Miten MALDI-TOF MS -menetelmä on muuttanut diagnostiikkaa ja tunnistusta? Risto Vuento Fimlab mikrobiologia 1
Sidonnaisuudet kahden viimeisen vuoden ajalta LKT, dosentti, kl. mikrobiologian erikoislääkäri, sairaalahygienian erityispätevyys Päätoimi: Erikoisalajohtaja, ylilääkäri Fimlab Laboratoriot Oy mikrobiologia Sivutoimet: Suomen Sairaalahygienialehden päätoimittaja Koulutustoiminta: Luentoja seuraavien yritysten tilaisuuksissa: Pfizer, MSD ja Berner Toiminta terveydenhuollon ohjaukseen pyrkivissä hankkeissa: Mikrobilääkeresistenssin torjunnan kansallinen asiantuntijaryhmä Tartuntatautien neuvottelukunta 2
Yleistä infektiotautien diagnostiikasta Infektiotautien diagnostiikassa anamneesilla, epidemiologisen tilanteen tuntemuksella ja potilaan statuslöydöksillä on keskeinen merkitys Mikrobispesifinen diagnostiikka on mahdollista, kun em. tietojen perusteella on syytä epäillä jotain tiettyä/jä mikrobia infektion aiheuttajaksi Yhteistyö hoitavien lääkäreiden ja laboratorion välillä on tärkeää niin tutkimusten valinnassa kuin vastausten tulkinnassa 3
Infektiotautien laboratoriodiagnostiikan indikaatiot Onko kyseessä infektio vai ei? Mikä on infektion aiheuttajamikrobi/t? Mikä on ko. mikrobin lääkeherkkyys? (Epidemiologisen tiedon kerääminen 4
Mikrobin lajimäärityksen merkitys? Taudinaiheuttamiskyvyn ja mikrobilääkeherkkyyden arviointi Infektion mahdollinen syntymekanismi Auttaa alkuun epidemiologisessa selvittelyssä 5
Bakteereiden lajimääritys Lajimääritys perustui hyvin pitkään erilaisiin fenotyyppisiin ominaisuuksiin kuten morfologia, värjäytyvyys, liikkuvuus, kasvuvaatimukset, pesäkkeen koko ja väri sekä erilaiset kemialliset reaktiot 1970- ja 80-luvuilta lähtien erilaiset geeniteknologiset menetelmät ovat syrjäyttäneet bakteereiden taksonomiassa em. fenotyyppiset menetelmät 6
7
8
9
10
11
MALDI-TOF MS Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry Mikrobien lajimääritys perustuu eroihin proteiiniprofiileissa, proteomiikka 12
13
14
Maldin edut aikaisempiin menetelmiin verrattuna Halvempi Nopeampi Pääosin tarkempi Nimeämisen osuvuus riippuu osin laitevalmistajien tietokantaohjelmistojen lajikirjaston laajuudesta 15
Tunnistettavia mikrobeja Bakteerit Hiivat Haponkestävät bakteerit Homeet 16
17
Mahdollisia ongelmia MALDI-TOF kuten muutkaan menetelmät eivät ole täysin virheettömiä Tämän vuoksi menetelmän käyttäjillä pitäisi olla kohtalaiset perustiedot siitä, millaisia mikrobit noin yleisesti ovat fenotyyppisesti, jotta tuloksia voisi arvioida kriittisesti Harvinaisempien löydösten osalta nimeä tulee arvioida suhteessa potilaan tautiin, muihin löydöksiin sekä kirjallisuuteen 18
Esimerkkejä muutamista mikrobeista Stafylokokit Streptococcus milleri Candida auris 19
20
Tapio Seiskari 21
Staphylococcus lugdunensis 22
Streptococcus milleri Tämän ryhmän bakteerit ovat mukana absesseissa Nykyinen ryhmä on Str. anginosus ryhmä Kolme lajia: Str. anginosus, Str. constellatus, Str. intermedius Lajeilla on jonkinlainen yhteys tiettyihin anatomiseen paikkoihin Onko näillä lajeilla lopulta eroa? 23
Candida auris Uusi, kohtalaisen herkästi leviävä, moniresistentti hiivalaji Aikaisemmin tunnistaminen oli haastavaa Nyt tämä laji on mukana päivitetyissä tietokantaohjelmistojen lajikirjastoissa 24
Lopuksi MALDI-TOF MS menetelmän avulla mikrobien tunnistaminen on helpottunut ja tarkentunut Vähitellen kertyy enemmän tietoa yksittäisten, tarkemmin määriteltyjen lajien kliinisestä merkityksestä ja tämä tulee parantamaan kliinistä diagnostiikkaa 25