11th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for E. coli in the EU
|
|
- Hanna Ahola
- 7 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 11th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for E. coli in the EU th November, 2016, Instituto Superiore di Sanità, Rooma Tämänvuotisessa EU:n VTEC referenssilaboratorion (EU-RL VTEC) järjestämässä workshopissa oli mukana kansallisten referenssilaboratorioiden (NRL) edustajia kaikista EU-maista ja ETA-maista (Islanti), sekä EU:n ulkopuolisista maista mm. Turkista ja Iranista. Alla on linkkiluettelo käsiteltyihin aiheisiin. Esitykset on saatavilla EU-RL VTEC:n verkkosivuilla ( Session 1. Update of surveillance and monitoring activities on STEC in the EU and the de-velopment of a database on molecular typing of foodborne pathogens Upgrade of the EPIS-FWD network: Concept and concrete features, Karin Johansson, ECDC Update on the annual reporting of STEC in the EU and on EFSA activities for molecular typing data collection for food and animal isolates, Valentina Rizzi, EFSA Update on the VTEC Network preparedness for molecular typing data collection, An-tonella Maugliani, EURL VTEC Session 2. E. coli Genomics: Applications to public health microbiology Preparedness towards the use of NGS for characterization and typing of pathogenic E. coli, Valeria Michelacci, EURL VTEC Metagenomics to study STEC infections, Federica Gigliucci, EURL-VTEC VTEC O26:H11/HNM isolated in Austria NGS analysis, Sabine Schlager, NRL Austria Invited talk EQA schemes for public health laboratories (WHO), Flemming Scheutz, International Escherichia Centre (WHO) Overview of EURL-AMR and NGS activities, Lina Cavaco, EURL-AMR Session 3. Laboratory methods and proficiency testing (PT) Results of the inter-laboratory study on the detection of STEC in ground beef (PT17), Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Revision of the ISO/TS 13136:2012 and ISO 16654:2001 Amd1. State of Play, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Session 4. Presentations from the NRLs and other participants Extensive STEC and EPEC foodborne outbreak in Finland, August 2016,, NRL Finland Pathogenic E. coli in Czech Republic, Ivana Koláčková, NRL Czech Republic Enterohaemorrhagic E. coli Hybrid Pathotype O80:H2, an emerging clone in France, Estelle Loukiadis, NRL France UK NRL activities and responsibilities, Shona Neal, NRL UK Stx2f-producing E. coli and HUS, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Session 1. Update of surveillance and monitoring activities on STEC in the EU and the development of a database on molecular typing of foodborne pathogens Upgrade of the EPIS-FWD network: Concept and concrete features, Karin Johansson, ECDC EPIS järjestelmä on luotu epidemioiden nopeaa havaitsemista varten ja sen Molecular typing cluster investigation foorumi (MTCI) perustuu tiedonvaihtoon epidemioita indikoivista, havaituista yhdenmukaisista kantojen tyypitystuloksista. Järjestelmä tarjoaa elintarvikesektorin viranomaisille tiedonvaihdon terveydenhuoltosektorin kanssa. Esitettiin kuvitteellinen VTEC klusteri, joka toimi esimerkkinä järjestelmän toiminnasta. Havaitusta 5 kannan ryvästymästä tiedot siirretään TESSyyn. ECDC avaa uuden MTCIn EPIS-FWD -verkostoon. Puhuja selvitti tietojen näkyvyyttä eri osapuolien viranomaisille. Esimerkissä Ranskan ja Itävallan terveydenhuollon viranomaiset pääsevät näkemään kyselyt tarkemmin (maat joista ryppään kannat peräisin). Italia liittyy mukaan ihmisestä eristetyn kannan tyypitystiedolla ja Ruotsi on löytänyt vastaavan elintarvikekannan. Terveydenhuollon sektorin edustajat (jotka mukana kyselyssä) näkevät tiedot kaikista humaanikannoista ja oman maansa ei-humaanikannoista. Elintarvikesektorin edustajat näkevät tiedot oman maansa humaani ja ei-humaanikannoista. Kaikkien kyselyssä mukana olevien maiden molemmat sektorit lisätään kyselyyn jotta varmistutaan kaikkien olevan tilanteen tasalla. Jos epäillään että kyseessä on laajentuva epidemia, voidaan käynnistää Urgent inquiry (UI) tiedonvaihto, joka kattaa jokaisen EPIS-FWD käyttäjämaan (EFSA ja ECDC hyväksyvät). Sitä laatiessa tarkistetaan MTCIn tietojen sopivuus laajempaan jakeluun ja tarvittaessa tietoja edi-
2 2 (6) toidaan. EPIS-FWD verkoston päivitys tehdään vielä ennen vuodenvaihdetta ja uudet jäsenet saavat koulutusta verkoston toimintaan. Update on the annual reporting of STEC in the EU and on EFSA activities for molecular typing data collection for food and animal isolates, Valentina Rizzi, EFSA EFSA haluaa jäsenmaiden raportoivan aikaisempaa tarkempia tietoja STEC bakteerien esiintymisestä elintarvikkeissa ja eläimissä ja raportoinnin yksityiskohtia on viime vuosina lisätty. Tarkoituksena on päästä tasolle jossa tieto on kattavaa koko STEC ryhmän osalta. Vielä toistaiseksi tietoja on raportoitu menetelmien näkökulmasta kahdessa kategoriassa, ISO/TS (mikä tahansa STEC) tai ISO (vain serotyyppi O157). STEC bakteerin esiintymisessä näkyy selvä nouseva trendi 10 jäsenmaassa, toisaalta Slovakiassa on ainoana jäsenmaana laskeva trendi. Vuodenaikaisvaihtelu on selvä, esiintyvyyden noustessa lämpiminä kuukausina. Suhteessa tutkittuihin näytteisiin suurin positiivisten näytteiden osuus vuonna 2014 oli muu märehtijöiden liha ryhmässä, mutta näytteitä oli tutkittu vähän ja tietoa pidettiin siten vääristyneenä muihin näyteryhmiin verrattuna. Esiintyvyys oli korkeaa märehtijöihin kuuluvilla villieläimillä, sitä seurasi vuohen ja lampaan liha sekä naudanliha. Vuohen ja lampaanlihassa esiintyvyys oli naudanlihaa suurempi. Muuutama jäsenmaa raportoi esiintyvyydestä sioilla, ja näissä maissa esiintyvyys sioilla oli korkeampaa kuin naudoilla (kommentoitiin kuitenkin että lisätietoa näistäkin kannoista olisi ollut hyvä saada ettei kokonaiskuva vääristy). Kokonaisuutena STEC serotyypit O26 ja O103 olivat yleisimpiä ja ohittivat O157 serotyypin. Huomioimalla kaikki tutkimukset (eli nekin tutkimukset, jotka pystyivät osoittamaan vain serotyypin O157:n), serotyyppien esiintyvyysjärjestys oli O157 ennen serotyyppiä O26. Tulos on kuitenkin vääristynyt koska menetelmävalinta yliarvioi O157 osuutta. STEC:iä todettiin harvoin kasviksista, ei ollenkaan yrteistä, mausteista ja iduista, joista jälkimmäisellä on ainoana rajat lainsäädännössä. Suomen tulisi pohtia tulevaisuudessa raakamaitolainsäädäntöön ja itulainsäädäntöön liittyvien tutkimusten raportointia, koska näissä näytteissä esiintyy silloin tällöin STEC-bakteereita. Kerrattiin vielä EFSAn ja ECDC:n yhteisen epidemianselvitystietokannan rakennetta ja hankkeen edistymistä. Pilottiprojektia on esitelty useissa yhteyksissä EU:ssa viimeisen vuoden aikana. Tällä hetkellä mukana on 11 vapaaehtoista jäsenmaata. Keskustelua käytiin tietojen luottamuksellisesta jakamisesta. Jotkut olivat turhautuneet liiasta keskittymisestä luottamuksellisuuteen, sillä epidemia voitaisiin selvittää joskus nopeammin keskinäisellä tiedonvaihdolla ilman raskaita järjestelmiä. Update on the VTEC Network preparedness for molecular typing data collection, Antonella Maugliani, EURL VTEC Esityksessä kerrattiin STEC NRL:ien menestymistä PFGE-tyypitysten laadunvarmistuskierroksilla. Kierrosten päämääränä on saada laboratoriot tuottamaan laadukkaita PFGE-profiileita joita tarvitaan EFSAn tyypitysverkostoa varten. Parhaan tuloksen saaneiden laboratorioiden osuus on kasvanut kierrosten myötä (huonojen tulosten osuus on pysynyt samana). Suurimmat ongelmat olivat bändien asettamisessa ja epäselvissä bändeissä, seuraavaksi yleisimpänä virheenä seurasi kontrollin asettelu. Puolet osallistujista selvisi BioNumerics analysoinnista hyvällä tai erinomaisella arvosanalla. EURL:ssä koulutuksessa käyneistä laboratorioista 42% oli parantanut suoritustaan koulutuksen jälkeen. Laboratorioita kannustetaan edelleen osallistumaan kierroksille ja koulutukseen. Session 2. E. coli Genomics: Applications to public health microbiology Preparedness towards the use of NGS for characterization and typing of pathogenic E. coli, Valeria Michelacci, EURL VTEC EURL ei yrityksistä huolimatta vieläkään ole valmis tarjoamaan yhtä, kaikkiin tapauksiin sopivaa tyypitystapaa kokogenomisekvensointidatasta (WGS). EU-RL käy aktiivista vuoropuhelua tyypitystavoista terveydenhuoltosektorin kanssa ja osallistuu alan kongresseihin, kokouksiin ja hankkeisiin (myös GMI ja sen vertailututkimukset). Projekteista joiden
3 3 (6) päämääränä on tyypitysmenetelmien harmonisointi, mainittiin esimerkkeinä mm. ENGAGE ja INNUENDO (Evira osallistuu jälkimmäiseen). EFSA's 20th Scientific Colloquium on Whole Genome Sequencing of food-borne pathogens for public health protection keräsi v asiantuntijat yhteen keskustelemaan kokogenomisekvensoinnin käytöstä terveydenhuollossa. EU-RL:n kysely paljasti että 8 NRL:lla on jo sekvensointimahdollisuus ja 8 muuta aikoo hankkia sekvensoinnin alihankintana. Yksi NRL ilmoittaa jo korvanneensa vanhat menetelmät ja 9 ilmoitti että NGS täydentää vanhoja menetelmiä. EU-RL myös auttoi romanialaisia O26 epidemian selvittämisessä sekvensoinnin osalta. Kerrattiin ARIES tyypitysjärjestelmän rakennetta. Sillä on 50 käyttäjää eri maissa. Laboratorioita kannustettiin osallistumaan EURL:n WGS kursseille. Metagenomics to study STEC infections, Federica Gigliucci, EURL-VTEC EU-RL:n väitöskirjatutkija esitteli metagenomiikkatutkimusta O26:H11 infektoituneiden potilaiden (epidemia Roomassa) ulostenäytteistä, jossa hän vertailee ripulin aikana otettuja, ripulin jälkeen otettuja ja terveiden verrokkien ulostebakteeristoa keskenään (rarefaction analysis, joka mittaa lajien runsautta). E. colin virulenssigeenejä (Virulence Finder database) esiintyi huomattavasti enemmän ripulipotilailla kuin terveillä tai tervehtyneiden ulosteissa. Ryhmien Actinobacteria ja Firmicutes esiintyvyydessä todettiin suurimmat erot ryhmien välillä. Aktinobakteereita esiintyi vain terveillä verrokeilla ja sama tulos havaittiin myöhemmin myös Chronin tautipotilaita ja verrokkeja tutkimalla. Aktinobakteerit voivat kilpailla sitoutumisesta STEC:in kanssa suolessa ja STEC:in attaching and effacion -mekanismi on sitoutumisessa paljon vahvempi mikä voi johtaa A:n häviämiseen. Klostrideita esiintyi enemmän kontrolleilla ja Bacilluksia infektoituneilla. Klostrideilla voi olla suojeleva vaikutus ja STEC infektio puolestaan voi mahdollistaa Bacillusbakteerien esiintymistä. Päätelmät ovat kuitenkin lähinnä arvailujen tasolla, tutkimus on vasta alkuvaiheessa eikä tutkimus voi vielä vastata kumpi on syy ja kumpi seuraus patogeenin ja normaalin bakteeriston esiintyvyysvaihteluissa. VTEC O26:H11/HNM isolated in Austria NGS analysis, Sabine Schlager, NRL Austria Serotyyppi O26 on toiseksi yleisin VTEC infektioiden (ja HUS-tapausten aiheuttaja) Itävallassa. Tutkimuksessa oli mukana n. 100 kantaa (pääasiassa humaanikantoja, mutta myös 4 elintarvikekantaa, 14 nautakantaa ja 2 lammaskantaa). Kannat jakautuivat kolmeen pääsekvenssityyppiin joista suurimpaan päätyi 12 tutkituista kannoista. Klonaalisuutta havaittiin mutta ei täydellistä vastaavuutta humaanikantojen ja muiden kantojen välillä. Todettiin kuitenkin että eläimet voivat toimia lähteinä ihmisten tartunnoille. Sekvenssityypit noudattivat osittain vtx-toksiinien alatyyppejä. Yksi kanta edusti alatyyppiä vtx2f ja klusteroitui muiden sekaan. Invited talks: EQA schemes for public health laboratories (WHO), Flemming Scheutz, International Escherichia Centre (WHO) Tanskassa on tyypitetty vuosittain n. 100 STEC kantaa, HUSEC määriteltyjä (toksiinialatyypit stx2a + stx2d) näistä on n. 16%. Shigella infektioiden määrä on lähtenyt merkittävään nousuun Tanskassa. Ilmiön takana on siirtyminen ipah geeni-pcr:ään kliinisissä laboratorioissa. Flemmingin laboratorio tutki Shigella/EIEC tasolle luokitellusta 175 löydöksestä 75 kantaa tarkemmin (kokogenomisekvensointi). CGE ja CLC datoissa on isoja eroja (mm. genomien koossa) eri lajeilla (ongelmat koonnissa). Lopputuloksena saatiin nimettyä: 35 S. sonnei, 9 S. flexneri, 3 S. boydii, 30 EIEC (mukana tässä ryhmässä myös serotyyppi O96 joka on aiheuttanut epidemiat aikaisemmin Italiassa ja UK:ssa). Ovat huomanneet että kokogenomisekvensoinnin avulla osaa kannoista ei pysty nimeämään Shigellaksi tai EIEC:ksi. Molemmilla ryhmillä esiintyy tunnusomaisena ipah, joten löytämisen ja nimeämisen ei pitäisi olla vaikeaa. Heidän esimerkeissään kuitenkin kannoilla on PCR -tutkimuksessa ipah, mutta esim. CGE löysi vain sen kolmesta kannasta, CLC ei yhdestäkään, Mapping löysi 61 kannasta 75 kannan aineistossa. Heille oli yllätys että tällä tasolla (alignments) voi syntyä näin isoja työkalujen välisiä eroja. Shigellan lajinmääritys on vieläkin jumissa historian kanssa: vuonna 2012 kansainvälinen Shigella- kokous ei päässyt yksimielisyyteen tyypityksen yhtenäistämisestä E. colin kanssa (loppulauselmaa oli vesitetty). Tilanne johtaa käytännössä Shigella infektioiden havaitsematta jäämiseen. Havaitseminen olisi kuitenkin entistä tärkeämpää, sillä elintarvikevälitteisyyden lisäksi viime aikainen tutkimus on nostanut Shigellan esiin myös sukupuoli-
4 4 (6) tautina (S. sonnei). Shigellan serotyypityksessä uusien WGS työkalujen myötä tilanne elää ja muuttuu huomattavan nopeasti: esim. juuri julkaistiin serotyyppiä lisää. Flemming kertoi myös humaanipuolen laboratorioiden menestymisestä laadunvarmistuskierroksilla: PFGE -tuloksissa oli hienoista laadun huonontumista edellisestä kierroksesta, toisaalta BioNumerics analysointiosuus oli laadullisesti parantunut. Enteroaggregatiivisen E. colin aaic ja aggr PCR:ssä tulokset olivat kaikilla oikein koska tänä vuonna kierroksella oli peruskanta (ei sekvenssivariantti). Stx -alatyypityksessä ongelmia oli eniten alatyypeissä a ja d. Yhdistelmää a + b raportoitiin myös, vaikka laboratorion tulisi arvata että kyseessä PCR virhe (tyypit eivät esiinny samassa kannassa). Yhteenvetona laboratorioiden menestymisestä mainittiin esim. että O:H serotyypityslaatu huononee, mutta geenien tunnistaminen paranee. Overview of EURL-AMR and NGS activities, Lina Cavaco, EURL-AMR Saatiin esittely EURL antibioottiresistenssilaboratorion toiminnasta. Kerrottiin mm. e-kurssien käyttöönotosta: ensin suunniteltiin oppimistavoitteet ja videot ja sen jälkeen ohjelmistopohja (Coursera jonka kanssa DTU:lla on sopimus). E- learning kursseilla on jo melkein 8000 rekisteröitynyttä käyttäjää peruskurssilla. VTEC referenssilaboratorio ei ole järjestänyt EURL-AMR:n tapaan e-kursseja, mutta lupasivat ottaa asian harkintaan. EU asetuksen 652/2013 käyttöönotto on aiheuttanut koulutustarvetta laboratorioille. Herkkyysmääritysten laadunvarmistuskierroksille pyritään lisäämää uutena esiin tulevia resistensseja kantoja. Suunnitelmissa vuodelle 2017 on WGS peruskurssi, joka on ilmainen (jos ei tarvitse kurssitodistusta). Projekteista joihin EURL osallistuu, mainittiin COMPARE EUROPE (Horizon 2020), ENGAGE ja EFFORT. WGS analytiikassa käytetyt CGE:n työkalut listattiin. Ovat tutkineet mahdollisuutta hypätä yli vaiheen jossa bakteerit eristetään näytteestä (tutkimukset suoraan näytteestä) erilaisissa tutkimusprojekteissa. Mainittiin projektit, joissa lentokoneiden jätevettä tai eri puolilta maailmaa kerättyä jätevettä tutkitaan metagenomiikan avulla. Toistaiseksi havaitut erot ovat hyvin karkealla tasolla, mutta tutkimus jatkuu. Session 3. Laboratory methods and proficiency testing (PT) Results of the inter-laboratory study on the detection of STEC in ground beef (PT17), Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Saatiin yhteenveto PT 16 ja PT 17 vertailututkimuskierroksista. Jauhelihakierrokseen (PT 17) osallistui 37 laboratoriota 26 EU maista (sekä EU:n ulkopuolisista maista). EURL päätti käyttää kierroksella O91 serotyypin STEC -kantaa, koska on merkittävä ihmisten infektioiden aiheuttaja. Neljä laboratoriota 25:sta ei tyypittänyt serotyyppiä vaan jätti tasolla ONT (tästä ei vähennetty pisteitä), mutta vääristä stx-geenien toteamisista tai eristämisen epäonnistumisesta vähennettiin pisteitä. Osallistuneista laboratorioista 78 % pystyi eristämään kannan (vaikka kannan eristäminen ainakin Evirassa vaikutti olevan helppoa). Revision of the ISO/TS 13136:2012 and ISO 16654:2001 Amd1. State of Play, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC Kerrottiin standardien ISO 16654:2001 ja ISO/TS 13136:2012 uusimisen edistymisestä. E. coli O157 menetelmän (ISO 16654:2001) validointi on saatettu loppuun ja validointitulokset on lisätty lisäosaan (amendment). Viimeinen versio on lähetetty lokakuun alussa CEN:in sihteeristölle (+vastaukset saatuihin kommentteihin). ISO/TS osalta ensimmäinen kokous (TAG 18) on pidetty kesäkuussa (allekirjoittanut osallistunut). Kokouksessa sovittiin, että näytteiden rikastus tulee tapahtumaan (ainoastaan) BPW liemessä ja stx2f alatyyppi otetaan mukaan, koska on noussut esiin ihmisten vakavien infektioiden aiheuttajana. EFSA:n tieteellisen kannanoton mukaan enteroaggregatiivinen E. coli (EAEC) on pääasiassa ei-zoonoottista alkuperää ja tarttuu ihmisestä toiseen, joten selviä perusteita sen virulenssigeenien mukaanottoon standardiin ei ole. CEN/WG6 mikrobiologinen työryhmä oli esittänyt tällaisen toiveen, joten asiasta keskustellaan vielä. Happokäsittelystä bakteerien eristämisen helpottamisessa tullaan keskuste-
5 5 (6) lemaan vielä koska menettely on mutkikas ja kaikkien serotyyppien haponkestävyydestä ei ole tietoa. Laimennosmenettelyä pidettiin lupaavana ja kohtuullisen yksinkertaisena ottaa käyttöön ja tässä viitattiin myös allekirjoittaneen esitykseen ja Eviran tutkimustuloksiin. Käytettävistä alustoista esitettiin vaihtoehtoa jossa mukana olisi selektiivinen (kromogeeninen) agar ja ei-selektiivinen agar. Standardin jakamisesta kahteen osaan keskusteltiin, mutta jakolinja ei ole vielä selvä (toksiinigeenien skreenaus/serotyypit ja viljely vai toksiinigeenien skreenaus ja viljely/serotyypit) Kysyttiin laimennosmenettelyn käyttämisestä PT kierroksella, EURL tulee antamaan tähän vapaaehtoisen mahdollisuuden ja pyrkii keräämään tiedot vertailua varten. Session 4. Presentations from the NRLs and other participants Extensive STEC and EPEC foodborne outbreak in Finland, August 2016,, NRL Finland Pidin esityksen Suomessa tänä syksynä esiintyneen epidemian ensimmäisistä tutkimustuloksista. Esityksen jälkeiset kommentit ja kysymykset liittyivät vertaamiseen Suomessa 80-luvulla esiintyneeseen O111 EPEC epidemiaan, PFGEn ja cgmlst:n väliseen cut-off arvoon, ja serotyypittymättömäksi jääneiden kantojen analyyseihin. Pathogenic E. coli in Czech Republic, Ivana Koláčková, NRL Czech Republic Tsekeissä raportoidaan vuosittain n. 20 EHEC infektiota ihmisillä. Serotyypit O26 ja O157 ovat yleisimmät, O26:n stxalatyyppinä 2a. Valvontaohjelmassa otetaan näytteitä tilakohtaisesti (jokainen tila kerran vuodessa) kesäaikaan. Näytteenotto tapahtuu ruhosivelynä teurastamolla. Sioista otetaan enemmän näytteitä kuin naudoista ja STEC esiintyvyys sioissa 2,8% ja naudoissa 8,3 %. Sikalöydöksissä serotyyppejä O157, O91 ja O146 muutama kanta, loput 90 % kannoista stx-alatyyppiä 2e. Nautamateriaalista löytyy myös sika-alatyyppiä 2e, mitä puhuja piti tavanomaisena löydöksenä jos eläimet sekoittuvat tiloilla. Enterohaemorrhagic E. coli Hybrid Pathotype O80:H2, an emerging clone in France, Estelle Loukiadis, NRL France 2000-luvun alussa lasten HUS-esiintyvyys nousi kolmen vuoden ajaksi Ranskassa. Serotyypin O80 osuus HUS tapauksista on noussut ajanjakson %:sta 15%:een vuonna O157 serotyyppiä eristetään joka puolella Ranskaa kun taas O80 on paikallisempi maan itäosissa. O80 kannoilla on stx2a -ja eae geenit ja muilta osin ne ovat hybridipatotyyppiä (ExPEC geenejä mukana). Tapausten altisteissa on tullut esiin raakamaitoa, raakamaitojuustoja, naudan jauhelihaa ja suora kontakti nautoihin. O80 -kantoja on pystytty eristämään nautaperäisistä tuotteista (ilman epidemiologista linkkiä) vuosina sattumanvaraisesti. Kannat klusteroituvat kokogenomityypityksessä yhteen ihmisistä eristettyjen kantojen kanssa. Ranskan NRL kaipaa tietoja kyseisestä korkeavirulenttisesta hybridipatotyypistä muista maista. Kysyttiin ovatko ranskalaiset yrittäneet etsiä serotyyppiä myös pelkistä ripulitapauksista (ei vain HUStapauksista). Kertoivat että 90 % tapauksista tulee HUS-tapauksista, mutta tyyppiä on löydetty myös ripulitapausten yhteydessä. Italiassa on todettu hiljattain O80 alatyypin stx2f tapaus (sama sekvenssityyppi), jota tullaan vertaamaan ranskalaisiin kantoihin. UK NRL activities and responsibilities, Shona Neal, NRL UK UK:n edustaja antoi raportin NRL työstään. Laboratorio alkoi työstää akkreditointia kun mikrobikriteeriasetuksen täydennys iduille (N:o 209/2013) oli tulossa voimaan Menetelmien pystytyksen yhteydessä he selvittivät vesikrassin ja pakatun salaatin STEC serotyypin O157 epidemioita. Ovat tukeneet virallisia laboratorioita (joiden määrä vähenee koko ajan) viimeisimmäksi uutiskirjettä lähettämällä, aiemmin myös esim, tarjoamalla positiivisia kantakontrollimateriaaleja ja kouluttamalla vuosittaisilla koulutuspäivillä. FVO oli auditoimassa heitä vuonna 2015, jolloin vierailivat kahdessa paikallisessa valvontayksikössä ja kahdessa virallisessa laboratoriossa (FWE Porton ja Campden BRI). Virallisten laboratorioiden PT kierrosten auditoinnissa vuonna 2013 selvisi että laboratoriot osallistuvat useiden järjestäjien kierroksille ja tulokset eivät ole vertailukelpoisia keskenään. NRL järjestää nykyään laadunvarmistuskierroksia laboratorioille, mutta matriisia ei ole mukana (lenticule discs). Työmäärä vaikuttaa olevan kova laboratorioille, tutkivat useita näytekierroksia vuodessa. NRL seuraa laboratorioiden menestymistä ja antaa tukea jos laboratorioilla on toistuva
6 6 (6) virhe kierroksilla. Vuonna 2013 järjestivät reaaliaikaisen PCR:n koulutusta laboratorioille vertailututkimuskierrosten ongelmien seurauksena. Kaiken kaikkiaan toiminta oli hyvin samanlaista Evirassa järjestämämme vertailulaboratoriotoiminnan kanssa (paitsi että vertailututkimuksissamme on ollut mukana myös elintarvikematriisi). NRL UK:n väki on osallistunut vuosien varrella useisiin EURL VTEC:n järjestämiin kursseihin. Stx2f-producing E. coli and HUS, Rosangela Tozzoli, EURL-VTEC 90-luvun lopulla kyyhkyset nousivat esiin STEC stx2f- alatyypin kantajina. Vuoden 2008 jälkeen stx2f kannat tulivat esiin ihmisten ripulin aiheuttajina ja vuonna 2013 paljastuivat vakavan taudinkuvan HUS:n aiheuttajiksi. Tuoreessa julkaisussa ihmisten HUS tapausten kantoja (IT ja AT), ripulitapausten kantoja (NL) ja terveiden kyyhkyjen kantoja (IT) verrataan kokogenomisekvensoinnilla. Serotyypit erosivat toisistaan näissä ryhmissä, samoin cgmlst -tyypityksen sekvenssityypit. HUS tapausten kannoilla esiintyi efa1 geeni, joka erotti ryhmän muista kannoista. Vertailussa suurempaan kantamäärään HUS 2f:t ryhmittyivät lähelle vakavia taudinaiheuttajia ja erosivat 2f -kannoista jotka liittyivät ripulitapauksiin ja kyyhkyihin. stx2f geeni voi siirtyä lintujen aepec kantoihin jotka eivät ole alun perin tässä reservuaarissa. HUS tapausten lähteet pitää siis löytää muualta. On tunnettua että faagielementit kuten stx2f liikkuvat ja voivat löytää sopivan isäntäbakteerin jonka avulla muuttuvat huomattavan virulenteiksi.
Ituepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista. Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö
Ituepidemia ja VTEC -tutkimukset elintarvikkeista Saija Hallanvuo Mikrobiologian tutkimusyksikkö Ajankohtaista laboratoriorintamalla / 12.10.2011 EHEC-ITUEPIDEMIAN VAIHEITA: Vahva signaali epidemiasta
LisätiedotKatsaus elintarvikevälitteisiin epidemioihin ja yhteistyöhön Euroopan tautikeskuksen kanssa
Katsaus elintarvikevälitteisiin epidemioihin ja yhteistyöhön Euroopan tautikeskuksen kanssa Laboratorion näkökulma Susanna Lukinmaa-Åberg 2.10.2013 SHP tartuntatautiseurannan neuvottelupäivät 1 Zoonoottiset,
Lisätiedot10th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for E. coli in the EU
10th Annual Workshop of the National Reference Laboratories for E. coli in the EU 5 6 th November, 2015, Instituto Superiore di Sanità, Rooma Tämänvuotisessa EU:n VTEC referenssilaboratorion (EU-RL VTEC)
Lisätiedot7 th Annual Workshop of the National Reference laboratories for E. coli in the EU / 8. 9.11.2012
7 th Annual Workshop of the National Reference laboratories for E. coli in the EU / 8. 9.11.2012 Alfredo Caprioli (EU RL VTEC) toivotti osallistujat tervetulleeksi ja esitteli kansallisten vertailulaboratorioiden
LisätiedotMatkakertomus yhteisön E. coli vertailulaboratorion, EU-RL VTEC, vuosittainen workshop (10. -11.10.2013, Rooma, ISS)
Matkakertomus yhteisön E. coli vertailulaboratorion, EU-RL VTEC, vuosittainen workshop (10. -11.10.2013, Rooma, ISS) Sisällysluettelo, jossa linkit aiheisiin: Role of phages in the evolution of VTEC and
LisätiedotRaakamaidosta tehtävät STEC tutkimukset. Saija Hallanvuo Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö Tutkimus- ja laboratorio-osasto
Raakamaidosta tehtävät STEC tutkimukset Saija Hallanvuo Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö Tutkimus- ja laboratorio-osasto Raakamaidon tuotanto ja myynti koulutuspäivä viranomais- ja alan
LisätiedotMikrobilääkeresistenssin seuranta Suomessa ja tilanne muuhun Eurooppaan nähden
Mikrobilääkeresistenssin seuranta Suomessa ja tilanne muuhun Eurooppaan nähden Suvi Nykäsenoja Erikoistutkija Antibioottijaosto, Mikrobiologian tutkimusyksikkö, Laboratoriopalveluiden tutkimusosasto Ajankohtaista
LisätiedotKokogenomisekvensointi (WGS)
Kokogenomisekvensointi (WGS) - Esimerkkinä tuberkuloosi FT, Dos., johtava asiantuntija Hanna Soini Terveysturvallisuusosasto 14.11.2017 WGS - Hanna Soini 1 Sidonnaisuudet Hanna Soini Johtava asiantuntija,
LisätiedotKatsaus elintarvikevälitteisiin epidemioihin Shp-SIRO-FiRe-päivät 30.9.-1.10.2013
Katsaus elintarvikevälitteisiin epidemioihin Shp-SIRO-FiRe-päivät 30.9.-1.10.2013 Sari Huusko TH, TtM Tartuntatautien torjuntayksikkö Katsaus elintarvikevälitteisiin epidemioihin Kryptosporidioosiepidemiat
LisätiedotKuolioinen suolistotulehdus kalkkunoilla -projektin kuulumisia. Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki
Kuolioinen suolistotulehdus kalkkunoilla -projektin kuulumisia Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki Tutkimuksen tarkoitus on ymmärtää paremmin kuolioisen suolistotulehduksen syntyä
LisätiedotKokogenomisekvensointi elintarvikevälitteisten tautibakteerien seurannassa ja epidemianselvityksissä
Kokogenomisekvensointi elintarvikevälitteisten tautibakteerien seurannassa ja epidemianselvityksissä Anniina Jaakkonen ja Maria Simola, Evira Ajankohtaista laboratoriorintamalla 27.9.2018 Kokogenomisekvensointi
Lisätiedotmetallianalytiikan työkalu
Vertailulaboratoriotoiminta ICP-MS-tekniikan käytöstä Eviran elintarvikeanalytiikassa Keskustelua 1 Evira kansallisena ja kansainvälisenä vertailulaboratoriona Elintarviketurvallisuusvirasto Eviran perustehtäviin
LisätiedotKoagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka.
Vastuuhenkilöt Hakola Satu, Sivu/sivut 1 / 5 Koagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka. 1 Menetelmäviitteet ja poikkeamat ISO 6888-1:1999,/ Amd 1:2003, muunnos. (Baird-Parker
LisätiedotMitä mikrobilääkkeiden kulutusluvut kertovat? Antibioottipäivä 9.11.2010 Katariina Kivilahti-Mäntylä
Mitä mikrobilääkkeiden kulutusluvut kertovat? Antibioottipäivä 9.11.2010 Katariina Kivilahti-Mäntylä 1. Mikrobilääkkeiden kulutus eläimille Suomessa 2010-10-09 Antibioottipäivä KKM 2 Kokonaiskulutus Suomessa
LisätiedotMikrobilääkeresistenssin esiintyminen sianlihan tuotantoketjussa
Mikrobilääkeresistenssin esiintyminen sianlihan tuotantoketjussa Suvi Nykäsenoja erikoistutkija antibioottijaosto, mikrobiologian yksikkö Mikrobilääkeresistenssin hallinta ja ehkäisy sianlihan tuotantoketjussa
LisätiedotEHEC-shigatoksiinia tuottava ruokamyrkytysepidemia Helsinki
EHEC-shigatoksiinia tuottava ruokamyrkytysepidemia Helsinki Hannele Kotilainen, infektiolääkäri, LT Ylilääkäri, Epidemiologinen toiminta Helsinki INTO-päivät 7.11.18 1 Helsinki ruokamyrkytykset 2006_2017
LisätiedotBakteeriperäisen turistiripulin diagnostiikka nukleiinihaponosoitusmenetelmillä
Bakteeriperäisen turistiripulin diagnostiikka nukleiinihaponosoitusmenetelmillä Sointu Mero HUSLAB 5.2.2015 Labquality Days Luennon sisältöä: matkailutaustaa ulosteen bakteeriviljely nukleiinihaponosoitusmenetelmät
LisätiedotEVO-hankkeet. Salmonella kasviksissa (2010-11 hankkeen tulokset) Listeria lihavalmisteissa (2012-13)
EVO-hankkeet Salmonella kasviksissa (2010-11 hankkeen tulokset) Listeria lihavalmisteissa (2012-13) Ajankohtaista laboratoriorintamalta Etelä-Suomen aluehallintovirasto Ylitarkastaja Hanna Lundström Elintarviketurvallisuusvirasto
LisätiedotAjankohtaista referenssilaboratoriosta. Marjaana Hakkinen Evira, Elintarvike- ja rehumikrobiologian laboratoriojaosto
Ajankohtaista referenssilaboratoriosta Marjaana Hakkinen Evira, Elintarvike- ja rehumikrobiologian laboratoriojaosto Ajankohtaiset asiat Suositeltavien menetelmien luettelo ja standardien uudet versiot
LisätiedotResistenssiseuranta elintarvikeketjussa
Resistenssiseuranta elintarvikeketjussa Mikrobit hyvässä ja pahassa-seminaari 29.11.2016 Satu Olkkola, erikoistutkija, ELT Tutkimus- ja laboratorio-osasto Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö
LisätiedotClostridium difficile diagnostiikan nykyvaihe ja pulmat. Janne Aittoniemi, LT, dos, oyl Fimlab Laboratoriot Oy
Clostridium difficile diagnostiikan nykyvaihe ja pulmat Janne Aittoniemi, LT, dos, oyl Fimlab Laboratoriot Oy 1.10.2013 Cd-laboratoriodiagnostiikan pulmat - Kuinka Cd-infektio pitäisi diagnostisoida laboratoriossa?
Lisätiedot(Jatkotutkinto-opiskelija, Helsingin yliopisto: eläinlääketieteen tohtorin tutkinto 2.6.2007 )
CURRICULUM VITAE Opetustehtävät Tuija Kantala, yliopisto-opettaja (sijainen), jatkotutkinto-opiskelija KOULUTUS Eläinlääketieteen lisensiaatti, Helsingin yliopisto, 2006 (Jatkotutkinto-opiskelija, Helsingin
LisätiedotTHL:n laboratoriopohjainen seuranta ja kantakokoelmaan lähetettävät bakteerikannat,
THL:n laboratoriopohjainen seuranta ja kantakokoelmaan lähetettävät bakteerikannat, 1.1.2015 Bakteeri Lähetysperuste Tyypitys THL:ssa ja vastauskäytäntö Minne lähetetään Metisilliiniresistentti Staphylococcus
LisätiedotVertailulaboratorion tietoisku. Tuula Pirhonen Tutkimus- ja laboratorio-osasto Evira
Vertailulaboratorion tietoisku Tuula Pirhonen Tutkimus- ja laboratorio-osasto Evira Esityksen aiheet Standardin ISO 7218 velvoittavuus Vaihtoehtoisten ja muunneltujen menetelmien arviointi Evirassa Standardointityö
LisätiedotAjankohtaista vertailulaboratoriosta
Ajankohtaista vertailulaboratoriosta Saija Hallanvuo Maria Simola mikrobiologian yksikkö, laboratorio- ja tutkimuslinja, Ruokavirasto Ajankohtaista laboratoriorintamalla 2019 2.10.2019 Ajankohtaiset asiat
LisätiedotC.difficile alueellisena haasteena
C.difficile alueellisena haasteena V-J Anttila osastonylilääkäri, infektiolääkäri HYKS/Tulehduskeskus/Infektiosairaudet Infektioidentorjuntayksikkö 15.11.2016 C.difficile alueellisena haasteena C.diffcile
LisätiedotEpidemiaepäilynäytteiden tutkiminen
Epidemiaepäilynäytteiden tutkiminen Laboratorion ja menetelmän valinta asetuksen EU 2017/625 vaatimukset huomioiden Taija Rissanen Elintarviketurvallisuusosasto: Elintarvikemikrobiologian yksikkö Saija
LisätiedotMaa- ja metsätalousministeriön asetus broilereiden kampylobakteerivalvonnasta
MAA- JA METSÄTALOUSMINISTERIÖ ASETUS nro 10/EEO/2007 Päivämäärä Dnro 28.11.2007 2593/01/2007 Voimaantulo- ja voimassaoloaika 1.1.2008 - toistaiseksi Kumoaa Siipikarjan lihahygieniasta annettu maa- ja metsätalousministeriön
LisätiedotJukka Hytönen Kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri UTULab Bakteeriserologia
Bordetella pertussis Laboratorion näkökulma Jukka Hytönen Kliinisen mikrobiologian erikoislääkäri UTULab Bakteeriserologia SIDONNAISUUDET Asiantuntija Labquality Ammatinharjoittaja Mehiläinen Apurahoja:
LisätiedotMikrobilääkeresistenssi Suomessa. Miika Bergman LL, FM, erikoistutkija Mikrobilääkeresistenssiyksikkö (TAMI)
Mikrobilääkeresistenssi Suomessa Miika Bergman LL, FM, erikoistutkija Mikrobilääkeresistenssiyksikkö (TAMI) Sisältö Mikrobilääkeresistenssin seuranta FiRe TTR SIRO Kohdennetut tutkimukset esim. karbapenemaasidiagnostiikka
LisätiedotRipulipotilaat näytteenotto ja tulosten analysointi
Ripulipotilaat näytteenotto ja tulosten analysointi Alueellinen sairaalahygienian ja mikrobiologian laboratorion koulutuspäivä 29.11.2017 Kerttu Saha, sairaalamikrobiologi Ripulin aiheuttajia Ripulin aiheuttaja
LisätiedotElintarvikelaboratorioiden koulutuspäivät Workshop mikrobiologiset ohjearvot 1.10.2015
Elintarvikelaboratorioiden koulutuspäivät Workshop mikrobiologiset ohjearvot 1.10.2015 Workshop 3: Elintarvikkeiden mikrobiologiset ohjearvot Vuonna 2014 elintarviketeollisuuden, laboratorioiden ja Eviran
LisätiedotPvm/Datum/Date Viljely, Valviran Asumisterveysasetuksen soveltamisohje 8/2016, Osa IV. akkr NMKL 184:2006, muunneltu.
1 ScanLab Oy PL 19 (Tutkijantie 4 F) 90015 Oulun kaupunki Puh. 044 7036740 EVIRAN REKISTERISSÄ OLEVAT MENETELMÄT asumisterveystutkimukset Mikrobit (homeet, hiivat, bakteerit ja aktinobakteerit), pitoisuus
LisätiedotAjankohtaista Eviran vertailulaboratoriotoiminnasta Standardisointiasiat
Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriotoiminnasta Standardisointiasiat Tuula Pirhonen Tutkimus- ja laboratorio-osasto Evira Standardisointi- ja menetelmäorganisaatiot ISO - kansainvälinen CEN - eurooppalainen
LisätiedotMiten toimia epidemiaepäilyssä? Ruska Rimhanen-Finne Epidemiologieläinlääkäri Infektiotautien torjunta ja rokotukset -yksikkö
Miten toimia epidemiaepäilyssä? Ruska Rimhanen-Finne Epidemiologieläinlääkäri Infektiotautien torjunta ja rokotukset -yksikkö Mikä on epidemia? Epidemiassa tiettyjä tautitapauksia todetaan tavanomaista
LisätiedotEuroopan lääkeviraston rooli rokotteen turvallisuuden arvioinnissa - tapaus Pandemrix. Sosiaali- ja Terveysministeriö
Euroopan lääkeviraston rooli rokotteen turvallisuuden arvioinnissa - tapaus Pandemrix Sosiaali- ja Terveysministeriö 13.12. 2010 Pekka Kurki Rokote tarvitsee myyntiluvan Kansalliset myyntiluvat Fimea arvioi
LisätiedotElintarvikkeet ja tartuntariskit. Markku Kuusi THL, Infektiotautien torjuntayksikkö VSSHP, 28.10.2015
Elintarvikkeet ja tartuntariskit Markku Kuusi THL, Infektiotautien torjuntayksikkö VSSHP, 28.10.2015 Luennon sisältö Gastroenteriittien ja ruokamyrkytysten esiintymisestä Suomen elintavikevälitteisistä
Lisätiedotmuutos *) %-yks. % 2016
TERVEYDENHUOLLON KÄYTTÖMENOT SUHTEESSA (%) BKT:HEN OECD-MAISSA 2000-2015 SEKÄ SUHTEIDEN MUUTOKSET %-YKSIKKÖINÄ JA PROSENTTEINA Vuosi 2015: laskeva järjestys Current expenditure on health, % of gross domestic
Lisätiedotmuutos *) %-yks. % 2017*)
TERVEYDENHUOLLON KÄYTTÖMENOT SUHTEESSA (%) BKT:HEN OECD-MAISSA 2000-2016 SEKÄ SUHTEIDEN MUUTOKSET %-YKSIKKÖINÄ JA PROSENTTEINA Vuosi 2016: laskeva järjestys Current expenditure on health, % of gross domestic
LisätiedotRAKENNUSTEN MIKROBISTO JA NIIDEN ROOLI RAKENNUSTEN TUTKIMISESSA
RAKENNUSTEN MIKROBISTO JA NIIDEN ROOLI RAKENNUSTEN TUTKIMISESSA Anne Hyvärinen tutkimusprofessori, yksikön päällikkö Ympäristöterveyden yksikkö 23.3.2018 SIS 2018 Hyvärinem 1 Sisäilmaongelmien ratkaiseminen
LisätiedotNäytetiedonsiirto laboratorioista viranomaisjärjestelmiin. Taija Rissanen
Näytetiedonsiirto laboratorioista viranomaisjärjestelmiin Taija Rissanen Mitä näytteitä tiedonsiirto koskee? Elintarvikevalvonnan näytteet, jotka tutkittu laboratoriossa Elintarvikkeet ympäristönäytteet
LisätiedotNoroviruksen epidemiologia maailmalla ja Suomessa
Noroviruksen epidemiologia maailmalla ja Suomessa Haider Al-Hello Erikoistutkija, INFO/INVI 15.11.2016 1 Ripulitauteja aiheuttavat virukset Norovirukset Rotavirukset Adenovirukset (serotyypit 40 ja 41)
LisätiedotPandemia, -vaste ja jälkiviisaus
Kuolleiden lukumaara 7.5.2010 H1N1 pandemic 2009 Pandemia, -vaste ja jälkiviisaus Pasi Penttinen, European Centre for Disease Prevention and Control 22 April 2010, Helsinki, Suomi Virallisesti ilmoitetut
LisätiedotLabqualityn uudet kierrokset: Preanalytiikka
Labqualityn uudet kierrokset: Preanalytiikka Päivi Rauvo EQA-koordinaattori 11.2.2014 1 Taustaa Kansainvälisissä tutkimuksissa on osoitettu että preanalyyttisessä vaiheessa tapahtuu jopa yli 50 % kaikista
LisätiedotMatkakertomus 12.6.2012. Henry Kuronen. EURL-Salmonella workshop XVII, 14.-15.5.2012, Chalkida, Kreikka 14.5.2012
Matkakertomus 12.6.2012 Henry Kuronen EURL-Salmonella workshop XVII, 14.-15.5.2012, Chalkida, Kreikka 14.5.2012 Vuosittain järjestettävään workshopiin osallistui EU maiden lisäksi Norjan kansallisten vertailulaboratorioiden
LisätiedotCampylobacter jejunin antibioottiresistenssi Suomessa
Campylobacter jejunin antibioottiresistenssi Suomessa Satu Olkkola, ELL Elintarvikehygienian ja Ympäristöterveyden osasto, Eläinlääketieteellinen tiedekunta, Helsingin Yliopisto Yleistä * Yleensä ei tarvita
LisätiedotAjankohtaiset lainsäädäntöasiat maa- ja metsätalousministeriöstä
Ajankohtaiset lainsäädäntöasiat maa- ja metsätalousministeriöstä Ajankohtaista laboratoriorintamalla Nina Kaario, eläinlääkintöylitarkastaja Maa- ja metsätalousministeriö Ajankohtaista lainsäädännöstä
LisätiedotMaa- ja metsätalousministeriön asetus
Maa- ja metsätalousministeriön asetus raakamaidon tuotannon ja luovutuksen elintarvikehygieniasta Annettu Helsingissä 26 päivänä syyskuuta 2013 Maa- ja metsätalousministeriön päätöksen mukaisesti säädetään
LisätiedotRaakamaidon mikrobiologiset riskit
Raakamaidon mikrobiologiset riskit ELL Hanna Telama elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osasto eläinlääketieteellinen tiedekunta Helsingin yliopisto Sisältö Johdanto Pastöroinnin kansanterveydelliset
LisätiedotEpidemiatilanne RYMY-ilmoitusten perusteella
Epidemiatilanne RYMY-ilmoitusten perusteella Annika Pihlajasaari ylitarkastaja, ELL elintarvikemikrobiologian jaosto, elintarvikkeidenmikrobiologisen elintarviketurvallisuuden yksikkö, elintarviketurvallisuusosasto
LisätiedotOvatko MDR-mikrobit samanlaisia?
Ovatko MDR-mikrobit samanlaisia? Risto Vuento 1 Onko sillä merkitystä, että MDR-mikrobit ovat samanlaisia tai erilaisia? Yleisesti kaikkeen hankittuun resistenssiin pitäisi suhtautua vakavasti Varotoimet
Lisätiedotgramnegatiiviset sauvat
Karbapenemaasia tuottavat gramnegatiiviset sauvat Jari Jalava, FT Sisältö 1. Karbapenemaasit 2. Karbapenemaasien kliininen merkitys 3. Epidemiologinen tilanne 4. Karbapeneemeille resistenttien kantojen
Lisätiedot*) %-yks. % 2018*)
TERVEYDENHUOLLON KÄYTTÖMENOT SUHTEESSA (%) BKT:HEN OECD-MAISSA 2000-2017 SEKÄ SUHTEIDEN MUUTOKSET %-YKSIKKÖINÄ JA PROSENTTEINA Vuosi 2017: laskeva järjestys Current expenditure on health, % of gross domestic
LisätiedotVESIMIKROBIOLOGIA Ajankohtaista laboratoriorintamalla Workshop yhteenveto 13.10.2010 1
VESIMIKROBIOLOGIA Ajankohtaista laboratoriorintamalla Workshop yhteenveto 13.10.2010 1 Talousveden turvallisuus Ulosteperäisen saastumisen lähteet: -Jätevesi (putkirikot, purkuvesistöihin) -Eläinten ulosteet
LisätiedotLaajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavat bakteerit ja MRSA - Uudet ilmoitettavat eläintaudit
Laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavat bakteerit ja MRSA - Uudet ilmoitettavat eläintaudit Erikoistutkija Suvi Nykäsenoja Jaostopäällikkö Antibioottijaosto Elintarvike- ja rehumikrobiologian tutkimusyksikkö
LisätiedotLihatarkastustulosten hyödyntäminen M. bovis -tartunnan vastustuksessa
Lihatarkastustulosten hyödyntäminen M. bovis -tartunnan vastustuksessa Nettiversio 5.2.2018: Joitain dioja / tietoja poistettu ja muutettu M. bovis -hankkeen päätösseminaari Valio 17.1.2018 ELL Vera Haapala,
LisätiedotVERENSIIRTOJEN HAITAT JA KANSAINVÄLISTÄ VERTAILUA. Johanna Wiksten
VERENSIIRTOJEN HAITAT 2016-2017 JA KANSAINVÄLISTÄ VERTAILUA Johanna Wiksten 14.5.2018 Sisältö Veriturvatoiminta / Haemovigilance Veriturvatilastot 2016-2017 SHOT (UK), ISTARE (International database) veripalvelu.fi
LisätiedotTarttuvien eläintautien huomioiminen luonnonlintuja käsiteltäessä
WWF Koulutus: Öljyyntyneiden lintujen käsittely, pesu ja hoito, Tarttuvien eläintautien huomioiminen luonnonlintuja käsiteltäessä Laila Rossow Tarttuvien tautien Erikoiseläinlääkäri Tarttuva eläintauti?
LisätiedotKokogenomityypitys uusi työkalu tartunnanjäljitykseen. Tartuntatautikurssi Laura Lindholm
Kokogenomityypitys uusi työkalu tartunnanjäljitykseen Tartuntatautikurssi 7.4.2017 Laura Lindholm MRSA MRSA = Metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus Resistentti lähes kaikille beetalaktaameille
LisätiedotSalmonellan esiintyminen suomalaisessa sianrehussa. Maria Rönnqvist, Evira
Salmonellan esiintyminen suomalaisessa sianrehussa Maria Rönnqvist, Evira Esityksen aiheita Riskinarviointi sianrehun salmonellariskistä Salmonella taudinaiheuttajana Salmonella sianlihan tuotannossa Salmonellan
LisätiedotKvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa
Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa Maria Valkonen, Kaisa Jalkanen, Martin Täubel, Anne Hyvärinen 31.3.2014 Sisäilmastoseminaari 2014 1 Tausta Asumisterveysoppaan mukaiset sisäympäristön
LisätiedotESBL-E.coli, linjaus OYS ERVA:lla. Niina Kerttula infektiolääkäri OYS
ESBL-E.coli, linjaus OYS ERVA:lla Niina Kerttula infektiolääkäri OYS 30.9.2016 1 Muutos ESBL-E.coli linjauksissa OYS sairaanhoitopiirin alueella 14.9.2015 alkaen potilaita, joilla todettu ESBL- E.coli,
LisätiedotFINAS - akkreditointipalvelu. Espoo 2012 ISBN 978-952-5610-87-1
Periaatteet laboratorioiden laadunvarmistusja FINAS - akkreditointipalvelu Espoo 2012 ISBN 978-952-5610-87-1 1(6) Periaatteet laboratorioiden laadunvarmistusja Alkusanat Tämän FINAS-akkreditointipalvelun
LisätiedotLaboratorion listerialöydösten hyödyntäminen
Laboratorion listerialöydösten hyödyntäminen Ajankohtaista laboratoriorintamalla 12.10.2011 Erikoistutkija Tuula Johansson Evira 1 Ajankohtaista laboratoriorintamalla 13.10.2011 Tuula Johansson Kantojen
LisätiedotKampylobakteerin vastustus lihasiipikarjatilalla. 9.6.2010 Eija Kaukonen / HK Ruokatalo Oy
Kampylobakteerin vastustus lihasiipikarjatilalla 9.6.2010 Eija Kaukonen / HK Ruokatalo Oy Bakteerin ominaisuudet Campylobacter jejuni joskus C. coli Optimilämpötila 42-43 C Ei lisäänny alle 25 C:ssa Kuumennusherkkä,
LisätiedotKäyttövesijärjestelmien tutkimus Sisäympäristö-ohjelmassa: laatu, turvallisuus sekä veden- ja energiansäästö
VESI-INSTITUUTIN JULKAISUJA 5 Käyttövesijärjestelmien tutkimus Sisäympäristö-ohjelmassa: laatu, turvallisuus sekä veden- ja energiansäästö Aino Pelto-Huikko (toim.) Vesi-Instituutti WANDER Vesi-Instituutin
LisätiedotAjankohtaista asiaa vertailulaboratoriosta (4/2010)
1 (5) 15.12.2010 Ajankohtaista asiaa vertailulaboratoriosta (4/2010) Tähän viestiin on koottu ajankohtaisia asioita Eviran hyväksymille laboratorioille. Aiheina tässä kirjeessä: Laboratorioväki koolla
LisätiedotAjankohtaista kalaterveyspalvelusta ja Evirasta
Ajankohtaista kalaterveyspalvelusta ja Evirasta Satu Viljamaa-Dirks Villi- ja vesieläinpatologia Kalaterveyspäivä 23.3.2017 Elintarviketurvallisuusvirasto Tutkii ja valvoo elintarvikeketjun turvallisuutta
LisätiedotREKISTERIOTE Hyväksytty tai rekisteröity laboratorio. KVVY Tutkimus Oy - Porilab. Tiedepuisto 4, A-rakennus PORI Puh.
KVVY Tutkimus Oy - Porilab Tiedepuisto 4, A-rakennus 28600 PORI Puh. 03 246 1273 RUOKAVIRASTON REKISTERISSÄ OLEVAT MENETELMÄT elintarvikkeet Aerobiset mikro-organismit ISO 4833-1:2013 Bacillus cereus,
LisätiedotMaa ja metsätalousministeriön asetus
3.11. 2016 Maa ja metsätalousministeriön asetus raakamaidon tuotannon ja luovutuksen elintarvikehygieniasta annetun maa- ja metsätalousministeriön asetuksen muuttamisesta Maa- ja metsätalousministeriön
LisätiedotEurooppalaista kunnostusyhteistyötä ja hyviä käytäntöjä
Eurooppalaista kunnostusyhteistyötä ja hyviä käytäntöjä RESTORE-hanke Jukka Jormola, SYKE Valtakunnallisen vesistökunnostusverkoston avajaisseminaari 26.1.2012 RESTORE Rivers: Engagement, Support and Transfering
LisätiedotMyymälässä pakattujen juustojen mikrobiologinen laatu ja käsittelyhygienia
Myymälässä pakattujen juustojen mikrobiologinen laatu ja käsittelyhygienia Projektiyhteenveto 2014 Pääkaupunkiseudun kunnissa toteutettiin touko-lokakuussa 2014 yhteinen projekti, jonka tarkoituksena oli
LisätiedotEU:n uudet salmonellan vastustustavoitteet ja salmonellatilanne Euroopassa
EU:n uudet salmonellan vastustustavoitteet ja salmonellatilanne Euroopassa Yksikönjohtaja Riitta Maijala Elintarvikkeiden ja eläinlääkinnän valvontaosasto Elintarviketurvallisuusvirasto EVIRA EU:n uudet
LisätiedotKosketusvarotoimet vai eristys onko terminologialla väliä? JA Sairaanhoitopiirin uudet ohjeet ESBL-potilaiden hoitoon
Kosketusvarotoimet vai eristys onko terminologialla väliä? JA Sairaanhoitopiirin uudet ohjeet ESBL-potilaiden hoitoon 19.9.2017 ylilääkäri Raija Uusitalo-Seppälä Infektioyksikkö, SataDiag, Satakunnan sairaanhoitopiiri
LisätiedotSuomen neuvottelu (taso 2) pöytäkirjamerkinnät
Suomen neuvottelu (taso 2) pöytäkirjamerkinnät Pidetty maanantaina 17.9.2007 Helsingissä Osallistujat: JHL Julkisten ja hyvinvointialojen liitto Merja LAUNIS Urheilutyönantajat ry Esko RANTO Jalkapallon
LisätiedotKokogenomisekvensointi Esimerkkinä MRSA
Kokogenomisekvensointi Esimerkkinä MRSA 14.11.2017 Laura Lindholm, erikoistutkija Asiantuntijamikrobiologia Sidonnaisuudet Ei sidonnaisuuksia 15.11.2017 Tartuntatautipäivät 2017 / Laura Lindholm 2 MRSA
LisätiedotSiipikarjan terveys- ja hyvinvointipäivä Ikaalinen 22.3.2012. Terveydenhuoltoeläinlääkäri Hannele Nauholz
Siipikarjan terveys- ja hyvinvointipäivä Ikaalinen 22.3.2012 Terveydenhuoltoeläinlääkäri Hannele Nauholz Saksa, Nordrhein-Westfalen 11/2011 962 tuotantopolven broilerikasvatuserää 182 eri tilalta Helmi-kesäkuu
LisätiedotKäänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin?
Käänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin? 26.3.2015 Kalaterveyspäivät, Tampere Krister Sundell Akvaattisen patobiologian laboratorio Åbo Akademi Flavobacterium psychrophilum Aiheuttaa
LisätiedotLaboratoriopalveluiden saatavuus, riittävyys ja käyttö elintarvikkeiden viranomais- ja omavalvonnassa
Laboratoriopalveluiden saatavuus, riittävyys ja käyttö elintarvikkeiden viranomais- ja omavalvonnassa Eviran laboratorioselvitys 2014 Taija Rissanen Evira Selvityksen tavoite kuvata laboratoriokentän ja
LisätiedotVierasainevalvontaprosessi. OSA: 1 Elintarvikkeiden kasvinsuojeluainejäämävalvontaohjelma
Vierasainevalvontaprosessi OSA: 1 Elintarvikkeiden kasvinsuojeluainejäämävalvontaohjelma Evira/843/0411/2014 Eviran raportti Hyväksymispäivä X.X.2014 Tuoteturvallisuus Hyväksyjä Esittelijä Lisätietoja
LisätiedotMaailman epidemiatilanteen seuranta ja riskinarviointi
Maailman epidemiatilanteen seuranta ja riskinarviointi Jussi Sane, johtava asiantuntija, dosentti Infektiotautien torjunta ja rokotukset-yksikkö Terveysturvallisuusosasto 8.9.2016 1 Tartuntatautitilanteen
LisätiedotViljely, Valviran Asumisterveysasetuksen soveltamisohje 8/2016, Osa IV. akkr NMKL 184:2006, muunneltu. akkr NMKL 56:2015
1 ScanLab Oy PL 19 (Tutkijantie 4 F) 90015 Oulun kaupunki Puh. 044 7036740 RUOKAVIRASTON REKISTERISSÄ OLEVAT MENETELMÄT asumisterveystutkimukset Mikrobit (homeet, hiivat, bakteerit ja aktinomykeetit),
LisätiedotUlostepatogeenien diagnostiikka. Alueellinen koulutus 28.10.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks Mikrobiologia ja genetiikka
Ulostepatogeenien diagnostiikka Alueellinen koulutus 28.10.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks Mikrobiologia ja genetiikka Bakteeriripulit, vanhaa ja uutta diagnostiikkaa Perinteinen bakteeriripuli (turistiripuli)
LisätiedotSanna Nikunen ELL 4.10.2012
Sanna Nikunen ELL 4.10.2012 Kuuluu heimoon Orthomyxoviridae, joka jaetaan kahteen sukuun; Influenssa A- ja B- virukset sekä influenssa C-virukset A-virukset eläimillä ja ihmisillä, B- virukset harvinaisempia,
LisätiedotTietoa ja tuloksia tutkittavalle: miten ja miksi?
Tietoa ja tuloksia tutkittavalle: miten ja miksi? Helena Kääriäinen tutkimusprofessori 29.1.16 HK 1 Potilaat ja kansalaiset ovat tutkimuksen tärkein voimavara Biopankkien pitäisi olla kansalaisen näkökulmasta
LisätiedotYersinioiden laboratoriodiagnostiikka: viljely ja fenotyypitys
Yersinioiden laboratoriodiagnostiikka: viljely ja fenotyypitys Suolistobakteerilaboratorio Bakteeri- ja tulehdustautien osasto Kansanterveyslaitos Yersinioosit ja kotimaiset salmonelloosit Ilmoitetut tapaukset
LisätiedotTiedonsiirron pilottihanke: Electronic transmission of chemical occurence data
Tiedonsiirron pilottihanke: Electronic transmission of chemical occurence data Tutkimusprofessori Anja Hallikainen Evira/Riskinarvioinnin tutkimusyksikkö EFSAn ja Suomen välinen tieteellinen yhteistyöseminaari,
LisätiedotHepatiitti E -viruksen esiintyminen ihmisissä ja eläimissä Suomessa
Hepatiitti E -viruksen esiintyminen ihmisissä ja eläimissä Suomessa Tuija Kantala ELL, yliopisto-opettaja, jatkotutkinto-opiskelija Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osasto Eläinlääketieteellinen
LisätiedotLIITE 5: VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEITA VALMISTAVA ELINTARVIKEHUONEISTO, KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN MAAHANTUOJAT
OMAVALVONNAN NÄYTTEENOTTOTIHEYDET KASVISTUOTTEITA VALMISTAVASSA ELINTARVIKEHUONEISTOSSA LIITE 5 VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEET, KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN MAAHANTUONTI (6) LIITE 5: VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEITA
LisätiedotMitä on GLP? Pirkko Puranen, ylitarkastaja, FT Fimea, Luvat ja tarkastukset
Mitä on GLP? Pirkko Puranen, ylitarkastaja, FT Fimea, Luvat ja tarkastukset Miksi GLP (Good Laboratory Practice)? Kemikaalien ja lääkkeiden turvallisuuden testaamiseksi myyntilupaa tai rekisteröintiä varten
LisätiedotOMAVALVONNAN SUOSITELLUT NÄYTTEENOTTOTIHEYDET ITUJEN TUOTANNOSSA LIITE 10 1 (6)
1 (6) LIITE 10: ITUJEN TUOTANTO Vaatimukset koskevat vain hyväksyttyjä alkutuotantopaikkoja, joissa idätetään siemeniä sellaisenaan syötäväksi. Alkutuotantoa ei tarvitse hyväksyttää jos ituja myydään ainoastaan
LisätiedotAjankohtaista asiaa vertailulaboratoriosta
24.6.2010 Ajankohtaista asiaa vertailulaboratoriosta Tähän viestiin on koottu ajankohtaisia asioita mikrobiologisia tutkimuksia tekeville laboratorioille. Aiheina tässä kirjeessä: NordValin juhlasymposium
LisätiedotHevosista eristettyjen bakteerien herkkyys mikrobilääkkeille
Hevosista eristettyjen bakteerien herkkyys mikrobilääkkeille Lääkepäivä 22.5.2013 ELK Merita Määttä Kuva: Merita Määttä Keskeiset asiat Suomessa hevosilla yleisimmin esiintyvät bakteerit Hevosilla esiintyvien
LisätiedotYmpäristöterveydenhuollon valtakunnalliset koulutuspäivät, , Merikeskus Vellamo, Kotka Ylitarkastaja Annika Pihlajasaari
Ympäristöterveydenhuollon valtakunnalliset koulutuspäivät, 17. 18.5.2016, Merikeskus Vellamo, Kotka Ylitarkastaja Annika Pihlajasaari Elintarviketurvallisuusvirasto Evira Elintarvikehygieniayksikkö Mikrobikriteeriasetuksen
LisätiedotEpidemiaselvitykset THL. 10.10.2013 Sari Huusko TH, TtM Tartuntatautien torjuntayksikkö
Epidemiaselvitykset THL 10.10.2013 TH, TtM Tartuntatautien torjuntayksikkö THL:n rooli elintarvike- ja vesivälitteisten epidemioiden selvittämisessä VN:n asetus 1365/2011 Paikallisten epidemioiden selvitysvastuu
LisätiedotBakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella:
Bakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella: ja b) värjäytyvyyden perusteella: 1) Gram-positiiviset Soluseinän ulkokalvo värjäytyy 2) Gram negatiiviset Soluseinän ulkokalvo jää värjäytymättä Laborointi
LisätiedotKoulutus ensisaapumistoimijoille Eläinperäisten elintarvikkeiden tuonti EU:sta Kirsi Sarkkinen
Koulutus ensisaapumistoimijoille 14.3.2019 Eläinperäisten elintarvikkeiden tuonti EU:sta Kirsi Sarkkinen tarkastaja ensisaapumisvalvonta Ensisaapumistoiminta ja -valvonta Eläinperäisten elintarvikkeiden
LisätiedotAjankohtaista mikrobiologisista menetelmistä
Ajankohtaista mikrobiologisista menetelmistä Ajankohtaista laboratoriorintamalla 13.10.2010 Erikoistutkija, jaostopäällikkö Tuula Johansson Evira 1 ISO - menetelmäkehitystyö Uudistettavana olevat mikrobiologiset
LisätiedotHoitoon liittyvät infektiot: SIRO-seuranta Osa 4
Hoitoon liittyvät infektiot: SIRO-seuranta Osa 4 Clostridium difficile infektiot ja raportit Sairaalainfektio-ohjelma (SIRO) Terveyden ja hyvinvoinnin laitos SIRO 28.10.2015 1 www.thl.fi/siro SIRO 28.10.2015
LisätiedotListeria monocytogenes -bakteerin riskitekijöiden kartoitus ja torjunta kalateollisuudessa
Listeria monocytogenes -bakteerin riskitekijöiden kartoitus ja torjunta kalateollisuudessa Mariella Aalto-Araneda, Anna Pöntinen, Janne Lundén, Annukka Markkula & Hannu Korkeala Eläinlääketieteellinen
Lisätiedot