1. Nimeä kuvaan nuolien osoittamat reitit/tavat, joiden kautta haitalliset aineet voivat päästä elimistöön.

Koko: px

Aloita esitys sivulta:

Download "1. Nimeä kuvaan nuolien osoittamat reitit/tavat, joiden kautta haitalliset aineet voivat päästä elimistöön."

Inkeri Mäki
7 vuotta sitten
Katselukertoja:

1 KOTITEHTÄVÄ 1 Biokemian menetelmät I syksy 2015 Opiskelijanumero: Kotitehtäviä saa miettiä ryhminä, mutta jokainen opiskelija palauttaa oman itsenäisesti käsin kirjoitetun vastauksen tehtäviin. Kotitehtävästä voi saada yhden pisteen kurssin arvostelua laskettaessa. Jotta opiskelija saa pisteen kotitehtävästä, vastausten tulee olla vähintään arvosanan 3 oppimisen tasoa (ks. Kurssin yleinen info). Kotitehtävä tulee palauttaa luennolla tai Biokemian menetelmät I kotitehtävät -palautuslaatikkoon, joka on toimiston KE1132 (Opintokadulta keltainen opaste Biokemian ja molekyylilääketieteen tiedekunta ) edessä olevassa hyllykössä, viimeistään Ke klo mennessä. Arvostellut kotitehtävät palautetaan opiskelijoille ja luennolla annetaan yleistä palautetta kotitehtävistä. Mallivastaukset julkaistaan kurssin Noppasivuilla. Myöhästyneitä kotitehtäviä ei oteta arvosteltavaksi. 1. Nimeä kuvaan nuolien osoittamat reitit/tavat, joiden kautta haitalliset aineet voivat päästä elimistöön. -Hengityksen kautta -Suun/ruoansulatuskanavan kautta -Paljaan ihon kautta -Roiske ohuessa vaatteessa imeytyminen ihon kautta huomaamatta (tämän oli vain muutama hoksannut) 2. Tutustu kemikaalien käyttöturvallisuustiedotteisiin esim. osoitteessa (tuotenimi hakukenttään, usein löytyy monta tuotenimikettä, klikkaa MSDS, jolloin käyttöturvallisuustiedote avautuu) A. Miten työskentelet fenolin kanssa? - Myrkyllistä ja voi aiheuttaa vakavia terveyshaittoja. - Suojauduttava työskentelemällä vetokaapissa ja käyttämällä suojalaseja, nitriilihansikkaita ja työtakkia. - Roiskeet pestävä aina runsaalla vedellä ja iholta saippuan kanssa, käytävä lääkärissä, jos vahinkoja sattuu. - Jätteet ongelmajätteisiin. Yleisesti ottaen perusteellisesti vastattu, monikaan ei kertonut mitä pitää tehdä jos fenolia joutuu iholle

2 B. Valitse kotoasi jokin kemikaali tai sen ainesosa (esim. puhdistusaine, kosmetiikkatuote), jonka käyttöturvallisuustiedotteeseen perehdyt. Mihin kemikaaliin tutustuit ja mitä sait selville? mm. seuraaviin aineisiin/ainesosiin olitte tutustuneet: astianpesuaineet (fairy, natriumkarbonaatti), viemärinavaaja (NaOH, rikkihappo [huh, minulle uusi tieto], pyykinpesuaine, sähköisyyden poistaja, kynsilakan poistoaine (asetoni), klorin puhdistusaine, octyldodecanol, propylleeniglykoli, titaanidioksidi, vetyperoksidi, kuivashampoo (butaani), desinfiointiaine, natriumhypokloriitti, shampoita (cocotrimonium methosufaatti), isopropanoli, methylisothiazolinone. Joissain vastauksissa pohdittiin kriittisesti aineiden annostusta/ pääsyä ympäristöön. 3. Sinulla on plasmidi-dna:n eristystä varten 200 ml bakteerikasvustoa, josta työohjeen mukaan pitää kerätä bakteerisolut sentrifugoimalla 4000 x g 20 min +4 C:ssa. Mihin kerääminen perustuu ja mitä välineitä/laitteita tarvitset? (Millaisen roottorin, sentrifugin ja putket valitset? Mitä kierrosnopeutta käytät?, Tehtävässä tarvitaan myös luennon 2 sivu 10 taulukkoa.) Miten huolehdit jätteistä? - Bakteerien kerääminen sentrifugoimalla perustuu sedimentaatioon. Bakteerit ovat kasvatusliuosta painavampia, joten kertyvät pelletiksi putken seinämälle jo melko alhaisella sentrifugaalivoimalla. - Kätevintä käyttää lattiasentrifugia, jolloin kasvuston saa yhteen GSA-pulloon. Kasvuston voi myös jakaa 50 ml eriin SS-34 putkiin (lattiasentrifugi) tai 50 ml falcon-putkiin (pöytäsentrifugi), mutta varsinaista plasmidin eristystä varten sakka olisi hyvä olla yhdessä putkessa. - Lattiasentrifugi kannattaa varata ja laittaa jäähtymään hyvissä ajoin. - Näyteputkelle pitää aina olla samanpainoinen vastaputki, erityisesti GSA- ja SS-34-roottoriin vaa alla punnittu. - g-arvo pitää muuttaa rpm-arvoksi eli GSA:lla 4000 x g on 5000 rpm (ks. Muuntotaulukko) - Roottori otetaan kylmästä ja laitetaan sentrifugiin, näyte ja vastaputki vastakkain roottoriin. Säädetään sentrifugiin oikeat olosuhteet, käynnistetään ja odotetaan, että sentrifugointi alkaa normaalista. - Sentrifugoinnin jälkeen nostetaan putket roottorista ja huomioidaan, missä kohtaa haluttu bakteeripelletti on. - Jos sentrifugia ei käytä enää, roottori kylmään nurinpäin käännettynä ja sentrifugista virta pois. Jos roottori on likaantunut, pesu saippualla ja kuivaus.

kynsilakan poistoaine (asetoni), klorin puhdistusaine, octyldodecanol, propylleeniglykoli, titaanidioksidi, vetyperoksidi, kuivashampoo (butaani), desinfiointiaine, natriumhypokloriitti, shampoita

3 - Supernatantin (bakteerien kasvatusliuos) voi kaataa pullosta pois, kun sakka on pullon yläosassa. Supernatantti on biologista jätettä, joka pitää käsitellä kloriitilla, voimakkaalla detergentillä tai autoklavoida, koska se sisältää geenimuunneltua mikro-organismia. yleisesti ottaen perusteellisesti ja oikein vastattu 4. Määritit spektrofotometrillä DNA-näytteelle (laimennettu 1:200) A 260 =0,125 ja A 280 =0,079. Mitä sait selville? - Näillä tiedoilla voi määritää DNA-näytteen pitoisuuden ja puhtauden laimentamattoman näytteen A 260 = 200 x 0,125 = 25 jos A 260 = 1 on pitoisuus 50 µg/ml kun A 260 = 25 pitoisuus 25 x 50 µg/ml = 1250 µg/ml = 1,25 mg/ml Puhtaus on 0,125/0,079=1,58, joka on pienempi kuin 1,8 eli näytteessä on todennäköisesti proteiinikontaminaatio. Tämä ei kuitenkaan yleensä ole este, etteikö DNA:ta voisi käyttää esim. PCR:ssa templaattina. joiltakin oli jäänyt DNA:n pitoisuus laskematta 5. Sinkin pitoisuutta liuoksessa määritettiin atomiabsorptiospektrometrialla. Määritystä varten mitattiin standardien absorbanssit oheisen taulukon mukaisesti. Zn pitoisuus µg/ml Absorbanssi 0 0, , , , ,34 5 0, , , , , ,575 Piirrä standardikuvaaja ja määritä sen avulla sinkin pitoisuus seuraavissa näytteissä: a) laimentamaton näyte A= 0,157 b) 1:20 laimennos A= 0,304 c) 1:5 laimennos A=550 oheisen kuvaajan perusteella: a) kuvaajalta luetaan pitoisuudeksi 1,9 µg/ml. koska näytettä ei ole laimennettu tämä on todellinen pitoisuus.

yleisesti ottaen perusteellisesti ja oikein vastattu 4. Määritit spektrofotometrillä DNA-näytteelle (laimennettu 1:200) A 260 =0,125 ja A 280 =0,079. Mitä sait selville?

4 b) kuvaajalta luetaan 3,6 µg/ml ja laimennos huomioiden todellinen pitoisuus on 20 x 3,6 µg/ml = 72 µg/ml c) tähän tuli painovirhe. A=550 menee yli asteikon joten sille ei voida määrittää pitoisuutta. Jos oletetaan A=0,550, kuvaajalta luetaan laimennoksen pitoisuudeksi 8,4 µg/ml ja todelliseksi pitoisuudeksi saadaan 5 x 8,4 µg/ml = 42 µg/ml. Koska ollaan ei-lineaarisella alueella, tarkemman tuloksen saamiseksi c-kohdan näytteestä pitäisi mitata laimeampi näyte esim. 1:10-laimennos. yleisiä huomoita standardipisteistä: välillä 1-4 µg/ml pisteet ovat suoralla. Välillä 4-10 µg/ml pisteet alkavat kaareutua, jolloin sinkin pitoisuuden kasvaessa vastaava absorbanssi ei kasva enää lineaarisesti. Tällöin mittaustarkkuus huononee. kuvaaja kannattaa pirtää suoraksi välillä 1-4 µg/ml ja sen jälkeen kauniisti kaartuen standardipisteiden 4-10 µg/ml kautta.

Koska ollaan ei-lineaarisella alueella, tarkemman tuloksen saamiseksi c-kohdan näytteestä pitäisi mitata laimeampi näyte esim. 1:10-laimennos.

5 Jos kuvaaja piirretään suoraksi välillä 1-10 µg/ml, osalla aluetta määritystarkkuus huononee: mitä kauempana suora on pisteiden kautta kulkevasta kauniisti kaartuvasta käyrästä, sen epätarkempi saatava tulos on. Standardikuvaajan piirtämisessä on olemassa erilaisia koulukuntia. Itse ( Jari Heikkinen) edustan sitä jonka mukaan parhaiten todellisuuttta kuvaava tulos saadaan kun piirretään mitattujen standardien kautta mahdollisimman hyvin kulkeva, tarvittaessa kauniisti kaartuva kuvaaja. Jos jokin standardipiste selvästi poikkeaa linjasta se voidaan hylätä virheellisenä. Yleinen suositus on se, että kuvaajaa ei jatkettaisi uloimpien standardipisteiden ulkopuolelle (ekstrapolointi). Tässä tapauksessa kuvaaja näyttäisi kulkevan origon kautta, joten todennäköisesti hieman alle 1 µg/ml mittausarvot olisivat vielä tarkkoja. Tässä selvästi eniten päänvaivaa aiheutti laimennoksen huomioiminen (b-tehtävä). näytettä laimennetaan siis sen takia että päästään sopivalle (lineaariselle ) mittausalueelle. Ellei näytteen pitoisuutta osata arvioida etukäteen, voidaan tehdä erilaisia laimennoksia esim 5-kertaisin eroin ja mitataan ne ensiksi. Kun sopiva laimennos on löydetty voidaan tällä alueella tehdä uusia määrityksiä ko. näytteelle laimennokselle mitattu pitoisuus täytyy siis KERTOA (ei jakaa) laimennoskertoimella. esim jos näyte on laimennettu 1:10, laimennoskerroin on 10. aika moni oli jakanut laimennoskertoimella ja suunnilleen yhtä moni oli jättänyt kertoimen huomioimatta muutama oli määrittänyt standardisuoran avulla montako µg/ml sinkkiä vastaa tiettyä absorbanssilukemaa ja kertonut luvun laskennallisella laimentamattoman liuoksen absorbanssilla. Niin kauan kun ollaan lineaarisella alueella tämäkin toimii. Tosin lasku on hieman monimutkaisempi kuin mallivastauksessa. c-kohdan painovirheen suurin osa oli huomannut ja todennut ihan oikein että arvo menee yli mittausalueen. Suuren absorbanssilukeman perusteella pitoisuutta ei voi määrittää koska pitoisuuden ja absorbanssin suhde ei ole enää lineaarinen. Standardikuvaajan piirtämisessä tuli kaksi koulukuntaa esille : noin puolet piirsi kauniisti kaartuvan kuvaajan ja toinen puoli suoran. Jokainen päättäköön tahollaan kuinka kuvaajan piirtää. Tarkempaan tulokseen päästään kauniisti kartuvalla (sanon minä). Palaamme asiaan parin luennon päästä kun tarkastellaan molekyylipainojen/kokojen arviointia elektroforeesigeeleillä.

Itse ( Jari Heikkinen) edustan sitä jonka mukaan parhaiten todellisuuttta kuvaava tulos saadaan kun piirretään mitattujen standardien kautta mahdollisimman hyvin kulkeva, tarvittaessa kauniisti

Samankaltaiset tiedostot

10.9.2015 Pipetointi, sentrifugointi ja spektrofotometria

BIOKEMIAN MENETELMÄT I, SYKSY 2015 VASTAUKSET LUENTOMATERIAALIN TEHTÄVIIN: 10.9.2015 Pipetointi, sentrifugointi ja spektrofotometria Pesukoneen g-voimat: RCF (x g) = 1,119 10-5 (rpm)2 r = roottorin säde