NGS:n haasteet diagnostiikassa Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio

Koko: px

Aloita esitys sivulta:

Download "NGS:n haasteet diagnostiikassa. 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio"

Saija Tuominen
8 vuotta sitten
Katselukertoja:

1 NGS:n haasteet diagnostiikassa Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio

2 Sidonnaisuudet Kokousmatkoja: Novartis Luentopalkkioita: AstraZeneca, Roche, Pfizer, Lilly

3 NGS:n haasteita näytteen haastavuus logistiikan toimivuus moniammatillista (mm. bioinformaatikkojen saatavuus) sovituissa toimitusajoissa pysyminen laitteiden, analyysiohjelmien toimiminen data pilvipalvelussa oman serverin hankkiminen raakadatan pitkäaikainen ja rajallinen säilöminen tuntemattomat variantit, merkintä, kliininen merkitys ja lausuminen ituratamutaatiot lausuntojen selkokielisyys lääkäreille potilaiden pääsy lausuntoihinsa (kanta)

4 Next generation sequencing, NGS sekvensoidaan moninkertaisesti useita geenialueita useilta potilailta samanaikaisesti nopea analytiikka kohdennetut geenipaneelit, transkriptomit, eksomit, koko genomi

5 NGS-laitevertailua

6 Illuminan MiSeq vai Ion Torrentin PGM? Illumina MiSeq Ion Torrent PGM

7 Suuren kapasiteetin NGS-laitteet

8 Ion Torrent Proton eksomisekvensointi transkriptomit non-invasiivinen cfdnaanalytiikka (sikiöperäinen, kasvainperäinen) koko genomin sekvensointi

9 Ion Torrent, puolijohdetekniikka perustuu H + irtoamiseen polymeraasin liittäessä nukleotidin, mitataan ph-muutoksena

10 ph-muutos

11 NGS-vaiheiden kesto paljon tietoa yhdellä kerralla tulos jopa parissa vuorokaudessa hinta inhimillinen

12 Kirjaston tekeminen

13 Emulsio-PCR Emulsio Monistus Rikastus

14 Sekvensointi

15 Analysointi Peitto (coverage) kertoo = kuinka monta kertaa kukin emäs on sekvensoitu Herkkyys laskennallinen peiton mukaan

16 Laatukriteerit, sirun lataus hyvä %

17 Laatukriteerit, yhteenveto

18 Laatukriteerit, juosteiden lukupituus

19 Barcode-näyte-sarja

22 VariantCaller

23 VariantCaller, cosmic

24 IonReporter, filtteröinti

25 p.gly13val

27 NEJM, 2013

28 Mutaatiot ja niiden merkinnät c.1733_1735delatg p.asp579del c.1961t>c p.val654ala c.1799_1800deltginsaa p.val600glu

29 Väärät positiiviset homopolymeerit, >6 alukkeiden väärä sitoutuminen (katkenneet juosteet) kompleksiset variantit useita variantteja alhaisella frekvenssillä

30 21318 Ts-NGSsCA1 NGS syöpägeenipaneeli 1 kiinteiden kasvainten somaattisille muutoksille Type Name Covered Chromosome Num_Ampl Total_Bases _Bases Missed_Bases GENE PIK3CA chr GENE EGFR chr GENE KIT chr GENE KRAS chr GENE MET chr GENE NRAS chr GENE PDGFRA chr BRAF V600 chr GENOME_ REGION paneelin koko kb

31 21316 Ts-NGSsHS1 NGS hotspot syöpägeenipaneeli 1 kiinteiden kasvainten somaattisille muutoksille paneelin koko 5.69 kb Gene COSMIC Gene COSMIC Gene COSMIC ABL1 19 FGFR2 8 NRAS 35 AKT1 6 FGFR3 17 PDGFRA 26 ALK 8 FLT3 30 PIK3CA 93 APC 164 GNA11 5 PIK3CA_ENST ATM 24 GNAQ 6 PTEN 159 BRAF 77 GNAS 9 PTPN11 28 CDH1 7 GNAS_ENST RB1 18 CDKN2A 106 HNF1A 10 RET 17 CDKN2A_ENST HRAS 24 SMAD4 31 CDKN2A_ENST HRAS_ENST SMARCB1 11 CSF1R 8 IDH1 15 SMO 5 CTNNB1 73 IDH2 12 SRC 1 EGFR 123 JAK2 5 STK11 23 ERBB2 19 JAK3 6 TP ERBB4 13 KDR 11 TP53_ENST TP53_ENST0000 EZH2 7 KIT 139 EZH2_ENST KRAS TP53_ENST TP53_ENST FBXW7 13 MET 18 FBXW7_ENST MLH1 1 VHL 124 FBXW7_ENST MPL 10 FBXW7_NM_ _2 4 NOTCH1 20 Kaikki yhteensä 2855 FGFR1 2 NPM1 28

32 Lausuntomalli

33 Lausuntomalli, ei mutaatiota

34 Tunnettu mutaatio

35 Muu tunnettu mutaatio

36 Tuntematon mutaatio

37 Tulevaisuuden suunnitelmia kohdennetut paneelit kaupalliset community custom transkriptomit, RNA-pohjainen cfdna:n määrittäminen (non-invasiivinen diagnostiikka) sikiöperäinen kasvainperäinen alkiodiagnostiikka (PGD-NGS) eksomit, koko genomit

38 NGS:n haasteita näytteen haastavuus logistiikan toimivuus moniammatillista (mm. bioinformaatikkojen saatavuus) sovituissa toimitusajoissa pysyminen laitteiden, analyysiohjelmien toimiminen data pilvipalvelussa oman serverin hankkiminen raakadatan pitkäaikainen ja rajallinen säilöminen tuntemattomat variantit, merkintä, kliininen merkitys ja lausuminen ituratamutaatiot lausuntojen selkokielisyys lääkäreille potilaiden pääsy lausuntoihinsa (kanta)

39 Kiitos!

Samankaltaiset tiedostot

RINNAN NGS PANEELIEN KÄYTTÖ ONKOLOGIN NÄKÖKULMA

RINNAN NGS PANEELIEN KÄYTTÖ ONKOLOGIN NÄKÖKULMA Johanna Mattson dosentti ylilääkäri, vs. toimialajohtaja HYKS Syöpäkeskus 28.11.2016 1 RINTASYÖPÄ SUOMESSA 5008 uutta tapausta vuonna 2014 Paikallinen rintasyöpä