Tutkimus Auria Biopankissa ja tulevaisuuden visiot Samu Kurki, FT, data-analyytikko

Samankaltaiset tiedostot
Biopankki -tärkein talletus? Taltioni - biopankkitallettajan verkkopankki? Dos. Heli Salminen

Tekoäly lääkärin päätöksenteon tukena. Arho Virkki, DI, FT Lääketieteellisen matematiikan dosentti, TY Auria tietopalvelun johtaja, TYKS

Biopankkitoiminta Suomessa. Dos. Heli Salminen

Muuttuva diagnostiikka avain yksilöityyn hoitoon

Itä-Suomen Biopankki

TALTIONI BIOPANKKITALLETTAJAN VERKKOPANKKI

Onko tietoallas osa ongelmaa vai osa ratkaisua? Tiedontuotannonkerrosarkkitehtuuri TOIVO-ohjelman avausseminaari Tiedä ensin, johda sitten 27.2.

Osallistuminen lääketieteelliseen tutkimukseen vastavuoroisuuden ja yhteisvastuullisuuden näkökulmasta

Liite 2 A

Miten biopankkitoiminta vaikuttaa patologian osastoissa

Suomalaiset vahvuudet

GENOMITIETO JA TERVEYSTALOUS Riittävätkö rahat? terveystaloustieteen näkökulma

Uusia mahdollisuuksia FoundationOne

Terveysalan uudistaminen yritysten, korkeakoulujen ja palvelujärjestelmän yhteistyöllä

Tekoäly muuttaa arvoketjuja

Kliiniset lääketutkimukset yliopistosairaalan näkökulma. Lasse Viinikka Etiikan päivä 2014

Suomalainen genomitieto ja yksilöllistetty terveydenhuolto Olli Kallioniemi October 9, 2013

Biopankki: ideasta käytäntöön

Uusia mahdollisuuksia FoundationOne CDx. keystocancer.fi

Miltä Genomikeskus näyttäytyy yritystoiminnan näkökulmasta? , STM. Toimitusjohtaja Laura Simik, Sailab MedTechFinland ry

Click to edit Master subtitle style. Click to edit Master subtitle style. Viro egovernment. Jukka Lehtonen

Hoito-ohjeet internetiin potilaiden, ammattilaisten ja kansalaisten saataville

Miten geenitestin tulos muuttaa syövän hoitoa?

Tietoa ja tuloksia tutkittavalle: miten ja miksi?

Kalewa SRA: Isojen potilastietoaineistojen käyttö terveydenhuollossa - mahdollisuudet ja haasteet

Diagnostisen laboratoriotoiminnan kustannukset ja vaikuttavuus. Laboratoriopalvelut SOTE-uudistuksen säästötavoitteita toteuttamassa Kari Punnonen


KEINOÄLY PROJEKTIKOKEMUKS IA

Lapset puuttuvat biopankeista: eettiset ja oikeudelliset erityiskysymykset

BIOPANKKI YLIOPISTOSAIRAALASSA Matka suunnitelmasta kansainväliseksi keulakuvaksi

Elintapaohjaus osana asiakkaan hoitopolkua - kokemuksia ja ajankohtaista HKI

Harvinaissairauksien diagnostiikan ja hoidon tulevaisuuden näkymiä

Tekoäly ja alustatalous. Miten voit hyödyntää niitä omassa liiketoiminnassasi

Digipalvelut terveydenhuollossa lisäarvon tuottajana. Jyrki Saarivaara

Terveydenhuollon tulevaisuus Kuinka tietotekniikka tukee kansalaisen terveydenhoitoa Apotti-hanke

Suoritehinnat Jyväskylän terveydenhuollon yhteistoiminta-alue

Yliopistojen tutkimusyhteistyö sairaanhoitopiirien/yliopistollisten sairaaloiden kanssa

Tutkimus ja tiedolla johtaminen tulevaisuuden mahdollisuudet

TYKS:n uusi huippuosaamisstrategia ja Academic Medical Center

Neurologiset harvinaissairaudet Suomessa: Huntingtonin tauti ja geneettiset motoneuronitaudit

Digitaaliset terveystiedot hoidossa ja tietoallas. Arho Virkki, DI, FT Projektijohtaja, VSSHP

Sairaanhoitopiirin eri tasojen johtaminen kustannustiedolla: Miten VSSHP:ssä? Arho Virkki, DI, FT Auria tietopalvelun johtaja, VSSHP

Mitä julkisen terveydenhuollon pitäisi tarjota?

Translationaalinen tutkimus, mitä, miksi, miten?

Keinoälyn mahdollisuudet terveydenhuollossa

TEEMU ROOS (KALVOT MUOKATTU PATRIK HOYERIN LUENTOMATERIAALISTA)

Biopankkien ja tieteellisen tutkimuksen yhteinen ICT infrastruktuuri

Biopankkitoiminnan merkitys kulma. BBMRI the European Research Infrastructure for Biobanking and Biological Resources

Tampereen yliopiston kirjaston 85-vuotisjuhlaseminaari parhaaksi. Keuhkosairauksien erikoislääkäri, LT, MBA Pirkanmaan sairaanhoitopiiri

Sustainable well-being

Tampereen BIOPANKKI. Selvitys näytteenantajalle suostumuksen antamista varten

Tärkeä lääketurvatiedote terveydenhuollon ammattilaisille. RAS-villityyppistatuksen (KRAS- ja NRAS-statuksen

Virtuaaliklinikkaa 1.0. Madis Tiik

Maakunnan tiedolla johtaminen ja tietoaltaan hyödyntäminen Jyrki Tirkkonen Liiketoimintapäällikkö, Tiedolla johtaminen ja informaation hallinta

Kansallinen Genomistrategia - missä mennään? Espoo

Tekoälyn perusteita ja sovelluksia (TIEP1000)

Lakisääteisen eettisen toimikunnan tehtävät alueellinen yhteistyö

Julkisen sektorin edellytykset ja valmiudet kansainvälistymiseen

Terveydenhuollon ja sosiaalihuollon ammattilaisen digitaalinen päätöksentekotuki vuonna 2025

PredictAD-hanke Kohti tehokkaampaa diagnostiikkaa Alzheimerin taudissa. Jyrki Lötjönen, johtava tutkija VTT

PROFESSORILUENTO. Professori Päivi Rautava. Lääketieteellinen tiedekunta. Ehkäisevä terveydenhuolto

<raikasta digitaalista ajattelua>

MUUTTUVAT HOITOPROSESSIT YKSITYISSEKTORIN NÄKÖKULMASTA

JARI PORRASMAA

Biopankit tutkimusta, terveyshyötyjä ja tuottavuutta

VSSHP talouden ja toiminnan muutostarpeet Kuntaneuvottelut Samuli Saarni, jyl

Terveydenhuollon kehitystrendit ovatko lääkärit valmiina?

Mitä kuuluu MALLIMAAHAN?

Kokogenomisekvensointi (WGS)

Sosiaalihuollon digipalvelujen tulevaisuus Terveyskylä esimerkkinä KATARIINA KOHONEN, HUS SOSIAALITYÖ

Tietoaltaan hyödyntäminen ja visualisoinnin tekniikat. Arho Virkki, DI, FT Kliinisen tietopalvelun johtaja, VSSHP

Nuorten syöpäpotilaiden elämänlaadun ja selviytymisen seuranta mobiilisovelluksella

Koneoppiminen ja tekoäly suurten tietomassojen käsittelyssä yleensä ja erityisesti sovellettuina satelliittidatan käyttöön metsien arvioinnissa

Etiikka tutkimuksen ja tuotekehityksen rajalla - oikeudellinen näkökulma patentit. Sandra Liede Erityisasiantuntija Sosiaali- ja terveysministeriö

Data-analyysi tieteenalana Professori, laitosjohtaja Sasu Tarkoma Tietojenkäsittelytieteen laitos Helsingin yliopisto

Syöpäkeskuksen tutkimusmahdollisuudet Heikki Minn

Auria Biopankin selvitys alaikäisen lapsen huoltajalle suostumuksen antamista varten

Terveysalan test bedejä Suomessa. Maarit Lahtonen, Business Finland

YHTEISTYÖLLÄ JA ASIAKASLÄHTÖISYYDELLÄ PAREMPIA PALVELUJA

Näin Tays-erva-alueen toiminnot ja palvelut jäsentyvät tulevaisuudessa

vs. Kehittämisylihoitaja Pekka Makkonen Kokemusasiantuntija Veikko Markkula , Lehmusvalkama

Suoritehinnat Jyväskylän terveydenhuollon yhteistoiminta-alue

Kustannusvaikuttavuustiedon hyödyntäminen Hilan päätöksissä

Round table -neuvottelu eduskunnassa

Keinoäly ja robotiikka - soveltaminen terveydenhuollossa Arjen käytäntöjä ja esimerkkejä toteutuksista. Digilääkäri Satu Mäkelä

Tietoarkiston palvelut ja arkistointiprosessi. Annaleena Okuloff Tieteenala-asiantuntija

UNA PoC-yhteenveto Atostek Sami Konttinen

MS-rekisteri kliinikon apuvälineenä

HE4 LABQUALITY DAYS 2015 Helsinki Arto Leminen Dosentti, osastonylilääkäri Naistenklinikka


Tyypin 2 diabeteksen hoidon kustannusvaikuttavuus

Kanta-palvelut Yleisesittely

Suostumus biopankkitutkimukseen

Miten genomitieto on muuttanut ja tulee muuttamaan erikoissairaanhoidon käytäntöjä

Suoritehinnat Jyväskylän terveydenhuollon yhteistoiminta-alue

Itä-Suomen Biopankki Selvitys näytteenantajalle biopankkitoiminnasta suostumuksen antamista varten

Molekyylidiagnostiikka keuhkosyövän hoidossa. Jussi Koivunen, el, dos. Syöpätautien ja sädehoidon klinikka/oys

TIIMITYÖSKENTELY LYMFOOMADIAGNOSTIIKAN JA HOIDON KULMAKIVI. K Franssila & E Jantunen

Lataa Diabetes - ei kiitos - Lars-Erik Litsfeldt. Lataa

Yliopiston ja sairaanhoitopiirin tutkimuseettisten toimikuntien työnjako

Transkriptio:

AURIA BIOPANKKI Tutkimus Auria Biopankissa ja tulevaisuuden visiot 8.3.2019 Samu Kurki, FT, data-analyytikko

www.auria.fi Biopankkiprojektit vuosina 2014-2018 Akateemiset projektit 54% Yritysprojektit 46% Yhteensä >160 projektia 8.3.2019 Auria 5 v 2

Biopankkitutkimus kehittää potilaan hoitoa Näytekeräykset Toteutettavuusanalyysit Tosielämän tieto Uudet hoitokohteet Potilaiden rekrytointi Hoitojen vaikuttavuus IDEA KLIINISET KOKEET KÄYTTÖÖNOTTO PERUSTUTKIMUS FAASIT 1 3 HOITO Geneettinen tieto Ennusteelliset merkkitekijät Kliininen päätöksenteko Algoritmien kehitys 8.3.2019 Auria 5 v 3

Auria tietopalvelun tietoallas Relaatiotietokanta -> Datan järjestäminen taulukkomuotoon Avoimen lähdekoodin ohjelmisto suurten hajautettujen tietomäärien käsittelyyn -> Datan säilyttäminen lähdejärjestelmistä Datan puhdistaminen ja analyysit 8.3.2019 Auria 5 v 4

Näytteisiin liittyvä tosielämän tieto Sairaalan potilastietojärjestelmät VSSHP SATSHP Tietoallas Kansalliset rekisterit Biopankkitutkimukset TYKS:ssä vuodesta 2004 lähtien kaikki kliininen tieto elektronisessa muodossa Biopankkinäytteisiin voidaan liittää tarkka kliininen tieto diagnoosista, taudinkulusta, hoidosta ja hoidon vasteesta 8.3.2019 Auria 5 v 5

Esimerkkipotilaan ilmiasu datassa 8.3.2019 Auria 5 v 6

Digipatologia ja monikudosblokit + black for DNA isolation 8.3.2019 Auria 5 v 7

Kolorektaalisyövän ennustekijät Ezrin low Ezrin high Ref. Ezrin expression combined with MSI status in prognostication of stage II colorectal cancer. PLOS ONE 12(9): e0185436. Slik K, Kurki S, Korpela T, Carpén O, Korkeila E, Sundström J (2017) 8.3.2019 Auria 5 v 8

FinnGen-hanke Tavoitteena 500 000 suomalaisen genomitieto Näytteistä tuotettu genomitieto palautuu biopankkeihin ja on näin jatkossa kaikkien biopankkitutkimusten hyödynnettävissä. Tämä lisää biopankkinäytteiden tutkimuksellista arvoa merkittävästi. Genomitieto on käytettävissä terveydenhuollossa tukemassa mm. tautien ennaltaehkäisyä, diagnostiikkaa ja yksilöllisiä hoitoratkaisuja. Esim. IBD-potilaiden DNA-näytteiden genotyypitys, tieto palautuu biopankkiin. Ei vastetta Täydellinen vaste Hoitovaste infliksimabille Osittainen vaste Voutilainen M et al 8.3.2019 Auria 5 v 9

Big data yksilöllisessä lääketieteessä 8.3.2019 Auria 5 v 10

Tiedonlouhinta kehittää terveydenhuoltoa Diabeteksen hoitotasapaino (pitkäaikaisverensokerin mediaani) kunnittain Ref. Kansallisaarre kokemuksia Auria Biopankista. Diabetes ja lääkäri 2/2017. Kurki S, Salminen-Mankonen H, Järveläinen H (2017) 8.3.2019 Auria 5 v 11

Tiedonlouhinta kehittää terveydenhuoltoa Sairaalainfektioiden löytäminen tekoälyn avulla Karlsson A et al XgBoost alg. ei-sai alg. kyllä-sai rek. ei-sai 1123 16 rek. kyllä-sai 6 15 Gaussian Naive Bayes alg. ei-sai alg. kyllä-sai rek. ei-sai 1075 64 rek. kyllä-sai 3 18 8.3.2019 Auria 5 v 12

blackbird.vsshp.net Suorituskyky 4 Nvidia Tesla V100 GPUta, jokaisessa 32GB muistia 1,5 TB RAM-muistia 3 TB kiintolevytilaa (laajennettevissa helposti myös esim. sairaalan sisäverkon yli) maksimissaan 112000000000000 laskutoimitusta sekunnissa TYKS AI 8.3.2019 Auria 5 v 13

Syväoppimismallit ja digipatologia Keuhkon adeno- ja levyepiteelikarsinooma Googlen Inception v3 neuroverkko Histopatologinen luokittelu (AUC 0.97) Keuhkosyövässä 10 yleisimmin mutatoitunutta geeniä Malli pystyi ennustamaan kuusi (STK11, EGFR, FAT1, SETBP1, KRAS and TP53) HE-kuvista (AUC 0.733-0.856) Syväoppimismallit voivat olla apuna syövän alatyyppien luokituksen lisäksi geenidiagnostiikassa Implementointi ja mukauttaminen meidän dataamme Ref. Classification and mutation prediction from non small cell lung cancer histopathology images using deep learning. Coudray N. et al. Nature Medicine 24, 1559 1567 (2018) 8.3.2019 Auria 5 v 14

Ketkä hyötyvät biopankkitutkimuksesta? Tutkijat Ainutlaatuiset näytekokoelmat ja niihin liitettävä kliininen tieto Yritykset, jotka hyötyvät tutkimuksen innovaatioista Uudet julkisten ja yksityisten toimijoiden yhteistyömuodot Terveydenhuolto Kliininen päätöksenteko Hoidon vaikuttavuuden seuranta Kansalaiset Parempaa terveyttä, henkilökohtaisempaa hoitoa 8.3.2019 Auria 5 v 15

www.auria.fi Auria Biopankki Auria tietopalvelu Kiitos! 8.3.2019 Auria 5 v 16