Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit

Koko: px
Aloita esitys sivulta:

Download "Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit"

Transkriptio

1 Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit Vuento & Heino: Biokemian ja solubiologian perusteet, ss Alberts et al. Essential Cell Biology, 4. p, luku 4 Dos. Tuomas Haltia, HY, Biotieteiden laitos, biokemia ja biotekniikka

2 Luennoitsijan CV Luennoitsija: dos. Tuomas Haltia, biokemian yliopistonlehtori Biotieteiden laitoksella Hgin yliopistossa Työssä HY:n lääk. tdk:ssa tutkijana ja opettajana Tutkimusaiheita: kalvo- ja metalloproteiinit: sytokromioksidaasi, NO-reduktaasi, N 2 O-reduktaasi, sinkki-atpaasi (P-tyypin ATPaasi) Kuparin biokemia:kuparinpyydystysmolekyyli?

3 Ilokaasureduktaasin ja sen aktiivisen CuZ-keskuksen rakenne (Haltia et al., 2003) Katalysoi reaktiota: N 2 O + 2e - + 2H + N 2 + H 2 O Geenit koodaavat kemiaa!

4 Luennon sisältö ja tavoitteet Ymmärtää kuinka proteiinit (ja entsyymit) rakentuvat aminohapoista Peptidisidos Proteiinien rakennetasot Proteiinien laskostuminen

5 Proteiinin biologinen aktiivisuus liittyy tähän rakenteeseen! Aminohapot ja proteiinit Solujen kuiva-aineesta suurin osa on erilaisia proteiineja, solun toiminta perustuu paljolti proteiinien käyttöön Proteiinit muodostuvat 20 (22) aminohaposta Aminohappo: esim. Gly: H 2 N-CH 2 -COOH Pieni molekyyli, jolla paljon konformaatioita Proteiini, koostuu tyypillisesti > 100 aminohaposta; suuri molekyyli, joka laskostuu uniikiksi 3- ulotteiseksi rakenteeksi

6 Proteiinit muodostuvat aminohapoista YMPÄRISTÖ: VETTÄ! Kymotrypsiini (proteolyyttinen entsyymi) ja glysiini

7 AMINOHAPOT: Kiraalisia (paitsi Gly) eli a-hiilessä neljä erilaista ryhmää. Seuraus: myös proteiinit ovat kiraalisia ja kykenevät usein erottamaan vasen- ja oikeakätiset molekyylit toisistaan. Proteiineissa vain L- aminohappoja (syy epäselvä)

8 AMINOHAPOT:Aminoryhmä, karboksyyliryhmä, a-hiili ja sivuketju R (joita 20 erilaista) Proteiinilla on aminopää (N-terminus) ja karboksipää (C-terminus) Pääketju muodostuu N-C a -C carb yksiköistä R = sivuketju (20 erilaista)

9 Pääketju ja sivuketjut Proteiinin pääketju muodostuu, kun aminoryhmät ja karboksylaattiryhmät reagoivat muodostaen haarautumattoman polypeptidin a-hiileen kiinnittyneet amino- ja karboksylaattiryhmät kuluvat peptidisidoksen muodostamisreaktioon (jossa lohkeaa vettä) peptidisidoksen ominaisuudet tärkeitä proteiinin laskostumiselle Sivuketjujen (R) ominaisuudet ovat myös ratkaisevan tärkeitä proteiineissa

10 COOH ja NH 2 reagoivat, vettä lohkeaa Reaktio ei ole spontaani, vaan vaatii energiaa! PEPTIDISIDOS Peptidisidos on silti kineettisesti stabiili, proteiinimme eivät noin vain hajoa! Peptidisidos on varautumaton vaikkakin polaarinen (seuraava kuva) H-sidosten muodostusmahdollisuus

11 Aminohappojen luokittelu Vesihakuiset eli hydrofiiliset: polaarinen (poolinen) tai varattu sivuketju Vesipakoiset eli hydrofobiset: epäpolaarinen (pooliton, polaariton) sivuketju Tärkeää koska proteiinit laskostuvat vedessä!

12 Aminohapot, joilla ei-polaariset eli poolittomat sivuketjut -Hakeutuvat pois vedestä (proteiinien ydin); oikeammin: vesi työntää ne yhteen Glysivuketju on pieni!

13 Aminohapot, joilla aromaattiset sivuketjut Myös vesipakoisia A 280, tryptofaanifluoresenssi

14 Polaariset, varautumattomat Viihtyvät proteiinin pinnalla Cys: S-S sillat, kysteiinien kemiallinen modifiointi koeputkessa Pro rikkoo a-kierteen

15 Positiivisesti varautuneet Viihtyvät proteiinin pinnalla His-tag, histidiinisivuketjun pka = 6

16 Negatiivisesti varautuneet Viihtyvät proteiinin pinnalla

17 Sivuketjujen ominaisuudet proteiineissa Voivat poiketa selvästi vapaiden aminohappojen tai proteiinin pinnalla olevien sivuketjujen ominaisuuksista Polaarinen ympäristö (esim. vesi) suosii sivuketjujen varautuneita muotoja, esim. Asp- COO - ja Lys-NH + 3 Esim. proteiinin aktiivisessa keskuksessa hydrofobinen ympäristö voi muuttaa joidenkin aminohappojen happo-emäs ominaisuuksia (pk a - arvoja) merkittävästi katalyyttisten ryhmien erikoisominaisuudet

18 Mitä aminohapoista pitäisi osata? Mikä on a-aminohappo Kolmikirjainlyhenteet Onko sivuketju hapan/emäksinen/aromaattinen jne. Onko sivuketju hydrofobinen/hydrofiilinen Miten aminohappo muodostaa peptidisidoksen

19 COOH ja NH 2 reagoivat, vettä lohkeaa Reaktio ei ole spontaani, vaan vaatii energiaa! PEPTIDISIDOS Peptidisidos on silti kineettisesti stabiili, proteiinimme eivät noin vain hajoa! Peptidisidos on varautumaton vaikkakin polaarinen (seuraava kuva) H-sidosten muodostusmahdollisuus

20 PEPTIDISIDOS ON TASOMAINEN, koska sillä on 2-sidosluonnetta! 2-sidosluonteesta seuraa tasomaisuus, ts. karbonyyliryhmä C=O ja amidiryhmä NH ovat samassa tasossa. Polypeptidiketju ei voi kiertyä peptidisidoksen ympäri!

21 Peptidi- eli amidisidoksin liittyneet aminohapot muodostavat polypeptidin; proteiinin primäärirakenne on sen sekvenssi Kiertymiskulmat fii (N- C a ) ja psii (C a -C C=O ) Taso Taso Tietyt kiertymiskulmien arvot ovat parempia kuin toiset

22 Proteiinien muut rakennetasot Sekundäärirakenteet, esim. a-kierre, b-laskos Tertiäärirakenne, kullekin polypeptidiketjulle ominainen 3D-rakenne (jolla biologinen aktiivisuus) Kvaternäärirakenne, laskostuneiden (enemmän tai vähemmän) polypeptidiketjujen assosioituminen dimeereiksi, trimeereiksi, tetrameereiksi jne. (vain osalla proteiineista)

23 Primääri- ja sekundäärirakenteella ei ole biologista aktiivisutta. Aktiivisuus liittyy proteiinin tertiäärirakenteeseen eli polypeptidiketjun spesifiseen ja (fysiologisissa oloissa) stabiiliin 3-ulotteiseen rakenteeseen. Miten tämä rakenne syntyy? Koeputkessa sopivissa oloissa laskostumaton polypeptidi laskostuu biologisesti aktiiviseksi proteiiniksi. Informaatio 3D-rakenteesta on koodattuna ah-sekvenssiin (ja siis geenin emäsjärjestykseen).

24 Miksi sekundäärirakenne syntyy? Polypeptidin peräkkäiset peptidisidostasot rajoittavat merkittävästi mahdollisten konformaatioiden lukumäärää! Tietyt konformaatiot eli tietyt fiin ja psiin arvot ovat epäsuotuisia molekulaaristen kolarien takia Ramachandrankuvaaja!

25 Ramachandran: vain tietyt F:n ja y:n arvot ovat steerisesti sallittuja säännöllinen sekundäärirakenne kun peräkkäisillä aminohapoilla nämä kiertymäkulmien arvot

26 Proteiinien sekundäärirakenteet: a- kierre ja b-laskos Suotuisat fiin ja psiin arvot Ei steerisiä esteitä Hyvä vetysidosgeometria Tilaa sivuketjuille Muodostuvat sekvenssissä peräkkäin olevista (3-30 ah) aminohappotähteistä, joilla samanlaiset fiin ja psiin arvot Eivät vielä selitä tertiäärirakenteiden syntyä mutta ovat osa selitystä, koska sekundäärirakenteiden muodostus on osa tertiäärirakenteen syntyä

27 Peräkkäiset aminohapot muodostavat Oikeakätinen a-kierre Tietty geometria (3,6 ah/kierros; 5,4 Å nousu/kierros) Peptidisidoksen karbonyylihapet ja amidivedyt muodostavat hyviä vetysidoksia heliksiä koossapitävä voima! Sivuketjut osoittavat ulospäin; kierre voi olla esim. amfipaattinen (toinen puoli hydrofobinen ja toinen hydrofiilinen

28 a-kierteen päätykuva R = sivuketju Joka 3. tai 4. ah on aina samalla puolella Ei ole oikeasti tyhjä tila!

29 Muodostuu kahden vierekkäisen (saman- tai erisuuntaisen) polypeptidiketjun välille b-laskos Vetysidokset C=O --- HN Sivuketjut vuorotellen laskoksen ala- ja yläpuolella Pääketju on venyneemmässä konformaatiossa kuin a- kierteessä

30 Proteiinien tertiäärirakenne = Koko polypeptidiketjun 3-ulotteinen rakenne Proteiinien biologisen aktiivisuuden perusta Proteiinin tertiäärirakenne on koodattuna primäärirakenteeseen (mutta emme tiedä tarkasti miten!) Vesiliukoisten proteiinien ydin koostuu hydrofobisista aminohapoista Kuinka laskostumaton proteiini löytää oikean rakenteensa millisekunneissa? Sivuketjujen väliset vuorovaikutukset pääosassa

31

32 Proteiinien 3D rakenteita... (tertiäärirakenteita)

33 Esimerkkejä tertiäärirakenteista (Domeeni = rakenteellinen, itsenäisesti laskostuva kokonaisuus jolla on oma funktio) Kupredoksiinidomeeni b-propelleri -domeeni Trioosifosfaattiisomeraasin kiderakenne Ilokaasureduktaasin kiderakenne

34 Kvaternäärirakenne Useiden laskostuneiden proteiinimolekyylien assosioituminen esim. dimeereiksi tai tetrameereiksi, esim. hemoglobiini Assosioituvat proteiinit samanlaisia tai erilaisia

35 Hemoglobiini ((ab) 2 -tetrameeri) Hemoglobiinin allosteerinen hapen sitominen riippuu olennaisesti sen tetrameerisestä kvaternäärirakenteesta

36 Proteiinien rakennetta ylläpitävät voimat Primäärirakenne: kovalenttinen peptidisidos Sekundäärirakenne: vetysidos Tertiäärirakenne: van der Waalsin sidokset, vetysidokset, kovalenttiset sidokset jos proteiinissa disulfideja (-S-S- kahden Cys:n välillä); hydrofobiset interaktiot Kvaternäärirakenne: samat kuin tertiäärirakennetta koossa pitävät voimat

37 Proteiinirakennetta koossapitävät voimat

38 Hydrofobinen ilmiö: Vesi preferoi vesinaapuria ja pakottaa epäpolaariset molekyylit pois kontaktista veden kanssa Hydrofobisella ilmiöllä tärkeä merkitys proteiinien laskostumisessa!

39 Hierarkinen laskostuminen säilyttämällä osittain oikea rakenne 1-2. Sekundäärirakenteet (heliksit muodostuvat) Hydrofobinen ydin muodostuu 3. Molten Globule 4. Natiivi rakenne syntyy Konformaatioparvi (polypeptidin maksimientropia) Karkea laskostumisreitti on koodattuna sekvenssiin. Ihmisen suunnittelema proteiini ei tod. näk. laskostu. Veden maksimientropia Yksi konformaatio, jolla alin vapaa energia

40 Laskostumiseen vaikuttavat mutaatiot voivat olla vaarallisia Koska ne voivat johtaa muutoksiin laskostumisvälituotteiden määrissä Koska ne voivat johtaa huonosti käyttäytyviin laskostumisintermediaatteihin Laskostuva proteiini alkaa aggregoitua, aggregaattia ei pystytä hajoittamaan Toksiset aggregaatit, solujen kuolema

41 Normaalin prioniproteiinin muuttuminen taudin aiheuttavaksi (Esimerkki laskostumisvirheen aiheuttamasta taudista) a-heliksien muuttuminen b-laskokseksi aiheuttaa intermolekulaarisen aggregaatiotaipumuksen solukuolema!

42

43 Proteiinien rakenne: yhteenveto Primäärirakenne: geenin määräämä aminohapposekvenssi Sekundäärirakenteet a- heliksi ja b-laskos juontuvat peptidiketjun stereokemiasta ja vetysidospotentiaalista (+sivuketjujen ominaisuuksista) Tertiäärirakenne = proteiinin 3-D rakenne; hydrofobinen vuorovaikutus, vetysidokset, vdwaalsin voimat pitävät koossa Kvaternäärirakenne = oligomeerien muodostuminen

44 Fig Proteiinin laskostuminen solussa: kaperoni avustaa (estää aggregoitumisen), muttei määrää 3D-rakennetta Cap Polypeptide Correctly folded protein Hollow cylinder Chaperonin (fully assembled) Steps of Chaperonin Action: 1 An unfolded polypeptide enters the cylinder from one end. 2 The cap attaches, causing the 3 cylinder to change shape in such a way that it creates a hydrophilic environment for the folding of the polypeptide. The cap comes off, and the properly folded protein is released.

45

46

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava

Lisätiedot

Biomolekyylit 2. Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit

Biomolekyylit 2. Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit Biomolekyylit 2 Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit Nukleotidit Ihmisen perimä, eli DNA (deoksiribonukleiinihappo) muodostuu pitkästä nukleotidiketjusta. Lisäksi nukleotidit toimivat mm. proteiinisynteesissä

Lisätiedot

ELEC-C2210 Molekyyli- ja solubiologia

ELEC-C2210 Molekyyli- ja solubiologia ELEC-C2210 Molekyyli- ja solubiologia Entsyymikatalyysi Vuento & Heino ss. 66-75 ECB: Luku 3, s. 90-93 & luku 4, s. 144- Dos. Tuomas Haltia, Biotieteiden laitos, biokemia ja biotekniikka Miten entsyymit

Lisätiedot

HEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET

HEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET HEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET Tunnin sisältö 2. Heikot vuorovaikutukset Millaisia erilaisia? Missä esiintyvät? Biologinen/lääketieteellinen merkitys Heikot sidokset Dipoli-dipolisidos

Lisätiedot

PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS

PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS 1.1 Endoplasmakalvosto Endoplasmakalvosto on organelli joka sijaitsee tumakalvossa kiinni. Se on topologisesti siis yhtä tumakotelon kanssa. Se koostuu kahdesta osasta:

Lisätiedot

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1 1) Tunnista molekyylit (1 piste) ja täytä seuraava taulukko (2 pistettä) a) b) c) d) a) Syklinen AMP (camp) (0.25) b) Beta-karoteeni (0.25 p) c) Sakkaroosi (0.25 p) d) -D-Glukopyranoosi (0.25 p) 2 Taulukko.

Lisätiedot

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 10. Valkuaisaineiden valmistaminen solussa 1. Avainsanat 2. Perinnöllinen tieto on dna:n emäsjärjestyksessä 3. Proteiinit koostuvat

Lisätiedot

DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen

DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen S-114.500 Solubiosysteemien perusteet Harjoitustyö Syksy 2003 DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen Ilpo Tertsonen, 58152p Jaakko Niemi, 55114s Sisällysluettelo 1. Alkusanat... 3 2. Johdanto... 4

Lisätiedot

S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö. Proteiinirakenteen mallintaminen. Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E

S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö. Proteiinirakenteen mallintaminen. Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö Proteiinirakenteen mallintaminen Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E Sisällysluettelo Johdanto... 3 Luonnontieteellinen perusta... 3

Lisätiedot

Laskuharjoitus 2 vastauksia ja selityksiä

Laskuharjoitus 2 vastauksia ja selityksiä Laskuharjoitus vastauksia ja selityksiä Selitykset ovat usein jonkin verran laajempia kuin vastaukseen edellytetyt, jotta asia selviäisi niillekin, jotka eivät sitä aluksi olleet keksineet. Tehtävä : Proteiinien

Lisätiedot

Biomolekyylit ja biomeerit

Biomolekyylit ja biomeerit Biomolekyylit ja biomeerit Polymeerit ovat hyvin suurikokoisia, pitkäketjuisia molekyylejä, jotka muodostuvat monomeereista joko polyadditio- tai polykondensaatioreaktiolla. Polymeerit Synteettiset polymeerit

Lisätiedot

Biopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä.

Biopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä. Biopolymeerit Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä. Tärkeimpiä biopolymeerejä ovat hiilihydraatit, proteiinit ja nukleiinihapot. 1 Hiilihydraatit Hiilihydraatit jaetaan mono

Lisätiedot

KEMIA HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET

KEMIA HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET BILÄÄKETIETEEN enkilötunnus: - KULUTUSJELMA Sukunimi: 20.5.2015 Etunimet: Nimikirjoitus: KEMIA Kuulustelu klo 9.00-13.00 YVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET Tehtävämonisteen tehtäviin vastataan erilliselle vastausmonisteelle.

Lisätiedot

Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu. Solun kemia. Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu. Vesi 1

Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu. Solun kemia. Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu. Vesi 1 Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu Solun kemia paino-% Vesi 75-90 proteiinit 10-20 Lipidit 2 Hiilihydraatit 1 RNA/DNA 0,7/0,4 Epäorg. 1,5 Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu Vesi 1 paino-%

Lisätiedot

Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi.

Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi. Oulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 20.5.2016 Nimi: Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi. Osa 1 Aineistotehtävä. Vastaa vain varattuun

Lisätiedot

Kondensaatio ja hydrolyysi

Kondensaatio ja hydrolyysi Kondensaatio ja hydrolyysi REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Määritelmä, kondensaatioreaktio: Kondensaatioreaktiossa molekyylit liittyvät yhteen muodostaen uuden funktionaalisen ryhmän ja samalla molekyylien väliltä

Lisätiedot

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä

Lisätiedot

Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30

Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30 Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen

Lisätiedot

Solun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne

Solun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne 1. Avainsanat 2. Solut koostuvat molekyyleistä 3. Hiilihydraatit 4. Lipidit eli rasva-aineet 5. Valkuaisaineet eli proteiinit rakentuvat

Lisätiedot

Biokemian perusteet 26.9.2012: Hemoglobiini, Entsyymikatalyysi

Biokemian perusteet 26.9.2012: Hemoglobiini, Entsyymikatalyysi Biokemian perusteet 26.9.2012: Hemoglobiini, Entsyymikatalyysi Dos. Tuomas Haltia Sirppisoluanemia, Hb-mutaatio Glu-6 Val Hemoglobiini allosteerinen hapen kuljettajaproteiini (ei ole entsyymi!) Allosteerinen

Lisätiedot

A - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen

A - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen 30250 Biokemian ja farmakologian perusteet A - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen Asiasisältö Keskeisyys Taso 1 2 3 A B C 1 Ymmärtää

Lisätiedot

2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta

2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta 2. Elämän kemiallinen koostumus, rakenne ja toiminta 2.1. Tuntemamme elämän rakenne-komponentit Tarvitaan: informatiiviset polymeerit: nukleiinihappojuosteet DNA ja RNA (nukleotidit): sisältävät hiiltä,

Lisätiedot

Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet

Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet Pro gradu -tutkielma Fysiikan suuntautumisvaihtoehto Pentapeptidirakenteiden yleisimmät yhtäläisyydet Ilja Honkonen Huhtikuu 2008 Ohjaaja: prof. Arto Annila Tarkastajat: prof. Arto Annila prof. Ritva Serimaa

Lisätiedot

Tuma - nucleus. Tumahuokonen nuclear pore samanlaisia kasveilla ja eläimillä. Tuman rakenne. Solubiologian luennot 2003, kasvitiede

Tuma - nucleus. Tumahuokonen nuclear pore samanlaisia kasveilla ja eläimillä. Tuman rakenne. Solubiologian luennot 2003, kasvitiede Tuma - nucleus Solubiologian luennot 2003, kasvitiede Tuman rakenne kaksoiskalvo, joiden välissä perinukleaarinen tila huokoset (nuclear pores) ulkokalvo yhteydessä ER:ään sisäkalvossa kiinni 10 nm filamentteja

Lisätiedot

PROTEIINIEN RAKENTAMINEN

PROTEIINIEN RAKENTAMINEN PROTEIINIEN RAKENTAMINEN TAUSTAA Proteiinit ovat äärimmäisen tärkeitä kaikille elämänmuodoille. Kaikki solut tarvitsevat prote- iineja toimiakseen kunnolla. Osa proteiineista toimii entsyymeinä eli nopeuttaa

Lisätiedot

6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi

6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi 6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi GENEETTINEN INFORMAATIO Geeneihin pakattu informaatio ohjaa solun toimintaa ja siirtyy

Lisätiedot

HEIKOT SIDOKSET. Heikot sidokset ovat rakenneosasten välisiä sidoksia.

HEIKOT SIDOKSET. Heikot sidokset ovat rakenneosasten välisiä sidoksia. HEIKOT SIDOKSET KEMIAN MIKRO- MAAILMA, KE2 Palautetaan mieleen (on tärkeää ymmärtää ero sisäisten ja ulkoisten voimien välillä): Vahvat sidokset ovat rakenneosasten sisäisiä sidoksia. Heikot sidokset ovat

Lisätiedot

Proteiinien opiskelua molekyyligastronomian kontekstissa kohti korkeamman tason ajattelutaitoja ja mahdollisimman kuohkeita marenkeja

Proteiinien opiskelua molekyyligastronomian kontekstissa kohti korkeamman tason ajattelutaitoja ja mahdollisimman kuohkeita marenkeja LUMAT 1(2), 2013 Proteiinien opiskelua molekyyligastronomian kontekstissa kohti korkeamman tason ajattelutaitoja ja mahdollisimman kuohkeita marenkeja Anna-Sofia Vilhunen Kemian opettajankoulutusyksikkö,

Lisätiedot

VASTAUS 1: Yhdistä oikein

VASTAUS 1: Yhdistä oikein KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen

Lisätiedot

Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I

Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I Luentorunko Jarmo Niemi 2003-2007 1 Biomolekyylit ja aineenvaihdunta I Luennot 6 op. (3 ov) 2003-2007 Jarmo Niemi (jarmo.niemi@utu.fi) Biokemian ja elintarvikekemian

Lisätiedot

Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa

Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa Biomolekyylit kemian opetuksessa sekä lukion kemian, biologian ja terveystiedon oppikirjoissa Pro gradu tutkielma Jyväskylän yliopisto Kemian laitos 13.11.2017 Laura Saarimäki i Tiivistelmä Tämän tutkielman

Lisätiedot

Esim. ihminen koostuu 3,72 x solusta

Esim. ihminen koostuu 3,72 x solusta Esim. ihminen koostuu 3,72 x 10 13 solusta Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita

Lisätiedot

sosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0;

sosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0; Valintakoe 2012 / Biokemia Nimi sosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0; 1. Kuvassa on esitetty

Lisätiedot

ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITÄ ELÄMÄ ON? EI-ELÄVÄ LUONTO ELÄVÄ LUONTO PAUL DAVIES 26.3.

ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITÄ ELÄMÄ ON? EI-ELÄVÄ LUONTO ELÄVÄ LUONTO PAUL DAVIES 26.3. LUENTO 1 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITEN ELÄMÄÄ VOIDAAN MÄÄRITELLÄ? MAA-ELÄMÄN RAKENNUSSARJAN SISÄLTÖ 1 ELÄMÄN MÄÄRITTELEMINEN ASTROBIOLOGIA TARVITSEE JA EDELLYTTÄÄ KOSMOLOGISTA JA UNIVERSAALIA

Lisätiedot

Erilaisia soluja. Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja. Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta. Veren punasoluja

Erilaisia soluja. Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja. Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta. Veren punasoluja Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita ihmisen puhasoluissa Hermosolu Valomikroskooppi

Lisätiedot

13. Biomolekyylit. 1. Hiilihydraatit

13. Biomolekyylit. 1. Hiilihydraatit 13. Biomolekyylit. 1. iilihydraatit 13.1. iilihydraattien rakenne ja konfigiraatiot iilihydraateilla tarkoitetaan polyhydroksiketoneja ja aldehydejä, joita nimitetään yleisesti sokereiksi. iilihydraatit

Lisätiedot

Proteiinien muuntuminen energiaksi ihmiselimistössä

Proteiinien muuntuminen energiaksi ihmiselimistössä Proteiinien muuntuminen energiaksi ihmiselimistössä Helsingin yliopisto Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Kemian laitos Kemian opettajankoulutusyksikkö Kandidaatintutkielma Tekijä: Klaus Sippel

Lisätiedot

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 13.12.12 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, luonto käyttää 20 erilaista

Lisätiedot

KEMIA. Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista.

KEMIA. Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista. KEMIA Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista. Kemian työturvallisuudesta -Kemian tunneilla tutustutaan aineiden ominaisuuksiin Jotkin aineet syttyvät palamaan reagoidessaan

Lisätiedot

Kemiallinen reaktio

Kemiallinen reaktio Kemiallinen reaktio REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Johdantoa: Syömme elääksemme, emme elä syödäksemme! sanonta on totta. Kun elimistömme hyödyntää ravintoaineita metaboliassa eli aineenvaihduntareaktioissa,

Lisätiedot

Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013

Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013 Johdatus biofysiikkaan 15.1.2013 Introduction to biophysics 15.1.2013 2nd lecture: Biophysics of biomolecules, by Marja Hyvönen please preferably contact me by email marja.hyvonen@oulu.fi p. 0294 481119

Lisätiedot

MUUTOKSET ELEKTRONI- RAKENTEESSA

MUUTOKSET ELEKTRONI- RAKENTEESSA MUUTOKSET ELEKTRONI- RAKENTEESSA KEMIAA KAIK- KIALLA, KE1 Ulkoelektronit ja oktettisääntö Alkuaineen korkeimmalla energiatasolla olevia elektroneja sanotaan ulkoelektroneiksi eli valenssielektroneiksi.

Lisätiedot

KE2 Kemian mikromaailma

KE2 Kemian mikromaailma KE2 Kemian mikromaailma 30. maaliskuuta 2017/S.H. Vastaa viiteen tehtävään. Käytä tarvittaessa apuna taulukkokirjaa. Kopioi vastauspaperisi ensimmäisen sivun ylälaitaan seuraava taulukko. Kokeen pisteet

Lisätiedot

REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 KERTAUSTA

REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 KERTAUSTA KERTAUSTA REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Aineiden ominaisuudet voidaan selittää niiden rakenteen avulla. Aineen rakenteen ja ominaisuuksien väliset riippuvuudet selittyvät kemiallisten sidosten avulla. Vahvat

Lisätiedot

Selluloosan rakenne ja ominaisuudet

Selluloosan rakenne ja ominaisuudet TEHTÄVÄ 1 - Pohjatiedot Selluloosan rakenne ja ominaisuudet 1. Millainen on selluloosan rakenne? 2. Missä selluloosa esiintyy soluseinässä? 3. Mikä on selluloosan tehtävä soluseinässä? Puu-19.210 Puun

Lisätiedot

KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 VESI

KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 VESI VESI KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 Johdantoa: Vesi on elämälle välttämätöntä. Se on hyvä liuotin, energian ja aineiden siirtäjä, lämmönsäätelijä ja se muodostaa vetysidoksia, jotka tekevät siitä poikkeuksellisen

Lisätiedot

Kemia s10 Ratkaisut. b) Kloorin hapetusluvun muutos: +VII I, Hapen hapetusluvun muutos: II 0. c) n(liclo 4 ) = =

Kemia s10 Ratkaisut. b) Kloorin hapetusluvun muutos: +VII I, Hapen hapetusluvun muutos: II 0. c) n(liclo 4 ) = = 1. 2. a) Yhdisteen molekyylikaava on C 6 H 10 : A ja E b) Yhdisteessä on viisi CH 2 yksikköä : D ja F c) Yhdisteet ovat tyydyttyneitä ja syklisiä : D ja F d) Yhdisteet ovat keskenään isomeereja: A ja E

Lisätiedot

Nimi sosiaaliturvatunnus

Nimi sosiaaliturvatunnus Valintakoe 2013 / Biokemia Nimi sosiaaliturvatunnus 1. Selitä: (3,0 p) a) Mitä ovat eksonit ja intronit ja miten ne eroavat toisistaan? b) Mitä eläinsolulle tapahtuu, jos se laitetaan sen sisällä olevaa

Lisätiedot

REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Vahvat&heikot protolyytit (vesiliuoksissa) ja protolyysireaktiot

REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Vahvat&heikot protolyytit (vesiliuoksissa) ja protolyysireaktiot REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Vahvat&heikot protolyytit (vesiliuoksissa) ja protolyysireaktiot Kertausta: Alun perin hapot luokiteltiin aineiksi, jotka maistuvat happamilta. Toisaalta karvaalta maistuvat

Lisätiedot

Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista

Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista TKK Solubiosysteemien perusteet syksy 2002 Harkkatyö M.Tarvainen Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista 1. Yleistä proteiineista 2. Röntgensädekristallografia 3. Ydinmagneettinen resonanssimenetelmä

Lisätiedot

Orgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet

Orgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet Orgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet 1 2 KOVALENTTISET SIDOKSET ORGAANISISSA YHDISTEISSÄ 3 4 5 6 7 Orgaanisissa molekyyleissä hiiliatomit muodostavat aina neljä kovalenttista sidosta Hiiliketju

Lisätiedot

Kertausta 1.kurssista. KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 Atomin rakenne ja jaksollinen järjestelmä. Hiilen isotoopit

Kertausta 1.kurssista. KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 Atomin rakenne ja jaksollinen järjestelmä. Hiilen isotoopit KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 Atomin rakenne ja jaksollinen järjestelmä Kertausta 1.kurssista Hiilen isotoopit 1 Isotoopeilla oli ytimessä sama määrä protoneja, mutta eri määrä neutroneja. Ne käyttäytyvät kemiallisissa

Lisätiedot

Biologia. Pakolliset kurssit. 1. Eliömaailma (BI1)

Biologia. Pakolliset kurssit. 1. Eliömaailma (BI1) Biologia Pakolliset kurssit 1. Eliömaailma (BI1) tuntee elämän tunnusmerkit ja perusedellytykset sekä tietää, miten elämän ilmiöitä tutkitaan ymmärtää, mitä luonnon monimuotoisuus biosysteemien eri tasoilla

Lisätiedot

Laskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 2003 mennessä. Entsyymillä on seuraavanlainen reaktiomekanismi (katso oheista kuvaa):

Laskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 2003 mennessä. Entsyymillä on seuraavanlainen reaktiomekanismi (katso oheista kuvaa): Laskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 2003 mennessä Tehtävä 1: Entsyymikinetiikkaa Entsyymillä on seuraavanlainen reaktiomekanismi (katso oheista kuvaa): 1. A:n sitoutuminen saa konformaatiossa aikaan muutoksen,

Lisätiedot

Ionisidos ja ionihila:

Ionisidos ja ionihila: YHDISTEET KEMIAA KAIK- KIALLA, KE1 Ionisidos ja ionihila: Ionisidos syntyy kun metalli (pienempi elek.neg.) luovuttaa ulkoelektronin tai elektroneja epämetallille (elektronegatiivisempi). Ionisidos on

Lisätiedot

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi

Lisätiedot

Proteiinien rakenteellisten motiivien selvittäminen

Proteiinien rakenteellisten motiivien selvittäminen Proteiinien rakenteellisten motiivien selvittäminen Pia Laine Pia.Laine@iki.fi Tiedon louhinta biomolekyyliaineistosta Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos Raportti C-2003-52, s.51-61,

Lisätiedot

Täs on protskuu! Projektimainen työ proteiineista

Täs on protskuu! Projektimainen työ proteiineista Täs on protskuu! Projektimainen työ proteiineista 14.4.2008 Helsingin yliopisto Kemian laitos Kemian aineenopettajankoulutus Kokeellisuus kemian opetuksessa II Riikka Ahvenniemi Minna-Liisa Rantaniemi

Lisätiedot

Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia

Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia 16. helmikuuta 2014/S.. Mikä on kovalenttinen sidos? Kun atomit jakavat ulkoelektronejaan, syntyy kovalenttinen sidos. Kovalenttinen sidos on siis

Lisätiedot

Perinnöllinen informaatio ja geneettinen koodi.

Perinnöllinen informaatio ja geneettinen koodi. Tehtävä A1 Kirjoita essee aiheesta: Perinnöllinen informaatio ja geneettinen koodi. Vastaa esseemuotoisesti, älä käytä ranskalaisia viivoja. Piirroksia voi käyttää. Vastauksessa luetaan ansioksi selkeä

Lisätiedot

Sytosoli eli solulima. Sytosoli. Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.)

Sytosoli eli solulima. Sytosoli. Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.) Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.) Figure 12-1 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Sytosoli eli solulima Sytosoli määritellään operatiivisesti

Lisätiedot

Solun Kalvot. Kalvot muodostuvat spontaanisti. Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä

Solun Kalvot. Kalvot muodostuvat spontaanisti. Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä Solun Kalvot (ja Mallikalvot) Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä Biokemian ja Farmakologian erusteet 2012 Kalvot muodostuvat spontaanisti Veden rakenne => ydrofobinen vuorovaikutus

Lisätiedot

EPIONEN Kemia 2015. EPIONEN Kemia 2015

EPIONEN Kemia 2015. EPIONEN Kemia 2015 EPIONEN Kemia 2015 1 Epione Valmennus 2014. Ensimmäinen painos www.epione.fi ISBN 978-952-5723-40-3 Painopaikka: Kopijyvä Oy, Kuopio Tämän teoksen painamiseen käytetty paperi on saanut Pohjoismaisen ympäristömerkin.

Lisätiedot

Bioteknologia tutkinto-ohjelma valintakoe Tehtävä 1 Pisteet / 30

Bioteknologia tutkinto-ohjelma valintakoe Tehtävä 1 Pisteet / 30 Tampereen yliopisto BioMediTech Bioteknologia tutkinto-ohjelma valintakoe 30.5.2016 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 30 1. a) Alla oleva DNA-jakso on proteiinin N-terminaalista päätä

Lisätiedot

Antibody-Drug conjugates: Basic consepts, examples and future perspectives

Antibody-Drug conjugates: Basic consepts, examples and future perspectives Antibody-Drug conjugates: Basic consepts, examples and future perspectives Giulio Casi and Dario Neri Journal of Controlled Release 161:422-428, 2012 Esityksen sisältö Vasta-ainekonjugaatin (antibody-drug

Lisätiedot

Biomolekyylit I. Luentorunko

Biomolekyylit I. Luentorunko Biomolekyylit I Luentorunko Jarmo Niemi 2003-2008 1 Biomolekyylit I Luennot 4 op. 2003-2008 Jarmo Niemi (jarmo.niemi@utu.fi) Biokemian ja elintarvikekemian laitos, Arcanum puh. 333 6877, 040 0789362 http://users.utu.fi/~jarnie/biomolekyylit1.doc

Lisätiedot

BIOMOLEKYYLIEN VISUALISOINTI KEMIAN OPETUKSESSA

BIOMOLEKYYLIEN VISUALISOINTI KEMIAN OPETUKSESSA BIOMOLEKYYLIEN VISUALISOINTI KEMIAN OPETUKSESSA Hanna Uusikartano Pro gradu -tutkielma 18.9.2006 Kemian opettajan suuntautumisvaihtoehto Kemian laitos Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Helsingin

Lisätiedot

Oksidatiivinen fosforylaatio = ATP:n tuotto NADH:lta ja FADH2:lta hapelle tapahtuvan elektroninsiirron ja ATP-syntaasin avulla

Oksidatiivinen fosforylaatio = ATP:n tuotto NADH:lta ja FADH2:lta hapelle tapahtuvan elektroninsiirron ja ATP-syntaasin avulla Soluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Soluhengitys = Mitokondrioissa tapahtuva (ATP:tä tuottava) prosessi, jossa happi toimii pelkistyneiden ravintomolekyylien elektronien vastaanottajana

Lisätiedot

Luennon 5 oppimistavoitteet. Soluseinän biosynteesi. Puu-19.210 Puun rakenne ja kemia. Solun organelleja. Elävä kasvisolu

Luennon 5 oppimistavoitteet. Soluseinän biosynteesi. Puu-19.210 Puun rakenne ja kemia. Solun organelleja. Elävä kasvisolu Luennon 5 oppimistavoitteet Soluseinän biosynteesi Puu-19.210 Puun rakenne ja kemia saat listata puuaineksen muodostumisen vaiheet. Ymmärrät, kuinka soluseinän tapahtuu. saat lyhyesti kuvata soluseinän

Lisätiedot

CHEM-A1200 Kemiallinen rakenne ja sitoutuminen

CHEM-A1200 Kemiallinen rakenne ja sitoutuminen CHEM-A1200 Kemiallinen rakenne ja sitoutuminen Hapot, Emäkset ja pk a Opettava tutkija Pekka M Joensuu Jokaisella hapolla on: Arvo, joka kertoo meille kuinka hapan kyseinen protoni on. Helpottaa valitsemaan

Lisätiedot

Lääketiede, välikokeen vastausanalyysi

Lääketiede, välikokeen vastausanalyysi Tehtävä 1. (8,5 p) Tay sachsin sairaus (infantile amarotic idiocy) on ihmisellä resessiivinen perinnöllinen sairaus, joka johtaa kuolemaan varhaisessa lapsuudessa. Brachydactylia (lyhyet, kaksiniveliset

Lisätiedot

Johdatus biofysiikkaan 30.10.2014

Johdatus biofysiikkaan 30.10.2014 Johdatus biofysiikkaan 30.10.2014 2. luento: Marja Hyvönen Yhteydenotot: marja.hyvonen@oulu.fi p. 0294 481119 huone 253-1 (porras J3 Fysiikan kadulta 2.kerrokseen) Kaikki elävät olennot koostuvat soluista,

Lisätiedot

Peptidisynteesi. SPPS:n Periaate

Peptidisynteesi. SPPS:n Periaate Tapio Nevalainen Lääkeainesynteesit II 2011 eptidisynteesi i eptidisynteesi Suoritetaan yleensä kiinteän faasin pinnalla; solid phase peptide synthesis (SS) Suuret peptidiainemäärät valmistetaan liuosfaasissa.

Lisätiedot

Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumisongelmaan

Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumisongelmaan Laskennallisia näkökulmia proteiinien laskostumisongelmaan Leo Lahti - 49791N leo.lahti@hut.fi 1. Johdanto 2. Ongelman esittely 3. Menetelmiä ja haasteita 3.1 Optimointialgoritmit 3.2 Oppivat menetelmät

Lisätiedot

Määritelmä, metallisidos, metallihila:

Määritelmä, metallisidos, metallihila: ALKUAINEET KEMIAA KAIK- KIALLA, KE1 Metalleilla on tyypillisesti 1-3 valenssielektronia. Yksittäisten metalliatomien sitoutuessa toisiinsa jokaisen atomin valenssielektronit tulevat yhteiseen käyttöön

Lisätiedot

Yleistietoa Aloe Verasta ja ACTIValoesta

Yleistietoa Aloe Verasta ja ACTIValoesta Yleistietoa Aloe Verasta ja ACTIValoesta 2. Yleistietoa Aloe Verasta MITÄ ALOE VERA SISÄLTÄÄ Mono- ja polysakkaridit (useita) Antrakinonit (ainakin 13 erilaista) Ligniinit Saponiinit Salisyylihappo Entsyymit

Lisätiedot

Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi.

Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi. Oulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 20.5.2016 Nimi: Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi. Osa 1 Aineistotehtävä. Vastaa vain varattuun

Lisätiedot

Molekyylien interaktiot

Molekyylien interaktiot Teknillinen korkeakoulu Sähkö- ja tietoliikennetekniikan osasto Laskennallisen tekniikan laboratorio S-114.500 Solubiosysteemien perusteet Molekyylien interaktiot 27.10.2004 Johanna Hokkanen Anna-Maria

Lisätiedot

Kaikenlaisia sidoksia yhdisteissä: ioni-, kovalenttiset ja metallisidokset Fysiikan ja kemian perusteet ja pedagogiikka

Kaikenlaisia sidoksia yhdisteissä: ioni-, kovalenttiset ja metallisidokset Fysiikan ja kemian perusteet ja pedagogiikka Kaikenlaisia sidoksia yhdisteissä: ioni-, kovalenttiset ja metallisidokset Fysiikan ja kemian perusteet ja pedagogiikka Kari Sormunen Kevät 2012 Kertausta IONIEN MUODOSTUMISESTA Jos atomi luovuttaa tai

Lisätiedot

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1. a) Seoksen komponentit voidaan erotella toisistaan kromatografisilla menetelmillä. Mihin kromatografiset menetelmät perustuvat? (2p) Menetelmät perustuvat seoksen osasten erilaiseen sitoutumiseen paikallaan

Lisätiedot

KE1 KERTAUSTA SIDOKSISTA VASTAUKSET 2013. a) K ja Cl IONISIDOS, KOSKA KALIUM ON METALLI JA KLOORI EPÄMETALLI.

KE1 KERTAUSTA SIDOKSISTA VASTAUKSET 2013. a) K ja Cl IONISIDOS, KOSKA KALIUM ON METALLI JA KLOORI EPÄMETALLI. KE1 KERTAUSTA SIDOKSISTA VASTAUKSET 2013 Atomien väliset VAVAT sidokset: Molekyylien väliset EIKOT sidokset: 1. IOISIDOS 1. DISPERSIOVOIMAT 2. KOVALETTIE SIDOS 2. DIPOLI-DIPOLISIDOS 3. METALLISIDOS 3.

Lisätiedot

Käsitteitä. Hormones and the Endocrine System Hormonit ja sisäeritejärjestelmä. Sisäeriterauhanen

Käsitteitä. Hormones and the Endocrine System Hormonit ja sisäeritejärjestelmä. Sisäeriterauhanen Käsitteitä Hormones and the Endocrine System Hormonit ja sisäeritejärjestelmä 1/2 Umpirauhanen vs. sisäeriterauhanen Endokrinologia Parakriininen Autokriininen Neurotransmitteri Reseptori Sisäeriterauhanen

Lisätiedot

Orgaanista kemiaa. Yhdistetyypit ja nimeäminen

Orgaanista kemiaa. Yhdistetyypit ja nimeäminen Orgaanista kemiaa Yhdistetyypit ja nimeäminen Molekyylikaava Termejä: molekyylikaava, bruttokaava, empiirinen kaava, suhdekaava Molekyylikaavan kirjoittaminen ensin hiilet, sitten vedyt näiden jälkeen

Lisätiedot

DNA:n informaation kulku, koostumus

DNA:n informaation kulku, koostumus DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa

Lisätiedot

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1. Valitse listasta kunkin yhdisteen yleiskielessä käytettävä ei-systemaattinen nimi. (pisteet yht. 5p) a) C-vitamiini b) glukoosi c) etikkahappo d) salisyylihappo e) beta-karoteeni a. b. c. d. e. ksylitoli

Lisätiedot

Ribosomit 1. Ribosomit 2. Ribosomit 3

Ribosomit 1. Ribosomit 2. Ribosomit 3 Ribosomit 1 Palade & Siekevitz eristivät jaottelusentrifugaatiolla ns. mikrosomeja radioakt. aminohapot kertyivät mikrosomeihin, jotka peräisin rer:ää sisältävistä soluista proteiinisynteesi soluliman

Lisätiedot

PRO GRADU TUTKIELMA. Tiivistelmä

PRO GRADU TUTKIELMA. Tiivistelmä STEROIDIHORMONIEN MOLEKULAARINEN TUNNISTUS PROTEIINEILLA Pro gradu -tutkielma Tapio Kotipelto Lääketieteellisen teknologian instituutti Tampereen yliopisto Helmikuu 2010 Alkusanat Tämä pro gradu tutkielma

Lisätiedot

Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20

Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien

Lisätiedot

Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia

Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia 21.1.2014 Epigeneettinen säätely Epigenetic: may be used for anything to do with development, but nowadays

Lisätiedot

Soluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Tuomas Haltia Elämälle (solulle) välttämättömiä asioita ovat:

Soluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Tuomas Haltia Elämälle (solulle) välttämättömiä asioita ovat: Soluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Tuomas Haltia 3.12.2012 Soluhengitys = Mitokondrioissa tapahtuva (ATP:tä tuottava) prosessi, jossa happi toimii pelkistyneiden ravintomolekyylien

Lisätiedot

BI4 IHMISEN BIOLOGIA

BI4 IHMISEN BIOLOGIA BI4 IHMISEN BIOLOGIA IHMINEN ON TOIMIVA KOKONAISUUS Ihmisessä on noin 60 000 miljardia solua Solujen perusrakenne on samanlainen, mutta ne ovat erilaistuneet hoitamaan omia tehtäviään Solujen on oltava

Lisätiedot

NON-CODING RNA (ncrna)

NON-CODING RNA (ncrna) NON-CODING RNA (ncrna) 1. Yleistä NcRNA eli non-coding RNA tarkoittaa kaikkia proteiinia koodaamattomia rnamolekyylejä. Näistä yleisimmin tunnetut ovat ribosomaalinen RNA (rrna) sekä siirtäjä-rna (trna),

Lisätiedot

-1- Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin voi vastata suomeksi, ruotsiksi tai englanniksi.

-1- Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin voi vastata suomeksi, ruotsiksi tai englanniksi. Oulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 21.5.2014 Nimi: Henkilötunnus: Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin voi vastata suomeksi, ruotsiksi tai englanniksi.

Lisätiedot

Peptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit

Peptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24.5.2006 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä

Lisätiedot

Avaruus- eli stereoisomeria

Avaruus- eli stereoisomeria Avaruus- eli stereoisomeria KEMIAN MIKRO- MAAILMA, KE2 Kolme alalajia: 1) cis-trans-isomeria, 2) optinen isomeria ja 3) konformaatioisomeria, Puhtaiden stereoisomeerien valmistaminen ja erottaminen toisistaan

Lisätiedot

Genomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA

Genomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Genomin ylläpito 5.12.2017 TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Luennon sisältö Tuman kromosomien rakenne ja pakkautuminen Pakkautumisen säätely: histonien modifikaatiot DNA:n kahdentuminen

Lisätiedot

Luonnontieteilijät työnhakijoina

Luonnontieteilijät työnhakijoina Luonnontieteilijät työnhakijoina TEM-info 25.11.2015 Suvi Liikkanen Luonnontieteiden Akateemisten Liitto LAL ry. Webinaarin sisältö Taustaa luonnontieteilijöistä ja Luonnontieteiden Akateemisten Liiton

Lisätiedot

Heikot sidokset voimakkuusjärjestyksessä: -Sidos poolinen, kun el.neg.ero on 0,5-1,7. -Poolisuus merkitään osittaisvarauksilla

Heikot sidokset voimakkuusjärjestyksessä: -Sidos poolinen, kun el.neg.ero on 0,5-1,7. -Poolisuus merkitään osittaisvarauksilla Heikot sidokset voimakkuusjärjestyksessä: 1. Ioni-dipoli sidokset 2. Vetysidokset 3. 4. Dipoli-dipoli sidokset Dispersiovoimat -Sidos poolinen, kun el.neg.ero on 0,5-1,7 -Poolisuus merkitään osittaisvarauksilla

Lisätiedot

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia DNA 3.3.2015 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne

Lisätiedot

Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia

Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) DNA RNA 7.12.2017 Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Osaamistavoitteet Lärandemål Luennon jälkeen ymmärrät pääperiaatteet

Lisätiedot