Molekyylien interaktiot

Koko: px
Aloita esitys sivulta:

Download "Molekyylien interaktiot"

Transkriptio

1 Teknillinen korkeakoulu Sähkö- ja tietoliikennetekniikan osasto Laskennallisen tekniikan laboratorio S Solubiosysteemien perusteet Molekyylien interaktiot Johanna Hokkanen Anna-Maria Lahesmaa

2 1 Johdanto Proteiinirakenne on erittäin kiintoisa tutkimuskohde. Proteiinin aminohappojärjestyksen selvitys on nykyään yksinkertaista, kun tiedetään proteiinin koodaavan geenin ja mikä kodoni vastaa mitä aminohappoa. Vaikeampi tehtävä on selvittää miten proteiini laskostuu oikein. Proteiinit interaktoivat valtavasti solun sisällä ja nämä interaktiot ovat myös usein vaikeasti selvitettävissä. Näihin interaktiohin olennaisesti vaikuttaa proteiinin kolmiuloitteinen rakenne. Proteiinin primäärirakenne koostuu aminohapposekvenssistä jotka ovat luonteeltaan erillaisia, esimerkiksi polaarisia tai poolittomia. Sekundäärirakenne perustuu primäärirakenteesta johtuvista ominaisuuksista. Nämä sekundäärirakenteet ovat a-heliksi ja b-laskos. Nämä sekundäärirakenteet saavat uusia kohtia aminohappoketjussä lähelle toisiaan ja uusia interaktioita muodostuu. Tämä on proteiinin tertiäärirakenne. Kvarternäärirakenteessa on kyse tilanteesta, jos yksittäiseen aminohappoketjuun lisätään osia, esimerkiksi toinen proteiini tai jokin muu molekyyli. Proteiinin kolmiuloitteinen rakenne määrittelee sen, minkälaisiin interaktioihin se voi osallistua. Molekyylien välisiä interaktioita voidaan simuloida tietokoneella. Koska interaktiot ovat lähtöisin kolmiuloitteisesta rakenteesta, simuloinnissa käytetään yleisesti proteiinin kolmiuloitteista rakennetta lähtökohtana. Se, miten proteiini laskostuu on erittäin tärkeä osa interaktioiden muodostamisessa. Simulointiohjelmat yleisesti käyttävät proteiinin hydrofobisia interaktioita, vetysidoksia ja kompleksin kokonaisenergiaa simuloinnissa. Tässä työssä selvitetään kymmenen ohjelman toimintaperiaatteita ja minkälaisia algoritmeja ja tekniikoita eri ohjelmat käyttävät simuloidessa proteiinien välisiä interaktioita.

3 2 AutoDock AutoDock on graafinen molekyylien interaktio-ohjelma, joka muodostaa käyttäjälle interaktiosta 3D-rakenteisen kuvan. AutoDock soveltuu muun muassa röntgenkristallografiaan, rakenteeseen perustuva lääkemuotoiluun, ohjauksen ennustamiseen, todelliseen seulontaan, proteiiini-proteiini interaktioon ja kemikaalisten mekanismien tutkimuksiin. AutoDock koostuu kolmesta eri ohjelmasta: AutoDock suorittaa ligandien interaktion yhteen kuuluvien verkkojen kohde proteiinien kuvaamalla tavalla. AutoGrid tekee ennakkolaskelmia näille verkoille ja AutoTors asettaa ne jännitteet, mitkä työstävät näitä pyöritettäviä verkkoja. Lisäksi atomien samankaltaiset verkot voidaan visualisoida, mikä auttaa esimerkiksi opastamaan synteettisten kemiallisten sidoslankojen suunnittelussa. Pakettiin kuuluu myös AutoDockTools (ADT), mikä auttaa interaktion asentamisessa ja analysoimisessa, sekä Automated Packager, mikä sisältää ohjeet kaikkien ADT tiedostojen siirtämisestä käyttäjän omalle koneelle. ADT:n avulla pystyy muun muassa liikuttamaan molekyyliä 3D-tasossa pyörittämällä ja siirtämällä niitä ylä-ala suunnassa, lisäämään vetymolekyylejä, antamaan valinnaisia atomien latauksia ligandille ja makromolekyyleille, sekä yhdistämään ei-polaarisia vetyioneja ja niiden latauksia niiden päähiiliatomiinsa. AutoDock:lla on paljon suosituksia. Ohjelma on käytössä nyt lähes 2200 akateemisella tutkijalla, valtion- ja ei-kaupallisen alan instituutilla. Lisäksi AutoDock:sta on tehty vuoteen tammikuuhun 2003 mennessä 450 kirjallista julkaisua sen käyttämistä metodeista.

4 AutoDock on ilmainen akateemisille ja koulutus instituuteille ei-kaupalliseen käyttöön. C ja C++ koodit on varustettu kaikissa ohjelmissa Unix makefileilla helpottamaan suoritettavan tiedoston laatimista. Ohjelma toimii seuraavissa käyttöympäristöissä; Darwin, IRIX64, Linux, Mac OS X, Solaris, Windows/Cygwin ja Linux Compute Cluster. Ohjelman kotisivulta löytyy tarkat ohjeet ohjelman asennukseen ja käyttöön. Ohjelman hankkiminen vaatii lisenssihakemuksen allekirjoittamista, sen faksaamista ja sähköpostittamista ja ftp-ohjeet lähetetään käyttäjälle sähköpostitse. Tämä kestää noin viisi arkipäivää. AutoDock 3.0 version avulla interaktio voidaan suorittaa minuutissa ja kiinteää interaktiota voidaan suorittaa päivän aikana yhdellä prosessorilla. Ohjelma sisältää vapaan energian piirrotusfunktion, joka perustuu lineaariseen regressioanalyysiin, AMBER FORCE FIELD, ja suureen joukkoon monipuolisesti yhteen kuuluvien proteiini ligandi komplekseista tiedetyn inhibition pysyvyyden mukaan. 3 Schrödingerin Glide, Liaison ja QSite Ohjelmissa on graafinen Maestro-käyttöliittymiä ja ohjelmat piirtävät käyttäjälle interaktiosta 3D-rakenteisen kuvan. Nämä ohjelmat vaativat lisenssin kirjoittamisen ja faksaamisen ennen kuin ohjelman saa käyttöönsä. 3.1 Glide Glide on keskittynyt lääkekeksintöjen kehittämiseen. Tärkeimpiä tekijöitä ovat nopeus, ligandien sidostapojen tunnistaminen sekä sidosten yhteenkuuluvuuden ennustaminen. Glide:n piirrotus perustuu verkkopohjaiseen energian minimointiin, Monte Carlo

5 näytteenottoon sekä GlideScore-ohjelmaan. GlideScore on muunnettu versio paremmin tunnetusta CheScore-ohjelmasta. Se on testattu yli 200 kompleksilla, joiden kokeelliset sidosreaktiot ovat saatavilla. Glide on myös suunniteltu yhtäaikaiseen täsmälliseen näytteenottoon ja piirrotukseen. Gliden tehokkuus perustuu hierarkkisiin suodattimiin, jotka nopeasti ohjautuvat mahdollisiin ligandi paikkoihin ja taipumukseen helposti käsiteltävien numeroiden yksityiskohtaiseen tarkasteluun. Nämä filtterit sisältävät uuden karkean piirrotus funktion, joka tunnistaa hydrofopiset ja polaariset yhteydet reseptori ja hylkäys interaktion perusteella. Enemmän täsmällisiä piirrotusprosesseja voidaan suorittaa myöhemmissä interaktiovaiheissa laskennan kokonaisnopeutta liikuttamatta. Glide toimii Unix:ssa ja Linuks:ssa. Glide:ssä on graafinen kaäyttöliittymä ja sen käyttö on siitä syystä helpompaa. Yksi paneeli suorittaa prosesseissa tarvittavia parametreja. Tulosten analysointi on yksinkertaistettu. Glid antaa käyttäjälle myös mahdollisuuden tutkia vetysidoksia ja yhteyksiä ligandin ja reseptorin välillä. Glide tulokset voi jatko käsitellä Schrödingerin vapaan energian estimointi ohjelmalla, Liaison. 3.2 Liaison Liaison on suunniteltu ensisijaisesti lääkesuunnitteluun. Liaison on nopeampi kuin Glide. Liaison ohjelma käyttää jatkuvaa solvaatiota exblisiittisen solvaation sijaan sekä lineaarista vuorovaikutusaproksimaatio (LIA) menetelmää. Vain kaksi simulaatiota täytyy suorittaa Liaisonin sitoutumistapahtuman kuvaamisessa; vapaa ligandi vesipohjaisessa ympäristössä ja ligandin sitoutuminen reseptoriin, siksi menetelmä on laskennallisesti todella nopea. Täydentävä laskenta-aika simulaatiossa on lisätty sallimalla energian minimoinnin käyttö Molecular Dynamics:n ja Monte Carlo näytteenoton sijaan. Simulaatiotuloksista lasketaan parametrien avulla yhteenkuuluvien sidosten paikat ja tästä

6 ohjelma antaa piirrotusfunktion sitoutumisenergialle. Empiirinen parametrisointi korjaa mallien systemaattiset virheet, mikä sallii Liaisonin käytön rajatuissa alueissa erilaisilla kemiallisilla rakenteilla. Liaison energiat on laskettu käyttäen OPLS-AA voima kenttää. Solvaatio efektit on otettu huomioon täsmällisessä S-GB jatkuvassa mallissa, mikä tuottaa laskennallisia kuormituksia lyhyemmän piirrotuksen ajan. Käyttämällä jatkuvaa menetelmää myös varmistetaan nopeampi simulaation konvergenssi. Automatisoidut prosessit Liaisonissa mahdollistavat ligandien sarjojen tutkimisen samalle reseptorille ilman käyttäjän väliintuloa, kuten yhtä hyvin myös sidosenergioiden seurannan helpon analysoinnin. Liaisonissa on helppo asettaa läpi yksittäinen paneeli graafisessa Maestro käyttöliittymässä. Se käsittelee ligandeja, jotka ovat kemiallisesti erilaisia. S-GB jatkuva solvaatio varmistaa täsmälliset tulokset ja nopean konvergenssin. 3.3 QSite QSite on yhdistetty moodi QM/MM ohjelmasta täsmälliselle proteiini-ligandin vuorovaikutuksien energian laskemiselle aktiivisessa paikassa. Ohjelma on erityisesti suunniteltu proteiineille. QSite käyttää Jaguar ohjelman (myös Schrödingerin ohjelma ja hankittava erikseen) tehoa ja nopeutta suorittaakseen huomattavan mekaanisen osan laskennoista ja OPLS-AA:ta suorittaakseen molekyylien mekaanisen osan laskennasta. QSite ei toimi ilman Jaguarohjelmaa.Yhdistetyssä moodi laskennassa vain kriittinen kulma on käsitelty kvantti mekaanisesti. Moodi mahdollistaa myös minkä tahansa ligandin tutkimisen ilman huolta parametrisaatiosta. Koska ligandit on käsitelty kvanttimekaanisesti, voidaan myös tutkia uusia ulokkeita

7 luotettavasti. Lisäksi voidaan verrata suhteellisia energioita kahden erilaisen rakenteen telakoituessa reseptorin paikkaan täsmällisesti. Pystytään myös tarkistamaan lääkkeen kahden erilaisen sidosmoodin suhteellisen voimakentän energiat QSite:ssa Shrödingerin ab initio ohjelmisto Jaguar suorittaa kvanttimekaaniset laskennat sisältäen molekyyli mekaniikan ympäristön yhteydet. Jaguar on tunnettu nopeudestaan, tehokkuudestaan ja täsmällisyydestään. Tyypillisesti tietty ligandi tai mikä tahansa proteiinin aktiivisen puolen avain jäännös on kuvattu kvanttimekaniikalla, kun samanaikaisesti suurempi joukko proteiineja on kuvattu molekyylimekaniikalla. QSite on erityisesti suunniteltu proteiinin aktiivisen puolen mallintamiseen. QSite tarjoaa mahdollisuuden kvanttimekaniikan laskennan eri tasoilla; HF (high frequency), DFT (discrete Fourier transformation) ja LMP2. Molekyylimekaniin laskennat on suoritettu käyttämällä Jorgensenin OPLS-AA:n voima kenttää. QM vyöhyke jäädytetään MM optimoinnin ajaksi, joten molekyylin mekaaninen vyöhyke optimoidaan adiabaattisesti reaktion jokaiseen geometriseen askeleeseen QM vyöhykkeellä, näin turvataan koko systeemin nopea minimointi. 4 Hint Hint on molekyylimallinnus ohjelma, jonka tarkoitus on visualisoida hydrofoobisia ja hydrofiilisia interaktioita biologisten molekyylien välillä. Tätä ohjelmaa voidaan käyttää etsiessä uudenlaisia lääkkeitä ja proteiinin tai nukleotidin rakenteen analyysissä. Hint käyttää jo hyvin kehiteltyjä lääketiettelisen kemian ja QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship) periaatteita sekä LogP -arvoa ja hydrofoobisuutta hyväksi. Ohjelma muodostaa vapaaenergioihin perustuvan interaktiomallin. Vapaaenergiat perustuu kokeellisesti havaittuihin tuloksiin, jotka on saatu neste-erotuksista. Erotuskerroin (LogP)

8 on termodynaaminen parametri, joka sisältää tiedon kaikista interaktioista biologisessa ympäristössä, jotka eivät ole kovalenttisia. Tämä johtuu siitä, että tätä arvoa ei ole muokattu ja se on puolueeton kokeellinen arvo. Ohjelma laskee kolmiuloitteiset hydpaattiset kentät, joita käytetään myöhemmissä osissa ohjelmassa. Näitä kenttätietoja voidaan käyttää, kun halutaan analysoida biologisten makromolekyylien rakennetta. Mahdollisia tutkittavia interaktioita ovat miten substraatti tai muu pieni molekyyli sitoutuu proteiiniin tai nukleotidiin, proteiinien osien interaktioita ja proteiinin laskostumista. Tällä ohjelmalla on mahdollista myös verrata miten interaktio muuttuu erilaisissa ympäristöissä, esimerkiksi ph-muutoksen jälkeen. 5 Ligplot Ligplot on ohjelma, joka tuotaa kaksiuloitteisia kuvia, jotka esittää kahden molekyylin välisiä interaktioita. Interaktiot on visualisoitu eri väreillä ja ne esittävät vetysidoksia ja hydrofoobisia interaktioita. Ohjelma on tehty Unix käyttöliittymälle, mutta uusi versio on tulossa Windows käyttöliittymälle. Ohjelmalle annetaan kolmiuloitteinen tieto proteiinista. Ohjelma ensin kiertää kolmiuloitteisen rakenteen auki, sen kiertyvien sidosten ympäri. Tuloksena on kaksiuloitteinen kuva, missä sidokset on kuitenkin lähes täysin oikeilla paikoillaan ja interaktiokohdat pysyvät samanlaisina. Ohjelmassa on useampi ohjelma toimimassa yhdessä. HBPLUS laskee kaikki interaktiossa olevat vetysidokset. HBADD muutta PDB-tiedoston muotoon, mistä HBPLUS voi käyttää tietoja. Tämä tapahtuu käyttämällä tiedostokirjastoa. Jos tätä ohjelmaa ei käytetä, muutto pitää tehdä manuaalisesti. Lopulta NACCESS laskee liuoksen mahdollisuuden päästä proteiinin eri kohtiin. Erillinen DIMPLOT ohjelma laskee interaktioita kahden

9 proteiinin välillä, joko proteiinidimerin välillä tai kahden proteiinin eri domainien välillä. Ligplot ohjelmalle syötetään proteiinin PDB-tiedosto ja kohta, mihin interaktiomolekyyli voi sijoittua. Ohjelman tulostukset on joko mustavalkoisia tai värillisiä kuvia. Tulostusta voi muokata omien halujen mukaan. 6 FADE ja PADRE FADE ja PADRE ohjelmat ovat San Diegon yliopiston laskentakeskuksen (Supercomputer Center at UCSD) tekemiä ohjelmia. FADE on lyhenne nimestä Fast Atomic Density Evaluator ja PADRE on lyhennen nimestä Pairwise Atomic Density Reverse Engineering. Ohjelmaa toimii sekä Unix että Macintosh käyttöliittymillä. Näillä kahdella ohjelmalla voi nopeasti havainnollistaa uria, lohkeamia ja ulokkeita proteiinin pinnalla. Tästä näkee helposti, mitkä kohdat ovat luultavasti jonkinlaisissa yhteyksissä muihin molekyyleihin. Tällä ohjelmalla voi myös suoraan laskea kuinka hyvin joku toinen proteiini sitoutuisi johonkin kohtaan tarkastelussa olevaa proteiinia. FADE toimii siten, että se laskee molekyylin pinnalla olevia atomitiheyksiä. Proteiinin kohdat, missä on suuri tiheys yleensä viittaa kohtiin, missä on ura tai lohkeama. Näitä atomitiheyksiä vertaamalla ja laskemalla yhteen, voidaan laskea miten kaksi vertailtavaa proteiinia voisi liittyä yhteen. FADE käyttää laskennassa FFT (Fast Fourier Transforms) -muunnoksia ja automaattisesti laskee optimaaliset ruudukon koot joita käyttää FFT-muunnoksien kanssa. Tämä ohjelma on kuitenkin niin helppokäyttöinen, että jopa kolmevuotias voisi sitä käyttää. Ohjelmalla on kattava ohjekirja, joka on ladattavissa internetistä.

10 PADRE laskee tiheyksiä tietyillä etukäteen määrätyillä pinnoilla. Ohjelman tehtävä on saada esille proteiinin topografisia ominaisuuksia. PADRE muodostaa pisteelle analyyttisen muotoarvon, joka määrittelee sen kohdan kolmiuloitteisessa tilassa. Nämä tiheyslaskelmat auttavat löytää proteiinista kohtia, mihin toinen molekyyli voi sitoutua ja muita yksilöllisiä piirteitä. PADRE käyttää Lennard-Jones potentiaaleja, joiden avulla se arvioi tiheysarvoja tietyissä pisteissä. Tämä ohjelma voi myös lukea MSMS ohjelman tuottamia pintatietoja. Tämän ohjelman ohjekirja löytyy myös internetistä. 7 Shape Shape on ohjelma, joka kehitettiin San Diegon Yliopistoston laskentakeskuksessa (Supercomputer Center at UCSD). Ohjelmalla voidaan analysoida proteiinirakennetta ja molekyylin pintakemiaa. Ohjelma on kirjoitettu C kielellä. Ohjelmassa on kaksi varsinaista ohjelmaa, jotka toimivat yhdessä, jotta voidaan analysoida proteiinin pinnan rakennetta ja kemiaa. Yksi ohjelmista on nimeltään Surfractal. Tämä osa laskee osittaisatomitiheyksiä tietyissä kohdissa halutusta tiedostosta. Nämä kohdat saadaan laskelmista, missä ohjelma laskee atomien keskipisteistä johtuvia atomitiheyksiä. Toinen ohjelma on MaxAccess. Tämän ohjelman tehtävänä on laskea suurin mahdollinen pallotilavuus proteiinin pinnalla. Tämä tarkoittaa siis sitä, että kuinka suuria molekyylejä mahtuu proteiinin lähelle. Tämä pallotilavuus lasketaan kaikissa pisteissä annetusta tiedostosta. Syöttötiedosto on ASCII tiedostoista. Tähän kuuluu kaksi tiedostoa. Toinen tiedosto sisältää koordinaatit proteiinin eri atomien keskipisteistä. Toinen tiedosto sisältää

11 koordinaatit proteiinin pinnasta. Yhteensä, tässä tiedostossa on siis tietoa proteiinin jokaisen atomin halkaisijasta, koordinaatista sekä pintatietoja. Shape ohjelman saa käyttöön täyttämällä lisenssin. Ohjelmalla on tekstipohjainen käyttöliittymä, mutta tulokset saadaan kuvamuotoon, missä näkee proteiinin kolmiuloitteisen rakenteen sekä mahdollisia sitoutumiskohtia. 8 DOCK DOCK käyttää geometrista sopivuus algoritmia heijastamaan ligandi sidostaskun negatiiviseen kuvaan. Algoritmi kykenee löytämään matalimman energian sidosmoduulin, sisältäen voimakenttään perustuvan piirrotuksen. DOCK on kirjoitettu C++ kielellä ja on käytännöllisesti erotettu itsenäisiin komponentteihin. DOCK ennustaa muun muasssa pienien molekyyli-proteiini kokonaisuuksien sitoutumismoodeja. Ohjelma etsii ligandin tietokannoista yhdistelmiä, jotka haittaavat entsyymiaktiivisuutta, sitovat tiettyjä proteiineja tai sitovat nukleiinihappokohteita. DOCK tutkii myös proteiini-proteiini ja proteiini-dna kokonaisuuksien mahdollisia sitoutumisorientaatioita. Se auttaa ohjaamaan synteettisiä vaikutuksia tutkimalla pieniä molekyylejä, jotka ovat laskennallisesti derivoituja. DOCK toimii seuraavissa käyttöliittymissä; Linux, Unix, Windows, Sun, IBM AIX ja Macintosh OSX. DOCK on maksuton akateemisille instituuteille ja lisenssi on saatavilla myös teollisuuden laitoksille. Ohjelman saa käyttöön täyttämällä lisenssin ja faksaamalla sen DOCK:n ylläpidolle. Lisäksi tulee lähettää sähköpostitse tilaajan akateeminen osoite. DOCK ohjelmalla on tekstipohjainen käyttöliittymä ja ohjelma sisältää paljon parametrejä, jotka on saatavilla käyttäjälle DOCK:n kotisivuilta.kotisivuilta löytyvät

12 myös ohjeet parametrien käyttöä varten ja parametrien arvot. 9 DOT (Daughter of Turnip) DOT ei ole niin visuaalinen kuin AutoDock. DOT perustuu Turnip ohjelmaan, jonka on kehittänyt Victoria Roberts Scripps Research Instituutista. DOT käyttää geometrisen sopivuuden informaatiota sekä Poisson-Boltzmann sähköstaatista potentiaalia. DOT:n ensisijainen määränpää on löytää suhteellisen nopeasti lyhyt luettelo ehdokasmolekyylien paikasta. DOT tekee perustan yhdestä kiinteästä molekyylistä ja ottaa luettelon kierteistä, jonka avulla se muodostaa seuraavan liikkuvan molekyylin. Joka kierteelle kierteisyys operaatio laskee suhteellisuuden potentiaalisen kentän ja kiinteän molekyylin välille, sekä liikkuvan molekyylin kierretyn latauksen jakautumisen. Lopputuloksesta DOT laskee sähköstaattisen vuorovaikutuksen energiat sekä van der Waals vuorovaikutukset. Jokainen kiemura arvioi energiaa yli koko avaruudellisen verkon tälle kiinteälle kierteelle. DOT muodostaa listan suhteellisen myönteisistä paikoista kahden molekyylin välille. Korkeammalle viedyt tulokset voidaan suorittaa muilla ohjelmilla, jotka esittävät energian minimoinnin molekyylien dynamiikan tai vapaan energian simuloinnin tai visuaalisen tarkastelemisen kautta. DOT toimii hitaasti sillä se suorittaa monia laskutoimituksia samanaikaisesti ja se käy läpi kaikki vaihtoehtoiset kierre- ja käännöspaikat. Jos käytetään useampaa työasemaa, voidaan laskentaa nopeuttaa. Tämä tarkka laskeminen hyödyttää kuitenkin siitä syystä, että algoritmien valinta on todella tehokasta. Kun annetaan yksi kierre, ohjelma laskee energiat kaikille translaatiomahdollisuuksille samalla kertaa. Kaikki DOT:n aritmetiikat soveltuvat hyvin nykyisille mikroprosessoreille, mutta ne vaativat paljon prosessoritilaa.

13 DOT toimii seuraavissa tekstipohjaisissa käyttöliittymissä: DIGITAL MPI, Sun MPI, CRAY MPI, IBM MPI. Käytettäessä DOT:ia on ensin määritettävä paljon esitietoja, joiden laskemiseen on olemassa monia ohjelmia. DOT:n kotisivuilta löytyy maininta näistä ohjelmista, jotka tulee kuitenkin tilata ja asentaa erikseen kyseisten valmistajien kotisivuilta. DOT:n käytön aloittaminen on monivaiheista. Käyttäjän tulee ensin asentaa monia tiedostoja koneeseensa, jotka sisältävät esitiedot ja määritykset tarvittaviin laskutoimituksiin. Lisäksi käyttäjän tulee etsiä kaikki ohjelmat näiden esimääritelmien laskemista varten ja asentaa ne omalle koneelle ja suorittaa määritelmät näillä ohjelmilla. Kaikkiin vaiheisiin löytyy kuitenkin DOT:n kotisivuilta ohjeet. DOT on tekstipohjainen ohjelma ja se suorittaa erilaisia laskutoimituksia ja tehtäviä käskyjä antamalla. Myös kaikki käskyt, niiden käyttötarkoitus ja parametrit löytyvät DOT:n kotisivuilta. DOT:n kotisivuilta ei kuitenkaan löydy suosituksia/viitteitä tälle ohjelmalla. DOT vaatii rekisteröitymisen, jotta ohjelman pääsee lataamaan kotisivulta. Tähän järjestelmään vaadittava salasana lähetetään käyttäjälle sähköpostitse. 10 Johtopäätökset Tässä työssä on käsitelty kymmenen eri ohjelmaa ja niiden toimintaa. Suurin osa ohjelmista vaati useamman ohjelman käyttöä, jotta saataisiin varsinainen simulointi toimimaan. Ohjelmien käyttöön opastettiin eri tavoilla. Joillain ohjelmilla oli kattavat oppaat, mutta joistain ohjelmista kerrottiin käyttäjälle hyvin vähän jos ei ollut itse ohjelmaa. Suurin osa ohjelmista oli ilmainen akateemisia tarkoituksia varten, mutta ohjelman saaminen ja käyttö vaati lisenssisopimusten täyttämistä ja telefaksaamista. Suurin osa ohjelmista oli varustettu graafisella käyttöliittymällä, mutta tämä ei kuitenkaan taannut sitä, että ohjelma olisi helppokäyttöinen. Yleisesti nähtiin, että ohjelmia oli useita, ja ne olivat kaikki jonkin verran erilaisia. Käyttäjän tulee itse valita, mitä ohjelmaa käyttää, riippuen halutusta tuloksesta ja sovellutuksesta missä ohjelmaa käyttää. Tästä kokoelmasta ohjelmia löytyy varmasti sopiva kaikkiin tarkoituksiin.

Integrointialgoritmit molekyylidynamiikassa

Integrointialgoritmit molekyylidynamiikassa Integrointialgoritmit molekyylidynamiikassa Markus Ovaska 28.11.2008 Esitelmän kulku MD-simulaatiot yleisesti Integrointialgoritmit: mitä integroidaan ja miten? Esimerkkejä eri algoritmeista Hyvän algoritmin

Lisätiedot

Digikamera. Perustietoa digikamerasta ja kuvien siirtämisestä tietokoneelle

Digikamera. Perustietoa digikamerasta ja kuvien siirtämisestä tietokoneelle TEEMA 1 Tietokoneen peruskäyttö Digikamera Perustietoa digikamerasta ja kuvien siirtämisestä tietokoneelle Tämä tietopaketti hahmottaa lukijalle, millä tavalla kuvat voidaan siirtää kamerakännykästä tai

Lisätiedot

T Testiraportti - järjestelmätestaus

T Testiraportti - järjestelmätestaus T-76.115 Testiraportti - järjestelmätestaus 18. huhtikuuta 2002 Confuse 1 Tila Versio: 1.0 Tila: Päivitetty Jakelu: Julkinen Luotu: 18.04.2002 Jani Myyry Muutettu viimeksi: 18.04.2002 Jani Myyry Versiohistoria

Lisätiedot

DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen

DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen S-114.500 Solubiosysteemien perusteet Harjoitustyö Syksy 2003 DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen Ilpo Tertsonen, 58152p Jaakko Niemi, 55114s Sisällysluettelo 1. Alkusanat... 3 2. Johdanto... 4

Lisätiedot

Tulostimen hallintaohjelmisto MarkVision

Tulostimen hallintaohjelmisto MarkVision Tulostinohjelmisto ja apuohjelmat 1 Tulostimen hallintaohjelmisto MarkVision Windows 95/98/2000-, Windows NT 4.0- ja Macintosh-käyttöjärjestelmien MarkVision toimitetaan tulostimen mukana Drivers, MarkVision

Lisätiedot

Kon Simuloinnin Rakentaminen Janne Ojala

Kon Simuloinnin Rakentaminen Janne Ojala Kon 16.4011 Simuloinnin Rakentaminen Janne Ojala Simulointi käytännössä 1/3 Simulaatiomalleja helppo analysoida Ymmärretään ongelmaa paremmin - Opitaan ymmärtämään koneen toimintaa ja siihen vaikuttavia

Lisätiedot

Office 2013 - ohjelmiston asennusohje

Office 2013 - ohjelmiston asennusohje Office 2013 - ohjelmiston asennusohje Tämän ohjeen kuvakaappaukset on otettu asentaessa ohjelmistoa Windows 7 käyttöjärjestelmää käyttävään koneeseen. Näkymät voivat hieman poiketa, jos sinulla on Windows

Lisätiedot

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 13.12.12 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, luonto käyttää 20 erilaista

Lisätiedot

Joonas Ruotsalainen GIT PIKAOPAS. Tutkielma 2011

Joonas Ruotsalainen GIT PIKAOPAS. Tutkielma 2011 1 Joonas Ruotsalainen GIT PIKAOPAS Tutkielma 2011 2 SISÄLTÖ 1. JOHDANTO... 3 2. ASENTAMINEN... 4 3. KÄYTTÖ... 4 3.1 Perusasetukset... 4 3.2 Git:n ottaminen käyttöön projektissa... 5 3.3 Tiedostojen lisääminen

Lisätiedot

Määrittelydokumentti

Määrittelydokumentti Määrittelydokumentti Aineopintojen harjoitustyö: Tietorakenteet ja algoritmit (alkukesä) Sami Korhonen 014021868 sami.korhonen@helsinki. Tietojenkäsittelytieteen laitos Helsingin yliopisto 23. kesäkuuta

Lisätiedot

CUDA. Moniydinohjelmointi 17.4.2012 Mikko Honkonen

CUDA. Moniydinohjelmointi 17.4.2012 Mikko Honkonen CUDA Moniydinohjelmointi 17.4.2012 Mikko Honkonen Yleisesti Compute Unified Device Architecture Ideana GPGPU eli grafiikkaprosessorin käyttö yleiseen laskentaan. Nvidian täysin suljetusti kehittämä. Vuoden

Lisätiedot

Maastotietokannan torrent-jakelun shapefile-tiedostojen purkaminen zip-arkistoista Windows-komentojonoilla

Maastotietokannan torrent-jakelun shapefile-tiedostojen purkaminen zip-arkistoista Windows-komentojonoilla Maastotietokannan torrent-jakelun shapefile-tiedostojen purkaminen zip-arkistoista Windows-komentojonoilla Viimeksi muokattu 5. toukokuuta 2012 Maastotietokannan torrent-jakeluun sisältyy yli 5000 zip-arkistoa,

Lisätiedot

MD-simulaatiot S-114.2500 Solubiosysteemit Harjoitustyö, Juho Ojala, 13.10.2005

MD-simulaatiot S-114.2500 Solubiosysteemit Harjoitustyö, Juho Ojala, 13.10.2005 MD-simulaatiot S-114.2500 Solubiosysteemit, 13.10.2005 Sisällys Aluksi 2. Sisällys 3. Molekyylien mallinnus 4. MD-simulaatio (energian minimointi, simulaation parametrit, voimien laskeminen, liikeyhtälöiden

Lisätiedot

LASKENNALLISEN TIETEEN OHJELMATYÖ: Diffuusion Monte Carlo -simulointi yksiulotteisessa systeemissä

LASKENNALLISEN TIETEEN OHJELMATYÖ: Diffuusion Monte Carlo -simulointi yksiulotteisessa systeemissä LASKENNALLISEN TIETEEN OHJELMATYÖ: Diffuusion Monte Carlo -simulointi yksiulotteisessa systeemissä. Diffuusio yksiulotteisessa epäjärjestäytyneessä hilassa E J ii, J ii, + 0 E b, i E i i i i+ x Kuva.:

Lisätiedot

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan 1 1) Tunnista molekyylit (1 piste) ja täytä seuraava taulukko (2 pistettä) a) b) c) d) a) Syklinen AMP (camp) (0.25) b) Beta-karoteeni (0.25 p) c) Sakkaroosi (0.25 p) d) -D-Glukopyranoosi (0.25 p) 2 Taulukko.

Lisätiedot

Ohjelmoinnin perusteet Y Python

Ohjelmoinnin perusteet Y Python Ohjelmoinnin perusteet Y Python T-106.1208 12.4.2010 T-106.1208 Ohjelmoinnin perusteet Y 12.4.2010 1 / 34 Graafiset käyttöliittymät Tähän asti kirjoitetuissa ohjelmissa on ollut tekstipohjainen käyttöliittymä.

Lisätiedot

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava

Lisätiedot

SQLite selvitysraportti. Juha Veijonen, Ari Laukkanen, Matti Eronen. Maaliskuu 2010

SQLite selvitysraportti. Juha Veijonen, Ari Laukkanen, Matti Eronen. Maaliskuu 2010 SQLite selvitysraportti Juha Veijonen, Ari Laukkanen, Matti Eronen Maaliskuu 2010 Opinnäytetyö Kuukausi Vuosi 1 SISÄLTÖ 1. YLEISTÄ SQLITE:STA... 2 2. HISTORIA... 2 3. SQLITEN KÄYTTÖ... 3 3.1 SQLiten asennus

Lisätiedot

Spektri- ja signaalianalysaattorit

Spektri- ja signaalianalysaattorit Spektri- ja signaalianalysaattorit Pyyhkäisevät spektrianalysaattorit Suora pyyhkäisevä Superheterodyne Reaaliaika-analysaattorit Suora analoginen analysaattori FFT-spektrianalysaattori DFT FFT Analysaattoreiden

Lisätiedot

BL40A1810 Mikroprosessorit, harjoitus 1

BL40A1810 Mikroprosessorit, harjoitus 1 BL40A1810 Mikroprosessorit, harjoitus 1 Käytettävä laitteisto Kurssin opetuslaitteistona käytetään Legon MINDSTORMS laitteita, jonka pääosia ovat ohjelmoitava NXT-yksikkö (Atmel ARM7, 64k RAM, 256k Flash),

Lisätiedot

Simulointi. Varianssinhallintaa Esimerkki

Simulointi. Varianssinhallintaa Esimerkki Simulointi Varianssinhallintaa Esimerkki M C Esimerkki Tarkastellaan lasersäteen sirontaa partikkelikerroksesta Jukka Räbinän pro gradu 2005 Tavoitteena simuloida sirontakuvion tunnuslukuja Monte Carlo

Lisätiedot

Käyttöohje. Energent MagiCAD plugin

Käyttöohje. Energent MagiCAD plugin Käyttöohje Energent MagiCAD plugin Sisältö 1. Yleistä 1 Dokumentin sisältö... 1 Ohjelman asennus... 1 Vaadittavat ohjelmistot... 1 Asennus... 1 Ohjelman käynnistys... 2 2. Toiminnallisuudet 3 Insert Energent

Lisätiedot

Käyttöjärjestelmien historia. Joni Herttuainen Henri Jantunen Markus Maijanen Timo Saksholm Johanna Tjäder Eetu Turunen

Käyttöjärjestelmien historia. Joni Herttuainen Henri Jantunen Markus Maijanen Timo Saksholm Johanna Tjäder Eetu Turunen Käyttöjärjestelmien historia Joni Herttuainen Henri Jantunen Markus Maijanen Timo Saksholm Johanna Tjäder Eetu Turunen Käyttöjärjestelmien jaottelu Voidaan jaotella erilaisin menetelmin Aikajana (määrä,

Lisätiedot

Simulation and modeling for quality and reliability (valmiin työn esittely) Aleksi Seppänen

Simulation and modeling for quality and reliability (valmiin työn esittely) Aleksi Seppänen Simulation and modeling for quality and reliability (valmiin työn esittely) Aleksi Seppänen 16.06.2014 Ohjaaja: Urho Honkanen Valvoja: Prof. Harri Ehtamo Työn saa tallentaa ja julkistaa Aalto-yliopiston

Lisätiedot

Alfa-ohjelmat, verkkoasennus, asennusohje 2006 syyskuu. Alfa-ohjelmat ASENNUSOHJE. Verkkoasennus-CD, versio 1.25. Kielioppi & kirjallisuus

Alfa-ohjelmat, verkkoasennus, asennusohje 2006 syyskuu. Alfa-ohjelmat ASENNUSOHJE. Verkkoasennus-CD, versio 1.25. Kielioppi & kirjallisuus 2 Alfa-ohjelmat ASENNUSOHJE Verkkoasennus-CD, versio 1.25 Kielioppi & kirjallisuus Oppikirja ja Harjoituskirja englanti, ruotsi, saksa, ranska, suomi Harjoituskirjojen tasot: 1, 2 ja 3 Alfa-aihepiirisanasto

Lisätiedot

CVS. Kätevä väline usein päivitettävien tiedostojen, kuten lähdekoodin, hallitsemiseen

CVS. Kätevä väline usein päivitettävien tiedostojen, kuten lähdekoodin, hallitsemiseen CVS Versionhallintajärjestelmä Kätevä väline usein päivitettävien tiedostojen, kuten lähdekoodin, hallitsemiseen Käytetään komentoriviltä, myös graafisia käyttöliittymiä saatavilla CVS Kaikki tiedostot

Lisätiedot

Esimerkkejä vaativuusluokista

Esimerkkejä vaativuusluokista Esimerkkejä vaativuusluokista Seuraaville kalvoille on poimittu joitain esimerkkejä havainnollistamaan algoritmien aikavaativuusluokkia. Esimerkit on valittu melko mielivaltaisesti laitoksella tehtävään

Lisätiedot

KYMENLAAKSON AMMATTIKORKEAKOULU. Ubuntu. Yukun Zhou

KYMENLAAKSON AMMATTIKORKEAKOULU. Ubuntu. Yukun Zhou KYMENLAAKSON AMMATTIKORKEAKOULU Ubuntu Yukun Zhou 2014 Yukun Zhou Harjoitustyö 1 SISÄLLYSLUETTELO 1. YLEISTÄ... 2 2. JULKAISUT... 3 3. SUOSIO... 4 4. ASENNUS... 4 5. TURVALLISUUS... 4 6. PAKETTIENHALLINTA...

Lisätiedot

S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö. Proteiinirakenteen mallintaminen. Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E

S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö. Proteiinirakenteen mallintaminen. Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E S-114.2500 Basics for Biosystems of the Cell Harjoitustyö Proteiinirakenteen mallintaminen Niina Sandholm 62938M Antti Niinikoski 60348E Sisällysluettelo Johdanto... 3 Luonnontieteellinen perusta... 3

Lisätiedot

StatCrunch -laskentasovellus

StatCrunch -laskentasovellus StatCrunch -laskentasovellus Yleistä sovelluksesta StatCrunch on Integrated Analytics LLC:n valmistama sovellus tilastotieteellisten analyysien tuottamista varten. Se on verkon yli käytettävä analyysisovellus,

Lisätiedot

WWW-PALVELUN KÄYTTÖÖNOTTO LOUNEA OY

WWW-PALVELUN KÄYTTÖÖNOTTO LOUNEA OY 1 WWW-PALVELUN KÄYTTÖÖNOTTO LOUNEA OY 10.4.2015 Lounea Oy Tehdaskatu 6, 24100 Salo Puh. 029 707 00 Y-tunnus 0139471-8 www.lounea.fi Asiakaspalvelu 0800 303 00 Yrityspalvelu 0800 303 01 Myymälät 0800 303

Lisätiedot

Febdok 6.0 paikallisversion asennus OHJEISTUS

Febdok 6.0 paikallisversion asennus OHJEISTUS Febdok 6.0 paikallisversion asennus OHJEISTUS Sisällys 1 YLEISTÄ 1 2 ASENNUKSEN VALMISTELUT 2 2.1 VARMUUSKOPIOT 2 2.2 ASENNUSTIEDOSTON LATAUS, WWW.FEBDOK.FI 2 2.3 ASENNUSTIEDOSTON LATAUS, FEBDOK:IN SISÄINEN

Lisätiedot

Paavo Kyyrönen & Janne Raassina

Paavo Kyyrönen & Janne Raassina Paavo Kyyrönen & Janne Raassina 1. Johdanto 2. Historia 3. David Deutsch 4. Kvanttilaskenta ja superpositio 5. Ongelmat 6. Tutkimus 7. Esimerkkejä käyttökohteista 8. Mistä näitä saa? 9. Potentiaali 10.

Lisätiedot

Version päivittäminen

Version päivittäminen Version päivittäminen Puh: 02-2767 171 Fax: 02-2767 170 www.ecom.fi asiakaspalvelu@ecom.fi 1 Uuden version haku internetistä ja ohjelmiston rekisteröinti...3 1.1 Ohjelmiston Rekisteröiminen...3 1.2 Internet-rekisteröinnin

Lisätiedot

Palokuolemien ehkäisykeinojen arviointiohjelma pilottina tulevaisuuteen. Palotutkimuksen päivät 2011

Palokuolemien ehkäisykeinojen arviointiohjelma pilottina tulevaisuuteen. Palotutkimuksen päivät 2011 Palokuolemien ehkäisykeinojen arviointiohjelma pilottina tulevaisuuteen Olavi Keski-Rahkonen, Teemu Karhula, Topi Sikanen ja Simo Hostikka Palotutkimuksen päivät 2011 Hanasaaren kulttuurikeskus, Espoo,

Lisätiedot

EPIONEN Kemia 2015. EPIONEN Kemia 2015

EPIONEN Kemia 2015. EPIONEN Kemia 2015 EPIONEN Kemia 2015 1 Epione Valmennus 2014. Ensimmäinen painos www.epione.fi ISBN 978-952-5723-40-3 Painopaikka: Kopijyvä Oy, Kuopio Tämän teoksen painamiseen käytetty paperi on saanut Pohjoismaisen ympäristömerkin.

Lisätiedot

Vedä ja pudota Maamittauslaitoksen JPEG2000-ortoilmakuva GeoTIFF-muotoon

Vedä ja pudota Maamittauslaitoksen JPEG2000-ortoilmakuva GeoTIFF-muotoon Vedä ja pudota Maamittauslaitoksen JPEG2000-ortoilmakuva GeoTIFF-muotoon Jukka Rahkonen http://latuviitta.org Viimeksi muutettu 16. lokakuuta 2012 Tiivistelmä Latuviitta.ogr -sivuston palautteessa kaivattiin

Lisätiedot

Järjestelmän asetukset. Asetustiedostojen muokkaaminen. Pääkäyttäjä eli root. Järjestelmänhallinnan työkalut

Järjestelmän asetukset. Asetustiedostojen muokkaaminen. Pääkäyttäjä eli root. Järjestelmänhallinnan työkalut Järjestelmän asetukset Järjestelmänhallinnan työkalut Ubuntussa järjestelmän hallintaan ja asetusten muokkaamiseen tarkoitetut ohjelmat on koottu Järjestelmä-valikon alle Asetukset- ja Ylläpito -alavalikoista

Lisätiedot

L models. Käyttöohje. Ryhmä Rajoitteiset

L models. Käyttöohje. Ryhmä Rajoitteiset Teknillinen korkeakoulu T-76.115 Tietojenkäsittelyopin ohjelmatyö Lineaaristen rajoitteiden tyydyttämistehtävän ratkaisija L models Käyttöohje Ryhmä Rajoitteiset Versio Päivämäärä Tekijä Muutokset 0.1

Lisätiedot

FYSA234 Potentiaalikuoppa, selkkarityö

FYSA234 Potentiaalikuoppa, selkkarityö FYSA234 Potentiaalikuoppa, selkkarityö Jari Partanen, Jani Komppula JYFL FL246, S118 japapepa@jyu.fi, jani.komppula@jyu.fi 13. lokakuuta 2014 Ohjaus Työn ja ohjelman esittely (15-30 min) Harjoitellaan

Lisätiedot

Palomuurit. Palomuuri. Teoriaa. Pakettitason palomuuri. Sovellustason palomuuri

Palomuurit. Palomuuri. Teoriaa. Pakettitason palomuuri. Sovellustason palomuuri Palomuuri Teoriaa Palomuurin tehtävä on estää ei-toivottua liikennettä paikalliseen verkkoon tai verkosta. Yleensä tämä tarkoittaa, että estetään liikennettä Internetistä paikallisverkkoon tai kotikoneelle.

Lisätiedot

Energiatehokkuutta parantavien materiaalien tutkimus. Antti Karttunen Nuorten Akatemiaklubi 2010 01 18

Energiatehokkuutta parantavien materiaalien tutkimus. Antti Karttunen Nuorten Akatemiaklubi 2010 01 18 Energiatehokkuutta parantavien materiaalien tutkimus Antti Karttunen Nuorten Akatemiaklubi 2010 01 18 Sisältö Tutkimusmenetelmät: Laskennallinen materiaalitutkimus teoreettisen kemian menetelmillä Esimerkki

Lisätiedot

ADMIN. Käyttöopas 08Q4

ADMIN. Käyttöopas 08Q4 ADMIN Käyttöopas 08Q4 Sisällysluettelo Uuden käyttäjän lisääminen...3 Käyttäjän poistaminen...3 Oikeudet...4 Käyttäjäasetukset...6 Aktiviteetin määritys...8 Aktiviteetin määrittely...8 Kenttämäärittelyt...9

Lisätiedot

Tietorakenteet ja algoritmit Johdanto Lauri Malmi / Ari Korhonen

Tietorakenteet ja algoritmit Johdanto Lauri Malmi / Ari Korhonen Tietorakenteet ja algoritmit Johdanto Lauri Malmi / Ari 1 1. JOHDANTO 1.1 Määritelmiä 1.2 Tietorakenteen ja algoritmin valinta 1.3 Algoritmit ja tiedon määrä 1.4 Tietorakenteet ja toiminnot 1.5 Esimerkki:

Lisätiedot

Visual Case 2. Miika Kasnio (C9767) 23.4.2008

Visual Case 2. Miika Kasnio (C9767) 23.4.2008 Visual Case 2 Miika Kasnio (C9767) 23.4.2008 Työn tarkasti: Jouni Huotari 24.4.2008 1 SISÄLTÖ 1. TYÖN LÄHTÖKOHDAT... 2 2. PERUSTIEDOT... 2 3. ASENTAMINEN... 2 4. OMINAISUUDET... 3 4.1. UML-kaaviot... 4

Lisätiedot

REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 KERTAUSTA

REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 KERTAUSTA KERTAUSTA REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Aineiden ominaisuudet voidaan selittää niiden rakenteen avulla. Aineen rakenteen ja ominaisuuksien väliset riippuvuudet selittyvät kemiallisten sidosten avulla. Vahvat

Lisätiedot

Tähtitieteen käytännön menetelmiä Kevät 2009

Tähtitieteen käytännön menetelmiä Kevät 2009 Tähtitieteen käytännön menetelmiä Kevät 2009 2009-01-12 Yleistä Luennot Luennoija hannu.p.parviainen@helsinki.fi Aikataulu Observatoriolla Maanantaisin 10.00-12.00 Ohjattua harjoittelua maanantaisin 9.00-10.00

Lisätiedot

Suurikokoiset LCD kosketusnäytöt HUMAN TOUCH

Suurikokoiset LCD kosketusnäytöt HUMAN TOUCH Suurikokoiset LCD kosketusnäytöt HUMAN TOUCH 1 Suurikokoiset LCD kosketusnäytöt HUMAN TOUCH Interaktiivisten valkotaulujen yleistyessä luokkatiloissa, uuden teknologian näyttöjen suosio on tullut kaikkialla

Lisätiedot

Ohjeita fysiikan ylioppilaskirjoituksiin

Ohjeita fysiikan ylioppilaskirjoituksiin Ohjeita fysiikan ylioppilaskirjoituksiin Kari Eloranta 2016 Jyväskylän Lyseon lukio 11. tammikuuta 2016 Kokeen rakenne Fysiikan kokeessa on 13 tehtävää, joista vastataan kahdeksaan. Tehtävät 12 ja 13 ovat

Lisätiedot

Testauksen tuki nopealle tuotekehitykselle. Antti Jääskeläinen Matti Vuori

Testauksen tuki nopealle tuotekehitykselle. Antti Jääskeläinen Matti Vuori Testauksen tuki nopealle tuotekehitykselle Antti Jääskeläinen Matti Vuori Mitä on nopeus? 11.11.2014 2 Jatkuva nopeus Läpäisyaste, throughput Saadaan valmiiksi tasaiseen, nopeaan tahtiin uusia tuotteita

Lisätiedot

HENKILÖLISTA-PALVELU Käyttöohjeet versio 13.5.2013

HENKILÖLISTA-PALVELU Käyttöohjeet versio 13.5.2013 HENKILÖLISTA-PALVELU Käyttöohjeet versio 13.5.2013 Henkilölista -palvelu 1 Sisältö 1. Veronumerolaki ja raportointi... 2 2. Henkilölista-palvelun sisältö... 2 2.1. Palvelun käyttötarkoitus ja hyödyt...

Lisätiedot

HARJOITUS 3: Asennetaan Windows Vista koneeseen Windows 7 Professional upgrade ohjelmisto (Windows 7 käyttöjärjestelmän asennus)

HARJOITUS 3: Asennetaan Windows Vista koneeseen Windows 7 Professional upgrade ohjelmisto (Windows 7 käyttöjärjestelmän asennus) HARJOITUS 3: Asennetaan Windows Vista koneeseen Windows 7 Professional upgrade ohjelmisto (Windows 7 käyttöjärjestelmän asennus) Microsoft Windows Vista Business Microsoft Winodows 7 Professional Upgrade

Lisätiedot

Opi kuvin: By Choice v.1.4 asennus Asennus järjestelmänvalvojan oikeuksin

Opi kuvin: By Choice v.1.4 asennus Asennus järjestelmänvalvojan oikeuksin Opi kuvin: By Choice v.1.4 asennus Asennus järjestelmänvalvojan oikeuksin Opi kuvin: By Choice 1.4 sisältää ilmaisen, yli 3000 symbolia sisältävän symbolipäivityksen. Uudet kuvasymbolit löytyvät erillisistä

Lisätiedot

Luku 6. Dynaaminen ohjelmointi. 6.1 Funktion muisti

Luku 6. Dynaaminen ohjelmointi. 6.1 Funktion muisti Luku 6 Dynaaminen ohjelmointi Dynaamisessa ohjelmoinnissa on ideana jakaa ongelman ratkaisu pienempiin osaongelmiin, jotka voidaan ratkaista toisistaan riippumattomasti. Jokaisen osaongelman ratkaisu tallennetaan

Lisätiedot

Webforum. Version 15.1 uudet ominaisuudet. Päivitetty: 2015-03-28

Webforum. Version 15.1 uudet ominaisuudet. Päivitetty: 2015-03-28 Webforum Version 15.1 uudet ominaisuudet Päivitetty: 2015-03-28 Sisältö Tietoja tästä dokumentista... 3 Yleistä... 4 Dokumentit... 5 Uudet versiot dokumenttien katseluohjelmista ipadille... 5 Dokumenttien

Lisätiedot

LAS- ja ilmakuva-aineistojen käsittely ArcGIS:ssä

LAS- ja ilmakuva-aineistojen käsittely ArcGIS:ssä Esri Finland LAS- ja ilmakuva-aineistojen käsittely ArcGIS:ssä November 2012 Janne Saarikko Agenda Lidar-aineistot ja ArcGIS 10.1 - Miten LAS-aineistoa voidaan hyödyntää? - Aineistojen hallinta LAS Dataset

Lisätiedot

DNA:n informaation kulku, koostumus

DNA:n informaation kulku, koostumus DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa

Lisätiedot

CABAS. Release Notes 5.4. Uusi kuvien ja dokumenttien käsittely

CABAS. Release Notes 5.4. Uusi kuvien ja dokumenttien käsittely Release Notes 5.4 CABAS Uusi kuvien ja dokumenttien käsittely Olemme päivittäneet ja nykyaikaistaneet CABASin kuvien ja dokumenttien käsittelyn. Nyt kuvia voi vetää hiiren osoittimella ja pudottaa ne kuvaluetteloon.

Lisätiedot

10.2. Säteenjäljitys ja radiositeettialgoritmi. Säteenjäljitys

10.2. Säteenjäljitys ja radiositeettialgoritmi. Säteenjäljitys 10.2. Säteenjäljitys ja radiositeettialgoritmi Säteenjäljitys Säteenjäljityksessä (T. Whitted 1980) valonsäteiden kulkema reitti etsitään käänteisessä järjestyksessä katsojan silmästä takaisin kuvaan valolähteeseen

Lisätiedot

Visma Approval Center. Versiosaate 1.3

Visma Approval Center. Versiosaate 1.3 Visma Approval Center Versiosaate 1.3 Visma Approval Center - Versiosaate 1.3 Kaikkia koskettavat kehitykset Muutokset käyttöliittymän välilehdissä Tarkastajat ja hyväksyjät näkevät ylävalikon jatkossa

Lisätiedot

Kerro kuvin: InPrint 2.8 asennus Asennus järjestelmänvalvojan oikeuksin

Kerro kuvin: InPrint 2.8 asennus Asennus järjestelmänvalvojan oikeuksin Kerro kuvin: InPrint 2.8 asennus Asennus järjestelmänvalvojan oikeuksin Kerro kuvin: InPrint 2.8 sisältää ilmaisen, yli 3000 symbolia sisältävän symbolipäivityksen. Uudet kuvasymbolit löytyvät erillisistä

Lisätiedot

Oppilaan opas. Visuaaliviestinnän Instituutti VVI Oy. Versio 0.2 (2008-01-21)

Oppilaan opas. Visuaaliviestinnän Instituutti VVI Oy. Versio 0.2 (2008-01-21) Oppilaan opas Visuaaliviestinnän Instituutti VVI Oy Versio 0.2 (2008-01-21) Versio Päivämäärä Kuvaus 0.1 2005-01-16 Ensimmäinen versio. 0.2 2008-01-21 Korjattu kuvatiedostojen maksimiresoluutio ja muutamia

Lisätiedot

Tik-76.115 Tietojenkäsittelyopin ohjelmatyö Tietotekniikan osasto Teknillinen korkeakoulu KÄYTTÖOHJE. LiKe Liiketoiminnan kehityksen tukiprojekti

Tik-76.115 Tietojenkäsittelyopin ohjelmatyö Tietotekniikan osasto Teknillinen korkeakoulu KÄYTTÖOHJE. LiKe Liiketoiminnan kehityksen tukiprojekti Tik-76.115 Tietojenkäsittelyopin ohjelmatyö Tietotekniikan osasto Teknillinen korkeakoulu JÄRJESTELMÄN KÄYTTÖOHJE LiKe Liiketoiminnan kehityksen tukiprojekti Versio: 1.1 Tila: hyväksytty Päivämäärä: 13.2.2001

Lisätiedot

Gimp JA MUUT KUVANKÄSITTELYOHJELMAT

Gimp JA MUUT KUVANKÄSITTELYOHJELMAT Gimp JA MUUT KUVANKÄSITTELYOHJELMAT Daniela Lund Ti07 A241227 Linux-järjstelmät 01.12.2009 MIKÄ ON KUVANKÄSITTELYOHJELMA? Kuvankäsittelyohjelma on tietokoneohjelma, jolla muokataan digitaalisessa muodossa

Lisätiedot

Tietorakenteet ja algoritmit - syksy 2015 1

Tietorakenteet ja algoritmit - syksy 2015 1 Tietorakenteet ja algoritmit - syksy 2015 1 Tietorakenteet ja algoritmit - syksy 2015 2 Tietorakenteet ja algoritmit Johdanto Ari Korhonen Tietorakenteet ja algoritmit - syksy 2015 1. JOHDANTO 1.1 Määritelmiä

Lisätiedot

Aukkoja sekvensseissä. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Aukkoja sekvensseissä. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Aukkoja sekvensseissä Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 25.04.13 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, proteiinit rakentuvat 22:sta erilaisesta, 20

Lisätiedot

Henkilökohtaista käyttäjäystävällistä tietoturvaa! NTG Solo Secure

Henkilökohtaista käyttäjäystävällistä tietoturvaa! NTG Solo Secure Henkilökohtaista käyttäjäystävällistä tietoturvaa! NTG Solo Secure Kuinka moneen tietovuotoon teidän yrityksellänne on varaa? Palomuurit ja VPN ratkaisut suojelevat yritystä ulkopuolisia uhkia vastaan,

Lisätiedot

Vaatimusmäärittely Ohjelma-ajanvälitys komponentti

Vaatimusmäärittely Ohjelma-ajanvälitys komponentti Teknillinen korkeakoulu 51 Vaatimusmäärittely Ohjelma-ajanvälitys komponentti Versio Päiväys Tekijä Kuvaus 0.1 21.11.01 Oskari Pirttikoski Ensimmäinen versio 0.2 27.11.01 Oskari Pirttikoski Lisätty termit

Lisätiedot

Laskuharjoitus 9, tehtävä 6

Laskuharjoitus 9, tehtävä 6 Aalto-yliopiston perustieteiden korkeakoulu Jouni Pousi Systeemianalyysin laboratorio Mat-2.4129 Systeemien identifiointi Laskuharjoitus 9, tehtävä 6 Tämä ohje sisältää vaihtoehtoisen tavan laskuharjoituksen

Lisätiedot

Maiju Mykkänen (D6297@jamk.fi) Susanna Sällinen (E0941@jamk.fi)

Maiju Mykkänen (D6297@jamk.fi) Susanna Sällinen (E0941@jamk.fi) Maiju Mykkänen (D6297@jamk.fi) Susanna Sällinen (E0941@jamk.fi) Tietokannan hallinta-opintojakson selvitysraportti Huhtikuu 2010 Mediatekniikka ICT/Teknologia Tämän teosteoksen käyttöoikeutta koskee Creative

Lisätiedot

Korkeakoulujen prosessipalvelin: mallintajan palvelinohje Versio 0.2

Korkeakoulujen prosessipalvelin: mallintajan palvelinohje Versio 0.2 Korkeakoulujen prosessipalvelin: mallintajan palvelinohje Versio 0.2 Sisällysluettelo Muutoshistoria...3 1 Johdanto...4 2 Palvelimen käyttöön tarvittavat ohjelmat...4 3 Palvelimelle kirjautuminen...4 4

Lisätiedot

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä

Lisätiedot

FYSA210/2 PYÖRIVÄ KOORDINAATISTO

FYSA210/2 PYÖRIVÄ KOORDINAATISTO FYSA210/2 PYÖRIVÄ KOORDINAATISTO Johdanto Inertiaalikoordinaatisto on koordinaatisto, jossa Newtonin mekaniikan lait pätevät. Tällaista koordinaatistoa ei reaalimaailmassa kuitenkaan ole. Epäinertiaalikoordinaatisto

Lisätiedot

Ensimmäisessä vaiheessa ladataan KGU tietokanta Hallitse tietokantoja toiminnon avulla.

Ensimmäisessä vaiheessa ladataan KGU tietokanta Hallitse tietokantoja toiminnon avulla. 1 Odoo ohjelman demokäyttöön riittää, että asentaa ohjelmiston, ja tietokannan. Jos päättää ottaa ohjelmiston tuotannolliseen käyttöön, on päivitettävä myös XML raporttipohjat, sekä syötettävä yrityksen

Lisätiedot

ψ(x) = A cos(kx) + B sin(kx). (2) k = nπ a. (3) E = n 2 π2 2 2ma 2 n2 E 0. (4)

ψ(x) = A cos(kx) + B sin(kx). (2) k = nπ a. (3) E = n 2 π2 2 2ma 2 n2 E 0. (4) 76A KIINTEÄN AINEEN FYSIIKKA Ratkaisut 4 Kevät 214 1. Tehtävä: Yksinkertainen malli kovalenttiselle sidokselle: a) Äärimmäisen yksinkertaistettuna mallina elektronille atomissa voidaan pitää syvää potentiaalikuoppaa

Lisätiedot

Termodynamiikka. Fysiikka III 2007. Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki

Termodynamiikka. Fysiikka III 2007. Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki Termodynamiikka Fysiikka III 2007 Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki Tilanyhtälö paine vakio tilavuus vakio Ideaalikaasun N p= kt pinta V Yleinen aineen p= f V T pinta (, ) Isotermit ja isobaarit Vakiolämpötilakäyrät

Lisätiedot

Tilastolliset ohjelmistot 805340A. Pinja Pikkuhookana

Tilastolliset ohjelmistot 805340A. Pinja Pikkuhookana Tilastolliset ohjelmistot 805340A Pinja Pikkuhookana Sisältö 1 SPSS 1.1 Yleistä 1.2 Aineiston syöttäminen 1.3 Aineistoon tutustuminen 1.4 Kuvien piirtäminen 1.5 Kuvien muokkaaminen 1.6 Aineistojen muokkaaminen

Lisätiedot

Näin järjestän ohjelmointikurssin, vaikka en ole koskaan ohjelmoinut www.helsinki.fi

Näin järjestän ohjelmointikurssin, vaikka en ole koskaan ohjelmoinut www.helsinki.fi Näin järjestän ohjelmointikurssin, vaikka en ole koskaan ohjelmoinut Ohjelmointikurssin järjestäminen Helsingin yliopiston Ohjelmoinnin MOOC-kurssimateriaalin avulla 15.4.2016 1 Linkki Tietojenkäsittelytieteen

Lisätiedot

Kemiallinen reaktio

Kemiallinen reaktio Kemiallinen reaktio REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Johdantoa: Syömme elääksemme, emme elä syödäksemme! sanonta on totta. Kun elimistömme hyödyntää ravintoaineita metaboliassa eli aineenvaihduntareaktioissa,

Lisätiedot

Elisa Puheratkaisu Vakio Pääkäyttäjän ohjeet

Elisa Puheratkaisu Vakio Pääkäyttäjän ohjeet Elisa Puheratkaisu Vakio Pääkäyttäjän ohjeet Oma Elisa -palvelu Vaihderatkaisun hallinta Koska sovellusta kehitetään jatkuvasti, pidättää Elisa Oyj oikeudet muutoksiin. Sovelluksessa saattaa olla toiminteita

Lisätiedot

Ajattelemme tietokonetta yleensä läppärinä tai pöytäkoneena

Ajattelemme tietokonetta yleensä läppärinä tai pöytäkoneena Mikrotietokone Moderni tietokone Ajattelemme tietokonetta yleensä läppärinä tai pöytäkoneena Sen käyttötarkoitus on yleensä työnteko, kissavideoiden katselu internetistä tai pelien pelaaminen. Tietokoneen

Lisätiedot

Seuratiedote 2/09 LIITE 4

Seuratiedote 2/09 LIITE 4 CSA-järjestelmä Johdantoa USGAn Course Rating -järjestelmässä todetaan: USGAn Course Ratingin ja Slope Ratingin määritysten tulee vastata olosuhteita kauden aikana, jolloin suurin osa kierroksista pelataan.

Lisätiedot

Ohjelmoinnin perusteet Y Python

Ohjelmoinnin perusteet Y Python Ohjelmoinnin perusteet Y Python T-106.1208 26.1.2011 T-106.1208 Ohjelmoinnin perusteet Y 26.1.2011 1 / 34 Luentopalaute kännykällä käynnissä! Ilmoittaudu mukaan lähettämällä ilmainen tekstiviesti Vast

Lisätiedot

VERKON ASETUKSET SEKÄ WINDOWSIN PÄIVITTÄMINEN

VERKON ASETUKSET SEKÄ WINDOWSIN PÄIVITTÄMINEN VERKON ASETUKSET SEKÄ WINDOWSIN PÄIVITTÄMINEN Tämän harjoituksen tarkoituksena on varmistaa verkon asetukset sekä päivittää Windows käyttäen Windows Update -palvelua. Dokumentin lopussa on palautettava

Lisätiedot

Luento 4: Liikkeen kuvausta, differentiaaliyhtälöt

Luento 4: Liikkeen kuvausta, differentiaaliyhtälöt Luento 4: Liikkeen kuvausta, differentiaaliyhtälöt Digress: vakio- vs. muuttuva kiihtyvyys käytännössä Kinematiikkaa yhdessä dimensiossa taustatietoa Matlab-esittelyä 1 / 20 Luennon sisältö Digress: vakio-

Lisätiedot

MICROSOFT EXCEL 2010

MICROSOFT EXCEL 2010 1 MICROSOFT EXCEL 2010 Taulukkolaskentaohjelman jatkokurssin tärkeitä asioita 2 Taulukkolaskentaohjelmalla voit Käyttää tietokonetta ruutupaperin ja taskulaskimen korvaajana Laatia helposti ylläpidettäviä

Lisätiedot

Tiedostojen lataaminen netistä ja asentaminen

Tiedostojen lataaminen netistä ja asentaminen s. 1/5 Tiedostojen lataaminen netistä ja asentaminen Yleistä Internetissä on paljon hyödyllisiä ilmaisohjelmia, jotka voi ladata ja asentaa omalle koneelle. Osa ohjelmista löytyy suomenkielisiltä sivuilta,

Lisätiedot

2013 -merkistä tunnistat uudet ominaisuudet

2013 -merkistä tunnistat uudet ominaisuudet Tähän käsikirjaan on koottu Ecomiin liittyviä yleisiä aiheita ja toimintatapoja, joiden opiskelemisesta on hyötyä kaikille Ecomin käyttäjille. 2013 2013 -merkistä tunnistat uudet ominaisuudet Ohjeita käsikirjan

Lisätiedot

KUVANKÄSITTELY THE GIMP FOR WINDOWS OHJELMASSA

KUVANKÄSITTELY THE GIMP FOR WINDOWS OHJELMASSA KUVANKÄSITTELY THE GIMP FOR WINDOWS OHJELMASSA Ohjeistuksessa käydään läpi kuvan koon ja kuvan kankaan koon muuntaminen esimerkin avulla. Ohjeistus on laadittu auttamaan kuvien muokkaamista kuvakommunikaatiota

Lisätiedot

Maanmittauslaitoksen nimistö Spatialite-tietokantana. - kuvitettu ohje Quantum GIS 1.8.0 -ohjelmaa varten

Maanmittauslaitoksen nimistö Spatialite-tietokantana. - kuvitettu ohje Quantum GIS 1.8.0 -ohjelmaa varten Maanmittauslaitoksen nimistö Spatialite-tietokantana - kuvitettu ohje Quantum GIS 1.8.0 -ohjelmaa varten Taustaa Maanmittauslaitoksen nimistöaineistot ovat ladattavissa tekstitiedostoina Maanmittauslaitoksen

Lisätiedot

Kuva maailmasta Pakettiverkot (Luento 1)

Kuva maailmasta Pakettiverkot (Luento 1) M.Sc.(Tech.) Marko Luoma (1/20) M.Sc.(Tech.) Marko Luoma (2/20) Kuva maailmasta Pakettiverkot (Luento 1) WAN Marko Luoma TKK Teletekniikan laboratorio LAN M.Sc.(Tech.) Marko Luoma (3/20) M.Sc.(Tech.) Marko

Lisätiedot

Tietorakenteet ja algoritmit

Tietorakenteet ja algoritmit Tietorakenteet ja algoritmit Kurssin sisältö pääpiirteittäin Tarvittavat pohjatiedot Avainsanat Abstraktio Esimerkkiohjelman tehtäväkuvaus Abstraktion käyttö tehtävässä Abstrakti tietotyyppi Hyötyjä ADT:n

Lisätiedot

ISIS Draw (Windows versio 2.5)

ISIS Draw (Windows versio 2.5) 1 ISIS Draw (Windows versio 2.5) ISIS Draw on helppokäyttöinen kemian piirto-ohjelma, jolla voidaan muun muassa piirtää kemiallisia rakenteita, reaktioyhtälöitä ja yksinkertaisia proteiinirakenteita. Lisäksi

Lisätiedot

KOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA II)

KOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA II) Johdanto KOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA II) Monet palosammuttimet, kuten kuvassa esitetty käsisammutin, käyttävät hiilidioksidia. Jotta hiilidioksidisammutin olisi tehokas, sen täytyy vapauttaa hiilidioksidia

Lisätiedot

1. päivä ip Windows 2003 Server ja vista (toteutus)

1. päivä ip Windows 2003 Server ja vista (toteutus) 1. päivä ip Windows 2003 Server ja vista (toteutus) Olette pomosi kanssa tarkastaneet asiakkaan tekemän ja sinun korjaaman suunnitelman ja tehneet oman versionsa siitä. Noudata siis tätä tekemäänne uutta

Lisätiedot

Ohjelmointi 1. Kumppanit

Ohjelmointi 1. Kumppanit Ohjelmointi 1 Kumppanit November 20, 2012 2 Contents 1 Mitä ohjelmointi on 7 2 Ensimmäinen C#-ohjelma 9 2.1 Ohjelman kirjoittaminen......................... 9 A Liite 11 3 4 CONTENTS Esipuhe Esipuhe 5

Lisätiedot

Harjoitustehtävät ja ratkaisut viikolle 48

Harjoitustehtävät ja ratkaisut viikolle 48 Harjoitustehtävät ja ratkaisut viikolle 48 1. Tehtävä on jatkoa aiemmalle tehtävälle viikolta 42, missä piti suunnitella älykodin arkkitehtuuri käyttäen vain ennalta annettua joukkoa ratkaisuja. Tämäkin

Lisätiedot

Samurai helppokäyttöinen ohjelma melun ja värähtelyjen mittauksiin

Samurai helppokäyttöinen ohjelma melun ja värähtelyjen mittauksiin Samurai helppokäyttöinen ohjelma melun ja värähtelyjen mittauksiin SAMURAI on SINUS Messtechnik GmbH:n uusin ohjelmisto melun ja tärinän mittauksiin ja reaaliaikaiseen analysointiin. Tiedonkeruulaitteena

Lisätiedot

Juha Merikoski. Jyväskylän yliopiston Fysiikan laitos Kevät 2009

Juha Merikoski. Jyväskylän yliopiston Fysiikan laitos Kevät 2009 FYSP120 FYSIIKAN NUMEERISET MENETELMÄT Juha Merikoski Jyväskylän yliopiston Fysiikan laitos Kevät 2009 1 Kurssin sisältö JOHDANTOA, KÄSITTEITÄ, VÄLINEITÄ [1A] Laskennallista fysiikkaa [1B] Matlabin alkeita

Lisätiedot

4. Lausekielinen ohjelmointi 4.1

4. Lausekielinen ohjelmointi 4.1 4. Lausekielinen ohjelmointi 4.1 Sisällys Konekieli, symbolinen konekieli ja lausekieli. Lausekielestä konekieleksi: - Lähdekoodi, tekstitiedosto ja tekstieditorit. - Kääntäminen ja tulkinta. - Kääntäminen,

Lisätiedot