Miten tulkitsen mikrobiologisia laboratoriovastauksia? 08.11.2017 Sisätautimeeting Kerttu Saha, sairaalamikrobiologi Seinäjoen keskussairaala, Kliininen mikrobiologia
Mikrobiologiset tutkimukset - Etsitään eri menetelmillä mikrobeja tai niiden rakenteita tai niiden aiheuttamaa vastetta tai mikrobien resistenssiä eri antimikrobilääkkeille - Viljelyt ja herkkyysmääritykset - Värjäykset - Antigeenitutkimukset - Nukleiinihapon osoitus (PCR) - Vasta-aine-tutkimukset
Bakteeriviljelyvastauksista Vastaus 1-4 vrk:n kuluttua Mikrobien tunnistus nopeammin ja uusia mikrobinimiä (PCR, Maldi-Tof) Alustava/lopullinen vastaus Mikrobi antimikrobilääkeherkkyyksineen todennäköisille patogeeneille ja mahdollinen kommentti Tarkista antimikrobilääkeherkkyys! Konsultoi infektiolääkäriä ongelmatapauksissa Massaspektrometri, Maldi-Tof 15.1.2018 3
Veriviljelyt Veren määrä tärkein tekijä (n. 40 ml) Positiivinen yleensä 1-2 vrk kuluttua Pulloista tehdään Värjäys, joka ilmoitetaan heti puhelimitse ja atk:n välityksellä Tarvittaessa suoraan pullosta PCR 3-4 h kasvatuksen jälkeen mikrobin pikatunnistus massaspektrometrillä Viljely ja antimikrobilääkeherkkyys Tunnistuksen varmistus ja mahdollinen lisäherkkyys 15.1.2018 4
Veriviljelyn värjäyslöydöksiä ja mahdollisia aiheuttajia Värjäyslöydös Mahdollinen mikrobi Jatkotoimet GRAMPOSITIIVINEN KOKKI, RYHMISSÄ TAI RYHMÄKOKKI GRAMPOSITIIVINEN KOKKI, PAREITTAIN TAI KETJUISSA GRAMNEGATIIVINEN SAUVA GRAMPOSITIIVINEN SAUVA HIIVA GRAMNEGATIIVINEN KOKKI, PAREITTAIN, DIPLOKOKKI Staphylococcus aureus Koagulaasinegatiivinen stafylokokki Anaerobipullosta myös anaerobinen kokki Streptococcus pneumoniae Beetahemolyyttiset streptokokit Streptococus viridans Enterokokki Enterobakteerit esim. E.coli, Klebsiella Pseudomonas Haemophilus influenzae Anaerobiset gramnegatiiviset sauvat Clostridium lajit, Listeria monocytogenes Lactobacillus sp. Bacillus sp. Corynebacterium sp. (difteroidi) Candida albicans ja muut Candidat Cryptococcus neoformans Neisseria meningitidis (melko harvinainen) PCR, herkkyysmääritys Pikatunnistus Maldilla 3-4 tunnin kasvatuksen jälkeen, herkkyysmääritys valmis seuraavana päivänä Tarvittaessa PCR Pikatunnistus Maldilla ja herkkyysmääritys Tarvittaessa PCR Pikatunnistus Maldilla ja herkkyysmääritys Pikatunnistus Maldi-laitteella HUOM! Mahdollinen sienisepsis! Pikatunnistus Maldilla, herkkyysmääritys Tarvittaessa PCR
Veriviljelyvastauksia
Lisää bakteeriviljelyvastauksia Herkkyystulos S, I, R - S = herkkä - I = alentunut - R = resistentti MIC- määritys: tulos mcg/ml
Ensisijaiset tutkimukset GI- kanavan infektiot Bakteeripuliepäily: F-BaktVi1 Antibioottiripuli: F-CldiVT Virusripuliepäily: F-NoroNhO, Rota-AdenAg Parasiittiepäily: F-ParaO, F-ParaNhO F-BaktVIP jos ensisij. tutkimukset neg jos epäillään EHEC:iä tai muita ripuli-e.coli-kantoja tai muita harvinaisempia aiheuttajia kuten Cryptosporidium
Mistä eristetty Veri Kudos- ja muu steriili alue esim. pleura, nivel Todennäköinen patogeeni Mikä tahansa mikrobi esim. Staph.aureus, beetahemol.streptokokit, Enterobakteerit mm. E.coli, Klebsiella sp. Pseudomonas Mikä tahansa mikrobi esim. Gramnnegatiiviset sauvat Staph.aureus, beetahemolyyttiset streptokokit, Virtsa Enterobakteerit: mm. E.coli, Enterococcus, Pseudomonas sp, Str. B (GBS)/gravidit S.aureus, Staph.saprophyticus, Hiivat GI-kanava Salmonella, Shigella, Campylobacter jejuni, Aeromonas, Plesiomonas, Vibriot, EHEC, Entamoeba histolytica jne Todennäköinen kontaminantti/normaaliflooraa Koag.neg stafylokokit, alfahem.streptokokit, Bacillus sp., korynebakteerit (difteroidit) (varsinkin jos eristetty vain yhdestä pullosta) Silmä/korva: Koag.neg.staf, alfahem ja nonhemol.str. korynebakteerit Korynebakteerit, koag.neg.staf, alfahem.str, Lactobacillus sp, Bacillus sp. Enterobakteerit, stafylokokit, streptokokit, enterokokit, Pseudomonas sp, Anaerobit, Hiivat Hengitystiet Haavamärät Str.pyogenes (A), Str.pneumoniae, Staph.aureus, H. influenzae, Pseudomonas sp, Nocardia, Moraxella catarrhalis Staph.aureus, beetahemol.streptokokit, Kroonistuneisssa haavoissa myös gramnegatiiviset sauvat, anaerobit Koag.neg. stafylokokit, alfahem.streptokokit, gramnegatiiviset sauvat, muut beetahemolyyttiset str.kuin A, saprofyyttineisseriat, korynebakteerit, hiivat Koagulaasinegat. stafylokit, difteroidit, viridansryhmän streptokokit, peptostreptokokit ja propionibakteerit
Antigeenitestien tuloksia
PCR- vastausten tulkinnasta Herkkiä ja nopeita testejä Kvalitatiivisia (pos/neg) tai kvantitatiivisia (kopiomäärä/ml) Neg. ennustearvo yleensä hyvä Virusten, bakteerin ja sienten nukleiinihappoa voi löytyä näytteestä myös ilman infektiota Positiivinen PCR- tulos tulee suhteuttaa potilaan kliiniseen kuvaan
Kvalitatiivinen PCR: Respiratoriset mikrobit Ensisijainen tutkimus influenssaepidemiakaudella - 8878 InABRSNhO - Näytteenotto nenänielusta Erityistilanteissa laaja respiratoristen virusten ja bakteerien PCR-tutkimus 8940 ResNhO
PCR ja viljely likvorista (Li-MenNhO) HHV6 ja CMV-virusten reaktivaatio VZV ja vyöruusu Pneumokokki ja hemofiilus - hengitysteistä HSV1 - yskänrokko
Kvantitatiivinen PCR: P-CMVNh Potilastapaus: 17Ü5162 21.9.17 3 782 IU/ml 17Ü5283 2.10.17 11 542 IU/ml 17Ü5333 4.10.17 19 762 IU/ml 17Ü5447 16.10.17 16 614 IU/ml 17Ü 5568 26.10.17 730 IU/ml Negatiivinen tulos - PCR-menetelmän löydösraja on 137 IU/ml - CMV-virusta ei osoitettavissa tällä menetelmällä
Serologia: CMV-vasta-aineet Tuore vai aiemmin sairastettu infektio? 1
Serologia: Puumalavirus-IgM-vasta-aineet Myyräkuumeen IgM-pikatesti IgM-vasta-aineita lähes kaikilla 6 pv:ssä oireiden alusta Ristireaktiot mahdollisia mm. muiden hantavirusten kanssa IgMpikatesti:n lukema: 234 Yksi potilasnäyte 17Ö277: - selvä IgM-pikatesti pos (lukema 259-266), mutta varmistustesteissä IgM- ja IgG neg!
Mikrobiologian kotisivut: Mikrob.tutkimusohjeet, myös tulosten tulkintaa, löydösraportti ja mikrobiresistenssitilastot http://www.epshp.fi/yksikoiden_sivut/sairaanhoidolliset _palvelut/kliininen_mikrobiologia/ohjekirja/tutkimuskoh taiset_ohjeet
Kiitos!