DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen

Save this PDF as:
 WORD  PNG  TXT  JPG

Koko: px
Aloita esitys sivulta:

Download "DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen"

Transkriptio

1 S Solubiosysteemien perusteet Harjoitustyö Syksy 2003 DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen Ilpo Tertsonen, 58152p Jaakko Niemi, 55114s

2 Sisällysluettelo 1. Alkusanat Johdanto DNA:n ja RNA:n rakenne Aminohappojen ja proteiinien rakenteesta Proteiinien rakennetasot Laskostumisongelma ja fysikaalinen näkökulma Ennustamiseen käytettävät ohjelmat RNA:n sekundäärirakenteen ennustamiseen käytetyt ohjelmat Circles Vienna RNA Package ESSA Proteiinien rakenteen ennustamiseen käytettävät ohjelmat kprot Protein Explorer

3 1. Alkusanat Tehtävänä oli kertoa internetmateriaalin pohjalta ohjelmista, jotka ennustavat DNA:n, RNA:n ja proteiinien rakenteen, kun sekvenssi tiedetään. Esitelmä alkaa johdantoosuudella, jossa kerrataan DNA:n, RNA:n ja proteiinien rakennetta. Tutkimme myös lyhyesti laskostumisen fysikaalisia syitä ja laskennallisia ongelmia, jotka olennaisesti liittyvät ohjelmien tekoon. Lopuksi esittelemme nämä ohjelmat, joiden toimimisen kanssa oli suuria vaikeuksia (esim. käyttöjärjestelmäongelmat ja oman kokemuksen puute). Tämän takia osa www-materiaalin ohjelmista jäi käsittelemättä. -3-

4 2. Johdanto 2.1. DNA:n ja RNA:n rakenne Nukleiinihappojen perusrakenne on puriini- tai pyrimidiiniemäksestä, riboosista (RNA) tai deoksiriboosista (DNA) ja fosfaattiryhmästä koostuva nukleotidi. DNA on kaksijuosteinen ketju, kun taas RNA on yksijuosteinen. DNA:ssa esiintyvät emäkset ovat nimeltään sytosiini, tymiini, adeniini ja guaniini. RNA:ssa tymiini korvautuu urasiililla. Sytosiini, tymiini ja urasiili ovat pyrimidiinejä, ja guaniini ja adeniini puriineja. Nukleotidit liittyvät nukleiinihapoissa fosfaatti-ryhmien kautta toisiinsa muodostaen DNA:ssa erittäin pitkiä polymeerejä. Puriinit ja pyrimidiinit voivat muodostaa välilleen vetysidoksia siten, että tymiinin ja adeniinin (tai urasiilin) välille muodostuu kaksi vetysidosta, sekä sytosiinin ja guaniinin välille kolme sidosta. Näistä jälkimmäinen onkin kemiallisesti vahvempi sidos. DNA sijaitsee pääasiassa solun tumassa, josta siirtäjä-rna (trna) siirtää information sytoplasmaan. Ribosomissa tapahtuu proteiinien valmistus, jossa RNA:n informaation perusteella muodostuu valkuaisaineet. Tämän jälkeen proteiini laskostustuu sille ominaiseen 3-dimensionaaliseen muotoon, joka lopulta määrää myös sen funktion. Kuva 1 RNA:n rakenne Kuva 2 DNA:n rakenne -4-

5 2.2. Aminohappojen ja proteiinien rakenteesta Oheinen kuva osoittaa aminohappojen yleisen rakenteen. Niissä on aina karboksyylihapporyhmä (COOH) sekä aminoryhmä (NH2). Aminohappojen sivuketju, joka kuvassa on merkitty kirjaimella R, antaa niille lisäominaisuuksia. Sivuketjun rakenteen perusteella aminohapot voidaan luokitella monellakin eri tavalla. Valkuaisaineissa (proteiineissa) aminohapot liittyvät toisiinsa peptidisidoksella, josta on esimerkkinä on glysiinin ja alaniinin välinen sidos alakuvassa. Eliminaatioreaktiossa vapautuu vettä. Muutamia aminohappoja sisältävää molekyyliä kutsutaan oligopeptidiksi, noin yli 20 aminohappoa sisältävä on jo polypeptidi, tosin rajanveto oligo- ja polypeptidin välillä on varsin häilyvä. -5-

6 2.3. Proteiinien rakennetasot Valkuaisaineiden rakennetta voidaan tarkastella usealla eri tasolla. Se järjestys, jossa aminohapot sijaitsevat valkuaisaineessa antaa polypeptidin primäärirakenteen. Tämä tarkastelukulma ei vielä suoranaisesti kerro valkuaisaineen avaruudellisesta rakenteesta kovinkaan paljon. Valkuaisaineen sekundäärirakenteessa voidaan erottaa kahdenlaisia alueita, ns. α- kierteitä sekä β-laskoksia. α-heliksi on ainoa mahdollinen kierteinen (helikaalinen) polypeptidimuoto, joka sisältää suotuisat vetysidokset ja on sidoskulmien puolesta mahdollinen. α-heliksi on yleinen sekundäärirakenne kuitumaisilla ja pallomaisilla (globulaarisilla) proteiineilla. β-laskoksessa vetysidokset muodostuvat vierekkäisten polypeptidiketjujen välille, eivätkä pitkin samaa ketjua kuten α-heliksissä. β-laskoksia on kahdenlaisia: antiparallelleja, joissa vierekkäiset vetysidoksilla kiinnittyneet ketjut kulkevat vastakkaisiin suuntiin ja paralleja, joissa ketjut kulkevat samaan suuntaan. Koko kiertyneen polypeptidin kolmiulotteinen rakenne muodostaa sen tertiäärisen rakenteen, ja jos kaksi tai useampia polypeptidejä rakentuvat yhdeksi kompleksiksi käytetään tästä nimitystä kvaternäärinen rakenne. Muun muassa hemoglobiini koostuu kahdesta alfa-ketjusta ja kahdesta beta-ketjusta. -6-

7 Kuva 3 Proteiinin eri rakennetasot -7-

8 2.4. Laskostumisongelma ja fysikaalinen näkökulma Laskennalliseen tutkimiseen liittyy paljon ongelmia. Proteiinin tai RNA:n laskostuneen muodon tunteminen on erittäin tärkeää sillä se määrää molekyylin funktion. Tämän avuksi on kehitetty erilaisia metodeja ja malleja, joilla voidaan redusoida luonnon kompleksisuutta. Näitä metodeja käytetäänkin testaamissamme ohjelmissa. Näistä metodeista mainittakoon: - Anfinsenin hypoteesi (energeettisesti edullisin muoto) - kokemusperäinen data - termodynaamiset metodit - fysikaaliset vuorovaikutukset (vetysidokset, rikkisillat, van der Waalsin voimat, hydropaattisuus) 3. Ennustamiseen käytettävät ohjelmat Seuraavassa on esitelty internetistä löytyviä ohjelmia, joita voi käyttää DNA:n, RNA:n ja proteiinien rakenteen ennustamiseen. Ohjelmat voi käytännössä jakaa kahteen osaan RNA:n sekundäärirakennetta ennustaviin(circles, Vienna RNA Package ja ESSA) ja proteiininrakennetta ennustaviin(kprot ja Protein Explorer) RNA:n sekundäärirakenteen ennustamiseen käytetyt ohjelmat Circles Windows 95, 98, NT pohjainen ohjelma RNA:n sekundäärirakenteen tutkimiseen käyttää comparative methodia vaikeakäyttöinen aloittelijoille perustuu maximum weight matching (MWM) menetelmään, joka taas perustuu graafiteorian soveltamiseen RNA:n sekundäärirakenteen tutkimisessa MWM käyttää mm. minimienergiaperiaatetta, teoreettista ja kokeellista dataa MWM on selvästi nopeuttanut comparatiivista RNA:n sekundäärirakenteen tutkimista ja menetelmää on testattu menestyksekkäästi trna:n, SRP RNA:n ja 16S rrna:n sekvenssien tutkimisessa

9 Vienna RNA Package ohjelma RNA:n sekundäärirakenteen ennustamiseen ja vertailemiseen, toteutettu C-ohjelmointikielellä käyttää RNA:n sekundäärirakenteen ennustamisessa pääasiassa minimienergiaperiaatetta Vienna RNA package koostuu kolmesta eri algoritmia: minimivapaaenergia algoritmi, joka ennustaa yhden optimaalisen rakenteen partition function algoritmi, joka laskee base pair todennäköisyyksiä termodynamiikan perusteella suboptimal folding algoritmi, joka luo muita mahdollisia rakenteita tietyllä optimaalienergiavälillä Vienna RNA Package koostuu seuraavanlaisista osakokonaisuuksista: RNAfold, ennustaa sekundäärirakenteen minimienergian ja paritodennäköisyydet RNAeval, laskee sekundäärirakenteen energian RNAheat, laskee RNA sekvenssin specific heatin RNAinverse, kääntää jo määritellyn sekvenssin RNAdistance, vertailee sekundäärirakanteita RNApdist, vertailee perusparitodennäköisyyksiä RNAsubopt, suorittaa suboptimaalisen foldauksen ESSA Unix-pohjainen työkalu RNA:n sekundäärirakenteen analysoimiseen kokemus, vertailu ja termodynaamiset metodit ovat ohjelman perusta graafinen käyttöliittymä piirtää havainnollisia (?) kuvia -9-

10 3.2. Proteiinien rakenteen ennustamiseen käytettävät ohjelmat kprot www-palvelu kalvoproteiinien rakenteen ennustamiseen erityisesti transmembraaniproteiineille, joilla on lukuisia alfa-heeliksejä 4 eri alaohjelmaa (SwissProt database) kprot:in alaohjelmat: kahden proteiinin hydropaattisuusprofiilin plot-ohjelma vertailu ennustaa transmembraaniheliksin suunnistuksen ohjelma, joka etsii muita proteiineja, joilla samanlainen hydropaattisuusprofiili Protein Explorer kun tiedetään proteiinin PDB ID ja 3-D rakenne kätevä ohjelma rakenteen tutkimiseen laiskoille tarvitsee vain tietää PDB ID koodi -10-

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 10. Valkuaisaineiden valmistaminen solussa 1. Avainsanat 2. Perinnöllinen tieto on dna:n emäsjärjestyksessä 3. Proteiinit koostuvat

Lisätiedot

Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20

Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien

Lisätiedot

Biopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä.

Biopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä. Biopolymeerit Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä. Tärkeimpiä biopolymeerejä ovat hiilihydraatit, proteiinit ja nukleiinihapot. 1 Hiilihydraatit Hiilihydraatit jaetaan mono

Lisätiedot

Biomolekyylit ja biomeerit

Biomolekyylit ja biomeerit Biomolekyylit ja biomeerit Polymeerit ovat hyvin suurikokoisia, pitkäketjuisia molekyylejä, jotka muodostuvat monomeereista joko polyadditio- tai polykondensaatioreaktiolla. Polymeerit Synteettiset polymeerit

Lisätiedot

Peptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit

Peptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24.5.2006 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä

Lisätiedot

DNA:n informaation kulku, koostumus

DNA:n informaation kulku, koostumus DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa

Lisätiedot

Solun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne

Solun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne 1. Avainsanat 2. Solut koostuvat molekyyleistä 3. Hiilihydraatit 4. Lipidit eli rasva-aineet 5. Valkuaisaineet eli proteiinit rakentuvat

Lisätiedot

2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta

2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta 2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta 2.1. Tuntemamme elämän rakenne-komponentit Tarvitaan: informatiiviset polymeerit: nukleiinihappojuosteet DNA ja RNA (nukleotidit): sisältävät hiiltä,

Lisätiedot

VASTAUS 1: Yhdistä oikein

VASTAUS 1: Yhdistä oikein KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen

Lisätiedot

Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa

Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa Pro gradu tutkielma Jyväskylän yliopisto Kemian laitos 13.11.2017 Laura Saarimäki i Tiivistelmä Tämän tutkielman

Lisätiedot

KEMIA 25.3.2011 lyhennettyjä ratkaisuja. 1. a) Vesiliukoisia: B, C, D, F, G

KEMIA 25.3.2011 lyhennettyjä ratkaisuja. 1. a) Vesiliukoisia: B, C, D, F, G KEMIA 25.3.2011 lyhennettyjä ratkaisuja 1. a) Vesiliukoisia: B,, D, F, G b) Ioniyhdisteitä: B,, F c) Happamia: d) Hiilitabletti on erittäin hienojakoista hiiltä (aktiivihiiltä). Suuren pinta alansa johdosta

Lisätiedot

Nukleiinihapot varastoivat ja välittävät perinnöllistä informaatiota

Nukleiinihapot varastoivat ja välittävät perinnöllistä informaatiota Nukleiinihapot varastoivat ja välittävät perinnöllistä informaatiota Polypeptidin aminohappojärjestyksen määrää perinnöllisyyden yksikkö, jota kutsutaan geeniksi Geenit muodostuvat DNA:sta, joka on polymeerinen

Lisätiedot

måndag 10 februari 14 Jaana Ohtonen Kielikoulu/Språkskolan Haparanda

måndag 10 februari 14 Jaana Ohtonen Kielikoulu/Språkskolan Haparanda GENETIIKKA: KROMOSOMI DNA & GEENI Yksilön ominaisuudet 2 Yksilön ominaisuudet Perintötekijät 2 Yksilön ominaisuudet Perintötekijät Ympäristötekijät 2 Perittyjä ominaisuuksia 3 Leukakuoppa Perittyjä ominaisuuksia

Lisätiedot

S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö. Proteiinirakenteen mallintaminen. Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E

S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö. Proteiinirakenteen mallintaminen. Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö Proteiinirakenteen mallintaminen Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E Sisällysluettelo Johdanto... 3 Luonnontieteellinen perusta... 3

Lisätiedot

Anatomia ja fysiologia 1 Peruselintoiminnat

Anatomia ja fysiologia 1 Peruselintoiminnat Anatomia ja fysiologia 1 Peruselintoiminnat Solu Laura Partanen Yleistä Elimistö koostuu soluista ja soluväliaineesta Makroskooppinen mikroskooppinen Mm. liikkumiskyky, reagointi ärsykkeisiin, aineenvaihdunta

Lisätiedot

Ribosomit 1. Ribosomit 2. Ribosomit 3

Ribosomit 1. Ribosomit 2. Ribosomit 3 Ribosomit 1 Palade & Siekevitz eristivät jaottelusentrifugaatiolla ns. mikrosomeja radioakt. aminohapot kertyivät mikrosomeihin, jotka peräisin rer:ää sisältävistä soluista proteiinisynteesi soluliman

Lisätiedot

Francis Crick ja James D. Watson

Francis Crick ja James D. Watson Francis Crick ja James D. Watson Francis Crick ja James D. Watson selvittivät DNAn rakenteen 1953 (Nobel-palkinto 1962). Rosalind Franklin ei ehtinyt saada kunniaa DNA:n rakenteen selvittämisestä. Hän

Lisätiedot

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 13.12.12 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, luonto käyttää 20 erilaista

Lisätiedot

2. Täydennä seuraavat reaktioyhtälöt ja nimeä reaktiotuotteet

2. Täydennä seuraavat reaktioyhtälöt ja nimeä reaktiotuotteet /Tapio evalainen Loppukuulustelun..00 mallivastaukset. imi: vsk:. Piirrä karboksyylihapporyhmän ja aminoryhmän rakenteet ja piirrä näkyviin myös vapaat elektroniparit. soita mikä hybridisaatio karboksyyli-

Lisätiedot

Ongelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan?

Ongelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan? Ongelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan? 2012-2013 Lasse Lensu 2 Ihmisen, eläinten ja kasvien hyvinvoinnin kannalta nykyaikaiset mittaus-,

Lisätiedot

13. Biomolekyylit. 1. Hiilihydraatit

13. Biomolekyylit. 1. Hiilihydraatit 13. Biomolekyylit. 1. iilihydraatit 13.1. iilihydraattien rakenne ja konfigiraatiot iilihydraateilla tarkoitetaan polyhydroksiketoneja ja aldehydejä, joita nimitetään yleisesti sokereiksi. iilihydraatit

Lisätiedot

Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit

Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit Vuento & Heino: Biokemian ja solubiologian perusteet, ss. 51-66 Alberts et al. Essential Cell Biology, 4. p, luku 4 Dos. Tuomas Haltia, HY, Biotieteiden

Lisätiedot

PROTEIINIEN RAKENTAMINEN

PROTEIINIEN RAKENTAMINEN PROTEIINIEN RAKENTAMINEN TAUSTAA Proteiinit ovat äärimmäisen tärkeitä kaikille elämänmuodoille. Kaikki solut tarvitsevat prote- iineja toimiakseen kunnolla. Osa proteiineista toimii entsyymeinä eli nopeuttaa

Lisätiedot

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia DNA 3.3.2015 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne

Lisätiedot

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1. a) Seoksen komponentit voidaan erotella toisistaan kromatografisilla menetelmillä. Mihin kromatografiset menetelmät perustuvat? (2p) Menetelmät perustuvat seoksen osasten erilaiseen sitoutumiseen paikallaan

Lisätiedot

Ribosomit 1. Ribosomit 4. Ribosomit 2. Ribosomit 3. Proteiinisynteesin periaate 1

Ribosomit 1. Ribosomit 4. Ribosomit 2. Ribosomit 3. Proteiinisynteesin periaate 1 Ribosomit 1 Ribosomit 4 Palade & Siekevitz eristivät jaottelusentrifugaatiolla ns. mikrosomeja radioakt. aminohapot kertyivät mikrosomeihin, jotka peräisin rer:ää sisältävistä soluista proteiinisynteesi

Lisätiedot

LUENTO 3 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä

LUENTO 3 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä LUENTO 3 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITEN MATERIA KOODAA MATERIAA? 1 PROTEIINISYNTEESI DNA SISÄLTÄÄ GENEETTISEN KOODIN EMÄSJÄRJESTYKSEN MUODOSSA DNA:N EMÄSJÄRJESTYS KOPIOIDAAN (TRANSKRIPTIO)

Lisätiedot

DNA (deoksiribonukleiinihappo)

DNA (deoksiribonukleiinihappo) DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 päässä vapaana sokeri

Lisätiedot

II Genetiikka 4.(3) Nukleiinihapot

II Genetiikka 4.(3) Nukleiinihapot II Genetiikka 4.(3) Nukleiinihapot Geenitekniikka - menetelmiä, joiden avulla dna:ta ja rna:ta voidaan eristää, muokata ja siirtää muihin soluihin tai eliöihin kromosomit koostuvat dna-rihmasta ja siihen

Lisätiedot

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1 1) Tunnista molekyylit (1 piste) ja täytä seuraava taulukko (2 pistettä) a) b) c) d) a) Syklinen AMP (camp) (0.25) b) Beta-karoteeni (0.25 p) c) Sakkaroosi (0.25 p) d) -D-Glukopyranoosi (0.25 p) 2 Taulukko.

Lisätiedot

BIOMOLEKYYLEJÄ. fruktoosi

BIOMOLEKYYLEJÄ. fruktoosi BIMLEKYYLEJÄ IMISEN JA ELINYMPÄ- RISTÖN KEMIAA, KE2 Ihminen on käyttänyt luonnosta saatavia, kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä eli biopolymeerejä jo pitkään arkipäivän tarpeisiinsa. Biomolekyylit

Lisätiedot

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia DNA 18.4.2016 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne

Lisätiedot

PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS

PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS 1.1 Endoplasmakalvosto Endoplasmakalvosto on organelli joka sijaitsee tumakalvossa kiinni. Se on topologisesti siis yhtä tumakotelon kanssa. Se koostuu kahdesta osasta:

Lisätiedot

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita. BI2 III Perinnöllisyystieteen perusteita 9. Solut lisääntyvät jakautumalla

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita. BI2 III Perinnöllisyystieteen perusteita 9. Solut lisääntyvät jakautumalla Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 9. Solut lisääntyvät jakautumalla 1. Avainsanat 2. Solut lisääntyvät jakautumalla 3. Dna eli deoksiribonukleiinihappo sisältää perimän

Lisätiedot

NON-CODING RNA (ncrna)

NON-CODING RNA (ncrna) NON-CODING RNA (ncrna) 1. Yleistä NcRNA eli non-coding RNA tarkoittaa kaikkia proteiinia koodaamattomia rnamolekyylejä. Näistä yleisimmin tunnetut ovat ribosomaalinen RNA (rrna) sekä siirtäjä-rna (trna),

Lisätiedot

Nukleiinihapot! Juha Klefström, Biolääketieteen laitos/biokemia ja genomibiologian tutkimusohjelma Helsingin yliopisto.

Nukleiinihapot! Juha Klefström, Biolääketieteen laitos/biokemia ja genomibiologian tutkimusohjelma Helsingin yliopisto. Nukleiinihapot! Juha Klefström, Biolääketieteen laitos/biokemia ja genomibiologian tutkimusohjelma Helsingin yliopisto Juha.Klefstrom@helsinki.fi Nukleiinihapot! kertausta matkan varrella, vähemmän kuitenkin

Lisätiedot

SÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET

SÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET SÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET 25 Säteily- ja ydinturvallisuus -kirjasarjan toimituskunta: Sisko Salomaa, Wendla Paile, Tarja K. Ikäheimonen, Roy Pöllänen, Anne Weltner, Olavi Pukkila, Jorma Sandberg, Heidi

Lisätiedot

Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista

Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista TKK Solubiosysteemien perusteet syksy 2002 Harkkatyö M.Tarvainen Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista 1. Yleistä proteiineista 2. Röntgensädekristallografia 3. Ydinmagneettinen resonanssimenetelmä

Lisätiedot

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava

Lisätiedot

1p - Yksi puuttuu tai väärin, -1/3 p b) Ioniyhdisteitä: B, C, F

1p - Yksi puuttuu tai väärin, -1/3 p b) Ioniyhdisteitä: B, C, F MAL:n pistesuositus kemian reaalikokeen tehtäviin keväällä 2011. - Tehtävän eri osat arvostellaan 1/3 pisteen tarkkuudella ja loppusumma pyöristetään kokonaisiksi pisteiksi. Tehtävän sisällä pieniä puutteita

Lisätiedot

Seutuviikko 2015, Jämsä Kyösti Ryynänen PROTEIINISYNTEESI LUENTO 3 DNA-RAKENNE DNA SOLUJAKAUTUMINEN DNA-KAKSOISKIERRE

Seutuviikko 2015, Jämsä Kyösti Ryynänen PROTEIINISYNTEESI LUENTO 3 DNA-RAKENNE DNA SOLUJAKAUTUMINEN DNA-KAKSOISKIERRE Seutuviikko 2015, Jämsä Kyösti Ryynänen LUENTO 3 MITEN MATERIA KOODAA MATERIAA? 1 PROTEIINISYNTEESI DNA SISÄLTÄÄ GENEETTISEN KOODIN EMÄSJÄRJESTYKSEN MUODOSSA DNA:N EMÄSJÄRJESTYS KOPIOIDAAN (TRANSKRIPTIO)

Lisätiedot

ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITÄ ELÄMÄ ON? EI-ELÄVÄ LUONTO ELÄVÄ LUONTO PAUL DAVIES 26.3.

ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITÄ ELÄMÄ ON? EI-ELÄVÄ LUONTO ELÄVÄ LUONTO PAUL DAVIES 26.3. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITEN ELÄMÄÄ VOIDAAN MÄÄRITELLÄ? MAA-ELÄMÄN RAKENNUSSARJAN SISÄLTÖ 1 ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN ASTROBIOLOGIA TARVITSEE JA EDELLYTTÄÄ KOSMOLOGISTA JA UNIVERSAALIA

Lisätiedot

RNA-sekundaarirakenteiden tietokoneanalyysi. Tommi Lehtinen

RNA-sekundaarirakenteiden tietokoneanalyysi. Tommi Lehtinen RNA-sekundaarirakenteiden tietokoneanalyysi Tommi Lehtinen Tampereen Yliopisto Tietojenkäsittelytieteiden laitos Tietojenkäsittelyoppi Pro Gradu -tutkielma Joulukuu 2006 i Tampereen yliopisto Tietojenkäsittelytieteiden

Lisätiedot

Proteiinien opiskelua molekyyligastronomian kontekstissa kohti korkeamman tason ajattelutaitoja ja mahdollisimman kuohkeita marenkeja

Proteiinien opiskelua molekyyligastronomian kontekstissa kohti korkeamman tason ajattelutaitoja ja mahdollisimman kuohkeita marenkeja LUMAT 1(2), 2013 Proteiinien opiskelua molekyyligastronomian kontekstissa kohti korkeamman tason ajattelutaitoja ja mahdollisimman kuohkeita marenkeja Anna-Sofia Vilhunen Kemian opettajankoulutusyksikkö,

Lisätiedot

YMPYROI OIKEAT VAIHTOEHDOT

YMPYROI OIKEAT VAIHTOEHDOT YMPYROI OIKEAT VAIHTOEHDOT Jokaisesta kysymyksestä saa yhden pisteen, jos siitä on valittu oikea(t ) vaihtoehdot. Jos jokin oikea väittämä puuttuu, tai väärä väittämä on merkitty oikeaksi, vastaus antaa

Lisätiedot

Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet

Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet Pro gradu -tutkielma Fysiikan suuntautumisvaihtoehto Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet Ilja Honkonen Huhtikuu 2008 Ohjaaja: prof. Arto Annila Tarkastajat: prof. Arto Annila prof. Ritva Serimaa

Lisätiedot

Nimi sosiaaliturvatunnus

Nimi sosiaaliturvatunnus Valintakoe 2013 / Biokemia Nimi sosiaaliturvatunnus 1. Selitä: (3,0 p) a) Mitä ovat eksonit ja intronit ja miten ne eroavat toisistaan? b) Mitä eläinsolulle tapahtuu, jos se laitetaan sen sisällä olevaa

Lisätiedot

Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu. Solun kemia. Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu. Vesi 1

Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu. Solun kemia. Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu. Vesi 1 Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu Solun kemia paino-% Vesi 75-90 proteiinit 10-20 Lipidit 2 Hiilihydraatit 1 RNA/DNA 0,7/0,4 Epäorg. 1,5 Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu Vesi 1 paino-%

Lisätiedot

Euromit2014-konferenssin tausta-aineistoa Tuottaja Tampereen yliopiston viestintä

Euromit2014-konferenssin tausta-aineistoa Tuottaja Tampereen yliopiston viestintä Mitkä mitokondriot? Lyhyt johdatus geenitutkijoiden maailmaan Ihmisen kasvua ja kehitystä ohjaava informaatio on solun tumassa, DNA:ssa, josta se erilaisten prosessien kautta päätyy ohjaamaan elimistön,

Lisätiedot

Genomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma

Genomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja

Lisätiedot

Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio

Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio Perinnöllinen informaatio sijaitsee dna:ssa eli deoksiribonukleiinihapossa

Lisätiedot

Genomin ylläpito Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia

Genomin ylläpito Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia Genomin ylläpito 14.1.2014 Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia Luennon sisältö DNA:n kahdentuminen eli replikaa8o DNA:n korjausmekanismit Replikaa8ovirheiden korjaus Emäksenpoistokorjaus

Lisätiedot

Proteiinien muuntuminen energiaksi ihmiselimistössä

Proteiinien muuntuminen energiaksi ihmiselimistössä Proteiinien muuntuminen energiaksi ihmiselimistössä Helsingin yliopisto Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Kemian laitos Kemian opettajankoulutusyksikkö Kandidaatintutkielma Tekijä: Klaus Sippel

Lisätiedot

Kondensaatio ja hydrolyysi

Kondensaatio ja hydrolyysi Kondensaatio ja hydrolyysi REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Määritelmä, kondensaatioreaktio: Kondensaatioreaktiossa molekyylit liittyvät yhteen muodostaen uuden funktionaalisen ryhmän ja samalla molekyylien väliltä

Lisätiedot

DNA > RNA > Proteiinit

DNA > RNA > Proteiinit Genetiikan perusteiden luentojen ensimmäisessä osassa tarkasteltiin transmissiogenetiikkaa eli sitä, kuinka geenit siirtyvät sukupolvesta toiseen Toisessa osassa ryhdymme tarkastelemaan sitä, mitä geenit

Lisätiedot

Aukkoja sekvensseissä. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Aukkoja sekvensseissä. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Aukkoja sekvensseissä Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 25.04.13 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, proteiinit rakentuvat 22:sta erilaisesta, 20

Lisätiedot

VALINTAKOE 2014 Terveyden biotieteiden koulutusohjelmat/ty ja ISY

VALINTAKOE 2014 Terveyden biotieteiden koulutusohjelmat/ty ja ISY VALINTAKOE 2014 Terveyden biotieteiden koulutusohjelmat/ty ja ISY BIOLOGIAN KYSYMYSTEN Hyvän vastauksen piirteet 2014 Väittämätehtävät. Maksimipisteet 10. Määrittele tai kuvaa lyhyesti seuraavat termit.

Lisätiedot

LUENTO Kyösti Ryynänen

LUENTO Kyösti Ryynänen LUENTO 1.11.2016 Kyösti Ryynänen MITEN ELÄMÄÄ VOIDAAN MÄÄRITELLÄ? MAA-ELÄMÄN RAKENNUSSARJAN SISÄLTÖ 1 ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN ASTROBIOLOGIA TARVITSEE JA EDELLYTTÄÄ KOSMOLOGISTA JA UNIVERSAALIA (YLEISTÄ)

Lisätiedot

Perinnöllisyyden perusteita

Perinnöllisyyden perusteita Perinnöllisyyden perusteita Eero Lukkari Tämä artikkeli kertoo perinnöllisyyden perusmekanismeista johdantona muille jalostus- ja terveysaiheisille artikkeleille. Koirien, kuten muidenkin eliöiden, perimä

Lisätiedot

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1. a) Mitä tarkoitetaan biopolymeerilla? Mihin kolmeen ryhmään biopolymeerit voidaan jakaa? (1,5 p) Biopolymeerit ovat luonnossa esiintyviä / elävien solujen muodostamia polymeerejä / makromolekyylejä.

Lisätiedot

KEMIA HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET

KEMIA HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET BILÄÄKETIETEEN enkilötunnus: - KULUTUSJELMA Sukunimi: 20.5.2015 Etunimet: Nimikirjoitus: KEMIA Kuulustelu klo 9.00-13.00 YVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET Tehtävämonisteen tehtäviin vastataan erilliselle vastausmonisteelle.

Lisätiedot

Mitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi

Mitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi Mitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi Määritelmän etsimistä Lukemisto: Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 2010, issue 2., selaile kokonaan Perintteisesti: vaikeasti määriteltävä

Lisätiedot

Laskuharjoitus 2 vastauksia ja selityksiä

Laskuharjoitus 2 vastauksia ja selityksiä Laskuharjoitus vastauksia ja selityksiä Selitykset ovat usein jonkin verran laajempia kuin vastaukseen edellytetyt, jotta asia selviäisi niillekin, jotka eivät sitä aluksi olleet keksineet. Tehtävä : Proteiinien

Lisätiedot

Saana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ

Saana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ Saana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ Saana-Mari Jänkälä Opinnäytetyö syksy 2011 Laboratorioalan

Lisätiedot

Bioteknologian perustyökaluja

Bioteknologian perustyökaluja Bioteknologian perustyökaluja DNAn ja RNAn eristäminen helppoa. Puhdistaminen työlästä (DNA pestään lukuisilla liuottimilla). Myös lähetti-rnat voidaan eristää ja muuntaa virusten käänteiskopioijaentsyymin

Lisätiedot

Tampereen yliopisto Tietojenkäsittelyopin laitos SIERMALA MARKKU: Polyproliini II-sekundaarirakenteen ennustaminen neuroverkoilla Pro gradu -tutkielma

Tampereen yliopisto Tietojenkäsittelyopin laitos SIERMALA MARKKU: Polyproliini II-sekundaarirakenteen ennustaminen neuroverkoilla Pro gradu -tutkielma Polyproliini II -sekundaarirakenteen ennustaminen neuroverkoilla Markku Siermala Tampereen yliopisto Tietojenkäsittelyopin laitos Pro gradu -tutkielma Syyskuu 1999 Tampereen yliopisto Tietojenkäsittelyopin

Lisätiedot

Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia

Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) DNA RNA 7.12.2017 Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Osaamistavoitteet Lärandemål Luennon jälkeen ymmärrät pääperiaatteet

Lisätiedot

Johdatus biofysiikkaan 30.10.2014

Johdatus biofysiikkaan 30.10.2014 Johdatus biofysiikkaan 30.10.2014 2. luento: Marja Hyvönen Yhteydenotot: marja.hyvonen@oulu.fi p. 0294 481119 huone 253-1 (porras J3 Fysiikan kadulta 2.kerrokseen) Kaikki elävät olennot koostuvat soluista,

Lisätiedot

24.5.2013 Terveyden biotieteiden valintakoe / kemia 1 (10) Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet. Allekirjoitus KEMIAN KYSYMYKSET

24.5.2013 Terveyden biotieteiden valintakoe / kemia 1 (10) Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet. Allekirjoitus KEMIAN KYSYMYKSET 24.5.2013 Terveyden biotieteiden valintakoe / kemia 1 (10) KEMIA KYSYMYKSET YLEISET HJEET 1. Tarkista, että kysymysnipussa on kaikki sivut 1-10. Paperinippua ei saa purkaa. Mitään valintakoepapereita ei

Lisätiedot

Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30

Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30 Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen

Lisätiedot

Käytetään nykyaikaista kvanttimekaanista atomimallia, Bohrin vetyatomi toimii samoin.

Käytetään nykyaikaista kvanttimekaanista atomimallia, Bohrin vetyatomi toimii samoin. 1.2 Elektronin energia Käytetään nykyaikaista kvanttimekaanista atomimallia, Bohrin vetyatomi toimii samoin. -elektronit voivat olla vain tietyillä energioilla (pääkvanttiluku n = 1, 2, 3,...) -mitä kauempana

Lisätiedot

Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumisongelmaan

Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumisongelmaan Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumisongelmaan Leo Lahti - 49791N leo.lahti@hut.fi 1. Johdanto 2. Ongelman esittely 3. Menetelmiä ja haasteita 3.1 Optimointialgoritmit 3.2 Oppivat menetelmät

Lisätiedot

Etunimi: Henkilötunnus:

Etunimi: Henkilötunnus: Kokonaispisteet: Lue oheinen artikkeli ja vastaa kysymyksiin 1-25. Huomaa, että artikkelista ei löydy suoraan vastausta kaikkiin kysymyksiin, vaan sinun tulee myös tuntea ja selittää tarkemmin artikkelissa

Lisätiedot

Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito. Jakson luennot. Luennon sisältö DNA:N KAHDENTUMINEN ELI REPLIKAATIO

Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito. Jakson luennot. Luennon sisältö DNA:N KAHDENTUMINEN ELI REPLIKAATIO Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito SNP 14.1.2013 Tiina Immonen Biolääketieteen laitos Biokemia ja kehitysbiologia Jakson luennot Mitä on genomilääketiede? Dan Lindholm Genomin ylläpito Tiina Immonen

Lisätiedot

Tuma - nucleus. Tumahuokonen nuclear pore samanlaisia kasveilla ja eläimillä. Tuman rakenne. Solubiologian luennot 2003, kasvitiede

Tuma - nucleus. Tumahuokonen nuclear pore samanlaisia kasveilla ja eläimillä. Tuman rakenne. Solubiologian luennot 2003, kasvitiede Tuma - nucleus Solubiologian luennot 2003, kasvitiede Tuman rakenne kaksoiskalvo, joiden välissä perinukleaarinen tila huokoset (nuclear pores) ulkokalvo yhteydessä ER:ään sisäkalvossa kiinni 10 nm filamentteja

Lisätiedot

Solubiologia eläintiede. Solun kemia I. - Solun tärkeimmät alkuaineet C HOPKN S CaFe, Mg + Na Cl

Solubiologia eläintiede. Solun kemia I. - Solun tärkeimmät alkuaineet C HOPKN S CaFe, Mg + Na Cl Solubiologia eläintiede Solun kemia I - Solun tärkeimmät alkuaineet C HOPKN S CaFe, Mg + Na Cl - Atomien väliset vahvat kemialliset sidokset syntyvät, kun atomit luovuttavat, ottavat tai jakavat keskenään

Lisätiedot

DRAAMAN KÄYTTÖ PROTEIINISYNTEESIN OPETUKSESSA LUKIOSSA ANNA RÄSÄNEN

DRAAMAN KÄYTTÖ PROTEIINISYNTEESIN OPETUKSESSA LUKIOSSA ANNA RÄSÄNEN DRAAMAN KÄYTTÖ PROTEIINISYNTEESIN OPETUKSESSA LUKIOSSA ANNA RÄSÄNEN Pro gradu -tutkielma Itä-Suomen yliopisto Luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunta Ympäristö- ja biotieteiden laitos Biologia 2016

Lisätiedot

Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013

Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013 Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013 2nd lecture: Biophysics of biomolecules, by Marja Hyvönen please preferably contact me by email marja.hyvonen@oulu.fi p. 0294 481119

Lisätiedot

Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I

Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I Luentorunko Jarmo Niemi 2003-2007 1 Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I Luennot 6 op. (3 ov) 2003-2007 Jarmo Niemi (jarmo.niemi@utu.fi) Biokemian ja elintarvikekemian

Lisätiedot

Nesteen sisäinen kitka ja diffuusio

Nesteen sisäinen kitka ja diffuusio Nesteen sisäinen kitka ja diffuusio 1 Luento.1.016 (oppikirjan luku 4) Nesteen sisäinen kitka Satunnaiskävelyilmiöitä Diffuusio Diffuusio kalvon läpi Diffuusiotensorikuvaus: Magneettiresonanssi (MR) Hermoratojen

Lisätiedot

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä

Lisätiedot

KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00

KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00 BIOLÄÄKETIETEEN Henkilötunnus: - KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00 Kirjoita selvästi nimesi ja muut henkilötietosi niille varattuun

Lisätiedot

ELAHEH MORADI ARABINOOSIPROMOOTTORIN TRANSKRIPTIODYNAMIIKKA KOLIBAKTEERISSA. Kandidaatintyö

ELAHEH MORADI ARABINOOSIPROMOOTTORIN TRANSKRIPTIODYNAMIIKKA KOLIBAKTEERISSA. Kandidaatintyö ELAHEH MORADI ARABINOOSIPROMOOTTORIN TRANSKRIPTIODYNAMIIKKA KOLIBAKTEERISSA Kandidaatintyö Tarkastaja: Lehtori Heikki Huttunen Ohjaajat: Andre S.Ribeiro, Jarno Mäkelä Jätetty tarkastettavaksi 16.12.2011

Lisätiedot

Genomin ilmentyminen

Genomin ilmentyminen Kauppi 17/01/2014 Genomin ilmentyminen LH1, Molekyylibiologia 17.1.2014 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Huone C501b, Biomedicum 1 Transkriptiofaktorin mutaatio voi

Lisätiedot

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa Listerian, Salmonellan ja kampylobakteerien tunnistus elintarvikkeista ja rehuista 29.11.2012 Eva Fredriksson-Lidsle Listeria monocytogenes Salmonella (spp) Campylobacter

Lisätiedot

LAKTOOSI-INTOLERANSSIN MÄÄRITTÄMINEN RT-PCR- MENETELMÄLLÄ

LAKTOOSI-INTOLERANSSIN MÄÄRITTÄMINEN RT-PCR- MENETELMÄLLÄ OPINNÄYTETYÖ - AMMATTIKORKEAKOULUTUTKINTO SOSIAALI-, TERVEYS- JA LIIKUNTA-ALA LAKTOOSI-INTOLERANSSIN MÄÄRITTÄMINEN RT-PCR- MENETELMÄLLÄ Työohjeiden laatiminen bioanalyytikko-opiskelijoille T EKI- JÄT:

Lisätiedot

BIOLOGIAN OSIO (45 p.)

BIOLOGIAN OSIO (45 p.) BIOLÄÄKETIETEEN KOULUTUSOHJELMA PÄÄSYKOE 17.5.2017 BIOLOGIAN OSIO (45 p.) HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET I) Esseetehtävät (2 kpl) a) Selitä perustellen, miten kuvaan merkittyihin kohtiin osuvat mutaatiot voivat

Lisätiedot

RNA:N, DNA:N JA PROTEIINIEN KOON, PITOISUUDEN JA LAADUN MÄÄRITYKSEN VALIDOINTI BIOANALYZER LAITTEELLE

RNA:N, DNA:N JA PROTEIINIEN KOON, PITOISUUDEN JA LAADUN MÄÄRITYKSEN VALIDOINTI BIOANALYZER LAITTEELLE RNA:N, DNA:N JA PROTEIINIEN KOON, PITOISUUDEN JA LAADUN MÄÄRITYKSEN VALIDOINTI BIOANALYZER 2100 -LAITTEELLE Maria Partanen Opinnäytetyö Joulukuu 2017 Energia-ja ympäristötekniikka Laboratoriotekniikka

Lisätiedot

Proteiinien rakenteellisten motiivien selvittäminen

Proteiinien rakenteellisten motiivien selvittäminen Proteiinien rakenteellisten motiivien selvittäminen Pia Laine Pia.Laine@iki.fi Tiedon louhinta biomolekyyliaineistosta Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos Raportti C-2003-52, s.51-61,

Lisätiedot

Geenitekniikan perusmenetelmät

Geenitekniikan perusmenetelmät Loppukurssikoe To klo 14-16 2 osiota: monivalintatehtäväosio ja kirjallinen osio, jossa vastataan kahteen kysymykseen viidestä. Koe on auki klo 14.05-16. Voit tehdä sen oppitunnilla, jolloin saat tarvittaessa

Lisätiedot

Synteettinen biologia Suomessa: Virukset synteettisen biologian työkaluina

Synteettinen biologia Suomessa: Virukset synteettisen biologian työkaluina Synteettinen biologia Suomessa: Virukset synteettisen biologian työkaluina Minna Poranen Akatemiatutkija Helsingin yliopisto FinSynBio-ohjelma Suomen Akatemia Virukset synteettisen biologian työkaluina

Lisätiedot

Luento 8 6.3.2015. Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit

Luento 8 6.3.2015. Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit Luento 8 6.3.2015 1 Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit Entrooppiset voimat 3 2 0 0 S k N ln VE S, S f ( N, m) 2 Makroskooppisia voimia, jotka syntyvät pyrkimyksestä

Lisätiedot

TÄS ON PROTSKUU! Missä yhteyksissä olet törmännyt sanaan proteiini tai valkuaisaine?

TÄS ON PROTSKUU! Missä yhteyksissä olet törmännyt sanaan proteiini tai valkuaisaine? TÄS ON PROTSKUU! KOHDERYHMÄ: Työ soveltuu parhaiten yläkouluun kurssille elollinen luonto ja yhteiskunta, sekä lukioon kurssille KE1. KESTO: Työ koostuu kahdesta osasta: n. 30 min/osa. MOTIVAATIO: Mitä

Lisätiedot

Tuma. Tuma 2. Tuma 3. Tuma 1. Hemopoiesis. solun kasvaessa tuma kasvaa DNA:n moninkertaistuminen jättisolut

Tuma. Tuma 2. Tuma 3. Tuma 1. Hemopoiesis. solun kasvaessa tuma kasvaa DNA:n moninkertaistuminen jättisolut Hemopoiesis Tuma Mitochondrion Tuma 2 Flagellum Peroxisome Centrioles Microfilaments Microtubules Nuclear envelope Rough endoplasmic reticulum Ribosomes NUCLEUS muoto: pallomainen liuskoittunut (esim.

Lisätiedot

Anni Villikka. Elintarvike-entsyymien säilyvyysseuranta EFSA-rekisteröintiä varten

Anni Villikka. Elintarvike-entsyymien säilyvyysseuranta EFSA-rekisteröintiä varten Anni Villikka Elintarvike-entsyymien säilyvyysseuranta EFSA-rekisteröintiä varten Metropolia Ammattikorkeakoulu Insinööri (AMK) Bio- ja elintarviketekniikka Insinöörityö 3.10.2012 Tiivistelmä Tekijä Otsikko

Lisätiedot

Jos kahdella aineella on eri sidosrakenne, mutta sama molekyylikaava, kutsutaan niitä isomeereiksi.

Jos kahdella aineella on eri sidosrakenne, mutta sama molekyylikaava, kutsutaan niitä isomeereiksi. 4.1 Isomeria Jos kahdella aineella on eri sidosrakenne, mutta sama molekyylikaava, kutsutaan niitä isomeereiksi. Eri isomeereillä on siis aina sama moolimassa, mutta usein erilaiset kemialliset ominaisuudet.

Lisätiedot

Lataa Elävä solu - Pentti Tapana. Lataa

Lataa Elävä solu - Pentti Tapana. Lataa Lataa Elävä solu - Pentti Tapana Lataa Kirjailija: Pentti Tapana ISBN: 9789524951548 Sivumäärä: 318 Formaatti: PDF Tiedoston koko: 34.74 Mb Elävä solu vie lukijansa solun mikroskooppiseen maailmaan ja

Lisätiedot

BECS-C2101 Biofysiikka

BECS-C2101 Biofysiikka BECS-C2101 Biofysiikka 1 Luento 2 16.1.2015 Solujen sisustan koostumus Biomolekyylien vuorovaikutukset ja rakenne Veden ominaisuudet Chapter 2. What s Inside Cells 2 Biologinen kysymys: Miten solut toteuttavat

Lisätiedot

Genomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA

Genomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Genomin ylläpito 5.12.2017 TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Luennon sisältö Tuman kromosomien rakenne ja pakkautuminen Pakkautumisen säätely: histonien modifikaatiot DNA:n kahdentuminen

Lisätiedot

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio

Lisätiedot