Sample to Insight. DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla. Joulukuu 2017 QIAsymphony SP -protokollalomake

Transkriptio

1 Joulukuu 2017 QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla Tämä asiakirja on DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP QIAsymphony SP -protokollalomake, R3, QIAsymphony DSP DNA Mini Kit -tarvikesarjalle, versio 1. Sample to Insight

2 Yleistä QIAsymphony DSP DNA -tarvikesarja on tarkoitettu in vitro -diagnostiikkaan. Tämä on protokolla koko genomisen ja mitokondriaalisen DNA:n puhdistukseen tuoreesta tai jäätyneestä buffy coat -kerroksesta QIAsymphony SP:n ja QIAsymphony DSP DNA Midi Kit - tarvikesarjan avulla. Sarja QIAsymphony DSP DNA Midi Kit -sarja (tuotenro ) Näytemateriaali Protokollan nimi Analyysin kontrollin oletusasetus Buffy coat (antikoagulanttina EDTA, sitraatti tai hepariini) DNA_BC_400_V6_DSP ACS_BC_400_V6_DSP Muokattavuus Eluaattitilavuus: 200 µl, 400 µl Tarvittava ohjelmistoversio Versio 4.0 tai uudempi Sample (Näyte) -lokero Näytetyyppi Näytemäärä Buffy coat (antikoagulanttina EDTA, sitraatti tai hepariini) Käytetyn näyteputken mukainen, katso lisätietoja osoitteesta Ensisijaiset näyteputket Toissijaiset näyteputket Asettimet Katso lisätietoja osoitteesta Käytetyn näyteputken mukainen, katso lisätietoja osoitteesta n/a = ei olennainen. Reagents and Consumables (Reagenssit ja tarvikkeet) -lokero Sijainti A1 ja/tai A2 Reagenssikasetti Sijainti B1 Kärkitelineen pidike 1 17 Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 200 tai µl Yksikkölaatikon pidike 1 4 Yksikkölaatikot sisältävät näytteen valmistelukasetit tai 8- sauvaiset kannet n/a = ei olennainen. QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla 12/2017 2

3 Waste (Jäte) -lokero Yksikkölaatikon pidike 1 4 Jätepussin pidike Nestejätepullon pidike Tyhjät yksikkölaatikot Jätepussi Tyhjä nestejätepullo Eluate (Eluaatti) -lokero Eluaattiteline (käytä sijaintia 1, jäähdytysasento) Katso lisätietoja osoitteesta Vaaditut muoviastiat Yksi erä, 24 näytettä* Kaksi erää, 48 näytettä* Kolme erää, 72 näytettä* Neljä erää, 96 näytettä* Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 200 µl Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 1500 µl Näytteen valmistelukasetit sauvaiset kannet * Jos erässä käytetään alle 24 näytettä, ajossa tarvitaan vähemmän kertakäyttöisiä suodatinkärkiä. Kärkitelineessä on 32 suodatinkärkeä. Tarvittavien suodatinkärkien määrä käsittää suodatinkärjet yhteen skannaukseen per reagenssikasetti. Yksikkölaatikossa on 28 näytteen valmistelukasettia. Yksikkölaatikossa on 12 kpl 8-sauvaisia kansia. Huomautus : Mainittu suodatinkärkien määrä voi poiketa kosketusnäytössä näkyvästä luvusta asetuksista riippuen. Suosittelemme lataamaan suurimman mahdollisen määrän kärkiä. Eluaattitilavuus Eluaattitilavuus valitaan kosketusnäytöstä. Eluaattitilavuus voi vaihdella näytetyypin ja DNA-sisällön mukaan korkeintaan 15 µl valittua tilavuutta pienemmäksi. Koska eluaattitilavuus voi vaihdella, suosittelemme tarkistamaan todellisen eluaattitilavuuden, kun käytetään automaattista määrityksen asetusjärjestelmää, joka ei tarkista eluaattitilavuutta ennen siirtoa. Pienillä tilavuuksilla tehty eluutio suurentaa lopullisen DNA:n pitoisuutta, mutta samalla pienentää satoa hieman. Suosittelemme käyttämään aiottuun seuraavaan käyttösovellukseen sopivaa eluaattitilavuutta. QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla 12/2017 3

4 Näytemateriaalin valmistelu Työskenneltäessä kemikaalien kanssa on aina käytettävä asianmukaista laboratoriotakkia, kertakäyttökäsineitä ja suojalaseja. Lisätietoja saa tuotekohtaisista käyttöturvallisuustiedotteista (safety data sheets, SDSs), jotka ovat saatavana tuotteen toimittajalta. Tärkeä huomioitava seikka ennen aloittamista QIAsymphonyn magneettiset hiukkaset voivat edistää RNA:n puhdistumista, jos sitä on näytteessä. Minimoi RNA:n määrä näytteessä lisäämällä RNaasi A:ta näytteeseen ennen toimenpiteen aloittamista. Valmiin RNasi A -seoksen pitoisuuden on oltava 2 mg/ml. Buffy coat Buffy coat on kokoveren leukosyyttirikastettu osuus. Leukosyyttirikastamisen teho on buffy coat - kerroksen valmistelutavan ja uuttamistavan tarkkuuden mukainen. Valmistele buffy coat käyttämällä vakiokäytännön mukaista antikoagulanttia (EDTA, sitraatti tai hepariini) sisältäviä kokoverinäytteitä sentrifugissa nopeudella x g 10 minuutin ajan huoneenlämmössä (15 25 C). Sentrifugoinnin jälkeen näytteessä näkyy kolme erillistä osaa: ylin, kirkas kerros on plasmaa, keskimmäinen kerros on buffy coat, joka sisältää tiivistettyjä leukosyyttejä, ja alin kerros sisältää tiivistettyjä punasoluja. Noin 1 ml leukosyyttejä sisältävästä osiosta pitää kerätä noin 10 ml:sta sentrifugissa käytettyä koko verta, jolloin tavallisesti saadaan 5 6-kertainen rikastus. Esimerkiksi 10 ml:ssa kokoverta, jonka valkosoluluku on 6 x 10 6 solua/ml, saadaan 1 ml buffy coat -kerrosta. Jos valkosolujen rikastus oletetaan viisinkertaiseksi, tuloksena on 3 x 10 7 solua/ml. Näin ollen protokollassa, jossa käytetään 400 µl:n buffy coat -kerrosta, käytetään, 1,2 x 10 7 solua. Jotta DNA-puhdistustoimenpide ei kuormittuisi liikaa, älä valmistele yli kymmenkertaisesti rikastettuja buffy coat -näytteitä. Jos buffy coat -näytteissä on yli kymmenkertainen rikastus, laimenna näytteitä kymmenkertaiseen tai laimeampaan rikastukseen PBS:n avulla tai käytä DNApuhdistustoimenpiteessä vähemmän aloitusmateriaalia. Buffy coat -näytteitä voidaan käyttää heti tai ne voidaan säilyttää 20 C:ssa tai 70 C:ssa myöhempää DNA:n puhdistusta varten. Pakastetut näytteet on sulatettava nopeasti 37 C:n vesihauteessa hieman liikutellen, jotta niiden perusteellinen sekoittuminen voidaan varmistaa. Tämän jälkeen näytteet on tasattava huoneenlämpöön (15 25 C) ennen toimenpiteen aloittamista. Varmista luotettava näytteen siirto välttämällä vaahtoutumista näyteputkissa. Pyri välttämään verihyytymien muodostuminen näytteeseen ja siirrä tarvittaessa näytteen hyytymätön osa uuteen putkeen. QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla 12/2017 4

5 QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla 12/2017 5

6 Muutoshistoria Asiakirjan muutoshistoria R3 12/2017 Päivitys QIAsymphony-ohjelmistoversiolle 5.0 Voimassa olevat lisenssitiedot ja tuotekohtaiset vastuuvapauslausekkeet ovat saatavilla tuotekohtaisista QIAGEN -pakkausten käyttöoppaista tai käsikirjoista. QIAGEN-sarjojen käsikirjat ja käyttöoppaat löytyvät osoitteesta tai niitä voi tiedustella QIAGENin teknisestä huollosta tai paikalliselta jälleenmyyjältä. Tavaramerkit: QIAGEN, Sample to Insight, QIAsymphony (QIAGEN-konserni). Tässä asiakirjassa mainittuja rekisteröityjä nimiä, tavaramerkkejä jne. on pidettävä lain suojaamina, vaikkei niitä olisi erityisesti sellaisiksi merkitty. 12/2017 HB-0977-S QIAGEN, kaikki oikeudet pidätetään. QIAsymphony SP -protokollalomake DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla 12/2017 6

7 Tilaukset Tekninen tuki support.qiagen.com Verkkosivusto HB-0977-S QIAsymphony SP -protokollalomake 12/2017 DNA_Buffy_Coat_400_V6_DSP-protokolla 12/2017 7