11th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for E. coli in the EU 10 11 th November, 2016, Instituto Superiore di Sanità, Rooma Tämänvuotisessa EU:n VTEC referenssilaboratorion (EU-RL VTEC) järjestämässä workshopissa oli mukana kansallisten referenssilaboratorioiden (NRL) edustajia kaikista EU-maista ja ETA-maista (Islanti), sekä EU:n ulkopuolisista maista mm. Turkista ja Iranista. Alla on linkkiluettelo käsiteltyihin aiheisiin. Esitykset on saatavilla EU-RL VTEC:n verkkosivuilla (http://www.iss.it/vtec): Session 1. Update of surveillance and monitoring activities on STEC in the EU and the de-velopment of a database on molecular typing of foodborne pathogens Upgrade of the EPIS-FWD network: Concept and concrete features, Karin Johansson, ECDC Update on the annual reporting of STEC in the EU and on EFSA activities for molecular typing data collection for food and animal isolates, Valentina Rizzi, EFSA Update on the VTEC Network preparedness for molecular typing data collection, An-tonella Maugliani, EURL VTEC Session 2. E. coli Genomics: Applications to public health microbiology Preparedness towards the use of NGS for characterization and typing of pathogenic E. coli, Valeria Michelacci, EURL VTEC Metagenomics to study STEC infections, Federica Gigliucci, EURL-VTEC VTEC O26:H11/HNM isolated in Austria 2009-2014-NGS analysis, Sabine Schlager, NRL Austria Invited talk EQA schemes for public health laboratories (WHO), Flemming Scheutz, International Escherichia Centre (WHO) Overview of EURL-AMR and NGS activities, Lina Cavaco, EURL-AMR Session 3. Laboratory methods and proficiency testing (PT) Results of the inter-laboratory study on the detection of STEC in ground beef (PT17), Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Revision of the ISO/TS 13136:2012 and ISO 16654:2001 Amd1. State of Play, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Session 4. Presentations from the NRLs and other participants Extensive STEC and EPEC foodborne outbreak in Finland, August 2016,, NRL Finland Pathogenic E. coli in Czech Republic, Ivana Koláčková, NRL Czech Republic Enterohaemorrhagic E. coli Hybrid Pathotype O80:H2, an emerging clone in France, Estelle Loukiadis, NRL France UK NRL activities and responsibilities, Shona Neal, NRL UK Stx2f-producing E. coli and HUS, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Session 1. Update of surveillance and monitoring activities on STEC in the EU and the development of a database on molecular typing of foodborne pathogens Upgrade of the EPIS-FWD network: Concept and concrete features, Karin Johansson, ECDC EPIS järjestelmä on luotu epidemioiden nopeaa havaitsemista varten ja sen Molecular typing cluster investigation foorumi (MTCI) perustuu tiedonvaihtoon epidemioita indikoivista, havaituista yhdenmukaisista kantojen tyypitystuloksista. Järjestelmä tarjoaa elintarvikesektorin viranomaisille tiedonvaihdon terveydenhuoltosektorin kanssa. Esitettiin kuvitteellinen VTEC klusteri, joka toimi esimerkkinä järjestelmän toiminnasta. Havaitusta 5 kannan ryvästymästä tiedot siirretään TESSyyn. ECDC avaa uuden MTCIn EPIS-FWD -verkostoon. Puhuja selvitti tietojen näkyvyyttä eri osapuolien viranomaisille. Esimerkissä Ranskan ja Itävallan terveydenhuollon viranomaiset pääsevät näkemään kyselyt tarkemmin (maat joista ryppään kannat peräisin). Italia liittyy mukaan ihmisestä eristetyn kannan tyypitystiedolla ja Ruotsi on löytänyt vastaavan elintarvikekannan. Terveydenhuollon sektorin edustajat (jotka mukana kyselyssä) näkevät tiedot kaikista humaanikannoista ja oman maansa ei-humaanikannoista. Elintarvikesektorin edustajat näkevät tiedot oman maansa humaani ja ei-humaanikannoista. Kaikkien kyselyssä mukana olevien maiden molemmat sektorit lisätään kyselyyn jotta varmistutaan kaikkien olevan tilanteen tasalla. Jos epäillään että kyseessä on laajentuva epidemia, voidaan käynnistää Urgent inquiry (UI) tiedonvaihto, joka kattaa jokaisen EPIS-FWD käyttäjämaan (EFSA ja ECDC hyväksyvät). Sitä laatiessa tarkistetaan MTCIn tietojen sopivuus laajempaan jakeluun ja tarvittaessa tietoja edi-
2 (6) toidaan. EPIS-FWD verkoston päivitys tehdään vielä ennen vuodenvaihdetta ja uudet jäsenet saavat koulutusta verkoston toimintaan. Update on the annual reporting of STEC in the EU and on EFSA activities for molecular typing data collection for food and animal isolates, Valentina Rizzi, EFSA EFSA haluaa jäsenmaiden raportoivan aikaisempaa tarkempia tietoja STEC bakteerien esiintymisestä elintarvikkeissa ja eläimissä ja raportoinnin yksityiskohtia on viime vuosina lisätty. Tarkoituksena on päästä tasolle jossa tieto on kattavaa koko STEC ryhmän osalta. Vielä toistaiseksi tietoja on raportoitu menetelmien näkökulmasta kahdessa kategoriassa, ISO/TS 13136 (mikä tahansa STEC) tai ISO 166654 (vain serotyyppi O157). STEC bakteerin esiintymisessä näkyy selvä nouseva trendi 10 jäsenmaassa, toisaalta Slovakiassa on ainoana jäsenmaana laskeva trendi. Vuodenaikaisvaihtelu on selvä, esiintyvyyden noustessa lämpiminä kuukausina. Suhteessa tutkittuihin näytteisiin suurin positiivisten näytteiden osuus vuonna 2014 oli muu märehtijöiden liha ryhmässä, mutta näytteitä oli tutkittu vähän ja tietoa pidettiin siten vääristyneenä muihin näyteryhmiin verrattuna. Esiintyvyys oli korkeaa märehtijöihin kuuluvilla villieläimillä, sitä seurasi vuohen ja lampaan liha sekä naudanliha. Vuohen ja lampaanlihassa esiintyvyys oli naudanlihaa suurempi. Muuutama jäsenmaa raportoi esiintyvyydestä sioilla, ja näissä maissa esiintyvyys sioilla oli korkeampaa kuin naudoilla (kommentoitiin kuitenkin että lisätietoa näistäkin kannoista olisi ollut hyvä saada ettei kokonaiskuva vääristy). Kokonaisuutena STEC serotyypit O26 ja O103 olivat yleisimpiä ja ohittivat O157 serotyypin. Huomioimalla kaikki tutkimukset (eli nekin tutkimukset, jotka pystyivät osoittamaan vain serotyypin O157:n), serotyyppien esiintyvyysjärjestys oli O157 ennen serotyyppiä O26. Tulos on kuitenkin vääristynyt koska menetelmävalinta yliarvioi O157 osuutta. STEC:iä todettiin harvoin kasviksista, ei ollenkaan yrteistä, mausteista ja iduista, joista jälkimmäisellä on ainoana rajat lainsäädännössä. Suomen tulisi pohtia tulevaisuudessa raakamaitolainsäädäntöön ja itulainsäädäntöön liittyvien tutkimusten raportointia, koska näissä näytteissä esiintyy silloin tällöin STEC-bakteereita. Kerrattiin vielä EFSAn ja ECDC:n yhteisen epidemianselvitystietokannan rakennetta ja hankkeen edistymistä. Pilottiprojektia on esitelty useissa yhteyksissä EU:ssa viimeisen vuoden aikana. Tällä hetkellä mukana on 11 vapaaehtoista jäsenmaata. Keskustelua käytiin tietojen luottamuksellisesta jakamisesta. Jotkut olivat turhautuneet liiasta keskittymisestä luottamuksellisuuteen, sillä epidemia voitaisiin selvittää joskus nopeammin keskinäisellä tiedonvaihdolla ilman raskaita järjestelmiä. Update on the VTEC Network preparedness for molecular typing data collection, Antonella Maugliani, EURL VTEC Esityksessä kerrattiin STEC NRL:ien menestymistä PFGE-tyypitysten laadunvarmistuskierroksilla. Kierrosten päämääränä on saada laboratoriot tuottamaan laadukkaita PFGE-profiileita joita tarvitaan EFSAn tyypitysverkostoa varten. Parhaan tuloksen saaneiden laboratorioiden osuus on kasvanut kierrosten myötä (huonojen tulosten osuus on pysynyt samana). Suurimmat ongelmat olivat bändien asettamisessa ja epäselvissä bändeissä, seuraavaksi yleisimpänä virheenä seurasi kontrollin asettelu. Puolet osallistujista selvisi BioNumerics analysoinnista hyvällä tai erinomaisella arvosanalla. EURL:ssä koulutuksessa käyneistä laboratorioista 42% oli parantanut suoritustaan koulutuksen jälkeen. Laboratorioita kannustetaan edelleen osallistumaan kierroksille ja koulutukseen. Session 2. E. coli Genomics: Applications to public health microbiology Preparedness towards the use of NGS for characterization and typing of pathogenic E. coli, Valeria Michelacci, EURL VTEC EURL ei yrityksistä huolimatta vieläkään ole valmis tarjoamaan yhtä, kaikkiin tapauksiin sopivaa tyypitystapaa kokogenomisekvensointidatasta (WGS). EU-RL käy aktiivista vuoropuhelua tyypitystavoista terveydenhuoltosektorin kanssa ja osallistuu alan kongresseihin, kokouksiin ja hankkeisiin (myös GMI ja sen vertailututkimukset). Projekteista joiden
3 (6) päämääränä on tyypitysmenetelmien harmonisointi, mainittiin esimerkkeinä mm. ENGAGE ja INNUENDO (Evira osallistuu jälkimmäiseen). EFSA's 20th Scientific Colloquium on Whole Genome Sequencing of food-borne pathogens for public health protection keräsi v. 2014 asiantuntijat yhteen keskustelemaan kokogenomisekvensoinnin käytöstä terveydenhuollossa. EU-RL:n kysely paljasti että 8 NRL:lla on jo sekvensointimahdollisuus ja 8 muuta aikoo hankkia sekvensoinnin alihankintana. Yksi NRL ilmoittaa jo korvanneensa vanhat menetelmät ja 9 ilmoitti että NGS täydentää vanhoja menetelmiä. EU-RL myös auttoi romanialaisia O26 epidemian selvittämisessä sekvensoinnin osalta. Kerrattiin ARIES tyypitysjärjestelmän rakennetta. Sillä on 50 käyttäjää eri maissa. Laboratorioita kannustettiin osallistumaan EURL:n WGS kursseille. Metagenomics to study STEC infections, Federica Gigliucci, EURL-VTEC EU-RL:n väitöskirjatutkija esitteli metagenomiikkatutkimusta O26:H11 infektoituneiden potilaiden (epidemia Roomassa) ulostenäytteistä, jossa hän vertailee ripulin aikana otettuja, ripulin jälkeen otettuja ja terveiden verrokkien ulostebakteeristoa keskenään (rarefaction analysis, joka mittaa lajien runsautta). E. colin virulenssigeenejä (Virulence Finder database) esiintyi huomattavasti enemmän ripulipotilailla kuin terveillä tai tervehtyneiden ulosteissa. Ryhmien Actinobacteria ja Firmicutes esiintyvyydessä todettiin suurimmat erot ryhmien välillä. Aktinobakteereita esiintyi vain terveillä verrokeilla ja sama tulos havaittiin myöhemmin myös Chronin tautipotilaita ja verrokkeja tutkimalla. Aktinobakteerit voivat kilpailla sitoutumisesta STEC:in kanssa suolessa ja STEC:in attaching and effacion -mekanismi on sitoutumisessa paljon vahvempi mikä voi johtaa A:n häviämiseen. Klostrideita esiintyi enemmän kontrolleilla ja Bacilluksia infektoituneilla. Klostrideilla voi olla suojeleva vaikutus ja STEC infektio puolestaan voi mahdollistaa Bacillusbakteerien esiintymistä. Päätelmät ovat kuitenkin lähinnä arvailujen tasolla, tutkimus on vasta alkuvaiheessa eikä tutkimus voi vielä vastata kumpi on syy ja kumpi seuraus patogeenin ja normaalin bakteeriston esiintyvyysvaihteluissa. VTEC O26:H11/HNM isolated in Austria 2009-2014-NGS analysis, Sabine Schlager, NRL Austria Serotyyppi O26 on toiseksi yleisin VTEC infektioiden (ja HUS-tapausten aiheuttaja) Itävallassa. Tutkimuksessa oli mukana n. 100 kantaa (pääasiassa humaanikantoja, mutta myös 4 elintarvikekantaa, 14 nautakantaa ja 2 lammaskantaa). Kannat jakautuivat kolmeen pääsekvenssityyppiin joista suurimpaan päätyi 12 tutkituista kannoista. Klonaalisuutta havaittiin mutta ei täydellistä vastaavuutta humaanikantojen ja muiden kantojen välillä. Todettiin kuitenkin että eläimet voivat toimia lähteinä ihmisten tartunnoille. Sekvenssityypit noudattivat osittain vtx-toksiinien alatyyppejä. Yksi kanta edusti alatyyppiä vtx2f ja klusteroitui muiden sekaan. Invited talks: EQA schemes for public health laboratories (WHO), Flemming Scheutz, International Escherichia Centre (WHO) Tanskassa on tyypitetty vuosittain n. 100 STEC kantaa, HUSEC määriteltyjä (toksiinialatyypit stx2a + stx2d) näistä on n. 16%. Shigella infektioiden määrä on lähtenyt merkittävään nousuun Tanskassa. Ilmiön takana on siirtyminen ipah geeni-pcr:ään kliinisissä laboratorioissa. Flemmingin laboratorio tutki Shigella/EIEC tasolle luokitellusta 175 löydöksestä 75 kantaa tarkemmin (kokogenomisekvensointi). CGE ja CLC datoissa on isoja eroja (mm. genomien koossa) eri lajeilla (ongelmat koonnissa). Lopputuloksena saatiin nimettyä: 35 S. sonnei, 9 S. flexneri, 3 S. boydii, 30 EIEC (mukana tässä ryhmässä myös serotyyppi O96 joka on aiheuttanut epidemiat aikaisemmin Italiassa ja UK:ssa). Ovat huomanneet että kokogenomisekvensoinnin avulla osaa kannoista ei pysty nimeämään Shigellaksi tai EIEC:ksi. Molemmilla ryhmillä esiintyy tunnusomaisena ipah, joten löytämisen ja nimeämisen ei pitäisi olla vaikeaa. Heidän esimerkeissään kuitenkin kannoilla on PCR -tutkimuksessa ipah, mutta esim. CGE löysi vain sen kolmesta kannasta, CLC ei yhdestäkään, Mapping löysi 61 kannasta 75 kannan aineistossa. Heille oli yllätys että tällä tasolla (alignments) voi syntyä näin isoja työkalujen välisiä eroja. Shigellan lajinmääritys on vieläkin jumissa historian kanssa: vuonna 2012 kansainvälinen Shigella- kokous ei päässyt yksimielisyyteen tyypityksen yhtenäistämisestä E. colin kanssa (loppulauselmaa oli vesitetty). Tilanne johtaa käytännössä Shigella infektioiden havaitsematta jäämiseen. Havaitseminen olisi kuitenkin entistä tärkeämpää, sillä elintarvikevälitteisyyden lisäksi viime aikainen tutkimus on nostanut Shigellan esiin myös sukupuoli-
4 (6) tautina (S. sonnei). Shigellan serotyypityksessä uusien WGS työkalujen myötä tilanne elää ja muuttuu huomattavan nopeasti: esim. juuri julkaistiin 20-30 serotyyppiä lisää. Flemming kertoi myös humaanipuolen laboratorioiden menestymisestä laadunvarmistuskierroksilla: PFGE -tuloksissa oli hienoista laadun huonontumista edellisestä kierroksesta, toisaalta BioNumerics analysointiosuus oli laadullisesti parantunut. Enteroaggregatiivisen E. colin aaic ja aggr PCR:ssä tulokset olivat kaikilla oikein koska tänä vuonna kierroksella oli peruskanta (ei sekvenssivariantti). Stx -alatyypityksessä ongelmia oli eniten alatyypeissä a ja d. Yhdistelmää a + b raportoitiin myös, vaikka laboratorion tulisi arvata että kyseessä PCR virhe (tyypit eivät esiinny samassa kannassa). Yhteenvetona laboratorioiden menestymisestä mainittiin esim. että O:H serotyypityslaatu huononee, mutta geenien tunnistaminen paranee. Overview of EURL-AMR and NGS activities, Lina Cavaco, EURL-AMR Saatiin esittely EURL antibioottiresistenssilaboratorion toiminnasta. Kerrottiin mm. e-kurssien käyttöönotosta: ensin suunniteltiin oppimistavoitteet ja videot ja sen jälkeen ohjelmistopohja (Coursera jonka kanssa DTU:lla on sopimus). E- learning kursseilla on jo melkein 8000 rekisteröitynyttä käyttäjää peruskurssilla. VTEC referenssilaboratorio ei ole järjestänyt EURL-AMR:n tapaan e-kursseja, mutta lupasivat ottaa asian harkintaan. EU asetuksen 652/2013 käyttöönotto on aiheuttanut koulutustarvetta laboratorioille. Herkkyysmääritysten laadunvarmistuskierroksille pyritään lisäämää uutena esiin tulevia resistensseja kantoja. Suunnitelmissa vuodelle 2017 on WGS peruskurssi, joka on ilmainen (jos ei tarvitse kurssitodistusta). Projekteista joihin EURL osallistuu, mainittiin COMPARE EUROPE (Horizon 2020), ENGAGE ja EFFORT. WGS analytiikassa käytetyt CGE:n työkalut listattiin. Ovat tutkineet mahdollisuutta hypätä yli vaiheen jossa bakteerit eristetään näytteestä (tutkimukset suoraan näytteestä) erilaisissa tutkimusprojekteissa. Mainittiin projektit, joissa lentokoneiden jätevettä tai eri puolilta maailmaa kerättyä jätevettä tutkitaan metagenomiikan avulla. Toistaiseksi havaitut erot ovat hyvin karkealla tasolla, mutta tutkimus jatkuu. Session 3. Laboratory methods and proficiency testing (PT) Results of the inter-laboratory study on the detection of STEC in ground beef (PT17), Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Saatiin yhteenveto PT 16 ja PT 17 vertailututkimuskierroksista. Jauhelihakierrokseen (PT 17) osallistui 37 laboratoriota 26 EU maista (sekä EU:n ulkopuolisista maista). EURL päätti käyttää kierroksella O91 serotyypin STEC -kantaa, koska on merkittävä ihmisten infektioiden aiheuttaja. Neljä laboratoriota 25:sta ei tyypittänyt serotyyppiä vaan jätti tasolla ONT (tästä ei vähennetty pisteitä), mutta vääristä stx-geenien toteamisista tai eristämisen epäonnistumisesta vähennettiin pisteitä. Osallistuneista laboratorioista 78 % pystyi eristämään kannan (vaikka kannan eristäminen ainakin Evirassa vaikutti olevan helppoa). Revision of the ISO/TS 13136:2012 and ISO 16654:2001 Amd1. State of Play, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Kerrottiin standardien ISO 16654:2001 ja ISO/TS 13136:2012 uusimisen edistymisestä. E. coli O157 menetelmän (ISO 16654:2001) validointi on saatettu loppuun ja validointitulokset on lisätty lisäosaan (amendment). Viimeinen versio on lähetetty lokakuun alussa CEN:in sihteeristölle (+vastaukset saatuihin kommentteihin). ISO/TS 13136 osalta ensimmäinen kokous (TAG 18) on pidetty kesäkuussa (allekirjoittanut osallistunut). Kokouksessa sovittiin, että näytteiden rikastus tulee tapahtumaan (ainoastaan) BPW liemessä ja stx2f alatyyppi otetaan mukaan, koska on noussut esiin ihmisten vakavien infektioiden aiheuttajana. EFSA:n tieteellisen kannanoton mukaan enteroaggregatiivinen E. coli (EAEC) on pääasiassa ei-zoonoottista alkuperää ja tarttuu ihmisestä toiseen, joten selviä perusteita sen virulenssigeenien mukaanottoon standardiin ei ole. CEN/WG6 mikrobiologinen työryhmä oli esittänyt tällaisen toiveen, joten asiasta keskustellaan vielä. Happokäsittelystä bakteerien eristämisen helpottamisessa tullaan keskuste-
5 (6) lemaan vielä koska menettely on mutkikas ja kaikkien serotyyppien haponkestävyydestä ei ole tietoa. Laimennosmenettelyä pidettiin lupaavana ja kohtuullisen yksinkertaisena ottaa käyttöön ja tässä viitattiin myös allekirjoittaneen esitykseen ja Eviran tutkimustuloksiin. Käytettävistä alustoista esitettiin vaihtoehtoa jossa mukana olisi selektiivinen (kromogeeninen) agar ja ei-selektiivinen agar. Standardin jakamisesta kahteen osaan keskusteltiin, mutta jakolinja ei ole vielä selvä (toksiinigeenien skreenaus/serotyypit ja viljely vai toksiinigeenien skreenaus ja viljely/serotyypit) Kysyttiin laimennosmenettelyn käyttämisestä PT kierroksella, EURL tulee antamaan tähän vapaaehtoisen mahdollisuuden ja pyrkii keräämään tiedot vertailua varten. Session 4. Presentations from the NRLs and other participants Extensive STEC and EPEC foodborne outbreak in Finland, August 2016,, NRL Finland Pidin esityksen Suomessa tänä syksynä esiintyneen epidemian ensimmäisistä tutkimustuloksista. Esityksen jälkeiset kommentit ja kysymykset liittyivät vertaamiseen Suomessa 80-luvulla esiintyneeseen O111 EPEC epidemiaan, PFGEn ja cgmlst:n väliseen cut-off arvoon, ja serotyypittymättömäksi jääneiden kantojen analyyseihin. Pathogenic E. coli in Czech Republic, Ivana Koláčková, NRL Czech Republic Tsekeissä raportoidaan vuosittain n. 20 EHEC infektiota ihmisillä. Serotyypit O26 ja O157 ovat yleisimmät, O26:n stxalatyyppinä 2a. Valvontaohjelmassa otetaan näytteitä tilakohtaisesti (jokainen tila kerran vuodessa) kesäaikaan. Näytteenotto tapahtuu ruhosivelynä teurastamolla. Sioista otetaan enemmän näytteitä kuin naudoista ja STEC esiintyvyys sioissa 2,8% ja naudoissa 8,3 %. Sikalöydöksissä serotyyppejä O157, O91 ja O146 muutama kanta, loput 90 % kannoista stx-alatyyppiä 2e. Nautamateriaalista löytyy myös sika-alatyyppiä 2e, mitä puhuja piti tavanomaisena löydöksenä jos eläimet sekoittuvat tiloilla. Enterohaemorrhagic E. coli Hybrid Pathotype O80:H2, an emerging clone in France, Estelle Loukiadis, NRL France 2000-luvun alussa lasten HUS-esiintyvyys nousi kolmen vuoden ajaksi Ranskassa. Serotyypin O80 osuus HUS tapauksista on noussut ajanjakson 1996-2000 3%:sta 15%:een vuonna 2015. O157 serotyyppiä eristetään joka puolella Ranskaa kun taas O80 on paikallisempi maan itäosissa. O80 kannoilla on stx2a -ja eae geenit ja muilta osin ne ovat hybridipatotyyppiä (ExPEC geenejä mukana). Tapausten altisteissa on tullut esiin raakamaitoa, raakamaitojuustoja, naudan jauhelihaa ja suora kontakti nautoihin. O80 -kantoja on pystytty eristämään nautaperäisistä tuotteista (ilman epidemiologista linkkiä) vuosina 2012-2014 sattumanvaraisesti. Kannat klusteroituvat kokogenomityypityksessä yhteen ihmisistä eristettyjen kantojen kanssa. Ranskan NRL kaipaa tietoja kyseisestä korkeavirulenttisesta hybridipatotyypistä muista maista. Kysyttiin ovatko ranskalaiset yrittäneet etsiä serotyyppiä myös pelkistä ripulitapauksista (ei vain HUStapauksista). Kertoivat että 90 % tapauksista tulee HUS-tapauksista, mutta tyyppiä on löydetty myös ripulitapausten yhteydessä. Italiassa on todettu hiljattain O80 alatyypin stx2f tapaus (sama sekvenssityyppi), jota tullaan vertaamaan ranskalaisiin kantoihin. UK NRL activities and responsibilities, Shona Neal, NRL UK UK:n edustaja antoi raportin NRL työstään. Laboratorio alkoi työstää akkreditointia kun mikrobikriteeriasetuksen täydennys iduille (N:o 209/2013) oli tulossa voimaan 2013. Menetelmien pystytyksen yhteydessä he selvittivät vesikrassin ja pakatun salaatin STEC serotyypin O157 epidemioita. Ovat tukeneet virallisia laboratorioita (joiden määrä vähenee koko ajan) viimeisimmäksi uutiskirjettä lähettämällä, aiemmin myös esim, tarjoamalla positiivisia kantakontrollimateriaaleja ja kouluttamalla vuosittaisilla koulutuspäivillä. FVO oli auditoimassa heitä vuonna 2015, jolloin vierailivat kahdessa paikallisessa valvontayksikössä ja kahdessa virallisessa laboratoriossa (FWE Porton ja Campden BRI). Virallisten laboratorioiden PT kierrosten auditoinnissa vuonna 2013 selvisi että laboratoriot osallistuvat useiden järjestäjien kierroksille ja tulokset eivät ole vertailukelpoisia keskenään. NRL järjestää nykyään laadunvarmistuskierroksia laboratorioille, mutta matriisia ei ole mukana (lenticule discs). Työmäärä vaikuttaa olevan kova laboratorioille, tutkivat useita näytekierroksia vuodessa. NRL seuraa laboratorioiden menestymistä ja antaa tukea jos laboratorioilla on toistuva
6 (6) virhe kierroksilla. Vuonna 2013 järjestivät reaaliaikaisen PCR:n koulutusta laboratorioille vertailututkimuskierrosten ongelmien seurauksena. Kaiken kaikkiaan toiminta oli hyvin samanlaista Evirassa järjestämämme vertailulaboratoriotoiminnan kanssa (paitsi että vertailututkimuksissamme on ollut mukana myös elintarvikematriisi). NRL UK:n väki on osallistunut vuosien varrella useisiin EURL VTEC:n järjestämiin kursseihin. Stx2f-producing E. coli and HUS, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC 90-luvun lopulla kyyhkyset nousivat esiin STEC stx2f- alatyypin kantajina. Vuoden 2008 jälkeen stx2f kannat tulivat esiin ihmisten ripulin aiheuttajina ja vuonna 2013 paljastuivat vakavan taudinkuvan HUS:n aiheuttajiksi. Tuoreessa julkaisussa ihmisten HUS tapausten kantoja (IT ja AT), ripulitapausten kantoja (NL) ja terveiden kyyhkyjen kantoja (IT) verrataan kokogenomisekvensoinnilla. Serotyypit erosivat toisistaan näissä ryhmissä, samoin cgmlst -tyypityksen sekvenssityypit. HUS tapausten kannoilla esiintyi efa1 geeni, joka erotti ryhmän muista kannoista. Vertailussa suurempaan kantamäärään HUS 2f:t ryhmittyivät lähelle vakavia taudinaiheuttajia ja erosivat 2f -kannoista jotka liittyivät ripulitapauksiin ja kyyhkyihin. stx2f geeni voi siirtyä lintujen aepec kantoihin jotka eivät ole alun perin tässä reservuaarissa. HUS tapausten lähteet pitää siis löytää muualta. On tunnettua että faagielementit kuten stx2f liikkuvat ja voivat löytää sopivan isäntäbakteerin jonka avulla muuttuvat huomattavan virulenteiksi.