidi-DNA:n eristys Bakteerisolujen hajotus Alkaalinen (NaOH) puskuriliuos hajottaa solut. Lisäksi puskurin EDTA kelatoi Mg 2+ -ionit, joita DNAasit tarvitsevat toimiakseen. RNAasi hajottaa solulysaatin RNA:n. Plasmidi-DNA:n eristäminen alkaalisissa (emäksisissä) olosuhteissa perustuu plasmidien pienempään kokoon verrattuna bakteerin kromosomaaliseen DNA:han. Alkaalinen DNA:n denaturaatio: Alkaalisessa, NaOH:a sisältävässä liuoksessa sekä plasmidi että kromosomaalinen DNA denaturoituvat. SDS-detergentti denaturoi ja saostaa proteiineja ja hajottaa lipidejä. Liukoisen plasmidi-dna:n keräys: Solujätteet (solukalvot, saostuneet proteiinit ja kromosomaalinen DNA) poistetaan sentrifugoimalla, jolloin plasmidi-dna jää liukoisena supernatanttiin. Näytteen neutralointi: Näyte neutraloidaan nopeasti lisäämällä kaliumasetaattia, jolloin plasmidi-dna renaturoituu, mutta suurempi kromosomaalinen DNA ei ehdi renaturoitua vaan saostuu. 22
23 Supernatantista plasmidi-dna voidaan puhdistaa edelleen joko uuttamalla tai käyttämällä pylväskromatografiaa (kaupallinen kitti). Plasmidi-DNA:n uuttaminen: Supernatanttiin lisätään fenoli-kloroformia ja sentrifugoidaan, jolloin proteiinit jäävät orgaaniseen faasiin. Plasmidi-DNA:n saostaminen: Vesifaasissa oleva DNA saostetaan suolalla ja isopropanolilla. Plasmidi-DNA:n puhdistus pylväskromatografialla: Supernatantissa oleva plasmidi-dna sidotaan silikageelimatriksiin kaotrooppisen suolan (esim. guanidiinihydrokloridi) avulla. Suola poistaa veden DNA:n ympäriltä, jolloin DNA:n rungon ja silikageelin negatiiviset ryhmät voivat sitoutua positiivisten ionien kautta. Plasmidi-DNA:n keräys: Plasmidisakka sentrifugoidaan erilleen. Pesu: DNA-pelletti pestään 70% etanolilla. DNA:n liuotus: Sakan annetaan kuivua ja DNA liuotetaan steriiliin veteen tai laimeaan Tris-puskuriin. Plasmidi-DNA:n pesu: Epäpuhtaudet pestään pylväästä korkealla suolapitoisuudella ja etanolilla. Plasmidi-DNA:n eluointi: DNA eluoidaan silikageelistä laskemalla suolapitoisuutta, yleensä Tris- tai Tris- EDTA-puskurilla jonka ph
24 Eristetyn plasmidi-dna:n puhtauden ja pitoisuuden määritys Eristetyn plasmidin pitoisuutta ja puhtautta tutkitaan puhdistuksen jälkeen tyypillisesti spektrofotometrisesti kertaa spektrofotometriaa käsitelleeltä luennolta ja laskuharjoituksista miten. Haluttaessa tarkistaa esimerkiksi onko eristetyn plasmidin koko mitä pitäisi, voidaan leikata plasmidirengas auki (= linearisoida plasmidi) restriktioentsyymillä ja ajaa agaroosigeelielektroforeesi (käsitellään myöhemmillä luennoilla). Pieni proteiiniepäpuhtaus eristetyssä plasmidissa ei tyypillisesti estä sen käyttämistä jatkokokeissa. Kaupallisessa eristyksessä myös pylväästä irronnut silika voi muuttaa A 260 /A 280 -suhdetta. Tyypillinen saanto plasmidia kaupallisella kitillä kahdesta ml:sta yön yli kasvustoa: esim. 50 µl, ng/µl. Käytettävä plasmidi voi vaikuttaa! 24
25 Mihin eristettyä plasmidia voidaan käyttää? Plasmidista voidaan katkaista insertti, esimerkiksi siihen aiemmin liitetty geeni, ja siirtää uuteen vektoriin. Plasmidia voidaan käyttää templaattina PCR-reaktiossa, kun kloonataan inserttiä uuteen vektoriin. Plasmidi voidaan siirtää bakteeriin, hiivaan tai muuhun eukaryoottisoluun ja tuottaa siinä plasmidin (eli sen insertin) koodaamaa proteiinia. 25
26 26 Esimerkki: Geenin kloonaus uuteen ekspressiovektoriin Plasmidin voi esimerkiksi imeyttää puhtaaseen filtteripaperiin, ja lähettää kuivalähetyksenä kirjekuoressa. Plasmidia jossa tutkittava geeni saatu toiselta tutkijalta vähän (muutama µg). Siirretään plasmidi bakteeriin (transformaatio), kasvatetaan bakteerikasvusto, eristetään plasmidi. Geeni on plasmidivektorissa, joka ei sovi käyttämääni isäntäsoluun. Voin joko: Katkaista geenin entisestä vektorista, tai Monistaa geeniä PCR:llä Uudessa vektorissa ei ole samoja katkaisukohtia kuin vanhassa, joten joudun käyttämään PCR:ää. PCR, PCR-tuotteen ja uuden vektorin katkaisu samoilla restriktioentsyymeillä, ligaatio, bakteerin transformaatio, plasmidin eristys, sekvensointi (= tarkistus). Lopputuloksena plasmidivektori, jolla voin tuottaa proteiinia käyttämissäni isäntäsoluissa.
27 Genomisen DNA:n eristäminen Genominen DNA on pitkäketjuista ja hajoaa helposti. Solut on hajotettava mahdollisimman hellävaraisesti. Solujen tai kudoksen hajotus (lyysaus): Esim. Tris-puskuri, jossa EDTA:a ja SDS:a, lisäksi proteinaasi K:ta, RNAasia ja lysotsyymiä. DNA:n uutto: Lysaattiin lisätään fenolia tai fenolikloroformia ja sentrifugoidaan, jolloin lysaatin proteiinit jäävät orgaaniseen faasiin. DNA:n kerääminen, pesu ja liuotus DNA:n saostaminen: Vesifaasissa oleva DNA saostetaan suolalla ja isopropanolilla tai etanolilla. 27
28 Mihin genomista DNA:ta tarvitaan? Mutaatioiden etsiminen kudoksesta tai soluista. Geenin tai geenialueen kloonaaminen. Geenien säätelyalueiden tutkiminen. Muuntogeenisten eläinten tunnistaminen. 28
29 RNA:n eristäminen RNA on herkkä ribonukleaaseille eli RNAaseille, eli RNA:ta hajottaville entsyymeille. RNAaseja on kaikkialla, esimerkiksi iholla, ja ne ovat usein sekä aktiivisia että hyvin erilaisia olosuhteita kestäviä (stabiileja). RNA-töissä kiinnitetään erityistä huomiota työtapoihin: Käsineet kaikissa työvaiheissa kädet yleisin kontaminaation lähde (myös esim. pipettikotelon täyttö!). Käytä steriileja, mielellään kertakäyttöisiä välineitä. Liuokset käsiteltävä dietyylipyrokarbonaatilla (DEPC), joka inaktivoi RNAaseja, ja autoklavoitava. Autoklaavissa DEPC hajoaa etanoliksi ja hiilidioksidiksi. Välineet, joita ei voida autoklavoida käsitellään detergentillä (esim 0,5% SDS) ja huuhdellaan RNAasivapaalla vedellä (DEPC-H 2 O). 29
30 Totaali-RNA:n eristäminen Solujen tai kudoksen hajotus: Proteiinit (ml. RNAasit) denaturoidaan voimakkaasti: lyysipuskurissa guanidiinisuoloja, SDS:ää, β- merkaptoetanolia. RNAasit denaturoitava solut lyysattaessa, jonka jälkeen happamissa uuttoolosuhteissa DNA on liukoinen fenoliin, mutta RNA jää vesifaasiin. RNA:n uutto: Lysaattiin lisätään hapanta fenolia tai fenoli-kloroformia ja sentrifugoidaan, jolloin DNA ja proteiinit jäävät orgaaniseen faasiin. RNA:n kerääminen, pesu ja liuotus RNA:n saostaminen: Vesifaasin RNA saostetaan suolalla ja isopropanolilla. 30
31 Mihin totaali- RNA:ta käytetään? RNA-siru-tekniikoilla voidaan esimerkiksi tutkia satojen eri geenien ilmentymistä eri kudoksissa. Geenien ilmentymisen (ekspression) tutkimus: Käänteistranskriptio-PCR (reverse transcription PCR, RT-PCR) tai kvantitatiivinen RT-PCR (qrt-pcr) Northern-blottaus RNA-siru-analyysit (RNA-microarray) Lähetti-RNA:n (mrna) eristäminen. cdna:n synteesi cdna:n kloonaus Mutaatioiden etsiminen 31
32 Loppukertaus Kirjoita tai piirrä lyhyt yhteenveto seuraavista aiheista: Plasmidi-DNA:n, genomisen DNA:n ja totaali-rna:n eristämisen erot. Miten erilaiset nukleiinihapot saadaan puhdistettua solu- tai kudoslysaatista, ja mihin puhdistuminen perustuu? Kun olet valmis, vaihda yhteenvetosi vierustoverin kanssa. Täydentäkää toistenne yhteenvetoja, ja sen jälkeen keskustelkaa täydennyksistä. 32
Molekyylibiologian perusmenetelmät
2 3 Molekyylibiologian perusmenetelmät 740151P Biokemian menetelmät I 26.9.2017 Juha Kerätär / BMTK Päivän aiheet Mitä on molekyylibiologia? Mitä ovat keskeiset molekyylibiologian menetelmät ja mihin ne
LisätiedotGEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA
GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA GEENITEKNIIKKKA ON BIOTEKNIIKAN OSA-ALUE! Biotekniikka tutkii ja kehittää elävien solujen, solun osien, biokemiallisten menetelmien sekä molekyylibiologian uusimpien menetelmien
LisätiedotGenetiikan perusteiden harjoitustyöt
Genetiikan perusteiden harjoitustyöt Molekyylien kloonaus ja siihen liittyvät taidot ja temput, osa 1 Restriktioentsyymit, elektroforeesi Moniste sivulta 24-: Geenien kloonaus CELL 491- Isolating, cloning,
LisätiedotLABORATORIOTYÖ: RESTRIKTIOENTSYYMIDIGESTIO
LABORATORIOTYÖ: RESTRIKTIOENTSYYMIDIGESTIO Restriktioentsyymidigestio on yksi yhdistelmä-dna-tekniikan perusmenetelmistä, jossa katkaistaan kaksinauhainen DNA tietystä kohdasta erilaisten restriktioentsyymien
Lisätiedot10.9.2015 Pipetointi, sentrifugointi ja spektrofotometria
BIOKEMIAN MENETELMÄT I, SYKSY 2015 VASTAUKSET LUENTOMATERIAALIN TEHTÄVIIN: 10.9.2015 Pipetointi, sentrifugointi ja spektrofotometria Pesukoneen g-voimat: RCF (x g) = 1,119 10-5 (rpm)2 r = roottorin säde
LisätiedotPCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa
PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa Listerian, Salmonellan ja kampylobakteerien tunnistus elintarvikkeista ja rehuista 29.11.2012 Eva Fredriksson-Lidsle Listeria monocytogenes Salmonella (spp) Campylobacter
LisätiedotBioteknologian perustyökaluja
Bioteknologian perustyökaluja DNAn ja RNAn eristäminen helppoa. Puhdistaminen työlästä (DNA pestään lukuisilla liuottimilla). Myös lähetti-rnat voidaan eristää ja muuntaa virusten käänteiskopioijaentsyymin
LisätiedotTenttipäivät. Tentti TI :30-17:30 1. uusinta MA :30-17:30 2. uusinta MA :30-17:30
Tenttipäivät Tentti TI 14.11. 14:30-17:30 1. uusinta MA 11.12. 14:30-17:30 2. uusinta MA 30.1.2018 14:30-17:30 Jos on joku iso päällekkäisyys (= tutkinnon pakollisen kurssin pakollinen läsnäolo, esimerkiksi
LisätiedotGeenitekniikan perusmenetelmät
Loppukurssikoe To klo 14-16 2 osiota: monivalintatehtäväosio ja kirjallinen osio, jossa vastataan kahteen kysymykseen viidestä. Koe on auki klo 14.05-16. Voit tehdä sen oppitunnilla, jolloin saat tarvittaessa
LisätiedotDNA:n informaation kulku, koostumus
DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa
Lisätiedot9/30/2013. GMO analytiikka. Termistöä. Markkinoilla olevien GM kasvien ominaisuuksia
GMO analytiikka Kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö Evira Termistöä geenimuuntelu muuntogeeninen siirtogeeninen GM GMO (geneettisesti muunnettu organismi) GM tapahtuma (event): käytetään silloin kun
LisätiedotPlasmidi-DNA:n eristys bakteerisoluista DNA:n geelielektroforeesi (Proteiinien geelielektroforeesi)
Plasmidi-DNA:n eristys bakteerisoluista DNA:n geelielektroforeesi (Proteiinien geelielektroforeesi) CHEM-A1310 Biotieteen perusteet Heli Viskari 2017 DNA-harjoitustöiden aikataulu, valitse yksi näistä
LisätiedotGMO analytiikka Annikki Welling Kemian tutkimusyksikkö Evira
GMO analytiikka Annikki Welling Kemian tutkimusyksikkö Evira Millaisia GM kasvit ovat ja kuinka tätä käytetään hyväksi analytiikassa Aromaattisten aminohappojen biosynteesireitti kasvissa Kasvi tarvitsee
LisätiedotBioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30
Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen
LisätiedotTuija Solismaa IHMISEN RECQL4-PROTEIININ 450 ENSIMMÄISTÄ AMINOHAPPOA KOODITTAVAN DNA-JAKSON KLOONAUS
Tuija Solismaa IHMISEN RECQL4-PROTEIININ 450 ENSIMMÄISTÄ AMINOHAPPOA KOODITTAVAN DNA-JAKSON KLOONAUS RAPORTIN NIMIÖSIVU IHMISEN RECQL4-PROTEIININ 450 ENSIMMÄISTÄ AMINOHAPPOA KOODITTAVAN DNA-JAKSON KLOONAUS
LisätiedotKukan kehitystä säätelevien geenien molekyylikloonaus
Sanna Viitanen Kukan kehitystä säätelevien geenien molekyylikloonaus Opinnäytetyö Metropolia Ammattikorkeakoulu Terveys- ja hoitoala Bioanalytiikka Opinnäytetyö 15.5.2014 Tiivistelmä Tekijä(t) Otsikko
Lisätiedot"Geenin toiminnan säätely" Moniste sivu 13
"Geenin toiminnan säätely" Moniste sivu 13 Monisteen alussa on erittäin tärkeitä ohjeita turvallisuudesta Lukekaa sivu 5 huolellisesti ja usein Vaarat vaanivat: Palavia nesteitä ja liekkejä on joskus/usein
LisätiedotVASTAUS 1: Yhdistä oikein
KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen
LisätiedotSukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien
LisätiedotLABORATORIOTYÖ: AGAROOSIGEELIELEKTROFOREESI
LABORATORIOTYÖ: AGAROOSIGEELIELEKTROFOREESI Agaroosigeelielektroforeesi (AGE) on yksinkertainen ja tehokas menetelmä erikokoisten DNAjaksojen erottamiseen, tunnistamiseen ja puhdistamiseen. Eri valmistajien
LisätiedotSolun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 4. Entsyymit ovat solun kemiallisia robotteja
Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 4. Entsyymit ovat solun kemiallisia robotteja 1. Avainsanat 2. Solut tuottavat entsyymejä katalyyteiksi 3. Entsyymien rakenne ja toiminta 4. Entsyymit vaativat toimiakseen
LisätiedotMYKOPLASMA- WORKSHOP!
Science whereyou are Tarjoukset voimassa 31.12.2014 asti kampanjakoodilla FIN311214FIN. Kampanjahinnat ilman arvonlisäveroa. TULOSSA... MYKOPLASMA- WORKSHOP! BioNordika Finland Oy Kutomotie 18, 00380 Helsinki
LisätiedotSolun tutkiminen. - Geenitekniikka
Solun tutkiminen - Geenitekniikka Tunnin sisältö 1. Bioteknologian peruskäsitteitä 2. Hieman mikroskoopeista 3. DNA:n eristäminen, puhdistaminen ja pilkkominen 4. Geenikirjasto 5. PCR 6. Elektroforeesi
LisätiedotKOE 6 Biotekniikka. 1. Geenien kloonaus plasmidien avulla.
Esseekysymyksistä 1-2 voi saada enintään 9 pistettä/kysymys. Vastauksia pisteytettäessä huomioidaan asiatiedot, joista voi saada enintään 7 pistettä. Lisäksi vastaaja saa enintään kaksi pistettä, mikäli
LisätiedotSaana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ
Saana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ Saana-Mari Jänkälä Opinnäytetyö syksy 2011 Laboratorioalan
Lisätiedot1. Nimeä kuvaan nuolien osoittamat reitit/tavat, joiden kautta haitalliset aineet voivat päästä elimistöön.
KOTITEHTÄVÄ 1 Biokemian menetelmät I syksy 2015 Opiskelijanumero: Kotitehtäviä saa miettiä ryhminä, mutta jokainen opiskelija palauttaa oman itsenäisesti käsin kirjoitetun vastauksen tehtäviin. Kotitehtävästä
Lisätiedot6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi
6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi GENEETTINEN INFORMAATIO Geeneihin pakattu informaatio ohjaa solun toimintaa ja siirtyy
LisätiedotDNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi
LisätiedotDNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio
LisätiedotBiokemian menetelmät I kurssi, työselostukset, kevät 2016.
Biokemian menetelmät I kurssi, työselostukset, kevät 2016. DEADLINET: työselostus tulostettuna paperille Työ 3: To 24.3.2016 klo 15:00 KE1132:n palautuspiste tai BMTK:n Työ 2: Pe 1.4.2016 klo 16:00 KE1132:n
Lisätiedotα-amylaasi α-amylaasin eristäminen syljestä ja spesifisen aktiivisuuden määritys. Johdanto Tärkkelys Oligosakkaridit Maltoosi + glukoosi
n eristäminen syljestä ja spesifisen aktiivisuuden määritys. Johdanto Työssä eristetään ja puhdistetaan merkittävä ja laajalti käytetty teollisuusentsyymi syljestä. pilkkoo tärkkelystä ensin oligosakkarideiksi
LisätiedotVIRUSPROTEIINIEN TUOTTO HYÖNTEISSOLUISSA BAKULOVIRUKSEN AVULLA
Opinnäytetyö (AMK) Bio- ja elintarviketekniikka Biotekniikka 2011 31 s Anastasia Susi VIRUSPROTEIINIEN TUOTTO HYÖNTEISSOLUISSA BAKULOVIRUKSEN AVULLA OPINNÄYTETYÖ (AMK) TIIVISTELMÄ TURUN AMMATTIKORKEAKOULU
LisätiedotPeptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24.5.2006 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Mitä tarkoitetaan biopolymeerilla? Mihin kolmeen ryhmään biopolymeerit voidaan jakaa? (1,5 p) Biopolymeerit ovat luonnossa esiintyviä / elävien solujen muodostamia polymeerejä / makromolekyylejä.
LisätiedotE. coli PCR-menetelmä putkirikkotilanteiden varalle Ajankohtaista laboratoriorintamalla
E. coli PCR-menetelmä putkirikkotilanteiden varalle Ajankohtaista laboratoriorintamalla Erikoistutkija Tarja Pitkänen 1.10.2019 Pikatesti elinkykyisten E. coli -bakteerien tunnistamiseen Suomen talousvedestä
LisätiedotPOIMI KEVÄTTALVEN KAMPANJAEDUT!
POIMI KEVÄTTALVEN KAMPANJAEDUT! Yli 400 arvoisiin NEBtilauksiin hieno NEB-TIMER! Tarjoukset voimassa 30.3.2013 asti kampanjakoodilla FIN300313FIN BioNordika Finland Oy Kutomotie 18, 00380 Helsinki tel
LisätiedotGenomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia
Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) DNA RNA 7.12.2017 Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Osaamistavoitteet Lärandemål Luennon jälkeen ymmärrät pääperiaatteet
LisätiedotLääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe Tehtävä 1 Pisteet / 15
Tampereen yliopisto Henkilötunnus - Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe 18.5.2018 Tehtävä 1 Pisteet / 15 1. Alla on esitetty urheilijan
LisätiedotMetsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari
Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpuiden vaivat Metsäpuiden eloa ja terveyttä uhkaavat monet taudinaiheuttajat: Bioottiset taudinaiheuttajat
LisätiedotSynteettinen biologia Suomessa: Virukset synteettisen biologian työkaluina
Synteettinen biologia Suomessa: Virukset synteettisen biologian työkaluina Minna Poranen Akatemiatutkija Helsingin yliopisto FinSynBio-ohjelma Suomen Akatemia Virukset synteettisen biologian työkaluina
LisätiedotKvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa
Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa Maria Valkonen, Kaisa Jalkanen, Martin Täubel, Anne Hyvärinen 31.3.2014 Sisäilmastoseminaari 2014 1 Tausta Asumisterveysoppaan mukaiset sisäympäristön
LisätiedotGenomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA
Genomin ylläpito 5.12.2017 TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Luennon sisältö Tuman kromosomien rakenne ja pakkautuminen Pakkautumisen säätely: histonien modifikaatiot DNA:n kahdentuminen
LisätiedotLeena Keskitalo HYBRIDOOMASOLUN SISÄLTÄMÄN VASTA-AINEGEENIN MONISTAMINEN JA KLOONAAMINEN SEKVENSOINTIVEKTORIIN
Leena Keskitalo HYBRIDOOMASOLUN SISÄLTÄMÄN VASTA-AINEGEENIN MONISTAMINEN JA KLOONAAMINEN SEKVENSOINTIVEKTORIIN HYBRIDOOMASOLUN SISÄLTÄMÄN VASTA-AINEGEENIN MONISTAMINEN JA KLOONAAMINEN SEKVENSOINTIVEKTORIIN
LisätiedotTEKNIIKKA JA LIIKENNE. Laboratorioala
TEKNIIKKA JA LIIKENNE Laboratorioala OPINNÄYTETYÖ FUUSIOPROTEIININ KLOONAAMINEN, TUOTTO JA KARAKTERISOINTI Työn tekijä: Jenni Mikkonen Työn ohjaaja: Heli Haakana Työn ohjaaja: Tiina Soininen Työ hyväksytty:..
LisätiedotGenomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma
Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja
LisätiedotEkologiset ympäristöongelmat. 10. Geeniteknologia. BI5 II Geeniteknologia 4. Geenitekniikan perusmenetelmiä
Ekologiset ympäristöongelmat 10. Geeniteknologia Dna:n ja rna:n käsittely Eristäminen Puhdistaminen Lähetti-rna:t voidaan muuntaa niiden emäsjärjestystä vastaavaksi ns. komplementaariseksi dna:ksi (c-dna)
LisätiedotPIKORNAVIRUSGENOMIN MONISTUS RT-PCR- MENETELMÄLLÄ
Opinnäytetyö (AMK) Bio- ja elintarviketekniikan koulutusohjelma Biotekniikka 2018 Tapio Metz PIKORNAVIRUSGENOMIN MONISTUS RT-PCR- MENETELMÄLLÄ OPINNÄYTETYÖ (AMK) TIIVISTELMÄ TURUN AMMATTIKORKEAKOULU Bio-
LisätiedotLiuosten valmistus, puskuriliuokset ja ph
2 3 Liuosten valmistus, puskuriliuokset ja ph 740151P Biokemian menetelmät I BMTK / Juha Kerätär Päivän aiheet Mihin puskuriliuoksia tarvitaan biokemiassa? Miten liuoksia valmistetaan? Mitä on sterilointi?
LisätiedotLiuosten valmistus, puskuriliuokset ja ph P Biokemian menetelmät I BMTK / Juha Kerätär
Liuosten valmistus, puskuriliuokset ja ph 740151P Biokemian menetelmät I BMTK / Juha Kerätär Päivän aiheet Mihin puskuriliuoksia tarvitaan biokemiassa? Miten liuoksia valmistetaan? Mitä on sterilointi?
LisätiedotRCA -MENETELMÄN HYÖDYNTÄMINEN GEENIKIRJASTOJEN KEHITTÄMISESSÄ
Opinnäytetyö RCA -MENETELMÄN HYÖDYNTÄMINEN GEENIKIRJASTOJEN KEHITTÄMISESSÄ Marja Julin Bio- ja elintarviketekniikka 2011 TURUN TIIVISTELMÄ AMMATTIKORKEAKOULU Koulutusohjelma: Bio- ja elintarviketekniikka
LisätiedotEPH-RESEPTORIN KLOONAUS, TUOTTO JA PUHDISTUS HYÖNTEISSOLUSTA
Eph- reseptorin kloonaus, tuotto ja puhdistus hyönteissoluista Bio- ja Elintarviketekniikka Biotekniikka 2012 Shevin Mamandi EPH-RESEPTORIN KLOONAUS, TUOTTO JA PUHDISTUS HYÖNTEISSOLUSTA OPINNÄYTETYÖ (AMK)
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. Valitse listasta kunkin yhdisteen yleiskielessä käytettävä ei-systemaattinen nimi. (pisteet yht. 5p) a) C-vitamiini b) glukoosi c) etikkahappo d) salisyylihappo e) beta-karoteeni a. b. c. d. e. ksylitoli
LisätiedotDNA > RNA > Proteiinit
Genetiikan perusteiden luentojen ensimmäisessä osassa tarkasteltiin transmissiogenetiikkaa eli sitä, kuinka geenit siirtyvät sukupolvesta toiseen Toisessa osassa ryhdymme tarkastelemaan sitä, mitä geenit
LisätiedotLiuosten valmistus, puskuriliuokset ja ph
Liuosten valmistus, puskuriliuokset ja ph 740151P Biokemian menetelmät I BMTK / Juha Kerätär Päivän aiheet Mihin puskuriliuoksia tarvitaan biokemiassa? Miten liuoksia valmistetaan? Mitä on sterilointi?
LisätiedotLaura Hagelin & Miia Kokkola HEMOKROMATOOSI-GEENIMUTAATION KLOONAAMINEN PCR-MENETELMÄLLÄ
Laura Hagelin & Miia Kokkola HEMOKROMATOOSI-GEENIMUTAATION KLOONAAMINEN PCR-MENETELMÄLLÄ HEMOKROMATOOSI-GEENIMUTAATION KLOONAAMINEN PCR-MENETELMÄLLÄ Laura Hagelin & Miia Kokkola Opinnäytetyö Syksy 2013
LisätiedotSUBKLOONAUS JA RESTRIKTIOENTSYYMIANALYYSI
SUBKLOONAUS JA RESTRIKTIOENTSYYMIANALYYSI Molekyylibiologian ja geeniteknologian harjoitustyön kokoaminen Savoniaammattikorkeakoulun bioanalytiikan koulutusohjelmalle Opinnäytetyö Maija Vuorenpää Bioanalytiikan
LisätiedotEntsyymit ja niiden tuotanto. Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä
Entsyymit ja niiden tuotanto Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä Mitä ovat entsyymit? Entsyymit ovat proteiineja (eli valkuaisaineita), jotka vauhdittavat (katalysoivat) kemiallisia
LisätiedotDNA (deoksiribonukleiinihappo)
DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 -päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 -päässä vapaana sokeri
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Seoksen komponentit voidaan erotella toisistaan kromatografisilla menetelmillä. Mihin kromatografiset menetelmät perustuvat? (2p) Menetelmät perustuvat seoksen osasten erilaiseen sitoutumiseen paikallaan
LisätiedotEPHA3-RESEPTORIPROTEII I LIGA DIA SITOVA OSA TUOTTO ERI ISÄ TÄORGA ISMEISSA SEKÄ PUHDISTUS JA KARAKTERISOI TI
Opinnäytetyö EPHA3-RESEPTORIPROTEII I LIGA DIA SITOVA OSA TUOTTO ERI ISÄ TÄORGA ISMEISSA SEKÄ PUHDISTUS JA KARAKTERISOI TI Eerika Päivänsäde Bio- ja Elintarviketekniikka 2009 TURUN AMMATTIKORKEAKOULU TIIVISTELMÄ
LisätiedotDNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia
DNA 3.3.2015 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne
LisätiedotSolun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne
Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne 1. Avainsanat 2. Solut koostuvat molekyyleistä 3. Hiilihydraatit 4. Lipidit eli rasva-aineet 5. Valkuaisaineet eli proteiinit rakentuvat
LisätiedotGENEETTISESTI MUUNNELLUN BAKTEERIN TUNNISTAMINEN -
Mirka Tyni Marjo Yrjänheikki GENEETTISESTI MUUNNELLUN BAKTEERIN TUNNISTAMINEN - Itseopiskelumateriaalin tuottaminen kvantitatiivisesta polymeraasiketjureaktiosta sekä harjoitustyön suunnittelu ja testaus
LisätiedotPerinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita
Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 10. Valkuaisaineiden valmistaminen solussa 1. Avainsanat 2. Perinnöllinen tieto on dna:n emäsjärjestyksessä 3. Proteiinit koostuvat
LisätiedotPCR:n laadunvarmistus. Saija Hallanvuo Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö/ Elintarvikemikrobiologiajaosto
PCR:n laadunvarmistus Saija Hallanvuo Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö/ Elintarvikemikrobiologiajaosto Ajankohtaista laboratoriorintamalla 11.10.2012 1 Laadunvarmistus Validointi Henkilökunnan
LisätiedotKOHDERYHMÄ KESTO: MOTIVAATIO: TAVOITE: AVAINSANAT: - TAUSTAA
ANTIBIOOTTISYNTEESI KOHDERYHMÄ: Työ soveltuu ensisijaisesti lukiolaisille. Lukiossa työn voi toteuttaa kurssilla KE3 tai työkurssilla. KESTO: Työ kestää 90 min (refluksointi 60min) (120 min tislauksen
LisätiedotHyvän vastauksen piirteet. Biolääketieteen valintakoe 20.05.2015. Maksimipisteet: 45
Hyvän vastauksen piirteet Biolääketieteen valintakoe 20.05.2015 Maksimipisteet: 45 I) Monivalintakysymykset. Rengasta oikea vaihtoehto. Vain yksi vaihtoehdoista on oikein. Vastaus on hylätty, jos on rengastettu
LisätiedotFrancis Crick ja James D. Watson
Francis Crick ja James D. Watson Francis Crick ja James D. Watson selvittivät DNAn rakenteen 1953 (Nobel-palkinto 1962). Rosalind Franklin ei ehtinyt saada kunniaa DNA:n rakenteen selvittämisestä. Hän
LisätiedotHyvän vastauksen piirteet. Biolääketieteen valintakoe Maksimipisteet: 45
Hyvän vastauksen piirteet Biolääketieteen valintakoe 20.05.2015 Maksimipisteet: 45 I) Monivalintakysymykset. Rengasta oikea vaihtoehto. Vain yksi vaihtoehdoista on oikein. Vastaus on hylätty, jos on rengastettu
LisätiedotElämän synty. Matti Leisola
Elämän synty Matti Leisola Selitettävää Universumin rakenne Biologinen elämä Maailmallemme on olemassa kaksi erilaista selitysmallia Kaikki on syntynyt sattumanvaraisten fysikaalisten ja kemiallisten tapahtumien
LisätiedotTEKNIIKAN JA LIIKENTEEN TOIMIALA. Laboratorioala. Tutkimuspainotteinen suuntautumisvaihtoehto
TEKNIIKAN JA LIIKENTEEN TOIMIALA Laboratorioala Tutkimuspainotteinen suuntautumisvaihtoehto OPINNÄYTETYÖ DNA:N ERISTYSMENETELMIEN VERTAILU ELINTARVIKENÄYTTEILLE ERILAISILLA NÄYTEMATRIISEILLA Työn tekijä:
LisätiedotMuuttumaton genomi? Genomin ylläpito. Jakson luennot. Luennon sisältö DNA:N KAHDENTUMINEN ELI REPLIKAATIO
Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito SNP 14.1.2013 Tiina Immonen Biolääketieteen laitos Biokemia ja kehitysbiologia Jakson luennot Mitä on genomilääketiede? Dan Lindholm Genomin ylläpito Tiina Immonen
LisätiedotBakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella:
Bakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella: ja b) värjäytyvyyden perusteella: 1) Gram-positiiviset Soluseinän ulkokalvo värjäytyy 2) Gram negatiiviset Soluseinän ulkokalvo jää värjäytymättä Laborointi
Lisätiedot2.1 Solun rakenne - Lisämateriaalit
2.1 Solun rakenne - Lisämateriaalit Tiivistelmä Esitumaisiset eli alkeistumalliset solut ovat pieniä (n.1-10µm), niissä on vähän soluelimiä, eikä tumaa (esim. arkeonit, bakteerit) Tumalliset eli aitotumalliset
LisätiedotQIAsymphony SP protokollatietolehtinen
Helmikuu 2017 QIAsymphony SP protokollatietolehtinen circdna_2000_dsp_v1 ja circdna_4000_dsp_v1 Tämä asiakirja on QIAsymphony circdna_2000_dsp_v1:n ja circdna_4000_dsp_v1:n protokollatietolehtinen, versio
LisätiedotE. colin auksotrofiset mutantit
E. colin auksotrofiset mutantit Mutantit MCB 261 -; CELL 267 Mutaatio tapahtuu DNA:ssa, mutta vaikutus näkyy tai tuntuu vasta jos proteiini muuttuu oleellisesti Auksotrofinen mutantti tarkoittaa sellaista
LisätiedotItämeren sedimentin ja rautamangaanisaostumien. hajottaa raakaöljyä ja naftaleenia. Suomen ympäristökeskus
Itämeren sedimentin ja rautamangaanisaostumien bakteerien kyky hajottaa raakaöljyä ja naftaleenia Mikrokosmoskokeet 23.7.-18.12.2012 Anna Reunamo, Pirjo Yli-Hemminki, Jari Nuutinen, Jouni Lehtoranta, Kirsten
Lisätiedot(12) PATENTTIJULKAISU PATENTSKRIFT (10) F11177898. (45) Patentti myönnetty - Patent beviljats. (51) Kv.lk. - Int.kl.
(12) PATENTTIJULKAISU PATENTSKRIFT 1 1 10 111 (10) F18 (45) Patentti myönnetty - Patent beviljats 28.02.2007 SUOMI - FINLAND (FI) PATENTTI- JA REKISTERIHALLITUS PATENT- OCH REGISTERSTYRELSEN (51) Kv.lk.
Lisätiedotsulfatiatsoli meripihkahappoanhydridi eli dihydro-2,5- furaanidioni etanoli (EtaxA, 99 %)
ANTIBIOOTTISYNTEESI TAUSTAA Olet kesätöissä lääketehtaalla. Lääkefirman kemistit ovat kehittäneet antibiootin, sulfiatsolin, joka estää bakteerien foolihapon synteesiä. Foolihappoa tarvitaan esimerkiksi
LisätiedotGenomin ylläpito Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia
Genomin ylläpito 14.1.2014 Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia Luennon sisältö DNA:n kahdentuminen eli replikaa8o DNA:n korjausmekanismit Replikaa8ovirheiden korjaus Emäksenpoistokorjaus
LisätiedotCOXSACKIEVIRUS A9 KANTOJEN MUUNTUMINEN
Opinnäytetyö (AMK) Bio ja elintarviketekniikka Biotekniikka 2011 Tiina Kelanne COXSACKIEVIRUS A9 KANTOJEN MUUNTUMINEN VP1- ja 3D-geenien sekvensointi rekombinaatioiden tunnistamiseksi OPINNÄYTETYÖ (AMK)
LisätiedotDNA (deoksiribonukleiinihappo)
DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 päässä vapaana sokeri
LisätiedotVäärin, Downin oireyhtymä johtuu ylimääräisestä kromosomista n.21 (trisomia) Geeni s. 93.
1 I) Ovatko väittämät oikein (O) vai väärin (V)? Jos väite on mielestäsi väärin, perustele se lyhyesti väittämän alla oleville riveille. O/V 1.2. Downin oireyhtymä johtuu pistemutaatista fenyylialaniinin
LisätiedotPesäke-PCR-menetelmän optimointi
Iiris Nikula Pesäke-PCR-menetelmän optimointi Gramnegatiiviset sauvabakteerit Metropolia Ammattikorkeakoulu Bioanalytiikan tutkinto-ohjelma Bioanalytiikko (AMK) Opinnäytetyö 17.4.2018 Tekijä Otsikko Sivumäärä
LisätiedotBiokemian labrameiningit I harjoitustyöosuus. Arne Raasakka, 20.10.2007 Työ suoritettu: 12. 13.10.2007 arne.raasakka@oulu.fi
Työ 1. Rekömbinanttipröteiinin puhdistaminen Ni-NTA affiniteettikrömatögrafialla seka pröteiinin mölekyylipainön ma a ritys elektröföreesilla ja geelisuödatuskrömatögrafialla Biokemian labrameiningit I
LisätiedotItuepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista. Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö
Ituepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö Ajankohtaista laboratoriorintamalla / 12.10.2011 EHEC-ITUEPIDEMIAN VAIHEITA: Vahva signaali epidemiasta
LisätiedotBiologian tehtävien vastaukset ja selitykset
Biologian tehtävien vastaukset ja selitykset Ilmainen lääkiksen harjoituspääsykoe, kevät 2017 Tehtävä 2. (20 p) A. 1. EPÄTOSI. Ks. s. 4. Menetelmää käytetään geenitekniikassa geenien muokkaamisessa. 2.
LisätiedotTEKNIIKKA JA LIIKENNE. Laboratorioala OPINNÄYTETYÖ
TEKNIIKKA JA LIIKENNE Laboratorioala OPINNÄYTETYÖ YERSINIA PSEUDOTUBERCULOSIS SEROTYYPPI O:9 LIPOPOLYSAKKARIDIN O-ANTIGEENIN BIOSYNTEESIÄ OHJAAVAN GEENIKLUSTERIN KLOONAAMINEN JA SEKVENSOINTI Työn tekijä:
LisätiedotJuha Laitinen. Itsemurhavektorin valmistaminen Yersinia enterocolitica O:3:n ligaasigeenin inaktivoimista varten
Juha Laitinen Itsemurhavektorin valmistaminen Yersinia enterocolitica O:3:n ligaasigeenin inaktivoimista varten Metropolia Ammattikorkeakoulu Laboratorioanalyytikko (AMK) Laboratorioala Opinnäytetyö 27.11.2011
LisätiedotDNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia
DNA 18.4.2016 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne
LisätiedotUUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA
UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA LIITU-päivä 4.5.2006 FT Helena Rintala Kansanterveyslaitos, Ympäristöterveyden osasto Mihin sisäympäristön mikrobien mittauksia tarvitaan? Rakennusten
LisätiedotTEKNIIKKA JA LIIKENNE. Laboratorioala
TEKNIIKKA JA LIIKENNE Laboratorioala OPINNÄYTETYÖ LACTOBACILLUS SOBRIUS -KANNAN PINTAKERROSPROTEIINIGEENIN KLOONAUS, ILMENTÄMINEN JA PROTEIININ KIINNITTYMISOMINAISUUDET Työn tekijä: Anne Fortelius Työn
LisätiedotGenomin ilmentyminen
Kauppi 17/01/2014 Genomin ilmentyminen LH1, Molekyylibiologia 17.1.2014 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Huone C501b, Biomedicum 1 Transkriptiofaktorin mutaatio voi
LisätiedotTeemu Ukonaho IHMISEN FIBRONEKTIININ TYPE III TOISTOJAKSOJEN KLOONAAMINEN REKOMBINANTIN FUUSIOPROTEIININ TUOTTAMISEKSI
Teemu Ukonaho IHMISEN FIBRONEKTIININ TYPE III TOISTOJAKSOJEN KLOONAAMINEN REKOMBINANTIN FUUSIOPROTEIININ TUOTTAMISEKSI IHMISEN FIBRONEKTIININ TYPE III TOISTOJAKSOJEN KLOONAAMINEN REKOMBINANTIN FUUSIOPROTEIININ
LisätiedotAvainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio
Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio Perinnöllinen informaatio sijaitsee dna:ssa eli deoksiribonukleiinihapossa
LisätiedotBiomolekyylit ja biomeerit
Biomolekyylit ja biomeerit Polymeerit ovat hyvin suurikokoisia, pitkäketjuisia molekyylejä, jotka muodostuvat monomeereista joko polyadditio- tai polykondensaatioreaktiolla. Polymeerit Synteettiset polymeerit
LisätiedotKOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00
BIOLÄÄKETIETEEN Henkilötunnus: - KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00 Kirjoita selvästi nimesi ja muut henkilötietosi niille varattuun
LisätiedotSample to Insight. DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla. Joulukuu 2017 QIAsymphony SP -protokollalomake
Joulukuu 2017 QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla Tämä asiakirja on DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP QIAsymphony SP -protokollalomake, R3, QIAsymphony DSP DNA Mini Kit -tarvikesarjalle,
LisätiedotKromosomit. 1. Mitoosipreparaatti sipulin juurenkärjestä. 2. Drosophilan sylkirauhaskromosomi. monisteen sivulta 32-
Kromosomit 1. Mitoosipreparaatti sipulin juurenkärjestä 2. Drosophilan sylkirauhaskromosomi monisteen sivulta 32- Mitoosipreparaatti sipulin juurenkärjestä 1) Havainnollistetaan menetelmää, jolla jo
Lisätiedot