Miten biopankkitoiminta vaikuttaa patologian osastoissa

Transkriptio

1 Miten biopankkitoiminta vaikuttaa patologian osastoissa Markku Kallajoki TYKS-SAPA/patologia ja Auria Biopankki Labquality days

2 Sisältö Motivointi Biopankkilaki Tuorenäytekeräys Arkistotoimi Monikudosnäytteet Vanhijen näyyteiden siirto Lopuksi

3 Ymmärrys sairausmekanismeista Genomitieto Terveydenhuollon kustannukset Potilas, terveydenhuolto magicseaweed.com Hyökyaalto tulee olemmeko valmiit? pocketburgers.com jamiescottimages.com

4 Yksilöllistetty lääketiede - lääketieteen megatrendi Ihmisgenomin kartoitus ja analyysimenetelmien kehittyminen tekevät genomitiedosta arkipäiväistä

5 Lääketieteen kehitys ja ymmärrys sairauksien syntymekanismeista muokkaa käytännön potilashoitoa NYKYTILA reaktiivinen lääketiede Varhaisempi (esiasteiden ja riskitekijöiden) tunnistaminen TULEVAISUUS P4 lääketiede Sairaudet tunnistetaan oireiden perusteella Makrotason diagnostiikka: kuvantaminen, biokemia, kudosmikroskopia Hoito diagnoosin mukaan: one size fits all Paremmat taudin käyttäytymistä ja hoitovastetta kuvaavat testit Nopeampi lääkekehitys Kliiniset kokeet ja hoidon indikaatiot rajatuille potilasryhmille Hyvät potilasnäytteet ja laadukkaat sairaskertomustiedot avainasemassa Predictive = ennustava Preventive = ehkäisevä Personalized = yksilöllistetty taudin erityispiirteet ohjaavat hoitovalintoja Participatory = osallistava

6 Sairaalabiopankki koostuu sekä näytteistä että niihin liittyvästä tiedosta Carpén ja Kosma, Duodecim 2013

7 Suomessa maailman paras biopankkilaki? Luovuttajan asema -tietoinen suostumus -yksityisyys -tiedonsaantioikeus Luvanvaraisuus -ammattimaisuus -yhtenäiset toimintamallit Tutkimuksen tuki -laaja suostumus -linkki sairauteen liittyviin tietoihin -tulosten palautuminen biopankkiin

8 Tuorenäytekeräys Hyvä keskittää patologian osastolle Hyvä yhteys leikkaussalista on tärkeä Oltava nopea, jos halutaan hyvälaatuista mrna:ta Jotkut proteiinit voivat olla kriittisiä DNA stabiilimpaa Nopea syväjäädytys hyvä laatu

9 Arkistotoimi Formaliinissa fiksoitu, parafiiniin pedattu kudos säilyy kymmeniä vuosia käyttökelpoisena Tuoresäilytys -pakastimet -säilytys nestetypessä/höyryssä

10 Pakastimet Alkuinvesointi edullisempi Käyttökulut (=sähkö) suuret Epäluotettavampi

11 Alkuinvesointi kallis Melko huoltovapaa Nestetyppisäiliöt Ei altis sähkökatkoille eikä tekniikan hajoamiselle Pitää lämpötilansa jopa 2 viikkoa ilman nestetypen lisäystä

12 Sairaaloiden diagnostiset näytekokoelmat kliinisten biobankkien perusta Diagnostisia kudosnäytteitä on säilytetty Suomessa vuosikymmeniä (esim. TYKSissä 30-luvulta lähtien) TYKSissä on v:sta 1993 lähtien diagnoosit ja v:sta 2000 kaikki diagnostinen informaatio säilötty elektroniseen muotoon Aurian yksiköiden arkistossa yli näytettä

13 Patologian näytearkisto

14 Sairaaloiden diagnostiset näytteet aliarvostettu tietovaranto Näytteistä saatava biologinen informaatio ollut hyvin rajoittunutta uudet teknologiat muuttaneet ratkaisevasti tilannetta Diagnostisten näytteiden hyöty on vähäinen, ellei niihin voida liittää terveystietoa vain harvan maan infrastruktuuri mahdollistaa tämän Lainsäädäntö rajoittaa monissa maissa näytteiden T&K käyttöä

15 Patologian näytteiden rajoitukset ja mahdollisuudet genomi glycomi transkriptomi metabolomi proteomi Sept 2011

16 Monikudosnäytteet eli tissue microarray blokit (TMA) TMA l. Tissue Micro Array on histologinen menetelmä, jossa valmiista parafiiniin valetuista näytteistä otetaan pienet tarkkaan valitut palat tyhjään vastaanottajaparafiiniblokkiin

17 TMA Miten se tehdään?

18 Vanha tapa 1. Valitaan potilasryhmä 2. Haetaan lasit varastosta 3. Merkitään mikroskoopin avulla halutut kohdat lasille 4. Haetaan blokit varastosta 5. Poimitaan halutut kohdat tma:han manuaalisella laitteella 6. Sulatetaan lieriöt kiinni parafiiniin

19 TYKS:n GISTejä monikudosblokeissa vuosilta

20 B627-98, spindle cell type B , epitheloid

21 Uusi tapa 1. Valitaan potilasryhmä 2. Haetaan lasit varastosta 3. Skannataan lasit ja merkitään tietokoneella halutut kohdat kuvaan 4. Haetaan blokit varastosta 5. Tehdään TMA-blokki automaattisella laitteella 6. Sulatetaan lieriöt kiinni parafiiniin

22 Manuaalinen laite Beecher instruments

23 Microarrayers/tissue_microarrayers.html Automaattinen laite

24 Valmis TMA-blokki

25

26 Vanhojen arkistonäytteiden siirto

27

28

29

30 Näytteiden ja niihin liittyvän tiedon siirrosta on tiedotettava VALVIRA:lle kahden viikon kuluessa siirrosta.

31 Esimerkkejä Auria biopankin aineistosta Carpén ja Kosma, Duodecim 2013

32 Breast cancer/age and number n=1305 Diagnostic groups Auria biopankin syövät All cases <40 y (n=280) n=280 n=35 Overall Survival T>2 or N>1 T1-2 and N0-1 days

33 Quality Management Auria Biobank Quality Management System (QMS) will be based on OECD guidelines: Best Practice Guidelines for Biological Resource Centres (excluding Best Practice Guidelines for the Micro-organism Domain), 2007 Guidelines on Human Biobanks and Genetic Research Databases, 2009 OECD = Organisation for Economic Co-operation and Development

34 Quality Management SFS/EN ISO/IEC 17025:2005 and SFS/EN ISO 15189:2007 TYKSLAB is an accreditated laboratory (FINAS, Finnish Accreditation Service) Scope of accreditation includes collection of blood samples International Academy of Pathology TYKS-Sapa Pathology is certified (Labquality/Qualification)

35 Auria Biopankki sairaalabiopankkien mallina Sairaabiopankki, jonka omistavat Turun yliopisto ja TYKS-ERVA-alueen sairaanhoitopiirit (VSSHP, SatSHP, VSHP) Väestöpohja ~ Infrastruktuuri niin akateemisille tutkijoille, kliinikoille kuin diagnostiikka- ja lääkekehitykseen Common good (donations) Expertise Expertise Industry Funds Medical data Biological samples Knowledge Primary data generation Diagnostics Drugs Public (not-for-profit) Data Public Private pre-competitive (not-for-profit) Products Private (for-profit)

36 Esimerkkejä biopankin palveluista Näytekeräys ja säilytys Kudossirut Näytteisiin yhdistetty kliinisen tiedon varasto (hypoteesien luomiseen, tautiryhmien ja biomarkkerien tunnistamiseen) Niveltävän tutkimuksen palvelut