Rintasyövän ER, PR ja Ki-67: menetelmät ja värjäysten digitaaliavusteinen tulkinta. Jorma Isola, TaY



Samankaltaiset tiedostot
Rintasyövän reseptori- ja HER-2 tutkimusten laadunhallinta. Jorma Isola Tampereen yliopisto Biolääketieteellisen teknologian yksikkö

Her-2- määritykset Suomessa. IAP/syyskokous Helsinki Sairaalasolubiologi Mia Kero HUSLAB/Patologia

Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa

Histopatologian. Pirkko Hirsimäki. patologian palvelualue

Positiivisesta seulonnasta sopivien verien löytymiseen

Rintasyövän immunohistokemiallisten värjäysten automaattisen kuva-analyysin validointi kliiniseen diagnostiikkaan

Alkukartoitus Opiskeluvalmiudet

Immunohistokemian ja tekniikan kierrosten arviointi ja ongelmakohdat värjäysmenetelmissä

Verensiirtoserologian laadunarviointi. Tarja-Terttu Pelliniemi

PIKAOHJEET Käytettäväksi vain Sofia-analysaattorin kanssa.

ylilääkäri Teijo Kuopio

Laatunäkökulma tuberkuloosin immunodiagnostiikassa

Punomo Tee itse -julkaisun tekeminen

Bakteeriviljelystä löytyi sieni mitä tehdään?

Kertausta virtsan liuskatestin tekemiseen

¼ ¼ joten tulokset ovat muuttuneet ja nimenomaan huontontuneet eivätkä tulleet paremmiksi.

Labqualitypäivät Riitta Karttunen. HUSLAB, kl. Mikrobiologia Virologian ja immunologian osasto

Good Minton Sulkapalloliiton Kilpailujärjestelmä SEPA: Heuristinen arviointi

Milloin nieluviljely

VERIRYHMÄT JA VERIRYHMÄVASTA-AINEET

Mittausepävarmuudesta. Markku Viander Turun yliopisto Lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia

Annika Rökman. sovellusasiantuntija, FT, sairaalegeneetikko, datanomi

Ki-67-PROLIFERAATIOINDEKSIN MÄÄRITYS AIVOKASVAIMISSA

Tuloksia MenSe raivauspään seurantatutkimuksesta. Markus Strandström

Avainsanojen poimiminen Eeva Ahonen

JOHDATUS TEKOÄLYYN TEEMU ROOS

Lajittelumenetelmät ilmakehän kaukokartoituksen laadun tarkkailussa (valmiin työn esittely)

Muita kuvankäsittelyohjelmia on mm. Paint Shop Pro, Photoshop Elements, Microsoft Office Picture Manager

JOHDATUS TEKOÄLYYN TEEMU ROOS

Peltomaan laatutesti -tutkimustieto käytäntöön

Digitaaliset fysiikan ja kemian kokeet. Tiina Tähkä Kemian jaoksen jäsen

Asiakas ja tavoite. Tekninen toteutus

Yersinia-serologia. Markus Penttinen Lääketieteellinen mikrobiologia Turun yliopisto

Labquality-päivät Anri Tienhaara TYKSLAB. Verensiirtojen ongelmatilanteita verikeskuksessa esimerkkien valossa..

Pikaohje: Miten ennustetaan / budjetoidaan P-Analyzerillä? Olettamusten antaminen

Sudenkuoppia, yllätyksiä, pään vaivaa

Kirjoita oma versio funktioista strcpy ja strcat, jotka saavat parametrinaan kaksi merkkiosoitinta.

Uudet ominaisuudet. Versio 3.00

2. luentokrt KOTITEHTÄVÄ: VASTAA UUDELLEEN KAHTEEN KYSYMYKSEESI TÄMÄN PÄIVÄN TIEDON PERUSTEELLA

Mark Summary Form. Tulospalvelu. Competitor No Competitor Name Member

Raskaana olevien ja vastasyntyneiden verensiirto ja seulonta käytäntö. Uusi Verensiirto-opas

Täydentäviä muistiinpanoja laskennan rajoista

Ohjelmointi Tunnilla 1 (5) Viikko 7 tuntitehtäviä: metodien tekeminen Javalla

Prosessien hallinta. Lean-näkökulma laboratorion prosessien kehittämiseen ja hallintaan

Uuden vieritestin käyttöönotto avoterveydenhuollossa

Seuratiedote 2/09 LIITE 4

Koagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka.

BAL-menetelmä: laboratorion näkökulma. OYS Patologian osasto Sytologian laboratorio Leena Seppälä 2017

Miten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa?

Työkalujen merkitys mittaamisessa

Muinaisesineiden 3D talletus

JOHDATUS TEKOÄLYYN TEEMU ROOS

JOHDATUS TEKOÄLYYN TEEMU ROOS

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa


Kokemuksia vieritutkimuksista TYKS:n Lastenpoliklinikalla. Jussi Mertsola Professori Lastenpkl:n osastonylilääkäri TYKS

KIVIAINESTEN VERTAILUKOKEET Sami Similä Destia Oy / Asiantuntijapalvelut

TUKIMATERIAALI IMMUNOHISTOKEMIAL- LISISTA CD-VÄRJÄYKSISTÄ

Testifantomit ja kuvanlaatutestit

Satunnaisalgoritmit. Topi Paavilainen. Laskennan teorian opintopiiri HELSINGIN YLIOPISTO Tietojenkäsittelytieteen laitos

Sisäilman mikrobitutkimus

IKÄÄNTYNEIDEN VAJAARAVITSEMUKSEN KIRJAAMINEN

Näin onnistut sähköpostimarkkinoinnissa

T Testitapaukset TC-1

Kemiallisten menetelmien validointi ja mittausepävarmuus Leena Saari Kemian ja toksikologian tutkimusyksikkö

Näkökulmia kunnan talouden tasapainon tulkintaan Kuntaliitto

KULUTTAJAKÄYTÖSSÄ OLEVIEN HYVINVOINTIMITTARIEN DATAN YHDISTÄMINEN HENKILÖN TERVEYSTIETOIHIN MAHDOLLISTAA YKSILÖLLISEN JA ENNAKOIVAN HOIDON

CCD-kamerat ja kuvankäsittely

Sädehoidon valvonnan tuloksia

1. Syötä 2 vuoden tuloslaskelmat ja taseet ohjelmaan. Poista kertaluoteiset erät tarvittaessa.

focus PATOLOGIA Immunohistokemia Tissue Micro Array Biopankit Molekyylibiologia

Ongelma: Poikkeaako perusjoukon suhteellinen osuus vertailuarvosta?

Palvelukuvaus Omakannan Omatietovaranto

Erotusdiagnostiikasta. Matti Uhari Lastentautien klinikka, Oulun yliopisto

Ulosteen bakteeriviljely 1 (F-BaktVi1) Markku Koskela, OYS, mikrobiologia Eveliina Tarkka, Huslab, bakteriologia

UUDET INNOVAATIOT. Professori Heikki Kälviäinen Koulutusohjelman johtaja Laitoksen johtaja

Kuvankäsi*ely 1. Digitaaliset kuvat ja niiden peruskäsi3eet. Kimmo Koskinen

Turingin koneen laajennuksia

Tyvisolusyöpä: mitä patologin tulee siitä lausua. Lauri Talve patologian el, LT TYKS-SAPA

"Miten IT infra-projekti onnistuu ja miten epäonnistuu" Timo Häkkinen TTY PDF versio josta on poistettu 1 kuva ja yhden sivun tekstit

LABORATORION LASKENTASOVELLUKSEN OHJE

Miehittämättömän lennokin ottamien ilmakuvien käyttö energiakäyttöön soveltuvien biomassojen määrän nopeassa arvioinnissa

Seuraavassa taulukossa on annettu mittojen määritelmät ja sijoitettu luvut. = 40% = 67% 6 = 0.06% = 99.92% 6+2 = 0.

Sami Hirvonen. Ulkoasut Media Works sivustolle

806109P TILASTOTIETEEN PERUSMENETELMÄT I Hanna Heikkinen Esimerkkejä estimoinnista ja merkitsevyystestauksesta, syksy (1 α) = 99 1 α = 0.

Tasot. Valitse ensin tasopaletit näkyviin Window Layers. Uusi taso Säätötaso Tason poistaminen. Sekoitustilat

Harjoitustyön testaus. Juha Taina

Sähköinen äänestämisen testaus

DEE Uusiutuvien energiamuotojen työkurssi. 5 op

DESIGN THINKINGILLÄ MENESTYSTARINA: TAPIOLA PRIVATE Tommi Elomaa Yksikönjohtaja Yksityistalousasiakkaat

Miten digimarkkinoinnilla tehdään tulosta?

Kilpirauhasvasta-aineet: milloin määritys on tarpeen? Dosentti, oyl Anna-Maija Haapala

Digitaalinen signaalinkäsittely Kuvankäsittely

HIV-pikatesti Jukka Suni osastonlääkäri HUSLAB / virologian osasto

Huonetilat ja lisätilat 1 / 6

Projektisuunnitelma ja johdanto AS Automaatio- ja systeemitekniikan projektityöt Paula Sirén

KONTROLLIKIRJASTO. Anita Naukkarinen ylisolubiologi kliinisen patologian yksikkö KYS-Kuvantamiskeskus

KUVAPATTI-järjestelmä Digitaaliset preparaattikuvat patologiassa

JOHDATUS TEKOÄLYYN TEEMU ROOS

Julkaistu. 1 Johdanto... 2

Transkriptio:

Rintasyövän ER, PR ja Ki-67: menetelmät ja värjäysten digitaaliavusteinen tulkinta Jorma Isola, TaY

Kliinikot ovat tyytymättömiä ER/PRmääritysten tarkkuuteen, koska Kahdessa uudessa monikeskushoitotutkimuksessa ER/PR-statukset olleet vääriä 25-30%:ssa tapauksia!! Vaikutti oleellisesti hoitotutkimusten tuloksiin Käsitys ER+PR- kategoriasta edelleen hatara tamoksifeeni vai aromataasi-inhibiittori? tulos muuttui res. määrityksistä riippuen kansainvälisiin trialeihin paikalliset ER/PR:t eivät enää kelpaa (HER2:sta puhumattakaan...)

ER/PR-tulostason vaihtelun syyt 1) Eroja/puutteita värjäysmenetelmissä NordiQC PR : 23% borderline, 2% poor NordiQC ER : 10% borderline, 15% poor 2) Eroja värjäystulosten +/- tulkinnassa esim. NordiQC:n ekspertit tulkitsivat heikkoja värjäysreaktioita todella vaihtelevasti. => kuva-analyysi

ER/PR:n vasta-aineet ER : vasta-aineet 1D5, 6F11, SP1 moitteettomia PR : vasta-aineet PgR636, 16, PgR1294,1E2 moitteettomia rabbit monoclonal SP2 poistettu myynnistä! klooni 1A6 on huono, todettu moneen kertaan kehotan labroja Suomessa vaihtamaan tämän

Värjäysmenetelmistä Ei erityistä verrattuna IHC-värjäyksiin yleensä Kuumennusesikäsittely ph 9 Posit. kontrollien valinta edelleen vaikeaa cervix hyvä kontrolli PR:lle tuumorien lisäksi ER:lle pitää valita myös heikosti pos. tuumoreita mieluiten monikudosblokki

PgR 636 väärä laim. Huomaa ero sensitiivisyydessä vaikka stroomasolut molemmissa voimakkaasti positiivisia PgR 636 optimaalinen ER/PR:n värjäysmenetelmät tulisi testata laboratorioissa huollellisesti. Klooni 1A6, epäspesifi

ER/PR-tulostason vaihtelun syyt 1) Eroja/puutteita värjäysmenetelmissä NordiQC PR : 23% borderline, 2% poor NordiQC ER : 10% borderline, 15% poor 2) Eroja värjäystulosten +/- tulkinnassa esim. NordiQC:n ekspertit tulkitsivat heikkoja värjäysreaktioita todella vaihtelevasti.

%-pos. soluja vai histoscore? (HISTOSCORE = intensiteetti x %pos.soluosuus) Oma vahva mielipiteeni on : %-pos. soluja KOSKA : VÄRJÄYSINTENSITEETTI VAIHTELEE LIIKAA VÄRJÄYSERIEN VÄLILLÄ VÄRJÄYSINTENSITEETIN TOISTETTAVA LUOKITTELU LIIAN VAIKEAA HISTOSCOREN YLIVERTAISUUTTA EI OLE OSOITETTU MISSÄÄN.

Mikä on ER/PR:n positiivisuuden raja-arvo? Ei tiedetä kunnolla!!!!! Ennen käytimme 20% pos. ca-soluja Kansainvälisen käytännön mukaisesti käytämme nykyisin 10% pos. ca-soluja Ki-67:ssa kolmiluokkainen jaottelu käyttökelpoisempi kuin kaksiluokkainen meillä <10% / 10-20% / >20%

Suurin osa ER/PR-värjäyksistä on tulkinnaltaan täysin selviä Niin on, mutta rajatapauksia voi olla jopa 10-15% ja se on suuri määrä potilaita

Missä menee värjäysreaktion positiivisuuden raja? - Säilyykö tulkintasi viikosta toiseen samana...? neg neg neg? neg? neg??????? pos??? pos? pos pos pos pos pos pos kaikki ER-värjäyksiä

Ki-67:ssa nähdään usein runsas vaihtelu värjäysintensiteetissä. - %-osuuden laskenta edellyttää toistettavaa positiivisen solun määritelmää => jopa tärkeämpää kuin ER/PR:ssa!!! Ki-67 IHC

Ki-67%:n silmämääräistä arviointia sotkee myös solutiheyden vaihtelu näytteiden välillä Ki67= _ % Ki67= _ %

Ki-67%:n silmämääräistä arviointia sotkee myös solutiheyden vaihtelu näytteiden välillä Ki67= 7 % Ki67= 7 %

ER/PR/Ki-67:n kuva-analyysi Muinainen CAS200 Parikymmentä heikkotasoista julkaisua erilaisista ohjelmistotekeleistä Yhtään laajalla kliin. aineistolla validoitua ohjelmistoa ei ole tiedossani lähinnä esimerkkikuvia + kaupall. esitteitä => Päätimme tehdä oman ohjelmiston

Perimmäinen idea : Kuva-analyysiohjelma tulkitsee värjäyksen positiivisuuden aina samalla tavalla. Vaikka kukaan ei pysty sanomaan mihin raja oikeasti pitäisi asettaa - tärkeintä on toistettavuus 12%

Ohjelmiston tekninen toteutus Käytämme ImageJ nimistä kuva-analyysiohjelmistoalustaa (public domain) 2. Sovellusohjelma ( Immunoratio ) kirjoitettu itse 3. Kuvien otto 1300x1000 pix. värikameralla (Scion) - kuvaus 20x objektiivilla - valotuksen vakiointi (helppoa)

Ohjelmiston toimintaperiaate : 1. Värikuvan laskennallinen hajoitus DABja DAB+hematox-komponenteiksi color deconvolution algoritmi (Ruifrok et al. 2001) alkuper. kuva DAB. Hematox+DAB (mitkään PhotoShop kikkailut eivät toimi)

2. DAB-värjäyksen itseoppiva kynnystys Sama ruskean sävy näytteestä riippuen joko oikeaa värjäytymistä tai sytoplasmista taustaa Molemmista oikea digitaalinen tulkinta Silmämääräisestikin otetaan aina huomioon signaali / tausta

3. Laskenta : ruskeat / ruskeat + siniset pikselit % - sama tulos kuin pos. solujen %-osuus Alkup. kuva Analyysiohjelman tulkinta

Visuaalinen kontrolli tärkeää: ER alkup. kuva Kuva-analyysin tulos DAB-posit. Hematox-posit. %-luku täytyy olla järkeenkäypä.

Litteimmät solut ovat stroomaa - suljetaan pois laskennasta Kuva-analyysiohjelman suorittama solujen tunnistus Peroksidaasi+ Hematoksyliini+

ER/PR-värjäytyminen on tunnetusti heterogeenistä tuumorin sisällä Alkup. kuva digitaalinen tulkinta Kuvataan 3 näkökenttää per näytelasi, enemmänkin näkökenttiä voi halutessaan kuvata

Analyysiohjelman kalibraatio Ohjelman tulostaso (ruskea/ruskea+sin%) säädettiin vastaamaan kuvista laskettua pos. solujen %-osuutta toimii myös käytännössä >2000 ER/PR/Ki-67 -määritystä tehty Tarvitaan ulkoinen/riippumaton validaatio & testaus

Kokemuksia kuva-analyysin käytöstä 10/2005-3/2007 Tähän mennessä tehty 748 (x3) kliin. potilasmääritystä kuva-analyysi onnistuu teknisesti >95%:ssa Jos halutaan määrittää ER%, PR% ja Ki-67% kunnolla => Immunoratio nopeuttaa huomattavasti työtä Digitaalikuvat kuva-palvelimelle kl.pat. kokouksia varten (myös CISH) käytetään yllättävän paljon! Pos. palautetta onkologeilta!

Jos kiinnostusta Tarkoituksena tehdä Immunoratioohjelmasta web:n kautta käytettävä versio Uutta web-teknologiaa: 1) Ota kuva(t) omalla mikroskooppikamerallasi 2) Syötä kuvasi web-ohjelmaan (upload) 3) Tee analyysi ja poimi tulos & kuva Periaatteessa hoitaja/solubiologi voisi ottaa & analysoida kuvat => Patologi hyväksyy tulosteet.