Functional Genomics & Proteomics
|
|
|
- Hannele Tamminen
- 5 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 Functional Genomics & Proteomics
2 Genome Sequences TCACAATTTAGACATCTAGTCTTCCACTTAAGCATATTTAGATTGTTTCCAGTTTTCAGCTTTTATGACTAAATCTTCTAAAATTGTTTTTCCCTAAATGTATATTTTAATTTGTCTCAGGAGTAGAATTTCTGAGTCATAAAGCGGT CATATGTATAAATTTTAGGTGCCTCATAGCTCTTCAAATAGTCATCCCATTTTATACATCCAGGCAATATATGAGAGTTCTTGGTGCTCCACATCTTAGCTAGGATTTGATGTCAACCAGTCTCTTTAATTTAGATATTCTAGTACAT ACAAAATAATACCTCAGTGTAACCTCTGTTTGTATTTCCCTTGATTAACTGATGCTGAGCACATCTTCATGTGCTTATTGACCATTAATTAGTCTTATTTGTTAAATGTCTCAAATATTTTATACAGTTTTACATTGTGTTATTCATT TTTTAAAAAATTCATTTTAGGTTATATGTATGTGTGTGTCAAAGTGTGTGTACATCTATTTGATATATGTATGTCTATATATTCTGGATACCATCTCTGTTTCATGCATTGCATATATATTTGCCTATTTAGTGGTTTATCTTTTCAT TTTCTTTTGGTATCTTTTCATTAGAAATGTTATTTATTTTGAGTAAGTAACATTTAATATATTCTGTAACATTTAATGAATCATTTTATGTTATGTTTAGTATTAAATTTCTGAAAACATTCTATGTATTCTACTAGAATTGTCATAA TTTTATCTTTTATATACATTGATATTTTTATGTCAAATATGTAGGTATGTGATATTATGCACATGGTTTTAATTCAGTTAATTGTTCTTCCAGATGTTTGTACCATTCCAACATCATTTAAATCATTAAATGAAAAGCCTTTCCTTAC TAGCTAGCCAGCTTTGAAAATCCATTCATAGGGTTTGTGTTAATATATTTTTGTTCTTTTTTTTCCTTTCTACTGATCTCTTTATATTAATACCTACTGTGGCTTTATATGAAGTCATGGAATAATACGTAGTAAGCCCTCTAACACT GTTCTGTTACTGTTGTTATTGTTTTCTCAGGGTACTTTGAAATATTCGAGATTTTATTATTTTTTAGTAGCCTAGATTTCAAGATTGTTTTGACGATCAATTTTTGAATCAATTGTCAATATTTTTAGTAATAAAATGATGATTTTTG ATTGGAAATACATTAAATCTATAAGCCAAATTGGAGATTATTGATATATTAACAAAAATGAGTTTTCCAGTCCATGAATGTATGCACATTATAAAATTCATTCTTAAGTATGTCATTTTTTAAGTTTTAGTTTCAGCAGTATATGTTT GTTACATAGGTAAACTCCTGTCATGGGGGTTAGTTGTACAGGTTATTTTATCATCCAGGCATAAAGCCCAGTACCCAGTAGTTATCTTTTCTGCTCCTCTCCCTCCTGTCACCCTCCACTCTCAAGTAGACCCCAGTTTCTGTTGTTC TCTTCTTTGCATTAATGACTTCTCATCATTTAGATTGCACTTGTAAGTGAGAACAGGACGTATGTGGTTTTCTACTCCTGTGTTAGTTTGCTAAGGATAACCACCTCCATCTCCATCCATGTTCCCACAAAAGACATGATCTCCTTTT TTATGGCTGCATATTATTCCATGGTATATATGTACCACATTTTCTTTATCCAATCTGTCATTGATGGACATTTAGGTTGTTTCCACATCATTGCCGTTGTAAATACTGCTGCAGTGAATATTCGTGTGTATGTCTTTATGGTAGAATG ATTTATATTCCTCTGGGTATATTTCCAAGTAATGGGATGGTTGGGTCAAATGGTAATTCTGCTTTTAGCTTTTTGAGGAATTGCCATATTGCCTTTCACAACGGTTGAACTAATTTATACTCCCAAGAGTGTATAAGTTGTTCCTTTT TCTCTGCAACCTCGACATCACCTGTTATTTATGACTTTTATATAATAGCCATTCTGCTGGTCTGAGATGGTATCTCATTATGATTTTGATTTGCATTTCTCTAATGCTCAGTGATATTGAGCTTGGCTGCATATATGTCTTCTTTTAA AAATATCTGTTCATGTCCTTTGCCTAATTTATAACGGGGTTGTTTGTTTTTCTCTTGTAAATTTGTTTAAGTTCCTTATAGATTCTAGGTATTAAACCTTTTTTCAGAGGCGTGGCTTGCAAATATTTTCTCCCATTCTATAGGTTGT CTGTTTATTCTGTTGATAGTTTCCCTTGCTGTGCAGAAGCTCTTAACTTTAATTAGATCCGACTTGTCAATTTTTGCTTTGGTCGCAATTGCTTTTGATGTTATTGTCGTGAAATCTTTGCTAGTTCTTAGGTCCAGGATGATATTGC CCAAGTTGTCTTCCAGGGCTTTTATAATTTTGGATTTTACATTTAAGTCTTAATATATTTATTAAATTTGTTAGGGTTTCAGGATACAAGGACAATATAGCAGCAAACAATGTAAAAGTAAAATCTGAAAAATAATAGAAAACAGTTT AATTGAACACTTTACCATTATGTAATGCCCTTCTTTGTCTTTCCTGATCTTTGTTGGTTTGAAGTTCAAAAAAGACAAACTTAATGGTACAATAGGTATTGTAGATTTCAGGACTTTCTGTATAAAATATTTTGTATATATGAATAGA TCATTTTTTATTTCCAGTCTTTAAACATTTTCTTAACATTTTCTTCTATTGCTTCACTTCACTCGCTAGGACCATCAGGACAGTGTTGAACAGAAATTGTCAGACTGATCATCACAACTTTTTCTAGATTTTAGAAGGAAATTTTTCT TTATTTCAACATAAAGCAGCATGTTAATGCCAAGTTTTAATATGTGTTATCAGATTGAAATTTTTTTGTATATTTCTACATTACCAAGAATTTTTAGCAAGAGTTTTTGTTGAGTTTTAATTTAAAAATCATTTGTTAATTTCATCTG ATTTTTTTATTTCTCTTTTTACCTTAAGAGATTAAACTGACTACAGATTGAATATAAACAAACAAACAAACAAACAAAAACTCTAAAATGCTGTGGATCAACACCACTTAGTAATTTGTATACTTGGATTCAATTTGCTGAAATTTTG TTAGACATTTTTGCGTCGATATTTATGAGGGATGTTGATCTGTAAAAGTATTAAAATGCCTTTGACAGATTTTGATAGCAGTGTTATTCTGGCCTAATAAATCAAACTGAGGTATGATCCTTCCTTTTCTATTTCTTAATAGCATTTT TAAAATTGGTGGTTTTTTCCTTCCTTAGTGAAATTTACCAGCAAAGTAACAGGCCTTATATTTCTCTTGTGGAAATATTTTAATTTCAAATTAATGGTATTTTGTTCTTGTAGGGTGGTAATTTTCTCTGTGTTTGGTCTTAATGGAC TCTTAGCTGATCACCCAGTTACTCAGCGAGGTCTCTTCACTCTGGAAGAGCTGGAACTCCAGTGTGTTTTAGTGCAGCATGACCACGGGTATTACCGTTCAACATTTAGGCTTTATCAGTGATAACTATTTGTCCTCATGGAGTTTTT GCCGCTGGGCCTACACAGTTTAGGCTTCAGCTTAGAACACATAATGAATTCTTATGCAGATTTCTGCCCACCTTTGACCTTTCATGATTTCCTCTTCTTGGGTAAGCTGCCTTATTAATCTGATACACTTCAGCAGTCCAGAACTACA CTCTTTCCCTTCTCTGCTCTTGGAGATGACTCTTTTGTCTGAGATTCACTTTGCTGTGCTGAAAAAGAAAAGTGCTTCAAGGAAGATACCAAGGAAAATCACAGGGCTCATTTATGTATTTCTCTTCTTTCAAGGACTACAGCTTTGT GTTGCCTATGTTCAATTTCTGAAAATAATTAGAGCATATATACTCTGTGTGAGAAGGCAAATCCAGACAGTTAGTTTGTATGACTAGAAGCAGAAGTCTACATGGAGAATTTTACTTAACTGTGTTATAGTTTCTTTAATTATTTCAA GAGTATGTTTAATGTTCCACAGATCTCATTCTATAAATCTTTATCATCTTAGAGCTCTGATACTATTTAGAATTACTATTCCTTCAAATAAGAGATTAGAAACAGGGTTATATTTGGGGTAGGTTGACTTACTTTTCTGGGAACCAAA GCATATTAAATTGACCAGTTTTAACACACTTCTATGTATGCACAAAGATATATATTTACATTCTGCAAAATCATTCTTTCCTTTTTGAATTTGAAAAGGATCTTTGGTATACAGATATTCAATAGCCAGCCTGAAGATTCATTTGAAT TCATTTAATGTTTAGATTCACTACATGAAATGATCCAGAAGAGAGTACTCAAATATAAGTATCTATAACGATGGAAATATACATCTCCACTGCCCAAGATGGTAGTCATGAGTCAATATTGATCATGTGAGACGTGGCAAGTGTTACT CAGGGTCTCAATATTTAAATGTATTAAGCTTTAATTAATGTAAATTTGAATTTAGCAAAACATGTATAGCTTGTGGTTACTGTTTTATTCAGTGCCAATATAGAACATTTCCATGATTACAGAAAGTTATCTTAGAATACTCAGTTCT GGACTATTTTATCTGGCTAAATTAAATGTTAAAATATTACAAATTCATCTTCAGGCTGGCTGTTGAATATTTTTATAGCAAAAGTCATTTATAAATTTAAAACTCAAATAATTATCTTTTTCAATATGTAAAATATGTCTTTACATAT TCTACTCCCTTCTTACATACATATTCTGATGTAACATAGGTATTCTCTTATTCATGCACACTGAAATGACAACATAAATAATTTTACTAAGTGTCACCATATAAAAAACTTTGAACAAAATCAGATTATATCACTGTGGATATTTCTA TTTTGAACTAACTTAGATGATAATTTTAATCTATATCCTAGATGAACTTTAAATCAATAAAATCTCTCAATGGTGTTATAAATCTCAAGCCATTAGCCACTGATTATCCCATTTTTATTCTTTTCATATTAATTTTATTGCCATGTAT GAATGCTGTAGCATCCATGTTTAAATACTAGTTAACAAAATGCACTGGCATCAGATACAATAAGGATGAAATGAGATATAATTAGGACTCTGGTAACACACATAAAATTGGAAAGATACCCTGAAATTCAAGCCAAGAAGATATTTAT CCAGCTTATTTTATTTTGAGACAGAGTCTTGCTCTCTCACTCAGGCTGGAGTGCAGTGGACCATTCTAGGCTCGCTCCAACCTCTGTCTCCCAAATTGAAGTAATTCTCGTGCCTCAATCTCCCGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGT GTCACCAAGCCTGGCTGATTTTTGTAGTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGATGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGGCCTCAAGTGACTGGAACACCTCGGCCTCCTAAAGTGCTGGGATTACAGACGAGAGCCACTGAACAGC TTTGATCCAACTTATTTGGATGAATGAGTTACATATTTTACATTAAATCTGTTATTGTGATAATTCTTCATGTTATTTTCCATGTATAGATTTATATATAATGTAATTTTAATTTTTTTTCACCGGAGAGTATAAACAACAATTATTT TATAAACAGGATAATAAAAATAAGACAAAAATTGTTGAAATGTCTTCATTTGACTACTAACTTTTTACATGTTTGTTACTTTGAAGCTGTTATCAATACTTGTGATGTATTACAATTAAGTAAAGATTTAAAGATGCCATTTTTAACT TATTATGACACAAAGTCTATAAATTCTTATATTTTGAGATTTGTATTTAAATAACTTGTGAAATTTAATTTTAAAATAAAATTTCTTCTATGGATTGGTCTTCAATCGAGGCATAAAAAGGAATATAACAGTGTGGCACTATAACTTC TATATTGAATTTCTATATTATTTAACACAATTATAATTTTGCTAATGAATTGTAATGTTTTTAAAAAGCTAGGTGAATTTTATTAAATTCATTACATGGCGATAACACAGAGAAAACATTTTGGGGATTCTTTTAAAATGGTATGTAC AAAAGCTTAAAAGTTGTTATGTAGTGGCAGAGATAAAAAAGTAAAACAAAAAAAAGCTTAAAAGTTTGCTTTACTATTTATAGGCTCATAAGTGTAAGTGTGCCAGAAAATGAAAAAGAAAGGAGAGAAATTATAAATAACTGTGTGG AAAACACAGATAAAGCATAAAGATAGAATATAAAGATAGAAGCATTTTAATATGAGGCAGTGATGGCTTTTTGAAGAATCCCAACTAAGGACCTACTTTTAGTTAATAAATAATATGTTTCTAATCCCTATATTGTCCACAGCAACCT TTTTAGGACATGGAGCAGTGACTATGAGTGCCAGAAGGCAAGAGTAGAAGCAATTGTAAAATCATGAACACTAGTTTGTAAAATCCTCACTGAGATATAATATCTGTTTGCCTCTACCTTAGAATTATTAATGTCTTGAGGGCTGGGA A very, very, very small piece of chromosome 21
3 Analysis of the Genome: Global Transcription Science 309: 1559 Science 308:1149
4 ENCODE PROJECT Project goal: to identify all functional elements in the human genome 30 Mb of sequence: 1% of the genome RNA transcript exon exon exon Genomic DNA Overlapping 50 mers Nature 447: (2007)
5 Genome Tiling Arrays
6 Techniques Used in ENCODE Identify Transcribed regions: Tiling Arrays & Integrated Annontation Identify 5 End of Transcripts: Tag Sequencing Identify Histone Modifications Sites: Tiling Arrays Chromatin Structure: Tiling Arrays, QT-PCR Sequence Specific Factors: Tiling Arrays, Tag Sequencing, etc. Replication Start Sites: Tiling Arrays Computational Analysis: Various Computational Methods Comparative Sequence Analysis:, Multi-Sequence Alignments Polymorphisms: Re-sequencing, SNPs, Copy Number Variation
7
8 The Functional Human Genome Overview Number of annotated genes: 26,383 genes (3% of genome) Average gene size: 27 Kbp Percent of genes with unknown function: 59% Average Number of Exons per Gene: 9 Gene with the most exons: Titin (234 exons) Average # of mrna transcripts per Gene: 7 Rate of SNP variation: 1 per 1250 bp
9 Next Generation DNA Sequencing Roche454 Illumina ABI SOliD Chemistry Pyrosequencing Seq. by Syn. Ligation-based Amplification Emulsion PCR Bridge Emulsion PCR MB/run 100 Mb 1300 Mb 3000 Mb Time/run 7 hours 4 days 5 days Read length 250 bp bp 35 bp Cost per run $8, 439 $8, 950 $17, 447 Cost per Mb $84.39/Mb $5.97/Mb $5.81/Mb
10 Functional Genomics & Proteomics Δ Gene Expression Proteins & Modifications Functional Genomics & Proteomics YFP Interactions Variation x Y Z Functional sirna/cdna
11 Applying Functional Genomics and Proteomics to Questions in Immunobiology
State of the Union... Functional Genomics Research Stream. Molecular Biology. Genomics. Computational Biology
Functional Genomics Research Stream State of the Union... Research Meeting: February 16, 2010 Functional Genomics & Research Report III Concepts Genomics Molecular Biology Computational Biology Genome
VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki
VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki Mitä uudet DNA sekvensointimenetelmät voivat paljastaa luonnonjärjestelmästä? Petri Auvinen DNA Sequencing and Genomics Laboratory Institute of Biotechnology Petri
VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki
VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki Biologian DNA koodi ja sen selvittäminen Petri Auvinen DNA Sequencing and Genomics Laboratory Institute of Biotechnology Kuinka solut kehittyivät? Kolmenlaisia soluja
Experimental Identification and Computational Characterization of a Novel. Extracellular Metalloproteinase Produced by Clostridium sordellii
Electronic Supplementary Material (ESI) for RSC Advances. This journal is The Royal Society of Chemistry 207 Supplementary Information Experimental Identification and Computational Characterization of
tgg agg Supplementary Figure S1.
ttaggatattcggtgaggtgatatgtctctgtttggaaatgtctccgccattaactcaag tggaaagtgtatagtaatgaatctttcaagcacacagatcacttcaaaagactgtttcaa catcacctcaggacaaaaagatgtactctcatttggatgctgtgatgccatgggtcacag attgcaattcccaagtgcccgttcttttacaccaaaatcaaagaagaatatctccccttt
Basset: Learning the regulatory code of the accessible genome with deep convolutional neural networks. David R. Kelley
Basset: Learning the regulatory code of the accessible genome with deep convolutional neural networks David R. Kelley DNA codes for complex life. How? Kundaje et al. Integrative analysis of 111 reference
Plasmid Name: pmm290. Aliases: none known. Length: bp. Constructed by: Mike Moser/Cristina Swanson. Last updated: 17 August 2009
Plasmid Name: pmm290 Aliases: none known Length: 11707 bp Constructed by: Mike Moser/Cristina Swanson Last updated: 17 August 2009 Description and application: This is a mammalian expression vector for
Bioinformatics. Sequence Analysis: Part III. Pattern Searching and Gene Finding. Fran Lewitter, Ph.D. Head, Biocomputing Whitehead Institute
Bioinformatics Sequence Analysis: Part III. Pattern Searching and Gene Finding Fran Lewitter, Ph.D. Head, Biocomputing Whitehead Institute Course Syllabus Jan 7 Jan 14 Jan 21 Jan 28 Feb 4 Feb 11 Feb 18
FETAL FIBROBLASTS, PASSAGE 10
Double-stranded methylation patterns of a 104-bp L1 promoter in DNAs from fetal fibroblast passages 10, 14, 17, and 22 using barcoded hairpinbisulfite PCR. Fifteen L1 sequences were analyzed for passages
MALE ADULT FIBROBLAST LINE (82-6hTERT)
Double-stranded methylation patterns of a 104-bp L1 promoter in DNAs from male and female fibroblasts, male leukocytes and female lymphoblastoid cells using hairpin-bisulfite PCR. Fifteen L1 sequences
CS284A Representations & Algorithms for Molecular Biology. Xiaohui S. Xie University of California, Irvine
CS284A Representations & Algorithms for Molecular Biology Xiaohui S. Xie University of California, Irvine Today s Goals Course information Challenges in computational biology Introduction to molecular
Eukaryotic Comparative Genomics
Eukaryotic Comparative Genomics Detecting Conserved Sequences Charles Darwin Motoo Kimura Evolution of Neutral DNA A A T C TA AT T G CT G T GA T T C A GA G T A G CA G T GA AT A GT C T T T GA T GT T G T
arxiv: v1 [stat.ml] 27 Feb 2011
![arxiv: v1 [stat.ml] 27 Feb 2011](/thumbs/98/136670716.jpg "arxiv: v1 [stat.ml] 27 Feb 2011")
TKK Dissertations in Information and Computer Science Espoo 2010 TKK-ICS-D19 arxiv:1102.5509v1 [stat.ml] 27 Feb 2011 PROBABILISTIC ANALYSIS OF THE HUMAN TRANSCRIPTOME WITH SIDE INFORMATION Leo Lahti Dissertation
Genome 373: Genomic Informatics. Professors Elhanan Borenstein and Jay Shendure
Genome 373: Genomic Informatics Professors Elhanan Borenstein and Jay Shendure Genome 373 This course is intended to introduce students to the breadth of problems and methods in computational analysis
Methods S1. Sequences relevant to the constructed strains, Related to Figures 1-6.
Methods S1. Sequences relevant to the constructed strains, Related to Figures 1-6. A. Promoter Sequences Gal4 binding sites are highlighted in the color referenced in Figure 1A when possible. Site 1: red,
Chapter 7. Motif finding (week 11) Chapter 8. Sequence binning (week 11)
Course organization Introduction ( Week 1) Part I: Algorithms for Sequence Analysis (Week 1-11) Chapter 1-3, Models and theories» Probability theory and Statistics (Week 2)» Algorithm complexity analysis
Enseigner l'évolution
AATTTTCGTATCTGTTGGAGTTAGATAAGCCTACGCTTGATGGACCGTTGGGTGGCTTTCTAAGTGAGCTCGTGCCATCACAATTAATATAAGGAATTGTAGATGTTTCTTTCGTTATAGGTATTTCAAAAT TTATAAGAACCTACGCCCTCGTCTTTCTCCATTGGAACAGTTGCCGTTTTCGCAGTTCTTTTTGGTTCAGTCCTCATATCATGTGATTCCCCTGGCTCTCCTGATCTTTTTATACTTACTTTGAAATCGTCA
Computational personal genomics: selection, regulation, epigenomics, disease
Computational personal genomics: selection, regulation, epigenomics, disease Manolis Kellis Broad Institute of MIT and Harvard MIT Computer Science & Artificial Intelligence Laboratory TATTGAATTTTCAAAAATTCTTACTTTTTTTTTGGATGGACGCAAAGAAGTTTAATAATCATATTACATGGCATTACCACCATATA
rapid evolution in copy number, location and sequence, with diverse turnover mechanisms.
Repetitive DNA and its evolution: genomic strategies to understand the processes and exploit biodiversity rapid evolution in copy number, location and sequence, with diverse turnover mechanisms. often
Predicting evolutionarily conserved regions (ECRs) in the Xenopus tropicalis genome using a MultiPipMaker-based bioinformatic strategy
Predicting evolutionarily conserved regions (ECRs) in the Xenopus tropicalis genome using a MultiPipMaker-based bioinformatic strategy OVERVIEW- Method updated and written by Sarah Louie (6/19/08) Initially
Viral DNA as a model for coil to globule transition
Viral DNA as a model for coil to globule transition Marina Rossi Lab. of complex fluids and molecular biophysics LITA (Segrate) UNIVERSITA DEGLI STUDI DI MILANO - PhD Workshop October 14 th, 2013 Temperature
Supporting information
Supporting information Figure S1. Carotenoid biosynthesis pathway in papaya fruit which is adopted from Blas et al. (2010) (reference 4) and Nisar et al. (2015) (reference 5). Carotenoids are synthesized
Mitä uutta DNA:sta. - koko perimän laajuiset analyysimenetelmät ja niiden sovellukset. Heidi Nousiainen, FT Erikoistuva kemisti, HUSLAB
Mitä uutta DNA:sta - koko perimän laajuiset analyysimenetelmät ja niiden sovellukset Heidi Nousiainen, FT Erikoistuva kemisti, HUSLAB SKKY:n ja Sairaalakemistit Ry:n syyskoulutuspäivät Paasitorni, 16.11.2012
11/17/11. Gene Regulation. Gene Regulation. Gene Regulation. Finding Regulatory Motifs in DNA Sequences. Regulatory Proteins
Gene Regulation Finding Regulatory Motifs in DNA Sequences An experiment shows that when X is knocked out, 20 other s are not expressed How can one have such drastic effects? Regulatory Proteins Gene X
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia 21.1.2014 Epigeneettinen säätely Epigenetic: may be used for anything to do with development, but nowadays
Biopankit ja Big Data terveydenhuollossa: onko open science magic bullet?
Biopankit ja Big Data terveydenhuollossa: onko open science magic bullet?, LT, tutkimusprofessori Terveyden ja hyvinvoinnin laitos Terveys - osasto Genomiikka ja biomarkkerit - yksikkö markus.perola@thl.fi
Strain or plasmid Description a Reference or source b. 168 trpc2 Laboratory. 1A780 trpc2 sigb::spc BGSC
TABLE S1 Bacterial strains and plasmids Strain or plasmid Description a Reference or source b B. subtilis 168 trpc2 Laboratory stock 1A780 trpc2 sigb::spc BGSC BM1010 trpc2 htpx::pgs1582; Em r BM1302 trpc2
Manolis Kellis Piotr Indyk
6.095 / 6.895 Computational Biology: Genomes, Networks, Evolution Rapid database search Courtsey of CCRNP, The National Cancer Institute. Manolis Kellis Piotr Indyk Protein interaction network Courtesy
AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACKREDITERAT TESTNINGSLABORATORIUM ACCREDITED TESTING LABORATORY
T324/A01/2018 Liite 1 / Bilaga 1 / Appendix 1 Sivu / Sida / Page 1(8) AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACKREDITERAT TESTNINGSLABORATORIUM ACCREDITED TESTING LABORATORY VARSINAIS-SUOMEN SAIRAANHOITOPIIRIN
Supplementary information: Biocatalysis on the surface of Escherichia coli: melanin pigmentation of the cell. exterior
Supplementary information: Biocatalysis on the surface of Escherichia coli: melanin pigmentation of the cell exterior Martin Gustavsson, David Hörnström, Susanna Lundh, Jaroslav Belotserkovsky, Gen Larsson
Supporting Information for
Supporting Information for Analysis of Sogatella furcifera proteome that interact with P10 protein of Southern rice black-streaked dwarf virus Win Than*, Faliang Qin*, Wenwen Liu, Xifeng Wang ** State
Efficient regeneration system and Agrobacteriummediated transformation of Vetiver. PT 1
Efficient regeneration system and Agrobacteriummediated transformation of Vetiver PT www.acolor.net 1 Outline: Part I: Why (Background) Part II: Some concrete work we have done Part III: Prospects to further
Genomi- ilmentymisen säätely
Genomi- ilmentymisen säätely Samuel Myllykangas, FT Biolääke
The RPCI-1, 3, 4, and 5 human P1 artificial chromosome (PAC), the RPCI-11(Ref) 1
Supplementary Information A. Genomics The RPCI-1, 3, 4, and 5 human P1 artificial chromosome (PAC), the RPCI-11(Ref) 1 human, the RPCI-23(Ref) 2 mouse (B6) and the DIL-NOD bacterial artificial chromosome
Large Scale Sequence Analysis with Applications to Genomics
Large Scale Sequence Analysis with Applications to Genomics Gunnar Rätsch, Max Planck Society Tübingen, Germany Talk at CSML, University College London March 18, 2009 Gunnar Rätsch (FML, Tübingen) Large
Lampiran 1 Komposisi media pertumbuhan yang digunakan A. Media nutrien agar (NA) - Agar 1.5% - Nutrient broth 0.8%
LAMPIRAN 8 9 Lampiran 1 Komposisi media pertumbuhan yang digunakan A. Media nutrien agar (NA) - Agar 1.5% - Nutrient broth 0.8% B. Media King s B agar - Agar 1.5% - Pepton 2% - K 2 HPO 4 0.15% - MgSO 4.4H
Geeniekspressio: Mikrosirut. Geneettinen bioinformatiikka
Geeniekspressio: Mikrosirut Geneettinen bioinformatiikka Microarray Microarray is a compact device containing a very large number of capture molecules (synthetic oligos, PCR products, proteins, antibodies
Biopankit ja Big Data terveydenhuollossa: onko open science magic bullet?
Biopankit ja Big Data terveydenhuollossa: onko open science magic bullet?, LT, tutkimusprofessori Terveyden ja hyvinvoinnin laitos Terveys - osasto Genomiikka ja biomarkkerit - yksikkö markus.perola@thl.fi
Genomic and epigenomic signatures for interpreting complex disease
Genomic and epigenomic signatures for interpreting complex disease Manolis Kellis Broad Institute of MIT and Harvard MIT Computer Science & Artificial Intelligence Laboratory TATTGAATTTTCAAAAATTCTTACTTTTTTTTTGGATGGACGCAAAGAAGTTTAATAATCATATTACATGGCATTACCACCATATA
Valmiustaitoja biokemisteille
Valmiustaitoja biokemisteille - Power Point -ohjelman käyttö - seminaariesitelmän laatiminen ja esittäminen Tuomo Glumoff 1. Power Point -ohjelman käyttö - teksti - kuvat - tausta - valmiit pohjat * löytyy
CSC:n käyttäjätunnukset - myös opiskelijoille
CSC:n käyttäjätunnukset - myös opiskelijoille http://www.csc.fi/asiakkaaksi/korkeakoulut/kayttol upahakemukset/index_html Ohjaajan nimeksi Petri Törönen Perusteluiksi opiskelu ja luentokurssin nimi (Geneettisen
Chapter 9 Motif finding. Chaochun Wei Spring 2019
1896 1920 1987 2006 Chapter 9 Motif finding Chaochun Wei Spring 2019 Contents 1. Reading materials 2. Sequence structure modeling Motif finding Regulatory module finding 2 Reading materials Tompa et al
Table S2. S. thermophilus CRISPR spacer sequence analysis.
Table S2. S. thermophilus CRISPR analysis. 001_1_01 TGTTTGACAGCAAATCAAGATTCGAATTGT 30 AF115103 Streptococcus thermophilus bacteriophage Sfi21, compl 40 93 28 2 0 3 30 38304 38331 1 001_1_02 AATGACGAGGAGCTATTGGCACAACTTACA
NUORET TUTKIJAT 2014 -OHJELMA
NUORET TUTKIJAT 2014 -OHJELMA VIIKON AVAUS TIISTAI 18.3.2014 kello 12 15 Arcanum Arc1-sali NUORET TUTKIJAT 2014 -ESITELMÄT TIISTAI 18.3.2014 - PERJANTAI 21.3.2014 alkaen kello 12 15 Arcanum Arc1-sali NUORET
Genomi- ilmentymisen säätely
Genomi- ilmentymisen säätely Samuel Myllykangas, FT Biolääke=eteen laitos Helsingin yliopisto 21.1.2014 Geeni- ilmentyminen Johdanto Säätely Tutkimusmenetelmät Luennon runko 1 Johdanto Monisoluisen organismin
NGS:n haasteet diagnostiikassa. 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio
NGS:n haasteet diagnostiikassa 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio Sidonnaisuudet Kokousmatkoja: Novartis Luentopalkkioita: AstraZeneca, Roche, Pfizer, Lilly
Capacity Utilization
Capacity Utilization Tim Schöneberg 28th November Agenda Introduction Fixed and variable input ressources Technical capacity utilization Price based capacity utilization measure Long run and short run
Gap-filling methods for CH 4 data
Gap-filling methods for CH 4 data Sigrid Dengel University of Helsinki Outline - Ecosystems known for CH 4 emissions; - Why is gap-filling of CH 4 data not as easy and straight forward as CO 2 ; - Gap-filling
Työpaja 1. Kansallinen radonriskien torjuntasuunnitelma
Overview Played on 23 Mar 2017 Hosted by STUKBeamteam Played with 7 players Played 9 of 9 questions Page 1 Question Summary Työpaja 1. Kansallinen radonriskien torjunta Question Summary Q1 Asuntojen ja
- - - A - Missä vaiheessa projektia on vielä järkevää vaihtaa projektille valittuja teknologiavalintoja, joista on koitunut paljon ylimääräistä työtä?
TIE-PROJ, Project management workshop questions, 22.10.2013 Tensu thinks these questions are good for GENERAL thinking. So please think about these non-trivial matters; first with yourself (5 min), then
Title: Enhancement of protein production via the strong DIT1 terminator and two RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae
Title: Enhancement of protein production via the strong DIT1 terminator and two RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae Authors: Yoichiro Ito, Takao Kitagawa, Mamoru Yamanishi, Satoshi Katahira,
Inferring Trichoderma reesei gene regulatory network
Inferring Trichoderma reesei gene regulatory network Oskari Vinko 29.04.2013 Ohjaaja: Merja Oja Valvoja: Harri Ehtamo Työn saa tallentaa ja julkistaa Aalto-yliopiston avoimilla verkkosivuilla. Muilta osin
I. Principles of Pointer Year Analysis
I. Principles of Pointer Year Analysis Fig 1. Maximum (red) and minimum (blue) pointer years. 1 Fig 2. Principle of pointer year calculation. Fig 3. Skeleton plot graph created by Kinsys/Kigraph programme.
Elintarvikealan tutkimus, kehitys ja innovointi Oulun yliopistossa biotieteen näkökulma Hely Häggman
Elintarvikealan tutkimus, kehitys ja innovointi Oulun yliopistossa biotieteen näkökulma Hely Häggman Lasaretti 29.03.2017 Helsingin, Turun ja Kuopion yliopistoissa voi opiskella elintarvikealaa Elintarvikehygienia:
Regulatory Sequence Analysis. Discovering phylogenetic footprints in bacterial promoters
Regulatory Sequence Analysis Discovering phylogenetic footprints in bacterial promoters DNA-protein binding interface Example of DNA-protein interface. LexA homodimer on the reca promoter. Note: this is
Genomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma
Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja
Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia
Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) DNA RNA 7.12.2017 Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Osaamistavoitteet Lärandemål Luennon jälkeen ymmärrät pääperiaatteet
LIFE2000 rahoitettavat hankkeet
LIFE2000 rahoitettavat hankkeet Life 2000 tutkimusohjelmaan on valittu kaikkiaan 37 tutkimushanketta: 13 yksittäishanketta ja 24 konsortiota. Tekes tekee rahoituspäätöksensä sille esitetyistä projektiehdotuksista
Python Libraries 1 / 14
Python Libraries 1 / 14 Gzip, CSV https://docs.python.org/3/library/gzip.html https://docs.python.org/3/library/csv.html https://daler.github.io/pybedtools/ - PyBed tools http://biopython.org/wiki/gff_parsing
Blue and its kin Correcting sequencing errors using k mers
Blue and its kin Correcting sequencing errors using k mers Paul Greenfield 1 th July215 CSIRO OCEANS AND ATMOSPHERE FLAGSHIP Correcting reads CAAATTTTTATGAAAGTGCATAAAAATTTGTTTTATACATGATTATTTTAAAAACATAACAATAAAACGGGAAATTTTTATTATAAGTTAAAAAGTTAATG
Genominen lääketiede. Mikä on genomilääketiede? Dan Lindholm, BiolääketieteenLaitos 2kerros. HUGOnjälkeen1. Genomilääketiede.
Mikä on genomilääketiede? Dan Lindholm, BiolääketieteenLaitos 2kerros Dan Lindholm Genominen lääketiede Genomiprojektit Ihmisgenomi - geenien ja niiden erojen Taudinaiheuttajien genomit - diagnostiikka
Large Scale Sequence Analysis with Applications to Genomics
Large Scale Sequence Analysis with Applications to Genomics Gunnar Rätsch, Max Planck Society Tübingen, Germany Talk at CWI, Amsterdam October 23, 2009 Gunnar Rätsch (FML, Tübingen) Large Scale Sequence
WP3 Decision Support Technologies
WP3 Decision Support Technologies 1 WP3 Decision Support Technologies WP Leader: Jarmo Laitinen Proposed budget: 185 000, VTT 100 000, TUT 85 000. WP3 focuses in utilizing decision support technologies
Capacity utilization
Mat-2.4142 Seminar on optimization Capacity utilization 12.12.2007 Contents Summary of chapter 14 Related DEA-solver models Illustrative examples Measure of technical capacity utilization Price-based measure
AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY VERKOTAN OY VERKOTAN LTD.
T287/M03/2017 Liite 1 / Appendix 1 Sivu / Page 1(5) AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY VERKOTAN OY VERKOTAN LTD. Tunnus Code Laboratorio Laboratory Osoite Address www www T287
Bioinformatics in Laboratory of Computer and Information Science
HELSINKI UNIVERSITY OF TECHNOLOGY LABORATORY OF COMPUTER AND INFORMATION SCIENCE Bioinformatics in Laboratory of Computer and Information Science Samuel Kaski Research Two centers of excellence of the
Paikkatiedon semanttinen mallinnus, integrointi ja julkaiseminen Case Suomalainen ajallinen paikkaontologia SAPO
Paikkatiedon semanttinen mallinnus, integrointi ja julkaiseminen Case Suomalainen ajallinen paikkaontologia SAPO Tomi Kauppinen, Eero Hyvönen, Jari Väätäinen Semantic Computing Research Group (SeCo) http://www.seco.tkk.fi/
Searching (Sub-)Strings. Ulf Leser
Searching (Sub-)Strings Ulf Leser This Lecture Exact substring search Naïve Boyer-Moore Searching with profiles Sequence profiles Ungapped approximate search Statistical evaluation of search results Ulf
Scheme-kesäkurssi luento 5
Scheme-kesäkurssi luento 5 Timo Lilja 29. 7. 2009 Sisältö 1 Rekisterikonekielen simulaattori 2 Muistinhallinta 3 Rekisterikonekielinen Scheme-tulkki 4 Kääntäjä Rekisterikonekielen simulaattori (SICP 5.2)
Luonto köyhtyy, me sairastumme mitä pitää tehdä?
Argumenta, Majvik 19.11.203 Luonto köyhtyy, me sairastumme mitä pitää tehdä? Tari Haahtela The striking contrast between Finnish and Russian Karelia von Hertzen L, and the Karelia Group. JACI 2006; Laakkonen
Collaborative & Co-Creative Design in the Semogen -projects
1 Collaborative & Co-Creative Design in the Semogen -projects Pekka Ranta Project Manager -research group, Intelligent Information Systems Laboratory 2 Semogen -project Supporting design of a machine system
Tupakointi ja geenit. Jaakko Kaprio HY ja KTL
Tupakointi ja geenit Jaakko Kaprio HY ja KTL Kansantautien geneettinen tausta Monitekijäisiä Mikä on geenien merkitys Miten tauti periytyy? (yksi geeni vai monitekijäinen tauti)? Tavoitteeni tunnistaa
Underpinning Phage Arbitrium Communication Systems
Molecular Cell, Volume 74 Supplemental Information Deciphering the Molecular Mechanism Underpinning Phage Arbitrium Communication Systems Francisca Gallego del Sol, José R. Penadés, and Alberto Marina
(2002). 2. Oka, T., Toyomura, T., Honjo, K., Wada, Y. & Futai, M. Four subunit a
References 1. Coates, J. & de Bono, M. Antagonistic pathways in neurons exposed to body fluid regulate social feeding in Caenorhabditis elegans. Nature 419, 925-929 % Oxygen (2002). 2. Oka, T., Toyomura,
NBE-E4510 Special Assignment in Biophysics and Biomedical Engineering AND NBE-E4500 Special Assignment in Human. NBE-E4225 Cognitive Neuroscience
Neurotieteen ja lääketieteellisen tekniikan laitos Department of and Biomedical OPETUSOHJELMASTA POISTUNEET KURSSIT (Tfy-99, Becs-114, BECS, NBE)/päivitetty 16.5.2017 COURSES REMOVED FROM THE STUDY PROGRAMME
Konetekniikan koulutusohjelman opintojaksomuutokset
Konetekniikan koulutusohjelman opintojaksomuutokset 2016-2017 UUDET OPINTOJAKSOT: BK10A3800 Principles of Industrial Manufacturing Processes BK10A3900 Reliability Based Machine Element Design BK10A4000
Sukupuolijutut 3. Ihmisen (nisäkkään) seksuaalikromosomi on Y. Y-kromosomi?
Sukupuolijutut 3 Ihmisen (nisäkkään) seksuaalikromosomi on Y Y-kromosomi? http://www.nature.co m/nature/focus/ychro mosome/index.html Ihmisen X-kromosomi on normaali kromosomi Y on erikoinen - kooltaan
Results on the new polydrug use questions in the Finnish TDI data
Results on the new polydrug use questions in the Finnish TDI data Multi-drug use, polydrug use and problematic polydrug use Martta Forsell, Finnish Focal Point 28/09/2015 Martta Forsell 1 28/09/2015 Esityksen
Plasmid construction PCR reactions were carried out with Pfu or Pfu turbo polymerases (Stratagene) unless otherwise stated.
Expanding the Genetic Code of Yeast for Incorporation of Diverse Unnatural Amino Acids via a Pyrrolysyl-tRNA Synthetase/tRNA Pair Susan M. Hancock 1, Rajendra Uprety 2, Alexander Deiters 2 & Jason W. Chin
Hyvinvoinnin haasteita ja mahdollisuuksia; kokemuksia ja näkemyksiä Kyamk:n TKItoiminnasta
Hyvinvoinnin haasteita ja mahdollisuuksia; kokemuksia ja näkemyksiä Kyamk:n TKItoiminnasta 2009 2013 Ex tutkimusjohtaja Juhani Pekkola, Kymenlaakson Ammattikorkeakoulu Yhteiskunta perustuu luottamukseen
DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi
enzymatic families regulated in response to a short-term cytokinin treatment in root apices
A B C D Supplemental tlfigure 1. 1Mtbli Metabolic processes, hormonal pathways and dlarge enzymatic families regulated in response to a short-term cytokinin treatment in root apices The 297 transcripts
TM ETRS-TM35FIN-ETRS89 WTG
SHADOW - Main Result Assumptions for shadow calculations Maximum distance for influence Calculate only when more than 20 % of sun is covered by the blade Please look in WTG table WindPRO version 2.8.579
In situ hybridization
In situ hybridization ISH Detection of DNA or RNA Single or double stranded Chromosomal or cellular nucleic acids ISH Type of a hybrid? DNA-DNA In situ renaturation of target DNA in ISH cannot be prevented
Bounds on non-surjective cellular automata
Bounds on non-surjective cellular automata Jarkko Kari Pascal Vanier Thomas Zeume University of Turku LIF Marseille Universität Hannover 27 august 2009 J. Kari, P. Vanier, T. Zeume (UTU) Bounds on non-surjective
Community Structure of Methanogens in the Hydrolytic Reactors of Two-Stage Anaerobic Biogas Reactor. Jyväskylän yliopisto
Community Structure of Methanogens in the Hydrolytic Reactors of Two-Stage Anaerobic Biogas Reactor Jyväskylän yliopisto Mikko Vuorela Master's Thesis University of Jyväskylä Faculty of Mathematics and
Master's Programme in Life Science Technologies (LifeTech) Prof. Juho Rousu Director of the Life Science Technologies programme 3.1.
Master's Programme in Life Science Technologies (LifeTech) Prof. Juho Rousu Director of the Life Science Technologies programme 3.1.2017 Life Science Technologies Where Life Sciences meet with Technology
AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY FIMLAB LABORATORIOT OY
T043 Liite 1.05 / Appendix 1.05 Sivu / Page 1(5) AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACCREDITED TESTING LABORATORY FIMLAB LABORATORIOT OY FIMLAB MEDICAL LABORATORIES LTD Tunnus Code Yksikkö tai toimintoala
Figure S1. CLUSTAL O(1.2.1) multiple sequence alignment
Figure S1. A CLUSTAL O(1.2.1) multiple sequence alignment AT5G48657.1 --------------------------------MNVANPNEYPDMNPNAAQNRNMSRPDQQ 28 AT5G48657.2 MANRPHVPKFGDWTEDAPFTVVFEKASKSKKNMNVANPNEYPDMNPNAAQNRNMSRPDQQ
Tilausvahvistus. Anttolan Urheilijat HENNA-RIIKKA HAIKONEN KUMMANNIEMENTIE 5 B RAHULA. Anttolan Urheilijat
7.80.4 Asiakasnumero: 3000359 KALLE MANNINEN KOVASTENLUODONTIE 46 51600 HAUKIVUORI Toimitusosoite: KUMMANNIEMENTIE 5 B 51720 RAHULA Viitteenne: Henna-Riikka Haikonen Viitteemme: Pyry Niemi +358400874498
Smart specialisation for regions and international collaboration Smart Pilots Seminar
Smart specialisation for regions and international collaboration Smart Pilots Seminar 23.5.2017 Krista Taipale Head of Internaltional Affairs Helsinki-Uusimaa Regional Council Internationalisation
Huipputarjous! Katso s. 5 SYKSY/JOULU 2011. Osta viisi ELISA-kittiä Katso s. 6. ja maksa neljästä!
SYKSY/JOULU 2011 Osta viisi ELISA-kittiä Katso s. 6 ja maksa neljästä! Osta Clontechin SMARTer-kitti ja saat Advantage-polymeraasin kaupan päälle! Katso s. 3 Huippuedullinen geeli-dokumentaatiolaite UVP:ltä!
Kysymys 5 Compared to the workload, the number of credits awarded was (1 credits equals 27 working hours): (4)
Tilasto T1106120-s2012palaute Kyselyn T1106120+T1106120-s2012palaute yhteenveto: vastauksia (4) Kysymys 1 Degree programme: (4) TIK: TIK 1 25% ************** INF: INF 0 0% EST: EST 0 0% TLT: TLT 0 0% BIO:
Tietorakenteet ja algoritmit
Tietorakenteet ja algoritmit Taulukon edut Taulukon haitat Taulukon haittojen välttäminen Dynaamisesti linkattu lista Linkatun listan solmun määrittelytavat Lineaarisen listan toteutus dynaamisesti linkattuna
HITSAUKSEN TUOTTAVUUSRATKAISUT
Kemppi ARC YOU GET WHAT YOU MEASURE OR BE CAREFUL WHAT YOU WISH FOR HITSAUKSEN TUOTTAVUUSRATKAISUT Puolitetaan hitsauskustannukset seminaari 9.4.2008 Mikko Veikkolainen, Ratkaisuliiketoimintapäällikkö
Neandertalinihmisen ja nykyihmisen suhde molekyyligenetiikan valossa
Neandertalinihmisen ja nykyihmisen suhde molekyyligenetiikan valossa Petter Portin Kysymys siitä, ovatko nykyihminen (Homo sapiens) ja neandertalinihminen (Homo neanderthalensis) kaksi eri lajia vai saman
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia 12.12.2017 Epigenetic inheritance: A heritable alteration in a cell s or organism s phenotype that does
Lataa Studies on the function and expression of fc-gamma and comp. - Lasse Leino. Lataa
Lataa Studies on the function and expression of fc-gamma and comp. - Lasse Leino Lataa Kirjailija: Lasse Leino ISBN: 9789518806229 Sivumäärä: 54 Formaatti: PDF Tiedoston koko: 10.50 Mb Kustantajan kuvausteksti
tilojen toimivuuden arviointi
tilojen toimivuuden arviointi Tilat tukemaan oppimista! Luokkahuoneista oppimaisemaksi 13.4.2016 jukka sulonen, arkkitehti, safa rakennuksen jälkiarviointi toimivuus? tavoitteiden toteutuminen? parantaminen?
Tuberkuloosin diagnostiikka
Tuberkuloosin diagnostiikka 30. Valtakunnalliset Tartuntatautipäivät, Helsinki 13.11.2017 Jussi Eskola, dosentti (ei sidonnaisuuksia) Tuberkuloosidiagnostiikan kehittyminen 1910-luku: tuberkuliinikoe 1920-