Uuden sukupolven sekvensointimenetelmät ja diagnostiikka
|
|
- Jukka-Pekka Hänninen
- 7 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 Uuden sukupolven sekvensointimenetelmät ja diagnostiikka Juha-Pekka Pursiheimo Turun Yliopisto Turku Clinical Sequencing Laboratory (TCSL) Labquality Days
2 n. 3,3 miljardia emäsparia kliinisesti merkittävät muutokset
3 teho hinta
4 n. 70 KB emästä -> 20 A4:sta n. 100 GB emästä 350 miljoonaa sekvenssiä (2x150 emästä) -> 30 miljoonaa sivua -> 3360m -> kg 10x
5
6 Uuden sukupolven sekvensointi: mitä sillä tarkoitetaan -Sekvensoidaan (analysoidaan) useita genomialueita moninkertaisesti useilta potilailta samanaikaisesti DNA rakennevirheet -pistemutaatiot (SNP) -deleetiot -insertiot Kromosomitason muutokset -deleetiot -insertiot -translokaatiot -aneuploidiat
7 Uuden sukupolven sekvensointi: miten se toimii 1. Genomisen materiaalin (gdna) muokkaus pilkonta rikastus (pyydystys tai monistus) 2. DNA-juosteiden erottelu ja kiinnittäminen lasilevy beadit 3. Kiinnitettyjen DNA-juosteiden monistaminen 4. Kaikkien monistettujen DNA-juosteiden samanaikainen analysointi sekvensointi synteesin avulla (SBS) 5. Data-analyysi
8 Uuden sukupolven sekvensointimenetelmien kliiniset hyödyt -Tehokkaampaa diagnostiikkaa Uudet tautigeenit, tautia aiheuttavat genomiset muutokset -Hoitotehon nosto (personalized medicine, precision medicine) precision medicine Is defined as tailoring of tehottomat / haitalliset hoidot vähenevät medical treatment to the individual characteristics -Ennaltaehkäisevät hoidot of each patient (National Research Council, 2011). -Luokittelu ja tautiryhmien jaottelu
9 Miten hyödyt saavutetaan parhaiten?? -Yhteistyö/informaation jako fenotyyppi/genotyyppi/hoitoteho - Laatuvarmistetut ja standardoidut työtavat/ohjeet/kitit - Laatuvarmistettu ja standardoitu data-analyysi muutosten löytäminen raportointi
10 Huomioon otettavia asioita suunniteltaessa Uuden sukupolven sekvensointia kliiniseen käyttöön Diagnostinen saanto/hyöty (Diagnostic yield): -Millä todennäköisyydellä menetelmällä löydetään taudin selittävä genominen muutos -Suhteutuu aina tutkimuskohteeseen ja käytössä olevaan menetelmään -Täytyy olla selkeästi parempi kuin kaytössä olevilla menetelmillä Tutkittavat geenit: -Kliinisessä diagnostiikassa vain ne geenit joilla selkeästi todennettu yhteys tutkittavaan tautiin sisällytetään geenilistaan -Lista täytyy laatia/suunnitella yhteistyössä alan kliinisten asiantuntijoiden kanssa -Analyysissä keskitytään vain näihin geeneihin (validaatiot) Testien rajoitteet: -Teknisistä syistä johtuvat testin sisäiset rajoitteet tulee selvittää testin tilaajalle. Selkeä informaatio siitä mitä voidaan luotettavasti tutkia
11 Haasteita: -Haastavat näytteet (määrä, laatu ) -Logistiikan toimivuus (näytteiden säilytys, käsittely, toimitusajat ) -Moniammatillisuus (mm. bioinformaatikkojen saatavuus) -Laitteiden, analyysiohjelmien toimiminen (varalaitteet, huollot, päivitykset ) -Tulosten pitkäaikainen säilyttäminen (paikallinen vai pilvipalvelu) -Data-analyysi (oma vai osto) -Tuntemattomat variantit, kliininen merkitys, merkintä ja lausuminen epävarmuutta löydetyistä muutoksista joiden merkitystä ei tunneta tutkimuksen ulkopuoliset löydökset (incidental findings) **Ei yhtenäistä toiminta tapaa, jokaisella omat
12 Uuden sukupolven sekvensointimenetelmien diagnostisia sovellutuksia
13 Koko genomin sekvensointi Whole Genome Sequencing (WGS) -Antaa nukleotiditason kuvan koko genomista (n.90%) -Mahdollisuus analysoida kaikki genomiset muutokset -Uudet tautigeenit ja tauteja aiheuttavat genomiset muutokset
14 -14v. kaksoset joilla DRD (Dopa-Responsive Dystonia) -Koko genomin sekvensoinnilla löydettiin het. mutaatiot SPR geenissä -Hoito: L-Dopa vaihdettiin 5-hydroxytryptofaaniin -Molempien potilaiden tila parani huomattavasti -6 potilasta joilla vakava epilepsia 4 Ohtaharan Syndrooma (OS) 2 NSEOE (non-syndromic early-onset epilepsy) -Aiemmat geneettiset analyysit ilman tulosta -Koko genomin sekvensoinnilla löydettiin OSpotilailta 2 de-novo mutaatiota (KCNT1 ja PIGQ) -NSEOE-potilailta CBL ja CSNK1G1 de-novo mutaatiot
15 Eksomisekvensointi Whole Exome Sequencing (WES) -Analysoidaan vain proteiineja koodaavat genomialueet, eli eksonit -n. 1% genomisesta materiaalista -Mahdollista kattaa yli 95% eksoneista, yli 85% tunnetuista tautia-aiheuttavista muutoksista -Kohdealuetta voidaan haluttaessa laajentaa -Uudet tautigeenit ja tauteja aiheuttavat genomiset muutokset -n. 200 tautigeeniä tunnistettu eksomisekvensoinnilla -Kliinisessä käytössä, voidaan helposti pilkkoa pienempiin paneeleihin -Useita eri versioita ja valmistajia
16 -Poika (15kk); oireita jotka viittasivat Chronin tautiin -Tarkoista kliinisistä tutkimuksista huolimatta ei diagnoosia -Eksomisekvensointi löysi hemitsygoottisen missense-mutaation X-linked Inhibitor of Apoptosis geenissä -Löydöksen pohjalta tehtiin allogeeninen solusiirto, jonka seurauksena oireet helpottivat merkittävästi -78 potilasta joilla eriasteisia neurologisia kehityshäiriöitä -Eksomisekvensointi löysi selittävän mutaation 32:lle potilaalle (41%) -Päätelmä: eksomisekvensointi tarjoaa luotettavan ja tehokkaan työkalun varhaiseen diagnosointiin ja hoidon ohjaukseen
17 Paneeli sekvensointi -Tarkasti tiettyyn tautiin/tautiryhmään suunniteltu geenilista -Rajattu, vain tunnetut muutokset -Useita menetelmiä kohdentamiseen
18 -HaloPlex-paneeli jossa 10 kardiomyopatian kehittymiseen liitettyä geeniä -Tarkkuus ja herkkyys sama kuin Sangerilla -Toimii luotettavasti kliinisessä tutkimuksessa -TruSeq Amplicon Cancer -paneeli (Illumina) jossa 54 syöpägeeniä -63 potilasta joilla AML -Pistemutaatiot, insertiot ja duplikaatiot voitiin luotettavasti analysoida -1.5% alleelifrekvenssi!!
19 Soluvapaa DNA (cell free DNA; cfdna) -DNA:ta vapautuu verenkiertoon kuolevista (apoptoosi/nekroosi) soluista ja/tai eksosomien kautta -Soluvapaata DNA:ta käytetään diagnostisissa tutkimuksisssa -Lyhyt puoliaika (dynamiikka) -Lyhyitä DNA-fragmentteja (n emäsparia) NIPT (Non-Invasive Prenatal Test) Syöpädiagnostiikka
20 NIPT (Non-Invasive Prenatal Test) -Sikiön DNA:ta vapautuu äidin verenkiertoon istukan soluista -Kromosomien 21 (Down syndrome), 18 (Edwards syndrome) ja 13 (Patau syndrome) aneuploidiat perustesti -Sukupuolikromosomien aneuploidiat -Sikiön DNA:n määrä
21 Soluvapaa DNA syöpädiagnostiikassa: -Kasvaimen geneettinen monimuotoisuus -Hoitovasteen seuranta -Kasvaimen muuttuminen hoidon seurauksena -Jäännöstautidiagnostiikka -Kasvaimen varhainen havaitseminen -Etäpesäkkeiden havaitseminen -Kasvain taakan havaitseminen
22 Soluvapaa DNA syöpädiagnostiikassa: Patient ARI Alternate Allele Frequency (%) KRAS c.35g>a TP53 c.584t>c SMAD4 c.1055g>a PTEN c.66c>g Weeks
23
24
NGS:n haasteet diagnostiikassa. 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio
NGS:n haasteet diagnostiikassa 9.10.2014 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio Sidonnaisuudet Kokousmatkoja: Novartis Luentopalkkioita: AstraZeneca, Roche, Pfizer, Lilly
LisätiedotNGS-tutkimukset lääkärin työkaluna Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio
NGS-tutkimukset lääkärin työkaluna 17.11.2016 Soili Kytölä, dos. sairaalageneetikko HUSLAB, genetiikan laboratorio Mihin genetiikkaa tarvitaan? taudin patogeneesin ymmärtäminen diagnoosin varmentaminen/vahvistaminen
LisätiedotMolekyyligenetiikka. Arto Orpana, FT dos. apulaisylikemisti
Molekyyligenetiikka Arto Orpana, FT dos. apulaisylikemisti Molekyyligenetiikka Pikaperusteet Miten meillä Automaation aika Geenitestien käyttö Mihin menossa Molekyyligenetiikka: pikaperusteet DNAn rakennevirheet
LisätiedotMitä uutta DNA:sta. - koko perimän laajuiset analyysimenetelmät ja niiden sovellukset. Heidi Nousiainen, FT Erikoistuva kemisti, HUSLAB
Mitä uutta DNA:sta - koko perimän laajuiset analyysimenetelmät ja niiden sovellukset Heidi Nousiainen, FT Erikoistuva kemisti, HUSLAB SKKY:n ja Sairaalakemistit Ry:n syyskoulutuspäivät Paasitorni, 16.11.2012
LisätiedotMiten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä
Miten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä Genomitiedon vaikutus terveydenhuoltoon työpaja 7.11.2014 Sitra, Helsinki Jaakko Ignatius, TYKS Kliininen genetiikka Perimän
LisätiedotUusia mahdollisuuksia FoundationOne
Uusia mahdollisuuksia FoundationOne FI/FMI/1703/0019 Maaliskuu 2017 FoundationOne -palvelu FoundationOne on kattava genomianalysointipalvelu, jossa tutkitaan 315 geenistä koko koodaava alue sekä 28 geenistä
LisätiedotNIPT. Non-invasiivinen prenataalitutkimus
NIPT Non-invasiivinen prenataalitutkimus Non-invasiivinen prenataalitutkimus, NIPT B -NIPT-D ATK 8598 Non-invasiivinen prenataalitutkimus B -NIPTlaa ATK 8599 Non-invasiivinen prenataalitutkimus, laaja
LisätiedotGeneettisen tutkimustiedon
Geneettisen tutkimustiedon omistaminen Tutkijan näkökulma Katriina Aalto-Setälä Professori, sisätautien ja kardiologian erikoislääkäri Tampereen Yliopisto ja TAYS Sydänsairaala Etiikan päivät 9.3.2016
LisätiedotUusia mahdollisuuksia FoundationOne CDx. keystocancer.fi
Uusia mahdollisuuksia FoundationOne CDx keystocancer.fi FI/FMI/1810/0067 Lokakuu 2018 FoundationOne CDx -geeniprofilointi FoundationOne CDx on kattava geeniprofilointipalvelu, jossa tutkitaan syöpäkasvaimen
LisätiedotRINNAN NGS PANEELIEN KÄYTTÖ ONKOLOGIN NÄKÖKULMA
RINNAN NGS PANEELIEN KÄYTTÖ ONKOLOGIN NÄKÖKULMA Johanna Mattson dosentti ylilääkäri, vs. toimialajohtaja HYKS Syöpäkeskus 28.11.2016 1 RINTASYÖPÄ SUOMESSA 5008 uutta tapausta vuonna 2014 Paikallinen rintasyöpä
LisätiedotGenomitieto kliinikon apuna nyt ja tulevaisuudessa
Genomitieto kliinikon apuna nyt ja tulevaisuudessa Helena Kääriäinen Tutkimusprofessori 19.3.2014 Genomitieto / Helena Kääriäinen 1 Mistä kliinikosta puhumme? Kliinisistä geeneetikoista eli perinnöllisyyslääkäreistä?
LisätiedotMitä julkisen terveydenhuollon pitäisi tarjota?
Mitä julkisen terveydenhuollon pitäisi tarjota? -tasa-arvo, priorisointi ja eettinen näkökulma. Helena Kääriäinen Tutkimusprofessori 17.10.2013 Esityksen nimi / Tekijä 1 Esimerkki genomiikan ulkopuolelta:
LisätiedotKenelle eksomisekvensointi?
Janna Saarela ja Kaisa Kettunen Kenelle eksomisekvensointi? Uuden sukupolven sekvensointimenetelmät ovat mullistaneet mahdollisuutemme analysoida ihmisen perimää. Genomin proteiinia koodaavan alueen eli
LisätiedotSyöpägeenit. prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto
Syöpägeenit prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto Mitä syöpä on? Ryhmä sairauksia, joille on ominaista: - solukasvun säätelyn häiriö - puutteet solujen erilaistumisessa
LisätiedotMuuttuva diagnostiikka avain yksilöityyn hoitoon
Muuttuva diagnostiikka avain yksilöityyn hoitoon Olli Carpén, Patologian professori, Turun yliopisto ja Patologian palvelualue, TYKS-SAPA liikelaitos ChemBio Finland 2013 EGENTLIGA HOSPITAL FINLANDS DISTRICT
LisätiedotPerinnöllisyyden perusteita
Perinnöllisyyden perusteita Eero Lukkari Tämä artikkeli kertoo perinnöllisyyden perusmekanismeista johdantona muille jalostus- ja terveysaiheisille artikkeleille. Koirien, kuten muidenkin eliöiden, perimä
LisätiedotMolekyyligeneettiset testit syövän hoidon suuntaajina. Laura Lahtinen Molekylibiologi, FT Patologia Keski-Suomen keskussairaala
Molekyyligeneettiset testit syövän hoidon suuntaajina Laura Lahtinen Molekylibiologi, FT Patologia Keski-Suomen keskussairaala Perinteisesti kasvaimet on luokiteltu histologian perusteella Samanlainen
LisätiedotPERINNÖLLISET TEKIJÄT JA NIIDEN MERKITYS RINTASYÖPÄSAIRASTUMISESSA. Robert Winqvist. SyöpägeneCikan ja tuumoribiologian professori Oulun yliopisto
PERINNÖLLISET TEKIJÄT JA NIIDEN MERKITYS RINTASYÖPÄSAIRASTUMISESSA Robert Winqvist SyöpägeneCikan ja tuumoribiologian professori Oulun yliopisto PROFESSORILIITON SYYSSEMINAARI TUTKIMUSTA KAIKKIEN HYÖDYKSI
LisätiedotAvainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio
Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio Perinnöllinen informaatio sijaitsee dna:ssa eli deoksiribonukleiinihapossa
LisätiedotTuberkuloosin laboratoriotestien käytön lyhyt kertauskurssi
Tuberkuloosin laboratoriotestien käytön lyhyt kertauskurssi Dos. Hanna Soini THL, Terveysturvallisuusosasto 17.3.2017 TB-laboratoriodiagnostiikka 1 Sidonnaisuudet Johtava asiantuntija, THL, Terveysturvallisuusosasto
LisätiedotGENOMITIETO JA TERVEYSTALOUS Riittävätkö rahat? terveystaloustieteen näkökulma
GENOMITIETO JA TERVEYSTALOUS Riittävätkö rahat? terveystaloustieteen näkökulma Miika Linna, dos. TkT. Aalto-yliopisto HEMA / Terveyden ja hyvinvoinnin laitos Taustaa Uudet genomitietoon perustuvat hoidon
LisätiedotHoitotehoa ennustavat RAS-merkkiaineet Tärkeä apuväline kolorektaalisyövän lääkehoidon valinnassa Tämän esitteen tarkoitus Tämä esite auttaa ymmärtämään paremmin kolorektaalisyövän erilaisia lääkehoitovaihtoehtoja.
LisätiedotDNA:n informaation kulku, koostumus
DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa
LisätiedotVASTAUS 1: Yhdistä oikein
KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen
LisätiedotSuomalainen genomitieto ja yksilöllistetty terveydenhuolto Olli Kallioniemi October 9, 2013
Suomalainen genomitieto ja yksilöllistetty terveydenhuolto Olli Kallioniemi October 9, 2013 FIMM - Institiute for Molecular Medicine Finland Terveyden ylläpito vauvasta vanhuuteen Elintavat Taudit Terve
LisätiedotNaudan perinnöllisen monimuotoisuuden tutkimus
Naudan perinnöllisen monimuotoisuuden tutkimus Terhi Iso-Touru 25.5.2012 Emeritusprofessori Kalle Maijalan 85-vuotisjuhlaseminaari Naudan domestikaatio eli kesyttäminen yli 45 kiloa painavia kasvinsyöjälajeja
LisätiedotHammaslääketiede Perinnöllisten tautien diagnostiikka ja perinnöllisyysneuvonta
Hammaslääketiede Perinnöllisten tautien diagnostiikka ja perinnöllisyysneuvonta Ryhmäopetus 22.11.2012 Irma Järvelä Ihmisen kromosomisto: 46 kromosomiparia, joista kaksi sukupuolen määräävää: Naiset 46,
LisätiedotBiopankkitoiminta Suomessa. Dos. Heli Salminen
Biopankkitoiminta Suomessa Dos. Heli Salminen Suomalaisten sairaalabiopankkien erityispiirteet ja mahdollisuudet Miten biopankit vastaavat terveydenhuollon haasteisiin Perustuslaki Biopankkilaki Henkilötietolaki
LisätiedotTuberkuloosin immunodiagnostiset testit. Dosentti Tamara Tuuminen, kliinisen mikrobiologian erl HY, HUSLAB Labquality 02.11.2007
Tuberkuloosin immunodiagnostiset testit Dosentti Tamara Tuuminen, kliinisen mikrobiologian erl HY, HUSLAB Labquality 02.11.2007 HUSLAB:n testivalikoima ELISPOT= Ly-TbSpot Mittaa IFNγ tuottavien solujen
LisätiedotTutkimus Auria Biopankissa ja tulevaisuuden visiot Samu Kurki, FT, data-analyytikko
AURIA BIOPANKKI Tutkimus Auria Biopankissa ja tulevaisuuden visiot 8.3.2019 Samu Kurki, FT, data-analyytikko www.auria.fi Biopankkiprojektit vuosina 2014-2018 Akateemiset projektit 54% Yritysprojektit
LisätiedotGlioomien molekyylidiagnostiikkaa Maria Gardberg TYKS-Sapa Patologia / Turun Yliopisto
Glioomien molekyylidiagnostiikkaa 30.8.2013 Maria Gardberg TYKS-Sapa Patologia / Turun Yliopisto Glioomien WHO-luokitus on morfologinen Gradusten I-IV ryhmittelyn perustana on toiminut ennusteen huononeminen
LisätiedotMiten väestötutkimuksista ja biopankeista saadaan tietoa yksilöllisestä sairausriskistä?
Miten väestötutkimuksista ja biopankeista saadaan tietoa yksilöllisestä sairausriskistä? Markus Perola, LT, dosentti THL, KATO, Kansantautien geenien tutkimusyksikkö, kvantitatiivisen genetiikan ryhmä
LisätiedotNanoteknologian mahdollisuudet lääkesovelluksissa
Nanoteknologian mahdollisuudet lääkesovelluksissa Marjo Yliperttula 1,3 ja Arto Urtti 1,2 1 Farmaseuttisten biotieteiden osasto, Lääketutkimuksen keskus, Farmasian tiedekunta, Helsingin Yliopisto, Helsinki;
LisätiedotKokogenomisekvensointi (WGS)
Kokogenomisekvensointi (WGS) - Esimerkkinä tuberkuloosi FT, Dos., johtava asiantuntija Hanna Soini Terveysturvallisuusosasto 14.11.2017 WGS - Hanna Soini 1 Sidonnaisuudet Hanna Soini Johtava asiantuntija,
LisätiedotRintasyövän perinnöllisyys
Lääketieteellisen genetiikan kurssi 17.9.2012 Rintasyövän perinnöllisyys Perinnöllinen syöpäalttius - esimerkkinä rintasyöpä Kristiina Aittomäki, dos. ylilääkäri Genetiikan vastuuyksikköryhmä/huslab/hus
LisätiedotAnnika Rökman. sovellusasiantuntija, FT, sairaalegeneetikko, datanomi
Annika Rökman sovellusasiantuntija, FT, sairaalegeneetikko, datanomi Oma taustani FM genetiikka 1998 sairaalageneetikko 2004 FT Perinnöllisestä eturauhassyövästä 2004 Finaksen teknisenä arvioijana vuodesta
LisätiedotNeurogenetiikkaa Lääketieteellinen genetiikka, L3, Syksy 2012 23.8. 2012
Neurogenetiikkaa Lääketieteellinen genetiikka, L3, Syksy 2012 23.8. 2012 Anna-Elina Lehesjoki, LKT Professori, tutkimusjohtaja Neurotieteen tutkimuskeskus, Helsingin yliopisto Lääketieteellisen genetiikan
LisätiedotSarkoomien syto- ja molekyyligenetiikkaa Iina Tuominen, FT Erikoistuva sairaalasolubiologi Tyks-Sapa-liikelaitos IAP:n kevätkokous 12.5.
Sarkoomien syto- ja molekyyligenetiikkaa Iina Tuominen, FT Erikoistuva sairaalasolubiologi Tyks-Sapa-liikelaitos IAP:n kevätkokous 12.5.2016 Iina.Tuominen@tyks.fi Genetiikan tutkimukset sarkoomien diagnostiikassa
LisätiedotHarvinaissairauksien diagnostiikan ja hoidon tulevaisuuden näkymiä
Harvinaissairauksien diagnostiikan ja hoidon tulevaisuuden näkymiä Helena Kääriäinen Perinnöllisyyslääkäri Tutkimusprofessori 19.10.2018 Geenitiedosta genomitietoon / Helena Kääriäinen 1 Sidonnaisuudet
LisätiedotEuromit2014-konferenssin tausta-aineistoa Tuottaja Tampereen yliopiston viestintä
Mitkä mitokondriot? Lyhyt johdatus geenitutkijoiden maailmaan Ihmisen kasvua ja kehitystä ohjaava informaatio on solun tumassa, DNA:ssa, josta se erilaisten prosessien kautta päätyy ohjaamaan elimistön,
LisätiedotBiopankit miksi ja millä ehdoilla?
Suomalaisen Tiedeakatemian 100 v-symposium, Helsinki 4.9.2008 Biopankit miksi ja millä ehdoilla? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm, Sverige ja Helsingin yliopisto Tautien tutkimus Geeni/ valkuaisaine
LisätiedotMiten biopankkitoiminta vaikuttaa patologian osastoissa
Miten biopankkitoiminta vaikuttaa patologian osastoissa Markku Kallajoki TYKS-SAPA/patologia ja Auria Biopankki Labquality days 6.2. 2015 Sisältö Motivointi Biopankkilaki Tuorenäytekeräys Arkistotoimi
LisätiedotSuurten genomisten tietomassojen hallinta ja analyysi tutkimuksessa ja yksilöidyssä hoidossa
Suurten genomisten tietomassojen hallinta ja analyysi tutkimuksessa ja yksilöidyssä hoidossa Timo Kanninen, Biocomputing Platforms Oy 2012 all rights reserved BC Platforms genomisen datan hallintaa Geneettisen
LisätiedotA - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen
A - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen Asiasisältö Keskeisyys Taso 1 2 3 A B C 1 Yleiskäsitteitä periytymiseen liittyen 1.1 Penetranssi
LisätiedotVallitseva periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com
12 Vallitseva periytyminen Muokattu allamainittujen instanssien julkaisemista vihkosista, heidän laatustandardiensa mukaan: Guy's and St Thomas' Hospital, London, United Kingdom; and the London IDEAS Genetic
LisätiedotGenomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma
Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja
LisätiedotMiten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa?
ChemBio Helsingin Messukeskus 27.-29.05.2009 Miten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa? Kristiina Aittomäki, dos. ylilääkäri HYKS Perinnöllisyyslääketieteen yksikkö Genomin tutkiminen FISH Sekvensointi
LisätiedotVIIKKI BIOCENTER University of Helsinki
VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki Biologian DNA koodi ja sen selvittäminen Petri Auvinen DNA Sequencing and Genomics Laboratory Institute of Biotechnology Kuinka solut kehittyivät? Kolmenlaisia soluja
LisätiedotASSQ 4/21/2009 AUTISMISPEKTRI. Viralliset suomenkieliset käännökset AUTISMISPEKTRIN KEHITYSHÄIRIÖIDEN TUTKIMUSMENETELMÄT.
AUTISMISPEKTRIN KEHITYSHÄIRIÖIDEN TUTKIMUSMENETELMÄT AUTISMISPEKTRI 1. Poikkeava ja/tai puutteellinen sosiaalinen vuorovaikutus 2. Poikkeava ja/tai puutteellinen kommunikaatio Marja-Leena Mattila Lastentautien
LisätiedotLÄÄKETIETEELLINEN OPAS PERINNÖLLINEN ALTTIUS RINTA-, MUNASARJA- JA KOHTUSYÖVÄLLE
LÄÄKETIETEELLINEN OPAS PERINNÖLLINEN ALTTIUS RINTA-, MUNASARJA- JA KOHTUSYÖVÄLLE EDUT KATTAVA Paneelin kattamien geenien on tieellisesti osoitettu liittyvän rinta-, kohtu- ja munasarjasyöpiin. Potilaan
LisätiedotDNA sukututkimuksen tukena
Järvenpää 12,2,2019 Teuvo Ikonen teuvo.ikonen@welho.com DNA sukututkimuksen tukena DNA sukututkimuksessa (Peter Sjölund: Släktforska med DNA) tiesitkö, että olet kävelevä sukukirja? on kuin lukisit kirjaa
LisätiedotErotusdiagnostiikasta. Matti Uhari Lastentautien klinikka, Oulun yliopisto
Erotusdiagnostiikasta Matti Uhari Lastentautien klinikka, Oulun yliopisto Tavoitteena systemaattinen diagnostiikka Analysoi potilaan antamat tiedot ja kliiniset löydökset Tuota lista mahdollisista diagnooseista
LisätiedotKromosomimuutokset. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com. Huhtikuussa 2008
16 Kromosomimuutokset Huhtikuussa 2008 Tätä työtä tuki EuroGentest, joka on Euroopan yhteisön tutkimuksen kuudennen puiteohjelman rahoittama verkosto. Kääntänyt Tiina Lund-Aho yhteistyössä Väestöliiton
LisätiedotMolekyylidiagnostiikka keuhkosyövän hoidossa. Jussi Koivunen, el, dos. Syöpätautien ja sädehoidon klinikka/oys
Molekyylidiagnostiikka keuhkosyövän hoidossa Jussi Koivunen, el, dos. Syöpätautien ja sädehoidon klinikka/oys Sidonnaisuudet Taloudelliset riippuvuudet: Konsultointi: - Tutkimusrahoitus: - Honorariat:
LisätiedotPotilasopas. 12 Mitä Genetiikan Laboratoriossa Tapahtuu?
12 Mitä Genetiikan Laboratoriossa Tapahtuu? ei halua, että hänen näytettään käytetään näihin tarkoituksiin. Kuten muutkin lääketieteelliset näytteet, DNA katsotaan osaksi potilaan potilasasiakirjoja, joten
LisätiedotHarvinaissairauksien diagnostiikan ja hoidon tulevaisuuden näkymiä
Harvinaissairauksien diagnostiikan ja hoidon tulevaisuuden näkymiä Helena Kääriäinen Perinnöllisyyslääkäri Tutkimusprofessori 5.4.2019 Geenitiedosta genomitietoon / Helena Kääriäinen 1 Sidonnaisuudet THL
LisätiedotGEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA
GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA GEENITEKNIIKKKA ON BIOTEKNIIKAN OSA-ALUE! Biotekniikka tutkii ja kehittää elävien solujen, solun osien, biokemiallisten menetelmien sekä molekyylibiologian uusimpien menetelmien
LisätiedotAKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACKREDITERAT TESTNINGSLABORATORIUM ACCREDITED TESTING LABORATORY
T324/A01/2018 Liite 1 / Bilaga 1 / Appendix 1 Sivu / Sida / Page 1(8) AKKREDITOITU TESTAUSLABORATORIO ACKREDITERAT TESTNINGSLABORATORIUM ACCREDITED TESTING LABORATORY VARSINAIS-SUOMEN SAIRAANHOITOPIIRIN
LisätiedotKehitysvamma autismin liitännäisenä vai päinvastoin? Maria Arvio
Kehitysvamma autismin liitännäisenä vai päinvastoin? Maria Arvio Mitä yhteistä autismilla (A) ja kehitysvammalla (KV)? Elinikäiset tilat Oireita, ei sairauksia Diagnoosi tehdään sovittujen kriteereiden
Lisätiedot6.4. Genomin koon evoluutio Genomin koko vaihtelee
6.4. Genomin koon evoluutio 6.4.1. Genomin koko vaihtelee C-arvo: genomin haploidi koko pg:na 1 pg = 0.98 x 10 9 bp = 1 milj. kb = 1000 Mb (ero: geneettinen genomin koko (cm)) Missäkohtaa genomiaon kokoeroja?
LisätiedotNivelreuman serologiset testit: mitä ne kertovat? LT, apulaisylilääkäri Anna-Maija Haapala TAYS Laboratoriokeskus
Nivelreuman serologiset testit: mitä ne kertovat? LT, apulaisylilääkäri Anna-Maija Haapala TAYS Laboratoriokeskus Sisältö 1. Nivelreuma: etiologia, esiintyvyys, diagnostiikka 2. Nivelreuman serologiset
LisätiedotPeittyvä periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com
12 Peittyvä periytyminen Muokattu allamainittujen instanssien julkaisemista vihkosista, heidän laatustandardiensa mukaan: Guy's and St Thomas' Hospital, London, United Kingdom; and the London IDEAS Genetic
LisätiedotKreatransporttihäiriö
Tietolehtiset on tarkoitettu yleiskatsauksiksi johonkin tiettyyn oireyhtymään tai sairauteen, ne eivät korvaa perinnöllisyysneuvontaa tai erikoislääkärin konsultaatiota. Kreatransporttihäiriö Erikoislääkäri
LisätiedotDNA testit sukututkimuksessa
DNA testit sukututkimuksessa Pakkasten sukuseura ry:n 20 v juhlakokous 19.9.2015 Jyväskylä Raimo Pakkanen, sukuneuvoston pj A,T,G,C. Ihmisen genetiikan lyhyt oppimäärä mtdna diploidinen kromosomisto =
LisätiedotUudet tekniikat infektio- diagnostiikassa
Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa Labquality Days 5.2.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks mikrobiologia ja genetiikka VSSHP Tyks-Sapa-liikelaitos Uusia tuulia kl. mikrobiologiassa MALDI-TOF bakteerien
LisätiedotImmuunipuutokset. Olli Vainio OY Diagnostiikan laitos OYS Kliinisen mikrobiologian laboratorio 17.10.2008
Immuunipuutokset Olli Vainio OY Diagnostiikan laitos OYS Kliinisen mikrobiologian laboratorio 17.10.2008 Immuunijärjestelm rjestelmän n toiminta Synnynnäinen immuniteetti (innate) Välitön n vaste (tunneissa)
LisätiedotEpigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia 21.1.2014 Epigeneettinen säätely Epigenetic: may be used for anything to do with development, but nowadays
LisätiedotAutoimmuunitaudit: osa 1
Autoimmuunitaudit: osa 1 Autoimmuunitaute tunnetaan yli 80. Ne ovat kroonisia sairauksia, joiden syntymekanismia eli patogeneesiä ei useimmissa tapauksissa ymmärretä. Tautien esiintyvyys vaihtelee maanosien,
LisätiedotAvainsanat: BI5 III Biotekniikan sovelluksia 9. Perimä ja terveys.
Avainsanat: mutaatio Monitekijäinen sairaus Kromosomisairaus Sukupuu Suomalainen tautiperintö Geeniterapia Suora geeninsiirto Epäsuora geeninsiirto Kantasolut Totipotentti Pluripotentti Multipotentti Kudospankki
LisätiedotMetsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari
Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpuiden vaivat Metsäpuiden eloa ja terveyttä uhkaavat monet taudinaiheuttajat: Bioottiset taudinaiheuttajat
LisätiedotEtunimi: Henkilötunnus:
Kokonaispisteet: Lue oheinen artikkeli ja vastaa kysymyksiin 1-25. Huomaa, että artikkelista ei löydy suoraan vastausta kaikkiin kysymyksiin, vaan sinun tulee myös tuntea ja selittää tarkemmin artikkelissa
LisätiedotBiologia. Pakolliset kurssit. 1. Eliömaailma (BI1)
Biologia Pakolliset kurssit 1. Eliömaailma (BI1) tuntee elämän tunnusmerkit ja perusedellytykset sekä tietää, miten elämän ilmiöitä tutkitaan ymmärtää, mitä luonnon monimuotoisuus biosysteemien eri tasoilla
LisätiedotHallikaisten varhaisvaiheet ja suvun DNA-tulokset Ari Kolehmainen Suku- ja historiapalvelu Menneen jäljet
Hallikaisten varhaisvaiheet ja suvun DNA-tulokset 28.7.2018 Ari Kolehmainen Suku- ja historiapalvelu Menneen jäljet Tutkijan esittely ja sukututkimustausta Suomen historian maisteri (Joensuun yliopisto
LisätiedotDNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia
DNA 3.3.2015 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne
LisätiedotX-kromosominen periytyminen. Potilasopas. TYKS Perinnöllisyyspoliklinikka PL 52, 20521 Turku puh (02) 3131 390 faksi (02) 3131 395
12 X-kromosominen periytyminen TYKS Perinnöllisyyspoliklinikka PL 52, 20521 Turku puh (02) 3131 390 faksi (02) 3131 395 FOLKHÄLSANS GENETISKA KLINIK PB 211, (Topeliusgatan 20) 00251 Helsingfors tel (09)
LisätiedotPerinnöllisyys 2. Enni Kaltiainen
Perinnöllisyys 2 Enni Kaltiainen Tunnin sisältö: Kytkeytyneiden geenien periytyminen Ihmisen perinnöllisyys Sukupuu Mutaatiot Kytkeytyneet geenit Jokainen kromosomi sisältää kymmeniä geenejä (= kytkeytyneet)
LisätiedotDNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia
DNA 18.4.2016 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne
LisätiedotKäänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin?
Käänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin? 26.3.2015 Kalaterveyspäivät, Tampere Krister Sundell Akvaattisen patobiologian laboratorio Åbo Akademi Flavobacterium psychrophilum Aiheuttaa
LisätiedotTavallisten tautien genetiikkaa
Perinnölliset taudit Tavallisten tautien genetiikkaa Yhden geenin sairaudet Monitekijäiset sairaudet Irma Järvelä Lääketieteellisen genetiikan osasto Helsingin yliopisto 2012 Ilmiasu Säätelevä geeni Alttiusgeeni
LisätiedotLajinmäärityksestä elintarvikkeiden aitoustutkimuksessa. Annikki Welling Kemian laboratoriopalvelut Evira
Lajinmäärityksestä elintarvikkeiden aitoustutkimuksessa Annikki Welling Kemian laboratoriopalvelut Evira Sisältö Elintarvikepetokset Menetelmiä elintarvikepetosten tunnistamiseksi DNA menetelmät DNA viivakoodaus
LisätiedotSuomen Lihastautirekisteri osana kansainvälistä yhteistyötä. Jaana Lähdetie Erikoislääkäri, Suomen Lihastautirekisterin vastuuhenkilö TYKS
Suomen Lihastautirekisteri osana kansainvälistä yhteistyötä Jaana Lähdetie Erikoislääkäri, Suomen Lihastautirekisterin vastuuhenkilö TYKS Taustaa Miksi uudet tutkimustulokset lihastautien perimmäisistä
LisätiedotKeuhkoahtaumataudin varhaisdiagnostiikka ja spirometria. Esko Kurttila Keuhkosairauksien ja työterveyshuollon erikoislääkäri
Keuhkoahtaumataudin varhaisdiagnostiikka ja spirometria Esko Kurttila Keuhkosairauksien ja työterveyshuollon erikoislääkäri Epidemiologia N. 10%:lla suomalaisista on keuhkoahtaumatauti Keuhkoahtaumatauti
LisätiedotSuoritusarvot. Sample to Insight. Myöhemmät analyysit. Puhdistetun DNA:n tuotos. Versiotiedot. QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kit, Versio
Suoritusarvot QIAamp DSP DNA FFPE Tissue Kit, Versio 1 60404 Versiotiedot Tässä asiakirjassa on DSP DNA FFPE Tissue -pakkauksen suoritustiedot, versio 1, R3. Tarkista ennen kokeen suorittamista uusien
LisätiedotClostridium difficile diagnostiikan nykyvaihe ja pulmat. Janne Aittoniemi, LT, dos, oyl Fimlab Laboratoriot Oy
Clostridium difficile diagnostiikan nykyvaihe ja pulmat Janne Aittoniemi, LT, dos, oyl Fimlab Laboratoriot Oy 1.10.2013 Cd-laboratoriodiagnostiikan pulmat - Kuinka Cd-infektio pitäisi diagnostisoida laboratoriossa?
LisätiedotKokemuksia uusien biopankkien eettisestä arvioinnista
Kokemuksia uusien biopankkien eettisestä arvioinnista HUS-piirin valtakunnallinen tutkimuseettisten toimikuntien koulutus- ja neuvottelupäivä 20.5.2014 Pääsihteeri Outi Konttinen TUKIJA 19.5.2014 Pääsihteeri
LisätiedotMiten järjestäisin harvinaisepilepsian hyvän diagnostiikan ja hoidon; esimerkkinä Dravet n oireyhtymän haasteet
20.3.2015 Miten järjestäisin harvinaisepilepsian hyvän diagnostiikan ja hoidon; esimerkkinä Dravet n oireyhtymän haasteet Eija Gaily oyl, lastenneurologian dos. HYKS, Lasten ja nuorten sairaala Sisältö
LisätiedotEEG:N KÄYTTÖMAHDOLLISUUDET SAIRAUKSIEN DIAGNOSTIIKASSA MAIJA ORJATSALO, ERIKOISTUVA LÄÄKÄRI, HUS-KUVANTAMINEN LABQUALITY DAYS 9.2.
EEG:N KÄYTTÖMAHDOLLISUUDET SAIRAUKSIEN DIAGNOSTIIKASSA MAIJA ORJATSALO, ERIKOISTUVA LÄÄKÄRI, HUS-KUVANTAMINEN LABQUALITY DAYS 9.2.2017 SISÄLLYSLUETTELO EEG-tutkimuksen esittely EEG-tutkimuksen käyttö sairauksien
LisätiedotSÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET
SÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET 25 Säteily- ja ydinturvallisuus -kirjasarjan toimituskunta: Sisko Salomaa, Wendla Paile, Tarja K. Ikäheimonen, Roy Pöllänen, Anne Weltner, Olavi Pukkila, Jorma Sandberg, Heidi
LisätiedotTerveyteen liittyvät geenitestit
Terveyteen liittyvät geenitestit Terveyteen liittyvät geenitestit Jokaisella meistä on vanhemmiltamme perittynä oma yksilöllinen geenivalikoimamme. Tämä geneettinen rakenteemme yhdessä erilaisten ympäristön
LisätiedotPredictAD-hanke Kohti tehokkaampaa diagnostiikkaa Alzheimerin taudissa. Jyrki Lötjönen, johtava tutkija VTT
PredictAD-hanke Kohti tehokkaampaa diagnostiikkaa Alzheimerin taudissa Jyrki Lötjönen, johtava tutkija VTT 2 Alzheimerin taudin diagnostiikka Alzheimerin tauti on etenevä muistisairaus. Alzheimerin tauti
LisätiedotLasten luuydinpatologiaa. Jouko Lohi HUSLAB, Patologian keskuslaboratorio ja Helsingin yliopisto
Lasten luuydinpatologiaa Jouko Lohi HUSLAB, Patologian keskuslaboratorio ja Helsingin yliopisto Päivän prikalta 3 v 11 kk tyttö Ontuminen, jalkakipu Osteomyeliitti? Cristabiopsiat molemmin puolin Leder
LisätiedotGenomin evoluutio. Miten genomin koko ja rakenne muuttuvat ja miten sitä tutkitaan?
Genomin evoluutio Miten genomin koko ja rakenne muuttuvat ja miten sitä tutkitaan? -duplikaatiot: geenien, geenin osien duplikaatiot, segmentaaliset, koko genomin duplikaatiot -duplikoituneiden geenien
LisätiedotKOHDENNETTU MISEQ- EKSONISEKVENSOINTI KÄYTTÄEN SEQCAP- GEENIKIRJASTOASETELMAA JA ALZHEIMERIN TAUTITAPAUKSIA
KOHDENNETTU MISEQ- EKSONISEKVENSOINTI KÄYTTÄEN SEQCAP- GEENIKIRJASTOASETELMAA JA ALZHEIMERIN TAUTITAPAUKSIA Tiina Karkiainen Opinnäytetyö Lääketieteen koulutusohjelma Itä-Suomen yliopisto Terveystieteiden
LisätiedotMaria Aalto. BRIP1-geenin eksonien 12 ja 14 mutaatiomääritys munasarjasyövässä
Maria Aalto BRIP1-geenin eksonien 12 ja 14 mutaatiomääritys munasarjasyövässä Metropolia Ammattikorkeakoulu Laboratorioanalyytikko Laboratorioalan koulutusohjelma Opinnäytetyö 26.4.2012 ALKULAUSE Tämä
LisätiedotTilastollinen päättely genominlaajuisissa assosiaatioanalyyseissä. Matti Pirinen
Tilastollinen päättely genominlaajuisissa assosiaatioanalyyseissä Matti Pirinen Suomen molekyylilääketieteen instituutti (FIMM) Helsingin Yliopisto 17.2.2015 Tilastollisen päättelyn kurssi Kumpula Sisältö
Lisätiedot6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi
6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi GENEETTINEN INFORMAATIO Geeneihin pakattu informaatio ohjaa solun toimintaa ja siirtyy
LisätiedotBiologian tehtävien vastaukset ja selitykset
Biologian tehtävien vastaukset ja selitykset Ilmainen lääkiksen harjoituspääsykoe, kevät 2017 Tehtävä 2. (20 p) A. 1. EPÄTOSI. Ks. s. 4. Menetelmää käytetään geenitekniikassa geenien muokkaamisessa. 2.
LisätiedotGeeneistä genomiin, mikä muuttuu? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm
Geeneistä genomiin, mikä muuttuu? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm 5 ATCACACACACACAGTCCTGACGTGC 3! 3 TAGTGTGTGTGTGTCAGGACTGCACG 5! Informaatioteknologian mullistus 1978 2013 2048? Molekyylibiologian
LisätiedotGMO analytiikka Annikki Welling Kemian tutkimusyksikkö Evira
GMO analytiikka Annikki Welling Kemian tutkimusyksikkö Evira Millaisia GM kasvit ovat ja kuinka tätä käytetään hyväksi analytiikassa Aromaattisten aminohappojen biosynteesireitti kasvissa Kasvi tarvitsee
LisätiedotLAADUKAS GENOMINEN DNA
OPINNÄYTETYÖ - AMMATTIKORKEAKOULUTUTKINTO SOSIAALI-, TERVEYS- JA LIIKUNTA-ALA LAADUKAS GENOMINEN DNA DNA:n eristysmenetelmien vertailu rintasyöpänäytteistä T E K I J Ä T: Miia Koistinen Ulla Lehtoaho SAVONIA-AMMATTIKORKEAKOULU
Lisätiedot