Case-esimerkki: geenitietojen hyödyntäminen kansantautien ehkäisyssä, P5.fitutkimushanke Yksilöllistetty riskinarvio klinikkaan Markus Perola, LT, el, tutkimusprofessori, THL, Genomiikka ja biomarkkerityksikkö, yksikönpäällikkö markus.perola@thl.fi
Geneettinen diagnostiikka Suomessa tänään Vuosittain tehtävistä 200 000 tutkimuksesta n. 50% yleisintä alttiusgeenien tutkimuksia laktoosi-intoleranssi yleisin faktori FII ja FV (Leiden) HLAb27 tutkitaan matalan riskin alttiuksia eivät usein johda suvun tutkimuksiin väestössä yleisiä tulosten tulkinta selkeää Muiden kuin kliinisten geneetikkojen käyttämiä tutkimuksia 22.11.2018 2
Kokoperimän strategia Tapaukset Verrokit DNA Genotyyppaussiru, n 350.000 geenimerkkiä Tilastoanalyysit Perimän assosioituvat alueet 22.11.2018 3
Published Genome-Wide Associations through 07/2012 Published GWA at p 5X10-8 for 18 trait categories NHGRI GWA Catalog www.genome.gov/gwastudies www.ebi.ac.uk/fgpt/gwas/
Sepelvaltimotauti 22.11.2018 5
Riskivaikutus Polygeeninen riskisumma, PRS Perimässä on useita kohtia, jotka nostavat sairastumisriskiä. Eri kohdat nostavat riskiä eri verran. Henkilöillä on kullakin oma sekoituksensa perimän riskikohdista. Riskikohtien yhdistetty määrä on henkilön geneettinen riskiarvo. Yleensä satojatuhansia/miljoonia geenivariantteja 1 2 3 PRS Henkilö 1 Henkilö 2 Henkilö 3 Kiitokset slidesta: FT Mervi Kinnunen
Sepelvaltimotauti v. 2018: GRS riskiarvio UK biobank 480.000 ihmistä 1,7M SNPs GRS parempi riskin määrittäjä kuin diabetes/tupakointi/hyperte nsio/bmi Inouye M, ym J Am Coll Cardiol. 2018 Oct 16;72(16):1883-1893. 22.11.2018 7
Terveyteemme liittyvät testit Khera et al Nat Genet. 2018 Sep;50(9):1219-1224. 22.11.2018 8
Sydän- ja verisuonitaudit: Estäväisitkö preventiiviset geenitestit kuolemia? 100.000 ihmistä: Jos 10-20% riskin omaavia, mutta geneettisesti alttiita hoidettaisiin statiineilla*, arviolta 1% sairastumisista 10 vuoden aikana estyisi Vaikutus sairastavuuteen todennäköisesti suurempi Mikäli 1% sydän ja verisuonisairauksista voidaan ehkäistä geenitietoa hyödyntäen, säästetään vuositasolla n. 10 miljoonaa euroa (12K henkilön lisästatiinihoidon kustannukset huomioiden) Tikkanen et al 2014 (Finrisk-analyyseja) 22.11.2018 9
Tyypin 2 diabetes ja geneettinen riski Se viidennes kansasta, jolla on korkein polygeeninen riski altistuu muita voimakkaammin diabetekselle vasta ylipainoisina, mutta sitten riski jopa 3x Voitaisiinko soveltaa kohdennettua preventiota? Elintavat, lääkitys? DM komplikaatioille oma geneettinen riski! Mikäli 1% t2 diabetestapauksista voidaan ehkäistä geenitietoa hyödyntäen säästäisi se noin 15 miljoonaa euroa vuosittain Personalized risk prediction for type 2 diabetes: the potential of genetic risk scores. Läll K, et al Genet Med. 2017 (Eestin biopankki) 22.11.2018 10
Tuleeko geenitestejä monitekijäisiin kansantauteihin? Hyvin mielenkiintoisia tuloksia, joilla voi olla tulevaisuudessa merkitystä yhtenä työkaluna Interventiotutkimukset vielä puuttuvat!!! Ei ole itsestäänselvää, miten geenitiedon antaminen muokkaa käyttäytymistä Ennekuin varauksettomaan kliiniseen käyttöön rynnätään, on syytä tehdä mainittuja interventiotutkimuksia. Voimalaskut vaatii ISON otoksen kallista 22.11.2018 11
22.11.2018 12
What is p5 finhealth P4 + P Predictive, Preventive, Personalized Participatory Population 22.11.2018 13
Study questions Does risk information have an effect on health behaviors and selected health outcomes? Does combination of genetic and metabolic risk information add to the risk information? How people react to genetic risk vs. metabolic risk information? Can risk information be shared through an internet portal (feasibility)? 22.11.2018 14
P5 study design Polygenic risk score (PRS) Metabolic NMR PRS score (NMR) Single Clinical Variants Doctor s (SCV) SCV note 22.11.2018 15
Validation of coronary artery disease PRS ~46.000 variants in score (Abraham et al. European Heart Journal (2016); 37) Validation in the FINRISK cohort Cox proportional hazards model Adjusted for: gender, total cholesterol, HDL, systolic blood pressure, BMI, smoking, lipid medication, hypertension medication, prevalent diabetes status, technical covariates Score associates with increased risk for CHD event Significantly improved reclassification compared to model with traditional risk factors Cases 858; non-cases 19456 HR = 1.37, p < 2 10-16 Improved classification n = 259 NRI = 0.06 (SE 0.016), p = 0.0002 22.11.2018 16
Metabolic score With NMR method, hundreds for metabolites can be measured simultaneously Similarly to PRS, disease-specific metabolic risk scores are constructed based on previously established biomarker associations (Würtz et al. Circulation. 2015 Mar 3;131(9)) Collaboration with Nightingalehealth 22.11.2018 17
Ylin 20% (HR 4.17 vs alin) Alin 20% (n=20k) 22.11.2018 18
questionnaires Baseline questionnaire Conception of one s risk for the disease Basic knowledge of genetics and genetic risk Follow-up questionnaires Conception of one s risk for the disease Life style changes Experiences on receiving results Experiences on the web portal as the media for receiving results 22.11.2018 19
P5 study participants To date, 3323 participants (54 % participation rate) N=2304 No difference between rural and urban areas 22.11.2018 20
Baseline knowledge of genetics N=2304 22.11.2018 21
New approach to personalized medicine and its public health implications (P6.fi) Hyödynnetään biopankki-osallistujien genomitietoa ja biopankkinäytteitä henkilökohtaisen lääketieteen edistämiseksi Suomen terveydenhuollossa Suomi kauttaaltaan P4*-lääketieteen eturintamaan Painopiste preventioon North Karelia Project in 2020 s P5.fi-->pilotti, menossa jo n. 3000 FinTerveys2017-osallistujaa Ei aktiivista interventiota Ei terveydenhuoltoon integrointia Kysely + seurantatutkimus *predictive, preventive, personalized and participatory medicine 22.11.2018 22
FinnGen 2017-2024 Suuri 9n suomalaisen biopankin and usean yliopiston ja tutkimuslaitoksen konsortio HY/FIMM vetää THL vastuussa rekisteridatasta ja DNA-logistiikasta Tähtäimessa kerätä 500.000n biopankkiosallistujan DNA-näytteet Genomidata analysoidaan vasten kansallisista rekistereistä kerättyä sairausdataa (n. 3000 valittua päätetapahtumaa) Rahoittajina Business Finland ja 7(9) lääkeyhtiötä Abbvie, Astra-Zeneca, Biogen, Celgene, Genentech, MSD, Pfizer (tulossa GSK ja Sanofi) 22.11.2018 23
P6.fi 22.11.2018 24
Aikataulu Lippulaivaa ei rahoitettu 2018-2019 menee pilottiprojektien teossa FinTerveys 2017 P6-projektin valmistelu Business Finland STM Muut kumppanit? Väli/esi-pilotit? Tavoitetila: 2026 mennessä genomi & ja muu moderni (testattu!) omiikkatieto on helposti omaksuttavissa paikallisiin tietojärjestelmiin ja hoitokäytäntöihin 22.11.2018 25
22.11.2018 26