Biokemian menetelmät I kurssi, työselostukset, kevät 2016.

Transkriptio

1 Biokemian menetelmät I kurssi, työselostukset, kevät DEADLINET: työselostus tulostettuna paperille Työ 3: To klo 15:00 KE1132:n palautuspiste tai BMTK:n Työ 2: Pe klo 16:00 KE1132:n palautuspiste tai BMTK:n Työ 1: Pe klo 16:00 KE1132:n palautuspiste tai BMTK:n Selostukset on tehtävä itsenäisesti. Jokainen ryhmän opiskelija piirtää omat kuvaajat yhteisesti saatujen mittaustulosten/kuvien perusteella. Jos työselostus muistuttaa suurelta osin toisen opiskelijan työtä tai jotain käytettyä lähdettä, opiskelijan tulee palauttaa uusi selostus, jonka arvosanaa lasketaan yhdellä numerolla. Plagiointiin puututaan aina. Jos selostus myöhästyy ilman hyväksyttävää syytä ko. selostuksen arvosana putoaa yhdellä numerolla. Käyn selostuksen läpi ja teen niihin korjauspyynnöt. Pyytämäni korjaukset on tehtävä viikon kuluessa siitä kun olen palauttanut selostuksen korjattavaksi (ilmoitan kun palautan). Palauta korjattu selostus sähköpostilla pdf-muodossa(jari.heikkinen@oulu.fi). Muista skannata mukaan mahdolliset liitteet! PALAUTA MYÖS ALKUPERÄINEN 1. VERSIO MAHDOLLISINE LIITTEINEEN palautuspisteeseen. Arvostelen KORJATUN selostuksen (1-5 pistettä, noin 0,5 pisteen välein). Arvostelussa huomioidaan tehdyt korjaukset.

2 TYÖSELOSTUKSEN KIRJOITTAMINEN. Katso Valmiustaitoja biokemisteille kurssin materiaalista: Word-ohje s. 12 (lähdeviitteiden merkitseminen) Kuvien muokkaus ja asemointi tekstitiedostoon s. 6 (työselostuksen rakenne) Työselostuksen kirjoitusohje kurssimonisteen lopussa. Mallityöselostus (Arnen tekemä valmiustaitoja biokemisteille kurssille) Käy läpi Arnen selostus läpi ja kiinnitä huomiota seuraaviin asioihin: JOHDANTO pituus noin 0,8-1 sivua Muista viittaus lähteeseen! jos johdannon koko kappale perustuu yhteen lähteeseen viittauksen voi merkitä kappaleen loppuun. jos samassa kappaleessa viitataan kahteen tai useampaan lähteeseen, viittaus tulee laittaa jokaisen lauseen loppuun. Johdannossa kerrotaan työn taustaa, esitellään työssä esiintyviä molekyylejä ja käytettyjä menetelmiä. TYÖN SUORITUS Tähän kirjoitetaan viittaus työohjeeseen ohjeen sivu mainiten Ohjeista poikkeamiset mainitaan vain silloin jos niillä saattaa olla vaikutusta työn tulokseen. Jos pyydetään piirtämään kaavio työvaiheista, se esitetään tässä

3 TYÖN TULOKSET Katso tässä erityisesti millä tavalla Arne on kertonut työn kulusta. Yksittäisiä pipetointeja ei ole kerrottu vaan vaiheet on kerrottu yleisellä tasolla. Tämän lisäksi tekstissä voi tuoda esille minkä takia kukin vaihe on tehty, esim...dna saostettiin isopropanolilla.. Tällöin lukija huomaa että kirjoittaja on ymmärtänyt minkä takia tietty vaihe on tehty. Selostukseen saa hyvän rungon kertomalla ikään kuin kahvipöydässä toiselle biokemistille kuinka työ tehtiin menemättä tarpeettomiin yksityiskohtiin (pipetoidut määrät, sentrifugin kierrosnopeus jne). Laskuesimerkeistä riittää yksi jokaisesta eri laskutyypistä. Keskiarvon laskemisesta ei tarvitse tehdä esimerkkiä. JOHTOPÄÄTÖKSET Alkuun työn tarkoitus Käydään tulokset läpi pyydetyllä tavalla, esitetään kaikki lasketut numeeriset tulokset VINKIT TYÖN 3 SELOSTUKSEEN johdannossa voit kertoa esim. plasmideista, niiden käytöstä molekyylibiologiasta, PCR:stä ja agaroosigeelielektoforeesista Laske eristetyn laimentamattoman plasmidiluoksen konsentraatio (mg/ml) ja saanto (mg) jokaisen mitatun laimennoksen perusteella Molekyylikokostandardina käytetään 0,5-10 kb ladderia (näyte 3). Ennen kuin piirrät Agaroosigeelin standardikuvaajan tunnista standardien koot agaroosigeelikuvasta. Jos lyhyet fragmentit eivät näy, standardikuvaajaan voi ottaa sopivia fragmentteja φx174-standardista. Muutoin näytteiden 1

4 ja 2 standardeista ei tarvi välittää eikä niitä tarvitse ottaa standardikuvaajan piirtämiseen. Huomioi vain ne standardit jotka ovat näkyvissä geelillä. Jos standardit eivät näy ollenkaan, pyydä minulta kuvaajan piirtämiseen tarvittavat tiedot. jos Agaroosigeeli oli kokonaan tyhjä, pyydä minulta kuva, jonka perusteella voit tehdä selostuksen. Muotoile ja täydennä kuva valmiustaitojen kurssilla opituilla keinoilla! (muista leikata ylimääräiset osat pois) Koita tunnistaa agaroosigeelin näytteet ja pilkotun plasmidin osat. Monisteesta löydät odotettavissa olevien tuotteiden koot ( PCR-tuote, insertti, vektori). Koita tunnistaa ehjän, rengasmaisen plasmidin (näyte 6) todennäköisesti näkyviä erilaisia muotoja (multimeeri, superkierre, nicked-dna). VINKIT TYÖSELOSTUKSEEN TYÖ-2 Työssä puhdistetetun gfp-yhdistelmäproteiinin laskennallinen molekyylipaino on 38 kda. Proteiinin aminohappoketju ei katkea missään puhdistuksen vaiheessa eikä SDS-PAGEn aikana. Työssä 2 käytetyn molekyylikokostandardin proteiinien molekyylipainot löytyvät tarvittaessa googlettamalla sanoilla. protein ladder SM1811 Tunnistaessasi standardin proteiineja geelikuvista huomaa että 35 kda standardiproteiini näkyy hieman coomassiella värjätyn GFPyhdistelmäproteiinin alapuolella. Työselostukseen sinun tarvitsee määrittää puhdistetun gfpyhdistelmäproteiinin molekyylipaino vain yhdeltä geeliltä. Tämä

5 kannattaa tehdä 2-geelistä esim. näytteestä 10a, jossa yhdistelmäproteiinin bandi on kapeampi kuin 9a näytteessä. Tällöin molekyylipainon arviointi on tarkempi. Samalta geeliltä määritä myös fluoresoivan yhdistelmäproteiinin molekyylipaino näytteestä 9b tai 10b. Standardikuvaaja molekyylipainon määritykseen tarvitsee tehdä siis vain geelistä-2. Merkitse kuitenkin kuvan 1 kaikkiin geelikuviin standardien molekyylipainot näkyviin. VINKIT TYÖSELOSTUKSEEN TYÖ-1 Lue tarkasti kurssimonisteen kohta Työselostukseen. Kirjoita tulososa työohjeessa annettujen kuvien ja taulukkojen otsikoiden mukaisessa järjestyksessä. Siis esitä proteiinipitoisuuden määritys ennen aktiivisuuden määritystä. Huomaa että raporteissa tulokset voidaan esittää muussakin kuin töiden tekemisen järjestyksessä. Esityksen loogisuuden kannalta proteiininmääritys kannattaa esitellä ennen aktiivisuusmittauksia, jolloin spesifisten aktiivisuuksien laskemisessa tarvittavat proteiinipitoisuudet on jo valmiiksi laskettu. Kun lasket lasket laimentamattoman näytteen proteiinipitoisuutta, laske ensin paljonko proteiinia oli laimennoksessa millilitraa kohti ja kerro tämä tulos ko. näytteen laimennoskertoimella. aktiivisuuden laskeminen Huomaa että aktiivisuuden kaavassa V entsyymi (ml) tarkoittaa aktiivisuusmittausreaktioon pipetoidun entsyymin määrää ei fraktion I tai II kokonaistilavuutta. Reaktioputkeen pipetoitiin entsyymilaimennosta 0,1 ml. Jos aktiivisuusmittauksen laimennos oli 1:10, todellinen entsyymin määrä oli 0,01 ml.