Miten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä Genomitiedon vaikutus terveydenhuoltoon työpaja 7.11.2014 Sitra, Helsinki Jaakko Ignatius, TYKS Kliininen genetiikka
Perimän tutkimusta alettiin Suomessa ensin hyödyntää kromosomitasolla diagnostiikka- ja myös preventio-mielessä Kromosomitutkimukset 1960-luvulla (trisomiat, Turner, Klinefelter, translokaatiot jne) Suomen ensimmäiset lapsivesinäytteet yli 40- vuotiailta äideiltä otettiin vuonna 1971 Ensimmäiset istukkanäytteet 1984 FISH-tutkimukset tiettyjen pienten kromosomideleetioiden toteamiseksi 1990- luvulta alkaen Ensimmäinen molekyylikaryotyypitysnäyte (VGHarray) lähetettiin ulkomaille syksyllä 2004 ja Suomessa tutkimukset aloitettiin 2006
Erikoislääketieteessä genomitietämyksellä on jo nyt ollut suuri vaikutus gynekologiassa Sikiötutkimusyksikköjen synty, raskauden aikaiset kromosomitutkimukset rutiinia, geneettisten tautien sikiödiagnostiikka arkipäivää Seuraava vaihe on tiettyjen sikiötutkimusten tekeminen äidin verinäytteestä jolloin invasiivisia tutkimuksia mahdollisesti voidaan vähentää ja ainakin seulontojen osuvuus paranee Nyt jo Suomessa tehty sikiön sukupuolen määritystä onnistuneesti äidin verinäytteestä, trisomia-diagnostiikka tulossa nopeastikin? Seuraava vaihe on tiettyjen perinnöllisten tautien mutaatiotason diagnostiikka äidin verinäytteestä Tietty valmius suomalaisessa yhteiskunnassa saattaisi olla eräiden sellaisten resessiivisten vaikeiden tautien kantajuusseulontoihin joihin ei ole hoitoa (eräät suomalaisen tautiperinnön kehitysvammaisuustaudit), nykytekniikat mahdollistaisivat useidenkin tautien kantajadiagnostiikan
Sekä kromosomi- että geenitason diagnostiikka on muuttanut paljon lastentautien diagnostiikkaa Kromosomi-mikroarray-tekniikoiden käyttöönotto on paljastanut miten yllättävän usein lapsen kehitysvamma tai muu oire on kromosomivika Yhden geenin tutkimukset ovat tiettyjen tautien kohdalla muuttaneet koko diagnostisen prosessin (vrt. INCL) Seuraava askel (jo nyt käytössä) on geenipanelit ja eksomitutkimukset, jatkossa ehkä myös koko genomin kartoitus?
Eksomitutkimus hyvä jos kokemusperäisesti geneettisen taudin todennäköisyys suuri mutta ei hyvää kliinistä johtolankaa Erityisesti lasten kehitysvammaisuudessa ja monien muidenkin tautien kohdalla (neurologia, kardiologia, kuulo- ja näkövammat jne.) monet eri geenit voivat aiheuttaa samanlaisen oirekuvan ja geenejä voi olla kymmeniä ei kannata tutkia yksitellen Uusilla tekniikoilla voi katsoa monta geeniä yhtä aikaa joko kaikki tai ns. suunnattu eksomi jonkin tietyn tautigeeniryhmän osalta Nyt jo muuttanut diagnoosikäytäntöjä
Esimerkki eksomitutkimuksen hyödystä Yang et al: Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of Mendelian disorders (NEJM 2013): 250 erilaista potilasta joilla ei diagnoosia, mutta vahva epäily geneettisestä taudista Oireina esim. kehitysvammaisuus, neurologisia oireita, kardiomyopatia jne. Diagnoosi saatiin 25%:lle (62/250) ja se oli usein sellainen, että millään muulla menetelmällä ei olisi päästy täsmädiagnoosiin Neljällä potilaalla oli kaksi eri geenitautia päällekkäin! 83% uusia dominantteja mutaatioita!
Koko eksomin kartoitus diagnostiikassa myös kustannustehokasta? Esimerkkitapaus: 26 kk:n ikäinen kehitysvammainen poika, jolle ennen eksomia oli tehty kromosomi-mikroarray, DNAmetylaatiotestejä, 8 kpl yhden geenin sekvensointeja, koko mitokondrio-dna:n NGS-sekvensointi, hengitysketjuentsyymien määritykset, metabolisia ym. tutkimuksia, yht. hinta noin 3 x eksomin hinta. Löytyi SYNGAP1-mutaatio joka tekee non-spesifisen kehitysvamman ja jota ei voi diagnosoida millään muulla tavalla kuin geenitestillä Hyöty? Tutkimuskierre loppui, samoin huoli tulevien lasten tai sukulaisten riskistä (oli uusi dominantti mutaatio) Vähentää muita tutkimuksia, antaa ehkä tietoa ennusteesta, tulevaisuudessa ehkä hoitovaihtoehtojakin?
Geenitason DNA-tutkimukset syöpätaudeissa Syöpägenetiikan tuleminen 1990-luvulla, BRCA1, BRCA2, HNPCC-mutaatiot, seurannat ja riskiä vähentävä kirurgia Geenitutkimusten vaikutus myös hoitovalintoihin, jatkossa yhä enemmän
Diagnostiikka paranee monilla erikoisaloilla mutta entä hoito? Neurologia, kardiologia, silmätaudit, korvataudit, ihotaudit, geenitason diagnostisia tutkimuksia yhä enemmän Diagnosis is treatment täsmädiagnoosi lopettaa usein turhat lisäselvittelyt ja selventää sukulaisten tilanteen! Tulevaisuuden täsmähoidot?
Genomitiedon soveltamisen jarruja? Edelleen hinta tutkimusten hinnat ovat tulleet alas, mutta tavallisen kliinikon (ja budjettivastaavan) näkökulmasta eksomi lapsesta, isästä ja äidistä (= tulkintoineen esimerkiksi Hollannista ostettuna 4800e) kuulostaa kalliilta Tulosten tulkintavaikeudet vähenemässä mutta eivät kokonaan poissa kansallinen kliininen mutaatiotietokanta auttaisi Pelko sattumalöydöksenä tulevista odottamattomista tuloksista Yllättäen valmius lähettää näytteitä ulkomaille voi monissa sairaaloissa/klinikoissa olla korkea, logistiikka ei toimi
Genomitiedon käyttö auttaa mutta tuo myös haasteita Yhä useammalle potilaalle saadaan täsmädiagnoosi joka on hyvä asia Tulevaisuudessa klinikoissa yhä enemmän potilaita joilla on jokin harvinainen diagnoosi, tulevaan Kanta-tiedostoon pitäisi saada mahdollisuus skannata lyhyt tietoisku/katsausartikkeli taudin oirekuvasta
Valtakunnallisella tasolla mietittävää Tasa-arvon näkökulma ovatko kaikkien ulottuvilla? Priorisoinnin näkökulma Kenelle jos rahaa on vähän ja onko muualta pois? Eettiset kysymykset -