Peptidi ---- F K V R H A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit

Transkriptio

1 Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä vastaavan geenisekvenssin. Eliö on rajoittunut seuraavia antikodoneja sisältävien trna molekyylien (siirtäjä RNA molekyylien) käyttöön. 5 - CAC GAA ACG UGC CUU GUG - 3 Yllä olevan tiedon perusteella, kirjoita aminohappoja vastaavat trna:n antikodonit (A), kyseistä peptidiä koodaavan lähetti RNA:n sekvenssi (B) ja geenisekvenssit (C ja D) alla olevaan taulukkoon. Merkitse fosfodiesterisidoksen suunta kaikkiin sekvensseihin seuraavien merkintöjen avulla: 5 (vapaa fosfaattiryhmä) ja 3 (vapaa hydroksyyliryhmä). Peptidi ---- F K V R H A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit B. Lähetti-RNA:n (mrna:n) 5 --UUC---AAG---GUG---CGU---CAC---GCA---3 nukleotidisekvenssi C. DNA:n koodaava nukleotidisekvenssi : ( sense -juoste) D. DNA:n ei-koodaava nukleotidisekvenssi : ( antisense -juoste) 5 --TTC---AAG---GTG---CGT---CAC---GCA AAG---TTC---CAC---GCA---GTG---CGT---5

2 Kirjoita peptidin sekvenssi -- F -- K -- V -- R -- H -- A aminohappotähteiden kolmikirjaimisilla sekä kokonaisilla nimillä: E. Kolmikirjaimiset lyhenteet: Phe-Lys-Val-Arg-His-Ala F. Täydelliset nimet: _Fenyylialaniini - Lysiini Valiini Arginiini Histidiini Alaniini

3 Osa 2: Selitä piirroksin ja tekstein, miten muodostuu tumallisten solujen pre-mrna:n rakenne ja edelleen lähetti RNA:n (mrna:n) rakenne seuraavasta geenin eksonien ja intronien avulla kuvatusta DNAketjusta? Transkription mekanismia ja sen säätelyä ei tarvitse selittää. Geenin koodaava juoste (+) on alla kuvattu tieteessä sovitulla tavalla 5 3 suunnassa. eksoni 1 introni 1 eksoni 2 introni 2 eksoni 3 5..I e1e1e1e1e1 I i1i1i1i1i1i1i1i I e2e2e2e2e2e I i2i2i2i2i2i2i I e3e3e3e3e3e3e I 3 A. Primaari-transkriptiotuoteen (pre-mrna:n) rakenne. RNA-polymeraasi kopioi (transkriptoi) pre mrna:han sekä intronit että eksonit.

4 B. Valmiin lähetti-rna:n (mrna:n) rakenne. Tumassa: Intronit leikataan pois (spleissataan) ja eksonit liitetään toisiinsa. Cap-rakenne (7-metyyliguanosiinitrifosfaatti-ryhmä) liitetään 5 päähän ja poly(a)häntä syntetisoidaan 3 päähän. C. Tumallisten solujen lähetti-rna:n (mrna:n) rakenneosien merkitys. Cap-rakenne ja poly(a)häntä toimivat sekä kuljetusproteiinien että stabiloivien proteiinien sitoutumiskohtana.valmis mrna kuljetetaan sytoplasmaan. Cap-rakenteella on merkitystä sytoplasmassa valmiin mrna:n sitoutumisessa ribosomeille proteiinien translaatiotapahtumassa. Poly(A)häntä stabiloi mrna:ta ja vaikuttaa myös translaation säätelyssä. mrna:n nukleotidisekvenssi luetaan translaatiossa kolmen nukleotidin muodostamina kodoneina.

5 D. Oletetaan, että tuman kromosomissa erästä proteiinia koodaavan geenin DNA-alueen pituus on 1000 emäsparia ja siinä on 460 sytosiiniemäksiä sisältävää nukleotidia. Koodaavan DNA-ketjun ( sense-juosteen ) sytosiiniemästen määrä on 20 % sytosiiniemästen kokonaismäärästä. Adeniiniemäksiä sisältäviä nukleotideja on ei-koodaavassa DNA ketjussa ( antisense-juosteessa ) kaksi kertaa enemmän kuin koodaavassa DNA ketjussa. Edellä kerrottuun tietoon perustuen esitä eri emästen lukumääräjakauma eli montako kappaletta eri nukleotidia on geenin DNA-aluetta vastaavassa lähetti RNA:n (mrna:n) nukleotidiketjussa, kun oletetaan, että geenin DNA-ketju kopioidaan lyhentämättömänä mrna:han? Esitä laskut ja päätelmät. emäsosan kokonainen nimi ja lyhenne Adeniini / A 180 Urasiili / U 360 Sytosiini / C 92 Guaniini / G 368 kpl

6 Kodonitaulukko RNA:lle Ensimmäinen emäs U C A G U Phe Ser Tyr Cys U Phe Ser Tyr Cys C Leu Ser Stop Stop A Leu Ser Stop Trp G C Leu Pro His Arg U Leu Pro His Arg C Leu Pro Gln Arg A Leu Pro Gln Arg G A Ile Thr Asn Ser U Ile Thr Asn Ser C Ile Thr Lys Arg A Met Thr Lys Arg G G Val Ala Asp Gly U Val Ala Asp Gly C Val Ala Glu Gly A Val Ala Glu Gly G Viimeinen emäs