6.4. Genomin koon evoluutio Genomin koko vaihtelee
|
|
- Noora Heikkinen
- 7 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 6.4. Genomin koon evoluutio Genomin koko vaihtelee
2 C-arvo: genomin haploidi koko pg:na 1 pg = 0.98 x 10 9 bp = 1 milj. kb = 1000 Mb (ero: geneettinen genomin koko (cm))
3 Missäkohtaa genomiaon kokoeroja? geenien määrä geenien koko; eksonien/intronien koko geenien välialueet polyploidisaatio repetitiivinen DNA, mm. siirtyvistä elementeistä peräisin
4 Genomin koko -genomin koko ja proteiinia koodaavien geenien määrä korreloivat bakteereilla, arkeilla ja viruksilla mutta eivät eukaryooteilla: C-arvoparadoksi -Eukaryooteilla geenien määrä vaihtelee 50 kertaisesti, DNA:n määrä kertaisesti - selittyy paljolti repetitiivisellä, eifunktionaalisella DNA:lla, kasveilla myös polyploidialla Geenien lukumäärä
5 Prot. koodaavaa Ihm. pseudogeeni Repetitiivistä DNA:ta Barton ym Ihmisen beta T-solureseptorigeeni (osa) E. coli K12 - genomia
6 Ihmisen factor IX geeni GL12
7 kb Lituruohon tiiviitä geenejä COP1 DET1 IV II FCA IV GA1 IV TFL1 V FAH1 IV F3H III CAD IV DFR V CHI III CHS IV
8 Genomin koon vaihtelu heinäkasveissa selittyy polyploidisaatiolla Lajien määrä GL381 Genomin koko x 10 9 bp
9 Miten saa aikaiseksi paljon erilaisia geenituotteita ilman että genomin koko kasvaa: -intronien koodaamat proteiinit -päällekkäiset geenit -geenin jakaminen (samalla geenillä on erilaisia toimintoja) -RNA:n editointi (transkription jälkeinen prosessointi) S Farajollahi and S Maas 2010 Molecular diversity through RNA editing: a balancing act. Trends in Genetics 26: vaihtoehtoinen silmikointi H Keren, G Lev-Maor & G Ast 2010 Alternative splicing and evolution: diversification, exon definition and function. Nature Reviews Genetics 11,
10 Mikä määrää genomin koon? Repetitiivisen DNA:n määrä on seurausta tasapainosta toistojen synnyn ja häviämisen välillä: erot eri lajeilla johtuvat joko erilaisesta vauhdista jolla toistoja syntyy genomiin tai jolla niitä poistuu genomista -selektionistinen hypoteesi: funktio, esim. globaalinen geenisäätely -nukleotyyppinen hypoteesi: solukoko -neutralistinen hypoteesi: roska-dna; drifti määrää genomin koon -itsekäs DNA-hypoteesi: kykenee itsenäisesti lisääntymään genomin sisällä; liiallinen DNA voi olla huono metabolian raskauden takia
11 Mikä hypoteesi? Barton ym. 2007
12 6.4.2 Repetitiivinen DNA selittää pääosin eukaryoottien C-arvoparadoksin koostuu eri pituisista ja sisältöisistä DNA-jaksoista jotka esiintyvät moninkertaisina toistoina joko paikallisesti (tandem, perättäin) tai hajallaan (dispersed) genomissa yksittäin esiintyvät jaksot ovat yksittäiskopiogeenejä (single copy genes) Ihmisen genomista noin 50 % on repetitiivisiä sekvenssejä, vain alle 1,5 % koodaavaa aluetta
13 -Yksinkertaiset perättäin esiintyvät repetitiiviset sekvenssit: GL392 -Hajallaan olevat repetitiiviset sekvenssit ovat suureksi osaksi siirtyviä elementtejä.
14 Siirtyvät elementit (transposable elements) - sekvenssejä jotka pystyvät siirtymään ja kopioitumaan genomissa - suhteellisen pysyvä osa genomia - aktiivisten siirtyvien elementtien toiminnan hiljennys (silencing) - ei adaptiivista funktiota - luokittelu: autonominen ei-autonominen RNA-välitteinen (luokan I elementti; retrotransposoni) DNA-välitteinen (luokan II elementti; DNA-transposoni )
15 Siirtyvien elementtien liikkuminen a) DNA-transposoni: Konservatiivinen transpositio b) DNA-transposoni: Replikatiivinen transpositio c) Retrotransposoni Hox! -tämän mekanismin avulla myös satunn. geenien mrna:sta kääntyy joskus cdna ja insertoituu genomiin > retrosekvenssi; on usein pseudogeeni GL324
16 Ihmisen siirtyvät elementit voidaan jakaa pääosin 4 luokkaan: Review-artikkeli siirtyvistä elementeistä: Slotkin, Martienssen 2007, Nat Rev Gen 8: Nature 409:860, 2001 Retro trans poso neja
17 Eukaryoottien SINE-LINE elementit SINE (short interspersed repetitive elements) bp -ei-autonomisia siirtyviä elementtejä jotka tarvitsevat apua retropositioon -peräisin 7SL RNAsta tai trnasta (suurin osa) -esim. ihmisen Alu muodostaa 10% genomista. LINE (long interspersed repetitive elements) -3-7 kb sis. endonukleaasin ja käänteistranskriptaasin joka spesifinen kullekin LINElle (3 pää määrää spesifisyyden) -osa degeneroituneita, eivät enää pysty siirtymään SINEt siirtyvät LINEn avulla
18 GL348 Sine-Line-parit
19 Geenit ESTit Siirt.elementit Mitok. (musta)/kloropl. (vihr.)-alkuperä trna (musta) snrna (pun) Värikoodi: Pun=paljon Sin=vähän v.pun= rdna Siirtyviä elementtejä on paljon sentromeerien lähellä. A. thaliana Nature 408:796, 2000
20 Liikkuvien elementtien vaikutukset -Genomin koon kasvu -Geenien siirtyminen bakteereissa plasmidien transposonit sisältävät resistenssigeenejä -Geeninsäätely Siirtyvän elementin insertio geeniin > geeni muuttuu toimimattomaksi tai geenisäätely muuttuu; esim transposoni FLC geenin 1. intronissa > FLC ei toimi; esim. jos E. colin gal operoniin menee transposoni, operoni ekspressoituu jatkuvasti -Materiaalina uusille geeneille tai säätelyalueille
21 -Aiheuttavat genomisia uudelleenjärjestelyjä (inversiot translokaatiot, duplikaatiot, insertiot ja deleetiot) 1) joko suoraan: DNA-sekvenssi siirtyy paikasta toiseen 2) tai välillisesti: syntyy homologisia alueita eri puolille tai perättäin genomissa, jolloin rekombinaatio on mahdollinen
22 6.5. Genomiprojektit: Eri lajien genomien sekvenssivertailu antaa tietoa: geenien lkm, koko, pseudogeenit uusien geenien synty geeniperheet ja niiden organisaatio intronien lkm ja sijainti repetitiiviset sekvenssit: mikrosatelliitit ja siirtyvät elementit Ei-alleelinen geenikonversio alueelliset erot nukleotidisisällössä, metylaatiossa, geenien ja intronien ominaisuuksissa kodonin käyttö horisontaalinen geenisiirto (lajien välillä, organellien ja tuman välillä) Charlesworth et al TREE 16:235
23 Sivusto NCBI:stä
24
Genomin evoluutio. Miten genomin koko ja rakenne muuttuvat ja miten sitä tutkitaan?
Genomin evoluutio Miten genomin koko ja rakenne muuttuvat ja miten sitä tutkitaan? -duplikaatiot: geenien, geenin osien duplikaatiot, segmentaaliset, koko genomin duplikaatiot -duplikoituneiden geenien
LisätiedotHOX. Esimerkki geeniperheestä: HOX
Esimerkki geeniperheestä: HOX HOX Barton ym. 2007 Unraveling ancient segmental duplication events in human genome by phylogenetic analysis of multigene families residing on HOXcluster paralogons, Abbasi,
LisätiedotGeenitekniikan perusmenetelmät
Loppukurssikoe To klo 14-16 2 osiota: monivalintatehtäväosio ja kirjallinen osio, jossa vastataan kahteen kysymykseen viidestä. Koe on auki klo 14.05-16. Voit tehdä sen oppitunnilla, jolloin saat tarvittaessa
LisätiedotDNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi
LisätiedotGenomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma
Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja
Lisätiedot6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi
6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi GENEETTINEN INFORMAATIO Geeneihin pakattu informaatio ohjaa solun toimintaa ja siirtyy
LisätiedotGenomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia
Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) DNA RNA 7.12.2017 Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia Osaamistavoitteet Lärandemål Luennon jälkeen ymmärrät pääperiaatteet
LisätiedotVASTAUS 1: Yhdistä oikein
KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen
LisätiedotNON-CODING RNA (ncrna)
NON-CODING RNA (ncrna) 1. Yleistä NcRNA eli non-coding RNA tarkoittaa kaikkia proteiinia koodaamattomia rnamolekyylejä. Näistä yleisimmin tunnetut ovat ribosomaalinen RNA (rrna) sekä siirtäjä-rna (trna),
LisätiedotSukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien
LisätiedotDNA > RNA > Proteiinit
Genetiikan perusteiden luentojen ensimmäisessä osassa tarkasteltiin transmissiogenetiikkaa eli sitä, kuinka geenit siirtyvät sukupolvesta toiseen Toisessa osassa ryhdymme tarkastelemaan sitä, mitä geenit
LisätiedotGenomin ilmentyminen
Kauppi 17/01/2014 Genomin ilmentyminen LH1, Molekyylibiologia 17.1.2014 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Huone C501b, Biomedicum 1 Transkriptiofaktorin mutaatio voi
LisätiedotDNA:n informaation kulku, koostumus
DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa
LisätiedotGeenisakset (CRISPR)- Geeniterapian vallankumousko? BMOL Juha Partanen
Geenisakset (CRISPR)- Geeniterapian vallankumousko? BMOL 19.11.2016 Juha Partanen Geenisakset 2 2 N A T U R E V O L 5 2 2 4 J U N E 2 0 1 5 Sisältö Geenimuokkaus: historiallinen perspektiivi Geenisakset
LisätiedotDNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia
DNA 3.3.2015 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne
LisätiedotEpigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia 21.1.2014 Epigeneettinen säätely Epigenetic: may be used for anything to do with development, but nowadays
LisätiedotKOE 6 Biotekniikka. 1. Geenien kloonaus plasmidien avulla.
Esseekysymyksistä 1-2 voi saada enintään 9 pistettä/kysymys. Vastauksia pisteytettäessä huomioidaan asiatiedot, joista voi saada enintään 7 pistettä. Lisäksi vastaaja saa enintään kaksi pistettä, mikäli
LisätiedotDNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio
LisätiedotDNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia
DNA 18.4.2016 Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia Koordinaattori, Master s Degree Programme in Translational Medicine (TRANSMED) 1 Sisältö DNA:n rakenne
LisätiedotPeptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24.5.2006 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä
LisätiedotEpigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia 12.12.2017 Epigenetic inheritance: A heritable alteration in a cell s or organism s phenotype that does
LisätiedotMuuttumaton genomi? Genomin ylläpito. Jakson luennot. Luennon sisältö DNA:N KAHDENTUMINEN ELI REPLIKAATIO
Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito SNP 14.1.2013 Tiina Immonen Biolääketieteen laitos Biokemia ja kehitysbiologia Jakson luennot Mitä on genomilääketiede? Dan Lindholm Genomin ylläpito Tiina Immonen
LisätiedotFrancis Crick ja James D. Watson
Francis Crick ja James D. Watson Francis Crick ja James D. Watson selvittivät DNAn rakenteen 1953 (Nobel-palkinto 1962). Rosalind Franklin ei ehtinyt saada kunniaa DNA:n rakenteen selvittämisestä. Hän
LisätiedotDNA (deoksiribonukleiinihappo)
DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 -päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 -päässä vapaana sokeri
Lisätiedot"Geenin toiminnan säätely" Moniste sivu 13
"Geenin toiminnan säätely" Moniste sivu 13 Monisteen alussa on erittäin tärkeitä ohjeita turvallisuudesta Lukekaa sivu 5 huolellisesti ja usein Vaarat vaanivat: Palavia nesteitä ja liekkejä on joskus/usein
LisätiedotBiologian tehtävien vastaukset ja selitykset
Biologian tehtävien vastaukset ja selitykset Ilmainen lääkiksen harjoituspääsykoe, kevät 2017 Tehtävä 2. (20 p) A. 1. EPÄTOSI. Ks. s. 4. Menetelmää käytetään geenitekniikassa geenien muokkaamisessa. 2.
LisätiedotDNA (deoksiribonukleiinihappo)
DNA (deoksiribonukleiinihappo) Kaksoiskierre (10 emäsparin välein täysi kierros) Kaksi sokerifosfaattirunkoa. Huomaa suunta: 5 päässä vapaana fosfaatti (kiinni sokerin 5. hiilessä) 3 päässä vapaana sokeri
LisätiedotBioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30
Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen
LisätiedotSolun tutkiminen. - Geenitekniikka
Solun tutkiminen - Geenitekniikka Tunnin sisältö 1. Bioteknologian peruskäsitteitä 2. Hieman mikroskoopeista 3. DNA:n eristäminen, puhdistaminen ja pilkkominen 4. Geenikirjasto 5. PCR 6. Elektroforeesi
LisätiedotPerinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita
Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 10. Valkuaisaineiden valmistaminen solussa 1. Avainsanat 2. Perinnöllinen tieto on dna:n emäsjärjestyksessä 3. Proteiinit koostuvat
LisätiedotSekvenssievoluutio ja fylogeniat
Sekvenssievoluutio ja fylogeniat Miksi sekvenssien evoluutionopeus vaihtelee? -erot korvautumisnopeudessa geenien tai geenin eri osien välillä, -erot korvautumisnopeudessa eri fylogeneettisten linjojen
LisätiedotGenomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA
Genomin ylläpito 5.12.2017 TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Luennon sisältö Tuman kromosomien rakenne ja pakkautuminen Pakkautumisen säätely: histonien modifikaatiot DNA:n kahdentuminen
LisätiedotLUENTO 3 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä
LUENTO 3 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä MITEN MATERIA KOODAA MATERIAA? 1 PROTEIINISYNTEESI DNA SISÄLTÄÄ GENEETTISEN KOODIN EMÄSJÄRJESTYKSEN MUODOSSA DNA:N EMÄSJÄRJESTYS KOPIOIDAAN (TRANSKRIPTIO)
LisätiedotVIIKKI BIOCENTER University of Helsinki
VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki Biologian DNA koodi ja sen selvittäminen Petri Auvinen DNA Sequencing and Genomics Laboratory Institute of Biotechnology Kuinka solut kehittyivät? Kolmenlaisia soluja
LisätiedotGenomin ylläpito Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia
Genomin ylläpito 14.1.2014 Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia Luennon sisältö DNA:n kahdentuminen eli replikaa8o DNA:n korjausmekanismit Replikaa8ovirheiden korjaus Emäksenpoistokorjaus
Lisätiedotrapid evolution in copy number, location and sequence, with diverse turnover mechanisms.
Repetitive DNA and its evolution: genomic strategies to understand the processes and exploit biodiversity rapid evolution in copy number, location and sequence, with diverse turnover mechanisms. often
LisätiedotBioteknologian perustyökaluja
Bioteknologian perustyökaluja DNAn ja RNAn eristäminen helppoa. Puhdistaminen työlästä (DNA pestään lukuisilla liuottimilla). Myös lähetti-rnat voidaan eristää ja muuntaa virusten käänteiskopioijaentsyymin
LisätiedotEuromit2014-konferenssin tausta-aineistoa Tuottaja Tampereen yliopiston viestintä
Mitkä mitokondriot? Lyhyt johdatus geenitutkijoiden maailmaan Ihmisen kasvua ja kehitystä ohjaava informaatio on solun tumassa, DNA:ssa, josta se erilaisten prosessien kautta päätyy ohjaamaan elimistön,
LisätiedotSÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET
SÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET 25 Säteily- ja ydinturvallisuus -kirjasarjan toimituskunta: Sisko Salomaa, Wendla Paile, Tarja K. Ikäheimonen, Roy Pöllänen, Anne Weltner, Olavi Pukkila, Jorma Sandberg, Heidi
LisätiedotEvoluutiovoimat. Mikä on mutaation, valinnan ja sattuman merkitys evoluutiossa?
Evoluutiovoimat Mikä on mutaation, valinnan ja sattuman merkitys evoluutiossa? -sattuman sysäily: populaatiokoon vaikutus -valinta: positiivinen, tasapainottava ja negatiivinen -mutaatiot: neutraalien,
LisätiedotHyvän vastauksen piirteet. Biolääketieteen valintakoe 20.05.2015. Maksimipisteet: 45
Hyvän vastauksen piirteet Biolääketieteen valintakoe 20.05.2015 Maksimipisteet: 45 I) Monivalintakysymykset. Rengasta oikea vaihtoehto. Vain yksi vaihtoehdoista on oikein. Vastaus on hylätty, jos on rengastettu
LisätiedotSeutuviikko 2015, Jämsä Kyösti Ryynänen PROTEIINISYNTEESI LUENTO 3 DNA-RAKENNE DNA SOLUJAKAUTUMINEN DNA-KAKSOISKIERRE
Seutuviikko 2015, Jämsä Kyösti Ryynänen LUENTO 3 MITEN MATERIA KOODAA MATERIAA? 1 PROTEIINISYNTEESI DNA SISÄLTÄÄ GENEETTISEN KOODIN EMÄSJÄRJESTYKSEN MUODOSSA DNA:N EMÄSJÄRJESTYS KOPIOIDAAN (TRANSKRIPTIO)
LisätiedotNukleiinihapot! Juha Klefström, Biolääketieteen laitos/biokemia ja genomibiologian tutkimusohjelma Helsingin yliopisto.
Nukleiinihapot! Juha Klefström, Biolääketieteen laitos/biokemia ja genomibiologian tutkimusohjelma Helsingin yliopisto Juha.Klefstrom@helsinki.fi Nukleiinihapot! kertausta matkan varrella, vähemmän kuitenkin
LisätiedotHyvän vastauksen piirteet. Biolääketieteen valintakoe Maksimipisteet: 45
Hyvän vastauksen piirteet Biolääketieteen valintakoe 20.05.2015 Maksimipisteet: 45 I) Monivalintakysymykset. Rengasta oikea vaihtoehto. Vain yksi vaihtoehdoista on oikein. Vastaus on hylätty, jos on rengastettu
LisätiedotAvainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio
Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio Perinnöllinen informaatio sijaitsee dna:ssa eli deoksiribonukleiinihapossa
LisätiedotPerinnöllisyyden perusteita
Perinnöllisyyden perusteita Eero Lukkari Tämä artikkeli kertoo perinnöllisyyden perusmekanismeista johdantona muille jalostus- ja terveysaiheisille artikkeleille. Koirien, kuten muidenkin eliöiden, perimä
Lisätiedot- Extra: PCR-alukkeiden suunnittelutehtävä haluttaessa
Kertaus CHEM-C2300 0 Tällä luennolla: - Oletteko lukeneet artikkelia, käydäänkö läpi? - Ehdotuksia tenttikysymyksiin? - Käydään läpi kurssin keskeiset asiakokonaisuudet otsikkotasolla - Extra: PCR-alukkeiden
LisätiedotII Genetiikka 4.(3) Nukleiinihapot
II Genetiikka 4.(3) Nukleiinihapot Geenitekniikka - menetelmiä, joiden avulla dna:ta ja rna:ta voidaan eristää, muokata ja siirtää muihin soluihin tai eliöihin kromosomit koostuvat dna-rihmasta ja siihen
LisätiedotDrosophila on kehitysgenetiikan mallilaji nro 1
Drosophila on kehitysgenetiikan mallilaji nro 1 replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA
LisätiedotVäärin, Downin oireyhtymä johtuu ylimääräisestä kromosomista n.21 (trisomia) Geeni s. 93.
1 I) Ovatko väittämät oikein (O) vai väärin (V)? Jos väite on mielestäsi väärin, perustele se lyhyesti väittämän alla oleville riveille. O/V 1.2. Downin oireyhtymä johtuu pistemutaatista fenyylialaniinin
LisätiedotKOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00
BIOLÄÄKETIETEEN Henkilötunnus: - KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 18.5.2016 Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo 9.00-13.00 Kirjoita selvästi nimesi ja muut henkilötietosi niille varattuun
LisätiedotGEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA
GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA GEENITEKNIIKKKA ON BIOTEKNIIKAN OSA-ALUE! Biotekniikka tutkii ja kehittää elävien solujen, solun osien, biokemiallisten menetelmien sekä molekyylibiologian uusimpien menetelmien
LisätiedotUusia mahdollisuuksia FoundationOne
Uusia mahdollisuuksia FoundationOne FI/FMI/1703/0019 Maaliskuu 2017 FoundationOne -palvelu FoundationOne on kattava genomianalysointipalvelu, jossa tutkitaan 315 geenistä koko koodaava alue sekä 28 geenistä
LisätiedotGenetiikan perusteiden harjoitustyöt
Genetiikan perusteiden harjoitustyöt Molekyylien kloonaus ja siihen liittyvät taidot ja temput, osa 1 Restriktioentsyymit, elektroforeesi Moniste sivulta 24-: Geenien kloonaus CELL 491- Isolating, cloning,
LisätiedotMolekyylievoluutio. (753327A, S), 4 op syksy Photo Marie-Hélène Müller
Molekyylievoluutio (753327A, 753627S), 4 op syksy 2011 Photo Marie-Hélène Müller Molekyylievoluutio (753327A, 753627S), 4 op, syksy 2011 -Helmi Kuittinen p. 553 1803, PT312, helmi.kuittinen@oulu.fi harj.
LisätiedotEliömaailma. BI1 Elämä ja evoluutio Leena Kangas-Järviluoma
Eliömaailma BI1 Elämä ja evoluutio Leena Kangas-Järviluoma Aitotumalliset l. eukaryootit Esitumalliset l. prokaryootit kasvit arkit alkueliöt sienet bakteerit eläimet Eliökunnan sukupuu Tumattomat eliöt
LisätiedotUusia mahdollisuuksia FoundationOne CDx. keystocancer.fi
Uusia mahdollisuuksia FoundationOne CDx keystocancer.fi FI/FMI/1810/0067 Lokakuu 2018 FoundationOne CDx -geeniprofilointi FoundationOne CDx on kattava geeniprofilointipalvelu, jossa tutkitaan syöpäkasvaimen
LisätiedotEtunimi: Henkilötunnus:
Kokonaispisteet: Lue oheinen artikkeli ja vastaa kysymyksiin 1-25. Huomaa, että artikkelista ei löydy suoraan vastausta kaikkiin kysymyksiin, vaan sinun tulee myös tuntea ja selittää tarkemmin artikkelissa
LisätiedotMitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi
Mitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi Määritelmän etsimistä Lukemisto: Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 2010, issue 2., selaile kokonaan Perintteisesti: vaikeasti määriteltävä
LisätiedotNaudan perinnöllisen monimuotoisuuden tutkimus
Naudan perinnöllisen monimuotoisuuden tutkimus Terhi Iso-Touru 25.5.2012 Emeritusprofessori Kalle Maijalan 85-vuotisjuhlaseminaari Naudan domestikaatio eli kesyttäminen yli 45 kiloa painavia kasvinsyöjälajeja
LisätiedotBiologia. Pakolliset kurssit. 1. Eliömaailma (BI1)
Biologia Pakolliset kurssit 1. Eliömaailma (BI1) tuntee elämän tunnusmerkit ja perusedellytykset sekä tietää, miten elämän ilmiöitä tutkitaan ymmärtää, mitä luonnon monimuotoisuus biosysteemien eri tasoilla
LisätiedotSyöpägeenit. prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto
Syöpägeenit prof. Anne Kallioniemi Lääketieteellisen bioteknologian yksikkö Tampereen yliopisto Mitä syöpä on? Ryhmä sairauksia, joille on ominaista: - solukasvun säätelyn häiriö - puutteet solujen erilaistumisessa
LisätiedotRibosomit 1. Ribosomit 2. Ribosomit 3
Ribosomit 1 Palade & Siekevitz eristivät jaottelusentrifugaatiolla ns. mikrosomeja radioakt. aminohapot kertyivät mikrosomeihin, jotka peräisin rer:ää sisältävistä soluista proteiinisynteesi soluliman
LisätiedotBioinformatiikan sanasto
Bioinformatiikan sanasto A A-DNA : - A-DNA B-DNA:sta dehydraation kautta syntynyt rakennemuoto, jossa on 11 emäsparia/kierre. - Katso myös: B-DNA, Z-DNA ab initio : - lat. alusta, perusteista Laskennassa
LisätiedotKukan kehitystä säätelevien geenien molekyylikloonaus
Sanna Viitanen Kukan kehitystä säätelevien geenien molekyylikloonaus Opinnäytetyö Metropolia Ammattikorkeakoulu Terveys- ja hoitoala Bioanalytiikka Opinnäytetyö 15.5.2014 Tiivistelmä Tekijä(t) Otsikko
LisätiedotMeripihka. Trilobiitti. 1. Fossiilit. Hominidin kallo. Kivettynyt metsä. Ramses Suuri. Jäätynyt mammutti. Jäämies
Meripihka 1. Fossiilit Trilobiitti Hominidin kallo Ramses Suuri Kivettynyt metsä Jäämies Jäätynyt mammutti Fossiili = aiemmalta geologiselta kaudelta peräisin oleva eliön jäänne (sanakirjan mukaan myös
LisätiedotMetsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari
Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna Metsätaimitarhapäivät 23. 24.1.2014 Anne Uimari Metsäpuiden vaivat Metsäpuiden eloa ja terveyttä uhkaavat monet taudinaiheuttajat: Bioottiset taudinaiheuttajat
LisätiedotT-61.246 Digitaalinen signaalinkäsittely ja suodatus Tutkielma Signaalinkäsittely DNA-mikrosiruteknologiassa
T-61.246 Digitaalinen signaalinkäsittely ja suodatus Tutkielma Signaalinkäsittely DNA-mikrosiruteknologiassa Liisa-Ida Sorsa, 58714E Sisällysluettelo i SISÄLLYSLUETTELO 1JOHDANTO... 1 2BIOLOGIAA DNA-MIKROSIRUTEKNOLOGIALLA...
LisätiedotEvoluutio. BI Elämä ja evoluutio Leena Kangas-Järviluoma
Evoluutio BI Elämä ja evoluutio Leena Kangas-Järviluoma 1 Evoluutio lajinkehitystä, jossa eliölajit muuttuvat ja niistä voi kehittyä uusia lajeja on jatkunut elämän synnystä saakka, sillä ei ole päämäärää
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Seoksen komponentit voidaan erotella toisistaan kromatografisilla menetelmillä. Mihin kromatografiset menetelmät perustuvat? (2p) Menetelmät perustuvat seoksen osasten erilaiseen sitoutumiseen paikallaan
LisätiedotKromosomimuutokset. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent www.rebeccajkent.com rebecca@rebeccajkent.com. Huhtikuussa 2008
16 Kromosomimuutokset Huhtikuussa 2008 Tätä työtä tuki EuroGentest, joka on Euroopan yhteisön tutkimuksen kuudennen puiteohjelman rahoittama verkosto. Kääntänyt Tiina Lund-Aho yhteistyössä Väestöliiton
LisätiedotGMO analytiikka Annikki Welling Kemian tutkimusyksikkö Evira
GMO analytiikka Annikki Welling Kemian tutkimusyksikkö Evira Millaisia GM kasvit ovat ja kuinka tätä käytetään hyväksi analytiikassa Aromaattisten aminohappojen biosynteesireitti kasvissa Kasvi tarvitsee
LisätiedotPerinnöllisyys 2. Enni Kaltiainen
Perinnöllisyys 2 Enni Kaltiainen Tunnin sisältö: Kytkeytyneiden geenien periytyminen Ihmisen perinnöllisyys Sukupuu Mutaatiot Kytkeytyneet geenit Jokainen kromosomi sisältää kymmeniä geenejä (= kytkeytyneet)
LisätiedotVALINTAKOE 2014 Terveyden biotieteiden koulutusohjelmat/ty ja ISY
VALINTAKOE 2014 Terveyden biotieteiden koulutusohjelmat/ty ja ISY BIOLOGIAN KYSYMYSTEN Hyvän vastauksen piirteet 2014 Väittämätehtävät. Maksimipisteet 10. Määrittele tai kuvaa lyhyesti seuraavat termit.
LisätiedotDNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio
LisätiedotLääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe Tehtävä 1 Pisteet / 15
Tampereen yliopisto Henkilötunnus - Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe 18.5.2018 Tehtävä 1 Pisteet / 15 1. Alla on esitetty urheilijan
LisätiedotSaana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ
Saana-Mari Jänkälä CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ CDNA-KIRJASTON VALMISTUKSESSA KÄYTETTÄVIÄ GEENITEKNIIKAN MENETELMIÄ Saana-Mari Jänkälä Opinnäytetyö syksy 2011 Laboratorioalan
LisätiedotHPV-infektion ja kohdunkaulan syövän esiasteiden luonnollinen kulku
HPV-infektion ja kohdunkaulan syövän esiasteiden luonnollinen kulku Olli Carpén VARSINAIS-SUOMEN SAIRAANHOITOPIIRI HOSPITAL DISTRICT OF VARSINAIS-SUOMI Kohdunkaulan syöpä ja esiasteet HPV ja kohdunkaulan
LisätiedotMolekyylibiologiaan perustuvat mikrobiyhteisömääritykset ja niiden käyttökohteet yhdyskuntajätevesien käsittelyssä
Molekyylibiologiaan perustuvat mikrobiyhteisömääritykset ja niiden käyttökohteet yhdyskuntajätevesien käsittelyssä Vesihuoltopäivät 10.5.2017, Jyväskylä Jenni Kesulahti Diplomityö Aalto-yliopistossa Hankkeessa
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Mitä tarkoitetaan biopolymeerilla? Mihin kolmeen ryhmään biopolymeerit voidaan jakaa? (1,5 p) Biopolymeerit ovat luonnossa esiintyviä / elävien solujen muodostamia polymeerejä / makromolekyylejä.
LisätiedotBiopankit miksi ja millä ehdoilla?
Suomalaisen Tiedeakatemian 100 v-symposium, Helsinki 4.9.2008 Biopankit miksi ja millä ehdoilla? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm, Sverige ja Helsingin yliopisto Tautien tutkimus Geeni/ valkuaisaine
LisätiedotKehitysbiologiassa käytetään lukuisia viekkaita kuvantamismenetelmiä
Kehitysbiologiassa käytetään lukuisia viekkaita kuvantamismenetelmiä Reportterigeenit ja reportterikonstruktiot? Monissa tilanteissa tarvitaan ilmaisinta (proobi, luotain, reportteri) kertomaan, mitä/missä/milloin
LisätiedotGeeneistä genomiin, mikä muuttuu? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm
Geeneistä genomiin, mikä muuttuu? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm 5 ATCACACACACACAGTCCTGACGTGC 3! 3 TAGTGTGTGTGTGTCAGGACTGCACG 5! Informaatioteknologian mullistus 1978 2013 2048? Molekyylibiologian
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. Valitse listasta kunkin yhdisteen yleiskielessä käytettävä ei-systemaattinen nimi. (pisteet yht. 5p) a) C-vitamiini b) glukoosi c) etikkahappo d) salisyylihappo e) beta-karoteeni a. b. c. d. e. ksylitoli
LisätiedotBIOLOGIAN OSIO (45 p.)
BIOLÄÄKETIETEEN KOULUTUSOHJELMA PÄÄSYKOE 17.5.2017 BIOLOGIAN OSIO (45 p.) HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET I) Esseetehtävät (2 kpl) a) Selitä perustellen, miten kuvaan merkittyihin kohtiin osuvat mutaatiot voivat
LisätiedotBIOLOGIAN OSIO (45 p.)
BIOLÄÄKETIETEEN KOULUTUSOHJELMA PÄÄSYKOE 17.5.2017 BIOLOGIAN OSIO (45 p.) HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET I) Esseetehtävät (2 kpl) a) Selitä perustellen, miten kuvaan merkittyihin kohtiin osuvat mutaatiot voivat
LisätiedotAnatomia ja fysiologia 1 Peruselintoiminnat
Anatomia ja fysiologia 1 Peruselintoiminnat Solu Laura Partanen Yleistä Elimistö koostuu soluista ja soluväliaineesta Makroskooppinen mikroskooppinen Mm. liikkumiskyky, reagointi ärsykkeisiin, aineenvaihdunta
LisätiedotElintarvikepetokset Annikki Welling Kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö Evira
Elintarvikepetokset Annikki Welling Kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö Evira Elintarvikepetokset EU:ssa ei ole yleisesti hyväksyttyä elintarvikepetosten määritelmää. Yleinen ohjeistus löytyy elintarvikelainsäädäntöä
Lisätiedotmåndag 10 februari 14 Jaana Ohtonen Kielikoulu/Språkskolan Haparanda
GENETIIKKA: KROMOSOMI DNA & GEENI Yksilön ominaisuudet 2 Yksilön ominaisuudet Perintötekijät 2 Yksilön ominaisuudet Perintötekijät Ympäristötekijät 2 Perittyjä ominaisuuksia 3 Leukakuoppa Perittyjä ominaisuuksia
LisätiedotHiiriä, hiivoja ja kärpäsiä mitä malliorganismien geenit kertovat elämästä ja sen evoluutiosta. Hannu Sariola, Irma Thesleff ja Marja Makarow
Genomi Hiiriä, hiivoja ja kärpäsiä mitä malliorganismien geenit kertovat elämästä ja sen evoluutiosta Hannu Sariola, Irma Thesleff ja Marja Makarow Malliorganismeiksi kutsutaan lajeja, joita tutkijat käyttävät
LisätiedotElämän synty. Matti Leisola
Elämän synty Matti Leisola Selitettävää Universumin rakenne Biologinen elämä Maailmallemme on olemassa kaksi erilaista selitysmallia Kaikki on syntynyt sattumanvaraisten fysikaalisten ja kemiallisten tapahtumien
LisätiedotPlasmidi-DNA:n eristys bakteerisoluista DNA:n geelielektroforeesi (Proteiinien geelielektroforeesi)
Plasmidi-DNA:n eristys bakteerisoluista DNA:n geelielektroforeesi (Proteiinien geelielektroforeesi) CHEM-A1310 Biotieteen perusteet Heli Viskari 2017 DNA-harjoitustöiden aikataulu, valitse yksi näistä
LisätiedotTarkastele kuvaa, muistele matematiikan oppejasi, täytä tekstin aukot ja vastaa kysymyksiin.
1. Pääryhmien ominaispiirteitä Tarkastele kuvaa, muistele matematiikan oppejasi, täytä tekstin aukot ja vastaa kysymyksiin. Merkitse aukkoihin mittakaavan tuttujen yksiköiden lyhenteet yksiköitä ovat metri,
LisätiedotMALLIVASTAUKSET (max 30 p/kysymys, max 120 p koko kokeesta)
Tehtävä Pisteet a) Mitkä ovat solussa DNA:n, mitkä RNA:n tehtäviä? Miksi mielestäsi DNA on valikoitunut kaikkien solullisten organismien perintöainekseksi? max 5 DNA: perinnöllisen tiedon säilyttäminen
LisätiedotPerimä on DNA:ta. DNA koodaa proteiineja Osa geeneistä on ns. RNA-geenejä. Ihmisen perimä. Periytymisen molekyylitason mekanismit
GEENIT, GEENIEN JA YMPÄRISTÖN YHTEISVAIKUTUKSET JA MIELENTERVEYDEN HÄIRIÖT Periytymisen molekyylitason mekanismit Tiina Paunio Psykiatrian dosentti, erikoislääkäri ja professori HY, K2 28.9.2012 on DNA:ta
Lisätiedotb) keskusjyvänen eläinsolujen solulimassa lähellä tumaa, 2 kpl toimivat mitoosissa ja meioosissa sukkularihmojenkiinnittymiskohtina.
Bi5 kertaustehtäviä, mallivastauksia 1. Selosta lyhyesti, missä sijaitsevat seuraavat solun osat: a) tumajyvänen b) keskusjyvänen (sentrioli, sentrosomi), c) soluneste, d) mitokondrio, e) solulimakalvosto
LisätiedotCAR- JA PXR -TUMARESEPTORIEN KLOONAAMINEN ERI LAJEISTA JA NIIDEN TOIMINNAN TUTKIMINEN
OPINNÄYTETYÖ - AMMATTIKORKEAKOULUTUTKINTO SOSIAALI-, TERVEYS- JA LIIKUNTA-ALA CAR- JA PXR -TUMARESEPTORIEN KLOONAAMINEN ERI LAJEISTA JA NIIDEN TOIMINNAN TUTKIMINEN TEKIJÄ: Anni-Maaria Pakanen SAVONIA-AMMATTIKORKEAKOULU
LisätiedotSuurten kasvigenomien evoluutio ja tutkiminen
Suurten kasvigenomien evoluutio ja tutkiminen Timo Kumpula LuK-tutkielma Oulun yliopisto Genetiikan ja fysiologian tutkimusryhmä Toukokuu 2016 Sisällys 1. Johdanto... 1 1.1. Kromosomi- ja kromosomistomutaatiot...
LisätiedotMiten on mahdollista, että meillä on vasta-aineet (antibodit) aivan kaikkea mahdollista sisääntunkeutuvaa vierasmateriaalia vastaan?
Miten on mahdollista, että meillä on vasta-aineet (antibodit) aivan kaikkea mahdollista sisääntunkeutuvaa vierasmateriaalia vastaan? Antipodidiversiteetin generointi Robert Koch (TB) 1905 Niels K. Jerne
LisätiedotIhmisten erilaisuuden geneettinen perusta
hmisten erilaisuuden geneettinen perusta etter ortin hmisen genomin tutkimus on astunut uuteen vaiheeseen kun on alettu tutkia ihmisen geneettisen monimuotoisuuden määrää ja laatua. seita tätä tutkimushanketta
Lisätiedot