IVD Bacterial Test Standard

Transkriptio

1 Käyttöohjeet IVD Bacterial Test Standard Massakalibrointistandardi, jolla on tyypillinen Escherichia colin DH5-alfapeptidin ja -proteiinin profiili ja jossa on lisäproteiineja. Toute on tarkoitettu käytettäväksi matriisiavusteisessa laserdesorptio/ionisaatiolentoaikamassaspektrometriassa (MALDI-TOF-MS). CARE-tuotteet ovat korkealaatuisia kulutustuotteita, lisävarusteita ja erikoissarjoja, jotka on suunniteltu tukemaan asiakkaitamme ympäri maailman. Kieli: fi Versio H (Heinäkuu 2017)

2 1 Käyttötarkoitus 2 2 Tuotekuvaus 2 3 Tarkastus, säilytys ja stabiilius Saapumisen jälkeinen tarkastus Saapumisen jälkeinen säilytys Säilytys liuotuksen ja sisällön jakamisen jälkeen 3 4 Riski- ja turvallisuustiedot 3 5 Ohjelmistovaatimukset 4 6 IVD BTS:n näytteen valmisteluprosessi IVD BTS -näyte-erien valmistelu IVD BTS -näytteen valmistelu MALDI-näytelevylle 5 7 MALDI-TOF-massaspektrometrin kalibrointi IVD BTS:ää käyttäen Käytettävät kalibrointipisteet Kalibrointimenetelmät Manuaalinen kalibrointimenetelmä Automaattinen kalibrointiprosessi 9 8 Valmistaja 12 1 Käyttötarkoitus IVD Bacterial Test Standard on in vitro -diagnostinen tuote, joka on tarkoitettu Brukerin MALDI-TOFmassaspektrometrien kalibrointiin ja optimointiin sekä suorituskyvyn valvontaan ihmisiltä saaduista näytteistä viljeltyjen mikro-organismien tunnistamista varten. 2 Tuotekuvaus IVD Bacterial Test Standard (jota kutsutaan nimellä IVD BTS ) sisältää huolellisesti valmistetun Escherichia coli DH5 alfan uutteen, jolla on tunnusomainen peptidi- ja proteiiniprofiili MALDI-TOFmassaspektreissä. Uutteeseen on lisätty kahta lisäproteiinia, joka laajentaa IVD BTS:n kattaman massa-alueen ylärajaa. IVD BTS:n kattama koko massa-alue kattaa molekyylipainot 3,6 17 kda. MALDI- Jokainen putki sisältää tarpeeksi materiaalia vähintään kolmenkymmenenviiden (35) näytelevyn näytetäplien valmisteluun. Tämä tarvikesarja on in vitro -diagnostinen laite. Tilaustiedot Tuote Osanumero IVD Bacterial Test Standard, 5 putkiloa Sivu 2/12 IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Versio H

3 3 Tarkastus, säilytys ja stabiilius 3.1 Saapumisen jälkeinen tarkastus Tarkasta IVD BTS -pakkaus sen saapuessa. Jos se on vahingoittunut, tarkasta putket. Jos putket ovat vahingoittuneet, älä käytä IVD BTS:ta. Hävitä IVD BTS (putket ja pakkaus) tuotteen käyttöturvallisuustiedotteen mukaisesti ja pyydä Brukerilta korvaavaa tuotetta. 3.2 Saapumisen jälkeinen säilytys 18 C IVD BTS toimitetaan ympäröivässä lämpötilassa, mutta se pitää säilyttää 18 C:ssa tai alemmassa lämpötilassa heti saapumisen jälkeen. Pakkauksen viimeinen käyttöpäivä on voimassa, kun IVD BTS:ää on säilytetty 18 C:n lämpötilassa tai sitä kylmemmässä vastaanottamisen jälkeen. 3.3 Säilytys liuotuksen ja sisällön jakamisen jälkeen IVD BTS pitää liuottaa ennen käyttöä. Suosittelemme vahvasti IVD BTS -liuoksen jakamista 0,5 ml:n kierrekorkkisiin mikroputkiin korkit paikallaan ja säilyttämään niitä pakastettuna 18 C:n lämpötilassa tai sitä kylmemmässä. 18 C Pakastettua IVD BTS -liuosta voidaan säilyttää korkeintaan 5 kuukauden ajan 18 C:n lämpötilassa tai sitä kylmemmässä. 4 Riski- ja turvallisuustiedot Tätä tuotetta ei ole luokiteltu EY- asetuksen nro 1272/2008 mukaisesti, eikä sitä siten ole luokiteltu maailmanlaajuisen kemikaalien luokitus- ja merkintäjärjestelmän (GHS- järjestelmä) mukaisesti. Valmistajan kokemuksen mukaan tuotteella ei ole haitallisia vaikutuksia, kun sitä käytetään ja käsitellään ohjeiden mukaisesti. Kaikki materiaalit voivat kuitenkin sisältää tuntemattomia riskejä, joten niitä tulee käsitellä varoen. Lue lisätietoja ladattavasta kenttäturvallisuustiedotteesta verkko-osoitteesta Näissä käyttöohjeissa kuvatuissa toimenpiteissä voidaan tarvita lisäkemikaaleja. Lue tarkasti toimittajan antama käyttöturvallisuustiedote ja noudata yleisiä turvallisuusohjeita kemikaalien ja biologisesti vaarallisten materiaalien käsittelyssä. Versio H IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Sivu 3/12

4 5 Ohjelmistovaatimukset Tietyt ohjelmistoversiot ja -yhdistelmät tarvitsevat ilmaista ohjelmistopakettia, jotta ne voivat tukea IVD BTS:ää (katso taulukko 1). Pyydä paikalliselta Bruker Daltonicsin huoltotiimiltä apua asennuksessa. Taulukko 1 Ohjelmiston korjauspakettien vaatimukset Ohjelmiston versio Compass-versio Ohjelmiston korjauspaketti tarvitaan? flexcontrol-versio Ei Ei Kyllä Kyllä Kyllä Kyllä Kyllä Kyllä 6 IVD BTS:n näytteen valmisteluprosessi Alustavat huomautukset Heikko näytteen valmistelu heikentää herkkyyttä ja aiheuttaa heikon tarkkuuden ja toisinnettavuuden. Ionien muodostus MALDI-tekniikan avulla edellyttää, että matriisiainetta on optimaalisessa suhteessa analyyttiin nähden. Saat parhaat tulokset käyttämällä vasta valmistettuja liuottimia ja kemikaaleja, jotka ovat mahdollisimman puhtaita (esimerkiksi CHROMASOLV LC-MS -liuottimia). Tarvittavat kemikaalit ja materiaalit standardiliuotin (asetonitriiliä 50 %, vettä 47,5 % ja trifluorietikkahappoa 2,5 %), jota myy o o o Sigma-Aldrich 1 ('Bruker standard solvent'; nro ), tai Honeywell Riedel-de Haen 2 ('Acetonitrile 50%, Water 47.5% and Trifluoroacetic acid 2.5%'; nro 19182), tai VWR International 3 ('SOLUTION OS'; nro PRLS ), Bruker Daltonik GmbH on testannut nämä liuokset ja suosittelee niitä IVD BTS:n liuotukseen. työnkulkua varten valittu MALDI-kohdelevy IVD Matrix HCCA-portioned (jota kutsutaan nimellä IVD HCCA ) (nro ) -liuos 4. Tarvittavat laitteet ja työkalut, jotka eivät sisälly toimitukseen sentrifugi, pipetit, pipetinkärjet kierrekorkkiset mikroputket (Sarstedt, nro ), joissa on kierrekorkit (Sarstedt, nro ) Valmistele IVD Matrix HCCA-portioned -liuos sen käyttöohjeissa kuvatulla tavalla. Sivu 4/12 IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Versio H

5 6.1 IVD BTS -näyte-erien valmistelu 1. Poista IVD BTS:tä sisältävä kierrekorkkinen putki pakastimesta ja anna sen tasapainottua vähintään 5 minuutin ajan huoneenlämmössä. 2. Lisää 50 (± 1) µl standardiliuotinta IVD BTS -pellettiin ja liuota pipetoimalla liuosta ylös- ja alaspäin vähintään 20 kertaa huoneenlämmössä. Varo liuoksen vaahtoamista! Huomautus Vaihtoehtona suositellun kaupallisesti saatavilla olevan standardiliuottimen käytölle voit sekoittaa 475 (± 5) µl HPLC-laatuista vettä, 25 (± 1) μl trifluorietikkahappoa ja 500 (± 5) µl asetonitriiliä 1,5 ml:n Eppendorf- putkessa, jolloin saat 1 ml standardiliuotinta. 3. Inkuboi IVD BTS -liuosta vähintään 5 minuuttia huoneenlämmössä ja sekoita sitä sitten pipetoimalla ylös- ja alaspäin vähintään 20 kertaa. 4. Sentrifugoi hetken ajan (10 (± 5) s; kierr./min; huoneenlämpö). 5. Pipetoi 5,0 (± 0,1) µl:n näyte-erät IVD BTS -liuosta kierrekorkkisiin mikroputkiin ja sulje putket tiukasti. 6. Säilytä näyte-eriä 18 C:ssa tai kylmemmässä. 6.2 IVD BTS -näytteen valmistelu MALDI-näytelevylle Huomautus Pakastettua IVD BTS -liuosta pitää sulattaa huoneenlämmössä vähintään 5 minuuttia ja sekoittaa napsauttelemalla kierrekorkkista mikroputkea sormella. Sentrifugoi hetken ajan (10 (± 5) s; kierr./min; huoneenlämpö). Kierrekorkkiset mikroputket pitää sulkea tiiviisti, ja niitä pitää säilyttää 18 C:ssa tai kylmemmässä heti IVD BTS - näytetäplän/-täplien valmistuksen jälkeen. Jokainen 5 µl:n näyte-erä sisältää riittävästi materiaalia vähintään neljään näytetäplään. IVD BTS pitää valmistella jokaiselle MALDInäytelevylle ennen käsittelyä. Huomautus Valmistellut MALDI- näytelevyt on mitattava 24 tunnin kuluessa valmistelusta. Jos valmistelusta on kulunut yli 24 tuntia, MALDI-näytelevyjä, joille on valmisteltu näyte, ei voi käyttää testaukseen, ja näytteen valmisteluprosessi on toistettava. 1. Pipetoi 1,0 (± 0,1) μl IVD BTS - liuosta vähintään yhteen (1) vapaaseen MALDI- näytelevyn sijaintiin. 2. Anna IVD BTS -näytetäplän/-täplien kuivua huoneenlämmössä. HUOMIO Jos IVD HCCA -liuosta ei lisätä näytteisiin 30 minuutin kuluessa siitä, kun näytteet ovat kuivuneet, kyseisiä sijainteja ei voi testata. 3. Peitä IVD BTS -näytetäplä/-täplät 1,0 (± 0,1) µl:lla IVD HCCA -liuosta. 4. Kuivaa uudelleen huoneenlämmössä. Saadun valmisteen tulee olla homogeeninen. Versio H IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Sivu 5/12

6 7 MALDI-TOF-massaspektrometrin kalibrointi IVD BTS:ää käyttäen 7.1 Käytettävät kalibrointipisteet Taulukko 2 Kalibrointipisteet, joiden massatoleranssiraja on ±300 ppm Proteiini Viitepaino (keskimassa) ± 300 ppm:n alue RL29 [M+2H] ,8 Da 3 636,7 Da 3 638,8 Da RS32 [M+H] ,8 Da 5 095,3 Da 5 098,3 Da RS34 [M+H] ,4 Da 5 379,8 Da 5 383,0 Da RS33meth [M+H] ,4 Da 6 253,5 Da 6 257,3 Da RL29 [M+H] ,5 Da 7 272,3 Da 7 276,7 Da RS19 [M+H] ,1 Da ,0 Da ,2 Da RNAasi A [M+H] ,2 Da ,1 Da ,3 Da Myoglobiini [M+H] ,3 Da ,2 Da ,4 Da 7.2 Kalibrointimenetelmät Sekä manuaalista että automaattista kalibrointimenetelmää voidaan käyttää. Manuaalista menetelmää voidaan käyttää kaikkien flexcontrol-versioiden kanssa, kun taas automaattista kalibrointimenetelmää käytettäessä tarvitaan flexcontrolin 3.3-versio tai uudempi Manuaalinen kalibrointimenetelmä 1. Aseta MALDI-näytelevy, jossa on valmisteltuivd BTS -näyte, MALDI-TOF -massa-spektrometriin. 2. Varmista, että flexcontrol on käynnissä. 3. Käytä flexcontrol- vakiomenetelmää MBT_ FC.par (lineaarinen ja positiivinen tila) mittausta ja kalibrointia varten. 4. Mittaa summaspektri manuaalisesti laskemalla yhteen 6 x 40 laserotosta IVD BTS -näytetäplän eri rasterisijainneista. Napsauta kunkin halutun rasterisijainnin kohdalla Start - painiketta ja sitten Add - painiketta, jolloin saat tallennettua yhteensä 240 laserotosta, minkä merkiksi näytössä näkyy. Laserin energiataso on optimoitava. Sivu 6/12 IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Versio H

7 Valinnaista: summaspektrin voi mitata vaihtoehtoisesti automaattisesti seuraavalla tavalla: Napsauta AutoXecute-välilehteä. Valitse autox-menetelmä MBT_AutoX Method-pudotusvalikosta (Kuva 1). Napsauta Run method on current spot -painiketta. Kuva 1 AutoXecute -välilehti, jossa voidaan valita MBT_AutoX-menetelmä summaspektrin automaattista mittausta varten Tämä mittaa summaspektrin automaattisesti. 5. Piilota näytössä oleva yksittäinen spektri napsauttamalla Single Buffer - työkalupalkkipainiketta. Tämä ottaa käyttöön Sum Buffer - työkalupalkkipainikkeen ja näyttää mitatun summaspektrin. 6. Tasoita summaspektri napsauttamalla Smooth Spectrum -työkalupalkkipainiketta (Kuva 2). Kuva 2 IVD BTS:n tasoitettu summaspektri 7. Napsauta Calibration -välilehteä ja valitse kalibrointitiedosto MBT_ Standard Mass Control List -pudotusvalikosta (Kuva 3). Kuva 3 Calibration-välilehti, jossa näkyy Mass Control List 8. Napsauta Automatic Assign - painiketta, jotta oikeat kalibrointihuiput poimitaan automaattisesti. Versio H IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Sivu 7/12

8 9. Tarkista, toimiko kalibrointihuippujen automaattinen määritys kunnolla. Kalibrointihuippujen luettelossa pitäisi näkyä, että kaikki huiput on määritetty ja että suurin poikkeama, Err/ppm, on enintään ±300 ppm kaikille huipuille (Kuva 4). Kuva 4 Kalibrointihuippujen automaattisen määrityksen tulos, jossa kaikki huiput on määritetty ja suurin poikkeama, Err/ppm, on alle ±300 ppm kaikille huipuille Toimi seuraavasti sen mukaan, millaiset tulokset ovat: Jos kaikki huiput on määritetty ja suurin poikkeama, Err/ppm, on alle ±300 ppm kaikille huipuille, kalibrointihuippujen automaattinen määritys onnistui. Jatka vaiheeseen (12). Jos kaikki huiput on määritetty, mutta suurin poikkeama, Err/ppm, on yli ±300 ppm jollekin huipulle, toista vaiheet (4) (9). Jos vain muutamia huippuja on määritetty ja suurin poikkeama, Err/ppm, on alle ±300 ppm kaikille huipuille, jatka vaiheeseen (10). Jos vain muutamia huippuja on määritetty, mutta suurin poikkeama, Err/ppm, on yli ±300 ppm jollekin huipulle, toista vaiheet (4) (9). Jos yhtään huippua ei ole määritetty, jatka vaiheeseen (11). 10. Napsauta Apply - painiketta ja toista automaattinen huippujen määritys napsauttamalla Automatic Assign -painiketta. Tarkista, onko kaikki huiput määritetty ja onko suurin poikkeama, Err/ppm, alle ±300 ppm kaikille huipuille. Jos kaikki huiput on määritetty ja suurin poikkeama, Err/ppm, on alle ±300 ppm kaikille huipuille, kalibrointihuippujen automaattinen määritys onnistui. Jatka vaiheeseen (12). Jos yhtään huippua ei ole määritetty tai jos suurin poikkeama, Err/ppm, on yli ±300 ppm jollekin huipulle, toista vaiheet (4) (9). Sivu 8/12 IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Versio H

9 11. Valitse manuaalisesti 6 255,4 Da:n huippu napsauttamalla huipun vasenta puolta spektrissä. Huipun viereisen pystyviivan pitää muuttua punaisesta vihreäksi merkkinä huipun määrityksen onnistumisesta (vastaavat tiedot kirjataan kalibrointihuippujen luetteloon). Napsauta Apply - painiketta ja toista automaattinen huippujen määritys napsauttamalla Automatic Assign -painiketta. Tarkista, onko kaikki huiput määritetty ja onko suurin poikkeama, Err/ppm, alle ±300 ppm kaikille huipuille. Jos kaikki huiput on määritetty ja suurin poikkeama, Err/ppm, on alle ±300 ppm kaikille huipuille, kalibrointihuippujen automaattinen määritys onnistui. Jatka vaiheeseen (12). Jos yhtään huippua ei ole määritetty tai jos suurin poikkeama, Err/ppm, on yli ±300 ppm jollekin huipulle, toista vaiheet (4) (9). 12. Kun kaikki huiput on määritetty ja suurin poikkeama, Err/ppm, on alle ±300 ppm kaikille huipuille, napsauta Apply-painiketta. 13. Tallenna uudet kalibrointiarvot flexcontrol-menetelmään ( MBT_FC.par). Save method as - työkalupalkkipainikkeen napsauttaminen tuo näyttöön Save flexcontrol Method As - valintaikkunan. Napsauta Save - painiketta. Vahvista tiedoston ( MBT_ FC.par ) korvaaminen napsauttamalla Yes-painiketta vahvistusikkunassa (Kuva 5). Kuva 5 Määritetyn menetelmätiedoston toisella korvaamisen vahvistusikkuna Automaattinen kalibrointiprosessi Huomautus Automaattista kalibrointiprosessia varten tarvitaan flexcontrolin 3.3-versio tai uudempi. 1. Aseta MALDI-näytelevy, jossa on valmisteltu IVD BTS -näyte, MALDI-TOF-massa-spektrometriin. 2. Varmista, että flexcontrol on käynnissä. 3. Käytä flexcontrol- vakiomenetelmää MBT_ FC.par (lineaarinen ja positiivinen tila) mittausta ja kalibrointia varten. Versio H IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Sivu 9/12

10 4. Valitse Tools > Method Calibration Parameters ( Kuva 6 ) flexcontrol- menetelmä kalibrointiasetusten asettamiseksi tai tarkistamiseksi. Huomautus Kalibrointiparametrit täytyy asettaa vain ensimmäiselle (aloitus) kalibroinnille. Myöhempiä kalibrointeja varten on tarkistettava vain oikean autox- menetelmän (MBT_AutoX) valinta. Kuva 6 Method Calibration Parameters -komento Tools-valikosta 5. Syötä tai tarkista automaattisen kalibroinnin parametriasetukset, jotka näkyvät kuvassa 7. Napsauta sitten OK -painiketta. Kuva 7 Edit Auto Calibration Parameters -valintaikkuna Sivu 10/12 IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Versio H

11 6. Tarkista Calibration- välilehdestä (Kuva 3 ), että Peak Assignment Tolerance -parametri on asetettu ppm:n enimmäisarvoon (Kuva 8). Kuva 8 Peak Assignment Tolerance -parametri 7. Aloita kalibrointiprosessi napsauttamalla Calibrate-painiketta. Summaspektri saadaan automaattisesti laskemalla yhteen 6 x 40 laserotosta IVD BTS -näytetäplän eri sijainneista, ja kalibrointi suoritetaan automaattisesti. Kalibrointitiedot sisältävä ikkuna avautuu, kun kalibrointi on onnistunut (Kuva 9). Päätä kalibrointi napsauttamalla OK-painiketta. Kuva 9 Kalibroinnin tietoikkuna 8. Jos kalibrointi epäonnistuu, toista automaattinen kalibrointi, vaiheet (4) (7), tai noudata manuaalisen kalibrointimenetelmän ohjeita, jotka kuvataan kohdassa Versio H IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Sivu 11/12

12 8 Valmistaja Bruker Daltonik GmbH Fahrenheitstraße Bremen Saksa Tuki Sähköposti: biotyper.support@bruker.com Puhelin: +49 (421) Faksi: +49 (421) Myyntitiedot Sähköposti: care@bruker.com Puhelin: +49 (421) Internet: Kuvaukset ja tekniset tiedot korvaavat kaikki aiemmat tiedot, ja niitä voidaan muuttaa ilman ilmoitusta. Copyright 2017 Bruker Daltonik GmbH Sivu 12/12 IVD Bacterial Test Standard Käyttöohjeet Versio H