ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia)
|
|
- Marjatta Kaisa Hämäläinen
- 8 vuotta sitten
- Katselukertoja:
Transkriptio
1 ENTSYYMIKATA- LYYSIN PERUSTEET (dos. Tuomas Haltia) Elämän edellytykset: Solun täytyy pystyä (a) replikoitumaan (B) katalysoimaan tarvitsemiaan reaktioita tehokkaasti ja selektiivisesti eli sillä on oltava entsyymejä (c) solulla täytyy olla energian lähde MIHIN ENTSYYMIEN TEHOKKUUS PERUSTUU?
2 Tässä luennossa: Entsyymit = Proteiineja, jotka katalysoivat kemiallisia reaktioita Eivät itse kulu reaktiossa Nopeuttavat reaktioita ratkaisevasti Eivät voi muuttaa reaktion termodynamiikkaa eli sitä, onko reaktio energeettisesti suotuisa vai ei Vain energeettisesti suotuisa (= alamäkeen oleva ) reaktio voi tapahtua (muttei välttämättä tapahdu!)
3 Solun aineenvaihdunta: kaikki riippuu entsyymeistä!
4 Entsyymit määräävät, mitä solussa tapahtuu
5 Aineenvaihdunta (metabolia) riippuu siitä, mitkä entsyymit ovat aktiivisia
6 Entsymaattinen nopeusfaktori Solussa ei tapahtuisi paljon mitään ilman entsyymejä.
7 Entsyymit keskeisiä Geneettisissä taudeissa (tietty entsyymi inaktivoitunut mutaation seurauksena) Häiriötiloissa joissa syynä on liiallinen entsyymiaktiivisuus (esim. tupakoitsijan keuhkolaajentuma; elastaasin inhibiittorin inaktivoituminen)) Lääkkeiden kohdemolekyyleinä (aspiriini, protonipumpun estäjät ) Diagnostiikassa ( mm. kudosspesifit isoentsyymit), esim. sydäninfarktin jälkeen
8 E+S ES EP E+P Reagoivat molekyylit eli substraatit (S) sitoutuvat entsyymin aktiiviseen keskukseen Sitoutumisenergia ( katalyysi!) Syntyy ES-kompleksi Aktiivisessa keskuksessa substraatti muuttuu tuotteeksi P Aktiivinen keskus on spesifinen osa entsyymin 3-ulotteista rakennetta
9 Entsyymi alentaa reaktion aktivaatioenergiaa reaktio nopeutuu dramaattisesti
10 AKTIIVINEN KESKUS JA SATURAATIOKINETIIKKA Induced fit (substraatti vaikuttaa aktiiviseen keskukseen ja päinvastoin) V max Nopeus kun entsyymi on saturoitunut substraatilla K M = substraattikonsentraatio jossa v = ½ V max Michaelis-Mentenin yhtälö: v = V max [S] / K M + [S]
11 ENTSYYMI ja SUBSTRAATTI Entsyymin aktiivinen keskus spesifinen substraatille, substraatti sitoutuu spontaanisti
12 ES-kompleksi perustuu (lukuisiin) heikkoihin vuorovaikutuksiin SITOUTUMISENERGIA!
13 Miten entsyymin toimintaa tutkitaan: entsyymikinetiikka = mitataan reaktionopeuksia eri substraatti- ja inhibiittorikonsentraatioissa Monet lääkkeet ovat entsyymiinhibiittoreita Jos entsyymin rakenne tiedossa, inhibiittori(lääke) voi olla mahdollista suunnitella in silico Reversiibelit ja irreversiibelit estäjät, itsemurhainhibiittorit Rationaalinen lääkesuunnittelu
14 Lineweaver-Burk - Saadaan Michaelis- Mentenin yhtälöstä kuvaaja 1/V 0 = (K M /V max ) 1/[S] + 1/V max Michaelis-Mentenin yhtälö: V o = V max [S] / K M + [S]
15 Kilpaileva inhibitio Inhibiittori tyypillisesti muistuttaa substraattia
16 Lineweaver-Burk kompetitiivisen inhibiittorin läsnäollessa Kulmakerroin muuttuu, leikkauspiste ei vain K M muuttuu
17 Ei-kilpaileva (uncompetitive) inhibiittori sitoutuu vain ESkompleksiin Mitä etua verrattuna kilpailevaan inhibiittoriin, jos I on lääkeaine? Leikkauspisteet akseleilla muuttuvat K m ja V max muuttuvat saman verran
18 Sekainhibitio Inhibiittori voi sitoutua sekä vapaaseen entsyymiin että ESkompleksiin Sekä K m että V max muuttuvat eri faktorilla
19 Ei-katalysoitu reaktio on hidas, koska Lähtöainetta ja tuotetta erottaa toisistaan korkea energiavalli Alhaisessa lämpötilassa vain pienellä osalla lähtöainemolekyyleistä on riittävästi energiaa energiavallin ylittämiseen Energiavalli = Aktivaatioenergia; jos sitä pystytään alentamaan reaktio nopeutuu!
20 ENTSYYMIKATA- LYYSI PERUSTUU AKTIVAATIOENERGIAN ALENTAMISEEN Entsyymit EIVÄT vaikuta reaktion tasapainoon eli entsyymit nopeuttavat vain reaktioita joiden energetiikka on suotuisa (reaktiot alamäkeen ) MITEN aktivaatioenergiaa alennetaan?
21 Aktivaatioenergia johtuu lähtöainetta ja tuotetta erottavasta korkeaenergisestä siirtymätilasta. Aktivaatioenergian alentaminen = siirtymätilan stabilointi. Entsyymin aktiivinen keskus on komplementaarinen siirtymätilalle Siirtymätila = reaktiopolun energiaprofiilin korkeimmassa kohdassa esiintyvä hyvin lyhytikäinen molekyylirakenne
22 Siirtymätila ja siirtymätila-analogi: peptidisidos ja sen hydrolyysi Figure 3-47 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
23 Entsyymi (A)Orientoi (B) Muuttaa varausten paikkaa (C) Vääntää substraatteja kohti siirtymätilaa Figure 3-52 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008)
24 Entsyymit alentavat aktivaatioenergiaa Sitomalla substraatin spesifisesti kuitenkin siten, että kaikkein tiukimmin sitoutuu siirtymätila Käyttämällä sitoutumisenergiaa substraatin vääntämiseen reaktiolle otollisempaan konformaatioon Orientoimalla substraatin ja katalyyttiset ryhmät optimaalisesti Pitämällä veden poissa reagoivilta pinnoilta Keskeisin tekijä on sitoutumisenergia!
25 STIKKAASI! Pelkkä substraatin sitominen ei johda katalyysiin, vaan päinvastoin substraatin stabiloitumiseen!
26 ENTSYYMIT Katalyyttejä joissa Aktiivinen keskus joihin Substraatit sitoutuvat Tämä johtaa Siirtymätilan stabiloitumiseen ja edelleen Aktivaatioenergian alenemiseen Tuloksena on reaktionopeuden kasvu Huom. entsyymi ei vaikuta reaktion tasapainotilaan eli lähtöaineen ja tuotteen määrään tasapainotilassa! (Mutta nopeuttaa tasapainon saavuttamista.)
27 Erään entsyymin mekanismi Katso: Mechanism Animations : Fig 6.21: Chymotrypsin Mechanism Kymotrypsiini: rakenne, aktiivinen keskus, sitoutumisenergian käyttö, siirtymätila, kovalenttisesti sitoutunut välituote
28 Kymotrypsiinin spesifisyys (proteaasi joka katkaisee peptidisidoksen ison hydrofobisen ah:n karboksipuolelta)
29 Tasomainen peptidisidos on inertti (vaikka sen hydrolyysireaktio on vesiliuoksessa termodynaamisesti alamäkeen)
30 Kymotrypsiinin sekvenssi
31 KYMOTRYPSIINI ja sen AKTIIVINEN KOHTA Punainen = aktiivinen keskus Vihreä = substraatin sivuketjun sitoutumiskohta
32 KATALYYTTINEN TRIADI Vetysidos vahvistuu substraatin sitoutuessa Ser-195 muuttuu reaktiivisemmaksi!
33 KYMOTRYPSIININ MEKANISMI Reaktiossa esiintyy kovalenttinen välituote (asyyli-intermediaatti); katalyysin toinen puoli koostuu intermediaatin hydrolyysistä.
34 KYMOTRYPSIININ MEKANISMI Katso: Mechanism Animations : Fig 6.21: Chymotrypsin Mechanism
35 Sitoutumisenergia 1. Oksianionin sitoutumispaikka (=siirtymätilan stabilointi)
36 Sitoutumisenergia 2. Tasku hydrofobiselle sivuketjulle (= spesifisyys)
37 Kymotrypsiinin katalyysin keskeiset piirteet Katkaisee proteiinin hydrofobisen sivuketjun C-puolelta (tasku sivuketjulle = sitoutumisenergian käyttö) Akt. keskuksessa seriini-195-oh, joka tehdään reaktiiviseksi vetysidosketjulla katalyyttisen triadin muihin jäseniin (His-57, Asp- 102) Reaktiivinen Ser-195 nukleofiilinä peptidikarbonyyliin kovalenttisesti entsyymiin sitoutunut välituote Tetraedrinen oksianioni-siirtymätila, joka stabiloidaan vetysidoksin; sitoutumisenergian käyttö!
ELEC-C2210 Molekyyli- ja solubiologia
ELEC-C2210 Molekyyli- ja solubiologia Entsyymikatalyysi Vuento & Heino ss. 66-75 ECB: Luku 3, s. 90-93 & luku 4, s. 144- Dos. Tuomas Haltia, Biotieteiden laitos, biokemia ja biotekniikka Miten entsyymit
LisätiedotKemialliset reaktiot ja reaktorit Prosessi- ja ympäristötekniikan perusta I
Kemialliset reaktiot ja reaktorit Prosessi- ja ympäristötekniikan perusta I Juha Ahola juha.ahola@oulu.fi Kemiallinen prosessitekniikka Sellaisten kokonaisprosessien suunnittelu, joissa kemiallinen reaktio
LisätiedotBiokemian perusteet 26.9.2012: Hemoglobiini, Entsyymikatalyysi
Biokemian perusteet 26.9.2012: Hemoglobiini, Entsyymikatalyysi Dos. Tuomas Haltia Sirppisoluanemia, Hb-mutaatio Glu-6 Val Hemoglobiini allosteerinen hapen kuljettajaproteiini (ei ole entsyymi!) Allosteerinen
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Mitä tarkoitetaan biopolymeerilla? Mihin kolmeen ryhmään biopolymeerit voidaan jakaa? (1,5 p) Biopolymeerit ovat luonnossa esiintyviä / elävien solujen muodostamia polymeerejä / makromolekyylejä.
LisätiedotKemiallinen reaktio
Kemiallinen reaktio REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Johdantoa: Syömme elääksemme, emme elä syödäksemme! sanonta on totta. Kun elimistömme hyödyntää ravintoaineita metaboliassa eli aineenvaihduntareaktioissa,
LisätiedotBiomolekyylit 2. Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit
Biomolekyylit 2 Nukleotidit, aminohapot ja proteiinit Nukleotidit Ihmisen perimä, eli DNA (deoksiribonukleiinihappo) muodostuu pitkästä nukleotidiketjusta. Lisäksi nukleotidit toimivat mm. proteiinisynteesissä
LisätiedotSolun perusrakenne I Solun perusrakenne. BI2 I Solun perusrakenne 4. Entsyymit ovat solun kemiallisia robotteja
Solun perusrakenne I Solun perusrakenne 4. Entsyymit ovat solun kemiallisia robotteja 1. Avainsanat 2. Solut tuottavat entsyymejä katalyyteiksi 3. Entsyymien rakenne ja toiminta 4. Entsyymit vaativat toimiakseen
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. a) Seoksen komponentit voidaan erotella toisistaan kromatografisilla menetelmillä. Mihin kromatografiset menetelmät perustuvat? (2p) Menetelmät perustuvat seoksen osasten erilaiseen sitoutumiseen paikallaan
LisätiedotHEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET
HEIKOT VUOROVAIKUTUKSET MOLEKYYLIEN VÄLISET SIDOKSET Tunnin sisältö 2. Heikot vuorovaikutukset Millaisia erilaisia? Missä esiintyvät? Biologinen/lääketieteellinen merkitys Heikot sidokset Dipoli-dipolisidos
LisätiedotLuento 8 6.3.2015. Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit
Luento 8 6.3.2015 1 Entrooppiset voimat Vapaan energian muunoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit Entrooppiset voimat 3 2 0 0 S k N ln VE S, S f ( N, m) 2 Makroskooppisia voimia, jotka syntyvät pyrkimyksestä
LisätiedotNimi sosiaaliturvatunnus. Vastaa lyhyesti, selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1. Valitse listasta kunkin yhdisteen yleiskielessä käytettävä ei-systemaattinen nimi. (pisteet yht. 5p) a) C-vitamiini b) glukoosi c) etikkahappo d) salisyylihappo e) beta-karoteeni a. b. c. d. e. ksylitoli
LisätiedotKondensaatio ja hydrolyysi
Kondensaatio ja hydrolyysi REAKTIOT JA ENERGIA, KE3 Määritelmä, kondensaatioreaktio: Kondensaatioreaktiossa molekyylit liittyvät yhteen muodostaen uuden funktionaalisen ryhmän ja samalla molekyylien väliltä
LisätiedotBiomolekyylit ja biomeerit
Biomolekyylit ja biomeerit Polymeerit ovat hyvin suurikokoisia, pitkäketjuisia molekyylejä, jotka muodostuvat monomeereista joko polyadditio- tai polykondensaatioreaktiolla. Polymeerit Synteettiset polymeerit
LisätiedotL7 Kaasun adsorptio kiinteän aineen pinnalle
CHEM-C2230 Pintakemia L7 Kaasun adsorptio kiinteän aineen pinnalle Monika Österberg Barnes&Gentle, 2005, luku 8 Aikaisemmin käsitellyt Adsorptio kiinteälle pinnalle nesteessä Adsorptio nestepinnalle 1
Lisätiedot8. Chemical Forces and self-assembly
Luento 10 24.3.2017 1 Kemiallinen potentiaali Sähkökemiallinen potentiaali Kemiallisen reaktion suunta Reaktiokoordinaatti Entsymaattisten reaktioiden kinetiikka Elektro-osmoottiset ilmiöt solukalvolla
LisätiedotL7 Kaasun adsorptio kiinteän aineen pinnalle
CHEM-C2230 Pintakemia L7 Kaasun adsorptio kiinteän aineen pinnalle Monika Österberg Barnes&Gentle, 2005, luku 8 Aikaisemmin käsitellyt Adsorptio kiinteälle pinnalle nesteessä Adsorptio nestepinnalle Oppimistavoitteet
LisätiedotLaskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 2003 mennessä. Entsyymillä on seuraavanlainen reaktiomekanismi (katso oheista kuvaa):
Laskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 2003 mennessä Tehtävä 1: Entsyymikinetiikkaa Entsyymillä on seuraavanlainen reaktiomekanismi (katso oheista kuvaa): 1. A:n sitoutuminen saa konformaatiossa aikaan muutoksen,
LisätiedotOulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 22.5.2015
Oulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 22.5.2015 Nimi: Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi. Osa 1 Aineistotehtävä. Vastaa vain varattuun
LisätiedotGenomin ylläpito Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia
Genomin ylläpito 14.1.2014 Tiina Immonen BLL Lääke8eteellinen biokemia ja kehitysbiologia Luennon sisältö DNA:n kahdentuminen eli replikaa8o DNA:n korjausmekanismit Replikaa8ovirheiden korjaus Emäksenpoistokorjaus
LisätiedotA - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen
30250 Biokemian ja farmakologian perusteet A - soveltaminen B - ymmärtäminen C - tietäminen 1 - ehdottomasti osattava 2 - osattava hyvin 3 - erityisosaaminen Asiasisältö Keskeisyys Taso 1 2 3 A B C 1 Ymmärtää
LisätiedotHenkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe. Sukunimi Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20
elsingin yliopisto/tampereen yliopisto enkilötunnus - Biokemian/bioteknologian valintakoe Sukunimi 24. 5. 2004 Etunimet Tehtävä 1 Pisteet / 20 Solujen kalvorakenteet rajaavat solut niiden ulkoisesta ympäristöstä
LisätiedotMolekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit
Molekyyli- ja solubiologia ELEC-2210 Proteiinit Vuento & Heino: Biokemian ja solubiologian perusteet, ss. 51-66 Alberts et al. Essential Cell Biology, 4. p, luku 4 Dos. Tuomas Haltia, HY, Biotieteiden
LisätiedotVitamiinien puutostilat: Christian Ejkman (1858-1930) havaitsi ensimmäisenä vuonna 1888, että jonkin ravintotekijän puute aiheutti kanoilla
Vitamiinit Vitamiinit ovat biologisesti aktiivisia orgaanisia yhdisteitä, joita elimistö tarvitsee, mutta ei itse pysty syntetisoimaan lainkaan tai riittävästi ja siksi niitä on saatava ravinnosta. Poikkeuksena
LisätiedotVastaa lyhyesti selkeällä käsialalla. Vain vastausruudun sisällä olevat tekstit, kuvat jne huomioidaan
1 1) Tunnista molekyylit (1 piste) ja täytä seuraava taulukko (2 pistettä) a) b) c) d) a) Syklinen AMP (camp) (0.25) b) Beta-karoteeni (0.25 p) c) Sakkaroosi (0.25 p) d) -D-Glukopyranoosi (0.25 p) 2 Taulukko.
LisätiedotGenomin ylläpito TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA
Genomin ylläpito 5.12.2017 TIINA IMMONEN MEDICUM BIOKEMIA JA KEHITYSBIOLOGIA Luennon sisältö Tuman kromosomien rakenne ja pakkautuminen Pakkautumisen säätely: histonien modifikaatiot DNA:n kahdentuminen
LisätiedotLuennon 5 oppimistavoitteet. Soluseinän biosynteesi. Puu-19.210 Puun rakenne ja kemia. Solun organelleja. Elävä kasvisolu
Luennon 5 oppimistavoitteet Soluseinän biosynteesi Puu-19.210 Puun rakenne ja kemia saat listata puuaineksen muodostumisen vaiheet. Ymmärrät, kuinka soluseinän tapahtuu. saat lyhyesti kuvata soluseinän
LisätiedotKEMIA HYVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET
BILÄÄKETIETEEN enkilötunnus: - KULUTUSJELMA Sukunimi: 20.5.2015 Etunimet: Nimikirjoitus: KEMIA Kuulustelu klo 9.00-13.00 YVÄN VASTAUKSEN PIIRTEET Tehtävämonisteen tehtäviin vastataan erilliselle vastausmonisteelle.
LisätiedotDNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi translaatio regulaatio
CELL 411-- replikaatio repair mitoosi meioosi fertilisaatio rekombinaatio repair mendelistinen genetiikka DNA-huusholli Geenien toiminta molekyyligenetiikka DNA RNA proteiinit transkriptio prosessointi
LisätiedotEntrooppiset voimat. Entrooppiset voimat Vapaan energian muunnoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit
Entrooppiset voimat Entrooppiset voimat Vapaan energian muunnoksen hyötysuhde Kahden tilan systeemit Entrooppiset voimat 3 2 0 0 S k N ln VE S, S f ( N, m) Makroskooppisia voimia, jotka syntyvät pyrkimyksestä
LisätiedotBioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe Tehtävä 3 Pisteet / 30
Tampereen yliopisto Bioteknologian tutkinto-ohjelma Valintakoe 21.5.2015 Henkilötunnus - Sukunimi Etunimet Tehtävä 3 Pisteet / 30 3. a) Alla on lyhyt jakso dsdna:ta, joka koodaa muutaman aminohappotähteen
LisätiedotLaskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 2003 mennessä
Laskuharjoitus 3 palautus 11. 11. 23 mennessä Tehtävä 1: Entsyymikinetiikkaa Entsyymillä on seuraavanlainen reaktiomekanismi (katso oheista kuvaa): 1. A:n sitoutuminen saa konformaatiossa aikaan muutoksen,
LisätiedotSolun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu. Solun kemia. Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu. Vesi 1
Solun kemiallinen peruskoostumus eläinsolu Solun kemia paino-% Vesi 75-90 proteiinit 10-20 Lipidit 2 Hiilihydraatit 1 RNA/DNA 0,7/0,4 Epäorg. 1,5 Solun kemiallinen peruskoostumus bakteerisolu Vesi 1 paino-%
LisätiedotGenomin ilmentyminen Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma
Genomin ilmentyminen 17.1.2013 Liisa Kauppi, Genomibiologian tutkimusohjelma liisa.kauppi@helsinki.fi Genomin ilmentyminen transkription aloitus RNA:n synteesi ja muokkaus DNA:n ja RNA:n välisiä eroja
LisätiedotSelluloosan rakenne ja ominaisuudet
TEHTÄVÄ 1 - Pohjatiedot Selluloosan rakenne ja ominaisuudet 1. Millainen on selluloosan rakenne? 2. Missä selluloosa esiintyy soluseinässä? 3. Mikä on selluloosan tehtävä soluseinässä? Puu-19.210 Puun
LisätiedotEsimerkiksi ammoniakin valmistus typestä ja vedystä on tyypillinen teollinen tasapainoreaktio.
REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 REAKTIOTASAPAINO Johdantoa: Usein kemialliset reaktiot tapahtuvat vain yhteen suuntaan eli lähtöaineet reagoivat keskenään täydellisesti reaktiotuotteiksi, esimerkiksi palaminen
LisätiedotTuma - nucleus. Tumahuokonen nuclear pore samanlaisia kasveilla ja eläimillä. Tuman rakenne. Solubiologian luennot 2003, kasvitiede
Tuma - nucleus Solubiologian luennot 2003, kasvitiede Tuman rakenne kaksoiskalvo, joiden välissä perinukleaarinen tila huokoset (nuclear pores) ulkokalvo yhteydessä ER:ään sisäkalvossa kiinni 10 nm filamentteja
LisätiedotEntsyymit kemian ja biologian opetuksen yhdistävänä tekijänä lukiossa
Entsyymit kemian ja biologian opetuksen yhdistävänä tekijänä lukiossa Pro gradu -tutkielma Jyväskylän yliopisto Kemian laitos Opettajankoulutus 6.5.2009 Minna Yli-Peltola i Tiivistelmä Kemia ja biologia
LisätiedotPROSESSITEKNIIKAN PERUSTA 2011 Bioprosessitekniikan mahdollisuudet. Biotekniikan määritelmä
Biotekniikan määritelmä Biotekniikka yhdistää luonnontieteitä ja insinööritieteitä tavalla, joka mahdollistaa elävien organismien, solujen ja niiden osien ja molekyylien sekä molekyylianalogien hyödyntämisen
LisätiedotReaktiotekniikka. Prosessi- ja ympäristötekniikan perusta Teema 4 Kaisa Lamminpää
Reaktiotekniikka Prosessi- ja ympäristötekniikan perusta Teema 4 Kaisa Lamminpää Luennon sisältö Johdanto ja termejä Reaktiotekniikka Kemiallinen prosessitekniikka Kemialliset reaktiot Reaktioiden jaottelu
LisätiedotMitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi
Mitä elämä on? Astrobiologian luento 15.9.2015 Kirsi Määritelmän etsimistä Lukemisto: Origins of Life and Evolution of the Biosphere, 2010, issue 2., selaile kokonaan Perintteisesti: vaikeasti määriteltävä
LisätiedotEpigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen BLL Biokemia ja kehitysbiologia 21.1.2014 Epigeneettinen säätely Epigenetic: may be used for anything to do with development, but nowadays
LisätiedotKE-40.1600 Johdatus prosesseihin, 2 op. Aloitusluento, kurssin esittely
KE-40.1600 Johdatus prosesseihin, 2 op Aloitusluento, kurssin esittely Opintojakson tavoitteena on tutustua teollisiin kemiallisiin ja biokemiallisiin prosesseihin ja niihin liittyvään laskentaan ja vertailuun
LisätiedotHenkilötunnus: - KOULUTUSOHJELMA Sukunimi: 27.5.2014 Etunimet: Nimikirjoitus: KEMIA. Kemian kuulustelu klo 9.00
TERVEYDE BITIETEIDE enkilötunnus: - KULUTUSJELMA Sukunimi: 27.5.2014 Etunimet: imikirjoitus: KEMIA Kemian kuulustelu klo 9.00 YLEISET JEET 1. Tarkista, että saamassasi tehtävänipussa on sivut 1-10. Paperinippua
LisätiedotREAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 KERTAUSTA
KERTAUSTA REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Aineiden ominaisuudet voidaan selittää niiden rakenteen avulla. Aineen rakenteen ja ominaisuuksien väliset riippuvuudet selittyvät kemiallisten sidosten avulla. Vahvat
LisätiedotSytosoli eli solulima. Sytosoli. Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.)
Solunsisäiset rakenteet, kalvostot ja proteiinien lajittelu (Chapter 12 Alberts et al.) Figure 12-1 Molecular Biology of the Cell ( Garland Science 2008) Sytosoli eli solulima Sytosoli määritellään operatiivisesti
LisätiedotPROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS
PROTEIINIEN MUOKKAUS JA KULJETUS 1.1 Endoplasmakalvosto Endoplasmakalvosto on organelli joka sijaitsee tumakalvossa kiinni. Se on topologisesti siis yhtä tumakotelon kanssa. Se koostuu kahdesta osasta:
Lisätiedotsosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0;
Valintakoe 2012 / Biokemia Nimi sosiaaliturvatunnus Tehtävissä tarvittavia atomipainoja: hiili 12,01; vety 1,008; happi 16,00. Toisen asteen yhtälön ratkaisukaava: ax 2 + bx + c = 0; 1. Kuvassa on esitetty
LisätiedotKemiallisen reaktion reaktiodiagrammi
Luento 11 1.4.2016 1 Reaktiokoordinaatti Entsymaattisten reaktioden kinetiikka Elektro-osmoottiset ilmiöt solukalvolla Donnanin potentiaali Solukalvon ionipumput ja kuljetusmekanismit Solukalvon sähköinen
LisätiedotAutoimmuunitaudit: osa 1
Autoimmuunitaudit: osa 1 Autoimmuunitaute tunnetaan yli 80. Ne ovat kroonisia sairauksia, joiden syntymekanismia eli patogeneesiä ei useimmissa tapauksissa ymmärretä. Tautien esiintyvyys vaihtelee maanosien,
LisätiedotKEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 VESI
VESI KEMIAN MIKROMAAILMA, KE2 Johdantoa: Vesi on elämälle välttämätöntä. Se on hyvä liuotin, energian ja aineiden siirtäjä, lämmönsäätelijä ja se muodostaa vetysidoksia, jotka tekevät siitä poikkeuksellisen
LisätiedotMuuttumaton genomi? Genomin ylläpito. Jakson luennot. Luennon sisältö DNA:N KAHDENTUMINEN ELI REPLIKAATIO
Muuttumaton genomi? Genomin ylläpito SNP 14.1.2013 Tiina Immonen Biolääketieteen laitos Biokemia ja kehitysbiologia Jakson luennot Mitä on genomilääketiede? Dan Lindholm Genomin ylläpito Tiina Immonen
LisätiedotOksidatiivinen fosforylaatio = ATP:n tuotto NADH:lta ja FADH2:lta hapelle tapahtuvan elektroninsiirron ja ATP-syntaasin avulla
Soluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Soluhengitys = Mitokondrioissa tapahtuva (ATP:tä tuottava) prosessi, jossa happi toimii pelkistyneiden ravintomolekyylien elektronien vastaanottajana
LisätiedotEPIONEN Kemia 2015. EPIONEN Kemia 2015
EPIONEN Kemia 2015 1 Epione Valmennus 2014. Ensimmäinen painos www.epione.fi ISBN 978-952-5723-40-3 Painopaikka: Kopijyvä Oy, Kuopio Tämän teoksen painamiseen käytetty paperi on saanut Pohjoismaisen ympäristömerkin.
LisätiedotIsomerian lajit. Rakenne- eli konstituutioisomeria. Avaruus- eli stereoisomeria. Ketjuisomeria Funktioisomeria Paikkaisomeria
Isomeria Isomeria Yhdisteellä on sama molekyylikaava, mutta eri rakenne: siksi eri isomeereillä voi olla erilaiset fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet!!!! Esim. yhdisteellä C2H6O on kaksi isomeeriä.
LisätiedotPHYS-C0220 Termodynamiikka ja statistinen fysiikka Kevät 2016
PHYS-C0220 Termodynamiikka ja statistinen fysiikka Kevät 2016 Emppu Salonen Lasse Laurson Toni Mäkelä Arttu Lehtinen Luento 5: Termodynaamiset potentiaalit Ke 9.3.2016 1 AIHEET 1. Muut työn laadut sisäenergiassa
LisätiedotSoluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Tuomas Haltia Elämälle (solulle) välttämättömiä asioita ovat:
Soluhengitys + ATP-synteesi = Oksidatiivinen fosforylaatio Tuomas Haltia 3.12.2012 Soluhengitys = Mitokondrioissa tapahtuva (ATP:tä tuottava) prosessi, jossa happi toimii pelkistyneiden ravintomolekyylien
LisätiedotMustan kappaleen säteily
Mustan kappaleen säteily Musta kappale on ideaalisen säteilijän malli, joka absorboi (imee itseensä) kaiken siihen osuvan säteilyn. Se ei lainkaan heijasta eikä sirota siihen osuvaa säteilyä, vaan emittoi
LisätiedotEntsyymit ja niiden tuotanto. Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä
Entsyymit ja niiden tuotanto Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä Mitä ovat entsyymit? Entsyymit ovat proteiineja (eli valkuaisaineita), jotka vauhdittavat (katalysoivat) kemiallisia
LisätiedotPHYS-C0220 Termodynamiikka ja statistinen fysiikka Kevät 2016
PHYS-C0220 Termodynamiikka ja statistinen fysiikka Kevät 2016 Emppu Salonen Lasse Laurson Toni Mäkelä Arttu Lehtinen Luento 6: Vapaaenergia Pe 11.3.2016 1 AIHEET 1. Kemiallinen potentiaali 2. Maxwellin
LisätiedotHEIKOT SIDOKSET. Heikot sidokset ovat rakenneosasten välisiä sidoksia.
HEIKOT SIDOKSET KEMIAN MIKRO- MAAILMA, KE2 Palautetaan mieleen (on tärkeää ymmärtää ero sisäisten ja ulkoisten voimien välillä): Vahvat sidokset ovat rakenneosasten sisäisiä sidoksia. Heikot sidokset ovat
LisätiedotMa > GENERAL PRINCIPLES OF CELL SIGNALING
Ma 5.12. -> GENERAL PRINCIPLES OF CELL SIGNALING Cell-Surface Receptors Relay Extracellular Signals via Intracellular Signaling Pathways Some Intracellular Signaling Proteins Act as Molecular Switches
LisätiedotEKT-sarja 1681 SERPIINIEN ELIMINOINTI GLUTEENITTOMASTA OLUESTA
HELSINGIN YLIOPISTO Elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos EKT-sarja 1681 SERPIINIEN ELIMINOINTI GLUTEENITTOMASTA OLUESTA Mari Riuttala Helsinki 2015 Tiedekunta/Osasto Fakultet/Sektion Faculty Maatalous-metsätieteellinen
LisätiedotREAKTIONOPEUS IHMISKEHOSSA TUTKIMUKSELLINEN TYÖ YLÄKOULULAISILLE
REAKTIONOPEUS IHMISKEHOSSA TUTKIMUKSELLINEN TYÖ YLÄKOULULAISILLE Essi Purhonen 1, Krista Iltanen 1 & Sini Hänninen 1 1 Kemian opettajankoulutusyksikkö, Helsingin yliopisto Opettajan ohje Aihe: Ihmiskehossa
LisätiedotREAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 KERTAUSTA
KERTAUSTA REAKTIOT JA TASAPAINO, KE5 Aineiden ominaisuudet voidaan selittää niiden rakenteen avulla. Aineen rakenteen ja ominaisuuksien väliset riippuvuudet selittyvät kemiallisten sidosten avulla. Vahvat
LisätiedotEpigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen. Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia
Epigeneettinen säätely ja genomin leimautuminen Tiina Immonen Medicum, Biokemia ja kehitysbiologia 12.12.2017 Epigenetic inheritance: A heritable alteration in a cell s or organism s phenotype that does
LisätiedotPenicillium brevicompactum sienen entsyymiaktiivisuuden säilyminen ympäristönäytteissä
Sisäilmastoseminaari 2014 Helsingin Messukeskus 13.3.2014 Penicillium brevicompactum sienen entsyymiaktiivisuuden säilyminen ympäristönäytteissä Salmela A, Moisa J, Reponen T, Pasanen P Ympäristötieteen
LisätiedotOrgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet
Orgaanisten yhdisteiden rakenne ja ominaisuudet 1 2 KOVALENTTISET SIDOKSET ORGAANISISSA YHDISTEISSÄ 3 4 5 6 7 Orgaanisissa molekyyleissä hiiliatomit muodostavat aina neljä kovalenttista sidosta Hiiliketju
Lisätiedot782630S Pintakemia I, 3 op
782630S Pintakemia I, 3 op Ulla Lassi Puh. 0400-294090 Sposti: ulla.lassi@oulu.fi Tavattavissa: KE335 (ma ja ke ennen luentoja; Kokkolassa huone 444 ti, to ja pe) Prof. Ulla Lassi Opintojakson toteutus
LisätiedotBiotieteiden perusteet farmasiassa, syksy 2017
Biotieteiden perusteet farmasiassa, syksy 2017 Maarit Kortesoja Farmaseuttisten biotieteiden osasto 23.8.2017 1 Opintojakson tavoitteet Opintojakson suoritettuaan opiskelija Osaa kuvata entsyymien rakenteen
LisätiedotTehtävä 1. Tasapainokonversion laskenta Χ r G-arvojen avulla Alkyloitaessa bentseeniä propeenilla syntyy kumeenia (isopropyylibentseeniä):
CHEM-A1110 Virtaukset ja reaktorit Laskuharjoitus 10/017 Lisätietoja s-postilla reetta.karinen@aalto.fi tai tiia.viinikainen@aalto.fi vastaanotto huoneessa E409 Kemiallinen tasapaino Tehtävä 1. Tasapainokonversion
LisätiedotKOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA II)
Johdanto KOTITEKOINEN PALOSAMMUTIN (OSA II) Monet palosammuttimet, kuten kuvassa esitetty käsisammutin, käyttävät hiilidioksidia. Jotta hiilidioksidisammutin olisi tehokas, sen täytyy vapauttaa hiilidioksidia
LisätiedotKäsitteitä. Hormones and the Endocrine System Hormonit ja sisäeritejärjestelmä. Sisäeriterauhanen
Käsitteitä Hormones and the Endocrine System Hormonit ja sisäeritejärjestelmä 1/2 Umpirauhanen vs. sisäeriterauhanen Endokrinologia Parakriininen Autokriininen Neurotransmitteri Reseptori Sisäeriterauhanen
LisätiedotKovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia
Kovalenttinen sidos ja molekyyliyhdisteiden ominaisuuksia 16. helmikuuta 2014/S.. Mikä on kovalenttinen sidos? Kun atomit jakavat ulkoelektronejaan, syntyy kovalenttinen sidos. Kovalenttinen sidos on siis
LisätiedotMitkä ovat aineen kolme olomuotoa ja miksi niiden välisiä olomuodon muutoksia kutsutaan?
2.1 Kolme olomuotoa Mitkä ovat aineen kolme olomuotoa ja miksi niiden välisiä olomuodon muutoksia kutsutaan? pieni energia suuri energia lämpöä sitoutuu = endoterminen lämpöä vapautuu = eksoterminen (endothermic/exothermic)
LisätiedotEssential Cell Biology
Alberts Bray Hopkin Johnson Lewis Raff Roberts Walter Essential Cell Biology FOURTH EDITION Chapter 16 Cell Signaling Copyright Garland Science 2014 1 GENERAL PRINCIPLES OF CELL SIGNALING Signals Can Act
LisätiedotLUENTO Kyösti Ryynänen
LUENTO 13.12.2016 Kyösti Ryynänen ELÄMÄÄ MIKROKOSMOKSEN JA MAKROKOSMOKSEN VÄLISSÄ 1 ELÄMÄN PERUSTA ALKEISHIUKKASET PERUSVOIMAT ITSEORGANISOITUMINEN NYT HAVAITTAVISSA OLEVA UNIVERSUMI HAVAINTOJEN JA TEORIOIDEN
LisätiedotTermodynaamisten tasapainotarkastelujen tulokset esitetään usein kuvaajina, joissa:
Lämpötila (Celsius) Luento 9: Termodynaamisten tasapainojen graafinen esittäminen, osa 1 Tiistai 17.10. klo 8-10 Termodynaamiset tasapainopiirrokset Termodynaamisten tasapainotarkastelujen tulokset esitetään
LisätiedotSolun Kalvot. Kalvot muodostuvat spontaanisti. Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä
Solun Kalvot (ja Mallikalvot) Biologiset kalvot koostuvat tuhansista erilaisista molekyyleistä Biokemian ja Farmakologian erusteet 2012 Kalvot muodostuvat spontaanisti Veden rakenne => ydrofobinen vuorovaikutus
LisätiedotLämpö- eli termokemiaa
Lämpö- eli termokemiaa Endoterminen reaktio sitoo ympäristöstä lämpöenergiaa. Eksoterminen reaktio vapauttaa lämpöenergiaa ympäristöön. Entalpia H kuvaa systeemin sisäenergiaa vakiopaineessa. Entalpiamuutos
LisätiedotNopeasti lujittuva betonimassa isoihin korjausvaluihin
Nopeasti lujittuva betonimassa isoihin korjausvaluihin Tapio Vehmas 23.1.2019 VTT beyond the obvious 1 Johdanto Lähtökohta Nopeasti lujittuvaa betonimassaa tarvitaan siltojen korjausvaluissa joissa liikenteen
LisätiedotLuku 5: Diffuusio kiinteissä aineissa
Luku 5: Diffuusio kiinteissä aineissa Käsiteltävät aiheet... Mitä on diffuusio? Miksi sillä on tärkeä merkitys erilaisissa käsittelyissä? Miten diffuusionopeutta voidaan ennustaa? Miten diffuusio riippuu
LisätiedotLuento 9 Kemiallinen tasapaino CHEM-A1250
Luento 9 Kemiallinen tasapaino CHEM-A1250 Kemiallinen tasapaino Kaksisuuntainen reaktio Eteenpäin menevän reaktion reaktionopeus = käänteisen reaktion reaktionopeus Näennäisesti muuttumaton lopputilanne=>
LisätiedotOta henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi.
Oulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 20.5.2016 Nimi: Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin vastataan suomeksi. Osa 1 Aineistotehtävä. Vastaa vain varattuun
LisätiedotTulehdus ja karsinogeneesi. Tulehduksen osuus syövän synnyssä. Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehdus ja karsinogeneesi. Tulehdus ja karsinogeneesi
Tulehduksen osuus syövän synnyssä Ari Ristimäki, professori Patologia Helsingin yliopisto esiasteissa ja useissa eri syöpäkasvaintyypeissä. 1 A Mantovani, et al. NATURE Vol 454 24 July 2008 Figure 15.22d
Lisätiedot-1- Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin voi vastata suomeksi, ruotsiksi tai englanniksi.
Oulun yliopiston biokemian koulutusohjelman valintakoe 21.5.2014 Nimi: Henkilötunnus: Ota henkilötodistus mukaasi jättäessäsi vastauspaperin. Kysymyksiin voi vastata suomeksi, ruotsiksi tai englanniksi.
LisätiedotJonne Seppälä. Lectio praecursoria
Jonne Seppälä Lectio praecursoria 22.5.2015 Structural Studies on Filamin Domain Interactions Rakennetutkimuksia filamiini-proteiinin domeenivuorovaikutuksilla Mitä solu- ja molekyylibioginen tutkimus
LisätiedotPCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa
PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa Listerian, Salmonellan ja kampylobakteerien tunnistus elintarvikkeista ja rehuista 29.11.2012 Eva Fredriksson-Lidsle Listeria monocytogenes Salmonella (spp) Campylobacter
LisätiedotLääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe Tehtävä 1 Pisteet / 15
Tampereen yliopisto Henkilötunnus - Lääketieteen ja biotieteiden tiedekunta Sukunimi Bioteknologia tutkinto-ohjelma Etunimet valintakoe pe 18.5.2018 Tehtävä 1 Pisteet / 15 1. Alla on esitetty urheilijan
LisätiedotPHYS-A0120 Termodynamiikka syksy 2017
PHYS-A0120 Termodynamiikka syksy 2017 Emppu Salonen Prof. Peter Liljeroth Viikko 5: Termodynaamiset potentiaalit Maanantai 27.11. ja tiistai 28.11. Kotitentti Julkaistaan ti 5.12., palautus viim. ke 20.12.
LisätiedotTässä luvussa keskitytään faasimuutosten termodynaamiseen kuvaukseen
KEMA221 2009 PUHTAAN AINEEN FAASIMUUTOKSET ATKINS LUKU 4 1 PUHTAAN AINEEN FAASIMUUTOKSET Esimerkkejä faasimuutoksista? Tässä luvussa keskitytään faasimuutosten termodynaamiseen kuvaukseen Faasi = aineen
LisätiedotVasta-ainemääritys. Johdanto. www.edu.fi/biogeeni
Vasta-ainemääritys Johdanto Vasta-ainemääritys (engl. immunoassay) perustuu spesifisen vasta-aineen (engl. antibody) sitoutumiseen mitattavaan antigeeniin (engl. antigen). Menetelmän etuja ovat suuri herkkyys
LisätiedotValintakoe Helsingin yliopiston Molekyylibiotieteiden Henkilötunnus -
Valintakoe 19.5.2014 Helsingin yliopiston Molekyylibiotieteiden Henkilötunnus - koulutusohjelma/ Sukunimi Tampereen yliopiston Bioteknologian Etunimet tutkinto-ohjelma Tehtävä 1 Pisteet / 30 1. Elämä toimii
LisätiedotNON-CODING RNA (ncrna)
NON-CODING RNA (ncrna) 1. Yleistä NcRNA eli non-coding RNA tarkoittaa kaikkia proteiinia koodaamattomia rnamolekyylejä. Näistä yleisimmin tunnetut ovat ribosomaalinen RNA (rrna) sekä siirtäjä-rna (trna),
LisätiedotPROTEIINIEN RAKENTAMINEN
PROTEIINIEN RAKENTAMINEN TAUSTAA Proteiinit ovat äärimmäisen tärkeitä kaikille elämänmuodoille. Kaikki solut tarvitsevat prote- iineja toimiakseen kunnolla. Osa proteiineista toimii entsyymeinä eli nopeuttaa
LisätiedotBiologia. Pakolliset kurssit. 1. Eliömaailma (BI1)
Biologia Pakolliset kurssit 1. Eliömaailma (BI1) tuntee elämän tunnusmerkit ja perusedellytykset sekä tietää, miten elämän ilmiöitä tutkitaan ymmärtää, mitä luonnon monimuotoisuus biosysteemien eri tasoilla
LisätiedotErilaisia soluja. Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja. Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta. Veren punasoluja
Erilaisia soluja Veren punasoluja Tohvelieläin koostuu vain yhdestä solusta Siittiösolu on ihmisen pienimpiä soluja Pajun juurisolukko Bakteereja Malarialoisioita ihmisen puhasoluissa Hermosolu Valomikroskooppi
LisätiedotDNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen
S-114.500 Solubiosysteemien perusteet Harjoitustyö Syksy 2003 DNA, RNA ja proteiinirakenteen ennustaminen Ilpo Tertsonen, 58152p Jaakko Niemi, 55114s Sisällysluettelo 1. Alkusanat... 3 2. Johdanto... 4
LisätiedotLasku- ja huolimattomuusvirheet ½ p. Loppupisteiden puolia pisteitä ei korotettu ylöspäin, esim. 2 1/2 p = 2 p.
Diplomi-insinöörien ja arkkitehtien yhteisvalinta dia-valinta 014 Insinöörivalinnan kemian koe 8.5.014 MALLIRATKAISUT ja PISTEET Lasku- ja huolimattomuusvirheet ½ p. Loppupisteiden puolia pisteitä ei korotettu
LisätiedotTermodynamiikka. Fysiikka III 2007. Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki
Termodynamiikka Fysiikka III 2007 Ilkka Tittonen & Jukka Tulkki Tilanyhtälö paine vakio tilavuus vakio Ideaalikaasun N p= kt pinta V Yleinen aineen p= f V T pinta (, ) Isotermit ja isobaarit Vakiolämpötilakäyrät
Lisätiedot