Case-esimerkki: geenitietojen hyödyntäminen kansantautien ehkäisyssä, P5.fitutkimushanke. Yksilöllistetty riskinarvio klinikkaan

Transkriptio

1 Case-esimerkki: geenitietojen hyödyntäminen kansantautien ehkäisyssä, P5.fitutkimushanke Yksilöllistetty riskinarvio klinikkaan Markus Perola, LT, el, tutkimusprofessori, THL, Genomiikka ja biomarkkerityksikkö, yksikönpäällikkö

2 Geneettinen diagnostiikka Suomessa tänään Vuosittain tehtävistä tutkimuksesta n. 50% yleisintä alttiusgeenien tutkimuksia laktoosi-intoleranssi yleisin faktori FII ja FV (Leiden) HLAb27 tutkitaan matalan riskin alttiuksia eivät usein johda suvun tutkimuksiin väestössä yleisiä tulosten tulkinta selkeää Muiden kuin kliinisten geneetikkojen käyttämiä tutkimuksia

3 Kokoperimän strategia Tapaukset Verrokit DNA Genotyyppaussiru, n geenimerkkiä Tilastoanalyysit Perimän assosioituvat alueet

4 Published Genome-Wide Associations through 07/2012 Published GWA at p 5X10-8 for 18 trait categories NHGRI GWA Catalog

5 Sepelvaltimotauti

6 Riskivaikutus Polygeeninen riskisumma, PRS Perimässä on useita kohtia, jotka nostavat sairastumisriskiä. Eri kohdat nostavat riskiä eri verran. Henkilöillä on kullakin oma sekoituksensa perimän riskikohdista. Riskikohtien yhdistetty määrä on henkilön geneettinen riskiarvo. Yleensä satojatuhansia/miljoonia geenivariantteja PRS Henkilö 1 Henkilö 2 Henkilö 3 Kiitokset slidesta: FT Mervi Kinnunen

7 Sepelvaltimotauti v. 2018: GRS riskiarvio UK biobank ihmistä 1,7M SNPs GRS parempi riskin määrittäjä kuin diabetes/tupakointi/hyperte nsio/bmi Inouye M, ym J Am Coll Cardiol Oct 16;72(16):

8 Terveyteemme liittyvät testit Khera et al Nat Genet Sep;50(9):

9 Sydän- ja verisuonitaudit: Estäväisitkö preventiiviset geenitestit kuolemia? ihmistä: Jos 10-20% riskin omaavia, mutta geneettisesti alttiita hoidettaisiin statiineilla*, arviolta 1% sairastumisista 10 vuoden aikana estyisi Vaikutus sairastavuuteen todennäköisesti suurempi Mikäli 1% sydän ja verisuonisairauksista voidaan ehkäistä geenitietoa hyödyntäen, säästetään vuositasolla n. 10 miljoonaa euroa (12K henkilön lisästatiinihoidon kustannukset huomioiden) Tikkanen et al 2014 (Finrisk-analyyseja)

10 Tyypin 2 diabetes ja geneettinen riski Se viidennes kansasta, jolla on korkein polygeeninen riski altistuu muita voimakkaammin diabetekselle vasta ylipainoisina, mutta sitten riski jopa 3x Voitaisiinko soveltaa kohdennettua preventiota? Elintavat, lääkitys? DM komplikaatioille oma geneettinen riski! Mikäli 1% t2 diabetestapauksista voidaan ehkäistä geenitietoa hyödyntäen säästäisi se noin 15 miljoonaa euroa vuosittain Personalized risk prediction for type 2 diabetes: the potential of genetic risk scores. Läll K, et al Genet Med (Eestin biopankki)

11 Tuleeko geenitestejä monitekijäisiin kansantauteihin? Hyvin mielenkiintoisia tuloksia, joilla voi olla tulevaisuudessa merkitystä yhtenä työkaluna Interventiotutkimukset vielä puuttuvat!!! Ei ole itsestäänselvää, miten geenitiedon antaminen muokkaa käyttäytymistä Ennekuin varauksettomaan kliiniseen käyttöön rynnätään, on syytä tehdä mainittuja interventiotutkimuksia. Voimalaskut vaatii ISON otoksen kallista

12

13 What is p5 finhealth P4 + P Predictive, Preventive, Personalized Participatory Population

14 Study questions Does risk information have an effect on health behaviors and selected health outcomes? Does combination of genetic and metabolic risk information add to the risk information? How people react to genetic risk vs. metabolic risk information? Can risk information be shared through an internet portal (feasibility)?

15 P5 study design Polygenic risk score (PRS) Metabolic NMR PRS score (NMR) Single Clinical Variants Doctor s (SCV) SCV note

16 Validation of coronary artery disease PRS ~ variants in score (Abraham et al. European Heart Journal (2016); 37) Validation in the FINRISK cohort Cox proportional hazards model Adjusted for: gender, total cholesterol, HDL, systolic blood pressure, BMI, smoking, lipid medication, hypertension medication, prevalent diabetes status, technical covariates Score associates with increased risk for CHD event Significantly improved reclassification compared to model with traditional risk factors Cases 858; non-cases HR = 1.37, p < Improved classification n = 259 NRI = 0.06 (SE 0.016), p =

17 Metabolic score With NMR method, hundreds for metabolites can be measured simultaneously Similarly to PRS, disease-specific metabolic risk scores are constructed based on previously established biomarker associations (Würtz et al. Circulation Mar 3;131(9)) Collaboration with Nightingalehealth

18 Ylin 20% (HR 4.17 vs alin) Alin 20% (n=20k)

19 questionnaires Baseline questionnaire Conception of one s risk for the disease Basic knowledge of genetics and genetic risk Follow-up questionnaires Conception of one s risk for the disease Life style changes Experiences on receiving results Experiences on the web portal as the media for receiving results

20 P5 study participants To date, 3323 participants (54 % participation rate) N=2304 No difference between rural and urban areas

21 Baseline knowledge of genetics N=

22 New approach to personalized medicine and its public health implications (P6.fi) Hyödynnetään biopankki-osallistujien genomitietoa ja biopankkinäytteitä henkilökohtaisen lääketieteen edistämiseksi Suomen terveydenhuollossa Suomi kauttaaltaan P4*-lääketieteen eturintamaan Painopiste preventioon North Karelia Project in 2020 s P5.fi-->pilotti, menossa jo n FinTerveys2017-osallistujaa Ei aktiivista interventiota Ei terveydenhuoltoon integrointia Kysely + seurantatutkimus *predictive, preventive, personalized and participatory medicine

23 FinnGen Suuri 9n suomalaisen biopankin and usean yliopiston ja tutkimuslaitoksen konsortio HY/FIMM vetää THL vastuussa rekisteridatasta ja DNA-logistiikasta Tähtäimessa kerätä n biopankkiosallistujan DNA-näytteet Genomidata analysoidaan vasten kansallisista rekistereistä kerättyä sairausdataa (n valittua päätetapahtumaa) Rahoittajina Business Finland ja 7(9) lääkeyhtiötä Abbvie, Astra-Zeneca, Biogen, Celgene, Genentech, MSD, Pfizer (tulossa GSK ja Sanofi)

24 P6.fi

25 Aikataulu Lippulaivaa ei rahoitettu menee pilottiprojektien teossa FinTerveys 2017 P6-projektin valmistelu Business Finland STM Muut kumppanit? Väli/esi-pilotit? Tavoitetila: 2026 mennessä genomi & ja muu moderni (testattu!) omiikkatieto on helposti omaksuttavissa paikallisiin tietojärjestelmiin ja hoitokäytäntöihin

26