Molekyylien interaktiot

Koko: px
Aloita esitys sivulta:

Download "Molekyylien interaktiot"

Transkriptio

1 Teknillinen korkeakoulu Sähkö- ja tietoliikennetekniikan osasto Laskennallisen tekniikan laboratorio S Solubiosysteemien perusteet Molekyylien interaktiot Johanna Hokkanen Anna-Maria Lahesmaa

2 1 Johdanto Proteiinirakenne on erittäin kiintoisa tutkimuskohde. Proteiinin aminohappojärjestyksen selvitys on nykyään yksinkertaista, kun tiedetään proteiinin koodaavan geenin ja mikä kodoni vastaa mitä aminohappoa. Vaikeampi tehtävä on selvittää miten proteiini laskostuu oikein. Proteiinit interaktoivat valtavasti solun sisällä ja nämä interaktiot ovat myös usein vaikeasti selvitettävissä. Näihin interaktiohin olennaisesti vaikuttaa proteiinin kolmiuloitteinen rakenne. Proteiinin primäärirakenne koostuu aminohapposekvenssistä jotka ovat luonteeltaan erillaisia, esimerkiksi polaarisia tai poolittomia. Sekundäärirakenne perustuu primäärirakenteesta johtuvista ominaisuuksista. Nämä sekundäärirakenteet ovat a-heliksi ja b-laskos. Nämä sekundäärirakenteet saavat uusia kohtia aminohappoketjussä lähelle toisiaan ja uusia interaktioita muodostuu. Tämä on proteiinin tertiäärirakenne. Kvarternäärirakenteessa on kyse tilanteesta, jos yksittäiseen aminohappoketjuun lisätään osia, esimerkiksi toinen proteiini tai jokin muu molekyyli. Proteiinin kolmiuloitteinen rakenne määrittelee sen, minkälaisiin interaktioihin se voi osallistua. Molekyylien välisiä interaktioita voidaan simuloida tietokoneella. Koska interaktiot ovat lähtöisin kolmiuloitteisesta rakenteesta, simuloinnissa käytetään yleisesti proteiinin kolmiuloitteista rakennetta lähtökohtana. Se, miten proteiini laskostuu on erittäin tärkeä osa interaktioiden muodostamisessa. Simulointiohjelmat yleisesti käyttävät proteiinin hydrofobisia interaktioita, vetysidoksia ja kompleksin kokonaisenergiaa simuloinnissa. Tässä työssä selvitetään kymmenen ohjelman toimintaperiaatteita ja minkälaisia algoritmeja ja tekniikoita eri ohjelmat käyttävät simuloidessa proteiinien välisiä interaktioita.

3 2 AutoDock AutoDock on graafinen molekyylien interaktio-ohjelma, joka muodostaa käyttäjälle interaktiosta 3D-rakenteisen kuvan. AutoDock soveltuu muun muassa röntgenkristallografiaan, rakenteeseen perustuva lääkemuotoiluun, ohjauksen ennustamiseen, todelliseen seulontaan, proteiiini-proteiini interaktioon ja kemikaalisten mekanismien tutkimuksiin. AutoDock koostuu kolmesta eri ohjelmasta: AutoDock suorittaa ligandien interaktion yhteen kuuluvien verkkojen kohde proteiinien kuvaamalla tavalla. AutoGrid tekee ennakkolaskelmia näille verkoille ja AutoTors asettaa ne jännitteet, mitkä työstävät näitä pyöritettäviä verkkoja. Lisäksi atomien samankaltaiset verkot voidaan visualisoida, mikä auttaa esimerkiksi opastamaan synteettisten kemiallisten sidoslankojen suunnittelussa. Pakettiin kuuluu myös AutoDockTools (ADT), mikä auttaa interaktion asentamisessa ja analysoimisessa, sekä Automated Packager, mikä sisältää ohjeet kaikkien ADT tiedostojen siirtämisestä käyttäjän omalle koneelle. ADT:n avulla pystyy muun muassa liikuttamaan molekyyliä 3D-tasossa pyörittämällä ja siirtämällä niitä ylä-ala suunnassa, lisäämään vetymolekyylejä, antamaan valinnaisia atomien latauksia ligandille ja makromolekyyleille, sekä yhdistämään ei-polaarisia vetyioneja ja niiden latauksia niiden päähiiliatomiinsa. AutoDock:lla on paljon suosituksia. Ohjelma on käytössä nyt lähes 2200 akateemisella tutkijalla, valtion- ja ei-kaupallisen alan instituutilla. Lisäksi AutoDock:sta on tehty vuoteen tammikuuhun 2003 mennessä 450 kirjallista julkaisua sen käyttämistä metodeista.

4 AutoDock on ilmainen akateemisille ja koulutus instituuteille ei-kaupalliseen käyttöön. C ja C++ koodit on varustettu kaikissa ohjelmissa Unix makefileilla helpottamaan suoritettavan tiedoston laatimista. Ohjelma toimii seuraavissa käyttöympäristöissä; Darwin, IRIX64, Linux, Mac OS X, Solaris, Windows/Cygwin ja Linux Compute Cluster. Ohjelman kotisivulta löytyy tarkat ohjeet ohjelman asennukseen ja käyttöön. Ohjelman hankkiminen vaatii lisenssihakemuksen allekirjoittamista, sen faksaamista ja sähköpostittamista ja ftp-ohjeet lähetetään käyttäjälle sähköpostitse. Tämä kestää noin viisi arkipäivää. AutoDock 3.0 version avulla interaktio voidaan suorittaa minuutissa ja kiinteää interaktiota voidaan suorittaa päivän aikana yhdellä prosessorilla. Ohjelma sisältää vapaan energian piirrotusfunktion, joka perustuu lineaariseen regressioanalyysiin, AMBER FORCE FIELD, ja suureen joukkoon monipuolisesti yhteen kuuluvien proteiini ligandi komplekseista tiedetyn inhibition pysyvyyden mukaan. 3 Schrödingerin Glide, Liaison ja QSite Ohjelmissa on graafinen Maestro-käyttöliittymiä ja ohjelmat piirtävät käyttäjälle interaktiosta 3D-rakenteisen kuvan. Nämä ohjelmat vaativat lisenssin kirjoittamisen ja faksaamisen ennen kuin ohjelman saa käyttöönsä. 3.1 Glide Glide on keskittynyt lääkekeksintöjen kehittämiseen. Tärkeimpiä tekijöitä ovat nopeus, ligandien sidostapojen tunnistaminen sekä sidosten yhteenkuuluvuuden ennustaminen. Glide:n piirrotus perustuu verkkopohjaiseen energian minimointiin, Monte Carlo

5 näytteenottoon sekä GlideScore-ohjelmaan. GlideScore on muunnettu versio paremmin tunnetusta CheScore-ohjelmasta. Se on testattu yli 200 kompleksilla, joiden kokeelliset sidosreaktiot ovat saatavilla. Glide on myös suunniteltu yhtäaikaiseen täsmälliseen näytteenottoon ja piirrotukseen. Gliden tehokkuus perustuu hierarkkisiin suodattimiin, jotka nopeasti ohjautuvat mahdollisiin ligandi paikkoihin ja taipumukseen helposti käsiteltävien numeroiden yksityiskohtaiseen tarkasteluun. Nämä filtterit sisältävät uuden karkean piirrotus funktion, joka tunnistaa hydrofopiset ja polaariset yhteydet reseptori ja hylkäys interaktion perusteella. Enemmän täsmällisiä piirrotusprosesseja voidaan suorittaa myöhemmissä interaktiovaiheissa laskennan kokonaisnopeutta liikuttamatta. Glide toimii Unix:ssa ja Linuks:ssa. Glide:ssä on graafinen kaäyttöliittymä ja sen käyttö on siitä syystä helpompaa. Yksi paneeli suorittaa prosesseissa tarvittavia parametreja. Tulosten analysointi on yksinkertaistettu. Glid antaa käyttäjälle myös mahdollisuuden tutkia vetysidoksia ja yhteyksiä ligandin ja reseptorin välillä. Glide tulokset voi jatko käsitellä Schrödingerin vapaan energian estimointi ohjelmalla, Liaison. 3.2 Liaison Liaison on suunniteltu ensisijaisesti lääkesuunnitteluun. Liaison on nopeampi kuin Glide. Liaison ohjelma käyttää jatkuvaa solvaatiota exblisiittisen solvaation sijaan sekä lineaarista vuorovaikutusaproksimaatio (LIA) menetelmää. Vain kaksi simulaatiota täytyy suorittaa Liaisonin sitoutumistapahtuman kuvaamisessa; vapaa ligandi vesipohjaisessa ympäristössä ja ligandin sitoutuminen reseptoriin, siksi menetelmä on laskennallisesti todella nopea. Täydentävä laskenta-aika simulaatiossa on lisätty sallimalla energian minimoinnin käyttö Molecular Dynamics:n ja Monte Carlo näytteenoton sijaan. Simulaatiotuloksista lasketaan parametrien avulla yhteenkuuluvien sidosten paikat ja tästä

6 ohjelma antaa piirrotusfunktion sitoutumisenergialle. Empiirinen parametrisointi korjaa mallien systemaattiset virheet, mikä sallii Liaisonin käytön rajatuissa alueissa erilaisilla kemiallisilla rakenteilla. Liaison energiat on laskettu käyttäen OPLS-AA voima kenttää. Solvaatio efektit on otettu huomioon täsmällisessä S-GB jatkuvassa mallissa, mikä tuottaa laskennallisia kuormituksia lyhyemmän piirrotuksen ajan. Käyttämällä jatkuvaa menetelmää myös varmistetaan nopeampi simulaation konvergenssi. Automatisoidut prosessit Liaisonissa mahdollistavat ligandien sarjojen tutkimisen samalle reseptorille ilman käyttäjän väliintuloa, kuten yhtä hyvin myös sidosenergioiden seurannan helpon analysoinnin. Liaisonissa on helppo asettaa läpi yksittäinen paneeli graafisessa Maestro käyttöliittymässä. Se käsittelee ligandeja, jotka ovat kemiallisesti erilaisia. S-GB jatkuva solvaatio varmistaa täsmälliset tulokset ja nopean konvergenssin. 3.3 QSite QSite on yhdistetty moodi QM/MM ohjelmasta täsmälliselle proteiini-ligandin vuorovaikutuksien energian laskemiselle aktiivisessa paikassa. Ohjelma on erityisesti suunniteltu proteiineille. QSite käyttää Jaguar ohjelman (myös Schrödingerin ohjelma ja hankittava erikseen) tehoa ja nopeutta suorittaakseen huomattavan mekaanisen osan laskennoista ja OPLS-AA:ta suorittaakseen molekyylien mekaanisen osan laskennasta. QSite ei toimi ilman Jaguarohjelmaa.Yhdistetyssä moodi laskennassa vain kriittinen kulma on käsitelty kvantti mekaanisesti. Moodi mahdollistaa myös minkä tahansa ligandin tutkimisen ilman huolta parametrisaatiosta. Koska ligandit on käsitelty kvanttimekaanisesti, voidaan myös tutkia uusia ulokkeita

7 luotettavasti. Lisäksi voidaan verrata suhteellisia energioita kahden erilaisen rakenteen telakoituessa reseptorin paikkaan täsmällisesti. Pystytään myös tarkistamaan lääkkeen kahden erilaisen sidosmoodin suhteellisen voimakentän energiat QSite:ssa Shrödingerin ab initio ohjelmisto Jaguar suorittaa kvanttimekaaniset laskennat sisältäen molekyyli mekaniikan ympäristön yhteydet. Jaguar on tunnettu nopeudestaan, tehokkuudestaan ja täsmällisyydestään. Tyypillisesti tietty ligandi tai mikä tahansa proteiinin aktiivisen puolen avain jäännös on kuvattu kvanttimekaniikalla, kun samanaikaisesti suurempi joukko proteiineja on kuvattu molekyylimekaniikalla. QSite on erityisesti suunniteltu proteiinin aktiivisen puolen mallintamiseen. QSite tarjoaa mahdollisuuden kvanttimekaniikan laskennan eri tasoilla; HF (high frequency), DFT (discrete Fourier transformation) ja LMP2. Molekyylimekaniin laskennat on suoritettu käyttämällä Jorgensenin OPLS-AA:n voima kenttää. QM vyöhyke jäädytetään MM optimoinnin ajaksi, joten molekyylin mekaaninen vyöhyke optimoidaan adiabaattisesti reaktion jokaiseen geometriseen askeleeseen QM vyöhykkeellä, näin turvataan koko systeemin nopea minimointi. 4 Hint Hint on molekyylimallinnus ohjelma, jonka tarkoitus on visualisoida hydrofoobisia ja hydrofiilisia interaktioita biologisten molekyylien välillä. Tätä ohjelmaa voidaan käyttää etsiessä uudenlaisia lääkkeitä ja proteiinin tai nukleotidin rakenteen analyysissä. Hint käyttää jo hyvin kehiteltyjä lääketiettelisen kemian ja QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship) periaatteita sekä LogP -arvoa ja hydrofoobisuutta hyväksi. Ohjelma muodostaa vapaaenergioihin perustuvan interaktiomallin. Vapaaenergiat perustuu kokeellisesti havaittuihin tuloksiin, jotka on saatu neste-erotuksista. Erotuskerroin (LogP)

8 on termodynaaminen parametri, joka sisältää tiedon kaikista interaktioista biologisessa ympäristössä, jotka eivät ole kovalenttisia. Tämä johtuu siitä, että tätä arvoa ei ole muokattu ja se on puolueeton kokeellinen arvo. Ohjelma laskee kolmiuloitteiset hydpaattiset kentät, joita käytetään myöhemmissä osissa ohjelmassa. Näitä kenttätietoja voidaan käyttää, kun halutaan analysoida biologisten makromolekyylien rakennetta. Mahdollisia tutkittavia interaktioita ovat miten substraatti tai muu pieni molekyyli sitoutuu proteiiniin tai nukleotidiin, proteiinien osien interaktioita ja proteiinin laskostumista. Tällä ohjelmalla on mahdollista myös verrata miten interaktio muuttuu erilaisissa ympäristöissä, esimerkiksi ph-muutoksen jälkeen. 5 Ligplot Ligplot on ohjelma, joka tuotaa kaksiuloitteisia kuvia, jotka esittää kahden molekyylin välisiä interaktioita. Interaktiot on visualisoitu eri väreillä ja ne esittävät vetysidoksia ja hydrofoobisia interaktioita. Ohjelma on tehty Unix käyttöliittymälle, mutta uusi versio on tulossa Windows käyttöliittymälle. Ohjelmalle annetaan kolmiuloitteinen tieto proteiinista. Ohjelma ensin kiertää kolmiuloitteisen rakenteen auki, sen kiertyvien sidosten ympäri. Tuloksena on kaksiuloitteinen kuva, missä sidokset on kuitenkin lähes täysin oikeilla paikoillaan ja interaktiokohdat pysyvät samanlaisina. Ohjelmassa on useampi ohjelma toimimassa yhdessä. HBPLUS laskee kaikki interaktiossa olevat vetysidokset. HBADD muutta PDB-tiedoston muotoon, mistä HBPLUS voi käyttää tietoja. Tämä tapahtuu käyttämällä tiedostokirjastoa. Jos tätä ohjelmaa ei käytetä, muutto pitää tehdä manuaalisesti. Lopulta NACCESS laskee liuoksen mahdollisuuden päästä proteiinin eri kohtiin. Erillinen DIMPLOT ohjelma laskee interaktioita kahden

9 proteiinin välillä, joko proteiinidimerin välillä tai kahden proteiinin eri domainien välillä. Ligplot ohjelmalle syötetään proteiinin PDB-tiedosto ja kohta, mihin interaktiomolekyyli voi sijoittua. Ohjelman tulostukset on joko mustavalkoisia tai värillisiä kuvia. Tulostusta voi muokata omien halujen mukaan. 6 FADE ja PADRE FADE ja PADRE ohjelmat ovat San Diegon yliopiston laskentakeskuksen (Supercomputer Center at UCSD) tekemiä ohjelmia. FADE on lyhenne nimestä Fast Atomic Density Evaluator ja PADRE on lyhennen nimestä Pairwise Atomic Density Reverse Engineering. Ohjelmaa toimii sekä Unix että Macintosh käyttöliittymillä. Näillä kahdella ohjelmalla voi nopeasti havainnollistaa uria, lohkeamia ja ulokkeita proteiinin pinnalla. Tästä näkee helposti, mitkä kohdat ovat luultavasti jonkinlaisissa yhteyksissä muihin molekyyleihin. Tällä ohjelmalla voi myös suoraan laskea kuinka hyvin joku toinen proteiini sitoutuisi johonkin kohtaan tarkastelussa olevaa proteiinia. FADE toimii siten, että se laskee molekyylin pinnalla olevia atomitiheyksiä. Proteiinin kohdat, missä on suuri tiheys yleensä viittaa kohtiin, missä on ura tai lohkeama. Näitä atomitiheyksiä vertaamalla ja laskemalla yhteen, voidaan laskea miten kaksi vertailtavaa proteiinia voisi liittyä yhteen. FADE käyttää laskennassa FFT (Fast Fourier Transforms) -muunnoksia ja automaattisesti laskee optimaaliset ruudukon koot joita käyttää FFT-muunnoksien kanssa. Tämä ohjelma on kuitenkin niin helppokäyttöinen, että jopa kolmevuotias voisi sitä käyttää. Ohjelmalla on kattava ohjekirja, joka on ladattavissa internetistä.

10 PADRE laskee tiheyksiä tietyillä etukäteen määrätyillä pinnoilla. Ohjelman tehtävä on saada esille proteiinin topografisia ominaisuuksia. PADRE muodostaa pisteelle analyyttisen muotoarvon, joka määrittelee sen kohdan kolmiuloitteisessa tilassa. Nämä tiheyslaskelmat auttavat löytää proteiinista kohtia, mihin toinen molekyyli voi sitoutua ja muita yksilöllisiä piirteitä. PADRE käyttää Lennard-Jones potentiaaleja, joiden avulla se arvioi tiheysarvoja tietyissä pisteissä. Tämä ohjelma voi myös lukea MSMS ohjelman tuottamia pintatietoja. Tämän ohjelman ohjekirja löytyy myös internetistä. 7 Shape Shape on ohjelma, joka kehitettiin San Diegon Yliopistoston laskentakeskuksessa (Supercomputer Center at UCSD). Ohjelmalla voidaan analysoida proteiinirakennetta ja molekyylin pintakemiaa. Ohjelma on kirjoitettu C kielellä. Ohjelmassa on kaksi varsinaista ohjelmaa, jotka toimivat yhdessä, jotta voidaan analysoida proteiinin pinnan rakennetta ja kemiaa. Yksi ohjelmista on nimeltään Surfractal. Tämä osa laskee osittaisatomitiheyksiä tietyissä kohdissa halutusta tiedostosta. Nämä kohdat saadaan laskelmista, missä ohjelma laskee atomien keskipisteistä johtuvia atomitiheyksiä. Toinen ohjelma on MaxAccess. Tämän ohjelman tehtävänä on laskea suurin mahdollinen pallotilavuus proteiinin pinnalla. Tämä tarkoittaa siis sitä, että kuinka suuria molekyylejä mahtuu proteiinin lähelle. Tämä pallotilavuus lasketaan kaikissa pisteissä annetusta tiedostosta. Syöttötiedosto on ASCII tiedostoista. Tähän kuuluu kaksi tiedostoa. Toinen tiedosto sisältää koordinaatit proteiinin eri atomien keskipisteistä. Toinen tiedosto sisältää

11 koordinaatit proteiinin pinnasta. Yhteensä, tässä tiedostossa on siis tietoa proteiinin jokaisen atomin halkaisijasta, koordinaatista sekä pintatietoja. Shape ohjelman saa käyttöön täyttämällä lisenssin. Ohjelmalla on tekstipohjainen käyttöliittymä, mutta tulokset saadaan kuvamuotoon, missä näkee proteiinin kolmiuloitteisen rakenteen sekä mahdollisia sitoutumiskohtia. 8 DOCK DOCK käyttää geometrista sopivuus algoritmia heijastamaan ligandi sidostaskun negatiiviseen kuvaan. Algoritmi kykenee löytämään matalimman energian sidosmoduulin, sisältäen voimakenttään perustuvan piirrotuksen. DOCK on kirjoitettu C++ kielellä ja on käytännöllisesti erotettu itsenäisiin komponentteihin. DOCK ennustaa muun muasssa pienien molekyyli-proteiini kokonaisuuksien sitoutumismoodeja. Ohjelma etsii ligandin tietokannoista yhdistelmiä, jotka haittaavat entsyymiaktiivisuutta, sitovat tiettyjä proteiineja tai sitovat nukleiinihappokohteita. DOCK tutkii myös proteiini-proteiini ja proteiini-dna kokonaisuuksien mahdollisia sitoutumisorientaatioita. Se auttaa ohjaamaan synteettisiä vaikutuksia tutkimalla pieniä molekyylejä, jotka ovat laskennallisesti derivoituja. DOCK toimii seuraavissa käyttöliittymissä; Linux, Unix, Windows, Sun, IBM AIX ja Macintosh OSX. DOCK on maksuton akateemisille instituuteille ja lisenssi on saatavilla myös teollisuuden laitoksille. Ohjelman saa käyttöön täyttämällä lisenssin ja faksaamalla sen DOCK:n ylläpidolle. Lisäksi tulee lähettää sähköpostitse tilaajan akateeminen osoite. DOCK ohjelmalla on tekstipohjainen käyttöliittymä ja ohjelma sisältää paljon parametrejä, jotka on saatavilla käyttäjälle DOCK:n kotisivuilta.kotisivuilta löytyvät

12 myös ohjeet parametrien käyttöä varten ja parametrien arvot. 9 DOT (Daughter of Turnip) DOT ei ole niin visuaalinen kuin AutoDock. DOT perustuu Turnip ohjelmaan, jonka on kehittänyt Victoria Roberts Scripps Research Instituutista. DOT käyttää geometrisen sopivuuden informaatiota sekä Poisson-Boltzmann sähköstaatista potentiaalia. DOT:n ensisijainen määränpää on löytää suhteellisen nopeasti lyhyt luettelo ehdokasmolekyylien paikasta. DOT tekee perustan yhdestä kiinteästä molekyylistä ja ottaa luettelon kierteistä, jonka avulla se muodostaa seuraavan liikkuvan molekyylin. Joka kierteelle kierteisyys operaatio laskee suhteellisuuden potentiaalisen kentän ja kiinteän molekyylin välille, sekä liikkuvan molekyylin kierretyn latauksen jakautumisen. Lopputuloksesta DOT laskee sähköstaattisen vuorovaikutuksen energiat sekä van der Waals vuorovaikutukset. Jokainen kiemura arvioi energiaa yli koko avaruudellisen verkon tälle kiinteälle kierteelle. DOT muodostaa listan suhteellisen myönteisistä paikoista kahden molekyylin välille. Korkeammalle viedyt tulokset voidaan suorittaa muilla ohjelmilla, jotka esittävät energian minimoinnin molekyylien dynamiikan tai vapaan energian simuloinnin tai visuaalisen tarkastelemisen kautta. DOT toimii hitaasti sillä se suorittaa monia laskutoimituksia samanaikaisesti ja se käy läpi kaikki vaihtoehtoiset kierre- ja käännöspaikat. Jos käytetään useampaa työasemaa, voidaan laskentaa nopeuttaa. Tämä tarkka laskeminen hyödyttää kuitenkin siitä syystä, että algoritmien valinta on todella tehokasta. Kun annetaan yksi kierre, ohjelma laskee energiat kaikille translaatiomahdollisuuksille samalla kertaa. Kaikki DOT:n aritmetiikat soveltuvat hyvin nykyisille mikroprosessoreille, mutta ne vaativat paljon prosessoritilaa.

13 DOT toimii seuraavissa tekstipohjaisissa käyttöliittymissä: DIGITAL MPI, Sun MPI, CRAY MPI, IBM MPI. Käytettäessä DOT:ia on ensin määritettävä paljon esitietoja, joiden laskemiseen on olemassa monia ohjelmia. DOT:n kotisivuilta löytyy maininta näistä ohjelmista, jotka tulee kuitenkin tilata ja asentaa erikseen kyseisten valmistajien kotisivuilta. DOT:n käytön aloittaminen on monivaiheista. Käyttäjän tulee ensin asentaa monia tiedostoja koneeseensa, jotka sisältävät esitiedot ja määritykset tarvittaviin laskutoimituksiin. Lisäksi käyttäjän tulee etsiä kaikki ohjelmat näiden esimääritelmien laskemista varten ja asentaa ne omalle koneelle ja suorittaa määritelmät näillä ohjelmilla. Kaikkiin vaiheisiin löytyy kuitenkin DOT:n kotisivuilta ohjeet. DOT on tekstipohjainen ohjelma ja se suorittaa erilaisia laskutoimituksia ja tehtäviä käskyjä antamalla. Myös kaikki käskyt, niiden käyttötarkoitus ja parametrit löytyvät DOT:n kotisivuilta. DOT:n kotisivuilta ei kuitenkaan löydy suosituksia/viitteitä tälle ohjelmalla. DOT vaatii rekisteröitymisen, jotta ohjelman pääsee lataamaan kotisivulta. Tähän järjestelmään vaadittava salasana lähetetään käyttäjälle sähköpostitse. 10 Johtopäätökset Tässä työssä on käsitelty kymmenen eri ohjelmaa ja niiden toimintaa. Suurin osa ohjelmista vaati useamman ohjelman käyttöä, jotta saataisiin varsinainen simulointi toimimaan. Ohjelmien käyttöön opastettiin eri tavoilla. Joillain ohjelmilla oli kattavat oppaat, mutta joistain ohjelmista kerrottiin käyttäjälle hyvin vähän jos ei ollut itse ohjelmaa. Suurin osa ohjelmista oli ilmainen akateemisia tarkoituksia varten, mutta ohjelman saaminen ja käyttö vaati lisenssisopimusten täyttämistä ja telefaksaamista. Suurin osa ohjelmista oli varustettu graafisella käyttöliittymällä, mutta tämä ei kuitenkaan taannut sitä, että ohjelma olisi helppokäyttöinen. Yleisesti nähtiin, että ohjelmia oli useita, ja ne olivat kaikki jonkin verran erilaisia. Käyttäjän tulee itse valita, mitä ohjelmaa käyttää, riippuen halutusta tuloksesta ja sovellutuksesta missä ohjelmaa käyttää. Tästä kokoelmasta ohjelmia löytyy varmasti sopiva kaikkiin tarkoituksiin.

Integrointialgoritmit molekyylidynamiikassa

Integrointialgoritmit molekyylidynamiikassa Integrointialgoritmit molekyylidynamiikassa Markus Ovaska 28.11.2008 Esitelmän kulku MD-simulaatiot yleisesti Integrointialgoritmit: mitä integroidaan ja miten? Esimerkkejä eri algoritmeista Hyvän algoritmin

Lisätiedot

T Testiraportti - järjestelmätestaus

T Testiraportti - järjestelmätestaus T-76.115 Testiraportti - järjestelmätestaus 18. huhtikuuta 2002 Confuse 1 Tila Versio: 1.0 Tila: Päivitetty Jakelu: Julkinen Luotu: 18.04.2002 Jani Myyry Muutettu viimeksi: 18.04.2002 Jani Myyry Versiohistoria

Lisätiedot

KYMENLAAKSON AMMATTIKORKEAKOULU. Ubuntu. Yukun Zhou

KYMENLAAKSON AMMATTIKORKEAKOULU. Ubuntu. Yukun Zhou KYMENLAAKSON AMMATTIKORKEAKOULU Ubuntu Yukun Zhou 2014 Yukun Zhou Harjoitustyö 1 SISÄLLYSLUETTELO 1. YLEISTÄ... 2 2. JULKAISUT... 3 3. SUOSIO... 4 4. ASENNUS... 4 5. TURVALLISUUS... 4 6. PAKETTIENHALLINTA...

Lisätiedot

Käyttöohje. Energent MagiCAD plugin

Käyttöohje. Energent MagiCAD plugin Käyttöohje Energent MagiCAD plugin Sisältö 1. Yleistä 1 Dokumentin sisältö... 1 Ohjelman asennus... 1 Vaadittavat ohjelmistot... 1 Asennus... 1 Ohjelman käynnistys... 2 2. Toiminnallisuudet 3 Insert Energent

Lisätiedot

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 13.12.12 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, luonto käyttää 20 erilaista

Lisätiedot

Esimerkkejä vaativuusluokista

Esimerkkejä vaativuusluokista Esimerkkejä vaativuusluokista Seuraaville kalvoille on poimittu joitain esimerkkejä havainnollistamaan algoritmien aikavaativuusluokkia. Esimerkit on valittu melko mielivaltaisesti laitoksella tehtävään

Lisätiedot

Paavo Kyyrönen & Janne Raassina

Paavo Kyyrönen & Janne Raassina Paavo Kyyrönen & Janne Raassina 1. Johdanto 2. Historia 3. David Deutsch 4. Kvanttilaskenta ja superpositio 5. Ongelmat 6. Tutkimus 7. Esimerkkejä käyttökohteista 8. Mistä näitä saa? 9. Potentiaali 10.

Lisätiedot

Simulation and modeling for quality and reliability (valmiin työn esittely) Aleksi Seppänen

Simulation and modeling for quality and reliability (valmiin työn esittely) Aleksi Seppänen Simulation and modeling for quality and reliability (valmiin työn esittely) Aleksi Seppänen 16.06.2014 Ohjaaja: Urho Honkanen Valvoja: Prof. Harri Ehtamo Työn saa tallentaa ja julkistaa Aalto-yliopiston

Lisätiedot

Ohjelmoinnin perusteet Y Python

Ohjelmoinnin perusteet Y Python Ohjelmoinnin perusteet Y Python T-106.1208 12.4.2010 T-106.1208 Ohjelmoinnin perusteet Y 12.4.2010 1 / 34 Graafiset käyttöliittymät Tähän asti kirjoitetuissa ohjelmissa on ollut tekstipohjainen käyttöliittymä.

Lisätiedot

Tähtitieteen käytännön menetelmiä Kevät 2009

Tähtitieteen käytännön menetelmiä Kevät 2009 Tähtitieteen käytännön menetelmiä Kevät 2009 2009-01-12 Yleistä Luennot Luennoija hannu.p.parviainen@helsinki.fi Aikataulu Observatoriolla Maanantaisin 10.00-12.00 Ohjattua harjoittelua maanantaisin 9.00-10.00

Lisätiedot

StatCrunch -laskentasovellus

StatCrunch -laskentasovellus StatCrunch -laskentasovellus Yleistä sovelluksesta StatCrunch on Integrated Analytics LLC:n valmistama sovellus tilastotieteellisten analyysien tuottamista varten. Se on verkon yli käytettävä analyysisovellus,

Lisätiedot

L models. Käyttöohje. Ryhmä Rajoitteiset

L models. Käyttöohje. Ryhmä Rajoitteiset Teknillinen korkeakoulu T-76.115 Tietojenkäsittelyopin ohjelmatyö Lineaaristen rajoitteiden tyydyttämistehtävän ratkaisija L models Käyttöohje Ryhmä Rajoitteiset Versio Päivämäärä Tekijä Muutokset 0.1

Lisätiedot

CVS. Kätevä väline usein päivitettävien tiedostojen, kuten lähdekoodin, hallitsemiseen

CVS. Kätevä väline usein päivitettävien tiedostojen, kuten lähdekoodin, hallitsemiseen CVS Versionhallintajärjestelmä Kätevä väline usein päivitettävien tiedostojen, kuten lähdekoodin, hallitsemiseen Käytetään komentoriviltä, myös graafisia käyttöliittymiä saatavilla CVS Kaikki tiedostot

Lisätiedot

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)

ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava

Lisätiedot

Luku 6. Dynaaminen ohjelmointi. 6.1 Funktion muisti

Luku 6. Dynaaminen ohjelmointi. 6.1 Funktion muisti Luku 6 Dynaaminen ohjelmointi Dynaamisessa ohjelmoinnissa on ideana jakaa ongelman ratkaisu pienempiin osaongelmiin, jotka voidaan ratkaista toisistaan riippumattomasti. Jokaisen osaongelman ratkaisu tallennetaan

Lisätiedot

Palokuolemien ehkäisykeinojen arviointiohjelma pilottina tulevaisuuteen. Palotutkimuksen päivät 2011

Palokuolemien ehkäisykeinojen arviointiohjelma pilottina tulevaisuuteen. Palotutkimuksen päivät 2011 Palokuolemien ehkäisykeinojen arviointiohjelma pilottina tulevaisuuteen Olavi Keski-Rahkonen, Teemu Karhula, Topi Sikanen ja Simo Hostikka Palotutkimuksen päivät 2011 Hanasaaren kulttuurikeskus, Espoo,

Lisätiedot

Järjestelmän asetukset. Asetustiedostojen muokkaaminen. Pääkäyttäjä eli root. Järjestelmänhallinnan työkalut

Järjestelmän asetukset. Asetustiedostojen muokkaaminen. Pääkäyttäjä eli root. Järjestelmänhallinnan työkalut Järjestelmän asetukset Järjestelmänhallinnan työkalut Ubuntussa järjestelmän hallintaan ja asetusten muokkaamiseen tarkoitetut ohjelmat on koottu Järjestelmä-valikon alle Asetukset- ja Ylläpito -alavalikoista

Lisätiedot

Ohjeita fysiikan ylioppilaskirjoituksiin

Ohjeita fysiikan ylioppilaskirjoituksiin Ohjeita fysiikan ylioppilaskirjoituksiin Kari Eloranta 2016 Jyväskylän Lyseon lukio 11. tammikuuta 2016 Kokeen rakenne Fysiikan kokeessa on 13 tehtävää, joista vastataan kahdeksaan. Tehtävät 12 ja 13 ovat

Lisätiedot

Luento 4: Liikkeen kuvausta, differentiaaliyhtälöt

Luento 4: Liikkeen kuvausta, differentiaaliyhtälöt Luento 4: Liikkeen kuvausta, differentiaaliyhtälöt Digress: vakio- vs. muuttuva kiihtyvyys käytännössä Kinematiikkaa yhdessä dimensiossa taustatietoa Matlab-esittelyä 1 / 20 Luennon sisältö Digress: vakio-

Lisätiedot

Neuroverkkojen soveltaminen vakuutusdatojen luokitteluun

Neuroverkkojen soveltaminen vakuutusdatojen luokitteluun Neuroverkkojen soveltaminen vakuutusdatojen luokitteluun Sami Hokuni 12 Syyskuuta, 2012 1/ 54 Sami Hokuni Neuroverkkojen soveltaminen vakuutusdatojen luokitteluun Turun Yliopisto. Gradu tehty 2012 kevään

Lisätiedot

FYSA210/2 PYÖRIVÄ KOORDINAATISTO

FYSA210/2 PYÖRIVÄ KOORDINAATISTO FYSA210/2 PYÖRIVÄ KOORDINAATISTO Johdanto Inertiaalikoordinaatisto on koordinaatisto, jossa Newtonin mekaniikan lait pätevät. Tällaista koordinaatistoa ei reaalimaailmassa kuitenkaan ole. Epäinertiaalikoordinaatisto

Lisätiedot

20 SYYTÄ, MIKSI JOKAISEN SEURAAVAN TIETOKONEEN TULISI OLLA THINKPAD TAI THINKCENTRE

20 SYYTÄ, MIKSI JOKAISEN SEURAAVAN TIETOKONEEN TULISI OLLA THINKPAD TAI THINKCENTRE 20 SYYTÄ, MIKSI JOKAISEN SEURAAVAN TIETOKONEEN TULISI OLLA THINKPAD TAI THINKCENTRE THINKVANTAGE TECHNOLOGY AND DESIGN Napsauta tästä ThinkVantage Technology and Design -ominaisuudet ovat ThinkPad -kannettaviin

Lisätiedot

Matematiikan tukikurssi

Matematiikan tukikurssi Matematiikan tukikurssi Kurssikerta 4 Jatkuvuus Jatkuvan funktion määritelmä Tarkastellaan funktiota f x) jossakin tietyssä pisteessä x 0. Tämä funktio on tässä pisteessä joko jatkuva tai epäjatkuva. Jatkuvuuden

Lisätiedot

DNA Mokkula E180 - korjaus päivityksen yhteydessä syntyneeseen ongelmaan

DNA Mokkula E180 - korjaus päivityksen yhteydessä syntyneeseen ongelmaan DNA Mokkula E180 - korjaus päivityksen yhteydessä syntyneeseen ongelmaan Tätä ohjetta tai sen osaa ei saa kopioida tai välittää missään muodossa ilman DNA Oy:n kirjallista suostumusta. Tavaramerkit ja

Lisätiedot

FYSA234 Potentiaalikuoppa, selkkarityö

FYSA234 Potentiaalikuoppa, selkkarityö FYSA234 Potentiaalikuoppa, selkkarityö Jari Partanen, Jani Komppula JYFL FL246, S118 japapepa@jyu.fi, jani.komppula@jyu.fi 13. lokakuuta 2014 Ohjaus Työn ja ohjelman esittely (15-30 min) Harjoitellaan

Lisätiedot

FYSP101/K1 KINEMATIIKAN KUVAAJAT

FYSP101/K1 KINEMATIIKAN KUVAAJAT FYSP101/K1 KINEMATIIKAN KUVAAJAT Työn tavoitteita tutustua kattavasti DataStudio -ohjelmiston käyttöön syventää kinematiikan kuvaajien (paikka, nopeus, kiihtyvyys) hallintaa oppia yhdistämään kinematiikan

Lisätiedot

Malleja ja menetelmiä geometriseen tietokonenäköön

Malleja ja menetelmiä geometriseen tietokonenäköön Malleja ja menetelmiä geometriseen tietokonenäköön Juho Kannala 7.5.2010 Johdanto Tietokonenäkö on ala, joka kehittää menetelmiä automaattiseen kuvien sisällön tulkintaan Tietokonenäkö on ajankohtainen

Lisätiedot

Vapaat ohjelmat matkalla

Vapaat ohjelmat matkalla Vapaat ohjelmat matkalla Arto Teräs Finnish Linux User Group FLUG ry Teemailta Helsinki, 24.5.2010 Kalvo 1(14) Tietotekniikka (loma)matkalla Eihän lomalla tarvitse koskea tietokoneisiin.

Lisätiedot

Termodynamiikka. Fysiikka III 2007. Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki

Termodynamiikka. Fysiikka III 2007. Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki Termodynamiikka Fysiikka III 2007 Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki Tilanyhtälö paine vakio tilavuus vakio Ideaalikaasun N p= kt pinta V Yleinen aineen p= f V T pinta (, ) Isotermit ja isobaarit Vakiolämpötilakäyrät

Lisätiedot

Algoritmit 1. Luento 1 Ti Timo Männikkö

Algoritmit 1. Luento 1 Ti Timo Männikkö Algoritmit 1 Luento 1 Ti 10.1.2017 Timo Männikkö Luento 1 Algoritmi Algoritmin toteutus Ongelman ratkaiseminen Algoritmin tehokkuus Algoritmin suoritusaika Algoritmin analysointi Algoritmit 1 Kevät 2017

Lisätiedot

ψ(x) = A cos(kx) + B sin(kx). (2) k = nπ a. (3) E = n 2 π2 2 2ma 2 n2 E 0. (4)

ψ(x) = A cos(kx) + B sin(kx). (2) k = nπ a. (3) E = n 2 π2 2 2ma 2 n2 E 0. (4) 76A KIINTEÄN AINEEN FYSIIKKA Ratkaisut 4 Kevät 214 1. Tehtävä: Yksinkertainen malli kovalenttiselle sidokselle: a) Äärimmäisen yksinkertaistettuna mallina elektronille atomissa voidaan pitää syvää potentiaalikuoppaa

Lisätiedot

Harjoitus 7: NCSS - Tilastollinen analyysi

Harjoitus 7: NCSS - Tilastollinen analyysi Harjoitus 7: NCSS - Tilastollinen analyysi Mat-2.2107 Sovelletun matematiikan tietokonetyöt Syksy 2006 Mat-2.2107 Sovelletun matematiikan tietokonetyöt 1 Harjoituksen aiheita Tilastollinen testaus Testaukseen

Lisätiedot

Harjoitustehtävät ja ratkaisut viikolle 48

Harjoitustehtävät ja ratkaisut viikolle 48 Harjoitustehtävät ja ratkaisut viikolle 48 1. Tehtävä on jatkoa aiemmalle tehtävälle viikolta 42, missä piti suunnitella älykodin arkkitehtuuri käyttäen vain ennalta annettua joukkoa ratkaisuja. Tämäkin

Lisätiedot

Fiscal INFO TV -ohjelmisto koostuu kolmesta yksittäisestä ohjelmasta, Fiscal Media Player, Fiscal Media Manager ja Fiscal Media Server.

Fiscal INFO TV -ohjelmisto koostuu kolmesta yksittäisestä ohjelmasta, Fiscal Media Player, Fiscal Media Manager ja Fiscal Media Server. PIKA-ALOITUSOPAS Fiscal INFO TV -ohjelmisto koostuu kolmesta yksittäisestä ohjelmasta, Fiscal Media Player, Fiscal Media Manager ja Fiscal Media Server. Fiscal Media Manager -ohjelmalla tehdään kalenteri,

Lisätiedot

Tietorakenteet ja algoritmit

Tietorakenteet ja algoritmit Tietorakenteet ja algoritmit Kurssin sisältö pääpiirteittäin Tarvittavat pohjatiedot Avainsanat Abstraktio Esimerkkiohjelman tehtäväkuvaus Abstraktion käyttö tehtävässä Abstrakti tietotyyppi Hyötyjä ADT:n

Lisätiedot

Aukkoja sekvensseissä. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari

Aukkoja sekvensseissä. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari Aukkoja sekvensseissä Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 25.04.13 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, proteiinit rakentuvat 22:sta erilaisesta, 20

Lisätiedot

Nimettömien tietojen lähettäminen Lenovolle

Nimettömien tietojen lähettäminen Lenovolle Nimettömien tietojen lähettäminen Lenovolle Sisältö Nimettömien tietojen lähettäminen Lenovolle... 1 Harmony... 1 Lenovo Companion 3.0... 2 Lenovo Customer Engagement Service... 3 Lenovo Experience Improvement

Lisätiedot

Näin järjestän ohjelmointikurssin, vaikka en ole koskaan ohjelmoinut www.helsinki.fi

Näin järjestän ohjelmointikurssin, vaikka en ole koskaan ohjelmoinut www.helsinki.fi Näin järjestän ohjelmointikurssin, vaikka en ole koskaan ohjelmoinut Ohjelmointikurssin järjestäminen Helsingin yliopiston Ohjelmoinnin MOOC-kurssimateriaalin avulla 15.4.2016 1 Linkki Tietojenkäsittelytieteen

Lisätiedot

4. Lausekielinen ohjelmointi 4.1

4. Lausekielinen ohjelmointi 4.1 4. Lausekielinen ohjelmointi 4.1 Sisällys Konekieli, symbolinen konekieli ja lausekieli. Lausekielestä konekieleksi: - Lähdekoodi, tekstitiedosto ja tekstieditorit. - Kääntäminen ja tulkinta. - Kääntäminen,

Lisätiedot

Toiminnalliset ja ei-toiminnalliset vaatimukset Tunnus (ID) Vaatimus Vaatimuksen

Toiminnalliset ja ei-toiminnalliset vaatimukset Tunnus (ID) Vaatimus Vaatimuksen Vaatimusluettelo versio 0.17 Toiminnalliset ja ei-toiminnalliset vaatimukset Tunnus (ID) Vaatimus Vaatimuksen Yleiset vaatimukset 1 Koodistopalvelujärjestelmä on selainkäyttöinen 2 Käyttöliittymän tulee

Lisätiedot

Mitä on konvoluutio? Tutustu kuvankäsittelyyn

Mitä on konvoluutio? Tutustu kuvankäsittelyyn Mitä on konvoluutio? Tutustu kuvankäsittelyyn Tieteenpäivät 2015, Työohje Sami Varjo Johdanto Digitaalinen signaalienkäsittely on tullut osaksi arkipäiväämme niin, ettemme yleensä edes huomaa sen olemassa

Lisätiedot

TIETOKONE JA TIETOVERKOT TYÖVÄLINEENÄ

TIETOKONE JA TIETOVERKOT TYÖVÄLINEENÄ aaro.leikari@hotmail.com TIETOKONE JA TIETOVERKOT TYÖVÄLINEENÄ 25.01.2016 SISÄLLYS 1. Käyttöjärjestelmän asentaminen... 1 1.1 Windowsin asettamia laitteistovaatimuksia... 1 1.2 Windowsin asentaminen...

Lisätiedot

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20

Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä

Lisätiedot

DNA Netti. Sisältö. DNA Netti - Käyttöohje v.0.1

DNA Netti. Sisältö. DNA Netti - Käyttöohje v.0.1 DNA Netti DNA Netti on Mokkuloiden yhteysohjelma. Ohjelman avulla voit hallita Mokkulan asetuksia sekä luoda yhteyden internetiin Mokkulan, WLANin tai Ethernet -yhteyden avulla. Sisältö DNA Netti - Testaa

Lisätiedot

Ohjelmoinnin perusteet Y Python

Ohjelmoinnin perusteet Y Python Ohjelmoinnin perusteet Y Python T-106.1208 16.2.2010 T-106.1208 Ohjelmoinnin perusteet Y 16.2.2010 1 / 41 Kännykkäpalautetteen antajia kaivataan edelleen! Ilmoittaudu mukaan lähettämällä ilmainen tekstiviesti

Lisätiedot

EASY PILVEN Myynnin opas - Storage IT

EASY PILVEN Myynnin opas - Storage IT EASY PILVEN Myynnin opas - Storage IT EASY Pilvi EASY Tiedostopalvelin: Tiedostojen tallennukseen ja jakamiseen soveltuva monipuolinen järjestelmä EASY Pilvipalvelin: Täysiverinen, skaalautuva käyttöjärjestelmän

Lisätiedot

ClassPad fx-cp400 päivitys. + Manager for ClassPad II Subscription päivitys

ClassPad fx-cp400 päivitys. + Manager for ClassPad II Subscription päivitys ClassPad fx-cp400 päivitys + Manager for ClassPad II Subscription päivitys Käyttöjärjestelmän ja Add-in sovellusten päivityksestä Casio suosittelee aina viimeisimmän käyttöjärjestelmän asentamista. Tällöin

Lisätiedot

Lukemisvaikeuden arvioinnista kuntoutukseen. HYVÄ ALKU- messut Jyväskylä, Elisa Poskiparta, Turun yliopisto, Oppimistutkimuksen keskus

Lukemisvaikeuden arvioinnista kuntoutukseen. HYVÄ ALKU- messut Jyväskylä, Elisa Poskiparta, Turun yliopisto, Oppimistutkimuksen keskus Lukemisvaikeuden arvioinnista kuntoutukseen HYVÄ ALKU- messut Jyväskylä, 2.- 3.9. 2004 Elisa Poskiparta, Turun yliopisto, Oppimistutkimuksen keskus Tapa tunnistaa sanoja vaihtelee lukutaidon kehittymisen

Lisätiedot

Automaattinen regressiotestaus ilman testitapauksia. Pekka Aho, VTT Matias Suarez, F-Secure

Automaattinen regressiotestaus ilman testitapauksia. Pekka Aho, VTT Matias Suarez, F-Secure Automaattinen regressiotestaus ilman testitapauksia Pekka Aho, VTT Matias Suarez, F-Secure 2 Mitä on regressiotestaus ja miksi sitä tehdään? Kun ohjelmistoon tehdään muutoksia kehityksen tai ylläpidon

Lisätiedot

T Rinnakkaiset ja hajautetut digitaaliset järjestelmät Prosessialgebra

T Rinnakkaiset ja hajautetut digitaaliset järjestelmät Prosessialgebra T-79.179 Rinnakkaiset ja hajautetut digitaaliset järjestelmät Prosessialgebra 19. maaliskuuta 2002 T-79.179: Prosessialgebra 9-1 Petri-verkot vastaan prosessialgebra Petri-verkot esittävät rinnakkaisia

Lisätiedot

Mitä on tutkimus ja tutkijan työ? Luonnonvarakeskus

Mitä on tutkimus ja tutkijan työ? Luonnonvarakeskus Mitä on tutkimus ja tutkijan työ? Tutkiminen on jokapäiväinen asia Tutkit usein itse - esimerkiksi: Verkko ei toimi. Et kuitenkaan ajattele, että netti on noiduttu vaan että vika on tekninen. Vaihtoehtoisia

Lisätiedot

Noutaa ajoneuvotiedot Trafi-kyselyn kautta (mahdollistuu vuoden 2016 aikana)

Noutaa ajoneuvotiedot Trafi-kyselyn kautta (mahdollistuu vuoden 2016 aikana) 1 of Vahinkotarkastusappi Yleistietoa Appi Vahinkotarkastus on tarkoitettu CABAS-käyttäjille. Appi tekee vahinkotarkastuksesta helpompaa ja nopeampaa. Appia käytetään helpottamaan vahinkotarkastuksen tekoa-

Lisätiedot

Ohjelmoinnin perusteet Y Python

Ohjelmoinnin perusteet Y Python Ohjelmoinnin perusteet Y Python T-106.1208 31.1.2011 T-106.1208 Ohjelmoinnin perusteet Y 31.1.2011 1 / 41 Luentopalaute kännykällä käynnissä! Ilmoittaudu mukaan lähettämällä ilmainen tekstiviesti Vast

Lisätiedot

Korkean resoluution ja suuren kuva-alueen SAR

Korkean resoluution ja suuren kuva-alueen SAR Korkean resoluution ja suuren kuva-alueen SAR MATINE tutkimusseminaari 17.11.2016 Risto Vehmas, Juha Jylhä, Minna Väilä, Ari Visa Tampereen teknillinen yliopisto Signaalinkäsittelyn laitos Hankkeelle myönnetty

Lisätiedot

Sääasema Probyte JUNIOR

Sääasema Probyte JUNIOR Sääasema Probyte JUNIOR JUNIOR sääanturi COM1 12VDC RS-232 signaali PC W9x Excel-tiedosto PROBYTE JUNIOR sääanturin toimintaperiaate Yleistä Probyte SÄÄASEMA JUNIOR1 on sään mittaukseen tarkoitettu ulkoanturi,

Lisätiedot

arvioinnin kohde

arvioinnin kohde KEMIA 8-lk Merkitys, arvot ja asenteet T2 Oppilas asettaa itselleen tavoitteita sekä työskentelee pitkäjänteisesti. Oppilas kuvaamaan omaa osaamistaan. T3 Oppilas ymmärtää alkuaineiden ja niistä muodostuvien

Lisätiedot

KEMIA. Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista.

KEMIA. Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista. KEMIA Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista. Kemian työturvallisuudesta -Kemian tunneilla tutustutaan aineiden ominaisuuksiin Jotkin aineet syttyvät palamaan reagoidessaan

Lisätiedot

1 Tivax Professional 4.5

1 Tivax Professional 4.5 Tivax Professional 4.5 1 1 Tivax Professional 4.5 1.1 Tivax ohjelman asentaminen TivaxProfessional versio 4.5 asennetaan joko CD:ltä tai lataamalla asennustiedosto Internetistä. Asennus CD:ltä: Asennusohjelma

Lisätiedot

ABTEKNILLINEN KORKEAKOULU Tietoverkkolaboratorio

ABTEKNILLINEN KORKEAKOULU Tietoverkkolaboratorio ABTEKNILLINEN KORKEAKOULU Tietoverkkolaboratorio S-38.145 Liikenneteorian perusteet (2 ov) Kevät 2002 Samuli Aalto Tietoverkkolaboratorio Teknillinen korkeakoulu samuli.aalto@hut.fi http://keskus.hut.fi/opetus/s38145/

Lisätiedot

AB TEKNILLINEN KORKEAKOULU

AB TEKNILLINEN KORKEAKOULU AB TEKNILLINEN KORKEAKOULU Tietoverkkolaboratorio S-38.145 Liikenneteorian perusteet (2 ov) Kevät 2001 Samuli Aalto Tietoverkkolaboratorio Teknillinen korkeakoulu samuli.aalto@hut.fi http://keskus.hut.fi/opetus/s38145/

Lisätiedot

Press Brake Productivity -pikaopas

Press Brake Productivity -pikaopas Kuinka aloitat Press Brake Productivity -pikaopas Kiitos, että olet ostanut Wilan valmistaman laatutuotteen Wila on valmistanut jo yli 80 vuotta työkalunpitimiä, työkaluja ja varusteita särmäyspuristimien

Lisätiedot

9. Vektorit. 9.1 Skalaarit ja vektorit. 9.2 Vektorit tasossa

9. Vektorit. 9.1 Skalaarit ja vektorit. 9.2 Vektorit tasossa 9. Vektorit 9.1 Skalaarit ja vektorit Skalaari on koon tai määrän mitta. Tyypillinen esimerkki skalaarista on massa. Lukumäärä on toinen hyvä esimerkki skalaarista. Vektorilla on taas suuruus ja suunta.

Lisätiedot

Tampereen yliopisto Tietokonegrafiikka 2013 Tietojenkäsittelytiede Harjoitus

Tampereen yliopisto Tietokonegrafiikka 2013 Tietojenkäsittelytiede Harjoitus Tampereen yliopisto Tietokonegrafiikka 201 Tietojenkäsittelytiede Harjoitus 6 1..201 1. Tarkastellaan Gouraudin sävytysmallia. Olkoon annettuna kolmio ABC, missä A = (0,0,0), B = (2,0,0) ja C = (1,2,0)

Lisätiedot

MATEMATIIKAN PERUSKURSSI I Harjoitustehtäviä syksy Millä reaaliluvun x arvoilla. 3 4 x 2,

MATEMATIIKAN PERUSKURSSI I Harjoitustehtäviä syksy Millä reaaliluvun x arvoilla. 3 4 x 2, MATEMATIIKAN PERUSKURSSI I Harjoitustehtäviä syksy 6. Millä reaaliluvun arvoilla a) 9 =, b) + + + 4, e) 5?. Kirjoita Σ-merkkiä käyttäen summat 4, a) + 4 + 6 + +, b) 8 + 4 6 + + n n, c) + + +

Lisätiedot

Preliminäärikoe Tehtävät Pitkä matematiikka 4.2.2014 1 / 3

Preliminäärikoe Tehtävät Pitkä matematiikka 4.2.2014 1 / 3 Preliminäärikoe Tehtävät Pitkä matematiikka / Kokeessa saa vastata enintään kymmeneen tehtävään Tähdellä (* merkittyjen tehtävien maksimipistemäärä on 9, muiden tehtävien maksimipistemäärä on 6 Jos tehtävässä

Lisätiedot

KAUKOVALVONTAOHJELMA CARELAY CONTROL WPREMOTE

KAUKOVALVONTAOHJELMA CARELAY CONTROL WPREMOTE KAUKOVALVONTAOHJELMA CARELAY CONTROL WPREMOTE Tämä kuvaus on tarkoitettu Carelay - tuotteen Waterpumps WP:n ja Power Factor::n sovelluskohteisiin. Yleistä Carelay Control Wpremote on kaukovalvontaohjelma,

Lisätiedot

Geneettiset algoritmit

Geneettiset algoritmit Geneettiset algoritmit Evoluution piirteitä laskennassa Optimoinnin perusteet - Kevät 2002 / 1 Sisältö Geneettisten algoritmien sovelluskenttä Peruskäsitteitä Esimerkkejä funktion ääriarvon etsintä vangin

Lisätiedot

Seuraavat Windowsin käyttöjärjestelmäversiot tukevat Novell Filr -työpöytäsovellusta:

Seuraavat Windowsin käyttöjärjestelmäversiot tukevat Novell Filr -työpöytäsovellusta: Novell Filr -työpöytäsovellus lueminut Huhtikuu 2015 1 Tuotteen yleiskatsaus Novell Filr -työpöytäsovelluksella voit synkronoida Novell Filr -tiedostoja tietokoneesi tiedostojärjestelmän kanssa ja muokata

Lisätiedot

Laskennalinen kemia. Menetelmien hierarkia: Molekyyligeometria Molekyylimekaniikka Molekyylidynamiikka

Laskennalinen kemia. Menetelmien hierarkia: Molekyyligeometria Molekyylimekaniikka Molekyylidynamiikka Laskennalinen kemia Menetelmien hierarkia: Molekyyligeometria Molekyylimekaniikka Molekyylidynamiikka Molekyyligeometria ja elektronirakenteet Empiiriset menetelmät (Hückel, Extended Hückel) Semi-empiiriset

Lisätiedot

(Kuva2) (Kuva 3 ja 4)

(Kuva2) (Kuva 3 ja 4) Navigointi (Kuva1) Perinteisestä ohjelmasta poiketen, GIMP käyttöliittymä muodostuu useasta ikkunasta. Siinä on pääikkuna, joka sisältää työstettävän kuvan sekä ylärivin dropdown valikkoina kaikki ohjelman

Lisätiedot

Fysiikan kurssit. MAOL OPS-koulutus Naantali 21.11.2015 Jukka Hatakka

Fysiikan kurssit. MAOL OPS-koulutus Naantali 21.11.2015 Jukka Hatakka Fysiikan kurssit MAOL OPS-koulutus Naantali 21.11.2015 Jukka Hatakka Valtakunnalliset kurssit 1. Fysiikka luonnontieteenä 2. Lämpö 3. Sähkö 4. Voima ja liike 5. Jaksollinen liike ja aallot 6. Sähkömagnetismi

Lisätiedot

AUTODESK ACCOUNT -OHJE

AUTODESK ACCOUNT -OHJE AUTODESK ACCOUNT -OHJE Tuotteiden asentaminen Avaa selaimeen sivu https://manage.autodesk.com ja kirjaudu Autodesk ID -tunnuksillasi. Jotkin kohdat ovat erinäköisiä riippuen käyttäjäroolista. Tuotteet

Lisätiedot

1. Algoritmi 1.1 Sisällys Algoritmin määritelmä. Aiheen pariin johdatteleva esimerkki. Muuttujat ja operaatiot (sijoitus, aritmetiikka ja vertailu). Algoritmista ohjelmaksi. 1.2 Algoritmin määritelmä Ohjelmointi

Lisätiedot

Elektroniikan uudet pakkausteknnikat ja integrointi mekaniikkaan

Elektroniikan uudet pakkausteknnikat ja integrointi mekaniikkaan Elektroniikan uudet pakkausteknnikat ja integrointi mekaniikkaan Jukka Ranta 5.9.07 Jukka Ranta 5.9.2007 Muutostekijät ja haasteet Teknologia ei ole kypsää Elektroniikan kehitys on edelleen intensiivistä

Lisätiedot

Lauseen erikoistapaus on ollut kevään 2001 ylioppilaskirjoitusten pitkän matematiikan kokeessa seuraavassa muodossa:

Lauseen erikoistapaus on ollut kevään 2001 ylioppilaskirjoitusten pitkän matematiikan kokeessa seuraavassa muodossa: Simo K. Kivelä, 13.7.004 Frégier'n lause Toisen asteen käyrillä ellipseillä, paraabeleilla, hyperbeleillä ja niiden erikoistapauksilla on melkoinen määrä yksinkertaisia säännöllisyysominaisuuksia. Eräs

Lisätiedot

Näytetiedonsiirto laboratorioista viranomaisjärjestelmiin. Taija Rissanen

Näytetiedonsiirto laboratorioista viranomaisjärjestelmiin. Taija Rissanen Näytetiedonsiirto laboratorioista viranomaisjärjestelmiin Taija Rissanen Mitä näytteitä tiedonsiirto koskee? Elintarvikevalvonnan näytteet, jotka tutkittu laboratoriossa Elintarvikkeet ympäristönäytteet

Lisätiedot

Käyttö ja velvollisuudet

Käyttö ja velvollisuudet Käyttötarkoitus Käyttötarkoitus Kohderyhmä Scanian päällirakennetiedot on pääosin tarkoitettu päällirakentajille ja ne koskevat kaikkia Scanian kuorma-autoalustoihin ja valmiisiin kuorma-autoihin tehtyjä

Lisätiedot

Voodoo Dragon 2. Voodoo Dragon 2. Käyttöohje. Versio 1.0

Voodoo Dragon 2. Voodoo Dragon 2. Käyttöohje. Versio 1.0 Voodoo Dragon 2 Käyttöohje Versio 1.0 Tekijänoikeus Tätä käsikirjaa ei saa miltään osin kopioida tai luovuttaa missään muodossa tai millään tavalla: sähköisesti, mekaanisesti, valokopiona tai äänitteenä

Lisätiedot

Teollisuuden LED-valaistus

Teollisuuden LED-valaistus Teollisuuden LED-valaistus Hollantilainen innovaatio made in Europe LumoLumen, eurooppalaista huipputekniikkaa! LumoLumen LED-teollisuusvalaisimissa yhdistyvät ainutlaatuinen mekaaninen rakenne, edistyksellinen

Lisätiedot

TVP 2003 kevätkurssi. Kertaus Otto Alhava

TVP 2003 kevätkurssi. Kertaus Otto Alhava TVP 2003 kevätkurssi Kertaus Kysymyksiä ja vastauksia 1) Mistä saa kurssin puuttuvat kalvot? ks. kurssin kotisivu ensi perjantaina! 2) Miten valmistautua tenttiin? (=Miten hahmotan kurssin sisällön paremmin?)

Lisätiedot

Virtuoosi POS-järjestelmien joukossa

Virtuoosi POS-järjestelmien joukossa Virtuoosi POS-järjestelmien joukossa Menestyvä liiketoiminta muistuttaa monin osin huippuunsa viritettyä orkesteria jossa eri osien sopusuhtainen vuorovaikutus ja integrointi luovat sykähdyttävän esityksen.

Lisätiedot

Tietorakenteet ja algoritmit syksy Laskuharjoitus 1

Tietorakenteet ja algoritmit syksy Laskuharjoitus 1 Tietorakenteet ja algoritmit syksy 2012 Laskuharjoitus 1 1. Tietojenkäsittelijä voi ajatella logaritmia usein seuraavasti: a-kantainen logaritmi log a n kertoo, kuinka monta kertaa luku n pitää jakaa a:lla,

Lisätiedot

AirPrint-opas. Tämä käyttöopas koskee seuraavia malleja:

AirPrint-opas. Tämä käyttöopas koskee seuraavia malleja: AirPrint-opas Tämä käyttöopas koskee seuraavia malleja: HL-340CW/350CDN/350CDW/370CDW/380CDW DCP-905CDW/900CDN/900CDW MFC-930CW/940CDN/9330CDW/9340CDW Versio A FIN Kuvakkeiden selitykset Tässä käyttöoppaassa

Lisätiedot

Pertti Pennanen License 1 (7) EDUPOLI ICTPro1 23.10.2013

Pertti Pennanen License 1 (7) EDUPOLI ICTPro1 23.10.2013 License Pertti Pennanen License 1 (7) SISÄLLYSLUETTELO Lisenssien hallinta... 2 Lisenssisopimus... 2 Yleisimmät lisensiointimallit... 2 OEM lisenssi... 3 Kelluva lisenssi... 3 Työasemakohtainen lisenssi...

Lisätiedot

Elisa Yritysnumeropalvelun tavoitettavuuspalvelu Pääkäyttäjän ohjeet

Elisa Yritysnumeropalvelun tavoitettavuuspalvelu Pääkäyttäjän ohjeet Elisa Yritysnumeropalvelun tavoitettavuuspalvelu Pääkäyttäjän ohjeet Tavoitettavuusasetusten hallinta Oma Elisa -käyttöliittymällä Koska sovellusta kehitetään jatkuvasti, pidättää Elisa Oyj oikeudet muutoksiin.

Lisätiedot

GDAL ja WFS: suora muunnos ogr2ogr-ohjelmalla

GDAL ja WFS: suora muunnos ogr2ogr-ohjelmalla GDAL ja WFS: suora muunnos ogr2ogr-ohjelmalla Viimeksi muokattu 30. tammikuuta 2012 GDAL tukee WFS-palvelun käyttämistä vektoritietolähteenä yhtenä muiden joukossa. WFS-ajurin käyttöohjeet löytyvät osoitteesta

Lisätiedot

NOSTURIDATAN HYÖDYNTÄMINEN. Niilo Heinonen

NOSTURIDATAN HYÖDYNTÄMINEN. Niilo Heinonen NOSTURIDATAN HYÖDYNTÄMINEN SISÄLTÖ Tutkimuksen tausta ja tutkimuskyssärit Tehdasympäristöt Klusterointialgoritmit Työn pohjana oleva monitorointijärjestelmä (CMS) Soveltava osuus Visuaalinen malli nosturin

Lisätiedot

Mitä Uutta - SURFCAM V5.1 Sisällysluettelo

Mitä Uutta - SURFCAM V5.1 Sisällysluettelo VER CAD/CAM Software with world class precision and control... Mitä uutta Mitä Uutta - SURFCAM V5.1 Sisällysluettelo 1) Parannettu muistinhallinta 32 ja 64 bitin järjestelmissä 3 2) Konesimulointi Optio

Lisätiedot

Google Cloud Print -opas

Google Cloud Print -opas Google Cloud Print -opas Versio 0 FIN Merkintöjen selitykset Tässä käyttöoppaassa käytetään seuraavaa vinkkityyliä: Vinkit kertovat, miten eri tilanteissa tulee toimia tai miten toimintoa voi käyttää muiden

Lisätiedot

Ideaalikaasulaki. Ideaalikaasulaki on esimerkki tilanyhtälöstä, systeemi on nyt tietty määrä (kuvitteellista) kaasua

Ideaalikaasulaki. Ideaalikaasulaki on esimerkki tilanyhtälöstä, systeemi on nyt tietty määrä (kuvitteellista) kaasua Ideaalikaasulaki Ideaalikaasulaki on esimerkki tilanyhtälöstä, systeemi on nyt tietty määrä (kuvitteellista) kaasua ja tilanmuuttujat (yhä) paine, tilavuus ja lämpötila Isobaari, kun paine on vakio Kaksi

Lisätiedot

Mekaniikan jatkokurssi Fys102

Mekaniikan jatkokurssi Fys102 Mekaniikan jatkokurssi Fys10 Kevät 010 Jukka Maalampi LUENTO 1 Jäykän kappaleen pyöriminen Knight, Ch 1 Jäykkä kappale = kappale, jonka koko ja muoto eivät muutu liikkeen aikana. Jäykkä kappale on malli.

Lisätiedot

Nspire CAS - koulutus Ohjelmiston käytön alkeet Pekka Vienonen

Nspire CAS - koulutus Ohjelmiston käytön alkeet Pekka Vienonen Nspire CAS - koulutus Ohjelmiston käytön alkeet 3.12.2014 Pekka Vienonen Ohjelman käynnistys ja käyttöympäristö Käynnistyksen yhteydessä Tervetuloa-ikkunassa on mahdollisuus valita suoraan uudessa asiakirjassa

Lisätiedot

Seurantalaskimen simulointi- ja suorituskykymallien vertailu (valmiin työn esittely) Joona Karjalainen

Seurantalaskimen simulointi- ja suorituskykymallien vertailu (valmiin työn esittely) Joona Karjalainen Seurantalaskimen simulointi- ja suorituskykymallien vertailu (valmiin työn esittely) Joona Karjalainen 08.09.2014 Ohjaaja: DI Mikko Harju Valvoja: Prof. Kai Virtanen Työn saa tallentaa ja julkistaa Aalto-yliopiston

Lisätiedot

Ohje WILE 200 PC-ohjelman käyttöön

Ohje WILE 200 PC-ohjelman käyttöön Ohje WILE 200 PC-ohjelman käyttöön Page 1/9 1. Sisällysluettelo Ohje WILE 200 PC-ohjelman käyttöön... 1 1. Sisällysluettelo... 2 2. Asennus... 3 2.1 Ohjelman asennus... 3 2.2 Laiteajurin asennus... 3 3.

Lisätiedot

KONE Kuntotutkimus. Ammattilaisen arviointi hissin nykytilasta. Tehokasta kiinteistönhoitoa

KONE Kuntotutkimus. Ammattilaisen arviointi hissin nykytilasta. Tehokasta kiinteistönhoitoa KONE Kuntotutkimus Ammattilaisen arviointi hissin nykytilasta Tehokasta kiinteistönhoitoa Luotettavasti toimiva hissi tänään ja huomenna Vaativa toimintaympäristö Hissiä käyttävät kaikki kiinteistössä

Lisätiedot

Mekaniikan jatkokurssi Fys102

Mekaniikan jatkokurssi Fys102 Mekaniikan jatkokurssi Fys10 Syksy 009 Jukka Maalampi LUENTO 1 Jäykän kappaleen pyöriminen Knight, Ch 1 Jäykkä kappale = kappale, jonka koko ja muoto eivät muutu liikkeen aikana. Jäykkä kappale on malli.

Lisätiedot

Webforum. Version 16.1 uudet ominaisuudet. Päivitetty:

Webforum. Version 16.1 uudet ominaisuudet. Päivitetty: Webforum Version 16.1 uudet ominaisuudet Päivitetty: 2016-03-21 Sisältö Tietoja tästä dokumentista... 3 Yleistä... 4 Aloita sivu / Dashboard... 5 Tekstin muotoilu uutisissa... 5 Muuta... 5 Dokumentit...

Lisätiedot

JOHDANTO AirPrint on käytettävissä vain tulostimissa tai monitoimilaitteissa, jotka tukevat AirPrintiä. Huomaa

JOHDANTO AirPrint on käytettävissä vain tulostimissa tai monitoimilaitteissa, jotka tukevat AirPrintiä. Huomaa Käyttöopas AirPrint JOHDANTO Tässä oppaassa olevien tietojen täydellisyys, täsmällisyys ja ajantasaisuus on pyritty varmistamaan kaikin keinoin. Valmistaja ei vastaa omien vaikutusmahdollisuuksiensa ulkopuolella

Lisätiedot

Tuplaturvan tilaus ja asennusohje

Tuplaturvan tilaus ja asennusohje Tuplaturvan tilaus ja asennusohje 1. Kirjaudu lähiverkkokauppaan omilla tunnuksillasi tai luo itsellesi käyttäjätunnus rekisteröitymällä Lähiverkkokaupan käyttäjäksi. a. Käyttäjätunnus on aina sähköpostiosoitteesi.

Lisätiedot

Laske Laudatur ClassPadilla

Laske Laudatur ClassPadilla Enemmän aikaa matematiikan opiskeluun, vähemmän aikaa laskimen opetteluun. Laske Laudatur ClassPadilla Lyhyt matematiikka, syksy 2015 Casio Scandinavia Keilaranta 4 02150 Espoo info@casio.fi Hyvä Opettaja

Lisätiedot