artus VanR QS-RGQ Kit

artus VanR QS-RGQ Kit Suorituksen ominaispiirteet artus VanR QS-RGQ Kit, versio 1, 4573366FI Versiotiedot Tämä asiakirja on: artus VanR QS-RGQ -sarjan suoritusominaisuudet, versio 1, R1. Tarkista ennen kokeen suorittamista uusien elektronisten etikettiversioiden saatavuus osoitteesta www.qiagen.com/p/artus-vanr-qs-rgq-kit-ce. Toteamisraja artus VanR QS-RGQ -sarjan toteamisrajan (Limit of Detection, LOD) arviointiin käytettiin vankomysiiniresistentin enterokokin (VRE) vana-tyypin kantaa (Enterococcus faecium, ATCC 700221) ja vanb-tyypin kantaa (, ATCC 51299). Jokaista kantaa sarjalaimennettiin Liquid Amies -kuljetusaineessa 2-kertaisilla laimennuksilla ja käsiteltiin 20 replikaatteina QIAsymphony RGQ -laitteessa. Jokaisen kannan toteamisraja määritettiin vertaamalla toteamislukua ja bakteerin tulotitteriä sekä suorittamalla probiittianalyysi (kuvat 1 ja 2). artus VanR QS-RGQ -sarjan toteamisraja vana-tyypin kannassa on 2,93 x 10 2 CFU/ml ja vanbtyypin kannassa 2,30 x 10 2 CFU/ml. Tämä tarkoittaa sitä, että 95 %:n todennäköisyydellä vanatyypin kannasta todetaan 2,93 x 10 2 CFU/ml ja vanb-tyypin kannasta 2,30 x 10 2 CFU/ml. Maaliskuu 2014 Sample & Assay Technologies

vana toteamis-% LOD: 2,93 x 10 2 CFU/ml 95 % CI: 1,66 x 10 2 7,90 x 10 2 CFU/ml vana-loki CFU/ml Kuva 1. Probiittianalyysi: vana-tyypin kanta. artus VanR QS-RGQ -sarjan toteamisraja. vanb toteamis-% LOD: 2,30 x 10 2 CFU/ml 95 % CI: 1,45 x 10 2 4,94 x 10 2 CFU/ml vanb-loki CFU/ml Kuva 2. Probiittianalyysi: vanb-tyypin kanta. artus VanR QS-RGQ -sarjan toteamisraja. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 2 / 32

Analyyttinen reaktiivisuus artus VanR QS-RGQ -sarjan analyyttisen reaktiivisuuden analyysin tarkoituksena oli määrittää, pystyykö sarja detekoimaan useita enterokokkikantoja, joissa on vana- tai vanb-geenejä sekä esiintyy tilapäisiä ja maantieteellisiä vaihtelevuuksia. Kantojen raportoitiin olevan peräisin 5 maasta ja vähintään 12 Yhdysvaltain osavaltiosta. Yhteensä 90 bakteerikantaa ja karakterisoitua kliinistä isolaattia (taulukko 1) laimennettiin Liquid Amies -kuljetusaineessa ja ulostematriisissa noin 2 3x toteamisrajaan ja testattiin artus VanR QS-RGQ QS-RGQ -sarjassa. VanR- todettiin kaikissa testatuissa kannoissa. Taulukko 1. Analyyttisissä reaktiivisuustutkimuksissa testatut VanR-kannat Lajit Kannan ID VanR-tyyppi VanR E. faecium BAA-2316 vana + + E. faecium BAA-2317 vana + + E. faecium BAA-2319 vana + + E. faecium 51559 vana + + E. faecium 2030 vana + + E. faecium 2023 vana + + E. faecium 2071 vana + + 2020 vana + + 2023 vana + + E. faecium FM 2027 vana + + E. faecium FM 2067 vana + + E. faecium FM 2075 vana + + E. faecium FM 2078 vana + + E. faecium FM 2079 vana + + Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 3 / 32

Taulukko 1. Jatkoa Lajit Kannan ID VanR-tyyppi VanR E. faecium FM 2155 vana + + E. faecium FM 2157 vana + + E. faecium 2160 vana + + E. faecium 2169 vana + + E. faecium 2179 vana + + E. faecium 2182 vana + + E. raffinosus MMCI-01 vana + + E. faecium MMCI-04 vana + + E. faecium MMCI-14 vana + + E. faecium MMCI-24 vana + + E. faecium MMCI-28 vana + + E. faecium MMCI-29 vana + + E. faecium MMCI-30 vana + + E. faecium MMCI-31 vana + + E. faecium MMCI-32 vana + + E. faecium MMCI-35 vana + + E. faecium MMCI-36 vana + + E. faecium MMCI-37 vana + + E. faecium MMCI-38 vana + + E. faecium MMCI-39 vana + + Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 4 / 32

Taulukko 1. Jatkoa Lajit Kannan ID VanR-tyyppi VanR E. faecium MMCI-41 vana + + E. faecium MMCI-42 vana + + E. faecium MMCI-43 vana + + E. faecium MMCI-44 vana + + E. faecium MMCI-45 vana + + E. faecium MMCI-46 vana + + E. faecium MMCI-47 vana + + E. faecium MMCI-49 vana + + E. casseliflavus MMCI-58 vana + + E. gallinarum MMCI-52 vana/c + + E. faecium MMCI-59 vana/b + + E. faecium 51858 vanb + + BAA-2365 vanb + + 700802 vanb + + E. faecium 6818 vanb + + E. faecium 23497 vanb + + E. faecium 14175 vanb + + E. faecium 13556 vanb + + 24 vanb + + 1555 vanb + + Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 5 / 32

Taulukko 1. Jatkoa Lajit Kannan ID VanR-tyyppi VanR 5270 vanb + + E. faecium 19035 vanb + + E. faecium 10004 vanb + + E. faecium 3251 vanb + + E. faecium 1697 vanb + + E. faecium 1726 vanb + + E. faecium 712 vanb + + E. faecium 4464 vanb + + 5027 vanb + + 8092 vanb + + E. faecium 115 vanb + + MMCI-02 vanb + + MMCI-05 vanb + + MMCI-06 vanb + + MMCI-08 vanb + + E. faecium MMCI-09 vanb + + E. gallinarum MMCI-10 vanb + + MMCI-11 vanb + + E. faecium MMCI-12 vanb + + MMCI-13 vanb + + Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 6 / 32

Taulukko 1. Jatkoa Lajit Kannan ID VanR-tyyppi VanR E. faecium MMCI-15 vanb + + MMCI-17 vanb + + MMCI-18 vanb + + E. faecium MMCI-19 vanb + + E. casseliflavus MMCI-20 vanb + + E. faecium MMCI-21 vanb + + MMCI-22 vanb + + E. faecium MMCI-23 vanb + + MMCI-25 vanb + + MMCI-26 vanb + + MMCI-27 vanb + + MMCI-33 vanb + + MMCI-34 vanb + + E. faecium MMCI-51 vanb + + E. gallinarum MMCI-56 vanb + + E. gallinarum MMCI-57 vanb + + Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 7 / 32

Ristireagointi ja mikrobihäiriöt Potilasnäytteiden mahdollisesti sisältämien mikro-organismien paneelin testauksen tarkoituksena oli määrittää, häiritsevätkö nämä mikro-organismit vana- tai vanb-kohteiden detekointia tai reagoivatko ne ristiin artus VanR QS-RGQ -sarjan kanssa. Mikrobihäiriöiden arviointiin käytettiin 2 kantaa: yhtä E. faecium -kantaa, jossa esiintyi vana-geeniä (ATCC 700221), ja yhtä -kantaa, jossa esiintyi vanb-geeniä (ATCC 51299). kannat laimennettiin Liquid Amies -kuljetusaineessa ja ulostematriisissa noin 2 3x toteamisrajaan. Mahdollisesti häiritsevät organismit laimennettiin Liquid Amies -kuljetusaineessa ja ulostematriisissa. Bakteerit ja sienet laimennettiin likimääräiseen työskentelypitoisuuteen 1,0 x 10 6 CFU/ml (elävät organismit) ja 1,0 x 10 6 kopiota/ml (DNA). Virukset ja viraaliset nukleiinihapot laimennettiin vastaavasti likimääräiseen pitoisuuteen 1,0 x 10 5 TCID 50 /ml ja 1,0 x 10 5 kopiota/ml. Ihmisen genominen DNA laimennettiin loppupitoisuuteen 1 x 10 4 genomikopiota/ml. Jokainen mahdollisesti häiritsevä organismi testattiin artus VanR QS-RGQ -sarjalla jokaisen kannan kanssa. Ristireagointia arvioitiin testaamalla paneelin jokainen organismi kannan kanssa edellä kuvatuilla pitoisuuksilla. Mikään mahdollisesti häiritsevistä organismeista ei reagoinut ristiin tai häirinnyt kummankaan VREkannan detekointia artus VanR QS-RGQ -sarjassa. Lisäksi 12 vankomysiiniresistentin Staphylococcus aureus (VRSA) -kannan ristireagointi testattiin artus VanR QS-RGQ -sarjalla. Odotusten mukaisesti vana- detekoitiin kaikissa testatuissa kannoissa. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 8 / 32

Taulukko 2. Häiriöiden ja ristireagoinnin osalta testattujen organismien paneeli Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus Abiotrophia defectiva ATCC* 49176 Acinetobacter baumannii ATCC 19606 A. lwoffi ATCC 17925 Aeromonas hydrophila Alcaligenes faecalis ssp. faecalis Anaerococcus tetradius ATCC 7966 ATCC 15554 ATCC 35098 Bacillus cereus ATCC 13472 B. cereus HER 1414 Bacteroides fragilis Blastocystis hominis ATCC 117778 ZMC 0601533 ATCC 50608D Campylobacter jejuni (coli) ATCC 43479 * American Type Culture Collection, USA. Zeptometrix Corporation. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 9 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus C. jejuni ATCC* 33292 Candida albicans ATCC 10231 C. catenulate ATCC 10565 C. tropicalis ZMC Z012 Citrobacter amalonaticus ZMC 0601718 C. freundii ATCC 8090 C. koseri ZMC 0601745 C. sedlakii ATCC 51115 C. difficile (eitoksigeeninen) C. difficile (eitoksigeeninen) ATCC 43593 ATCC 43601 C. difficile (NAP1-kanta) ATCC 1870 BAA- Collinsella aerofaciens ATCC 25986 * American Type Culture Collection, USA. Zeptometrix Corporation. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 10 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus Corynebacterium genitalium Cryptosporidium parvum ATCC* 33798 ATCC PRA-67D Desulfovibrio piger ATCC 29098 Edwardsiella tarda ATCC 15947 Eggerthella lenta ATCC 25559 Entamoeba histolytica ATCC 30459D Enterobacter aerogenes ATCC 13048 E. cloacae ATCC 13047 E. avium ATCC 49463 E. casseliflavus (vankomysiiniherkkä) E. cecorum (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) ATCC 25788 ATCC 43198 * American Type Culture Collection, USA. Merkitsee DNA-testausta. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 11 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus E. dispar (vankomysiiniherkkä) ATCC* 51266 (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) (vankomysiiniherkkä) ATCC 23241 ATCC 29212 ATCC 29302 ATCC 33074 ATCC 35550 ATCC 49532 * American Type Culture Collection, USA. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 12 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus E. faecium (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) ATCC* 49224 E. faecium (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) ATCC 472 BAA- E. gallinarum (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) E. hirae (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) E. raffinosus (vankomysiiniresistenssitila tuntematon) E. gallinarum (vanc1- kanta) E. gallinarum (vanc1- kanta) E. gallinarum (vanc1- kanta) ATCC 49573 ATCC 8043 ATCC 49427 ATCC 49608 ATCC 49609 ATCC 49610 * American Type Culture Collection, USA. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 13 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus E. gallinarum (vanc1-kanta) E. casseliflavus (vanc2/3-kanta) ATCC* 700425 ATCC 700668 E. faecium (vand-kanta) E. faecium (vand-kanta) MMCI-03 MMCI-53 E. faecium (vand-kanta) CCUG 58354 (vane-kanta) (vane-kanta) (vang-kanta) E. casseliflavus (vankomysiiniherkkä kanta) E. faecium (vankomysiiniherkkä kanta) MMCI-50 MMCI-55 MMCI-16 MMCI-65 ATCC 8459 * American Type Culture Collection, USA. Jewish General Hospital -sairaala (McGill-yliopisto, Montreal, Quebec, Kanada). Culture Collection, Göteborgin yliopisto, Ruotsi. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 14 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus E. faecium (vankomysiiniherkkä kanta) MMCI-62 E. faecium (vankomysiiniherkkä kanta) (vankomysiiniherkkä kanta) ATCC* BAA- 2127 ATCC BAA-2128 (vankomysiiniherkkä kanta) Enterococcus spp. (vankomysiiniherkkä kanta) Enterococcus spp. (vankomysiiniherkkä kanta) Enterococcus spp. (vankomysiiniherkkä kanta) ATCC 49533 MMCI-68 MMCI-69 MMCI-70 * American Type Culture Collection, USA. Jewish General Hospital -sairaala (McGill-yliopisto, Montreal, Quebec, Kanada). Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 15 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus Escherichia coli E. coli O157:H7 E. coli (ESBL-plasmidi) E. coli (CRE) ATCC* 23511 ATCC 700927 ATCC BAA-197 ATCC BAA-2471 E. hermannii ATCC 33650 Fusobacterium varium Klebsiella oxytoca ATCC 8501 ATCC 33496 K. pneumoniae ATCC 13883 K. pneumoniae (CRE) ATCC BAA-1705 Lactobacillus acidophilus ATCC 4356 L. reuteri ATCC 23272 Lactococcus lactis ATCC 11454 * American Type Culture Collection, USA. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 16 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus Leminorela grimontii ATCC* 33999 Leuconostoc lactis Leuconostoc mesenteroides, ssp. mesenteroides Pediococcus acidilactici Pediococcus pentosaceus Plesimonas shigelloides ATCC 15520 ATCC 8293 ATCC 8042 ATCC 33316 ATCC 14029 Proteus mirabilis ATCC 25933 P. penneri ATCC 35198 P. vulgaris ATCC 6896 Providencia alcalifaciens ATCC 9886 P. rettgeri ATCC 9250 P. stuartii ATCC 33672 * American Type Culture Collection, USA. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 17 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus Pseudomonas aeruginosa ATCC* 35554 P. putida ATCC 12633 Salmonella enterica ssp. enterica S. enterica ssp. Arizonae Serratia liquefaciens ATCC 14028 ATCC 13314 ATCC 27592 S. marcescens ATCC 13880 Shigella boydii ATCC 9207 S. dysenteriae ATCC 11835 S. sonnei ATCC 29930 S. aureus (MRSA) ATCC 43300 S. aureus (MRSA) ATCC 29213 * American Type Culture Collection, USA. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 18 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus S. aureus ATCC* 12598 S. aureus ATCC 6538 S. epidermidis ATCC 14990 Stenotrophomonas maltophilia Streptococcus bovis ATCC 13637 ATCC 35034 S. agalactiae ATCC 27541 S. dysgalactiae ATCC 43078 S. intermedius ATCC 27335 S. uberis ATCC 19436 Vibrio parahaemolyticus ATCC 17802 * American Type Culture Collection, USA. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 19 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus VRS1 (vana)** HIP11714 + + VRS2 (vana)** HIP11983 + + VRS3a (vana)** HIP13170 + + VRS4 (vana)** HIP14300 + + VRS5 (vana)** HIP15178 + + VRS6 (vana)** AIS2006032 + + VRS7 (vana)** AIS2006045 + + VRS8 (vana)** 71080 + + VRS9 (vana)** AIS 080003 + + VRS10 (vana)** AIS 1000505 + + VRS11a (vana)** AIS 1001095 + + VRS11b (vana)** AID1001123 + + Coxsackievirus ZMC 0810075CF Zeptometrix Corporation. ** VRSA-kannat saatiin Network on Antimicrobial Resistance in Staphylococcus aureus (NARSA) Program -ohjelmasta. : tietoa ei käytettävissä. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 20 / 32

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireagointi Testattu organismi Lähdetunnus Sytomegalovirus (AD-169) Echovirus Enterovirus, tyyppi 71 Ihmisen genominen DNA ZMC 0810003CF ZMC 0810023CF ZMC 0810047CF Promega G304A Zeptometrix Corporation. Tarkkuus artus VanR QS-RGQ -sarjan tarkkuus arvioitiin 7-jäsenisellä paneelilla, joka koostui 2 VREkannasta: E. faecium ATCC 700221 (vana-tyyppi) ja ATCC 51299 (vanb-tyyppi). Paneelin jäsenet muodostettiin Liquid Amies -kuljetusaineessa ja ulostematriisissa yhdellä kannalla (E. faecium tai ) 3 pitoisuutena; positiivinen (noin 2 3x LOD), matala positiivinen (1x LOD) ja korkea negatiivinen (<1x LOD). Paneelin seitsemäs jäsen (negatiivinen) valmistettiin käyttäen ainoastaan Liquid Amies -kuljetusainetta ja ulostematriisia. Saatujen tietojen perusteella määritettiin C T -keskiarvo, vakio poikkeama (SD) ja variaatiokerroin (% CV) jokaiselle kohteelle ja sisäiselle lle. Laboratorion sisäistä toistettavuutta koskevassa tutkimuksessa 7-jäseninen paneeli testattiin 3 replikaatteina kerran päivässä yhteensä 12 päivän ajan. 2 eri käyttäjää suoritti kokeen yhdellä laitteella (QIAsymphony RGQ) ja yhdellä artus VanR QS-RGQ -sarjan erällä. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 21 / 32

Taulukko 3. Yhteenveto artus VanR QS-RGQ -sarjan laboratorion sisäisestä toistettavuudesta vana/vanb Kanta Paneelin jäsen C T - keskiarvo SD E. faecium (vana-tyyppi) % CV C T - keskiarvo SD % CV Positiivinen 30,82 0,20 0,65 32,40 0,81 2,51 Matala 32,57 0,34 1,03 32,58 0,89 2,72 positiivinen Korkea negatiivinen 36,12 0,96 2,65 32,58 0,81 2,47 Positiivinen 31,86 0,33 1,03 32,46 0,68 2,10 (vanb-tyyppi) Matala positiivinen Korkea negatiivinen 33,54 0,65 1,94 32,47 0,95 2,92 36,75 0,91 2,48 32,66 1,00 3,05 Negatiivinen 30,00 * 32,41 0,51 * : tietoa ei käytettävissä. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 22 / 32

Erien välisen toistettavuuden arvioinnissa käytettiin 3 eri artus VanR QS-RGQ -sarjan erää. Yksi käyttäjä käsitteli kaikki 3 erää yhden kerran (yhteensä 3 käsittelykertaa) yhdellä laitteella (QIAsymphony RGQ). Jokaisen erän jokainen paneelin jäsen testattiin 6 replikaatteina (taulukko 4). Taulukko 4. Yhteenveto artus VanR QS-RGQ -sarjan erien välisestä toistettavuudesta E. faecium -bakteerille vana/vanb Positiivinen Kanta Paneelin jäsen Erä C T - keskiarvo SD % CV C T - keskiarvo SD % CV 1 30,85 0,24 0,79 32,02 0,41 1,29 2 31,20 0,14 0,44 32,15 0,52 1,63 3 30,57 0,31 1,00 31,78 0,46 1,46 Yhteensä 30,87 0,35 1,12 31,98 0,47 1,46 E. faecium (vana-tyyppi) Matala positiivinen Korkea negatiivinen 1 33,08 0,39 1,19 31,88 0,60 1,89 2 32,67 0,37 1,15 32,45 1,24 3,81 3 32,32 0,41 1,27 32,30 0,85 2,63 Yhteensä 32,69 0,49 1,49 32,21 0,91 2,83 1 36,84 0,45 1,23 32,36 0,68 2,09 2 35,98 0,62 1,72 32,73 0,86 2,64 3 35,54 0,89 2,51 31,83 0,64 2,01 Yhteensä 36,16 0,82 2,27 32,31 0,79 2,43 1 33,18 0,11 0,32 32,05 0,42 1,32 (vanb-tyyppi) Positiivinen 2 32,82 0,29 0,87 32,81 0,76 2,32 3 32,35 0,25 0,77 31,45 0,20 0,63 Yhteensä 32,78 0,41 1,25 32,11 0,75 2,34 Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 23 / 32

Taulukko 4. Jatkoa vana/vanb Kanta Paneelin jäsen Erä C T - keskiarvo (vanb-tyyppi) Matala positiivinen SD Korkea negatiivinen % CV C T - keskiarvo SD % CV 1 34,22 0,44 1,27 31,71 0,28 0,87 2 34,30 0,42 1,24 32,76 0,79 2,41 3 33,91 0,32 0,94 31,91 0,68 2,12 Yhteensä 34,14 0,41 1,20 32,13 0,75 2,33 1 37,34 1,25 3,34 31,90 0,35 1,10 2 34,37 0,24 0,69 33,06 1,30 3,92 3 37,40 0,55 1,46 32,67 1,21 3,72 Yhteensä 35,98 1,70 4,71 32,54 1,10 3,38 1 * 31,85 0,35 1,11 Negatiivinen 2 3 32,80 0,57 1,73 32,76 1,24 3,78 Yhteensä 32,47 0,89 2,73 * : tietoa ei käytettävissä. Laitteen toistettavuutta mitattiin käsittelemällä 7-jäseninen paneeli 3 eri QIAsymphony RGQ - laitteessa. Yksi käyttäjä testasi paneelin jäsenet 6 replikaatteina yhdellä artus VanR QS-RGQ - sarjan erällä (katso taulukko 5). Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 24 / 32

Taulukko 5. Yhteenveto artus VanR QS-RGQ -sarjan laitteiden välisestä toistettavuudesta vana/vanb Positiivinen Kanta Paneelin jäsen Laite C T - keskiarvo SD % CV C T - keskiarvo SD % CV 1 31,09 0,21 0,66 31,96 0,39 1,23 2 31,31 0,17 0,56 32,92 0,78 2,38 3 30,50 0,21 0,69 30,73 0,61 2,00 Yhteensä 30,97 0,40 1,29 31,87 1,09 3,42 E. faecium (vana-tyyppi) Matala positiivinen Korkea negatiivinen 1 33,12 0,28 0,85 32,91 0,83 2,53 2 33,26 0,31 0,94 32,68 0,44 1,34 3 32,40 0,28 0,86 31,19 0,98 3,15 Yhteensä 32,93 0,47 1,44 32,26 1,08 3,34 1 36,75 0,87 2,37 32,41 0,54 1,66 2 36,53 0,83 2,28 33,01 1,02 3,10 3 35,85 0,60 1,68 31,31 0,29 0,93 Yhteensä 36,41 0,82 2,26 32,24 0,97 3,02 1 33,00 0,09 0,27 32,47 0,60 1,84 (vanb-tyyppi) Positiivinen 2 32,20 0,27 0,84 32,82 0,66 2,02 3 31,67 0,31 0,97 30,76 0,39 1,26 Yhteensä 32,29 0,61 1,88 32,02 1,07 3,34 Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 25 / 32

Taulukko 5. Jatkoa vana/vanb Kanta Paneelin jäsen (vanb-tyyppi) Matala positiivinen Laite Korkea negatiivinen C T - keskiarvo SD % CV C T - keskiarvo SD % CV 1 34,26 0,33 0,96 32,31 0,61 1,88 2 33,45 0,55 1,65 32,70 0,55 1,69 3 33,27 0,34 1,02 30,44 0,47 1,55 Yhteensä 33,66 0,59 1,76 31,82 1,14 3,57 1 38,18 0,20 0,52 32,14 0,61 1,90 2 37,09 0,42 1,13 32,67 0,56 1,71 3 37,09 0,16 0,44 30,70 0,33 1,09 Yhteensä 37,36 0,58 1,56 31,84 0,99 3,10 1 * 32,12 0,77 2,39 Negatiivinen 2 3 32,61 0,63 1,94 31,40 0,49 1,57 Yhteensä 32,04 0,79 2,47 * : tietoa ei käytettävissä. Tutkimuspaikkojen välistä toistettavuutta mitattiin siten, että 2 käyttäjää käsitteli 7-jäsenisen paneelin kaikissa 3 tutkimuspaikassa (IMDx ja 2 ulkoista tutkimuspaikkaa). Kumpikin käyttäjä käsitteli paneelin 5 kertaa eri testauspäivinä. Paneelin jäsenet testattiin 3 replikaatteina, jotka satunnaistettiin ja sokkoutettiin käyttäjälle. Tutkimukseen käytettiin yhtä QIAsymphony RGQ -laitetta ja yhtä artus VanR QS-RGQ -sarjan erää jokaisessa tutkimuspaikassa (taulukko 6). Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 26 / 32

Taulukko 6. Yhteenveto artus VanR QS-RGQ -sarjan tutkimuspaikkojen välisestä toistettavuudesta vana/vanb Positiivinen Kanta Paneelin jäsen Paikka C T - keskiarvo SD % CV C T - keskiarvo SD % CV 1 30,65 0,27 0,90 32,13 0,90 2,80 2 30,83 0,37 1,21 32,27 0,78 2,43 3 30,43 0,33 1,10 31,80 0,75 2,36 Yhteensä 30,64 0,36 1,19 32,07 0,83 2,58 E. faecium (vana-tyyppi) Matala positiivinen Korkea negatiivinen 1 32,29 0,37 1,15 32,12 0,64 2,01 2 32,45 0,44 1,36 32,09 0,89 2,78 3 32,13 0,43 1,35 32,02 0,70 2,19 Yhteensä 32,29 0,43 1,34 32,08 0,75 2,33 1 35,51 0,80 2,24 31,93 0,61 1,92 2 36,00 0,94 2,62 31,87 0,54 1,71 3 35,41 0,99 2,79 32,13 0,73 2,27 Yhteensä 35,63 0,94 2,63 31,98 0,64 1,99 1 31,62 0,39 1,23 32,00 0,94 2,95 (vanb-tyyppi) Positiivinen 2 31,93 0,22 0,70 31,84 0,78 2,44 3 31,93 0,32 1,00 31,87 0,89 2,78 Yhteensä 31,83 0,35 1,09 31,91 0,86 2,71 Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 27 / 32

Taulukko 6. Jatkoa vana/vanb Kanta Paneelin jäsen (vanb-tyyppi) Matala positiivinen Paikka Korkea negatiivinen C T - keskiarvo SD % CV C T - keskiarvo SD % CV 1 33,19 0,52 1,57 31,79 0,55 1,72 2 33,40 0,40 1,18 32,00 0,76 2,38 3 33,60 0,71 2,11 31,79 0,75 2,36 Yhteensä 33,40 0,58 1,72 31,86 0,69 2,17 1 36,77 0,61 1,66 31,95 0,58 1,83 2 37,20 0,68 1,82 31,94 0,66 2,07 3 37,49 1,24 3,31 31,90 0,76 2,37 Yhteensä 37,11 0,90 2,44 31,93 0,66 2,08 1 * 31,98 0,97 3,03 Negatiivinen 2 3 32,12 0,87 2,71 31,91 0,74 2,30 Yhteensä 32,00 0,86 2,69 * : tietoa ei käytettävissä. Siirtyminen Näytteiden välisen siirtymisen (ristikontaminaatio) mahdollisuuden todettiin olevan alle 1 % koko työnkulussa osoittamalla, että > 99 % korkean positiivisista ja negatiivisista näytteistä detekoitiin oikein kaikissa vaihtoehtoisissa paikoissa. Keinotekoiset positiiviset vana/vanb-näytteet ja negatiiviset vana/vanb-näytteet valmisteltiin Liquid Amies -kuljetusaineessa ja ulostematriisissa. Korkean positiiviset näytteet muodostettiin pitoisuudella 2 10 6 CFU/ml, joka oli korkeampi kuin Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 28 / 32

organismien pitoisuus 95 %:ssa käyttöryhmän sairastuneiden potilaiden näytteistä. Näytteet käsiteltiin koko artus VanR QS-RGQ -työnkululla. Häiritsevät aineet Potilasnäytteiden mahdollisesti sisältämistä 23 aineesta koostuva paneeli testattiin tarkoituksena määrittää, häiritsevätkö nämä aineet artus VanR QS-RGQ -sarjan toimintaa. Yksi VRE:n vanatyypin kanta (E. faecium, ATCC 700221) ja yksi vanb-tyypin kanta (, ATCC 51299) laimennettiin noin 2 3x toteamisrajaan Liquid Amies -kuljetusaineessa ja ulostematriisissa. Jokaiseen organismiin lisättiin jokaista mahdollisesti estävää ainetta, ja ne testattiin yksitellen triplikaatteina artus VanR QS-RGQ -sarjalla. Näytteet ja merkit esitetään taulukossa 7. Millään aineella ei havaittu olevan estävää vaikutusta sisäisen n signaaleihin ja vana/vanbsignaaleihin. Taulukko 7. Mahdollisten häiriöiden osalta testatut aineet Aine Mahdollinen häiritsevä aine Testattu pitoisuus* Aleve Naprokseeninatrium 14 mg/ml Bariumsulfaatti Bariumsulfaatti 5 mg/ml Kondomit Nonoksinoli-9 7 % ExLax Sennosidit 0,1 mg/ml Gaviscon Alumiinihydroksidi ja magnesiumkarbonaatti 0,1 mg/ml Peräpukamageeli Fenyyliefriinihydrokloridi 2 % w/v Imodium Loperamidi-HCl 0,00667 mg/ml Metronidatsoli Metronidatsoli 14 mg/ml Mikonatsolinitraattivoide Mikonatsolinitraatti 2 % w/v Mineraaliöljy Mineraaliöljy 2 % v/v Useimmat kosteuspyyhkeet Bentsalkoniumkloridi 0,12 % w/v Lima Musiini 3 mg/ml * Ilmaisee aineen fysiologisesti olennaisen pitoisuuden. Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 29 / 32

Taulukko 7. Jatkoa Aine Mahdollinen häiritsevä aine Testattu pitoisuus* Palmitiinihappo Palmitiinihappo 2 mg/ml Pepto Bismol Vismuttisubsalisylaatti 0,87 mg/ml Preparation H Hydrokortisoni 2 % w/v Prilosec (viiveellinen vapautuminen) Omepratsolimagnesium 0,5 mg/ml Steariinihappo Steariinihappo 4 mg/ml Tagamet ` Simetidiini 0,5 mg/ml Tums Kalsiumkarbonaatti 0,5 mg/ml Vankomysiini-HCl Vankomysiini 12,5 mg/ml Vaseline Vaseliini 100 % Kokoveri Glukoosi, hormonit, entsyylit, rauta jne. 5 % v/v Sinkkioksidi Sinkkioksidi 40 % w/v * Ilmaisee aineen fysiologisesti olennaisen pitoisuuden. Diagnostisen suorituksen arviointi artus VanR QS-RGQ -sarjan suorituskyky arvioitiin 3 maantieteellisesti eri paikassa Yhdysvalloissa vuosina 2013 2014. Arviointiin käytettiin yhteensä 330 rektaalista tai perianaalista näytettä. artus VanR QS-RGQ -sarjalla saatuja tuloksia verrattiin rikastusviljelystä ja kaksisuuntaisella sekventoinnilla saatuihin tuloksiin. Kliinisiä näytteitä pidettiin positiivisina, jos vana:n C T -arvo oli 38,7 ja vanb:n vastaava arvo 41,6. Testatuilla kliinisillä näytteillä artus VanR QS-RGQ -sarjan diagnostinen kokonaisherkkyys oli 93 % (positiivinen ennustearvo 86 %) ja spesifisyys 92 % (negatiivinen ennustearvo 96 %) VRE:lle rikastusviljelyyn ja kaksisuuntaiseen sekventointiin verrattuna (taulukot 8 ja 9). Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 30 / 32

Taulukko 8. VanR:n kliinistä yhtäpitävyyttä koskevan tutkimuksen tulokset Rikastusviljely + kaksisuuntainen sekventointi + Yhteensä artus VanR QS-RGQ Kit + 103 17 120 8 202 210 Yhteensä 111 219 330 Taulukko 9. VanR:n kliinistä yhtäpitävyyttä koskevan tutkimuksen tulokset 95 % CI Herkkyys 93 % 86 96 % Tarkkuus 92 % 88 95 % Positiivinen ennustearvo 86 % 78 91 % Negatiivinen ennustearvo 96 % 93 98 % Esiintyminen (%) 34 % 29 39 % Yhtäpitävyys 92 % Suorituksen ominaispiirteet: artus VanR QS-RGQ Kit Sivu 31 / 32

Katso päivitetyt lisenssitiedot ja tuotekohtaiset vastuuvapauslausekkeet vastaavan QIAGEN-sarjan käsikirjasta tai käyttöoppaasta. QIAGEN-sarjojen käsikirjat ja käyttöoppaat ovat saatavina osoitteessa www.qiagen.com tai ne voi tilata QIAGENin teknisestä palvelupisteestä tai paikalliselta jälleenmyyjältä. Tavaramerkit: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); Aleve (Bayer HealthCare LLC); ATCC (American Type Culture Collection Corporation); ExLax (Sandoz Pharmaceuticals Corporation); Gaviscon (Aventis Holdings Inc); Imodium (Johnson & Johnson Corporation); Preparation H (American Home Products Corporation); Prilosec (AstraZeneca AB Corporation); Tagamet, Tums (SmithKline Beecham Pharmaceuticals Co.); Vaseline (Unilever Supply Chain, Inc.). Tässä asiakirjassa mainittuja rekisteröityjä nimiä, tavaramerkkejä jne. on pidettävä lain suojaamina, vaikkei niitä olisi erityisesti sellaisiksi merkitty. HB-1650-D01-001 2014 QIAGEN, kaikki oikeudet pidätetään. www.qiagen.com Denmark 80-885945 Italy 800-787980 Singapore 1800-742-4368 Australia 1-800-243-800 Finland 0800-914416 Japan 03-6890-7300 Spain 91-630-7050 Austria 0800-281011 France 01-60-920-930 Korea (South) 080-000-7145 Sweden 020-790282 Belgium 0800-79612 Germany 02103-29-12000 Luxembourg 8002 2076 Switzerland 055-254-22-11 Brazil 0800-557779 Hong Kong 800 933 965 Mexico 01-800-7742-436 Taiwan 0800-665-957 Canada 800-572-9613 India 1-800-102-4114 The Netherlands 0800 0229592 UK 0808-234-3665 China 800-988-0325 Ireland 1800 555 049 Norway 800-18859 USA 800-426-8157 Sample & Assay Technologies