Laskuharjoitus 2 vastauksia ja selityksiä
|
|
- Maija-Leena Salo
- 10 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 Laskuharjoitus vastauksia ja selityksiä Selitykset ovat usein jonkin verran laajempia kuin vastaukseen edellytetyt, jotta asia selviäisi niillekin, jotka eivät sitä aluksi olleet keksineet. Tehtävä : Proteiinien ja hiilihydraattien perusasioita 0 8 p. A. Primäärirakenteesta ja muusta a) Kuinka monta erilaista 00 aminohapon polypeptidiketjua voidaan rakentaa 0 erilaisesta aminohaposta? Millaiset translaation jälkeiset modifikaatiot lisäävät entisestään mahdollisten erilaisten muotojen määrää? Koska peptidiketjulla on suunta eli aminohappo ei voi esiintyä ketjussa kumpaan suuntaan hyvänsä, on mahdollisuuksia 0 00, b) Jos geenissä on viisi eksonia, joista kukin koodaa n. 00 aminohapon kokoista domeenia, niin mitä mahdollisuuksia tuottaa geenistä erilaisia proteiineja edellisen kohdan vaihtelun lisäksi? Lisävaihtelua tuottaa se, että eksoneista vain osa voidaan lukea proteiiniksi. Proteiinia koodaava mrna voi siis olla yhdistelmä eri eksoneista ja näin ollen proteiinia voi sisältää eri domeeneja. c) Hiilihydraattikoodissa lisävariaatiota tuo mahdollisuus muodostaa erilaisia sidoksia eri monosakkaridien välillä ja näin ollen mahdollisuus tehdä haarautuneita ketjuja. Lasketaan yksinkertaistettu havainnollistava lasku. Ajattele, että sinulla on käytössäsi viittä erilaista molekyylejä, jotka voivat sitoutua toisiinsa neljän molekyylin molekyylin pituiseksi lineaariseksi ketjuksi, joka on toisesta päästään kiinnittynyt johonkin partikkeliin ja jossa molekyyleillä on suunta muodostaa sidoksia kolmella avaruudellisesti erilaisella ryhmällä (sidokset -, -, -, -, -, -, -, - ja - mahdollisia kahden molekyylin välillä) ja muodostaa näin ollen paitsi lineaarisia myös haaroittuneita ketjuja, jotka ovat samaten neljän molekyylin mittaisia ja yhdestä päästään kiinni jossakin partikkelissa. Kuinka monta erilaista lineaarista ketjua voit muodostaa tilanteissa ja? Kuinka monta ketjua voit kaikkiaan muodostaa tilanteessa, kun otat haaroittuneetkin huomioon? Hahmottele pieni joukko samasta monomeeristä rakentuvia, partikkeliin kiinnittyviä, mahdollisia ketjuja tilanteessa. Tilanne on samanlainen kuin olisi tapaus, jossa on vain viisi erilaista aminohappoa. Mahdollisuuksia on siis 5 4 =65. Tilanteessa on lineaarisia eli haarattomia ketjuja olemassa suurempi määrä. Ensimmäiseen alustaan sidottuun voi seuraava sitoutua kahdella eri tavalla. Samoin sitä seuraavaan jne.
2 Näin ollen on eri muotoisia haarautumattomia ketjuja **=8. Lisäksi jokainen palikka voi olla kolmessa eri asennossa ja palikoita on viittä erilaista, joten yhteensä mahdollisuuksia on 8* 4 *5 4 = Kun otetaan lisäksi huomioon haarautuneet, vaihtoehtojen määrä kasvaa entisestään. Yllä olevasta kuvasta nähdään, että kahdeksan eri muotoisen lineaarisen ketjun lisäksi on kaksi sellaista eri muotoista haarautunutta ketjua, joissa kaikki lähtevät ensimmäisestä palikasta joko vasemmalle tai oikealle eli sellaista, joissa alustaan kiinnittyneeseen palikkaan on kiinnittynyt suoraan vain yksi palikka. Lisäksi nähdään, että on sekä vasemmalle että oikealle kiinnityttäessä kaksi eri muotoista ketjua (sininen vaihtoehto ja punainen vaihtoehto) eli yhteensä neljä vaihtoehtoa, jos ensimmäiseen palikkaan kiinnittyy suoraan kaksi palikkaa. Näin ollen eri muotoisia ketjuja on yhteensä 8++4=4. Samoin kuin edellä saadaan erilaisten ketjujen kokonaismääräksi 4* 4 *5 4 = d) Minkä sokereiden biologisen tehtävän kannalta c-kohdassa havainnollistettu seikka on mitä ilmeisimmin hyödyllinen? Sokerit toimivat monissa kudoksissa ja solujen välisissä vuorovaikutuksissa tunnistesignaaleina. Toisessa tunnistuksen osapuolessa on tunnisteproteiinissa tiettyä sokeria sitova lektiinin kaltainen domeeni. Toisella osapuolella taas on sokeriryhmä. On tietenkin edullista, että ainakin toisia tunnistesignaaleja voidaan tehdä suuri määrä erilaisia pienestä määrästä erilaisia monomeerejä ja käyttämättä suurta määrää monomeerejä. B. Sekundääri- ja tertiäärirakenteesta a) Karboksipeptidaasi on n. 00 aminohappotähteen proteiini, joka on suunnilleen pallomainen (säde 5 Å). Miten monta aminohappoa voisi enintään olla pisimmässä mahdollisessa α-heeliksissä eli α- kierteessä? Entä β-laskoksessa? α-heeliksissä toistojakso,6 aminohappoa per kierros ja kierroksen pituus on 5,4 Å (eli 540 pm). Näin ollen on noustu matka,5 Å/aminohappo. 50 Å:n eli halkaisijan matkalle mahtuu siis enintään a aminohappoa, a,5 Å < 50 Å, a < 500/5,. a=. Pitkin proteiinin halkaisijaa kulkevaan α- heeliksiin mahtuisi siis aminohappoa. (Proteiinin pinnalle vähemmän, sillä α-heeliksi ei ole kovin taipuisa.) β-laskoksessa harjanteiden (/\/\/\) välinen etäisyys on kaksi aminohappoa ja n. 7 Å, joten aminohappojen välinen etäisyys on n.,5 Å ja siis suoraan β-laskokseen mahtuisi enintään b aminohappoa, b,5 Å < 50 Å, b < 500/5 4,, joten b=4. β-laskos voisi toki kiertyä ja kaartua jonkin verran ja jos laskisi β-käännökset osaksi β-laskosta, niin silloin vaikka koko proteiini voisi muodostua β-laskoksesta ja β-käännöksistä. b) Pienille laskostuneille proteiineille liuottimen kanssa kosketuksissa oleva pinta (solvent accessible surface area, joka kuvaa sitä, miten suuri on se pinta-ala, jolle (yleensä) vesimolekyyli voisi tunkeutua) on likimain suoraan verrannollinen tekijään M / ja laskostumattomille proteiineille puolestaan likimain suoraan verrannollinen tekijään M. M on kummassakin proteiinin massa. Selitä, mistä ero johtuu ja mitä se kertoo pienten proteiinien laskostumisesta.
3 Aminohappojen lukumäärä on likimain verrannollinen massaan. Siis laskostumattoman proteiinin jokseenkin avonaiselle ja satunnaiselle aminohappoketjulle on pinta-ala likimain yhden aminohapon pinta-ala kertaa aminohappojen lukumäärä. Koska aminohappjen lukumäärä N M ja koska A ketju =A ah N, on A M. Siispä laskostumaton ketju on avonainen. Jollekin säännöllisen muotoiselle kappaleelle puolestaan V k, A k ja L k, missä V on tilavuus, A pinta-ala, L yksiulotteinen etäisyys (esim. pituus, halkaisija tms.) ja k on mittakaava. Aminohappojen yhteistilavuus on suoraan verrannollinen massaan. Jos aminohapot ovat tiiviisti pakkautuneet proteiiniksi, on aminohappojen yhteistilavuus V ah V prot. Toisaalta jos pakkautumisen väliin jäävien tilojen määrä on suoraan verrannollinen tilavuuteen, on edelleen V prot V ah. Tällöin V prot M. Tällaiselle kappaleelle A V / M /. Koska liuottimelle altis pinta-ala kasvaisi, jos raot olisivat suuria, niin voidaan siis päätellä, että pienet proteiinit pakkautuvat likimain samanmuotoisiksi (jolloin likimain pallomainen rakenne vaikuttaa loogiselta) ja tiiviisti. c) Ns. Ramachandran plot tai Sasisekhran Ramakrishnan Ramachandran plot kuvaa peptidirungon sidosten sallittuja kulmia ja kulmia, joilla tietyt sekundäärirakenteet ovat mahdollisia. Tällainen kuvaaja voidaan piirtää myös eri aminohappotähteille erikseen (esimerkiksi laskemalla tietokonemallien avulla sallitut kulmat, joilla steeriset vuorovaikutukset eri asennoissa eivät ole liian epäedullisia). Miten tällaisissa kuvaajissa sallittujen kulmaparien osuus kaikista mahdollisista eroaisi alaniinin, valiinin ja glysiinin muodostamille ketjuille, kun niitä tarkastellaan suhteessa toisiinsa? Kaikilla aminohapoilla lukuun ottamatta proliiinia (joka oikeastaan onkin iminohappo) on samanlainen runko, joten erot johtuvat sivuketjuista. Valiinin sivuketju on -CH(-CH ), alaniinin -CH ja glysiinin vain -H. Valiinin suurin sivuketju rajoittaa eniten sallittujen kulmaparien määrää, glysiinille taasen sallittujen kulmaparien määrä on suurin, koska sen sivuketju on mitättömän pieni eli pelkkä vety. Alaniini sijoittuu näiden väliin. Tehtävä : Sekvenssistä kolmiulotteiseksi proteiiniksi tryptofaanisyntaasi 0 0 p. A. 40 vuotta sitten C. Yanofsky ym. tutkivat 960-luvulla aminohappovaihdosten vaikutusta entsyymiaktiviteettiin. Koesarjassa tutkittiin mutaatioiden vaikutusta E. coli -bakteerin tryptofaanisyntaasi-entsyymiin (Science 46:59 (964)). Sittemmin mutaatioiden vaikutuksiin perustava lähestymistapa on tullut yhdeksi keskeisimmistä solu- ja molekyylibiologian menetelmistä. Aminohappo sekvenssin kohdassa A vaihtui mutanteissa toiseksi aminohapoksi mm. seuraavasti: entsyymi aminohappo kohdassa A aktiivisuus wild type Gly täysi mutantti Glu puuttuu mutantti Arg puuttuu mutantti Ser täysi mutantti 4 Ala täysi mutantti 5 Val osittainen (wild type = luonnossa (pääasiallisesti) esiintyvä muoto) Tutkimuksen edetessä todettiin että muntanttientsyymeissä esiintyy aminohappovaihdoksia kohdan A lisäksi myös toisessa kohdassa. entsyymi aminohappo A aminohappo B aktiivisuus wild type Gly Tyr täysi mutantti Glu Tyr puuttuu mutantti 6 Glu Cys osittainen mutantti 7 Gly Cys puuttuu
4 Aikakauden tekniikalla pystyttiin selvittämään aminohappojen A ja B sijaitsevan peptidiketjussa 6 aminohapon päässä toisistaan. Riittävällä varmuudella voitiin osoittaa että muita aminohappovaihdoksia ei ole tapahtunut. Entsyymin koko aminohappojärjestys saatiin kuitenkin selville vasta joitakin vuosia myöhemmin. Muodosta tulosten perusteella hypoteesi aminohappojen A ja B merkityksestä entsyymin toiminnassa. Selitä mutantin 6 aktiivisuus mallisi perusteella. Vinkki: hae oppikirjasta esiin aminohappojen rakenteet. Oheiseen taulukkoon piirretty aminohappojen sivuketjut H glysiini tyrosiini WILD TYPE täysi aktiivisuus C O glutamaatti tyrosiini MUTANTTI ei aktiivisuutta
5 NH C NH NH arginiini tyrosiini MUTANTTI ei aktiivisuutta seriini tyrosiini MUTANTTI täysi aktiivisuus CH alaniini tyrosiini MUTANTTI 4 täysi aktiivisuus
6 CH CH CH valiini tyrosiini MUTANTTI 5 osittainen aktiivisuus C O SH glutamaatti kysteiini MUTANTTI 6 osittainen aktiivisuus H glysiini SH kysteiini MUTANTTI 7 ei aktiivisuutta Oheisesta taulukosta helposti nähdään, ettei sivuketjujen polaarisuus, vetysitoutuminen tai varaus vaikuta,esim. glysiinin substituutio sekä alaniiniksi että seriiniksi säilyttää aktiivisuuden ja toisaalta glysiinin substituutio suuriksi aminohapoiksi kuten positiivisesti varatuksi arginiiniksi, negatiivisesti varatuksi glutamaatiksi tai neutraaliksi valiiniksi heikentää aktiivisuutta. Tämän vahvistaa se, että paikan B aminohapon muuttuminen tyrosiinista pienimmäksi kysteiiniksi palauttaa osin aktiivisuutta mutantissa 6. Jos molemmat aminohapot ovat pieniä (mutantti 7), niin aktiivisuus menetetään. Mutanttien perusteella looginen hypoteesi on, että aminohapot A ja B sijaitsevat entsyymin aktiivisessa kohdassa ja että niiden yhteensä viemä tila on tärkein aktiivisuuteen vaikuttava tekijä, ts. jos molemmat ovat suuria, substraatti ei mahdu sitoutumaan ja jos molemmat ovat pieniä, on sitoutumistasku liian väljä, jotta substraatti orientoituisi oikein.
7 B. Uudet tuulet Ylläolevat tulokset pystyttiin todellisuudessa selittämään vasta vuosikymmeniä myöhemmin kun entsyymin kolmiulotteinen rakenne ratkaistiin. Tutki esim. Rasmol-ohjelmalla tryptofaanisyntaasin kiderakennetta. Aminohapot A ja B ovat ovat kyseisissä rakenteissa tyr75 ja gly. Tiedostossa BKS.PDB on wild-type entsyymin kiderakenne. Entsyymi on myös kiteytetty substraattianalogi indolipropanolifosfaatin (IPL) kanssa (tiedosto QOP.PDB). Tässä rakenteessa IPL molekyyli on sitoututuneena tryptofaanisyntaasin alfaketjun aktiiviseen kohtaan. Miten kiderakenteet muuttavat 960-luvulla tekemääsi hypoteesia? Ladataan Rasmol-ohjelmaan kiderakenne Protein Data Bankista ( Valitaan esim. =>display=>ribbons. Kirjoitetaan komentoriville "select IPL" (enter) "spacefill" (enter) "colour orange" (enter), jolloin saadaan aktiivisessa kohdassa oleva substraattianalogi osoittamaan aktiivisen kohdan paikkaa: Valitaan nyt Gly ja Tyr75, jotta näemme, miten ne sijaitsevat suhteessa aktiiviseen kohtaan. Kirjoitetaan komentoriville "select Gly" (enter) "spacefill" (enter) "colour blue" (enter) "select Tyr75" (enter) "spacefill" (enter) "colour red" (enter). Nyt näemme, miten aminohapot A ja B sijaitsevat suhteessa aktiiviseen kohtaan. Aminohappo A eli tässä tapauksessa glysiini näkyy kuvassa sinisenä ja aminohappo B eli tyrosiini 75 punaisena. Substraatin sitoutumispaikkaa osoittava substraattianalogi näkyy kuvassa oranssina. Kuvan perusteella voidaan päätellä, että alkuperäinen hypoteesi on mitä todennäköisimmin oikea, sillä molemmat aminohapot ovat aktiivisessa kohdassa ja vieläpä aivan vierekkäin samalla puolella substraatin sitoutumispaikkaa ja lähikontaktissa substraattiin.....
8 ... C. Ovatko kaikki bakteerit samaa maata? Kiderakenteet ovat Salmonella typhimurium -bakteerin entsyymistä. Escherichia colin entsyymiä ei ole onnistuttu kiteyttämään eikä näin ollen tarkkaa tietoa kolmiulotteisesta rakenteesta ole. Tee tietokantoja käyttämällä sekvenssihaku ja tutki kuinka homologisia näiden kahden bakteerin tryptofaanisyntaasit ovat. Kuinka hyvin tämä homologia kuvaa kolmiulotteisen rakenteen samankaltaisuutta? Menemällä sivulle ja valitsemalla Swiss-Prot/TrEMBL-haku voidaan hakea Salmonella typhimuriumin tryptofaanisyntaasin α-ketjun sekvenssi. Valitaan oikeasta yläkulmasta Blastp-ajo. Ohjelma hakee lähisukuisia sekvenssejä ja vertailee niitä. Saadaan 78 %:n identiteetti E. colin sekvenssin kanssa, joka löytyy listalta. Painamalla kyseisestö ikkunasta align-linkkiä päästään sivulle, joka antaa seuraavat tulokset: CLUSTAL FORMAT for T-COFFEE Version_.7, CPU=0. sec, SCORE=870, Nseq=, Len=68 sp P0099 TRPA_SALTY MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLAD sp P0098 TRPA_ECOLI MERYESLFAQLKERKEGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIEAGADALELGIPFSDPLAD *****.*****::*:**************************:*********:******** sp P0099 TRPA_SALTY GPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQ sp P0098 TRPA_ECOLI GPTIQNATLRAFAAGVTPAQCFEMLALIRQKHPTIPIGLLMYANLVFNKGIDEFYAQCEK *******.*********************:******************:*** ***:**: sp P0099 TRPA_SALTY VGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRS sp P0098 TRPA_ECOLI VGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNVAPIFICPPNADDDLLRQIASYGRGYTYLLSRA ***************************:*****************:*************: sp P0099 TRPA_SALTY GVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKI sp P0098 TRPA_ECOLI GVTGAENRAALPLNHLVAKLKEYNAAPPLQGFGISAPDQVKAAIDAGAAGAISGSAIVKI ********.****:**: *****:***.*******:*:**.**: ***************
9 sp P0099 TRPA_SALTY IEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA sp P0098 TRPA_ECOLI IEQHINEPEKMLAALKVFVQPMKAATRS **:::.*::*** *: **..****:*: Nähdään, että sekvenssit ovat enimmäkseen samat, joten on syytä olettaa, että kolmiulotteiset rakenteet todennäköisesti vastaavat melko hyvin toisiaan. Huomautettakoon, että lisäksi tiedetään, että E. colin ja S. typhimuriumin entsyymin eri alayksiköt muodostavat keskenään toimivia kokonaisuuksia. Näin ollen vaikuttaa luultavalta, että rakenteellinen vastaavuus on ainakin meidän tehtävämme kannalta tarpeeksi hyvä. Tehtävä : Periferaalinen membraaniproteiini sytokromi c (cytochrome c) 0 8 p. Sytokromi c:n sekvenssiä voidaan käyttää lajien sukulaisuussuhteiden määrittämiseen (esim. Lehningeristä löydät kuvan), koska se on evolutiivisesti hyvin vanha proteiineja ja monissa sen sekvenssin aminohapoissa esiintyy vain vähän muuntelua eli ne ovat konservoituneita (conserved). Yleensä tällaisten aminohappojen ajatellaan olevan erityisen tärkeitä proteiinin rakenteen ja funktion kannalta. Sekvenssivertailuohjelmilla (esim. ClustalW) voidaan nähdä, miten ne sijoittuvat sekvenssissä. Havainnollisempaa on kuitenkin nähdä, miten ne sijoittuvat proteiiniin. Tämä onnistuu ConSurfin avulla, joka tarvitsee tunnetun proteiinirakenteen ja sen jälkeen itse tekee PSI-BLAST haun, jossa se etsii tunnetuista sekvensseistä 50 samankaltaisinta ja jonka perusteella se sitten puolestaan värittää tunnetun rakenteen aminohappotähteet sen mukaan, miten konservoituneita ne ovat. Käytä ConSurfissa ( tunnettua rakennetta, jonka PDB-koodi on HRC. (Huom! Varmista, että koneella on Chime asennettuna, sillä tuloksien tarkasteluun käytettävä Protein Explorer tarvitsee sen toimiakseen. Ellei ole, sen saa imuroitua ilmaiseksi osoitteesta joskin rekisteröitymistä edellytetään.) Tuloksia tarkastellessasi kokeile myös toista katsontatapaa (hiiren oikea näppäin, Select Protein; hiiren oikea näppäin, Display Ribbons). Tämä katsontatapa helpottaa merkittävästi b- ja c-kohtia. a) Tälle proteiinille löydät pikaisestikin oppikirjaa selaamalla ja toisaalta PubMed-haun ( avulla kaksi toisistaan poikkeavaa biologista toimintoa. Mitkä ne ovat? Mikä prosteettinen ryhmä proteiinin keskellä on? Sytokromi c toimii toisaalta elektroninsiirtäjänä elektroninsiirtoketju(i)ssa ja toisaalta toimii apoptoosin eli ohjelmoidun solukuoleman signaaliketjussa ja aktivoi ohjelmoidun solukuoleman prosesseja vapautuessaan mitokondrioista. Prosteettinen ryhmä proteiinin keskellä on hemi, joka koostuu porfyriinistä ja siihen koordinoidusta rautaionista. b) Miten konservoituneet ja muuttuvat aminohapot sijoittuvat proteiinin rakenteeseen? Liitä esim. kuva ja lyhyt sanallinen selostus tai pelkästään jälkimmäinen, jos kuvan liittämisessä ongelmia.
10
11 Katsomalla kuvia havaitaan, että suuri osa konservoituneista aminohapoista keskittyy prosteettisen ryhmän ympärillä ja toisaalta kyljelle, joka on lähellä prosteettista ryhmää. Vaikuttaa siis ilmeiseltä, että ne osallistuvat toiminnan kannalta keskeisiin prosesseihin, joihin vaaditaan prosteettista ryhmää ja toisaalta sen vuorovaikutusta ympäristön kanssa. c) Rakenteessa näkyy hajanaisesti konservoituneita aminohappoja muuallakin. Valitse hiiren oikealla näppäimellä Select Residue GLY. Valitse jälleen hiiren oikealla näppäimellä esim. Display Ball and stick ja kokeile myös Display Spacefill van der Waals radii. Millaisissa rakenteen kohdissa glysiinit näyttäisivät pääosin esiintyvän? Mikä voisi olla syynä siihen, että juuri glysiinit esiintyvät tällaisissa paikoissa? Oheisessa kuvassa glysiinit valittu ja asetettu ohjelma näyttämään ne spacifill-asetuksilla, jotta ne erottuvat muusta proteiinista. Havaitaan, että suuri osa glysiineistä sijaitsee äkillisissä käännöksissä. Syynä esiintymiseen tällaisissa paikoissa voisi olla se, että glysiinin sivuketju on pieni ja se pystyy esiintymään monissa eri kulmissa ilman sivuketjun aiheuttamia steerisiä esteitä (katso tehtävää ).
12 Tehtävä 4: Integraalinen membraaniproteiini akvaporiini (aquaporin, aquaporin-chip) 0 0 p. Tänä vuonna toinen kemian alan Nobel-palkinnon saajista eli Peter Agre sai palkintonsa akvaporiinien löytämisestä. Ainakin Ruotsin Kuninkaallinen Tiedeakatemia siis ilmeisesti piti moista oivana tekona, joten tutustukaamme siihen, mistä oikein on kysymys. A) Akvaporiinien toiminnasta a) Selitä lyhyesti, mitä akvaporiinit tekevät (nimestäkin sen jo arvaa). Akvaporiinit ovat kanavia, jotka päästävät selektiivisesti (lähinnä) vettä lävitseen. b) Selitä lyhyesti, mikä määrää (netto)kulkusuunnan akvaporiinimolekyylin läpi. Akvaporiini on kanava eikä pumppu, joten kulkusuunnan määrää veden aktiivisuus kalvon eri puolilla (/ osmoottinen paine / vapaan veden pitoisuus). c) Selitä lyhyesti, miten akvaporiinit liittyvät munuaisten toimintaan ja miksi siis niillä saattaisi olla merkitystä esim. lääketieteen kannalta. Jos päädyt tekemään hakuja verkossa, voit käyttää hakuja tehdessäsi esim. joitakin hakusanoista hakusanoja ADH, aquaporin, vasopressin, renal, fluid retention. Akvaporiinit osallistuvat munuaissoluissa vesivirtojen säätelyyn. Laimeaa primäärivirtsaa syntyy vuorokaudessa lähes 00 litraa. Suurin osa sen vedestä imeytyy takaisin elimistöön. Muutenkin munuaisen toiminnan kannalta keskeistä on konsentraatiogradienttien synnyttäminen, mikä puolestaan edellyttää munuaisen eri osien erilaista vedenläpäisevyyttä, mikä on mahdollista akvaporiinien ansiosta. Tärkeä on rooli akvaporiinilla on myös kokoojaputkissa, joissa akvaporiini- siirtyy antidiureettisen hormonin vaikutuksesta solun sisällä olevista kalvorakkuloista solukalvoon, jolloin vedenläpäisevyys kasvaa ja enemmän vettä imeytyy takaisin. Akvaporiini on siis keskeinen elimistön nestetasapainon säätelyssä. Nestetasapainoon vaikuttaminen on puolestaan keskeistä esim. sydämen vajaatoiminnassa ja toisinaan myös verenpaineen hoidossa (ns. nesteenpoistolääkkeet lienevät monille tuttuja).
13 B) Akvaporiinin sekvenssistä a) Hae Swiss-Protin ( avulla naudan (Bos taurus) aquaporin-chipsekvenssi. Syötä hakutuloksesi BLASTiin (klikkaa hakutulossivun alalaidasta "BLAST submission on ExPASy/SIB"). Millaisia proteiineja löydät hakutuloksiesi joukosta? Ohjelmalle antamaasi sekvenssiä muistuttavia proteiineja löytynee sekä samasta eliöstä että muista eliöistä. Mitä tämä kertoo proteiinien kehittymisestä menneiden aikojen kuluessa? Klikkaa hakutulosten kuvamuotoisen esitystavan ylälaidassa olevaa Pfam-valikkoa, josta saat lisätietoja proteiiniperheestä. Entä miten proteiinien evoluutio ja sukupuu muuttuisi mielenkiintoisemmaksi ja monimutkaisemmaksi, jos kyseessä olisi proteiini, jolla on monta domeenia? (Vastataksesi tähän selvitä itsellesi, mikä on domeenin määritelmä ja mitkä ovat sille tyypillisiä piirteitä suhteessa geenien eksoneihin ja toimintoihin.) Läheisimmät sukulaiset ovat akvaporiinin samaa isomuotoa eri lajeilta ja kaukaisempina sukulaisina löytyy akvaporiinin eri isomuotoja samalta ja muilta lajeilta. Toisaalta tämä tietysti kertoo sen, että funktiot ovat erilaistuneet ennen lajien erkaantumista. Lisäksi nähdään myös se, että proteiinit paitsi muuttuvat mutaatioiden tuloksena, niiden geeni voi myös kahdentua ja alkaa erilaistua eri proteiiniksi/isomuodoksi (jolla on myös erilaistuneet toiminnot). Monet eri domeenit muuttaisivat tilannetta siten, että domeeneilla olisi oma kehityshistoriansa. Yhden domeenin sukulaisia saattaisia esiintyä monissa eri proteiineissa, joiden muut domeenit eivät olisi samalla tavalla sukua keskenään. b) Ota muistiin naudan sekvenssin nimi. Elät toistaiseksi menneisyydessä ja haluat selvitellä sekvenssin perusteella joitakin alkeellisia tietoja proteiinien rakenteesta eli transmembraaniheeliksien määrää. Tässä apuna toimiin Stephen Whiten laboratorion Membrane Protein Explorer ( Kokeile ohjelmalla hieman eri hydropaattisuusasteikkoja (avautuvan Java-ikkunan oikealla puolella. Montako transmembraaniheeliksiä ohjelma ennustaa akvaporiinilla olevan? Selitä muutamin sanoin myös se periaate, johon tuollainen ennustus yleensä perustuu. Nähdään ohjelman ennustavan kuusi transmembraaniheeliksiä oletusasetuksilla. Tällaiset ennusteet perustuvat siihen, että ohjelmat etsivät erilaisiin hydrofobisuusasteikkoihin perustuen
14 aminohapposekvenssistä jaksoja, joissa olisi tarpeeksi pitkä jakso (9 0) aminohappoja transmembraaniheeliksiä varten. C) Akvaporiinin rakenteesta Onneksi naudan akvaporiinin rakenne on saatu jo selvitettyä. Sen PDB-koodi on J4N. Imuroi tiedosto Protein Data Bank -palvelusta ( Tarkastele rakennetta esimerkiksi Rasmolin tai Chimen avulla (jälkimmäisessä tapauksessa avaa tiedosto selainohjelmaan, joka osaa Chime plugin -ohjelman avulla avata pdb-tiedoston). a) Väritä proteiinin hydrofiiliset/polaariset ja toisaalta hydrofobiset aminohapot eri väreillä. Onko tuloksessa mitään järkeä? Minkä mielenkiintoisen seikan huomaat membraanin uppoutuneiden heeliksien lukumäärän ja rakenteen suhteen (vertaa Bb-kohdassa saamiisi ennusteisiin)? Havaitaan, että polaariset aminohapot ovat enimmäkseen proteiinin muodostaman kanavan sisäpinnalla ja kalvon läp kulkevan osan ulkopuolella, kun taas kalvon läpäisevän osan lipideitä kohti suuntautuvat aminohapot ovat enimmäkseen hydrofobisia. Tuloksessa on mitä ilmeisimmin järkeä, sillä polaariset aminohapot ovat niitä, jotka ovat kontaktissa veden kanssa ja hydrofobiset niitä, jotka ovat kontaktissa lipidien rasvahappoketjujen kanssa. Nähdään, että varsinaisia transmembraaniheeliksejä on seitsemän. Lisäksi nähdään, että rakenteessa esiintyy yksi kahdesta lyhyestä heeliksistä muodostuva transmembraanijakso, jota transmembraaniennustusohjelman ei oikein voisikaan olettaa löytävän, koska se etsii yhtenäisiä jaksoja, jotka ovat tarpeeksi pitkiä.
15 b) Tee sille samanlainen temppu kuin tehtävässä eli väritetä se ConSurf-ohjelman avulla aminohappojen konservoituneisuuden mukaan. Millaisen tuloksen sait ja miksi se oikeastaan oli odotettu, siis miksei mikä hyvänsä polaarinen aminohappo kelpaa konservoituneen alueen tilalle? Nähdään, että konservoituneet aminohapot ovat keskittyneet kanavan sisään. Tämä oli odotettavissa, koska kanavan täytyy toimia siten, että se päästää pelkästään vettä lävitseen, muttei muita polaarisia yhdisteitä kuten H O + :aa. Näin ollen mikä tahansa polaarinen aminohappo ei kelpaa kanavan sisälle, vaan niiden täytyy olla juuri sellaisia, että ne takaavat tuon selektion. Siksi aminohappovaihdokset kanavan sisällä johtaisivat todennäköisemmin toimimattomaan proteiiniin ja mutaation karsiutumiseen luonnonvalinnassa. Näin ollen juuri kanavan sisäosa on konservoitunut.
Vastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1 1) Tunnista molekyylit (1 piste) ja täytä seuraava taulukko (2 pistettä) a) b) c) d) a) Syklinen AMP (camp) (0.25) b) Beta-karoteeni (0.25 p) c) Sakkaroosi (0.25 p) d) -D-Glukopyranoosi (0.25 p) 2 Taulukko.
Peptidi ---- F ----- K ----- V ----- R ----- H ----- A ---- A. Siirtäjä-RNA:n (trna:n) (3 ) AAG UUC CAC GCA GUG CGU (5 ) antikodonit
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24.5.2006 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 Osa 1: Haluat selvittää -- F -- K -- V -- R -- H -- A peptidiä
Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30
Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen
Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista
TKK Solubiosysteemien perusteet syksy 2002 Harkkatyö M.Tarvainen Proteiinin rakenteen selvittämisestä ja visualisoinnista 1. Yleistä proteiineista 2. Röntgensädekristallografia 3. Ydinmagneettinen resonanssimenetelmä
DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen
S-114.500 Solubiosysteemien perusteet Harjoitustyö Syksy 2003 DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen Ilpo Tertsonen, 58152p Jaakko Niemi, 55114s Sisällysluettelo 1. Alkusanat... 3 2. Johdanto... 4
Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20
elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä
VASTAUS 1: Yhdistä oikein
KPL3 VASTAUS 1: Yhdistä oikein a) haploidi - V) ihmisen sukusolu b) diploidi - IV) ihmisen somaattinen solu c) polyploidi - VI) 5n d) iturata - III) sukusolujen muodostama solulinja sukupolvesta toiseen
Evoluutiopuu. Aluksi. Avainsanat: biomatematiikka, päättely, kombinatoriikka, verkot. Luokkataso: 6.-9. luokka, lukio
Evoluutiopuu Avainsanat: biomatematiikka, päättely, kombinatoriikka, verkot Luokkataso: 6.-9. luokka, lukio Välineet: loogiset palat, paperia, kyniä Kuvaus: Tehtävässä tutkitaan bakteerien evoluutiota.
Veden ja glukoosin mallinnus
Veden ja glukoosin mallinnus Jääskeläinen, Piia. Mallinnus, vesi ja glukoosi, http://www.helsinki.fi/kemia/opettaja/ont/jaaskelainen-p-2008.pdf Harjoitustöissä mallinnetaan vesi- ja glukoosimolekyyli ArgusLab-ohjelmalla.
PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS
PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS 1.1 Endoplasmakalvosto Endoplasmakalvosto on organelli joka sijaitsee tumakalvossa kiinni. Se on topologisesti siis yhtä tumakotelon kanssa. Se koostuu kahdesta osasta:
Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit
Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit Vuento & Heino: Biokemian ja solubiologian perusteet, ss. 51-66 Alberts et al. Essential Cell Biology, 4. p, luku 4 Dos. Tuomas Haltia, HY, Biotieteiden
Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita
Perinnöllisyystieteen perusteita III Perinnöllisyystieteen perusteita 10. Valkuaisaineiden valmistaminen solussa 1. Avainsanat 2. Perinnöllinen tieto on dna:n emäsjärjestyksessä 3. Proteiinit koostuvat
Moodle-oppimisympäristö
k5kcaptivate Moodle-oppimisympäristö Opiskelijan opas Sisältö 1. Mikä on Moodle? 2. Mistä löydän Moodlen? 3. Kuinka muokkaan käyttäjätietojani? 4. Kuinka ilmoittaudun kurssille? 5. Kuinka käytän Moodlen
ISIS Draw (Windows versio 2.5)
1 ISIS Draw (Windows versio 2.5) ISIS Draw on helppokäyttöinen kemian piirto-ohjelma, jolla voidaan muun muassa piirtää kemiallisia rakenteita, reaktioyhtälöitä ja yksinkertaisia proteiinirakenteita. Lisäksi
Tikon Web-sovellukset
Marraskuu 2014 1 (9) Tikon Web-sovellukset Marraskuu 2014 2 (9) 1 Johdanto... 3 2 Windows... 3 2.1 Microsoft Silverlight... 3 3 Tablet-laitteet... 4 4 Selaimet... 5 4.1 Yleiset asetukset (kaikki selaimet)...
Selaimen asetukset. Toukokuu 2014 1 (7) Selaimen asetukset. 1994-2014 Tikon Oy. All rights reserved.
Toukokuu 2014 1 (7) Selaimen asetukset Toukokuu 2014 2 (7) 1 Johdanto... 3 2 Windows... 3 3 Selaimet... 3 3.1 Yleiset asetukset (kaikki selaimet)... 3 3.1.1 Zoom-asetus... 3 3.1.2 Pop-up Blocker... 3 3.2
DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi
Tikon Web-sovellukset
Toukokuu 2015 1 (11) Tikon Web-sovellukset Toukokuu 2015 2 (11) 1 Johdanto... 3 2 Silverlight sovellukset... 3 2.1 Windows... 3 2.1.1 Microsoft Silverlight... 3 2.1.2 Tablet-laitteet... 4 2.1.3 Selaimet...
Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20
Helsingin yliopisto/tampereen yliopisto Henkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 26. 05. 2005 Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 20 3: Osa 1 Tumallisten solujen genomin toiminnassa sekä geenien
ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)
ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava
Öljysäiliö maan alla
Kaigasniemen koulu Öljysäiliö maan alla Yläkoulun ketaava ja syventävä matematiikan tehtävä Vesa Maanselkä 009 Ostat talon jossa on öljylämmitys. Takapihalle on kaivettu maahan sylintein muotoinen öljysäiliö
Esim. ihminen koostuu 3,72 x solusta
Esim. ihminen koostuu 3,72 x 10 13 solusta Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita
Laskuharjoitus 9, tehtävä 6
Aalto-yliopiston perustieteiden korkeakoulu Jouni Pousi Systeemianalyysin laboratorio Mat-2.4129 Systeemien identifiointi Laskuharjoitus 9, tehtävä 6 Tämä ohje sisältää vaihtoehtoisen tavan laskuharjoituksen
Erilaisia soluja. Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja. Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta. Veren punasoluja
Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita ihmisen puhasoluissa Hermosolu Valomikroskooppi
MATEMATIIKKA 5 VIIKKOTUNTIA. PÄIVÄMÄÄRÄ: 8. kesäkuuta 2009
EB-TUTKINTO 2009 MATEMATIIKKA 5 VIIKKOTUNTIA PÄIVÄMÄÄRÄ: 8. kesäkuuta 2009 KOKEEN KESTO: 4 tuntia (240 minuuttia) SALLITUT APUVÄLINEET: Eurooppa-koulun antama taulukkovihkonen Funktiolaskin, joka ei saa
,QWHUQHWVHODLPHQNl\WWlPLQHQ±,QWHUQHW([SORUHU
,QWHUQHWVHODLPHQNl\WWlPLQHQ±,QWHUQHW([SORUHU Tässä pääsette tutustumaan Internet Explorerin (IE) käyttöön. Muitakin selainversioita löytyy, kuten esimerkiksi Netscape, Opera ja Mozilla. Näiden muiden selainten
3 Suorat ja tasot. 3.1 Suora. Tässä luvussa käsitellään avaruuksien R 2 ja R 3 suoria ja tasoja vektoreiden näkökulmasta.
3 Suorat ja tasot Tässä luvussa käsitellään avaruuksien R 2 ja R 3 suoria ja tasoja vektoreiden näkökulmasta. 3.1 Suora Havaitsimme skalaarikertolaskun tulkinnan yhteydessä, että jos on mikä tahansa nollasta
766320A SOVELTAVA SÄHKÖMAGNETIIKKA, ohjeita tenttiin ja muutamia teoriavinkkejä sekä pari esimerkkilaskua
7663A OVLTAVA ÄHKÖMAGNTIIKKA, ohjeita tenttiin ja muutamia teoriavinkkejä sekä pari esimerkkilaskua 1. Lue tenttitehtävä huolellisesti. Tehtävä saattaa näyttää tutulta, mutta siinä saatetaan kysyä eri
Tilastolliset toiminnot
-59- Tilastolliset toiminnot 6.1 Aineiston esittäminen graafisesti Tilastollisen aineiston tallentamisvälineiksi TI-84 Plus tarjoaa erityiset listamuuttujat L1,, L6, jotka löytyvät 2nd -toimintoina vastaavilta
TÄS ON PROTSKUU! Missä yhteyksissä olet törmännyt sanaan proteiini tai valkuaisaine?
TÄS ON PROTSKUU! KOHDERYHMÄ: Työ soveltuu parhaiten yläkouluun kurssille elollinen luonto ja yhteiskunta, sekä lukioon kurssille KE1. KESTO: Työ koostuu kahdesta osasta: n. 30 min/osa. MOTIVAATIO: Mitä
Kiinalaiset kuvakirjaimet ( Kanjit)
Kiinalaiset kuvakirjaimet ( Kanjit) Japanilaiset omaksuivat kiinalaiset kuvakirjaimet, eli Kanjit, 500-700 luvulla j.kr. mutta tieteiden, taiteiden, ja Buddhismin mukana niitä on omaksuttu lisää mantereelta
DNA:n informaation kulku, koostumus
DNA:n informaation kulku, koostumus KOOSTUMUS Elävien bio-organismien koostumus. Vety, hiili, happi ja typpi muodostavat yli 99% orgaanisten molekyylien rakenneosista. Biomolekyylit voidaan pääosin jakaa
ASCII-taidetta. Intro: Python
Python 1 ASCII-taidetta All Code Clubs must be registered. Registered clubs appear on the map at codeclubworld.org - if your club is not on the map then visit jumpto.cc/18cplpy to find out what to do.
Aluksi. 1.1. Kahden muuttujan lineaarinen yhtälö
Aluksi Matematiikan käsite suora on tarkalleen sama asia kuin arkikielen suoran käsite. Vai oliko se toisinpäin? Matematiikan luonteesta johtuu, että sen soveltaja ei tyydy pelkkään suoran nimeen eikä
Yhtäläisyydet selkärankaisten aivoissa, osa II. Niko Lankinen
Yhtäläisyydet selkärankaisten aivoissa, osa II Niko Lankinen Sisältö Neuroneille tyypilliset molekyylit Suoraa jatkoa Niinan esitykseen Alkion aivojen vertailua Neuromeerinen malli Neuromeerisen mallin
MAB3 - Harjoitustehtävien ratkaisut:
MAB3 - Harjoitustehtävien ratkaisut: 1 Funktio 1.1 Piirretään koordinaatistoakselit ja sijoitetaan pisteet: 1 1. a) Funktioiden nollakohdat löydetään etsimällä kuvaajien ja - akselin leikkauspisteitä.
zotero www.zotero.org
zotero www.zotero.org Viitteidenhallintajärjestelmä Zotero toimii Firefox-selaimessa. Muita ilmaisia viitteidenhallintajärjestelmiä ovat esimerkiksi EndNote ja Mendeley. Näissä ohjeissa on kuvataan Zoteron
Kuukauden kuvat kerhon galleriaan 1.4.2016 lähtien kuukaudenkuvaajan kuvagalleria on siirretty uudelle palvelimelle osoitteeseen:
Kuukauden kuvat kerhon galleriaan 1.4.2016 lähtien kuukaudenkuvaajan kuvagalleria on siirretty uudelle palvelimelle osoitteeseen: http://www.kamera73.fi/kuukaudenkuvaaja Kukin seuran jäsen voi laittaa
Tervetuloa HK Shop:in käyttäjäksi!
Tervetuloa HK Shop:in käyttäjäksi! HK Shop on HKSCAN FINLANDin reaaliaikainen tilausjärjestelmä, missä voit mm. tutkia tuotetietoja ja -valikoimaa, tehdä tilauksia, saada tilaushetken tuotesaatavuustiedon
NXT Infrapuna-sensori
NXT Infrapuna-sensori Joissakin tilanteissa on hyödyllistä, jos robotti tunnistaa ympäristöstä tulevaa infrapunavaloa. Tämä tieto on välttämätön esim. RCJ:n robottijalkapallossa. Tässä esitellään vain
MAB3 - Harjoitustehtävien ratkaisut:
MAB - Harjoitustehtävien ratkaisut: Funktio. Piirretään koordinaatistoakselit ja sijoitetaan pisteet:. a) Funktioiden nollakohdat löydetään etsimällä kuvaajien ja - akselin leikkauspisteitä. Funktiolla
Solun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne
Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 3. Solujen kemiallinen rakenne 1. Avainsanat 2. Solut koostuvat molekyyleistä 3. Hiilihydraatit 4. Lipidit eli rasva-aineet 5. Valkuaisaineet eli proteiinit rakentuvat
KÄYTTÖOHJE. Servia. S solutions
KÄYTTÖOHJE Servia S solutions Versio 1.0 Servia S solutions Servia Finland Oy PL 1188 (Microkatu 1) 70211 KUOPIO puh. (017) 441 2780 info@servia.fi www.servia.fi 2001 2004 Servia Finland Oy. Kaikki oikeudet
3. Kuvio taitetaan kuutioksi. Mikä on suurin samaa kärkeä ympäröivillä kolmella sivutahkolla olevien lukujen tulo?
Peruskoulun matematiikkakilpailu Loppukilpailu perjantaina 4.2.2011 OSA 1 Ratkaisuaika 30 min Pistemäärä 20 Tässä osassa ei käytetä laskinta. Esitä myös lasku, kuvio, päätelmä tai muu lyhyt perustelu.
Biopolymeerit. Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä.
Biopolymeerit Biopolymeerit ovat kasveissa ja eläimissä esiintyviä polymeerejä. Tärkeimpiä biopolymeerejä ovat hiilihydraatit, proteiinit ja nukleiinihapot. 1 Hiilihydraatit Hiilihydraatit jaetaan mono
Ongelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan?
Ongelma(t): Miten merkkijonoja voidaan hakea tehokkaasti? Millaisia hakuongelmia liittyy bioinformatiikkaan? 2012-2013 Lasse Lensu 2 Ihmisen, eläinten ja kasvien hyvinvoinnin kannalta nykyaikaiset mittaus-,
Epooqin perusominaisuudet
Epooqin perusominaisuudet Huom! Epooqia käytettäessä on suositeltavaa käyttää Firefox -selainta. Chrome toimii myös, mutta eräissä asioissa, kuten äänittämisessä, voi esiintyä ongelmia. Internet Exploreria
Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen. Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari
Proteiinien kontaktiresidyjen ennustaminen Tuomo Hartonen Teoreettisen fysiikan syventävien opintojen seminaari 13.12.12 Terminologiaa Aminohappo = proteiinien rakennuspalikka, luonto käyttää 20 erilaista
MATEMATIIKKA 5 VIIKKOTUNTIA
EB-TUTKINTO 2008 MATEMATIIKKA 5 VIIKKOTUNTIA PÄIVÄMÄÄRÄ: 5. kesäkuuta 2008 (aamupäivä) KOKEEN KESTO: 4 tuntia (240 minuuttia) SALLITUT APUVÄLINEET: Europpa-koulun antama taulukkovihkonen Funktiolaskin,
Sivu 1 / 11 08.01.2013 Viikin kirjasto / Roni Rauramo
Sivu 1 / 11 Kuvien siirto kamerasta Lyhyesti Tämän oppaan avulla voit: - käyttää tietokoneen omaa automaattista kopiointiin tai siirtoon tarkoitettua toimintaa kuvien siirtoon kamerasta tai muistikortista
GeoGebra-harjoituksia malu-opettajille
GeoGebra-harjoituksia malu-opettajille 1. Ohjelman kielen vaihtaminen Mikäli ohjelma ei syystä tai toisesta avaudu toivomallasi kielellä, voit vaihtaa ohjelman käyttöliittymän kielen seuraavasti: 2. Fonttikoon
Kenguru 2015 Student (lukiosarja)
sivu 1 / 9 NIMI RYHMÄ Pisteet: Kenguruloikan pituus: Irrota tämä vastauslomake tehtävämonisteesta. Merkitse tehtävän numeron alle valitsemasi vastausvaihtoehto. Väärästä vastauksesta saat miinuspisteitä
Octo käyttöohje 1. Sisältö
Octo käyttöohje 1 Sisältö Sisältö...1 Sisäänkirjautuminen...2 Etusivu...2 Uimarihaku...3 Uimariryhmät...4 Seurahaku...4 Kilpailutilastot...5 Ilmoittautuminen kilpailuun...6 Kilpailuun ilmoittautuminen...7
Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia
Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia 16. helmikuuta 2014/S.. Mikä on kovalenttinen sidos? Kun atomit jakavat ulkoelektronejaan, syntyy kovalenttinen sidos. Kovalenttinen sidos on siis
ax + y + 2z = 0 2x + y + az = b 2. Kuvassa alla on esitetty nesteen virtaus eräässä putkistossa.
BM20A5800 Funktiot, lineaarialgebra ja vektorit Harjoitus 7, Syksy 206 Tutkitaan yhtälöryhmää x + y + z 0 2x + y + az b ax + y + 2z 0 (a) Jos a 0 ja b 0 niin mikä on yhtälöryhmän ratkaisu? Tulkitse ratkaisu
Lukkarikone Pikaohjeet v. 1.0
Lukkarikone Pikaohjeet v. 1.0 Huom! Lukkarikone toimii oikein vain jos koulutusohjelmasi ylläpitää lukujärjestystietoja Metropolian tilanvarausjärjestelmässä (tvj.metropolia.fi). Käyttöperiaate Lukkarikone
Posterin teko MS Publisherilla
Posterin teko MS Publisherilla Ensimmäisenä avaa MS Publisher 2010. Löydät sen Windows valikosta - All programs - Microsoft Office. Publisheriin avautuu allaolevan kuvan mukainen näkymä. Mikäli et näe
3 Raja-arvo ja jatkuvuus
3 Raja-arvo ja jatkuvuus 3. Raja-arvon käsite Raja-arvo kuvaa funktion kättätmistä jonkin lähtöarvon läheisdessä. Raja-arvoa tarvitaan toisinaan siksi, että funktion arvoa ei voida laskea kseisellä lähtöarvolla
Kenguru 2019 Student lukio
sivu 0 / 7 NIMI LUOKKA Pisteet: Kenguruloikan pituus: Koodi (ope täyttää): Irrota tämä vastauslomake tehtävämonisteesta. Merkitse tehtävän numeron alle valitsemasi vastausvaihtoehto. Oikeasta vastauksesta
Matematiikan kotitehtävä 2, MAA 10 Todennäköisyys ja tilastot
Matematiikan kotitehtävä 2, MAA 10 Todennäköisyys ja tilastot Sievin lukio Tehtävien ratkaisut tulee olla esim. Libre officen -writer ohjelmalla tehtyjä. Liitä vastauksiisi kuvia GeoGebrasta ja esim. TI-nSpire
Nimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Mitä tarkoitetaan biopolymeerilla? Mihin kolmeen ryhmään biopolymeerit voidaan jakaa? (1,5 p) Biopolymeerit ovat luonnossa esiintyviä / elävien solujen muodostamia polymeerejä / makromolekyylejä.
TEKSTINKÄSITTELYTEHTÄVIÄ, OSA 1
TEKSTINKÄSITTELYTEHTÄVIÄ, OSA 1 1 Perustekstejä Tehtävän tarkoituksena on varmistaa tietty perusosaaminen tekstinkäsittelystä sekä lisäksi tässä tulee mukaan myös hiukkasen suomen kielen oikeinkirjoitustakin.
TI-30X II funktiolaskimen pikaohje
0 TI-30X II funktiolaskimen pikaohje Sisältö Näppäimet... 1 Resetointi... 1 Aiempien laskutoimitusten muokkaaminen... 2 Edellisen laskutoimituksen tuloksen hyödyntäminen (ANS) ja etumerkki... 3 DEL ja
PRELIMINÄÄRIKOE PITKÄ MATEMATIIKKA 9.2.2011
PRELIMINÄÄRIKOE PITKÄ MATEMATIIKKA 9..0 Kokeessa saa vastata enintään kymmeneen tehtävään.. Sievennä a) 9 x x 6x + 9, b) 5 9 009 a a, c) log 7 + lne 7. Muovailuvahasta tehty säännöllinen tetraedri muovataan
Tiedonhaku ja varaaminen
Tiedonhaku ja varaaminen Kyytin verkkokirjasto kyyti.finna.fi 20.11.2018 Tiedonhaku Kirjoita hakukenttään teoksen nimi, tekijä, aihe tai muita asiaan liittyviä hakusanoja. Tarvittaessa katkaise hakusana
Biomolekyylit 2. Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit
Biomolekyylit 2 Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit Nukleotidit Ihmisen perimä, eli DNA (deoksiribonukleiinihappo) muodostuu pitkästä nukleotidiketjusta. Lisäksi nukleotidit toimivat mm. proteiinisynteesissä
6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi
6 GEENIT OHJAAVAT SOLUN TOIMINTAA nukleiinihapot DNA ja RNA Geenin rakenne Geneettinen informaatio Proteiinisynteesi GENEETTINEN INFORMAATIO Geeneihin pakattu informaatio ohjaa solun toimintaa ja siirtyy
Ionisidos ja ionihila:
YHDISTEET KEMIAA KAIK- KIALLA, KE1 Ionisidos ja ionihila: Ionisidos syntyy kun metalli (pienempi elek.neg.) luovuttaa ulkoelektronin tai elektroneja epämetallille (elektronegatiivisempi). Ionisidos on
HiTechnic -kompassisensorin käyttäminen NXT-G -ympäristössä
NXT -kompassisensori NXT -roboteihin on saatavilla kahdenlaisia kompasseja: Wiltronics kompassit (tilaukset: http://www.wiltronics.com.au/) ja HiTechnic kompassit (NMC1034 Compass) (tilaukset: http://www.hitechnic.com/products).
Ohjeistus yhdistysten internetpäivittäjille
Ohjeistus yhdistysten internetpäivittäjille Oman yhdistyksen tietojen päivittäminen www.krell.fi-sivuille Huom! Tarvitset päivittämistä varten tunnukset, jotka saat ottamalla yhteyden Kristillisen Eläkeliiton
5.3 Ensimmäisen asteen polynomifunktio
Yllä olevat polynomit P ( x) = 2 x + 1 ja Q ( x) = 2x 1 ovat esimerkkejä 1. asteen polynomifunktioista: muuttujan korkein potenssi on yksi. Yleisessä 1. asteen polynomifunktioissa on lisäksi vakiotermi;
Ohjeet asiakirjan lisäämiseen arkistoon
Ohjeet asiakirjan lisäämiseen arkistoon 1. Jos koneellesi ei vielä ole asennettu Open Office ohjelmaa, voit ladata sen linkistä joka löytyy Arkisto => Asiakirjapohjat sivulta seuran kotisivuilta. Jos ohjelma
Juha Haataja 4.10.2011
METROPOLIA Taulukkolaskenta Perusteita Juha Haataja 4.10.2011 Lisätty SUMMA.JOS funktion käyttö (lopussa). Tavoite ja sisältö Tavoite Taulukkolaskennan peruskäytön hallinta Sisältö Työtila Omat kaavat,
ASIO-OHJE HENKILÖSTÖLLE. www.laurea.fi
ASIO-OHJE HENKILÖSTÖLLE www.laurea.fi ASIOssa henkilöstö voi: Varata tiloja mistä tahansa Laurean kampukselta Tarkastella omaa opetusaikataulua ja opetukselle varattuja tiloja kalenterinäkymässä Saada
3.3 Paraabeli toisen asteen polynomifunktion kuvaajana. Toisen asteen epäyhtälö
3.3 Paraabeli toisen asteen polynomifunktion kuvaajana. Toisen asteen epäyhtälö Yhtälön (tai funktion) y = a + b + c, missä a 0, kuvaaja ei ole suora, mutta ei ole yhtälökään ensimmäistä astetta. Funktioiden
KÄYTTÖOHJE LATOMO VERSO
Kirjautuminen Kirjatuminen järjestelmään tapahtuu syöttämällä ylläpitäjältä (yleensä sähköpostilla) saatu käyttäjätunnus ja salasana niille varattuihin kenttiin. Jos olet unohtanut salasanasi voit syöttää
RES - REAL ESTATE SYSTEM
HUOLTOKIRJAN KÄYTTÖ Sivu 1/13 HELPPO KIINTEISTÖNHOITAJILLE RES - REAL ESTATE SYSTEM OUKA/ RES HUOLTOKIRJAN KÄYTTÖ Sivu 2/13 Ohjelmaan kirjaudutaan osoitteesta https://www.haahtela.fi Vinkki: luo pikakuvake
Webforum. Version 14.4 uudet ominaisuudet. Viimeisin päivitys: 2014-12-6
Webforum Version 14.4 uudet ominaisuudet Viimeisin päivitys: 2014-12-6 Sisältö Tietoja tästä dokumentista... 3 Yleistä... 4 Yleistä & hallinnointi... 5 Dokumentit... 5 Perättäinen tarkistus- ja hyväksymisprosessi...
S-114.2720 Havaitseminen ja toiminta
S-114.2720 Havaitseminen ja toiminta Heikki Hyyti 60451P Harjoitustyö 2 visuaalinen prosessointi Treismanin FIT Kuva 1. Kuvassa on Treismanin kokeen ensimmäinen osio, jossa piti etsiä vihreätä T kirjainta.
7.4 PERUSPISTEIDEN SIJAINTI
67 7.4 PERUSPISTEIDEN SIJAINTI Optisen systeemin peruspisteet saadaan systeemimatriisista. Käytetään seuraavan kuvan merkintöjä: Kuvassa sisäänmenotaso on ensimmäisen linssin ensimmäisessä pinnassa eli
MAIDON PROTEIININ MÄÄRÄN SELVITTÄMINEN (OSA 1)
MAIDON PROTEIININ MÄÄRÄN SELVITTÄMINEN (OSA 1) Johdanto Maito on tärkeä eläinproteiinin lähde monille ihmisille. Maidon laatu ja sen sisältämät proteiinit riippuvat useista tekijöistä ja esimerkiksi meijereiden
S Laskennallinen systeemibiologia
S-114.2510 Laskennallinen systeemibiologia 3. Harjoitus 1. Koska tilanne on Hardy-Weinbergin tasapainossa luonnonvalintaa lukuunottamatta, saadaan alleeleista muodostuvien eri tsygoottien genotyyppifrekvenssit
1. Kalenterin omistajan käyttöohje
1. Kalenterin omistajan käyttöohje 1.1. Kielen vaihtamien Ajanvarausjärjestelmässä kielen vaihtaminen tapahtuu painamalla sivun ylälaidassa olevia lippuja. 1.2. Kirjautuminen Kirjautumissivulla käyttäjä
BI4 IHMISEN BIOLOGIA
BI4 IHMISEN BIOLOGIA IHMINEN ON TOIMIVA KOKONAISUUS Ihmisessä on noin 60 000 miljardia solua Solujen perusrakenne on samanlainen, mutta ne ovat erilaistuneet hoitamaan omia tehtäviään Solujen on oltava
a. Mustan ja lyhytkarvaisen yksilön? b. Valkean ja pitkäkarvaisen yksilön? Perustele risteytyskaavion avulla.
1. Banaanikärpänen dihybridiristeytys. Banaanikärpäsillä silmät voivat olla valkoiset (resessiivinen ominaisuus, alleeli v) tai punaiset (alleeli V). Toisessa kromosomissa oleva geeni määrittää siipien
Garmin Astro ohjelmistopäivitys
Garmin Astro ohjelmistopäivitys Laitteen ohjelmisto päivitys kannattaa suorittaa silloin tällöin. Ohjelmistopäivityksellä voit saada laitteeseesi uusia ominaisuuksia ja parannuksia vanhoihin ominaisuuksiin.
Metropolia ammattikorkeakoulu 05.02.2015 TI00AA43-3004: Ohjelmointi Kotitehtävät 3
: http://users.metropolia.fi/~pasitr/2014-2015/ti00aa43-3004/kt/03/ratkaisut/ Tehtävä 1. (1 piste) Tee ohjelma K03T01.cpp, jossa ohjelmalle syötetään kokonaisluku. Jos kokonaisluku on positiivinen, niin
Kenguru 2015 Mini-Ecolier (2. ja 3. luokka) RATKAISUT
sivu 1 / 10 3 pistettä 1. Kuinka monta pilkkua kuvan leppäkertuilla on yhteensä? (A) 17 (B) 18 (C) 19 (D) 20 (E) 21 Ratkaisu: Pilkkuja on 1 + 1 + 1 + 2 + 2 + 1 + 3 + 2 + 3 + 3 = 19. 2. Miltä kuvan pyöreä
KOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA 1)
KOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA 1) Johdanto Monet palosammuttimet, kuten kuvassa esitetty käsisammutin, käyttävät hiilidioksidia. Jotta hiilidioksidisammutin olisi tehokas, sen täytyy vapauttaa hiilidioksidia
Bioteknologian perustyökaluja
Bioteknologian perustyökaluja DNAn ja RNAn eristäminen helppoa. Puhdistaminen työlästä (DNA pestään lukuisilla liuottimilla). Myös lähetti-rnat voidaan eristää ja muuntaa virusten käänteiskopioijaentsyymin
Näin teet oman tilin!
Twitter Näin teet oman tilin! Mene osoitteeseen https://twitter.com/, missä uuden tilin luominen alkaa syöttämällä oma nimi, sähköpostiosoite (Tili pitää vahvistaa eli olemassa oleva osoite) sekä salasana.
Octave-opas. Mikä on Octave ja miksi? Asennus
Octave-opas Mikä on Octave ja miksi? Asennus Käynnistys ja käyttöliittymä Komennot tiedostojen hallintaan SciTE-editor.m-tiedostot Ohjeita muualla Mikä on Octave ja miksi? Octave on numeeriseen laskentaan
Trigonometriset funktiot 1/7 Sisältö ESITIEDOT: reaalifunktiot
Trigonometriset funktiot 1/7 Sisältö Trigonometriset funktiot suorakulmaisessa kolmiossa a c b Olkoon suorakulmaisen kolmion terävä kulma, a tämän vastainen kateetti, b viereinen kateetti ja c kolmion
2.3 Voiman jakaminen komponentteihin
Seuraavissa kappaleissa tarvitaan aina silloin tällöin taitoa jakaa voima komponentteihin sekä myös taitoa suorittaa sille vastakkainen operaatio eli voimien resultantin eli kokonaisvoiman laskeminen.
KEMIA. Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista.
KEMIA Kemia on tiede joka tutkii aineen koostumuksia, ominaisuuksia ja muuttumista. Kemian työturvallisuudesta -Kemian tunneilla tutustutaan aineiden ominaisuuksiin Jotkin aineet syttyvät palamaan reagoidessaan
Biomolekyylit ja biomeerit
Biomolekyylit ja biomeerit Polymeerit ovat hyvin suurikokoisia, pitkäketjuisia molekyylejä, jotka muodostuvat monomeereista joko polyadditio- tai polykondensaatioreaktiolla. Polymeerit Synteettiset polymeerit
Excel syventävät harjoitukset 31.8.2015
Yleistä Excel on taulukkolaskentaohjelma. Tämä tarkoittaa sitä että sillä voi laskea laajoja, paljon laskentatehoa vaativia asioita, esimerkiksi fysiikan laboratoriotöiden koetuloksia. Excel-ohjelmalla
Peptidisynteesi. SPPS:n Periaate
Tapio Nevalainen Lääkeainesynteesit II 2011 eptidisynteesi i eptidisynteesi Suoritetaan yleensä kiinteän faasin pinnalla; solid phase peptide synthesis (SS) Suuret peptidiainemäärät valmistetaan liuosfaasissa.
5.2 Ensimmäisen asteen yhtälö
5. Ensimmäisen asteen ytälö 5. Ensimmäisen asteen yhtälö Aloitetaan antamalla nimi yhtälön osille. Nyt annettavat nimet eivät riipu yhtälön tyypistä tai asteesta. Tarkastellaan seuraavaa yhtälöä. Emme