Huhtikuun 14. päivänä tänä vuonna julistettiin



Samankaltaiset tiedostot
Peptidi ---- F K V R H A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit

Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30

GEENITEKNIIKAN PERUSASIOITA

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita

6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi

Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia

DNA:n informaation kulku, koostumus

Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia

Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20

Geenitekniikan perusmenetelmät

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Biolääketieteen laitos, Biokemia ja kehitysbiologia

Francis Crick ja James D. Watson

DNA (deoksiribonukleiinihappo)

Perinnöllisyyden perusteita

VASTAUS 1: Yhdistä oikein

DNA (deoksiribonukleiinihappo)

Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito. Jakson luennot. Luennon sisältö DNA:N KAHDENTUMINEN ELI REPLIKAATIO

KOE 6 Biotekniikka. 1. Geenien kloonaus plasmidien avulla.

Hiiriä, hiivoja ja kärpäsiä mitä malliorganismien geenit kertovat elämästä ja sen evoluutiosta. Hannu Sariola, Irma Thesleff ja Marja Makarow

DNA Tiina Immonen, FT, yo-lehtori HY Lääketieteellinen tiedekunta Biokemia ja kehitysbiologia

Etunimi: Henkilötunnus:

Avainsanat: BI5 III Biotekniikan sovelluksia 9. Perimä ja terveys.

Euromit2014-konferenssin tausta-aineistoa Tuottaja Tampereen yliopiston viestintä

måndag 10 februari 14 Jaana Ohtonen Kielikoulu/Språkskolan Haparanda

Luku 20. Biotekniikka

Bioteknologian perustyökaluja

Biologia. Pakolliset kurssit. 1. Eliömaailma (BI1)

Evoluutio ja luominen. Mian tekemä esitys Jannen esittämänä

DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio

Genomi-ilmentyminen Genom expression (uttryckning) Nina Peitsaro, yliopistonlehtori, Medicum, Biokemia ja Kehitysbiologia

Genomin ylläpito Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia

Geenisakset (CRISPR)- Geeniterapian vallankumousko? BMOL Juha Partanen

Perinnöllisyyden perusteita

KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: Etunimet: Nimikirjoitus: BIOLOGIA (45 p) Valintakoe klo

Mitä elämä on? Astrobiologian luento Kirsi

Ihmisten erilaisuuden geneettinen perusta

Vallitseva periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent rebecca@rebeccajkent.com

Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe Tehtävä 1 Pisteet / 15

Perinnöllinen informaatio ja geneettinen koodi.

Yhtäläisyydet selkärankaisten aivoissa, osa II. Niko Lankinen

Yoshinori Ohsumille Syntymäpaikka Fukuoka, Japani 2009 Professori, Tokyo Institute of Technology

Nukleiinihapot! Juha Klefström, Biolääketieteen laitos/biokemia ja genomibiologian tutkimusohjelma Helsingin yliopisto.

Genomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma

Kantasolututkimuksen etiikasta - uusimmat näkymät. Timo Tuuri HUS, Naistenklinikka Biomedicum kantasolukeskus

Peittyvä periytyminen. Potilasopas. Kuvat: Rebecca J Kent rebecca@rebeccajkent.com

LUENTO 3 Kyösti Ryynänen Seutuviikko 2014, Jämsä

Biologian tehtävien vastaukset ja selitykset

BI4 Ihmisen Biologia KAUSTISEN MUSIIKKILUKIO

Avainsanat: perimä dna rna 5`-ja 3`-päät replikaatio polymeraasientsyymi eksoni introni promoottori tehostajajakso silmukointi mutaatio

Eliömaailma. BI1 Elämä ja evoluutio Leena Kangas-Järviluoma

Biopankit miksi ja millä ehdoilla?

SÄTEILYN TERVEYSVAIKUTUKSET

Perinnöllisyys 2. Enni Kaltiainen

KEESHONDIEN MONIMUOTOISUUSKARTOITUS

DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen

Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita. BI2 III Perinnöllisyystieteen perusteita 9. Solut lisääntyvät jakautumalla

Genomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA

NON-CODING RNA (ncrna)

Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Pakolliset kurssit (OL PDDLOPD%,,

VIIKKI BIOCENTER University of Helsinki

Seutuviikko 2015, Jämsä Kyösti Ryynänen PROTEIINISYNTEESI LUENTO 3 DNA-RAKENNE DNA SOLUJAKAUTUMINEN DNA-KAKSOISKIERRE

BI4 IHMISEN BIOLOGIA

- Extra: PCR-alukkeiden suunnittelutehtävä haluttaessa

II Genetiikka 4.(3) Nukleiinihapot

Esim. ihminen koostuu 3,72 x solusta

Nimi sosiaaliturvatunnus

Elämän synty. Matti Leisola

III Perinnöllisyystieteen perusteita

Bioteknologia BI5. Mikrobit

Lisääntyminen. BI1 Elämä ja evoluutio Leena kangas-järviluoma

Neandertalinihmisen ja nykyihmisen suhde molekyyligenetiikan valossa

Hyvän vastauksen piirteet. Biolääketieteen valintakoe Maksimipisteet: 45

Kymmenen kärjessä mitkä ovat suomalaisten yleisimmät perinnölliset sairaudet?

BIOLOGIAN KYSYMYKSET

Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan

Biopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä.

Miksi tutkia kasveja?

Biomolekyylit ja biomeerit

ALKIODIAGNOSTIIK KA ANN-MARIE NORDSTRÖM

Bioinformatiikan maisteriohjelman infotilaisuus Exactum D122

DNA sukututkimuksen tukena

Parkinsonin tauti on monitekijäinen tauti, jonka synnyssä erilaisilla elämän aikana vaikuttavilla tekijöillä ja perimällä on oma osuutensa.

Narkolepsian immunologiaa ja Pandemrixiin liittyvät tutkimkset

Drosophila on kehitysgenetiikan mallilaji nro 1

*2,3,4,5 *1,2,3,4,5. Helsingin yliopisto. hakukohde. Sukunimi. Tampereen yliopisto. Etunimet. Valintakoe Tehtävä 1 Pisteet / 30. Tehtävä 1.

T Digitaalinen signaalinkäsittely ja suodatus Tutkielma Signaalinkäsittely DNA-mikrosiruteknologiassa

2.1 Solun rakenne - Lisämateriaalit

Hyvä käyttäjä! Ystävällisin terveisin. Toimitus

Aktivoiva luento-opetus & sillanrakennus kliiniseen opetukseen

Erilaisia soluja. Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja. Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta. Veren punasoluja

KE1 - Kemiaa kaikkialla on pakollinen kurssi, joka on päästävä läpi lukion läpäisemiseksi

Geeneistä genomiin, mikä muuttuu? Juha Kere Karolinska Institutet, Stockholm

BIOTEKNIIKKA ON VÄLINE

5.7. Biologia. Opetuksen tavoitteet

SÄTEILYN GENEETTISET VAIKUTUKSET

Väärin, Downin oireyhtymä johtuu ylimääräisestä kromosomista n.21 (trisomia) Geeni s. 93.

Suomalainen genomitieto ja yksilöllistetty terveydenhuolto Olli Kallioniemi October 9, 2013

Uusia mahdollisuuksia FoundationOne CDx. keystocancer.fi

X-kromosominen periytyminen. Potilasopas. TYKS Perinnöllisyyspoliklinikka PL 52, Turku puh (02) faksi (02)

Transkriptio:

Katsaus Märkäisistä haavasiteistä yksilön genomiin Tiina Immonen ja Hannu Sariola Vuotta 2003 juhlittiin DN:n juhlavuotena ympäri maailmaa. Tähän antoi aiheen ihmisen genomi -hankkeen loppuun saattaminen lähes päivälleen 50 vuotta DN:n kaksoiskierrerakenteen ratkaisemisen jälkeen. DN:n ja sen tutkimuksen historia ulottuu kuitenkin paljon kauemmaksi. Vuonna 1868 sveitsiläinen lääkäri Friedrich Miescher eristi DN:n ja nimesi sen nukleiiniksi. Vasta 1944 sen osoitettiin siirtävän periytyvät ominaisuudet sukupolvelta toiselle. Ihmisen ja lukuisten muiden lajien geneettisen koodin avaamista ei tehnyt mahdolliseksi ainoastaan molekyylibiologisten menetelmien kehitys vaan myös samaan aikaan tapahtunut tietokoneiden muistikapasiteetin ja nopeuden kasvu. Huhtikuun 14. päivänä tänä vuonna julistettiin ihmisen perimän kartoitus valmiiksi. Vuonna 1990 alkaneen kansainvälisen Human enome -projektin tuloksena ihmisen perintöaineksen kolmen miljardin emäsparin järjestys oli lopulta selvitetty. Työn valmistuttua ratkaistiin myös ihmisen geenien lukumäärää koskeneen vedonlyönnin voittaja. Euroopan bioinformatiikkainstituutin (EBI) toukokuussa julkistama laskelma ihmisen geenien määrästä antoi tyrmäävän pienen luvun: 21 000. Se on vain noin viidesosa genomikartoituksen alkaessa arvioidusta määrästä. siantuntijoiden veikkauksista pienin ja voittajaksi julistettu arvio oli 26 000. eenien lukumäärä ei antanut vastausta kysymykseen, mikä erottaa ihmisen lituruohosta tai hiirestä ellei sitten se, että geenejä näyttäisi olevan ihmisellä jonkin verran vähemmän kuin lituruoholla (taulukko 1). Viime vuosikymmeninä tapahtuneessa molekyylibiologian läpimurrossa on usein unohdettu, että DN-tutkimuksen pioneerit löytyvät yli sadan vuoden takaa eikä perimäaineksen historia alkanut DN:n kaksoiskierteen ratkaisemisesta. Haavasiteitä ja lohen maitia Kaksikymmenvuotias sveitsiläinen lääkäri Friedrich Miescher ryhtyi vuonna 1868 selvittämään valkosolujen kemiallista koostumusta Tübingenin yliopistossa biokemisti Ernst Hoppe-Seylerin laboratoriossa. Miescher haki sairaalasta märkivien haavojen hoidossa käytettyjä siteitä ja yritti puhdistaa niistä kokonaisia valkosoluja, mutta tuloksena oli viskoosia puuroa, jota oli mahdotonta käsitellä. Hän onnistui kuitenkin eristämään valkosolujen tumat ja löysi niis- Taulukko 1. eenien arvioitu lukumäärä eri lajeissa. Tiedot saatu toukokuussa 2003 old Spring Harborissa pidetyssä Ihmisen genomi -kokouksessa. Pallokala 30 000 Lituruoho 25 000 Hiiri 24 000 Ihminen 21 000 26 000 Seeprakala 20 000 Sukkulamato 19 000 Banaanikärpänen 13 000 Hiiva 5 900 Duodecim 2003;119:2453 9 2453

tä uuden yhdisteen. Se koostui vedystä, hapesta, typestä ja fosforista, joita esiintyi proteiineista poikkeavissa suhteissa. Hän nimesi uuden aineen nukleiiniksi. Miescheristä tuli näin vuonna 1869 ensimmäinen DN-molekyylien eristäjä. Tulokset olivat Hoppe-Seylerin mielestä niin epäuskottavia, että hän toisti kaikki kokeet ennen kuin antoi Miescherille luvan julkaista tulokset nimeään kantavassa julkaisusarjassa (Miescher 1871). Puhtaan nukleiinin eristäminen onnistui vasta Miescherin palattua kotikaupunkiinsa Baseliin. Siellä hän löysi valkosoluja huomattavasti paremman nukleiinilähteen: Reinin lohen maidin. Miescher ei koskaan itse saanut tietää nukleiinin merkitystä perinnöllisyydessä. Vielä yli puoli vuosisataa myöhemmin useimmat tiedemiehet uskoivat Miescherin tavoin valkuaisaineiden välittävän periytyvää informaatiota. Koska valkuaisaineet koostuvat 20 erilaisesta aminohaposta, niiden ajateltiin pystyvän välittämään monimutkaista informaatiota paremmin kuin vain neljästä erilaisesta emäksestä koostuvan DN:n. swald very tutkimusryhmineen kuitenkin osoitti valkuaisaineita ja DN:ta pilkkovien entsyymien avulla, että bakteerista toiseen siirtyviä perinnöllisiä ominaisuuksia välittävä aine on DN:ta (very ym. 1944). -T ja - DN:n rakenneosat nukleotidit sisältävät sokeria, fosfaattia ja yhden typpeä sisältävän emäksen: adeniinin (), tymiinin (T), guaniinin () tai sytosiinin (). Huhtikuussa 1953 Francis rick ja James Watson julkaisivat teoriansa näiden rakenneosien muodostaman DN-molekyylin avaruusrakenteesta. Kahden vastakkaisiin suuntiin kulkevan fosfaatti-sokeritukirangan ja niitä yhdistävien emäsparien -T ja - askelmista muodostuvat»kierreportaat» olivat yksinkertaisuudessaan nerokas malli, joka johti heti teoriaan geneettisen informaation kopioitumisesta sukupolvelta toiselle (Watson ja rick 1953). Teorian pohjana olivat osaltaan Rosalind Franklinin ja Maurice Wilkinsin suorittamat DN-kiteiden röntgentutkimukset. Watson, rick ja Wilkins jakoivat Nobelin palkinnon vuonna 1962. Franklin oli jo ehtinyt kuolla, ja hänen tulostensa todellinen todennäköisesti aliarvostettu merkitys on edelleen keskustelun aiheena (Saxén 2003). Nykyaikaiseen geenitekniikkaan johtaneen DN:n kaksoiskierremallin julkistamisen muistoksi vuosi 2003 julistettiin DN:n juhlavuodeksi. Itse juhlakalu on kuitenkin paljon vanhempi. Nykykäsityksen mukaan ensimmäiset DN-molekyylit ilmestyivät maapallolle noin 3,6 miljardia vuotta sitten (Frilander 2002). Watson ja rick muotoilivat myös molekyylibiologian keskeisen väittämän: DN-ketjun emästen järjestykseen perustuva informaatio kopioituu lähetti-rn-molekyyliin, joka kuljettaa sen tumasta solulimaan ja ohjaa siellä valkuaisainesynteesiä (kuva 1). Lähetti-RN:n kolme peräkkäistä nukleotidia muodostavat proteiinisynteesissä informaatioyksikön, jota kutsutaan kodoniksi. Peräkkäisten kodonien nukleotidijärjestys määrää, missä järjestyksessä aminohapot synteesivaiheessa liittyvät valkuaisaineen esiasteeseen polypeptidiketjuun. Kokeellisesti lähetti-rn:n olemassaolo todistettiin 1960, ja vuotta myöhemmin Marshall Nirenberg ja Johann Matthaei (1961) osoittivat, että urasiiliemäksistä muodostuneen lähetti-rn:n ohjaamana syntetisoituu valkuaisainetta, jonka kaikki aminohapot ovat samoja (fenyylialaniini, Phe): () n (Phe) n. eneettisen koodin ensimmäinen»kirjain» eli kodoni oli selvitetty. Tämän jälkeen koodi murrettiin kokonaisuudessaan nopeassa tahdissa. eenitekniikan saavutuksia eorge Beadle ja Edward Tatum säteilyttivät Neurospora-homeen viljelmiä aiheuttaakseen muutoksia DN:ssa. Mutaatiot johtivat yksittäisten entsyymien inaktivaatioon, mikä todisti, että yksi geeni koodaa yhtä valkuaisainetta (Beadle ja Tatum 1941). Samalla rchibald arrodin profeetallisesti vuonna 1902 esittämä hypoteesi, että perinnöllinen alkaptonuria johtuu biokemiallisiin reaktioihin vaikuttavasta geenimutaatiosta, sai vihdoinkin kokeellista vahvistusta (arrod 1902). eenien hallittu muokkaaminen tuli mahdolliseksi kuitenkin vasta 1970-2454 T. Immonen ja H. Sariola

Kromosomi 3 eenin ulkoinen DN H 2 H eeni deniini uaniini Eukaryoottigeenin tyypillinen intronieksonirakenne Eksoni 1 Introni 1 Eksoni 2 Introni 2 Eksoni 3 Introni 3 3 Puriiniemäkset Fosfaatti P= Deoksi- H 2 riboosi- sokeri P= Pyrimidiinimäkset Tymiini T (RN:ssa urasiili ) Sytosiini Eksoni 4 DN kaksoiskierre TM T T T T T T T T 3 lähetti-rn Transkriptio eneettinen koodi Phe Tyr ys Leu Ser Stop Stop Trp His Leu Pro rg Ile Met Val Thr la ln sn Lys sp Ser rg ly lu DN 3 SLLIM Kodoni 3 Siirtäjä-RN Pro Ser Leu Lys rg Translaatio Polypeptidiketju Proteiini Kuva 1. eneettisen informaation eri muodot: kromosomista proteiiniin. eneettistä informaatiota välittävät molekyylit on kuvattu aitotumallisessa (eukaryootti)solussa. lkeistumallisissa (esim. bakteereissa) transkriptio ja translaatio ovat ajallisesti ja paikallisesti kytkeytyneitä: lähetti-rn:n luenta proteiiniksi (translaatio) alkaa sen synteesin (transkription) ollessa vielä kesken. luvulla, kun DN-ketjun leikkaamisessa ja liimaamisessa opittiin käyttämään mikrobiperäisiä entsyymejä. Ensimmäinen geenitekninen tuote oli ihmisen insuliini, jota koodaavat geenit oli siirretty Escherichia coli -bakteeriin. Vuonna 1977 Frederick Sanger määritti kehittämällään menetelmällä ΦX174-viruksen 5 386 emäsparia pitkän perimän eli genomin (Sanger ym. 1977). Tästä saavutuksesta hänelle myönnettiin toisen kerran kemian Nobelin palkinto vuonna 1980. Ensimmäisen hän sai valkuaisaineen rakenteen selvityksestä. Sangerin menetelmä on edelleen käytössä myös automaattisissa sekvensointilaitteissa, joita ilman korkeampien eliöiden genomien lukeminen ei olisi ollut mahdollista. Leivinhiivan yli 2 000 kertaa ΦX174-viruksen perimää suurempi genomi julkaistiin vuonna 1996 (offeau ym. 1996). Tehokkaat automaattiset emäsjärjestyksen määritysmenetelmät ovat tehneet mahdolliseksi myös perinnöllisiä tauteja aiheuttavien geenimutaatioiden löytämisen ja etsinnän mahdollisilta kantajilta. Ensimmäinen ihmisen perinnöllistä sairautta, Huntingtonin tautia, aiheuttava geenivirhe paikannettiin 1983. Nykyään tautigeenejä tunnetaan noin 1 500 (Peltonen-Palotie 2001). eenivirheistä johtuvia tauteja pyritään Märkäisistä haavasiteistä yksilön genomiin 2455

hoitamaan siirtämällä elimistöön viallisen geenin korvaava toiminnallinen geeni, joka tuottaa puuttuvaa valkuaisainetta. Ensimmäisen kerran tämä onnistui vuonna 1990, kun viallisen adenosiini-deaminaasientsyymin (D) aiheuttamasta vakavasta immuunipuutoksesta kärsivän nelivuotiaan tytön lymfosyytteihin lisättiin toimiva D-geeni (Blaese ym. 1995). eeniterapiaan kohdistuneet suuret odotukset ovat kuitenkin toteutuneet odotettua hitaammin, osittain geenien siirtoon ja kohdentamiseen liittyvien ongelmien takia. Ranskassa ja Yhdysvalloissa päätettiin tammikuussa 2003 kieltää toistaiseksi retroviruksia hyväksi käyttävä geeniterapia kahden lapsen sairastuttua leukemiaan kokeessa, jossa korvaava geeni siirrettiin veren kantasoluihin retrovirusten välityksellä. Koska geenit ovat identtiset monisoluisten organismien kaikissa soluissa lukuunottamatta sukusoluja ja eräitä immuunijärjestelmän soluja, on selvää, että pelkästään solun sisältämät geenit eivät määrää solun muotoa, kokoa, ulkonäköä tai toimintaa. Silmän sauvasolun ja haiman beetasolun perimät ovat identtiset, vaikka toinen soluista muuttaa valoärsykkeen hermoimpulssiksi ja toinen tuottaa insuliinia. eenien ilmentyminen on säätelyn alaista, minkä seurauksena kussakin solussa ainoastaan osa geeneistä luetaan proteiineiksi. Näin tapahtuu myös mikrobeissa elinympäristön muutosten seurauksena. Jacques Monod ja Francois Jacob selvittivät ensimmäisen geenien säätelymekanismin E. coli -bakteerissa. Erilaistuneiden solujen valikoivan luennan kohteena ollut genomi on kuitenkin palautettavissa munasolussa kehityksen alkuhetkellä vallinneeseen totipotenttiin eli täyskykyiseen tilaan. Ian Wilmut ym. (1997) fuusioivat aikuisen lampaan utaresoluja toisen lampaan hedelmöittymättömien munasolujen kanssa poistettuaan ensin munasolusta sen oman perintöaineksen. Yli neljästäsadasta fuusiosta ja niistä kehittyneistä 277 alkiosta syntyi yksi, viime vuonna kuollut Dolly (Sariola 1997). Se oli ensimmäinen onnistunut aikuisen nisäkkään klooni. Tämän jälkeen on kloonattu myös mm. kissoja, lehmiä, hiiriä ja hevonen. Ihmisen kloonaaminen ei sen sijaan näytä mahdolliselta alkiovaiheita pidemmälle, koska tumasukkulan muista nisäkkäistä poikkeavan rakenteen takia kädellisten tumansiirrolla kloonatuissa alkioissa esiintyy vakavia kromosomipoikkeamia (Simerly ym. 2003). Vaikka kloonaaminen on tehotonta, sen onnistuminen on sitovasti osoittanut, että erilaistuneenkin solun koko genomi on palautettavissa erilaistumisen alkuhetkeen. Täyskykyisyy- regor Mendel J. Friedrich Miescher rchibald arrod. Beadle E. Tatum. very M. Mcarty R. Franklin M. Wilkins F. rick J. Watson 1869 DN eristetään 1865 Perinnöllisyystieteen perusteet 1905 Teoria aineenvaihduntahäiriöiden geneettisestä taustasta 1941 DN:n mutaatiot aiheuttavat muutoksia entsyymeissä 1944 DN on perimää välittävä molekyyli 1953 DN:n kaksoiskierteen rakenne Henkilökuvat: National Library of Medicine / History of Medicine Division, Science Photo Library, Suomen Kuvapalvelu y 2456 T. Immonen ja H. Sariola

Vain ihmiselle ominaiset geenit 1% Selkärankaisille ominaiset geenit: immuunijärjestelmä ja kehittynyt keskushermosto 22 % Sekä alkeis- että aitotumallisille soluille yhteiset geenit: solujen perustoiminnot 21 % Monisoluisille eläimille ominaiset geenit: solujen välinen kommunikaatio, ohjelmoitunut solukuolema ja yksilönkehitys 24 % Vain aitotumallisille ominaiset geenit: solujen rakenteen ja jakautumisen säätely 32 % Kuva 2. Ihmisen geenien evolutiivinen alkuperä. Vertaamalla ihmisen geenejä muiden eliöiden geeneihin on löydetty evoluution eri vaiheille tyypilliset geenit. Yksinomaan ihmiselle ominaisten geenien osuus ihmisen genomista on enintään 1 %. teen palautumisen mekanismia ei kuitenkaan vielä tunneta, ja se onkin biologian mielenkiintoisimpia avoimia kysymyksiä. Tulevaisuuden mahdollisuudet haaste tieteelle ja yhteiskunnalle Ihmisen genomin emäsjärjestys on nyt määritetty. Perimän»lukeminen» on kuitenkin samaa kuin oudolla kielellä kirjoitetun kirjan tavaaminen alusta loppuun. Vasta muutamien tuhansien geenien toiminta, tehtävät ja ilmentymisen säätely tunnetaan. Kaikkien geenien tehtävien selvittämiseksi tarvitaan lajien genomien vertailua (kuva 2) ja geenien vaikutusten tutkimista malliorganismeissa, kuten hiiressä tai banaanikärpäsessä, sekä erilaisissa soluviljelmissä (Sariola ym. 2000). Lajien geenien vertailu ja M. Nirenberg F. Sanger J. Sulston I. Wilmut rabidopsis thaliana 1966 eneettisen koodin selvitys Lys Lys 1972 Rekombinantti- DN-teknologia T 1977 DN:n sekvensointimenetelmät 1985 DN:n monistus polymeraasiketju- reaktiolla 1983 Tautigeeni paikannetaan 1997 Nisäkkään kloonaus 1990 Ihmisen genomin selvitys alkaa 1996 Saccharomyces cerevisiae 2000 Drosophila melanogaster 2003 Homo sapiens 1998 aenorhabditis elegans enomisekvenssien aikakausi Märkäisistä haavasiteistä yksilön genomiin 2457

eenitekniikan historiaan ja nykyiseen genomitietoon johdattavia hyödyllisiä ja mielenkiintoisia linkkejä Internetissä. DN:n historia, tärkeät kokeet ja ihmiset www.dnaftb.org/dnaftb Nobel-komitean viralliset sivut www.nobel.se Tietokannat, sekvenssit ja julkaisut www.ncbi.nlm.nih.gov Kaikki valmiit genomisekvenssit gnn.tigr.org Historiallisia artikkeleita ja uusia katsauksia www.nature.com/nature/insights/ 6921.html ihmisen tauteja muistuttavien mutaatioiden seulonta mutageneesikokeilla (esim. hiirellä, seeprakalalla, sukkulamadolla tai leivinhiivalla) auttavat sekä geenien tehtävien osoittamisessa että tautigeenien löytämisessä (Västrik ja Mäkelä 2002). Watsonin ja rickin muotoilema perusväittämä»dn RN proteiini» pitää edelleen pääosin paikkansa, mutta jokaista näistä vaiheista säätelevät hienosyiset mekanismit, joita on opittu ymmärtämään vasta vähitellen. Yksisoluisten geenit ovat jatkuvia, eli lähetti- RN:han kopioituva informaatio esiintyy genomissa yhtenäisenä DN-jaksona. Monisoluisten lajien geenit ovat pääasiassa epäjatkuvia, eli yhtä proteiinia koodaava alue on jakautunut lähettiin kopioituviin eksoneihin ja niiden väliin jääviin ei-koodaaviin alueisiin eli introneihin (kuva 1). Epäjatkuvuus sallii monipuoliset mahdollisuudet säädellä geenin ilmentymistä ja siitä syntyviä geenituotteita, mm. vaihtoehtoisen silmukoinnin kautta. Yhdestä geenistä voidaan lukea monta erilaista RN-molekyyliä, joiden koodaamat proteiinit puolestaan muokkautuvat ja pilkkoutuvat monin tavoin. Jotta ymmärtäisimme kunnolla organismin solujen ja kudosten erilaisia rakenteita, toimintaa ja vuorovaikutusta, tarvitsemme tietoa geenien lisäksi myös kussakin solussa eri aikoina ilmentyvistä RN-molekyyleistä ja proteiineista (Baumann ja Meri 2002, Mäkelä ja Porkka 2002). n historiallinen»sattuma», että nopeasti kertyvän geneettisen informaation käsittelyn ja hyödyntämisen teki mahdolliseksi tietokoneiden kapasiteetin samanaikainen kehitys (Kallioniemi 2002). Ihmisen genomisekvenssi mahtuu yhdelle tavalliselle DVD-levylle! Vain 1 2 % ihmisen DN:n kolmesta miljardista emäsparista sijaitsee geeneissä eli osallistuu valkuaisaineen koodaamiseen. sa geenien ulkopuolisesta perintöaineksesta säätelee geenien ilmentymistä, vaikuttaa kromosomien rakenteeseen tai tuottaa RN-molekyylejä, joihin ei kohdistu luentaa valkuaisaineiksi. Vasta vähän aikaa sitten löydettiin aivan uusi ryhmä toiminnallisia RN-molekyylejä vain parikymmentä emäsparia pitkät mikro-rn:t, jotka säätelevät proteiinien synteesiä (Immonen ja Sariola 2002). Näitä tunnetaan eri eliöistä vasta muutamia satoja, mutta niiden määrän arvioidaan olevan huomattava myös ihmisellä. eenien väliset alueet, joihin aiemmin viitattiin termillä»roska-dn», ovatkin ilmeisesti valtaosaltaan toiminnallisesti tai rakenteellisesti tärkeitä. eenit ja evoluutio Lajien välinen genomien vertailu auttaa paitsi geneettisen informaation myös evoluution ymmärtämisessä. Vertailemalla geenejä ja geeniperheitä voidaan tehdä niiden rakenteisiin perustuvia evolutiivisia sukupuita. Tätä menetelmää on käytetty myös tutkittaessa ihmisen evoluutiota ja kansojen alkuperää (Sajantila 2002). Yli sadan lajin genomi on jo selvitetty. Vaikka näistä valtaosa on yksinkertaisia viruksia, alkueläimiä tai bakteereita, joukossa ovat ihmisen lisäksi myös mm. malariahyttynen, banaanikärpänen ja sukkulamato (Misra ym. 2002, International Human ene Sequencing onsortion 2001). Hiiren genomin kartoitus on melkein valmis. Yksi seuraavista suurista genomihankkeista kohdistuu mitä todennäköisimmin lähisukulaiseemme simpanssiin. Vaikka hiiren ja ihmisen välillä ja sen perusteella mahdollisesti kaikkien nisäkkäiden vä- 2458 T. Immonen ja H. Sariola

lillä on vain pieniä eroja geenien määrässä ja rakenteessa, yksittäisiä keskeisiäkin eroja on jo löydetty. Ihmisen evoluutiossa tärkeä geenimuutos on ollut kielen ja puheen kehitykseen liittyvän FoxP-geenin mutaatio. Ihmisen FoxP2 poikkeaa rakenteeltaan muiden kädellisten vastaavasta geenistä. Näiden erojen syntyminen on saattanut olla keskeistä ihmisen puhetaidon kehittymisessä, koska mutaatiot FoxP2-geenissä johtavat vaikeuksiin äänteiden ja puheen tuottamisessa (Enard ym. 2002). Karkeasti arvioiden eri ihmisyksilöiden geenit ovat 99,9 prosenttisesti samanlaisia. n arvioitu, että yhden nukleotidin poikkeamia olisi ihmisen genomissa noin 12 miljoonaa (Kruglyak ja Nickerson 2001). Koska kuitenkin lähekkäin sijaitsevat poikkeamat periytyvät yhdessä, noin 500 000 poikkeaman kartoittaminen riittää yksilöllisen ominaisuuden taustalla olevan geneettisen haplotyypin selvittämiseen. Hanke haplotyyppien ja merkkipoikkeamien määrittämiseksi (Haplotype Map eli HapMap-projekti) on jo käynnissä. Mahdollisuus yksilön perimän laajaan kartoitukseen sekä lisääntyvä tieto geenien ja niiden pienten variaatioiden vaikutuksista avaavat uusia näköaloja perinnöllisten tautien riskien ennustamisessa, perinnöllisiä piirteitä ja ominaisuuksia välittävien geenien tunnistamisessa, lääkekehityksessä ja yksilöllisen lääkevasteen ennustamisessa (ollins ym. 2003). Yksilön genomin selvittäminen ja yhä useampien geenien toiminnan tunteminen asettavat myös mittavia yhteiskunnallisia haasteita. Tarvitaan pelisäännöt yksilön geneettisen tiedon tuottamisesta, säilyttämisestä ja luovuttamisesta. lottuvillamme ovat ennennäkemättömät työkalut paitsi lääketieteen myös tautiriskeihin tai poikkeavuuksiin perustuvan etnisen syrjinnän, totalitarismin ja rotuoppien käyttöön. Kirjallisuutta very, MacLeod, Mcarty M. Studies on the chemical nature of the substance inducing transformation of pneumococcal types. J Exp Med 1944;79:137 58. Baumann M, Meri S. Proteomiikka ja sen sovellukset. Duodecim 2002;118:1177 86. Blaese RM, ulver KW, Miller D, ym. T lymphocyte-directed gene therapy for D- SID: initial trial results after 4 years. Science 1995;270:475 80. Beadle W, Tatum E. enetic control of biochemical reactions in Neurospora. Proc Natl cad Sci S 1941;27:499 506. ollins FS, reen, ED, uttmacher, uyer MS. vision for the future of genomics research. Nature 2003;422:835 47. Enard W, Przeworski M, Fisher SE, ym. Molecular evolution of FXP2, a gene involved in speech and language. Nature 2002;418:869 72. Frilander M. RN-elämän alkuperän kemia. Duodecim 2002;118:2419 22. arrod E. The Incidence of lkaptonuria: study in chemical individuality. Lancet 1902;2:1616 20. offeau, Barrell B, Bussey H, ym. Life with 6000 genes. Science 1996;274:546, 563 7. Immonen T, Sariola H. Mikro-RN:t uusi tapa säädellä proteiinien tuottoa. Duodecim 2002;118:661 2. International Human enome Sequencing onsortium: Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001;409:860 921. Kallioniemi. eenisiruista biosiruihin: uuden biotekniikan haasteet ja mahdollisuudet. Duodecim 2002;118:1149 56. Kruglyak L, Nickerson D. Variation is the spice of life. Nat enet 2001;27:234 6. Miescher F. Üeber die chemische Zusammensetzung der Eiterzellen. Hoppe-Seyler's medicinisch-chemische ntersuchungen 1871;4:441 60. Misra S, rosby M, Mungall J, ym. nnotation of the Drosophila melanogaster euchromatic genome: a systematic review. enome Biol 2002;3:RESERH0083. Mäkelä T, Porkka K. miikat tulevat yksi geeni ei enää riitä. Duodecim 2002;118:1146 8. Nirenberg MW, Matthaei JH. The dependence of cell-free protein synthesis in E. oli upon naturally occuring or synthetic polyribonucleotides. Proc Natl cad Sci S 1961;47:1588 602. Peltonen-Palotie L. Miten perimähankkeen valmistuminen vaikuttaa mahdollisuuksiimme selvittää sairauksien patogeneesiä? Duodecim 2001;117:939 44. Sajantila. Suomi-neidosta, Neandertalin ihmisestä ja vähän Ötzin ruokavaliosta ikamatkustelua molekyylin avulla. Duodecim 2002; 118:2447 52. Sanger F, Nicklen S, oulson R. DN sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl cad Sci S 1977;74:5463 7. Sariola H. Dolly ja kloonaamisen etiikka. Duodecim 1997;113:693 4. Sariola H, Thesleff I, Makarow M. Hiiriä, hiivoja ja kärpäsiä - mitä malliorganismien geenit kertovat elämästä ja sen evoluutiosta. Duodecim 2000;116:1734 41. Saxén L. Kaksoiskierre 50 vuotta. Duodecim 2003;119:585. Simerly, Dominko T, Navara, ym. Molecular correlates of primate nuclear transfer failures. Science 2003;300:297. Watson JD, rick FH. Molecular structure of nucleic acids: structure for deoxyribose nucleic acid. Nature 1953;171:737. Julkaistu uudelleen: Nature 2003;421:397 8. Wilmut I, Schnieke E, McWhir J, Kind J, ampbell KHS. Viable offspring derived from fetal and adult mammalian cells. Nature 1997;385:810 3. Västrik I, Mäkelä T. Lajienvälinen genomien ja ilmiasujen vertailu. Duodecim 2002;118:1167 75. TIIN IMMNEN, FT, tutkija tiina.immonen@helsinki.fi Biomedicum Helsinki, biolääketieteen laitos, kehitysbiologia PL 63 (Haartmanin katu 8), 00014 Helsingin yliopisto HNN SRIL, professori HYKS-Laboratoriodiagnostiikka PL 400, 00014 Helsingin yliopisto ja Biomedicum Helsinki, biolääketieteen laitos, kehitysbiologia PL 63, 00014 Helsingin yliopisto Märkäisistä haavasiteistä yksilön genomiin 2459