Turun Biopankki Uusia mahdollisuuksia kliiniseen tutkimukseen. Prof. Tarja Laitinen Keuhkosairauksien klinikka, TYKS

Transkriptio

1 Turun Biopankki Uusia mahdollisuuksia kliiniseen tutkimukseen Prof. Tarja Laitinen Keuhkosairauksien klinikka, TYKS

2 Biopankkitoiminta tähtää Pitkällä aikavälillä Parempaan terveydenhuoltoon P4 medicine Personalized Predictive Preventive Participatory Lyhyellä aikavälillä Parempaan diagnostiikkaan

3 Tarkoitus Biopankkilaki 2013? Edistää ihmisperäisten näytteiden keräämistä, luovuttamista sekä hyödyntämistä perus- ja soveltavassa tutkimuksessa tuotteistamisessa palvelujen kehittäminen Tehostaa tutkimusyhteistyötä Yhtenäistää tutkimuskäytäntöjä Nostaa laatua Huomioida tutkittavien yksityisyyden suoja, yksilön oikeudet ja itsemääräämisoikeus Tuoda avoimuutta

4 Biopankkilaki muuttaa mahdollisuus kerätä näytteitä ja tietoja ennen kuin oikeastaan tiedetään, mitä varten biopankin toimiala? laaja-alaiset suostumukset diagnostisten näytteiden siirto biopankkiin eettisen toimikunnan myönteisellä lausunnolla potilaan suostumus miten hankitaan tulevaisuudessa ja mitä tietoinen suostumus tarkoittaa opt out - choose not to do something

5 Translational medicine organize collect innovate discover

6

7 Kansallinen biopankkiverkosto HUS VSSHP PSSHP PSHP National Hub Availability data base Offer services -IT, legal, financial Quality control shared procedures THL PPSHP FIMM

8 BBMRI.fi Architecture Biobank registry Services for public, participants and researchers Availability data base PSHP PSSHP PPSHP THL Biobank Information Systems HUS VSSHP Biopankki verkostossa jaettava yhteinen tieto Code registry Tileillä paikallisten biopankkien hallinnoima ja omistama tieto

9 BBMRI.fi Modulaarinen rakenne Harkinnan alla olevat komponentit M-FILES Dokumenttien hallinta ja datan harmonisointi Obiba, I2B2, decode DiseaseMiner Availability data base Tietokannat ja tutkijan palvelut Ida-palvelu PSHP PPSHP HUS Arkistointipalvelu tutkijoille, tiedon luovutus tutkijalle PSSHP THL VSSHP Samwise THL:n kehittämä näytehallintajärjestelmä Qlickview Raportointiohjelma tietojen helppoon selailuun KITE ja Luhti FIMM:n kehittämä saatavuus- ja submissiojärjestelmä Komponentit toimivat biopankin itsensä hallinnoimassa kokonaisuudessa.

10 BBMRI.fi IT-intra työnjako BBMRI.fi järjestelmän pääkäyttäjä: CSC (Satu Tissari) Hosting-palvelu (rauta, CSC-ympäristön tietoturva) Verkkoyhteydet ja järjestelmäkehitys yhdessä FIMMn kanssa M-files-ohjelmiston pääkäyttäjä: VSSHP (Perttu Terho) jakaa käyttöoikeudet kaikille käyttäjille eri sairaanhoitopiireissä yhteistyö VSSHP:n tietohallintojohtaja Yrjö Koivusalon kanssa, jotta pilottivaiheen tietoturva on vaihe vaiheelta sairaanhoitopiirien tietohallinnan tiedossa ja jotta tarvittava taso voidaan saavuttaa erikseen sovittavalla aikavälillä Ohjelmistoylläpito ja THL-aineistot: FIMM/THL (Juha Muilu) yhdessä pääkäyttäjien kanssa M-files käyttäjätuki yhdessä VSSHPn kanssa THL kohortti ja rekisteriaineistot yhdessä THL:n tietohallintojohtajan Jaason Haapakosken kanssa Ohjelmistotestaus ja -kehitys

11 CSC secured zone CSC zone Strong authentication challenge Hospital zone Redundant switching infrastructure Strong authentication AS Internet RDS M-files server BBMRI.fi instanssi Redundant virtualisation environment Redundant Firewalls (CSC) Redundant routing with 10G connections Encrypted VPN connection Secure OpenVPN encrypted connection from M-files client BBMRI.fi environment Servers are virtual servers in VMWare cluster Private network - all external traffic will need to go through firewall Remote Desktop Server (RDS) - Windows Server - M-Files software - OpenVPN secure tunnel endpoint Authentication server (AS) - Active Directory - Accessible only from the RDS - Will send strong authentication challenge for user. For example: SMS-passcode or VRK-ID card Dedicated Firewall Context for BBMRI - Allows connections only from dedicated IP-address ranges with agreed protocols to RDS. - Blocks all other direct connection attempts to RDS and AS Toiminnan huolellinen Dokumentointi ja SHP:ien hyväksyntä ennen tuotantokäyttöön ottoa M-files client User home network

12 2012 Aikataulu Mar Apr May Jun Jul Hands on sessio CSC:llä VPN yhteyden luonti VSSHP:n yhteen koneeseen (IPosoite tarvitaan ja VSSHP:n pääkäyttäjä paikan päälle) Hands on sessio CSC:llä M-files asennus Yhteyksien ja ohjelmiston testaus puppudatalla VSSHP:ssä Patologian aineostojen sisältökuvaus valmis Hands on sessiot CSC:llä VPN yhteyden luonti ja M-files clientin aktivointi muiden shp:ien M-files pääkäyttäjien kanssa (IP-osoite ja yhdyshenkilö tarvitaan) 1 Aug Sep Oct Nov Dec Tietoturva käytänteet varmennettu kaikkien osapuolien kanssa Patologian järjestelmän tietojen tuominen järjestelmään kaikista shp:stäx Johan Lundin (@helsinki.fi) on yhteyshenkilö (ja Mauri Kaartsalo (@tieto.fi) järjestelmästä imuroitavalle datalle ja metatiedolle Komplementaarisen THL kohortti- ja rekisteriaineiston määrittäminen ja tuominen järjestelmään

13 Dia 12 1 Olisi hyvä saada kuvaus (sanastot (snomed) ja sisältö) mahdiollisimman aikaiseen, jotta voisi valmistautua data harmonisointiin Juha Muilu;

14 Tissue samples collected from 1993 to 2011 suitable for biobanking = biobank code

15

16 Further development of the biobank products by the Biocenter Finland FIMM, Helsinki IBT, Tampere Biocenter Oulu, Biocenter Kuopio BioCity Turku VTT

17 BBMRI.FI National Co-ordination Prof. Eero Vuorio WP1 Project management: funding and financing (Anu Jalanko, THL/BF) WP2 Population cohorts (Markus Perola, THL/FIMM) WP3 Clinical biobanks (Tarja Laitinen, Heli Salminen-Mankonen VSSHP/FIMM) WP4 Biomolecular resources and technologies (Janna Saarela, BF/ FIMM/THL/VTT) WP5 Data bases and biocomputing (Juha Muilu, FIMM/THL) WP6 Ethical and legal issues (Helena Kääriäinen THL)

18 BBMRI.fi WP3 Tampere Matti Salo Timo Paavonen Katriina Aalto-Setälä Jarkko Penttinen Kuopio Kirsi Luoto Veli-Matti Kosma Mikael Fraunberg Esko Vanninen Helsinki Ari Ristimäki Ari Lindqvist Lasse Viinikka Turku Heli Salminen-Mankonen, co-ordinator Päivi Rautava, clinical research Pirkko Kortekangas, emedical records Olli Carpen, pathological specimens Tiina Varis, ethics board Jari-Pekka Tuominen, ethics and legal issues Panu Jaakkola, clinical oncology and research Tarja Laitinen, molecular medicine Eero Vuorio, Finnish Biocentre and European biobanks Oulu Juha Korpelainen Petri Lehenkari Paavo Pääkkö