MALDI-TOF MS menetelmä. Uuden laitteen myötä tarkka bakteeridiagnoosi nopeasti



Samankaltaiset tiedostot
Kalojen lääkitykset. Antibiootit. Loiskäsittelyt. Anestesia. Hormonihoidot. Rokotteet

Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen.

Kuolioinen suolistotulehdus kalkkunoilla -projektin kuulumisia. Päivikki Perko-Mäkelä Erikoistutkija, ELT Evira, Seinäjoki

Kalataudit vuonna 2014

Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa

Phoenix Automated Microbiology System. Terhi Miikkulainen-Lahti HUSLAB

MALDI-TOF massaspektrometria mikrobitunnistuksessa:

Miten MALDI-TOF MS -menetelmä on muuttanut diagnostiikkaa ja tunnistusta?

Bakteereja tunnistetaan a) muodon perusteella:

VITEK2 -käyttökokemuksia

Ohje laboratorioille mikrobikantojen ja positiivisten näytteiden lähettämisestä tutkittaessa ilmoitettavia eläintauteja

Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä

Yersinia pseudotuberculosis bakteerin osoittaminen

Sairauden oireet viljelykaloilla. ELL Pia Vennerström Erikoistutkija Tuotanto- ja villieläintutkimusyksikkö Evira, Helsinki

Käänteisestä rokotetutkimuksesta ratkaisu flavobakteeriongelmiin?

Kalatautikatsaus vuodelle 2016

Ulosteen bakteeriviljely 1 (F-BaktVi1) Markku Koskela, OYS, mikrobiologia Eveliina Tarkka, Huslab, bakteriologia

Patogeenisten Vibrio suvun bakteerien osoittaminen elintarvikkeista

Flavobakteerien taltuttaminen bakteerinsyöjillä - uusi mahdollinen vaihtoehto?

Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriosta

PCR - tekniikka elintarvikeanalytiikassa

1) Siipikarjanlihaa tutkittaessa esirikastusliemen määrä on 1000 ml:n sijasta 225 ml.

Ajankohtaista Eviran vertailulaboratoriotoiminnasta Standardisointiasiat

Hengityssuojainten käyttäjäkokemuksia Evirassa

MALDI-TOF MS -menetelmän soveltuvuus eläinlääketieteellisesti merkittävien Pasteurellaceae-heimon

Mittausepävarmuuden laskeminen ISO mukaisesti. Esimerkki: Campylobacter

Ajankohtaista referenssilaboratoriosta. Marjaana Hakkinen Evira, Elintarvike- ja rehumikrobiologian laboratoriojaosto

Mikrobilääkeresistenssin seuranta Suomessa ja tilanne muuhun Eurooppaan nähden

Bakteeriperäisen turistiripulin diagnostiikka nukleiinihaponosoitusmenetelmillä

Tornionjoen lohikuolemat : kuinka selvittää ja torjua samankaltaista tulevina vuosina? Perttu Koski, Tornio

Vetyperoksididekontaminaatiokokemuksia Evirassa Bioquell Z laitteistolla

Menestyminen ulkoisessa laadunarvioinnissa Miten meillä ja muualla? Eveliina Tarkka HUSLAB Bakteriologia Labqualitypäivät

Miten tulkitsen mikrobiologisia laboratoriovastauksia?

Utaretulehdusta aiheuttavien mikrobien eristäminen ja tunnistaminen

Kalojen siirtoihin liittyvien tautiriskien hallinta Hanna Kuukka-Anttila

Yersinioiden laboratoriodiagnostiikka: viljely ja fenotyypitys

Alere i. Molecular. In minutes. PAINA TÄTÄ NIIN NÄET SEURAAVAN SIVUN

Kliinisesti merkittävien bakteerien jaottelua

Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka.

UUDET TEKNIIKAT SISÄYMPÄRISTÖN MIKROBIEN TOTEAMISESSA

Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa

Olli Meurman Labquality-päivät

Kokemuksia kromogeenisten maljojen käytöstä sienilaboratoriossa. Pirkko Koukila-Kähkölä Mykologian yksikkö

Mikrobiologisten menetelmien uudistukset vuonna 2017

Koagulaasipositiivisten stafylokokkien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka.

M I K P I N T A S I V E L Y N Ä Y T T E E T. Jokivarren koulu Sorvatie 16 Vantaa Hanke 5271

Uutta pikadiagnostiikkaan

Nekroottinen enteriitti kalkkunoilla

Bakteerien antibioottiherkkyyden tutkiminen kiekkoherkkyysmenetelmällä

1.1 Rypsin ja rapsin muut kuin hybridit, muut kuin rehukäyttöön tarkoitetut lajikkeet vähintään - perussiemen 99.9 % - sertifioitu siemen 99.

Laajakirjoisia beetalaktamaaseja tuottavat bakteerit ja MRSA - Uudet ilmoitettavat eläintaudit

Kokogenomisekvensointi (WGS)

Campylobacter jejuni/coli/lari- bakteerien osoittaminen siipikarjan umpisuolinäytteistä.

ANVIA ONLINE BACKUP ASENNUSOPAS 1(7) ANVIA ONLINE BACKUP ASENNUSOPAS 1.0

Salmonella. Osoittaminen eläinten elin- ja ulostenäytteistä, tuotantoympäristönäytteistä ja elintarvikkeista MSRVmenetelmällä.


THL:n laboratoriopohjainen seuranta ja kantakokoelmaan lähetettävät bakteerikannat,

Streptococcus equi ssp. zooepidemicus -bakteerin osoittaminen ja tunnistaminen

Bioturvakoulutus Kalaterveyspäivä

Faban korvamerkit. tammikuu 2012 Hannu Myllymäki / Jalostusneuvojat

Elatusaineiden laadunvarmistus esimerkki tulkinnasta ISOstandardimenetelmässä

Metsäpatologian laboratorio tuhotutkimuksen apuna. Metsätaimitarhapäivät Anne Uimari

Kalataudit vuonna 2017

LC-MS JA MASSASPEKTROMETRIAN MONET KÄYTTÖTARKOITUKSET KLIINISESSÄ KEMIASSA

VERIRYHMÄT JA VERIRYHMÄVASTA-AINEET

Aloittelevan kunnallispoliitikon tunnustukset

MRSA-kantojen seulonta rikastusten ja selektiivisen kiinteän kasvatusalustan avulla

VERTAILULABORATORIOTOIMINTA

LIITE 5: VIHANNES- JA HEDELMÄTUOTTEITA VALMISTAVA ELINTARVIKEHUONEISTO, KASVIPERÄISTEN ELINTARVIKKEIDEN MAAHANTUOJAT

sulfatiatsoli meripihkahappoanhydridi eli dihydro-2,5- furaanidioni etanoli (EtaxA, 99 %)

Massaspektrometria ja kliiniset proteiinibiomarkkerit

1) Jatkotutkimuksiin on lisätty serotyypitys sekä virulenssigeenien osoitus PCRmenetelmillä.

Mikrobilääkeresistenssin esiintyminen sianlihan tuotantoketjussa

1. ELÄINLÄÄKKEEN NIMI. ALPHA JECT 3000 Injektioneste, emulsio merilohelle 2. LAADULLINEN JA MÄÄRÄLLINEN KOOSTUMUS

1) Jatkotutkimuksiin on lisätty serotyypitys sekä virulenssigeenien osoitus PCRmenetelmillä.

Mikrobiologisten tulosten laskeminen

Materiaalinäytteiden qpcr-tulosten tulkinnasta

Kvantitatiivisen PCR:n käyttö mikrobivaurion toteamisessa

Clostridium perfringens -bakteerin määrittäminen ja tunnistaminen. Pesäkelaskentatekniikka.

Liuottimien analytiikka. MUTKU-päivät 2016, Jarno Kalpala, ALS Finland Oy

Vaatimusmääritelystä UML:n avulla

Näytteiden tutkiminen elintarvike- ja talousvesivälitteisessä epidemiassa

VESIMIKROBIOLOGIA Ajankohtaista laboratoriorintamalla Workshop yhteenveto

Entsyymit ja niiden tuotanto. Niklas von Weymarn, VTT Erikoistutkija ja tiiminvetäjä

Tieteellisen kirjoittamisen kurssi, kevät Teemu Kerola. Referaatti. Valitse tutkielman aihepiiriin sopiva artikkeli

ILMASTOINTI Texa Konfort 780R Bi-Gas

Luonnossa menestyvät istukkaat Kalatautien haitallisuuden vähentäminen

Kokogenomisekvensointi elintarvikevälitteisten tautibakteerien seurannassa ja epidemianselvityksissä

Enterobakteerien määrittäminen. Pesäkelaskentatekniikka.

5. Luento: Rinnakkaisuus ja reaaliaika. Tommi Mikkonen,

GPS Miten opin käyttämään? Mihin käytän?

Maaperän biologinen monimuotoisuus Tuhannet tuntemattomat jalkojemme alla

MITÄ VIRHEITÄ TEHDÄÄN VIERIANALYTIIKASSA

Kesän 2014 lohikuolemat uhkaavatko kalataudit Tornionjoen lohikantoja? Perttu Koski, Tornio

Meritaimenen taudit ja laatu poikaslaitoksilla. Päivi Rintamäki PRIK-palvelut

REKISTERIOTE Hyväksytty tai rekisteröity laboratorio. SeiLab Oy, Seinäjoen elintarvike- ja ympäristölaboratorio. Vaasantie 1 C SEINÄJOKI Puh.

Massaspektrometria. magneetti negat. varautuneet kiihdytys ja kohdistus

KROMOGEENISET MALJAT, PERIAATE, TAUSTA. Pauliina Kärpänoja Laaduntarkkailupäivät 2007

Campylobacter jejuni/coli/lari bakteerien osoittaminen ja tunnistaminen.

Moderni diagnostiikka, nopeampi vastaus Kokemuksia Puijon laboratoriosta. Sairaalamikrobiologi Jaana Pentikäinen

Transkriptio:

MALDI-TOF MS menetelmä Uuden laitteen myötä tarkka bakteeridiagnoosi nopeasti Erikoistutkija Tarttuvien tautien erikoiseläinlääkäri Eläintautibakteriologian tutkimusyksikkö Helsingin laboratoriojaosto Evira

Esityksen sisältö MALDI-TOF MS -laitteen toimintaperiaate ja käyttö Laitteen toimintaperiaate Bakteerin tunnistus käytännössä Menetelmän edut Menetelmän rajoitukset ja kriittiset tekijät Eviran kokemuksia menetelmän käytöstä kalatautibakteereiden tunnistuksessa Hyvin tunnistuvat kalabakteerit Huonommin tunnistuvat kalabakteerit

MALDI-TOF MS Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time Of Flight Mass Spectrometry l. Matriisiavusteinen laserdesorptio/ionisaatio-lentoaika massaspektrometria

Laitteen toimintaperiaate Mittaa bakteerin hyvin konservoitunutta ja runsasta pääasiassa ribosomaalista proteiinia (proteomia) Analysoi minkä painoisia (=massa) proteiinimolekyylejä ja kuinka paljon niitä bakteerissa on (=intensiteetti) massavälillä 2000-20000 Da (~m/z)

Laitteen toimintaperiaate 1. Laite laskee eripainoisten proteiinimolekyylien määristä > massaspektrin ( sormenjälki ) 2. Laite vertaa saatua kannan massaspektriä laitteen kirjastossa (tietokannassa) oleviin bakteerikantojen spektreihin 3. Laite listaa 10 parasta tunnistusosumaa tulosarvoilla l. scoreilla 0 3.0

Tulosarvojen (0 3.0) luotettavuus Tulosarvo 2.300-3.000: hyvin todennäköinen lajitunnistus Tulosarvo 2.000-2.299: varma sukutunnistus, todennäköinen lajitunnistus Tulosarvo 1.700-1.999: todennäköinen sukutunnistus Tulosarvo 0-1.699: epäluotettava tunnistus (not reliable id) No peaks 0 (ei spektriä, näytteessä vika, yl. liian paksu levitys näytepaikkaan tai joku muu virhe)

Bakteerikannan tunnistus käytännössä Näytteen käsittely: 1. Bakteerimassaa pesäkkeestä sellaisenaan levitetään näytelevylle ja päälle lisätään matriisia (apuainetta) Matriisi: kyllästetty alfa-syano-4-hydroksikanelihappo Tai (harvemmin): 2. Pikauutto: näytelevylle levitetyn bakteerimassan päälle pipetoidaan 70% muurahaishappoa ja päälle lisätään matriisia 3. Uutto: bakteerimassasta erotetaan proteiini uuttamalla, uutetta pipetoidaan näytelevylle ja päälle lisätään matriisia

Tunnistus suoraan bakteeripesäkkeestä Hammastikulla otetaan bakteerimassaa pesäkkeestä (+ tätä ennen viljellään puhdasviljelmä samasta pesäkkeestä)

Näyte levitetään näytelevylle Näyte levitetään teräksisen 96-paikkaisen näytelevyn 2 näytepaikkaan (spottiin)

Matriisin lisäys Näytteen päälle lisätään 1 ul matriisia

Näytelevy viedään laitteen sisään

http://www.mayomedicallaboratories.com/images/articles/communique/2013/01-maldi-tof-massspectrometry/maldi-tof.jpg :

Ajon kulku Ajo seurattavissa näytöllä on-line: laite laskee näytteen molekyylien lentoajoista ja määristä summaspektrin ja hakee ja listaa osumat

Massaspektri (x = massa, y= intensiteetti)

Neljän eri bakteerilajin spektrit suurennos massavälillä 7400 8100 Da (m/z)

Yhden näytteen tulos (Hafnia alvei)

Menetelmän edut Nopeus ja suuri kapasiteetti Tunnistus onnistuu yleensä suoraan yhdestä primaari l. ensiviljelmän bakteeripesäkkeestä eikä muita tunnistustestejä tarvita Yhden kannan näytelevylle laitto, kirjaus laitteen ohjelmaan ja ajo (yleensä kaksi näytepaikkaa/kanta) kestää muutamia minuutteja Kapasiteetti jopa n. 500 kantaa/työpäivä Yksinkertainen suorittaa Yl. riittää suora bakteerimassan levitys hammastikulla näytelevylle Pikauutto näytelevyllä helppo ja nopea, uutto n. 15 min

Menetelmän edut Kirjastoa voi itse täydentää (Brukerin laite) Edullisuus Yhden näytteen (2 näytepaikkaa) ajon kuluttamat tarvikkeet ja reagessit 80 snt, uutto n. 15 snt / näyte Laite n 180 000 + huoltosopimus Vähentää jatkoviljelmiä, niistä tehtäviä muita tunnistustestejä, elatusaineita ja työtä Huolto Melko toimintavarma Muutama huolto-säätötoimenpide mahdollista tehdä itse Etähuolto toiminut hyvin

Rajoitukset ja kriittiset tekijät Tunnistaa vain kirjastossa olevia bakteerikantoja Laitevalmistajan kirjastossa nyt n. 2200 eri lajia, 5627 eri kantaa (päivityksiä tulee ajoittain) Jos kirjastossa on vain yksi ko. lajin kanta edustettuna > tunnistusvarmuus heikompi kuin jos kirjastossa on useita eri kantoja ko. lajia (kantavaihtelu lajin sisällä) Tunnistusvarmuus yleensä paranee, kun viety itse eristetty paikallinen kanta kirjastoon Kirjastoon saa viedä vain luotettavasti varmennettuja kantoja (ATCC, DSM, NCTC, sekvensoidut, PCRtunnistetut ) 18.6.2014 TUVI kokous

Rajoitukset ja kriittiset tekijät Tiettyjen bakteerisukujen lajien spektrit hyvin lähellä toisiaan > lajitunnistus epävarma, menevät sekaisin Alalajien erottaminen ei yleensä onnistu > tarvitaan muita lisätestejä erottamiseen On hyvä edelleen tuntea eri bakteerisukujen ja lajien pesäkkeiden ulkonäköä, jotta voi kriittisesti arvioida hyvänkin osuman ja tulosarvon luotettavuutta Jotkut toistensa lähellä olevat suvut ja lajit voivat tunnistua ristiin ja joskus harvoin saadaan myös täysin virheellisiä hyviä tuloksia 18.6.2014 TUVI kokous

Rajoitukset ja kriittiset tekijät Näytteen pitää olla ehdottomasti puhdas ja (yleensä) tuore bakteerimassa - kanta tai miel. 1 pesäke Sopivanpaksuisen bakteerimassan levitys näytelevylle kriittinen tekijä! erilaiset pesäkekonsistenssit kädenjälki vaikuttaa

MALDI-TOF MS -kokemuksia kalabakteereiden tunnistuksessa

Laite ollut käytössä Evirassa tammikuusta 2014 alkaen (Bruker Biotyper MALDI-TOF MS laite) Tutkittu mm. Eviran kantakokoelmaan pakastettuja bakteerikantoja, ml. kalabakteerikantoja (tyyppikantoja ja omia eristyksiä) sekä 2014 alusta alkaen on-line näytteeksi tulleista eläimistä ml. kaloista eristettyjä bakteerikantoja Laitteen omassa kirjastossa on valmiiksi monia kaloille tauteja aiheuttavia bakteerilajeja: Yersinia ruckeri, Hafnia alvei, Vibrio anguillarum, monia muita vibriolajeja, ASS, Carnobacterium maltaromaticum (ent. piscicola), Iodobacterium fluviatilis, Edwardsiella tarda, Aeromonas hydrophila, A, caviae, A. sobria, Shewanella, Plesiomonas ym.

Laitteen omasta kirjastosta puuttuu kaloille tauteja aiheuttavia tärkeitä bakteerilajeja: Renibacterium salmoninarum, Flavobacterium psychrophilum, F. columnare ja Pseudomonas anguilliseptica > Olemme lisänneet kirjastoon itse em.: - Renibacterium salmoninarum - Flavobacterium psycrophilum - Flavobacterium columnare - Pseudomonas anguilliseptica (sekvensoitu itse eristetty kanta)

Kalabakteereiden spektrejä Renibacterium salmoninarum, Yersinia ruckeri, Flavobacterium psychrophilum, Pseudomonas anguilliseptica, Edwardsiella tarda

Kalabakteerit ovat yl. hidaskasvuisia kasvua kasvualustalle ilmaantuu 2-7 päivässä, renibakteerin kasvu jopa 6(-12) viikkoa >Perinteisiä biokemiallisia tunnistustestejä käytettäessä tarvittavan puhtaan ja riittävän bakteerimassan kasvatus jatkoviljelmässä vie aikaa > bakteriologinen tutkimustulos valmistuu n. 1-2 vk:ssa (flavot ja varsinkin renibakteeri pidempään) > Maldi-tof -tunnistus nopeuttaa huomattavasti tutkimusta, kun voidaan useimmiten tehdä jo ensiviljelmän yksittäisestä pesäkkeestä

Maldi-tofilla hyvin tunnistuvia kalabakteerilajeja Renibacterium salmoninarum tunnistuu erittäin hyvin ( score 2,25) ilman uuttoa primaariviljelmästä, heti kun kasvua (10 pv us. vk), mutta myös jopa 3-4 viikon ikäisestä kasvusta Flavobacterium psychrophilum tunnistuu hyvin ( 2.0) suoraan 3-7 pv ikäisen primaariviljemän pesäkkeestä kannattaisi viedä kirjastoon paikallinen kanta > tunnistusvarmuus/tulosarvo paranisi Flavobacterium columnare? Tunnistuu todennäköisesti hyvin (SVA) vähän testattu Evirassa Agariin tarttuva hankala pesäke, vaikea saada sopivaa tasaista massaa näytelevylle edes uuttamalla

Hyvin tunnistuvia kalabakteerilajeja Yersinia ruckeri (enterobakteeri) Tunnistuu erittäin hyvin suoraan ( 2,3) (1-)2 pv ikäisen primaari(ensi)viljelmän pesäkkeestä Ei erota biotyyppejä 1 ja 2 > lisäksi liikkuvuus, SW-malja (Tween 80 hydrolyysi) > biotyyppi (+ 2 pv) - Hafnia alvei (enterobakteeri) Tunnistuu erittäin hyvin suoraan pesäkkeestä ( 2,3) (1-)2 pv ikäisen primaariviljelmästä (Y. ruckerin diffinä tärkeä erottaa) Edwardsiella tarda (enterobakteeri) Tunnistuu erittäin hyvin ( 2.3) suoraan (1-)2 pv ikäisen primaariviljelmän pesäkkeestä

Hyvin tunnistuvia kalabakteerilajeja Vibrio anguillarum Tunnistuu hyvin ( 2,3) suoraan (1-)2 pv ikäisen primaariviljelmän pesäkkeestä. Pieni varaus vielä muiden vibrioiden suhteen (sekoittuvatko lajit), vähän ehditty vertailla Evirassa. (Kaikki tutkitut V.a tulleet V.a toistaiseksi) Pseudomonas anguilliseptica tunnistuu erittäin hyvin suoraan ( 2,3), 3-7 päivän ikäisen primaariviljelmän pesäkkeestä suht. hidaskasvuinen ja biokemiallisesti reagoi huonosti > vaikea tunnistaa biokem. testeillä

Ongelmalliset Aeromonas salmonicida ssp salmonicida ASS ASA (epätyypillinen AS) puuttuu kirjastosta A. salmonicidat sekoittuvat keskenään ja ainakin Aeromonas bestiarumin kanssa (spektrit hyvin lähellä toisiaan) Aeromonas hydrophila, sobria, caviae Sekoittuvat ja joskus jopa A. salmonicidan kanssa (kanta antanut joskus hyvän tulosarvon A. salmonicida!) Pesäkkeet kuitenkin tunnistettavan erilaisia! > Aeromonakset tunnistuvat hyvin sukutasolle, ehkä lajitasolle osittain. Ei alalajitasolle.

Kalabakteerit, joita testattu vähän Muut vibriot kuin anguillarum? vähän testattu Evirassa Iodobacterium sp. (lahnoilla ym.) laitteen kirjastossa yksi kanta: I. fluviatilis? Vähän kantoja testattu: Eviran eristykset I. fluviatilis > 1.7 (=sukutasolle) Carnobacterium maltaromaticum (ent. piscicola) Laitteen kirjastossa yksi kanta? Kokeiltu vähän Evirassa (vähän kantoja kokoelmassa), saattaa mennä sekaisin Lactobacillus-suvun lajien kanssa

>> Kannoille, jotka eivät tunnistu luotettavasti, on tehtävä edelleen perinteisiä biokemiallisia ja molekyylibiologisia tunnistustestejä (PCR).

YHTEENVETO MALDI-TOF MS on mullistavan nopea, helppo, halpa ja luotettava useimpien (kala)bakteerilajien tunnistusmenetelmä (kunhan muistaa menetelmän rajoitukset!)

KIITOS!