Johdatus biofysiikkaan
|
|
- Liisa Jaakkola
- 8 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 Johdatus biofysiikkaan luento: Marja Hyvönen Yhteydenotot: p huone (porras J3 Fysiikan kadulta 2.kerrokseen) Kaikki elävät olennot koostuvat soluista, joita rajaa ympäristöstään solukalvo Kaikki solut sisältävät soluelimiä, joita niitäkin rajaa solukalvo Kaikki elävät olennot soluineen ja kalvoineen muodostuvat biomolekyyleistä: vesi, perintöaineksen DNA&RNA, aminohapoista koostuvat proteiinit eli valkuaisaineet, lipidit eli rasvat, sekä sokerit 1
2 1. luento (KH) : Mitä biofysiikka on? Historia, opiskelu ja tutkimus 2. luento: Molekyylien biofysiikka (MH) 3. luento: Solukalvojen biofysiikka (MH) 4. luento: Solujen biofysiikka (MH) 5. luento (KH) 6. luento (KH) 7. luento (KH) SIIS à 2. luento: - Biomolekyylit ja biomolekyylisysteemien biofysiikkaa ( kemiaa) - Esimerkkejä niiden tutkimuksesta laskennallisesti mallinnukseen ja simulaatioihin perustuen, mutta myös kokeellisia menetelmiä mainitaan MITTASKAALAT à 2
3 MITTASKAALOISTA punasolut DNA 1 m 1 dm 10-1 m 1 cm 10-2 m 1 mm 10-3 m 10-4 m 10-5 m 1 µm 10-6 m 10-7 m 10-8 m 1 nm 10-9 m 1 Å m
4 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA... I. vesi II. lipidit eli rasva-aineet à molekyylitason kalvot, esim. solukalvo III. nukleiinihapot à DNA, RNA IV. aminohapot à proteiinit ja peptidit (eli valkuaisaineet) V. sokerit eli hiilihydraatit
5 Molekyylien liikkeistä Molekyylien ja isompienkin aineiden satunnaisista liikkeistä liuoksissa raportoitiin ensimmäisen kerran 1800-luvun alkupuolella, jolloin Robert Brown havaitsi siitepölyn liikkeet vesiliuoksessa. Hän oletti myös vesimolekyylien oman satunnaisliikkeen oleellisesti vaikuttavan asiaan tämän kaltaiselle liikkeelle käyttöön nimitys Brownin liike Brownin liikkeen eli diffuusion perustan tutkimukset olivat Albert Einsteinin ensimmäisiä merkittäviä julkaisuja aivan 1900-luvun alussa (näiden perusteella yhdessä valosähköisen ilmiön selvittämisen kanssa hän myös sai Nobelin palkinnon) Kaikki molekyylit (ja partikkelit) ovat liuoksissa (kuten kaasuissakin) aina liikkeessä: - molekyylien (partikkelien) kineettinen liike-energia riippuu lämpötilasta - tämä molekyylien satunnaisliike on perusteena molekyylien, ionien yms. partikkelien diffuusiolle ja muille ominaisuuksille nesteissä ja soluissa 5
6 Vesi, H 2 O H O H - on kaikkien elävien olentojen tärkein molekyyli - osallistuu suoraan moniin elimistön reaktioihin, mutta on myös mukana aineena, jossa muut molekyylit ovat - on hyvin polaarinen aine: elektronien orbitaalit ovat hyvin epäsymmetriset molekyylin vetykärjet ovat positiivisesti varautuneet ja happi negatiivisesti varautunut, ts. muodostavat voimakkaan dipolin o
7 - vesimolekyylit vaikuttavat toisiinsa dipoli-dipoli-vuorovaikutuksen kautta - nestemäisenäkin veden dipolimomentti on suuri osa vesimolekyyleistä on aina vetysidoksilla kiinni toisissaan - niinpä nesteenä oleva vesi on tavallaan rakenteinen ja siinä olevat vesimolekyylit ovat koko ajan vaihtuvassa, vetysidosten määräämässä ryhmityksessä - jos vesiliuoksessa ei ole riittävästi lämpöenergiaa, muodostavat eri molekyylien vedyt ja hapet lisää vetysidoksia, jotka sitovat veden tetraedrin muotoisiksi kiteiksi lopulta lämpöenergian määrän laskiessa vesi jäätyy - veden puolestaan kuumetessa se muuttuu vähitellen vähemmän ja vähemmän rakenteiseksi eli vetysidosten olemassaolo lyhenee ja vähenee, kunnes kiehuessaan vesi höyrystyy vetysidosten kokonaan kadotessa 7
8 - vesiliukoisten, ns. hydrofiilisten aineiden on oltava myös hyvin polaarisia yhdisteitä, liuetessaan näiden aineiden on kilpailtava vesimolekyylien kanssa sidosmuodostuksesta Kääntäen: veteen liuenneet molekyylit, ollen polaarisia, jakavat veden kanssa samat ominaisuudet, ja ovat normaalisti voimakkaasti vuorovaikutuksessa sekä vesimolekyylien kanssa että keskenään, sekä vetysidosten että dipoli-vuorovaikutusten kautta - monet apolaariset aineet, kuten rasvat eivät liukene veteen ja vesiseoksessa erottuvat omaksi faasikseen pienimpään mahdolliseen energiatilaan (misellit ja membraanit) 8
9 LIPIDEJÄ ~ itseorganisoituminen vesiolosuhteissa... - vesihakuiset, hydrofiiliset eli polaariset osat (valkoiset pallot esittävät lipidimolekyylien varautuneita pääryhmiä) - vesipakoiset, hydrofobiset eli apolaariset osat (ketjumaiset rakenteet tummemmilla alueilla esittävät lipidimolekyylien varautumattomia hiilivetyketjuja liposomi miselli kaksoiskalvo
10 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA... Lipidejä ~ rasva-aineita... solukalvo 1 m 1 dm 10-1 m 1 cm 10-2 m 1 mm 10-3 m 10-4 m 10-5 m 1 µm 10-6 m 10-7 m 10-8 m 1 nm 10-9 m 1 Å m
11 LIPIDEJÄ ~ RASVA-AINEITA... fosfatidyylikoliini PC kolesteroliesteri CE triglyseridi TG sfingomyeliini SM kolesteroli CHOL Kaksoiskalvojen rakenteissa Kuljetus ja varastointi
12 M. Hyvönen, T.T. Rantala and M. Ala-Korpela, Structure and Dynamic Properties of a Diunsaturated PLPC Lipid Bilayer from a Molecular Dynamics Simulation, Biophys. J., 73 (1997) solukalvo 1m 1 dm 10-1 m 1 cm 10-2 m 1 mm 10-3 m 10-4 m 10-5 m 1 µm 10-6 m 10-7 m 10-8 m 1 nm 10-9 m 1Å m 12
13 RAKENNE- & SÄÄTELYTEHTÄVÄ: kaksoiskalvot - solukalvoissa - solun sisäisissä kalvoissa KULJETUS- & VARASTOINTI- TEHTÄVÄ: - kuljetus solun ulkoisesti lipoproteiineissa paha LDL (Low Density Lipoprotein) - varastointi solun sisäisissä dropleteissa kolesteroliesteri, jonka rasvahappo on ω-3 dokosaheksanoaatti eli ns. välttämätön rashahappo
14 Lipidien epätasainen jakautuminen pinnan tasossa lipidien lauttamaisten muodostelmien arvellaan olevan tärkeässä roolissa biologisten kalvojen rakenteellisten ominaisuuksien ja sitä kautta niiden toiminnan säätelyssä esim. Simons & Ikonen, Functional rafts in cell membranes. Nature. Lipidilauttojen (raft) raft - koko? kaikkea >nm ehdotettu; erittäin vaikea tutkia; todennäköisesti hyvin dynaamisia - koostumus? SM & CHOL -vuorovaikutus ajava voima - merkitys kalvoproteiineille? SIMULAATIOT POPC & SM & CHOL - SEOKSILLE lipids in total - simulations of 100 ns tietyt proteiinit vaativat tietyn lipidikoostumuksen toimiakseen
15 Lipidien epätasainen jakautuminen pinnan tasossa lipidien lauttamaisten muodostelmien arvellaan olevan tärkeässä roolissa biologisten kalvojen rakenteellisten ominaisuuksien ja sitä kautta niiden toiminnan säätelyssä esim. Simons & Ikonen, Functional rafts in cell membranes. Nature. POPC:SM:CHOL = 1:1:1 SIMULAATIOT POPC & SM & CHOL - SEOKSILLE lipids in total - simulations of 100 ns POPC:SM:CHOL = 2:1:1 POPC:SM:CHOL = 62:1:1
16 Lipidien epätasainen jakautuminen pinnan tasossa lipidien lauttamaisten muodostelmien arvellaan olevan tärkeässä roolissa biologisten kalvojen rakenteellisten ominaisuuksien ja sitä kautta niiden toiminnan säätelyssä esim. Simons & Ikonen, Functional rafts in cell membranes. Nature. Niemelä et al, Assessing the nature of lipid raft membranes. PLoS Comp. Biol. jo ~100 ns aikaskaalalla ja 10 nm pituusskaalalla lipidimolekyylit eivät enää satunnaisesti pinnan tasossa, vaan voidaan erottaa toisistaan, esim. ketjujen järjestyksen suhteen poikkeavia alueita POPC:SM:CHOL = 1:1:1 SIMULAATIOT POPC&SM&CHOL - SEOKSILLE lipids in total ns simulations for each system POPC:SM:CHOL = 2:1:1 POPC:SM:CHOL = 62:1:1
17 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA... nukleiinihapot à DNA FOSFORI- HAPPO EMÄS SOKERI adeniini guaniini tymiini sytosiini 1950-luvulla Lontoon King's Collegessa vaikuttanut Rosalind Franklin ja Cambridgen yliopistossa vaikuttaneet James D. Watson ja Francis Crick ratkaisivat DNA:n rakenteen. Kertomuksen mukaan Maurice Wilkins näytti salaa Watsonille ja Crickille Franklinin DNA:n röntgenkuvia hänen siitä tietämättä. Miehet julkaisivat tulokset ennen Rosalind Franklinia kuuluisassa artikkelissaan "Molecular structure of nucleic acids: A Structure for Deoxyribose Nucleic Acid" Nature-lehdessä DNA:n rakenteen tunteminen mahdollisti kaikki molekyylibiologian edistysaskeleet tästä eteenpäin. Watson ja Crick saivat Nobelin palkinnon 1962 DNA-tutkimuksistaan yhdessä Maurice Wilkinsin kanssa. Rosalind Franklinin varhainen kuolema 1958 esti häntä saamasta Nobelin palkintoa, koska sitä ei jaeta postuumisti.
18 nukleiinihapot à DNA FOSFORI- HAPPO EMÄS SOKERI FOSFORI- HAPPO EMÄS Aà T;Cà G EMÄS SOKERI FOSFORI- HAPPO EMÄS Aà T;Cà G EMÄS SOKERI FOSFORI- HAPPO EMÄS Aà T;Cà G EMÄS SOKERI
19 heikkoja vetysidoksia, jotka kuitenkin pitävät kierteen kasassa!
20 vetysidoksia! oikeita kovalenttisia sidoksia!
21 Solun jakautuessa DNA kahdentuu
22 Valkuaisainesynteesi 1. transkriptio: DNA avautuu à tumassa koodataan lähetti-rna (mrna), joka on emäsjärjestykseltään peilikuva DNA:sta 2. translaatio: mrna tuman ulkopuolelle à kolmen peräkkäisen emäksen koodi vastaa yhtä aminohappoa - soluliman ribosomeissa valmistuvat vesiliukoiset valkuaisaineet - solun sisäisten kalvojen ribosomeissa valmistuvat kalvoihin kiinnittyvät valkuaisaineet (kalvoproteiinit)
23 DNA TEKNIIKAT YHDISTELMÄ-DNA TEKNIIKKA: organismin geneettistä materiaalia voidaan hallitusti eristää, muuntaa ja siirtää toiseen organismiin - elintarviketuotannossa systemaattisesti käytössä - lääketuotannossa joiltain osin rutiinia, esim. insuliinituotanto - geeniterapiassa kehitteillä virus- ja lipidipohjaisia kuljettimia - elektroniikassa DNA-origameihin perustuvia piirejä
24 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA aminohapot à proteiinit ja peptidit (eli valkuaisaineet) poolittomat sivuketjut: Gly Ala Val Leu Ile Met Pro Phe Trp polaariset sivuketjut: varautumattomat: Ser Thr Asn Gln Tyr varautuneet: Cys Lys Arg His Asp Glu
25 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA aminohapot à proteiinit ja peptidit (eli valkuaisaineet) peptidisidoksen muodostuminen: jäävät vapaiksi vetysidoksia varten à polypeptidiketju
26 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA aminohapot à proteiinit ja peptidit (eli valkuaisaineet) laskostuminen: alfa-kierteeksi beta-levyksi tai sitten ei à random coil
27 paha LDL (Low Density Lipoprotein) Amfifiilinen β-levy, 67 aminohappoa sähköstaattinen potentiaali Tyr & Trp osallistuvat hydrofobiseen pintaan kiinnittymiseen Koivuniemi, Kovanen, & Hyvönen; Molecular Dynamics Simulations of a Lipovitellin derived Amphiphilic β-sheet Homologous to ApoB-100 β-sheets at a Hydrophobic Decane-water Interface, BBA Proteins and Proteomics, 3. Nov
28 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA Sokerit ~ hiilihydraatit... - tärkeimmät kasvien glukoosipolymeerit - selluloosa: tärkkelys: β(1-4) linkki à hyvä lujuus amyloosia/amylopektiiniä (kuten selluloosa, mutta α(1-4) / α(1-6) linkki) à joustava ja helposti entsyymeillä sulatettava à kasvien energiavarasto, ja suurin osa ihmisravinnosta (paitsi karppaajilla)
29 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA Sokerit ~ hiilihydraatit... - glykogeeni, eläinten glukoosipolymeeri - analoginen amylopektiinille à ihmisten energiavarasto
30 PERUSRAKENNUSPALIKOISTA Sokerit ~ hiilihydraatit... - osana elimistön elintärkeitä rakennekomponentteja, kuten glykolipidit: sokeriosa lipidin hydrofiilisenä pääryhmänä tai sen osana glykoproteiinit: esim. solun ulkopinnalla solun puolustukseen ja tunnistukseen liittyviä tehtäviä proteoglykaanit: solun ulkoisessa verkostossa (extracellular matrix) esim. vahvasti negatiivisesti varautunut C6S (chondroitin-6-sulphate) -polymeeri kykenee tarttumaan LDL-lipoproteiineihin mahdollisesti LDL:n pinnalla olevien positiivisten Lys-rikastumien avulla à rooli ateroskleroosin synnyssä?
31 Oulun yliopisto, Fysiikan laitos, Biofysiikka 31
32 DIFFERENCE between atoms and molecules - ATOMS: An atom has the nucleus and electrons circulating around it at their electronic orbitals (electron cloud) e.g. He atom In biological molecules (of organic molecules) most important atoms are C, H, O, N, S, and P - MOLECULES (the focus in biophysics!): Molecules form when two or more atoms share their electrons (electron orbitals) à COVALENT BONDS Such condition is favorable, as the energy minimum is achieved! à Breaking of the covalent bond requires energy à Bond energy esim. N N O O 32
33 Molekyylisysteemin (tässä proteiini) oikea toiminta määräytyy sen 3D rakenteesta! à Molekyylien lisäksi niiden 3D -rakenteen selvittäminen ensiarvoisen tärkeää! à 3D -rakenteen selvittämisen tärkeimmät keinot: - NMR-spektroskopia 1) pienille vesiliukoisille proteiineille, sillä spektrikartat muuten liian vaikeaselkoisia 2) vaatii usein leimattuja proteiineja, joiden tuotto kallista ja aikaavievää - Röntgenkristallografia 1) suurille vesiliukoisille ja jopa kalvoproteiineille 2) monet proteiinit hyvin vaikea saada kiteytymään taso:
34 - NMR-spektroskopia 1) pienille vesiliukoisille proteiineille, sillä spektrikartat muuten liian vaikeaselkoisia 2) vaatii usein leimattuja proteiineja, joiden tuotto kallista ja aikaavievää L.C. Sellin, K. Mattila, A. Annila, M. Hyvönen, J.J. Schmidt, T.T. Rantala, T. Kivistö, J. J. McArdle, Conformational Analysis of a Toxic Peptide from Trimeresurus Wagleri Which Blocks the Nicotinic Acetylcholine Receptor, Biophys. J., 70 (1996) taso:
35 - Röntgenkristallografia 1) suurille vesiliukoisille ja jopa kalvoproteiineille 2) monet proteiinit hyvin vaikea saada kiteytymään à low-density-lipoproteiini (LDL) ollut toistaiseksi mahdoton saada kiteytymään korkean resoluution rakenteiden muodostamiseksi (yrityksiä on kyllä ollut jopa avaruudessa asti!) à lipovitellinille taas korkean resoluution rakenne jo vuosia (>10 v) sitten [1] T.A. Anderson, D.G. Levitt, L.J. Banaszak, The structural basis of lipid interactions in lipovitellin, a soluble lipoprotein, Structure 6 (1998) [2] J.R. Thompson, L.J. Banaszak, Lipid protein interactions in lipovitellin, Biochemistry 41 (2002) taso:
36 Molekyylisysteemien oikea toiminta määräytyy sen 3D rakenteesta! à Rakenteen selvittäminen ensiarvoisen tärkeää à Rakenteen selvittämisen tärkeimmät keinot: - NMR-spektroskopia 1) pienille vesiliukoisille proteiineille, sillä spektrikartat muuten liian vaikeaselkoisia 2) vaatii usein leimattuja proteiineja, joiden tuotto kallista ja aikaavievää - Röntgenkristallografia 1) suurille vesiliukoisille ja jopa kalvoproteiineille 2) monet proteiinit hyvin vaikea saada kiteytymään KUN TARPEEKSI HYVÄ RAKENNE TIEDOSSA, TUTKIMUSTA VOIDAAN JATKAA LASKENNALLISESTI MALLINNUKSELLA JA MOLEKYYLIDYNAMIIKAN (MD) SIMULAATIOILLA TÄHÄN SUOMESSA ERINOMAISET MAHDOLLISUUDET (Espoon ja Kajaanin supertietokoneet) TARKKAA tietoa ominaisuuksista ja toiminnasta atomi- ja molekyylitasolla taso:
37 TÄRKEYS... biomolekyylisysteemien mallinnuksella ja simuloinneilla voidaan hankkia tietoa, joka olisi kokeellisilla menetelmillä hyvin vaikeaa tai mahdotonta hankkia... usein mallinus- ja simulaatiotuloksia vaaditaan haastavan kokeellisen datan tulkitsemiseen... Certainly no subject or field is making more progress on so many fronts at the present moment, than biology, and if we were to name the most powerful assumption of all, which leads one on and on in attempt to understand life, it is that all things are made of atoms and that everything that living things do can be understood in terms of the jiggling and wiggling of atoms. The Feynman Lectures on Physics, 1963 Nobel laureate of Physics, 1965
38 TÄRKEYS Molekyylimallinnus ja simulaatiot usein korvaamattomia yksinkin Kokeellinen tutkimus laboratorioissa esim. Patch-clamp, NMR spektroskopia,...
39 SIMULAATIOIDEN TOTEUTTAMINEN Molekyylien liikkeitä (à koordinaatit r ja nopeudet v) aikaaskeleittain lasketaan numeerisesti ratkaisemalla Newtonin liikeyhtälöitä (atomeille i=1, 2, N), kun atomien sijainti r i tiedetään: Voimat F i saadaan potentiaalienergian (tässä V) negatiivisena gradienttina: Runsaasti ohjelmistoja, joilla molekyylidynamiikkasimulaatioita on kohtalaisen helppo tehdä, koska valmiita voimakenttiäkin on saatavilla. Esim. GROMACS, CHARMM, AMBER, NAMD Koodataan atomit paikoilleen ja pistetään aika kulumaan. Simuloinnissa pätevät samat periaatteet kuin lukiosta tutuissa Newtonin liikeyhtälöissä, kun mopon kiihtyvyydestä voidaan laskea mopon paikka ajan funktiona ajan t jälkeen. Mopon sijaan simulaatiossa vaan on esim. viisi miljoonaa atomia, kun proteiini on sijoitettu kalvorakenteeseen ja ympäröity vedellä luonnollisesssa suolapitoisuudessaan.
40 Esimerkiksi MD-simulaatioita varten systeemin osien (perinteisesti atomien) väliset vuorovaikutusenergiat kuvataan voimakentän avulla, kunkin sidoksen ominaisuudet huomioon ottaen... Kokonaispotentiaalienergia: E = E + E + E + E + E + E + tot pituus kulma kierto taso vdw elec SIDOSVÄLITTEISET KAIKKIEN ATOMIEN VÄLILLÄ SIDOKSET määrävät suurelta osin molekyylien molekyylisysteemien rakenteen ja toiminnan E vdw JA E elec taso:
41 TULOKSIAKIN SAADAAN raakadata: 1) koordinaatit ja nopeudet ajan funktiona à fysikaaliset ominaisuudet & dynamiikka esim. jakumat atomiryhmittäin (H 2 O, P ja kaksoissidokset) lipidikalvon normaalilla H 2 O P Hyvönen and Kovanen, Eur. Biophys. J., 2005
42 TULOKSIAKIN SAADAAN raakadata: raakadata: 1) koordinaatit ja nopeudet ajan funktiona à fysikaaliset ominaisuudet & dynamiikka esim. sfingomyeliinien vetysitoutuminen molekyylien sisäisesti ja molekyylien välillä Hyvönen and Kovanen, Molecular dynamics simulation of sphingomyelin bilayer. J. Phys. Chem. B. 107 (2003)
43 Koivuniemi A, Vuorela T, Kovanen PT, Vattulainen I, Hyvönen MT (2012) Lipid Exchange Mechanism of the Cholesteryl Ester Transfer Protein Clarified by Atomistic and Coarse-grained Simulations. PLoS Comput Biol 8(1): e HDL, good cholesterol altogether ~ atoms (including good enough hydration)
44 LISÄTIETOJA Kurssit esim: Biosysteemien analyysi Biosysteemien simulointi Molekyylien biofysiikka Laskennallinen fysiikka Lopuksi esimerkki turkulaisten artikkelista kokeelliseen keinotekoisten kalvojen hyödyntämisestä Halling, K., Ramstedt, B., and T. Nyholm, 2008, Biophysical Journal, Cholesterol Interactions with Fluid-Phase Phospholipids: Effect on the Lateral Organization of the Bilayer
45 Kysymyksiä...??? Molekyylitason biofysiikkaan törmää hyvin monilla biofysiikan kursseilla asioista on vaikea puhua ilman biomolekyylien huomioimista, esim ionikanavien toiminta: Fysiikan laitoksella tarjolla olevia kursseja: - Biofysiikan perusteet - Solujen biofysiikan perusteet - Solukalvot - Molekyylien biofysiikka - Molekyylifysiikka 45
Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013
Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013 2nd lecture: Biophysics of biomolecules, by Marja Hyvönen please preferably contact me by email marja.hyvonen@oulu.fi p. 0294 481119
LisätiedotPeptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24.5.2006 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä
LisätiedotSolun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu. Solun kemia. Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu. Vesi 1
Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu Solun kemia paino-% Vesi 75-90 proteiinit 10-20 Lipidit 2 Hiilihydraatit 1 RNA/DNA 0,7/0,4 Epäorg. 1,5 Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu Vesi 1 paino-%
LisätiedotSukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien
LisätiedotSolun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne
Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne 1. Avainsanat 2. Solut koostuvat molekyyleistä 3. Hiilihydraatit 4. Lipidit eli rasva-aineet 5. Valkuaisaineet eli proteiinit rakentuvat
LisätiedotDNA:n informaation kulku, koostumus
DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa
LisätiedotBiomolekyylit ja biomeerit
Biomolekyylit ja biomeerit Polymeerit ovat hyvin suurikokoisia, pitkäketjuisia molekyylejä, jotka muodostuvat monomeereista joko polyadditio- tai polykondensaatioreaktiolla. Polymeerit Synteettiset polymeerit
LisätiedotEsim. ihminen koostuu 3,72 x solusta
Esim. ihminen koostuu 3,72 x 10 13 solusta Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita
LisätiedotBiopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä.
Biopolymeerit Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä. Tärkeimpiä biopolymeerejä ovat hiilihydraatit, proteiinit ja nukleiinihapot. 1 Hiilihydraatit Hiilihydraatit jaetaan mono
Lisätiedot6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi
6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi GENEETTINEN INFORMAATIO Geeneihin pakattu informaatio ohjaa solun toimintaa ja siirtyy
LisätiedotBioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30
Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen
LisätiedotErilaisia soluja. Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja. Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta. Veren punasoluja
Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita ihmisen puhasoluissa Hermosolu Valomikroskooppi
LisätiedotHEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET
HEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET Tunnin sisältö 2. Heikot vuorovaikutukset Millaisia erilaisia? Missä esiintyvät? Biologinen/lääketieteellinen merkitys Heikot sidokset Dipoli-dipolisidos
LisätiedotSolun Kalvot. Kalvot muodostuvat spontaanisti. Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä
Solun Kalvot (ja Mallikalvot) Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä Biokemian ja Farmakologian erusteet 2012 Kalvot muodostuvat spontaanisti Veden rakenne => ydrofobinen vuorovaikutus
LisätiedotBIOMOLEKYYLEJÄ. fruktoosi
BIMLEKYYLEJÄ IMISEN JA ELINYMPÄ- RISTÖN KEMIAA, KE2 Ihminen on käyttänyt luonnosta saatavia, kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä eli biopolymeerejä jo pitkään arkipäivän tarpeisiinsa. Biomolekyylit
LisätiedotBiomolekyylit 2. Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit
Biomolekyylit 2 Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit Nukleotidit Ihmisen perimä, eli DNA (deoksiribonukleiinihappo) muodostuu pitkästä nukleotidiketjusta. Lisäksi nukleotidit toimivat mm. proteiinisynteesissä
LisätiedotProteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista
TKK Solubiosysteemien perusteet syksy 2002 Harkkatyö M.Tarvainen Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista 1. Yleistä proteiineista 2. Röntgensädekristallografia 3. Ydinmagneettinen resonanssimenetelmä
LisätiedotPerinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita
Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 10. Valkuaisaineiden valmistaminen solussa 1. Avainsanat 2. Perinnöllinen tieto on dna:n emäsjärjestyksessä 3. Proteiinit koostuvat
LisätiedotDNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen
S-114.500 Solubiosysteemien perusteet Harjoitustyö Syksy 2003 DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen Ilpo Tertsonen, 58152p Jaakko Niemi, 55114s Sisällysluettelo 1. Alkusanat... 3 2. Johdanto... 4
LisätiedotEPIONEN Kemia 2015. EPIONEN Kemia 2015
EPIONEN Kemia 2015 1 Epione Valmennus 2014. Ensimmäinen painos www.epione.fi ISBN 978-952-5723-40-3 Painopaikka: Kopijyvä Oy, Kuopio Tämän teoksen painamiseen käytetty paperi on saanut Pohjoismaisen ympäristömerkin.
LisätiedotOulun yliopisto. Luonnontieteellinen koulutusala. Fysiikan tutkinto-ohjelma. Fysiikka, filosofian maisteri, 120 op. 1 of
1 of 12 15.12.2015 17:38 Oulun yliopisto Luonnontieteellinen koulutusala Fysiikan tutkinto-ohjelma Fysiikka, filosofian maisteri, 120 op 2 of 12 15.12.2015 17:38 Pääaine: Fysiikka Vuosi/lukukausi 1. syksy
LisätiedotLaskennallisen fysiikan esimerkkejä avoimesta tutkimuksesta Esa Räsänen Fysiikan laitos, Tampereen teknillinen yliopisto
Laskennallisen fysiikan esimerkkejä avoimesta tutkimuksesta Esa Räsänen Fysiikan laitos, Tampereen teknillinen yliopisto Julian Voss, Quantum man, 2006 (City of Moses Lake, Washington, USA) Kolme näkökulmaa
LisätiedotHenkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20
elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä
LisätiedotViral DNA as a model for coil to globule transition
Viral DNA as a model for coil to globule transition Marina Rossi Lab. of complex fluids and molecular biophysics LITA (Segrate) UNIVERSITA DEGLI STUDI DI MILANO - PhD Workshop October 14 th, 2013 Temperature
LisätiedotPerinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita. BI2 III Perinnöllisyystieteen perusteita 9. Solut lisääntyvät jakautumalla
Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 9. Solut lisääntyvät jakautumalla 1. Avainsanat 2. Solut lisääntyvät jakautumalla 3. Dna eli deoksiribonukleiinihappo sisältää perimän
Lisätiedot782630S Pintakemia I, 3 op
782630S Pintakemia I, 3 op Ulla Lassi Puh. 0400-294090 Sposti: ulla.lassi@oulu.fi Tavattavissa: KE335 (ma ja ke ennen luentoja; Kokkolassa huone 444 ti, to ja pe) Prof. Ulla Lassi Opintojakson toteutus
LisätiedotPROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS
PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS 1.1 Endoplasmakalvosto Endoplasmakalvosto on organelli joka sijaitsee tumakalvossa kiinni. Se on topologisesti siis yhtä tumakotelon kanssa. Se koostuu kahdesta osasta:
LisätiedotAikaerotteinen spektroskopia valokemian tutkimuksessa
Aikaerotteinen spektroskopia valokemian tutkimuksessa TkT Marja Niemi Tampereen teknillinen yliopisto Kemian ja biotekniikan laitos 23.4.2012 Suomalainen Tiedeakatemia, Nuorten klubi DI 2002, TTKK Materiaalitekniikan
Lisätiedot2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta
2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta 2.1. Tuntemamme elämän rakenne-komponentit Tarvitaan: informatiiviset polymeerit: nukleiinihappojuosteet DNA ja RNA (nukleotidit): sisältävät hiiltä,
Lisätiedotmåndag 10 februari 14 Jaana Ohtonen Kielikoulu/Språkskolan Haparanda
GENETIIKKA: KROMOSOMI DNA & GEENI Yksilön ominaisuudet 2 Yksilön ominaisuudet Perintötekijät 2 Yksilön ominaisuudet Perintötekijät Ympäristötekijät 2 Perittyjä ominaisuuksia 3 Leukakuoppa Perittyjä ominaisuuksia
LisätiedotMa > GENERAL PRINCIPLES OF CELL SIGNALING
Ma 5.12. -> GENERAL PRINCIPLES OF CELL SIGNALING Cell-Surface Receptors Relay Extracellular Signals via Intracellular Signaling Pathways Some Intracellular Signaling Proteins Act as Molecular Switches
LisätiedotKEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 VESI
VESI KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 Johdantoa: Vesi on elämälle välttämätöntä. Se on hyvä liuotin, energian ja aineiden siirtäjä, lämmönsäätelijä ja se muodostaa vetysidoksia, jotka tekevät siitä poikkeuksellisen
LisätiedotNanoteknologian mahdollisuudet lääkesovelluksissa
Nanoteknologian mahdollisuudet lääkesovelluksissa Marjo Yliperttula 1,3 ja Arto Urtti 1,2 1 Farmaseuttisten biotieteiden osasto, Lääketutkimuksen keskus, Farmasian tiedekunta, Helsingin Yliopisto, Helsinki;
LisätiedotMassaspektrometria ja kliiniset proteiinibiomarkkerit
Massaspektrometria ja kliiniset proteiinibiomarkkerit 1 Leena Valmu FT, Dosentti, R&D Manager The world leader in serving science MS ja kliiniset proteiinibiomarkkerit Biomarkkereiden massaspektrometria
LisätiedotA - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen
30250 Biokemian ja farmakologian perusteet A - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen Asiasisältö Keskeisyys Taso 1 2 3 A B C 1 Ymmärtää
Lisätiedot2. Täydennä seuraavat reaktioyhtälöt ja nimeä reaktiotuotteet
/Tapio evalainen Loppukuulustelun..00 mallivastaukset. imi: vsk:. Piirrä karboksyylihapporyhmän ja aminoryhmän rakenteet ja piirrä näkyviin myös vapaat elektroniparit. soita mikä hybridisaatio karboksyyli-
LisätiedotMitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi
Mitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi Määritelmän etsimistä Lukemisto: Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 2010, issue 2., selaile kokonaan Perintteisesti: vaikeasti määriteltävä
LisätiedotPHYS-C0220 Termodynamiikka ja statistinen fysiikka Kevät 2016
PHYS-C0220 Termodynamiikka ja statistinen fysiikka Kevät 2016 Emppu Salonen Lasse Laurson Toni Mäkelä Arttu Lehtinen Luento 2: Kaasujen kineettistä teoriaa Pe 26.2.2016 1 AIHEET 1. Maxwellin-Boltzmannin
LisätiedotBiotieteiden perusteet farmasiassa, syksy 2017
Biotieteiden perusteet farmasiassa, syksy 2017 Maarit Kortesoja Farmaseuttisten biotieteiden osasto 23.8.2017 1 Opintojakson tavoitteet Opintojakson suoritettuaan opiskelija Osaa kuvata entsyymien rakenteen
LisätiedotPerinnöllisyyden perusteita
Perinnöllisyyden perusteita Perinnöllisyystieteen isä on augustinolaismunkki Gregor Johann Mendel (1822-1884). Mendel kasvatti herneitä Brnon (nykyisessä Tsekissä) luostarin pihalla. 1866 julkaisu tuloksista
LisätiedotVastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1 1) Tunnista molekyylit (1 piste) ja täytä seuraava taulukko (2 pistettä) a) b) c) d) a) Syklinen AMP (camp) (0.25) b) Beta-karoteeni (0.25 p) c) Sakkaroosi (0.25 p) d) -D-Glukopyranoosi (0.25 p) 2 Taulukko.
Lisätiedotsosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0;
Valintakoe 2012 / Biokemia Nimi sosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0; 1. Kuvassa on esitetty
LisätiedotChapter 3. The Molecular Dance. Luento Terminen liike Kineettinen kaasuteoria Boltzmann-jakauma Satunnaiskävely
Chapter 3. The Molecular Dance 1 Luento 15.1.016 Terminen liike Kineettinen kaasuteoria Boltzmann-jakauma Satunnaiskävely Chapter 3. The Molecular Dance Solut: Korkeasti järjestyneitä systeemeitä Terminen
LisätiedotTämän päivän ohjelma: ENY-C2001 Termodynamiikka ja lämmönsiirto TERVETULOA!
ENY-C2001 Termodynamiikka ja lämmönsiirto TERVETULOA! Luento 28.9.2015 / T. Paloposki / v. 01 Tämän päivän ohjelma: Tilanyhtälöt (kertaus) Termodynamiikan 1. pääsääntö (energian häviämättömyyden laki)
LisätiedotLaskennallisen fysiikan esimerkkejä avoimesta tutkimuksesta Esa Räsänen Fysiikan laitos, Tampereen teknillinen yliopisto
Laskennallisen fysiikan esimerkkejä avoimesta tutkimuksesta Esa Räsänen Fysiikan laitos, Tampereen teknillinen yliopisto Julian Voss, Quantum man, 2006 (City of Moses Lake, Washington, USA) Kolme näkökulmaa
LisätiedotTuma - nucleus. Tumahuokonen nuclear pore samanlaisia kasveilla ja eläimillä. Tuman rakenne. Solubiologian luennot 2003, kasvitiede
Tuma - nucleus Solubiologian luennot 2003, kasvitiede Tuman rakenne kaksoiskalvo, joiden välissä perinukleaarinen tila huokoset (nuclear pores) ulkokalvo yhteydessä ER:ään sisäkalvossa kiinni 10 nm filamentteja
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Seoksen komponentit voidaan erotella toisistaan kromatografisilla menetelmillä. Mihin kromatografiset menetelmät perustuvat? (2p) Menetelmät perustuvat seoksen osasten erilaiseen sitoutumiseen paikallaan
LisätiedotKaikenlaisia sidoksia yhdisteissä: ioni-, kovalenttiset ja metallisidokset Fysiikan ja kemian perusteet ja pedagogiikka
Kaikenlaisia sidoksia yhdisteissä: ioni-, kovalenttiset ja metallisidokset Fysiikan ja kemian perusteet ja pedagogiikka Kari Sormunen Kevät 2012 Kertausta IONIEN MUODOSTUMISESTA Jos atomi luovuttaa tai
LisätiedotDiplomi-insinöörien ja arkkitehtien yhteisvalinta - dia-valinta 2012 Insinöörivalinnan fysiikan koe 30.5.2012, malliratkaisut
A1 Kappale, jonka massa m = 2,1 kg, lähtee liikkeelle levosta paikasta x = 0,0 m pitkin vaakasuoraa alustaa. Kappaleeseen vaikuttaa vaakasuora vetävä voima F, jonka suuruus riippuu paikasta oheisen kuvan
LisätiedotLuento 8 6.3.2015. Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit
Luento 8 6.3.2015 1 Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit Entrooppiset voimat 3 2 0 0 S k N ln VE S, S f ( N, m) 2 Makroskooppisia voimia, jotka syntyvät pyrkimyksestä
LisätiedotKEMIA 25.3.2011 lyhennettyjä ratkaisuja. 1. a) Vesiliukoisia: B, C, D, F, G
KEMIA 25.3.2011 lyhennettyjä ratkaisuja 1. a) Vesiliukoisia: B,, D, F, G b) Ioniyhdisteitä: B,, F c) Happamia: d) Hiilitabletti on erittäin hienojakoista hiiltä (aktiivihiiltä). Suuren pinta alansa johdosta
LisätiedotKondensaatio ja hydrolyysi
Kondensaatio ja hydrolyysi REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Määritelmä, kondensaatioreaktio: Kondensaatioreaktiossa molekyylit liittyvät yhteen muodostaen uuden funktionaalisen ryhmän ja samalla molekyylien väliltä
LisätiedotNäiden aihekokonaisuuksien opetussuunnitelmat ovat luvussa 8.
9. 11. b Oppiaineen opetussuunnitelmaan on merkitty oppiaineen opiskelun yhteydessä toteutuva aihekokonaisuuksien ( = AK) käsittely seuraavin lyhentein: AK 1 = Ihmisenä kasvaminen AK 2 = Kulttuuri-identiteetti
LisätiedotPROTEIINIEN RAKENTAMINEN
PROTEIINIEN RAKENTAMINEN TAUSTAA Proteiinit ovat äärimmäisen tärkeitä kaikille elämänmuodoille. Kaikki solut tarvitsevat prote- iineja toimiakseen kunnolla. Osa proteiineista toimii entsyymeinä eli nopeuttaa
Lisätiedot12. Amiinit. Ammoniakki 1 amiini 2 amiini 3 amiini kvarternäärinen ammoniumioni
12. Amiinit Amiinit ovat ammoniakin alkyyli- tai aryylijohdannaisia. e voivat olla primäärisiä, sekundäärisiä tai tertiäärisiä ja lisäksi ne voivat muodostaa kvaternäärisiä ammoniumioneja. Ammoniakki 1
LisätiedotBECS-C2101 Biofysiikka
BECS-C2101 Biofysiikka 1 Luento 2 16.1.2015 Solujen sisustan koostumus Biomolekyylien vuorovaikutukset ja rakenne Veden ominaisuudet Chapter 2. What s Inside Cells 2 Biologinen kysymys: Miten solut toteuttavat
LisätiedotSolukalvon kerrokset. Solukalvo. Solukalvon kerrostuminen. Solukalvon tehtävät. Solunsisäiset kalvot. Dawson-Danielli-malli
Solukalvon kerrokset Solukalvo Elektronimikroskoopilla solukalvossa erottuu kolme kerrosta Jokaista solua ympäröi solukalvo eli plasmamembraani eli plasmalemma 2 nm 3,5 nm 2 nm elektronitiheä, osmiofiilinen
LisätiedotSolukalvon tehtävät. Solukalvo. Solunsisäiset kalvot. Solukalvon kerrokset. Dawson-Danielli-malli. Solukalvon kerrostuminen
Solukalvon tehtävät Solukalvo Jokaista solua ympäröi solukalvo eli plasmamembraani eli plasmalemma 1. rajaa solun yksilöksi 2. säätelee soluun tulevien ja sieltä poistuvien aineiden määrää 3. ylläpitää
LisätiedotOrgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet
Orgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet 1 2 KOVALENTTISET SIDOKSET ORGAANISISSA YHDISTEISSÄ 3 4 5 6 7 Orgaanisissa molekyyleissä hiiliatomit muodostavat aina neljä kovalenttista sidosta Hiiliketju
LisätiedotVESI JA VESILIUOKSET
VESI JA VESILIUOKSET KEMIAA KAIKKIALLA, KE1 Johdantoa: Vesi on elämälle välttämätöntä. Se on hyvä liuotin, energian ja aineiden siirtäjä, lämmönsäätelijä ja se muodostaa vetysidoksia, jotka tekevät siitä
LisätiedotSolubiologian ja biokemian perusteiden luennot. Elina Oksanen. Itä-Suomen yliopisto Biologian laitos. Campbell, Biology, 9th ed, luento 1-2
Solubiologian ja biokemian perusteiden luennot Elina ksanen Itä-Suomen yliopisto Biologian laitos ampbell, Biology, 9th ed, luento 1-2 Mitä biokemia on? p elämän ilmiöt kemiallisesta näkökulmasta n elävän
LisätiedotENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)
ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava
LisätiedotKemian Nobel Jaakko Akola
Kemian Nobel 2013 Jaakko Akola Materiaalit ja molekyläärinen mallinnus Fysiikan laitos Tampereen teknillinen yliopisto & Laskennallisen nanotieteen huippuyksikkö (COMP) Aalto yliopisto Sisällysluettelo
LisätiedotMARIA LEHTIVAARA LIPOPROTEIINIMALLIEN PINTAJÄNNITYKSEN MÄÄRITTÄ- MINEN MOLEKYYLIDYNAMIIKKASIMULAATIOISTA. Kandidaatintyö
MARIA LEHTIVAARA LIPOPROTEIINIMALLIEN PINTAJÄNNITYKSEN MÄÄRITTÄ- MINEN MOLEKYYLIDYNAMIIKKASIMULAATIOISTA Kandidaatintyö Tarkastaja: Heikki Huttunen Ohjaajat: Samuli Ollila, Ilpo Vattulainen 20.2.2010 I
LisätiedotDNA (deoksiribonukleiinihappo)
DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 päässä vapaana sokeri
LisätiedotGenomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma
Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja
LisätiedotELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITÄ ELÄMÄ ON? EI-ELÄVÄ LUONTO ELÄVÄ LUONTO PAUL DAVIES 26.3.
LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITEN ELÄMÄÄ VOIDAAN MÄÄRITELLÄ? MAA-ELÄMÄN RAKENNUSSARJAN SISÄLTÖ 1 ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN ASTROBIOLOGIA TARVITSEE JA EDELLYTTÄÄ KOSMOLOGISTA JA UNIVERSAALIA
LisätiedotKE1 - Kemiaa kaikkialla on pakollinen kurssi, joka on päästävä läpi lukion läpäisemiseksi
KE1 - Kemiaa kaikkialla on pakollinen kurssi, joka on päästävä läpi lukion läpäisemiseksi Kurssin tavoitteena on, että opiskelija saa kokemuksia kemiasta kehittää valmiuksia osallistua kemiaan liittyvään
LisätiedotVanilliini (karbonyyliyhdiste) Etikkahappo (karboksyyliyhdiste)
1 a) Määrittele karbonyyliyhdiste. Piirrä esimerkkirakennekaava ja nimeä se. Samoin määrittele karboksyyliyhdiste, piirrä esimerkkirakennekaava ja nimeä se. Toisen esimerkin tulee olla rakenteeltaan avoketjuinen,
LisätiedotCapacity Utilization
Capacity Utilization Tim Schöneberg 28th November Agenda Introduction Fixed and variable input ressources Technical capacity utilization Price based capacity utilization measure Long run and short run
LisätiedotProteiinit eli valkuaisaineet. Makromolekyylit. Valkuaisaineet 2
Proteiinit eli valkuaisaineet Makromolekyylit polypeptidejä (us. 10 - us. 100 ah.) primaarirakenne = aminohappojärjestys useita korkeamman asteen konformaatiotasoja natiivi konformaatio kuumennus kemikaalit
LisätiedotOn instrument costs in decentralized macroeconomic decision making (Helsingin Kauppakorkeakoulun julkaisuja ; D-31)
On instrument costs in decentralized macroeconomic decision making (Helsingin Kauppakorkeakoulun julkaisuja ; D-31) Juha Kahkonen Click here if your download doesn"t start automatically On instrument costs
LisätiedotNesteen sisäinen kitka ja diffuusio
Nesteen sisäinen kitka ja diffuusio 1 Luento.1.016 (oppikirjan luku 4) Nesteen sisäinen kitka Satunnaiskävelyilmiöitä Diffuusio Diffuusio kalvon läpi Diffuusiotensorikuvaus: Magneettiresonanssi (MR) Hermoratojen
Lisätiedotanna minun kertoa let me tell you
anna minun kertoa let me tell you anna minun kertoa I OSA 1. Anna minun kertoa sinulle mitä oli. Tiedän että osaan. Kykenen siihen. Teen nyt niin. Minulla on oikeus. Sanani voivat olla puutteellisia mutta
Lisätiedot1 of :12
1 of 11 2.8.2016 13:12 Oulun yliopisto Luonnontieteellinen koulutusala Fysiikan tutkinto-ohjelma 2016-2017 Fysiikka, luonnontieteiden kandidaatti, 180 op 2 of 11 2.8.2016 13:12 Pääaine (FM-opinnoissa):
LisätiedotSIMULINK S-funktiot. SIMULINK S-funktiot
S-funktio on ohjelmointikielellä (Matlab, C, Fortran) laadittu oma algoritmi tai dynaamisen järjestelmän kuvaus, jota voidaan käyttää Simulink-malleissa kuin mitä tahansa valmista lohkoa. S-funktion rakenne
LisätiedotLuento Pääteemat: Vetysidos Veden ominaisuudet Terminen liike Kineettinen kaasuteoria Boltzmann-jakauma Satunnaiskävely
Luento 0.1.017 1 Pääteemat: Vetysidos Veden ominaisuudet Terminen liike Kineettinen kaasuteoria Boltzmann-jakauma Satunnaiskävely Vetysidos Varattujen ja myös neutraalien molekyylien välillä Kaksi elektronegatiivista
LisätiedotKEMIA. Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista.
KEMIA Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista. Kemian työturvallisuudesta -Kemian tunneilla tutustutaan aineiden ominaisuuksiin Jotkin aineet syttyvät palamaan reagoidessaan
LisätiedotTämän päivän ohjelma: ENY-C2001 Termodynamiikka ja lämmönsiirto Luento 3 / Kommentti kotilaskuun 2 Termodynamiikan 1. pääsääntö 9/26/2016
ENY-C2001 Termodynamiikka ja lämmönsiirto Luento 3 / 26.9.2016 v. 03 / T. Paloposki Tämän päivän ohjelma: Kommentti kotilaskuun 2 Termodynamiikan 1. pääsääntö 1 Kotilasku 2 Kotilasku 2 2 Termodynamiikan
Lisätiedot5.2.2010 Labquality-päivät / Jaana Leiviskä 1
Apolipoproteiinit p p metabolisen häiriön ennustajina Jaana Leiviskä, THL Labquality-päivät 5.2.2010 5.2.2010 Labquality-päivät / Jaana Leiviskä 1 Energiatasapaino i Energian saanti = energian kulutus
LisätiedotBiomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa
Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa Pro gradu tutkielma Jyväskylän yliopisto Kemian laitos 13.11.2017 Laura Saarimäki i Tiivistelmä Tämän tutkielman
LisätiedotHelsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Molekyylibiotieteet/Bioteknologia Etunimet valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - hakukohde Sukunimi Molekyylibiotieteet/Bioteknologia Etunimet valintakoe 20.5.2013 Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. Osa I: Stereokemia a) Piirrä kaikki
LisätiedotFrancis Crick ja James D. Watson
Francis Crick ja James D. Watson Francis Crick ja James D. Watson selvittivät DNAn rakenteen 1953 (Nobel-palkinto 1962). Rosalind Franklin ei ehtinyt saada kunniaa DNA:n rakenteen selvittämisestä. Hän
LisätiedotDNA (deoksiribonukleiinihappo)
DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 -päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 -päässä vapaana sokeri
LisätiedotKovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia
Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia 16. helmikuuta 2014/S.. Mikä on kovalenttinen sidos? Kun atomit jakavat ulkoelektronejaan, syntyy kovalenttinen sidos. Kovalenttinen sidos on siis
LisätiedotPeptidisynteesi. SPPS:n Periaate
Tapio Nevalainen Lääkeainesynteesit II 2011 eptidisynteesi i eptidisynteesi Suoritetaan yleensä kiinteän faasin pinnalla; solid phase peptide synthesis (SS) Suuret peptidiainemäärät valmistetaan liuosfaasissa.
LisätiedotMetsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari
Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpuiden vaivat Metsäpuiden eloa ja terveyttä uhkaavat monet taudinaiheuttajat: Bioottiset taudinaiheuttajat
LisätiedotLäpimurto ms-taudin hoidossa?
Läpimurto ms-taudin hoidossa? Läpimurto ms-taudin hoidossa? Kansainvälisen tutkijaryhmän kliiniset kokeet uudella lääkkeellä antoivat lupaavia tuloksia sekä aaltoilevan- että ensisijaisesti etenevän ms-taudin
LisätiedotOn instrument costs in decentralized macroeconomic decision making (Helsingin Kauppakorkeakoulun julkaisuja ; D-31)
On instrument costs in decentralized macroeconomic decision making (Helsingin Kauppakorkeakoulun julkaisuja ; D-31) Juha Kahkonen Click here if your download doesn"t start automatically On instrument costs
LisätiedotElämän synty. Matti Leisola
Elämän synty Matti Leisola Selitettävää Universumin rakenne Biologinen elämä Maailmallemme on olemassa kaksi erilaista selitysmallia Kaikki on syntynyt sattumanvaraisten fysikaalisten ja kemiallisten tapahtumien
LisätiedotEfficiency change over time
Efficiency change over time Heikki Tikanmäki Optimointiopin seminaari 14.11.2007 Contents Introduction (11.1) Window analysis (11.2) Example, application, analysis Malmquist index (11.3) Dealing with panel
LisätiedotSytosoli eli solulima. Sytosoli. Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.)
Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.) Figure 12-1 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Sytosoli eli solulima Sytosoli määritellään operatiivisesti
Lisätiedot13. Biomolekyylit. 1. Hiilihydraatit
13. Biomolekyylit. 1. iilihydraatit 13.1. iilihydraattien rakenne ja konfigiraatiot iilihydraateilla tarkoitetaan polyhydroksiketoneja ja aldehydejä, joita nimitetään yleisesti sokereiksi. iilihydraatit
Lisätiedot2.1 Solun rakenne - Lisämateriaalit
2.1 Solun rakenne - Lisämateriaalit Tiivistelmä Esitumaisiset eli alkeistumalliset solut ovat pieniä (n.1-10µm), niissä on vähän soluelimiä, eikä tumaa (esim. arkeonit, bakteerit) Tumalliset eli aitotumalliset
LisätiedotGenomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia
Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) DNA RNA 7.12.2017 Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Osaamistavoitteet Lärandemål Luennon jälkeen ymmärrät pääperiaatteet
LisätiedotKE1 Ihmisen ja elinympäristön kemia
KE1 Ihmisen ja elinympäristön kemia Arvostelu: koe 60 %, tuntitestit (n. 3 kpl) 20 %, kokeelliset työt ja palautettavat tehtävät 20 %. Kurssikokeesta saatava kuitenkin vähintään 5. Uusintakokeessa testit,
LisätiedotTekijä lehtori Zofia Bazia-Hietikko
Tekijä lehtori Zofia Bazia-Hietikko Tarkoituksena on tuoda esiin, että kemia on osa arkipäiväämme, siksi opiskeltavat asiat kytketään tuttuihin käytännön tilanteisiin. Ympärillämme on erilaisia kemiallisia
LisätiedotRibosomit 1. Ribosomit 2. Ribosomit 3
Ribosomit 1 Palade & Siekevitz eristivät jaottelusentrifugaatiolla ns. mikrosomeja radioakt. aminohapot kertyivät mikrosomeihin, jotka peräisin rer:ää sisältävistä soluista proteiinisynteesi soluliman
LisätiedotOngelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan?
Ongelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan? 2012-2013 Lasse Lensu 2 Ihmisen, eläinten ja kasvien hyvinvoinnin kannalta nykyaikaiset mittaus-,
LisätiedotVASTAUS 1: Yhdistä oikein
KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen
Lisätiedot