Ylöjärvellä sijaitsevat Natura 2000 verkostoon kuuluvat alueet
1. Alhonlahden alue 2. Aurejärvi 3. Hirvijärvi 4. Ilvesmäki-Läämännevanmetsä 5. Isoneva-Raitakulonneva 6. Korpijärven haka 7. Lymylampi 8. Metsäopiston metsä 9. Perkonmäki 10. Petäjäjärvi 11. Pikku-Suolijärven alue 12. Pinsiön-Matalusjoki 13. Pitkäkangas 14. Pitämävuoret 15. Raattaniemi-Vekaraniemi 16. Ruonanjoki 17. Seitseminen 18. Taaborinvuori 19. Valkeekivi
Alhonlahden alue, Viljakkala Pinta-ala: 58 ha Rauhoitettu: 38,3 ha Natura-peruste: linnusto, vaihettumis- ja rantasuot Lajistoa: tukkasotka, luhtahuitti, satakieli, sirolampikorento, viitasammakko, lepakot Erityistä: lintukannan vahvistamiseksi ja monipuolistamiseksi tehty kunnostustöinä mm. ruoppauksia ja pienpetopyyntiä Omistus: yksityisomistus
Aurejärvi, Itä-Aure Pinta-ala: 717 ha (osin Parkanon puolella) Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: humuspitoiset lammet ja järvet, vaihettumis- ja rantasuot Lajistoa: kalatiira, kuikka, selkälokki Erityistä: alueeseen sisältyy 16 saarta ja Monganlampi, hyvä veneretkikohde, länsirannalla Pirkan Taival reitti ja tulipaikka, ongelmana luvattomat nuotiot saarissa
Hirvijärvi, Takamaa Pinta-ala: 23 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: linnusto, vaihettumis- ja rantasuot Lajistoa: ruskosuohaukka, rantasipi, niittykirvinen, pikkutikka, härkälintu, kaulushaikara Erityistä: lintutorni lintujen havainnointiin Omistus: yksityisomistus
Ilvesmäki Läämännevan metsä, Riuttanen Pinta-ala: 45 ha (Ylöjärven puolella vain 6 ha) Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: boreaaliset luonnonmetsät Lajistoa: liito-orava Erityistä: vanhat metsät ja korvet pääosin Ruoveden puolella
Isoneva Raitakulonneva, Riuttanen Pinta-ala: 139 ha (osin Virtojen puolella) Rauhoitettu: 116 ha Natura-peruste: keidassuot, humuspitoiset lammet Lajistoa: kapustarinta, kurki, liro, kesämaitiainen, jäkki, ketoneilikka, ketonoidanlukko Erityistä: Kaakkolammin vuokramökki, lakka- ja karpalosoita
Korpijärven haka, Mutala Pinta-ala: 0,6 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: kuivat niityt ja hakamaat Lajistoa: arvokkain lajisto Natura-alueen ulkopuolella Erityistä: niittotoimet eivät ole auttaneet säilyttämään uhanalaista lajistoa kuten ketokatkeroa ja kirkiruohoa Omistus: yksityinen
Lymylampi, Poikelus Pinta-ala: 63 ha (Ylöjärven puolella vain 0,2 ha) Rauhoitettu: 62,8 ha (Ikaalisten puoli) Natura-peruste: vanhat metsät Lajistoa: liito-orava, kuikka, mehiläishaukka, metso, pohjantikka Erityistä: vain pieni niemenkärki Ylöjärven puolella Omistus: yksityinen (Ikaalisten puoli valtio)
Metsäopiston metsä, Kuru Pinta-ala: 8 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: vanhat metsät, puusoiset suot Lajistoa: paljon laho- ja kolopuuston lajeja Erityistä: hyvä polkuverkosto
Perkonmäki, Ylöjärvi Pinta-ala: 24 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: vanhat metsät, lehdot, pikkupurot Lajistoa: liito-orava, pohjantikka, korpisorsimo, rusokääpä, raidankeuhkojäkälä Erityistä: lähellä Ylöjärven keskustaa
Petäjäjärvi, Kaidankylä Pinta-ala: 254 ha Rauhoitettu: 244 ha Natura-peruste: vanhat metsät, puustoiset suot Lajistoa: liito-orava, kaakkuri, kapustarinta, kurki, metso, pohjantikka, korppi, välkkyludekääpä Erityistä: vanha polkuverkosto hyvä, ei pidetä kunnossa, laajin luonnontilainen vanhan metsän alue Ylöjärvellä
Pikku-Suolijärven alue, Kaidankylä Pinta-ala: 137 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: vanhat metsät, puustoiset suot, humuspitoiset järvet Lajistoa: kaakkuri, kurki, metso, pikkusieppo Erityistä: monipuolinen ja erämainen
Pinsiön-Matalusjoki, Pinsiö Pinta-ala: 27 ha (Ylöjärven puolella vain1,5 ha) Rauhoitettu: 0,5 ha Natura-peruste: pikkujoet ja purot, lehdot, jokihelmisimpukka Lajistoa: Ylöjärven puoleisessa lehdossa korpinurmikka, lähdetähtimö, purolitukka, soikkokaksikko Erityistä: lähdelehdon puhdas lähdevesi tärkeä alapuoliselle jokihelmisimpukalle Omistus: yksityinen
Pitkäkangas, Kaidankylä Pinta-ala: 34 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: vanhat metsät, puustoiset suot, humuspitoiset järvet Lajistoa: Erityistä: merkitys pohjavesialueena, maisemallisesti hieno esim. pyöräretkikohteena
Pitämävuoret, Riuttanen Pinta-ala: 59 ha Rauhoitettu: 59 ha Natura-peruste: vanhat metsät, puustoiset suot Lajistoa: metso, pohjantikka, palokärki Erityistä: silokalliot, louhikot ja rakoluolat geologisesti merkittäviä, mukava retkikohde
Raattaniemi-Vekaraniemi, Länsi-Aure Pinta-ala: 88 ha Rauhoitettu: 88 ha Natura-peruste: vanhat metsät, puustoiset suot Lajistoa: metso, pohjantikka, pikkusieppo, lehmus, vanhan metsän jäkäliä runsaasti Erityistä: alueeseen sisältyy 11 Aurejärven saarta, hyvä veneretkikohde (ei nuotioita)
Ruonanjoki, Karhe Pinta-ala: 13 ha (osin Hämeenkyrön puolella) Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: jokihelmisimpukka, pikkujoet ja purot Lajistoa: jokihelmisimpukka, saukko, taimen Erityistä: Etelä-Suomen ainoa joki, jossa raakku lisääntyy Omistus: yksityinen
Seitseminen, Länsi-Aure Pinta-ala: 4 521 ha (osin Ikaalisten puolella) Rauhoitettu: 4 521 ha Natura-peruste: vanhat metsät, keidassuot Lajistoa: liito-orava, saukko, kaakkuri, kapustarinta, kuikka, majava, raidantuoksukääpä, riekonkääpä Erityistä: monipuolinen kansallispuisto, opastuskeskus, erinomaiset retkeilymahdollisuudet, myös hiihtolatuja talvisin
Taaborinvuori, Mutala Pinta-ala: 60 ha Rauhoitettu: - ha Natura-peruste: vanhat metsät Lajistoa: metso, pohjantikka, vanhan metsän jäkälä-, sammal- ja sienilajeja, mm. pohjankääpä, raidankeuhkojäkälä ja karstanahkajäkälä, Erityistä: helppo retkikohde, lännenmunuaisjäkälä ainoa tiedossa oleva äärimmäisen uhanalainen laji Ylöjärvellä, yksityinen
Valkeekivi, Siivikkala Pinta-ala: 10 ha Rauhoitettu: 4,5 ha Natura-peruste: lehdot Lajistoa: kotkansiipi, imikkä, korpinurmikka, lehtotähtimö Erityistä: kuusettumista ehkäisty puiden kaulaamisella Omistus: yksityinen