artus C. difficile QS-RGQ Kit

artus C. difficile QS-RGQ Kit Suorituksen ominaispiirteet artus C. difficile QS-RGQ Kit, versio 1, 4572366 Versiotiedot Tämä asiakirja on: artus C. difficile QS-RGQ -sarjan suoritusominaisuudet, versio 1, R1. Tarkista ennen kokeen suorittamista uusien elektronisten etikettiversioiden saatavuus osoitteesta www.qiagen.com/p/artus-c-difficile-qs-rgq-kit-ce. Toteamisraja artus C. difficile QS-RGQ -sarjan toteamisraja (Limit of Detection, LOD) arvioitiin 3 toksigeenisella Clostridium difficile -kannalla: NAP-1/BI/027-kanta, toksinotyyppi III A+B+ (ATCC BAA-1870); 1470-kanta, toksinotyyppi VIII A-B+ (ATCC 43598), ja VPI 10463-kanta, toksinotyyppi 0 A+B+ (ATCC 43255). Jokaista kantaa sarjalaimennettiin kasvualustalla 2-kertaisilla laimennuksilla. Jokaisen laimennuksen alikvootti lisättiin negatiivista ulostematriisia sisältävään Buffer ATL (puskuri ATL) -puskuriin ja käsiteltiin 20 replikaatissa QIAsymphony RGQ -laitteessa. Jokaisen kannan toteamisraja määritettiin vertaamalla toteamislukua ja bakteerin tulotitteriä sekä suorittamalla probiittianalyysi (kuvat 1 3). artus C. difficile QS-RGQ -sarjan toteamisraja on 7,9 CFU/ml NAP-1/BI/027-kannalle, 11,2 CFU/ml 1470-kannalle ja 2,8 CFU/ml VPI 10463 -kannalle. Tämä tarkoittaa sitä, että 95 %:n todennäköisyydellä NAP-1/BI/027-kannasta detekoidaan 7,9 CFU/ml, 1470-kannasta 11,2 CFU/ml ja VPI 10463-kannasta 2,8 CFU/ml. Joulukuu 2013 Sample & Assay Technologies

Kuva 1. Probiittianalyysi: NAP-1/BI/027-kanta. artus C. difficile QS-RGQ -sarjan toteamisraja. Kuva 2. Probiittianalyysi: 1470-kanta. artus C. difficile QS-RGQ -sarjan toteamisraja. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 2 / 22

Kuva 3. Probiittianalyysi: VPI 10463 -kanta. artus C. difficile QS-RGQ -sarjan toteamisraja. Analyyttinen reaktiivisuus artus C. difficile QS-RGQ -sarjan analyyttisen reaktiivisuuden analyysin tarkoituksena oli määrittää, pystyykö sarja detekoimaan useita toksigeenisiä C. difficile -kantoja, joissa esiintyy tilapäisiä ja maantieteellisiä vaihtelevuuksia. Kantojen raportoitiin olevan peräisin 4 maasta ja vähintään 8 osavaltiosta, ja ne sisälsivät 11 toksinotyyppiä. Yhteensä 27 bakteerikantaa ja karakterisoitua kliinistä isolaattia (taulukko 1) laimennettiin TE-puskuriin viitekannan 2 3x toteamisrajaan ja testattiin artus C. difficile QS-RGQ -sarjassa. C. difficile -kohde detekoitiin kaikissa testatuissa kannoissa. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 3 / 22

Taulukko 1. Analyyttisissä reaktiivisuustutkimuksissa testatut C. difficile -kannat Organismin tunnus Kanta Toksinotyyppi Detekoitu C. difficile - kohde ATCC* 17857 870 0 + + ATCC 17858 1253 + + ATCC 43594 W1194 + + ATCC 43596 545 + + ATCC 43599 2022 + + ATCC 43600 2149 + + ATCC 51695 BDMS 18AN + + ATCC 700792 14797-2 + + ATCC 9689 90556-M6S 0 + + ATCC BAA-1382 630 X + + ATCC BAA-1805 III + + ATCC BAA-1871 4111 0 + + ATCC BAA-1872 4206 0 + + ATCC BAA-1873 5283 0 + + ATCC BAA-1874 4205 0 + + ATCC BAA-1875 5325 V + + ATCC BAA-2155 LBM 0801058 + + ATCC BAA-2156 LBM 0801040 + + CCUG 20309 8864 X + + * American Type Culture Collection. : tietoa ei käytettävissä. Solutietokanta, Göteborgin yliopisto, Ruotsi. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 4 / 22

Taulukko 1. Jatkoa Organismin tunnus Kanta Toksinotyyppi Detekoitu C. difficile - kohde Illinois, VA-sairaalan isolaatti 278 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 464 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 4092 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 5572 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 3430 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 1753 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 5090 Illinois, VA-sairaalan isolaatti 3130 II + + IV + + VIII + + VIII + + IX + + XII + + XXI + + XXII + + = tietoa ei käytettävissä. Ristiin reagointi ja häiriöt Potilasnäytteiden mahdollisesti sisältämien mikro-organismien paneelin testauksen tarkoituksena oli määrittää, häiritsevätkö nämä mikro-organismit tcda- tai tcdb-kohteiden detekointia tai reagoivatko ne ristiin artus C. difficile QS-RGQ -sarjan kanssa. Kolme toksigeenistä C. difficile - kantaa (NAP-1/BI/027-kanta, toksinotyyppi III A+B+ (ATCC BAA-1870); 1470-kanta, toksinotyyppi VIII A-B+ (ATCC 43598), ja VPI 10463 -kanta, toksinotyyppi 0 A+B+ (ATCC 43255) laimennettiin 2 3x toteamisrajaan negatiivista ulostematriisia sisältävään puskuri ATL:ään. Mahdollisesti häiritsevät organismit laimennettiin negatiivista ulostematriisia sisältävään puskuri ATL:ään ja testattiin kohdepitoisuuden ollessa noin 1 x 10 6 CFU/ml bakteereille ja sienille tai Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 5 / 22

1 x 10 5 yksikköä/ml viruksille (tai suurin saavutettavissa oleva pitoisuus) jokaisen C. difficile - kannan kanssa. Ristiin reagointi analysoitiin laimentamalla jokainen paneelin organismi negatiivista ulostematriisia sisältävään puskuri ATL:ään kohdepitoisuuden ollessa noin 1 x 10 6 CFU/ml bakteereille ja sienille tai 1 x 10 5 yksikköä/ml viruksille ja testaamalla artus C. difficile QS-RGQ -sarjassa. Mikään mahdollisesti häiritsevistä organismeista ei reagoinut ristiin tai häirinnyt minkään C. difficile -kannan detekointia artus C. difficile QS-RGQ -sarjassa (taulukko 2). Taulukko 2. Häiriöiden ja ristiin reagoinnin osalta testattujen organismien paneeli Häiriöt Ristireaktiviteetti Detekoitu Detekoitu C. C. Testattu Lähteen difficile - difficile - organismi tunnus kohde kohde Abiotrophia defectiva ATCC* 49176 Acinetobacter baumannii Aeromonas hydrophila Alcaligenes faecalis ssp. faecalis ATCC 19606 ATCC 7966 ATCC 15554 Bacillus cereus ATCC 13472 Bacteroides fragilis ZMC 0601533 Campylobacter coli ATCC 43479 C. coli ATCC 33559 C. jejuni ssp. jejuni ATCC 33292 * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 6 / 22

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireaktiviteetti Detekoitu Detekoitu C. C. Testattu Lähteen difficile - difficile - organismi tunnus kohde kohde Candida albicans ATCC* 10231 Citrobacter freundii ATCC 8090 C. bifermentans ATCC 638 C. botulinum C. butyricum ATCC 19398 C. difficile (ei-toksigeeninen) C. difficile (ei-toksigeeninen) ATCC 43593 ATCC 43601 C. haemolyticum ATCC 9650 C. novyi ATCC 19402 C. orbiscindens ATCC 49531 C. perfringens ATCC 13124 C. scindens ATCC 35704 C. septicum ATCC 12464 C. sordellii ATCC 9714 C. sporogenes ATCC 15579 * American Type Culture Collection. : tietoa ei käytettävissä. In silico -analyysissä ei ilmennyt ennustettua ristiin reagointia tai mikrobihäiriöitä C. botulinum - bakteerin osalta. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 7 / 22

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireaktiviteetti Detekoitu Lähteen C. difficile - Detekoitu C. Testattu organismi tunnus kohde difficile -kohde Edwardsiella tarda ATCC* 15947 Enterobacter aerogenes ATCC 13048 E. cloacae ATCC 13047 Enterococcus faecalis (vanb) ATCC 51299 Escherichia coli ATCC 23511 E. coli O157:H7 ATCC 700927 Helicobacter pylori ATCC 43504D- 5 Klebsiella oxytoca ATCC 33496 Lactobacillus acidophilus Listeria monocytogenes Peptostreptococcus anaerobius Plesiomonas shigelloides Porphyromonas asaccharolytica ATCC 4356 ZMC 0801534 ATCC 27337 ATCC 14029 ATCC 25260 * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. DNA testattiin intaktien organismien sijasta loppupitoisuudessa 1 x 10 6 kopiota/ml. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 8 / 22

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireaktiviteetti Detekoitu Detekoitu C. difficile - C. difficile - Testattu organismi Lähteen tunnus kohde kohde Prevotella melaninogenica ATCC* 25845 Proteus mirabilis ATCC 25933 Providencia alcalifaciens Pseudomonas aeruginosa Salmonella choleraesuis (Typhimurium) S. enterica ssp. arizonae S. enterica ssp. enterica ATCC 9886 ATCC 35554 ATCC 14028 ATCC 13314 ATCC 7001 Serratia liquefaciens ATCC 27592 S. marcescens ATCC 13880 Shigella boydii ATCC 9207 S. dysenteriae ATCC 11835 S. sonnei ATCC 29930 Staphylococcus aureus ATCC 43300 S. epidermidis ATCC 14990 * American Type Culture Collection. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 9 / 22

Taulukko 2. Jatkoa Häiriöt Ristireaktiviteetti Detekoitu Detekoitu C. C. Testattu Lähteen difficile - difficile - organismi tunnus kohde kohde Streptococcus agalactiae Vibrio parahaemolyticus ATCC* 27541 ATCC 17802 Adenovirus Coxsackievirus Sytomegalovirus Echovirus Enterovirus Norovirus Rotavirus Ihmisen genominen DNA ZMC 0810110 CF ZMC 0810075 CF ZMC 0810003 CF ZMC 0810023 CF ZMC 0810047 CF ZMC 0810086 CF ZMC 0810041 CF Promega G3041 * American Type Culture Collection. Zeptometrix Corporation. DNA testattiin loppupitoisuudessa 1 x 10 6 kopiota/ml. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 10 / 22

Tarkkuus artus C. difficile QS-RGQ -sarjan tarkkuus arvioitiin 7-jäsenisellä paneelilla, joka koostui 2 C. difficile -kannasta: NAP-1/BI/027-kanta, toksinotyyppi III A+B+ (ATCC BAA-1870), ja 1470-kanta, toksinotyyppi VIII A-B+ (ATCC 43598). Paneelin jäsenet laimennettiin ensin TE-puskuriin ja testattiin sitten negatiivista ulostematriisia sisältävässä puskuri ATL:ssä yhdellä kannalla (NAP-1/BI/027 tai 1470) 3 pitoisuutena; positiivinen (noin 2 3x LOD), matala positiivinen (1x LOD) ja korkea negatiivinen (<1x LOD). Seitsemäs paneelin jäsen (negatiivinen) valmisteltiin käyttämällä ainoastaan TE-puskuria ja testattiin sitten myös negatiivista ulostematriisia sisältävässä puskuri ATL:ssä. Saatujen tietojen perusteella määritettiin, vakio poikkeama () ja variaatiokerroin () jokaiselle kohteelle ja sisäiselle lle. Laboratorion sisäistä toistettavuutta koskevassa tutkimuksessa 7-jäseninen paneeli testattiin kolmen replikaatissa kerran päivässä yhteensä 12 päivän ajan. 2 eri käyttäjää suoritti kokeen yhdellä laitteella (QIAsymphony RGQ) ja yhdellä artus C. difficile QS-RGQ -sarjan erällä. Taulukko 3. Yhteenveto artus C. difficile QS-RGQ -sarjan laboratorion sisäisestä toistettavuudesta tcda tcdb Kanta Paneelin jäsen NAP-1/BI/027 Positiivinen 29,78 0,49 1,64 30,84 0,47 1,52 33,58 0,64 1,91 Matala 30,07 0,55 1,82 32,19 0,99 3,08 34,92 0,68 1,94 positiivinen Korkea negatiivinen 29,99 0,72 2,41 34,21 0,91 2,66 36,18 0,23 0,64 Positiivinen 29,85 0,52 1,73 30,95 0,55 1,78 33,72 0,45 1,33 1470 Matala positiivinen 29,89 0,41 1,39 32,14 0,65 2,03 35,13 0,63 1,80 Korkea negatiivinen 29,92 0,53 1,76 34,14 0,66 1,92 36,39 0,03 0,07 Negatiivinen 30,00 0,44 1,46 * * : tietoa ei käytettävissä. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 11 / 22

Erien välisen toistettavuuden arvioinnissa käytettiin kolmea eri artus C. difficile QS-RGQ -sarjan erää. Yksi käyttäjä käsitteli kaikki kolme erää yhden kerran (yhteensä 3 käsittelykertaa) yhdellä laitteella (QIAsymphony RGQ). Jokaisen erän jokainen paneelin jäsen testattiin kuuden replikaattina (taulukko 4). Taulukko 4. Yhteenveto artus C. difficile QS-RGQ -sarjan erien välisestä toistettavuudesta tcda tcdb Kanta Paneelin jäsen Erä Positiivinen NAP-1/BI/027 1 30,07 0,56 1,86 31,13 0,37 1,20 33,74 0,58 1,72 2 30,88 0,59 1,90 31,25 0,33 1,07 34,16 0,46 1,33 3 30,62 0,35 1,13 32,04 0,53 1,64 35,10 0,74 2,11 Kokonais- 30,52 0,59 1,94 31,47 0,57 1,81 34,33 0,81 2,37 Matala positiivinen Korkea negatiivinen 1 29,81 0,36 1,21 32,12 0,22 0,69 35,97 0,21 0,59 2 30,81 0,27 0,88 32,38 0,29 0,91 34,86 0,57 1,65 3 30,89 0,38 1,24 33,23 0,26 0,78 36,05 0,55 1,52 Kokonais- 30,50 0,60 1,97 32,57 0,55 1,69 35,56 0,71 2,00 1 29,90 0,47 1,59 34,58 0,09 0,26 * 2 30,82 0,29 0,94 34,10 0,49 1,44 3 31,13 0,46 1,47 35,39 0,38 1,08 Kokonais- 30,62 0,66 2,17 34,74 0,63 1,81 1 29,95 0,38 1,28 31,12 0,52 1,68 33,90 0,52 1,54 1470 Positiivinen 2 30,83 0,36 1,17 30,96 0,52 1,67 34,21 0,78 2,28 3 31,33 0,27 0,85 32,30 0,60 1,87 35,75 0,46 1,28 Kokonais- 30,70 0,67 2,17 31,46 0,80 2,55 34,48 0,96 2,79 * : tietoa ei käytettävissä. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 12 / 22

Taulukko 4. Jatkoa tcda tcdb Kanta Paneelin jäsen 1470 Matala positiivinen Erä Korkea negatiivinen 1 30,05 0,26 0,88 32,23 0,47 1,47 35,16 0,11 0,31 2 30,78 0,34 1,11 32,60 0,44 1,35 35,64 0,55 1,55 3 30,63 0,92 2,99 33,17 0,46 1,38 * Kokonais- 30,48 0,64 2,09 32,67 0,58 1,79 35,45 0,47 1,32 1 29,70 0,45 1,50 34,51 0,10 0,28 2 31,03 0,28 0,89 34,34 0,73 2,12 3 31,23 1,21 3,87 Kokonais- 30,65 1,00 3,26 34,41 0,36 1,06 1 30,14 0,33 1,09 Negatiivinen 2 30,62 0,36 1,19 3 34,53 0,89 2,59 Kokonais- 31,77 2,10 6,61 * : tietoa ei käytettävissä. Laitteen toistettavuutta mitattiin käsittelemällä seitsenjäseninen paneeli kolmessa eri QIAsymphony RGQ -laitteessa. Yksi käyttäjä testasi paneelin jäsenet kuuden replikaatteina yhdellä artus C. difficile QS-RGQ -sarjan erällä (katso taulukko 5). Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 13 / 22

Taulukko 5. Yhteenveto artus C. difficile QS-RGQ -sarjan instrumenttien välisestä toistettavuudesta tcda tcdb Kanta Paneelin jäsen Laite 1 30,33 0,36 1,18 31,70 0,36 1,14 35,48 0,27 0,76 Positiivinen 2 29,89 0,33 1,10 31,07 0,67 2,15 33,54 0,84 2,50 3 30,34 0,40 1,33 31,16 0,38 1,21 33,64 0,84 2,49 Kokonais- 30,19 0,41 1,35 31,31 0,54 1,72 34,22 1,13 3,31 NAP-1/BI/027 Matala positiivinen 1 30,33 0,31 1,03 32,97 0,35 1,05 35,62 0,28 0,79 2 29,83 0,43 1,45 31,66 0,31 0,97 35,07 0,92 2,64 3 30,50 0,96 3,16 32,61 0,52 1,60 35,05 0,67 1,90 Kokonais- 30,22 0,67 2,20 32,41 0,68 2,10 35,14 0,74 2,11 1 30,59 0,45 1,47 35,79 0,28 0,79 * Korkea negatiivinen 2 30,02 0,27 0,90 34,05 1,02 3,00 35,84 3 30,30 0,37 1,21 33,20 Kokonais- 30,30 0,42 1,40 34,49 1,25 3,62 35,84 1 30,47 0,22 0,72 32,13 0,59 1,84 34,69 0,46 1,31 1470 Positiivinen 2 29,41 0,37 1,25 30,38 0,40 1,33 33,73 0,95 2,82 3 30,27 0,32 1,07 31,61 0,37 1,17 34,14 0,62 1,83 Kokonais- 30,05 0,55 1,85 31,38 0,87 2,78 34,19 0,78 2,27 * : tietoa ei käytettävissä. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 14 / 22

Taulukko 5. Jatkoa tcda tcdb 1470 Matala positiivinen Kanta Korkea negatiivinen Paneelin jäsen Laite 1 30,78 0,39 1,27 33,34 0,32 0,97 35,34 0,28 0,79 2 29,58 0,31 1,04 31,88 0,96 3,01 34,72 0,41 1,17 3 30,06 0,53 1,78 32,22 0,62 1,91 35,39 0,40 1,14 Kokonais- 30,14 0,64 2,14 32,48 0,91 2,80 35,11 0,48 1,37 1 30,55 0,27 0,87 35,82 0,25 0,71 * 2 29,40 0,21 0,71 33,51 0,95 2,83 35,67 3 30,41 0,34 1,11 35,44 0,73 2,07 Kokonais- 30,12 0,59 1,95 35,01 1,20 3,43 35,67 1 30,45 0,32 1,06 Negatiivinen 2 29,71 0,28 0,95 3 30,59 0,39 1,28 Kokonais- 30,25 0,51 1,68 * : tietoa ei käytettävissä. Tutkimuspaikkojen välistä toistettavuutta mitattiin siten, että 2 käyttäjää käsitteli 7-jäsenisen paneelin kaikissa 3 tutkimuspaikassa (IMDx ja 2 ulkoista tutkimuspaikkaa). Kumpikin käyttäjä käsitteli paneelin 5 kertaa eri testauspäivinä. Paneelin jäsenet testattiin 3 replikaatteina, jotka satunnaistettiin ja sokkoutettiin käyttäjälle. Tutkimukseen käytettiin yhtä QIAsymphony RGQ -laitetta ja yhtä artus C. difficile QS-RGQ -sarjan erää jokaisessa tutkimuspaikassa (taulukko 6). Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 15 / 22

Taulukko 6. Yhteenveto artus C. difficile QS-RGQ -sarjan tutkimuspaikkojen välisestä toistettavuudesta tcda tcdb Kanta Paneelin jäsen Paikka 1 30,61 0,42 1,38 31,85 0,73 2,30 34,32 0,69 2,02 Positiivinen 2 30,58 0,51 1,65 32,16 0,80 2,50 34,43 0,71 2,05 3 30,55 0,32 1,05 31,97 0,85 2,65 34,87 0,78 2,25 Kokonais- 30,58 0,42 1,37 32,00 0,80 2,49 34,53 0,76 2,19 NAP-1/BI/027 Matala positiivinen Korkea negatiivinen 1 30,63 0,40 1,30 33,38 0,71 2,14 35,58 0,55 1,55 2 30,73 0,60 1,94 33,27 0,81 2,45 35,01 0,53 1,52 3 30,86 0,62 2,00 33,07 0,84 2,53 35,45 0,69 1,96 Kokonais- 30,74 0,55 1,78 33,24 0,79 2,38 35,36 0,62 1,76 1 30,71 0,35 1,15 34,21 0,54 1,58 35,88 * 2 30,59 0,33 1,09 34,21 0,29 0,86 35,92 3 30,64 0,47 1,53 34,17 0,57 1,68 Kokonais- 30,65 0,39 1,27 34,19 0,45 1,32 35,91 0,16 0,43 1 30,67 0,49 1,58 32,22 0,86 2,67 34,74 0,61 1,76 1470 Positiivinen 2 30,69 0,41 1,32 31,74 0,95 2,99 34,66 0,74 2,14 3 30,86 0,33 1,06 31,81 0,78 2,45 34,95 0,70 2,01 Kokonais- 30,74 0,42 1,35 31,92 0,88 2,77 34,78 0,69 1,99 * : tietoa ei käytettävissä. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 16 / 22

Taulukko 6. Jatkoa tcda tcdb Kanta Paneelin jäsen Paikka Matala positiivinen 1 30,74 0,42 1,37 33,17 0,94 2,83 35,61 0,49 1,38 2 30,51 0,42 1,38 33,06 0,89 2,70 35,62 0,60 1,70 3 30,70 0,33 1,08 33,41 1,08 3,22 35,77 0,46 1,29 Kokonais- 30,65 0,40 1,31 33,20 0,96 2,90 35,65 0,53 1,48 1470 Korkea negatiivinen 1 30,76 0,46 1,50 34,64 0,14 0,40 36,41 2 30,55 0,45 1,46 34,15 0,28 0,83 35,82 3 30,44 0,42 1,38 34,63 0,27 0,77 * Kokonais- 30,58 0,46 1,49 34,49 0,31 0,91 36,12 0,42 1,16 1 30,68 0,37 1,20 Negatiivinen 2 30,66 0,47 1,55 3 30,67 0,42 1,37 33,58 Kokonais- 30,67 0,42 1,36 33,58 * : tietoa ei käytettävissä. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 17 / 22

Siirtyminen Näytteiden välisen siirtymisen (ristikontaminaatio) mahdollisuus suljettiin pois koko työnkulussa osoittamalla, että kaikki korkean positiiviset ja negatiiviset näytteet detekoitiin oikein kaikissa vaihtoehtoisissa paikoissa. Keinotekoiset positiiviset ja negatiiviset näytteet valmisteltiin negatiivista ulostematriisia sisältävässä puskuri ATL:ssä. Korkean positiiviset näytteet muodostettiin pitoisuudella 4,7 10 6 CFU/ml, joka oli korkeampi kuin 95 %:ssa käyttökohderyhmän sairastuneiden potilaiden näytteistä löytyneiden organismien pitoisuus. Näytteet käsiteltiin koko artus C. difficile QS-RGQ - työnkululla. Kaikkien näytteiden detekointi tapahtui oikein. Häiritsevät aineet Potilasnäytteiden mahdollisesti sisältämistä 23 aineesta koostuva paneeli testattiin tarkoituksena määrittää, häiritsevätkö nämä aineet artus C. difficile QS-RGQ -sarjan toimintaa. Kolme toksigeenistä C. difficile -kantaa: NAP-1/BI/027-kanta, toksinotyyppi III A+B+ (ATCC BAA-1870); 1470-kanta, toksinotyyppi VIII A-B+ (ATCC 43598), ja VPI 10463 -kanta, toksinotyyppi 0 A+B+ (ATCC 43255) laimennettiin noin 2 3x toteamisrajaan negatiivista ulostematriisia sisältävään puskuri ATL:ään. Jokaiseen organismiin lisättiin jokaista mahdollisesti estävää ainetta, ja ne testattiin triplikaatteina artus C. difficile QS-RGQ -sarjalla. Näytteet ja merkit esitetään taulukossa 7. Millään aineella ei havaittu olevan estävää vaikutusta C. difficile -bakteerin detekointiin artus C. difficile QS-RGQ -sarjassa. Taulukko 7. Mahdollisten häiriöiden osalta testatut aineet Aine Mahdollinen häiritsevä aine Testattu pitoisuus* Aleve Naprokseeninatrium 14 mg/ml Bariumsulfaatti Bariumsulfaatti 5 mg/ml Kondomit Nonoksinoli-9 7 % ExLax Sennosidit 0,1 mg/ml Gaviscon Alumiinihydroksidi ja magnesiumkarbonaatti 0,1 mg/ml Peräpukamageeni Fenyyliefriinihydrokloridi 2 % w/v * Ilmaisee aineen fysiologisesti olennaisen pitoisuuden. Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 18 / 22

Taulukko 7. Jatkoa Aine Mahdollinen häiritsevä aine Testattu pitoisuus* Imodium Loperamidi-HCl 0,00667 mg/ml Metronidatsoli Metronidatsoli 14 mg/ml Mikonatsolinitraattivoide Mikonatsolinitraatti 2 % w/v Mineraaliöljy Mineraaliöljy 2 % v/v Useimmat kosteuspyyhkeet Bentsalkoniumkloridi 0,12% w/v Lima Musiini 3 mg/ml Palmitiinihappo Palmitiinihappo 2 mg/ml Pepto Bismol Vismuttisubsalisylaatti 0,87 mg/ml Preparation H Hydrokortisoni 2 % w/v Prilosec vapautuminen) (viiveellinen Omepratsolimagnesium 0,5 mg/ml Steariinihappo Steariinihappo 4 mg/ml Tagamet ` Simetidiini 0,5 mg/ml Tums Kalsiumkarbonaatti 0,5 mg/ml Vankomysiini-HCl Vankomysiini 12,5 mg/ml Vaseline Vaseliini 100 % Kokoveri Glukoosi, hormonit, entsyylit, rauta jne. 5 % v/v Sinkkioksidi Sinkkioksidi 40 % w/v * Ilmaisee aineen fysiologisesti olennaisen pitoisuuden. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 19 / 22

Diagnostisen suorituksen arviointi artus C. difficile QS-RGQ -sarjan suorituskyky arvioitiin 3 ulkoisessa tutkimuspaikassa C. difficile - potilasnäytteillä, jotka olivat peräisin Yhdysvalloista 5 maantieteellisesti eri paikasta vuonna 2013. Arviointiin käytettiin yhteensä 699 nestemäistä tai löysää ulostenäytettä. artus C. difficile QS-RGQ - sarjalla saatuja tuloksia verrattiin suorasta viljelystä saatuihin tuloksiin. Kliinisiä näytteitä pidettiin positiivisina, jos tcda:n arvo oli 38,3 ja tcdb:n vastaava arvo 36,5. Testatuilla kliinisillä näytteillä artus C. difficile QS-RGQ -sarjan diagnostinen kokonaisherkkyys oli 99 % (positiivinen ennustearvo 80 %) ja spesifisyys 97 % (negatiivinen ennustearvo 100 %) C. difficile -bakteerille suoraan viljelyyn verrattuna (taulukot 8 ja 9). Taulukko 8. C. difficile -bakteerin kliinistä yhtäpitävyyttä koskevan tutkimuksen tulokset Suora viljely + Yhteensä artus C. difficile QS-RGQ -sarja + 84 21* 105 1 593 594 Yhteensä 85 614 699 * 19 raportoitua diskordanttia näytettä (artus C. difficile QS-RGQ -testi positiivinen, suora viljely negatiivinen) analysoitiin vaihtoehtoisella PCR:llä ja sen jälkeen kaksisuuntaisella sekventoinnilla. Tämä osoitti, että 19 näytteestä 14 näytettä oli positiivisia toksigeeniselle C. difficile -bakteerille. Tulos on yhtäpitävä artus C. difficile QS-RGQ -sarjan tuloksen kanssa. 2 jäljelle jäänyttä diskordanttia näytettä eivät olleet käytettävissä testaukseen. Yksi diskordantti näyte (artus C. difficile QS-RGQ -testi negatiivinen, suora viljely positiivinen) ei ollut käytettävissä testaukseen. Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 20 / 22

Taulukko 9. C. difficile -bakteerin kliinistä yhtäpitävyyttä koskevan tutkimuksen tulokset 95 % CI Herkkyys 99 % 94 100 % Tarkkuus 97 % 95 98 % Positiivinen ennustearvo 80 % 71 87 % Negatiivinen ennustearvo 100 % 99 100 % Esiintyminen (%) 12 % 10 15 % Yhtäpitävyys 97 % Suorituksen ominaispiirteet: artus C. difficile QS-RGQ -sarja Sivu 21 / 22

Katso päivitetyt lisenssitiedot ja tuotekohtaiset vastuuvapauslausekkeet vastaavan QIAGEN-sarjan käsikirjasta tai käyttöoppaasta. QIAGEN-sarjojen käsikirjat ja käyttöoppaat ovat saatavina osoitteessa www.qiagen.com tai ne voi tilata QIAGENin teknisestä palvelupisteestä tai paikalliselta jälleenmyyjältä. Tavaramerkit: QIAGEN, QIAsymphony, artus, Rotor-Gene (QIAGEN Group); Aleve (Bayer HealthCare LLC); ATCC (American Type Culture Collection Corporation); ExLax (Sandoz Pharmaceuticals Corporation); Gaviscon (Aventis Holdings Inc); Imodium (Johnson & Johnson Corporation); Preparation H (American Home Products Corporation); Prilosec (AstraZeneca AB Corporation); Tagamet, Tums (SmithKline Beecham Pharmaceuticals Co.); Vaseline (Unilever Supply Chain, Inc.). Tässä asiakirjassa mainittuja rekisteröityjä nimiä, tavaramerkkejä jne. on pidettävä lain suojaamina, vaikkei niitä olisi erityisesti sellaisiksi merkitty. Jou-13 2013 QIAGEN, kaikki oikeudet pidätetään. www.qiagen.com Tanska 80-885945 Italia 800-787980 Singapore 1800-742-4368 Australia 1-800-243-800 Suomi 0800-914416 Japani 03-6890-7300 Espanja 91-630-7050 Itävalta 0800-281011 Ranska 01-60-920-930 Etelä-Korea 080-000-7145 Ruotsi 020-790282 Belgia 0800-79612 Saksa 02103-29-12000 Luxemburg 8002 2076 Sveitsi 055-254-22-11 Brasilia 0800-557779 Hongkong 800 933 965 Meksiko 01-800-7742-436 Taiwan 0800-665-957 Kanada 800-572-9613 Intia 1-800-102-4114 Alankomaat 0800 0229592 UK 0808-234-3665 Kiina 800-988-0325 Irlanti 1800 555 049 Norja 800-18859 USA 800-426-8157 Sample & Assay Technologies