PRO GRADU -TUTKIELMA Jarmo Niemelä Ohjeita tilastotieteen pro gradu -tutkielmien tekijöille TAMPEREEN YLIOPISTO Luonnontieteiden tiedekunta Tilastotiede Tammikuu 2017
2
Tampereen yliopisto Luonnontieteiden tiedekunta SUKUNIMI, ETUNIMI: Tutkielman nimi Pro gradu -tutkielma, xx s., x liites. Tilastotiede Tammikuu 2017 Tiivistelmä Pro gradu -tutkielmaan on liitettävä tiivistelmä, jonka sisältö on kopioitava NettiOpsuun sivulla http://www.uta.fi/kirjasto/julkaiseminen/pro_gradu.html olevien ohjeiden mukaisesti. Tiivistelmien laatimisesta on olemassa standardi SFS 3855, josta seuraavassa muutamia tärkeimpiä kohtia. Huomaa erityisesti, että lyhyt tiivistelmä kirjoitetaan yhtenä kappaleena eikä luettelona, kuten tämä ohje. Tiivistelmän tulee olla lyhyt ja selkeä kuvaus dokumentin sisällöstä. Tiivistelmästä tulee ilmetä kaikki kirjoituksen sisältämät johtopäätökset ja uudet tiedot. Tiivistelmä jäsentyy samoin kuin dokumentti, josta se laaditaan. Suomenkielisen tiivistelmän pituudeksi riittää yleensä alle 200 sanaa. Pitkienkin tiivistelmien tulee mahtua yhdelle sivulle ja olla enintään 400 sanaa. Tiivistelmän tulee olla itsenäinen esitys niin, että se on ymmärrettävissä ilman alkuperäistä dokumenttia. Tiivistelmässä tulee käyttää lyhyitä, täydellisiä lauseita. Lyhyet tiivistelmät kirjoitetaan yhdeksi kappaleeksi, pitkissä voi käyttää kappalejakoa. Tiivistelmä on kirjoitettava mieluiten passiivimuodossa. Tiivistelmässä ei saa käyttää vakiintumattomia lyhenteitä, symboleja eikä termejä selittämättä niitä. Koska tiivistelmä tallennetaan sähköiseen muotoon pelkkänä tekstinä, niin tiivistelmässä ei pidä käyttää kuvioita, taulukoita tai monimutkaisia matemaattisia kaavoja. Asiasanat Tiivistelmän jälkeen samalle sivulle voidaan lisätä korkeintaan kuusi sellaista tutkielmaa kuvaavaa asiasanaa (key words), joita ei ole käytetty tutkielman nimessä. Asiasanoina voidaan käyttää tutkielmassa käytettyjä menetelmiä, tutkielman aihepiiriä, sekä tutkielman nimessä olevien sanojen tai käsitteiden synonyymeja. Asiasanojen on oltava mieluummin täsmällisiä ja yksilöityjä kuin yleisiä, 3
mutta toisaalta mitään uutta ja vakiintumatonta termiä ei pidä käyttää asiasanana. Yhteen asiasanaan ei pidä yhdistää useita eri käsitteitä. Matemaattisten merkkien ja muiden erikoismerkkien tai lyhenteiden käyttöä tulee välttää. Asiasanat tulee kirjoittaa mieluummin yksikössä kuin monikossa. Lisäohjeita asiasanojen valinnasta löytyy esimerkiksi yleisestä suomalaisesta asiasanastosta1 sekä artikkelista Key Words and Phrases The Key to Scholarly Visibility and Efficiency in an Information Explosion (Grub & Trumbo 1995), joka on saatavilla osoitteesta http://amstat.tfjournals.com/keywords-and-phrases/. 1http://finto.fi/ysa/fi/ 4
Sisältö 1 Johdanto 7 1.1 LATEX-dokumenttiluokka utastmth.................. 7 1.2 Pro gradu -tutkielman tarkastettavaksi jättäminen.......... 9 2 Tutkielman rakenne ja ulkoasu 10 2.1 Nimiösivu............................... 10 2.2 Väliotsikot............................... 10 2.3 Lauseet, määritelmät ja esimerkit................... 10 2.4 Matemaattiset lausekkeet....................... 11 2.5 Taulukot................................ 11 2.6 Kuviot................................. 13 2.7 Ohjelmalistaukset........................... 14 3 Lähdeviitteet ja lähdeluettelo 16 3.1 Lähdeviitteiden muoto........................ 16 3.2 Makropaketin natbib käyttö...................... 17 3.3 Lähdeluettelon laatiminen...................... 18 Lähteet 20 Liite: BibTEXin käyttö 22 5
6
1 Johdanto Tämä kirjoitelma sisältää ohjeita Tampereen yliopiston tilastotieteen pro gradu -tutkielmien kirjoittajille. Samalla tämä toimii tutkielman mallina ulkoasun ja muotoseikkojen suhteen. Tässä esitettyjä ohjeita ei silti tarvitse noudattaa orjallisesti omaa harkintaa saa ja pitääkin käyttää. 1.1 L A TEX-dokumenttiluokka utastmth Tämä dokumentti on tehty LATEX-ohjelmistolla ja tutkielmien kirjoittamista varten tehdyllä LATEX-dokumenttiluokalla utastmth, jonka yhdessä muiden tarvittavien tiedostojen kanssa saa osoitteesta http://www.uta.fi/sis/mtt/mttts2/tutkielmapohja.html. Tässä oletetaan, että tutkielma kirjoitetaan LATEXilla ja että käytettävissä on tämän kirjoitelman LATEX-tiedosto sekä dokumenttiluokka utastmth. Lukijan oletetaan tuntevan LATEXin käytön perusteet. Tarvittaessa perustiedot voi hankkia esimerkiksi sivulta http://www.uta.fi/sis/mtt/latex/ löytyvän materiaalin avulla. Dokumenttiluokka utastmth pohjautuu LATEXin dokumenttiluokkaan report, josta on karsittu pois mm. sivukoon, kirjainkoon ja kaksipalstaisuuden optiot. Sivukokona on siten aina A4 ja kirjainkokona 12 pistettä. Dokumenttiluokan report otsikoiden kokoa on pienennetty ja listarakenteita on tiivistetty pystysuunnassa. Dokumenttiluokassa utastmth on käytettävissä seuraavat vaihtoehtoiset optiot, joista ensimmäiset ovat oletusarvoina: final, draft Optio draft merkitsee ylipitkät rivit paksulla mustalla viivalla:. Optio draft vaikuttaa myös makropakettiin graphicx, jossa se estää kuvien tulostumisen. Kuvien paikalla esitetään vain kehys ja kuvatiedoston nimi. twoside, oneside Muuttaa eräitä asetuksia sen mukaan, onko dokumentti tarkoitettu tulostettavaksi paperin yhdelle puolelle vai molemmille puolille. Yliopiston kirjaston ohjeen mukaan yli 60-sivuiset pro gradu -tutkielmat painetaan kaksipuolisina, jolloin käytetään oletusarvoista optiota twoside. Jos pro gradu -tutkielmassa on korkeintaan 60 sivua, se painetaan yksipuolisena eli vain paperin yhdelle puolelle, jolloin käytetään optiota oneside. Näin sen vuoksi, että kovin ohuen tutkielman selkään ei mahdu tekijän nimeä. Sivumäärään lasketaan tutkielman kaikki sivut nimiösivusta viimeiseen liitesivuun asti. openany, openright Kaksipuolisessa tulostuksessa optio openright aloittaa luvut aina aukeaman oikeanpuoleiselta sivulta. Lisäksi dokumenttiluokalle voi antaa globaaleja optioita, jotka välitetään makropaketeille. Dokumenttiluokka utastmth ei lataa mitään makropaketteja, joten tarvittavat makropaketit on otettava käyttöön erikseen kussakin dokumentissa. Suomenkielisen tilastotieteen tutkielman kirjoittamisen kannalta välttämättömiä tai lähes välttämättömiä makropaketteja ovat seuraavat: 7
inputenc Tämän makropaketin optiolla valitaan syötemerkistö. babel Tämä makropaketti optiolla finnish huolehtii eräiden automaattisesti generoitujen sanojen suomentamisesta ja ottaa käyttöön suomen kielen tavutuksen. Myös muiden kielten optioita voidaan käyttää, esimerkiksi \usepackage[english,finnish]{babel} amsmath ja amssymb Nämä makropaketit antavat perus-latexia monipuolisemmat välineet matemaattisten kaavojen ladontaan. Makropaketin amsmath optioilla leqno ja intlimits asetetaan kaavojen numerot palstan vasempaan reunaan sekä integrointirajat integraalimerkin ylä- ja alapuolelle. Standardidokumenttiluokista poiketen dokumenttiluokassa utastmth ei tarvitse käyttää makropakettia fontenc, koska suomenkielisten dokumenttien edellyttämä tulostusmerkistön T1-koodi otetaan käyttöön jo dokumenttiluokassa. Seuraavassa on vielä muita suositeltavia ja hyödyllisiä makropaketteja. amsthm Mikäli dokumentissa on otsikoituja lauseita, määritelmiä, esimerkkejä tms., niin niiden ulkoasua voi muokata makropaketilla amsthm. bm Makropaketilla bm saadaan käyttöön matematiikkatilan lihavoidut kursiivikirjaimet. Nämä saataisiin myös makropaketilla amsmath, mutta makropaketti bm on tässä suhteessa parempi vaihtoehto. booktabs ja dcolumn Mikäli dokumentissa on taulukoita, niin niiden ulkoasu saadaan yhdenmukaiseen ja siistiin muotoon makropaketin booktabs komennoilla. Makropaketilla dcolumn voidaan taulukoissa olevat desimaaliluvut tasata sarakkeittain desimaalipilkun tai -pisteen kohdalta. caption Kuvioiden ja taulukoiden otsikot voidaan muotoilla haluttuun muotoon makropaketilla caption. fancyvrb Ohjelmalistauksia ja muita koodiesimerkkejä voidaan esittää makropaketin fancyvrb ympäristöllä Verbatim. graphicx Mikäli dokumenttiin halutaan liittää ulkoisia kuvatiedostoja, niin on käytettävä makropakettia graphicx. hyperref Mikäli esimerkiksi lähdeluettelo sisältää URL-osoitteita, niin niiden esittämiseen kannattaa käyttää makropaketin hyperref komentoa \url. Makropaketti hyperref tekee automaattisesti hypertekstilinkit URL-osoitteisiin ja tekstin sisäisiin viittauksiin. listings Useiden ohjelmointikielten ohjelmalistauksia voidaan esittää ja muotoilla automaattisesti makropaketilla listings. natbib Makropaketin natbib avulla voidaan lähdeviitteissä ja lähdeluettelossa käyttää nimi-vuosijärjestelmää (ks. s. 16). newtxtext ja newtxmath Makropaketeilla newtxtext ja newtxmath saadaan käyttöön Times New Roman teksti- ja matematiikkafontit, joita Tampereen yliopiston graafinen ohjeisto suosittelee käytettäväksi. 8
pdfpages Jos tutkielmaan kuuluu liite tai liitteitä, jotka on tehty jollain toisella ohjelmalla, niin ne voi liittää tutkielmaan pdf-tiedostoina makropaketin pdfpages komennolla \includepdf. Dokumenttiluokka utastmth ei määrittele uusia, LATEXin standardidokumenttiluokista poikkeavia komentoja. Näin ollen dokumenttiluokan vaihtaminen tarvittaessa pitäisi olla helppoa. Kaikki tutkielman kirjoittamisessa tarvittavat uudet komennot on siis määriteltävä dokumentin esittelyosassa (ennen komentoa \begin{document}). Tämän kirjoitelman LATEX-tiedostossa on malliksi muutamia toivottavasti hyödyllisiä komentoja. 1.2 Pro gradu -tutkielman tarkastettavaksi jättäminen Ohjeet Tampereen yliopiston pro gradu -tutkielmien tallentamisesta NettiOpsuun tarkastamista ja julkaisua varten ovat sivulla http://www.uta.fi/kirjasto/julkaiseminen/ pro_gradu.html. Tutkielma tallennetaan yhtenä pdf-tiedostona. Ensin on kuitenkin varmistettava tutkielman ohjaajalta, että tutkielma on täysin valmis tarkastus- ja hyväksymisprosessia varten. Tutkielma saadaan vaadittuun pdf-muotoon suoraan LATEXilla, joten mitään ulkopuolista ohjelmaa ei tähän tarvita. Tutkielman LATEX-tiedostossa kannattaa käyttää makropakettia hyperref, joka tekee tekstin sisäisistä viitteistä ja URL-osoitteista hypertekstilinkkejä. Tämä helpottaa pdf-tiedoston selaamista näytöllä. 9
2 Tutkielman rakenne ja ulkoasu 2.1 Nimiösivu Tutkielman nimiösivun tulee sisältää sopivasti aseteltuina ne tiedot, jotka ovat tämän mallitutkielman nimiösivulla. Tutkielman aihepiiri ja sisältö on yksilöitävä tutkielman nimessä mahdollisimman täsmällisesti ja lyhyesti, sillä tieteellisen tiedon haku tietokannoista tapahtuu ensisijaisesti julkaisun nimen ja erillisten hakusanojen avulla. Vältä matemattisia merkkejä ja muita erikoismerkkejä sekä lyhenteitä tutkielman nimessä. 2.2 Väliotsikot Dokumenttiluokassa utastmth on käytettävissä LATEXin tavanomaiset otsikkokomennot, mutta on suositeltavaa rajata otsikkotasojen lukumäärä korkeintaan neljään: 1. \chapter, 2. \section, 3. \subsection, 4. \paragraph. Näistä kolme ensimmäistä on oletusarvoisesti numeroitu ja ne myös lisätään sisällysluetteloon. Komento \paragraph tekee kappaleen sisäisen, numeroimattoman otsikon ja sitä voidaan tarvittaessa käyttää myös suoraan otsikkotasojen \chapter ja \section alla. Liitteet numeroidaan suuraakkosin, A, B, C,..., minkä LATEX tekee automaattisesti komennon \appendix jälkeen. Jos tutkielmassa on vain yksi liite, niin sitä ei numeroida. 2.3 Lauseet, määritelmät ja esimerkit Lauseet, määritelmät ja esimerkit otsikoidaan ja numeroidaan (jos niitä on enemmän kuin yksi) käyttäen LATEXin \newtheorem-komennolla määriteltyjä ympäristöjä. Lauseympäristöjen muotoiluun käytetään makropakettia amsthm, jonka käyttöohjeet ovat LATEX-ohjelmiston kansiossa tiedostossa /doc/latex/amscls/amsthdoc.pdf tai osoitteessa http://mirrors.ctan.org/macros/latex/required/amscls/doc/amsthdoc.pdf. Lause 2.1. Lauseiden teksti kursivoidaan. Todistus. Lauseiden todistukset kirjoitetaan makropaketin amsthm proof-ympäristöön. Apulause 2.2. Apulauseissa käytetään yhteistä numerointia lauseiden kanssa. 10
Bonferronin epäyhtälö. Nimetty, numeroimaton lause. Määritelmä 2.1. Määriteltävät käsitteet voidaan korostaa kursivoimalla, mutta muuten määritelmien tekstiä ei kursivoida, koska kursiivin teho korostuskeinona heikkenee, jos sitä käytetään jatkuvasti. Esimerkki 2.1. Esimerkkien tekstiä ei kursivoida. Huomautus. Huomautuksia ei tarvinne numeroida. 2.4 Matemaattiset lausekkeet Jos dokumentti sisältää matemaattisia lausekkeita, niin on suositeltavaa aina käyttää makropaketteja amsmath ja amssymb, koska nämä antavat perus-latexia monipuolisemmat välineet matematiikan ladontaan. Lisäksi, jos halutaan käyttää lihavoituja kursiivikirjaimia vektoreiden ja matriisien symboleina (esim. a, A), niin ne saadaan parhaiten makropaketin bm komennolla \bm. Tärkeimmät matemaattiset kaavat on tapana esittää omalla rivillään. Käytännössä tämä toteutetaan LATEXin ja amsmathin kaaavaympäristöillä. Esimerkiksi yhtälö (2.1) määrittelee normaalijakauman tiheysfunktion. (2.1) f (z) = 1 2π e z2 /2, < z <. Vain ne kaavat numeroidaan, joihin viitataan tekstissä. Kääntäen: jos johonkin kaavaan halutaan viitata muualta tekstistä, niin se on numeroitava ja sijoitettava omalle rivilleen. Myös vähänkään monimutkaisemmat murtolausekket, alkioittain esitetyt matriisit ja pitkät yhtälöketjut on selkeämpi esittää kaavaympäristössä kuin tekstikappaleen sisällä. 2.5 Taulukot Kaikki taulukot on numeroitava ja tämän vuoksi niihin on myös viitattava tekstissä. Tämä toteutetaan siten, että sijoitetaan taulukot LATEXin table-ympäristöön ja tehdään taulukkoselosteet komennolla \caption. Viittaukset tehdään kuten yleensä komennoilla \label ja \ref. Katso esimerkiksi taulukko 2.1. Taulukoille saadaan siisti yhdenmukainen ulkoasu makropaketilla booktabs. Taulukon yläpuolelle, taulukkoselosteen ja sarakeotsikoiden väliin tehdään paksu, koko taulukon levyinen vaakasuora linja komennolla \toprule. Sarakeotsikoiden alle tehdään ohuempi vaakasuora linja komennolla \midrule. Taulukon sisällä ei käytetä linjoja, mutta taulukon alle tehdään jälleen paksu, koko taulukon levyinen vaakasuora linja komennolla \bottomrule. Pystysuoria linjoja ei suositella käytettäväksi lainkaan. Jokaisella taulukolla tulisi olla lyhyt ja kuvaava taulukkoseloste, joka ei kuitenkaan saa toistaa rivi- tai sarakeotsikoiden sisältöä. Vastaavasti jokaisella sarakkeella tulisi olla otsikko, joka kuvaa sarakkeen sisältöä. 11
Taulukko 2.1. Taulukkoseloste. Sarakeotsikko Sarakeotsikko Sarakeotsikko Riviotsikko 12,3 4,56 Riviotsikko 6,7 89,00 Jos taulukkoon on liitettävä lisähuomautuksia tai esimerkiksi merkintöjen tai lukuarvojen selityksiä, niin nämä on sijoitettava välittömästi taulukon alapuolelle. Mikäli sarakkeet sisältävät desimaalilukuja, niin ne on tasattava desimaalipilkun tai -pisteen kohdalta. Tähän voi tarvittaessa käyttää makropakettia dcolumn. Suurissa taulukoissa voidaan noin joka viidennen rivin jälkeen jättää hieman ylimääräistä tilaa, mikä helpottaa taulukon sisällön jäsentämistä ja tiedon etsimistä taulukosta. Taulukoiden lukuarvoja ei tule esittää tarpeettoman suurella tarkkuudella. Pitkiä lukuja on vaikeampi hahmottaa kuin lyhyitä. Esitä sarakkeen (muuttujan) kaikki luvut samalla desimaalien määrällä. Taulukoiden tuonti muista ohjelmista Muilla ohjelmilla tehtyjen taulukoiden tiedot voidaan useimmiten kopioida leikepöydän kautta LATEX-editoriin. Siis valitaan haluttu taulukon osa hiirellä, kopioidaan se komennolla Ctrl-C ja sijoitetaan LATEX-editoriin komennolla Ctrl-V. Tämä menetelmä siirtää vain taulukon sisällön tekstinä, joten LATEXin taulukkorakenne on täydennettävä tähän käsin. Microsoft Exceliin on saatavilla makro Excel2LaTeX1, jolla voi tallentaa valitun taulukon osan suoraan LATEXin tabular-ympäristönä joko leikepöydälle tai erilliseen tiedostoon. Jos taulukko halutaan siirtää täsmälleen alkuperäisessä muodossaan ilman mitään muutoksia, niin tällöin taulukko on tallennettava kuvana erilliseen tiedostoon, joka sitten luetaan LATEX-dokumenttiin \includegraphics-komennolla. Esimerkiksi Microsoft Excel 2013:ssa voi koko taulukon tai valitun taulukon osan tallentaa suoraan pdf-muotoon: FILE: Save As: Save as type: PDF. Ennen tallennusta valitse kohdasta Options julkaistavaksi kohteeksi Selection. Valitse myös ISO 19500-1 compliant (PDF/A), jotta taulukossa käytetyt fontit sisällytetään pdf-tiedostoon. Taulukko 2.2 on tehty tällä menetelmällä. Excel ei rajaa pdf-tiedostosta ylimääräisiä reunuksia pois, joten se on tehtävä erillisellä ohjelmalla. Microsoft Windowsissa tähän tarkoitukseen käy esimerkiksi ilmainen PDF Cropper2, joka käyttää Ghostscript3-ohjelmistoa, jonka täytyy siis olla käytettävissä samalla tietokoneella. Mac OS X:ssä ja Linuxissa pdf-tiedostojen 1http://ctan.org/tex-archive/support/excel2latex/ 2http://www.noliturbare.com/pdf-tools/pdf-cropper 3https://ghostscript.com/download/ 12
Taulukko 2.2. Microsoft Excelillä tehty taulukko kuvatiedostona. Johtosarake Sarake A Sarake B Sarake C Rivi 1 123 123 123 Rivi 2 456 456 456 Rivi 3 7890 7890 7890 ylimääräiset reunukset voi rajata LATEX-ohjelmistoon sisältyvällä komennolla pdfcrop, jota käytetään komentoriviltä: pdfcrop alkuperäinen.pdf rajattu.pdf Komento pdfcrop toimii myös Microsoft Windowsissa, jos tietokoneelle on asennettu Perl-tulkki4. 2.6 Kuviot Pääsääntöisesti kaikki kuviot on numeroitava ja niihin on viittava tekstissä. Jokaisella kuviolla on oltava otsikko, joka sijoitetaan kuvion alle. Tämä tehdään LATEXin ympäristöllä figure ja komennolla \caption. Kuvaotsikkoon voidaan sijottaa myös kuviossa käytettyjen merkintöjen selitykset. Katso esimerkiksi kuvio 2.1, joka on tehty Microsoft Excelillä. Kuvio on tallennettu Excelistä pdf-muotoon, jonka jälkeen siitä on poistettu tyhjät reunukset ohjelmalla PDF Cropper. 40 30 Arvot 20 10 0 A B C D E F Luokat Kuvio 2.1. Kuvion otsikko. Vaikka kuvioita voi piirtää eräiden makropakettien (mm. tikz5 ja pstricks6) komennoilla, on ne usein helpompi tehdä muilla ohjelmilla ja liittää kuvatiedostoina LATEX-dokumenttiin. Kun kääntäjänä käytetään oletusarvoista pdflatexia, joka tekee LATEX-tiedostosta suoraan pdf-tiedoston, on kuvatiedostojen oltava pdf-, jpeg- tai pngmuotoisia. Kuvatiedostot liitetään dokumenttiin makropaketin graphicx komennolla 4Esimerkiksi http://strawberryperl.com/ 5http://www.uta.fi/sis/mtt/latex/esimerkit/tikz-ohje.pdf 6http://tug.org/PSTricks/main.cgi/ 13
\includegraphics. Katso tarkemmat ohjeet sivulta http://www.uta.fi/sis/mtt/latex/ perusteet/kuvat.html sekä oppaasta Using Imported Graphics in LATEX and pdflatex7. Lukijan huomio kiinnityy ensimmäiseksi kuvioihin. Tämän vuoksi kuvioiden tulisi liittyä olennaisesti tekstissä käsiteltyihin asioihin. Kuviot eivät kuitenkaan saisi vain toistaa tekstin sisältöä, vaan niiden pitäisi tuoda dokumenttiin jotain lisäinformaatiota ja edistää lukijoiden ymmärrystä. Tee kuvioista yksinkertaisia ja mahdollisimman yksiselitteisiä, karsi turhat ja tarpeettomat seikat pois. Tarvittaessa voit korostaa kuvion oleellisimpia piirteitä esimerkiksi paksummilla viivoilla, väreillä tai harmaasävyillä. Kuvioiden lopullinen koko tulisi valita jo niitä tehtäessä, jottei kuvioita tarvitsisi enää myöhemmin pienentää tai suurentaa. Kuvioiden skaalaaminen muuttaa myös niissä käytettyjen merkintöjen kokoa ja viivanpaksuuksia. 2.7 Ohjelmalistaukset Ohjelmalistausten esittämiseen voidaan käyttää LATEXin verbatim-ympäristöä tai makropaketin fancyvrb ympäristöjä ja komentoja, joilla listauksen ulkoasua voidaan muokata halutunlaiseksi. Makropaketilla listings saadaan ohjelmakoodin tiettyjä osia korostettua automaattisesti. Makropaketti listings tukee kymmeniä eri ohjelmointikieliä, joihin kuuluvat mm. Matlab, R ja SAS. Seuraavassa on muutama lyhyt koodiesimerkki. Pitkät ohjelmalistaukset on parasta sijoittaa tutkielman liitteeksi. Ensimmäinen esimerkki on Survo MM:stä esitettynä LATEXin verbatim-ympäristöllä: 1 * 2 *DATA Kielet:(Suomi,Ranska) 7,8 10,9 6,6 7,9 5,6 9,8 8,8 8,10 6,7 3 * 5,4 8,9 7,10 9,8 8,8 8,9 9,9 10,10 9,10 6,8 5,7 END 4 * 5 *CORR Kielet,CUR+1 6 *Means, std.devs and correlations of Kielet N=20 7 *Variable Mean Std.dev. 8 *Suomi 7.500000 1.605910 9 *Ranska 8.150000 1.565248 10 *Correlations: 11 * Suomi Ranska 12 * Suomi 1.0000 0.7224 13 * Ranska 0.7224 1.0000 Alla on sama koodi makropaketin fancyvrb Verbatim-ympäristöllä muotoiltuna. Huomaa, että rivinumerointia on muutettu. Rivinumeroihin voidaan tässä viitata \label- ja \ref-komennoilla, esim. rivillä 7 on muuttujan Suomi keskiarvo ja keskihajonta. 1 *DATA Kielet:(Suomi,Ranska) 7,8 10,9 6,6 7,9 5,6 9,8 8,8 8,10 6,7 2 * 5,4 8,9 7,10 9,8 8,8 8,9 9,9 10,10 9,10 6,8 5,7 END 7http://mirrors.ctan.org/info/epslatex/english/epslatex.pdf 14
3 * 4 *CORR Kielet,CUR+1 5 *Means, std.devs and correlations of Kielet N=20 6 *Variable Mean Std.dev. 7 *Suomi 7.500000 1.605910 8 *Ranska 8.150000 1.565248 9 *Correlations: 10 * Suomi Ranska 11 * Suomi 1.0000 0.7224 12 * Ranska 0.7224 1.0000 Seuraava esimerkki on pätkä R:n (https://www.r-project.org/) koodia makropaketin listings ympäristöllä lstlisting muotoiltuna: > model < f u n c t i o n ( beta1, beta2, beta3, time ) { + model < b e t a 1 / (1 + exp ( b e t a 2 + b e t a 3 time ) ) + term < exp ( b e t a 2 + b e t a 3 time ) + g r a d i e n t < cbind ( ( 1 + term )^ 1, # i n p roper o r d e r + b e t a 1 (1 + term )^ 2 term, + b e t a 1 (1 + term )^ 2 term time ) + a t t r ( model, g r a d i e n t ) < g r a d i e n t + model + } 15
3 Lähdeviitteet ja lähdeluettelo Tilastotieteen tutkielman lähdeviittauksissa käytetään nimi-vuosijärjestelmää. Tämä tarkoittaa sitä, että kukin tekstissä oleva viite sisältää tekijän nimen, teoksen julkaisuvuoden ja tarvittaessa sivunumeron tai sivunumerot. Esimerkiksi (Niemelä 2017, s. 16). Nimi-vuosijärjestelmän lähdeviitteiden käyttämiseen LATEXissa on kaksi päävaihtoehtoa: 1) kirjoitetaan lähdeviitteet sellaisinaan tekstinä ilman erityisiä komentoja tai 2) käytetään tähän tarkoitukseen sopivaa makropakettia natbib. Koska tutkielman lähdeluettelo on yleensä suhteellisen lyhyt ja koska nimi-vuosijärjestelmän käyttöön LATEXissa liittyy joitain teknisiä hankaluuksia, on helpompaa kirjoittaa lähdeviitteet sellaisinaan ilman erityisiä komentoja. Tässä esitetyt ohjeet lähdeviitteiden ja lähdeluettelon muotoiluun on otettu hieman soveltaen American Statistical Association Style Guidesta1. Viitteet voi toki muotoilla toisinkin, kunhan tyyli on johdonmukainen koko tutkielmassa. 3.1 Lähdeviitteiden muoto Tekstissä oleva viitteet kirjoitetaan seuraavien ohjeiden mukaisesti: 1. Suoraan viittaukseen liitetään vain vuosiluku sulkeissa. Gentleman (1978) on on tutkinut tätä tarkemmin. 2. Epäsuoraan viittaukseen liitetään sukunimi ja vuosiluku ilman välimerkkejä.... mikä parantaa testin luotettavuutta (Jones 1988). 3. Viittaus teoksen tiettyyn kohtaan lisätään vuosiluvun jälkeen ja erotetaan vuosiluvusta pilkulla. Käytämme tässä Das Guptan (1965, s. 115 120) algoritmia. Tämä jakauma on normaali (Smith & Smith 1958, luku 5). 4. Suoriin lainauksiin on liitettävä sivunumero(t). This was found to be fallacious thinking upon closer investigation (Smith & Smith 1958, s. 209). 5. Jos lähdettä lainataan vain yhdessä virkkeessä, virkettä lopettava piste tulee sulkeiden perään. Jos taas lähdeteoksen tietoja on hyödynnetty useammassa virkkeessä, viimeinen virke lopetetaan pisteeseen ja viite tulee itsenäiseksi, sulkeissa olevaksi virkkeeksi.... useampia virkkeitä tekstiä. (Niemelä 2017.) 1http://amstat.tfjournals.com/asa-style-guide/ 16
Komento Taulukko 3.1. Makropaketin natbib \cite-komennot. Tulostus \citet*{kallio:2003} Kallio, Korhonen & Salo (2003) \citet{kallio:2003} Kallio et al. (2003) \citep*{kallio:2003} (Kallio, Korhonen & Salo 2003) \citep{kallio:2003} (Kallio et al. 2003) \citep[luku 2]{Kallio:2003} (Kallio et al. 2003, luku 2) \citep[esim.][]{kallio:2003} (esim. Kallio et al. 2003) \citep[esim.][s. 32]{Kallio:2003} (esim. Kallio et al. 2003, s. 32) \citeauthor*{kallio:2003} Kallio, Korhonen & Salo \citeauthor{kallio:2003} Kallio et al. \citeyear{kallio:2003} 2003 \citeyearpar{kallio:2003} (2003) \citealt*{kallio:2003} Kallio, Korhonen & Salo 2003 \citealt{kallio:2003} Kallio et al. 2003 \citealp*{kallio:2003} Kallio, Korhonen & Salo 2003 \citealp{kallio:2003} Kallio et al. 2003 \citealp[s.~32]{kallio:2003} Kallio et al. 2003, s. 32 \citenum{kallio:2003} 13 \citetext{tekstiä} (tekstiä) 6. Jos lähdeteoksen tekijöitä on kaksi, viitteeseen merkitään aina molemmat. Jos tekijöitä on kolme tai enemmän, niin merkitään vain ensimmäinen tekijä ja muut korvataan merkinnällä et al.. (Lauer et al. 1996). 7. Saman tekijän samana vuonna ilmestyneet eri julkaisut erotetaan toisistaan pienaakkosilla julkaisuvuoden perässä. Pasteur (1848a)... Pasteur (1848b) 8. Tekstissä voi olla samanaikaisesti viittauksia useisiin lähteisiin. Eri lähteet erotetaan toisistaan puolipisteellä. Samojen tekijöiden eri lähteiden kohdalla nimiä ei toisteta, vaan luetellaan vain lähteiden vuosiluvut tekijöiden nimien jälkeen. (Smith & Smith 1958; Tukey 1965, 1980; Gilula & Smith 1971a,b). 3.2 Makropaketin natbib käyttö Makropakettia natbib käytettäessä lähdeviitteet kirjoitetaan \cite-komennoilla, jotka on lueteltu lyhyesti taulukossa 3.1 (katso tarkemmin natbibin käyttöohjeista). Koska LATEX tarkistaa \cite-komentojen oikeellisuuden, niin näillä komennoilla 17
kirjoitetut viitteet ovat tällöin automaattisesti oikein. Toisaalta tämä vaatii yllä mainittujen komentojen opettelemisen eikä ole aivan yhtä selkeä ja havainnollinen menetelmä kuin lähdeviitteiden kirjoittaminen sellaisenaan tekstiin. Lisäksi suomen kielen sijamuotojen käyttäminen viitteissä on hankalaa. Kun lähdettä on lainattu useassa virkkeessä, niin viitteen loppuun sulkeiden sisäpuolelle on lisättävä piste. Tämä onnistuu käyttämällä komentoja \citeauthor ja \citeyear:... useita virkkeitä. (Kallio et al. 2003.) 3.3 Lähdeluettelon laatiminen Kaikkiin tutkielman lähdeluettelossa mainittuihin julkaisuihin on viitattava tutkielman tekstissä. Lähdeluettelo ei siis ole aihepiiriin liittyvän kirjallisuuden luettelo. Kustakin lähteestä on mainittava tekijä(t), julkaisuvuosi, julkaisun nimi ja kustannustiedot. Tekijöiden nimistä kirjoitetaan sukunimi ja etunimien alkukirjaimet: Bowman, M. J. & Myers, R. G. Huomaa, että etunimien alkukirjainten väliin tulee (sitova) välilyönti. Lähdeluettelo järjestetään aakkosjärjestykseen tekijän sukunimen kirjoitusasun mukaan. Saman tekijän yksin kirjoittamat julkaisut sijoitetaan ennen yhdessä muiden tekijöiden kanssa kirjoitettuja julkaisuja. Jos samalta tekijältä tai tekijöiltä on lähdeluettelossa useita eri julkaisuja, niin nämä järjestetään aikajärjestykseen vanhimmasta uusimpaan. Tällöin tekijöiden nimet kirjoitetaan vain ensimmäisen julkaisun yhteydessä, seuraavissa nimet korvataan pitkällä viivalla, esimerkiksi (1989). Erityyppisten lähteiden merkitseminen selviää parhaiten tämän dokumentin esimerkinomaisesta lähdeluettelosta. Lähdeluettelo voidaan kirjoittaa LATEXissa kolmella eri menetelmällä: 1. Käytetään jotain erikseen määriteltyä listarakennetta, johon lähdeviitteet kirjoitetaan sellaisinaan. Tätä vaihtoehtoa voi käyttää, jos tekstissä olevat viitteet on kirjoitettu ilman \cite-komentoja. 2. Kirjoitetaan lähdeluettelo LATEXin oletusarvoiseen thebibliography-ympäristöön. Tällöin on käytettävä makropakettia natbib, jotta lähdeluettelo saadaan haluttuun muotoon. Komentoja \cite ei kuitenkaan ole pakko käyttää. 3. Kirjoitetaan lähdeviitteet BibTEX-tietokantaan (.bib-päätteinen tiedosto) ja sijoitetaan lähdeluettelo dokumenttiin komennolla \bibliography. Tällöinkin tarvitaan makropakettia natbib. Lisäksi tarvitaan tyylitiedosto (.bst), jolla tietokannan tiedot muotoillaan halutunlaiseksi lähdeluetteloksi. Tässäkään vaihtoehdossa ei ole pakko käyttää \cite-komentoja. Jos ei haluta käyttää makropakettia natbib, niin on valittava vaihtoehto 1. Muutoin suositeltavin vaihtoehto on 2, sillä tutkielmissa ei BibTEXin käytöstä ole paljon hyötyä se vain monimutkaistaa lähdeluettelon tekemistä. BibTEXin käyttöohjeet ovat kuitenkin sivulla 22. 18
Jos lähdeluettelo sijoitetaan thebibliography-ympäristöön ja käytetään makropakettia natbib (vaihtoehto 2), niin \bibitem-komennon valinnaisessa argumentissa on käytettävä erityistä muotoa. Esimerkiksi \bibitem[kallio et al.(2003)kallio, Korhonen \& Salo]{Kallio:2003} Hakasulkeisiin kirjoitetaan ensin lyhyt muoto tekijöiden sukunimistä, sitten vuosiluku sulkeissa ilman edeltävää välilyöntiä ja viimeiseksi kaikkien tekijöiden sukunimet jälleen ilman edeltävää välilyöntiä. Jos tekijöitä on vain yksi tai kaksi, niin pitkää muotoa ei tarvita lainkaan. Esimerkiksi \bibitem[bowman \& Myers(1967)]{Bowman:1967} Mikäli käytetään \cite-komentoja, niin \bibitem-komentoihin tai BibTEX-tietokantaan kirjoitettavissa lähdeviitteiden avaimissa kannattaa käyttää jotain yhdenmukaista merkintätapaa. Esimerkkilähdeluettelossa avaimet on kirjoitettu muodossa tekijä:vuosiluku, kuten Bowman:1967. Huomaa, että viittausavaimessa voi käyttää vain englanninkielisen aakkoston kirjaimia ei siis esimerkiksi kirjaimia ä ja ö. 19
Lähteet Tämä on vain esimerkinomainen lähdeluettelo. Yhtä lukuun ottamatta nämä lähdeteokset eivät liity tämän kirjoitelman sisältöön. Berk, K. N. (1978), Comparing Subset Regression Procedures, Technometrics, 20, 1 6. Bertsekas, D. P. & Tseng, P. (1994), RELAX-IV: A Faster Version of the RELAX Code for Solving Minimum Cost Flow Problems, Technical report P-2276, Massachusetts Institute of Technology. Available from Internet: http://dspace.mit.edu/bitstream/handle/ 1721.1/3392/P-2276-31729774.pdf. Bowman, M. J. & Myers, R. G. (1967), Schooling Experience and Gains and Losses in Human Capital Through Migration (with comments), Journal of the American Statistical Association, 62, 875 898; Corrigenda (1968), 63, 222. Dixon, W. J. (ed.) (1983), BMDP Statistical Software (Vol. 1, 3rd ed.), Berkeley, CA: University of California Press. Efron, B. & Morris, C. (1977), Comment on A Simulation Study of Alternative to Least Squares, by H. Clark and T. Schwisow, The American Statistician, 72, 102 109. Freund, R. J. (1977), An example of Prediction with Regression: A Comparison of Methods, in American Statistical Association Proceedings of the Statistical Computing Section, pp. 218 221. Grub, E. E. & Trumbo, B. E. (1995), Key Words and Phrases The Key to Scholarly Visibility and Efficiency in an Information Explosion, The American Statistician, 49, 29 33. Hellsten, R. (2003), Korrespondenssianalyysin teoriaa ja käytäntöä, pro gradu -tutkielma, Tampereen yliopisto, matematiikan, tilastotieteen ja filosofian laitos. Saatavilla Internetistä: http://urn.fi/urn:nbn:fi:uta-1-11915. Hoerl, A. E., Kennard, R. W. & Baldwin, K. R. (1975), Ridge Regression: Some Simulations, Communications in Statistics, Part A Theory and Methods, 4, 105 123. Hogg, R. V., Smith, J., Jones, L. & Smith, S. (1973), A New Sample Adaptive Distribution- Free Test, Technical Report 24, University of Iowa, Dept. of Statistics. International Mathematical and Statistical Libraries, Inc. (1976), IMSL Library 1 (5th ed.), Houston, TX: Author. Ishwaran, H. & Rao, J. S. (2000), Bayesian Nonparametric MCMC for Large Variable Selection Problems, unpublished manuscript. Kallio, M., Korhonen, P. & Salo, S. (2003), Johdatus kvantitatiiviseen analyysiin taloustieteissä, Helsinki: tekijät. Kanniainen, A. (1999), SPSS for Windows: menetelmiä, Oulu: Oulun yliopisto, atk-keskus. Marcus, S. M. (2000), Estimating the Long-Term Effects of Head Start, in Into Adulthood: A Study of the Effects of Head Start, eds. S. Oden, L. J. Schweinhart & D. P. Weikart, Ypsilanti, MI: High/Scope Press, Chap. F, pp. 179 200. McQueen, M. Y. (in press), Kruskal s Proof Refuted, in The Theorems and Proofs of Kruskal, eds. J. Doe & B. Doe, Chicago: Rand McNally. 20
Olsen, S. (1997), Multivariate Matching With Non-Normal Covariates in Observational Studies, Ph.D. thesis, University of Pennsylvania. Scheffe, H. (1958a), Experiments With Mixtures, Journal of the Royal Statistical Society, Ser. B, 20, 344 360. (1958b), Optimal Asymptotic Tests of Composite Hypotheses, in Probability and Statistics (1978 ed.), ed. U. Grenander, New York: John Wiley, pp. 255 279. (1973), Symptotic Theory of Sequential Fixed-Width Confidence Intervals, unpublished Ph.D. dissertation, Florida State University, Dept. of Statistics. Webster s Ninth New Collegiate Dictionary (1983), Springfield, MA: Merriam-Webster. 21
Liite: BibTEXin käyttö BibTEX-ohjelmaa käytettäessä lähdeviitteet kootaan erillisiin tietokantoihin (.bib), joista BibTEX etsii dokumentissa käytetyt lähdeviitteet ja muotoilee niistä lähdeluettelon (.bbl) valitun tyylitiedoston (.bst) mukaisesti. BibTEXin käytöstä on hyötyä erityisesti silloin, kun käsitellään toistuvasti laajoja, pääasiassa englanninkielisistä lähdeviitteistä koostuvia lähdeluetteloita. BibTEXin tietokannat koostuvat erityyppisiä julkaisuja vastaavista tietueista. Kukin tietue puolestaan muodostuu kentistä, jotka vastaavat julkaisun bibliografisia tietoja. Esimerkiksi @book{texbook, author = {Knuth, Donald E.}, title = {The {\TeX}book}, series = {Computers \& Typesetting}, volume = {A}, publisher = {Addison-Wesley}, year = {1986} } Tässä esimerkissä @book on tietueen tyyppi, TeXbook on kyseisen tietueen eli lähdeviitteen avain ja author jne. ovat tietueen kenttiä. Kullakin tietuetyypillä osa kentistä on pakollisia, osa valinnaisia ja kaikki muut kentät jätetään huomioimatta. Yksityiskohtaisemmat ohjeet.bib-tiedostojen rakenteesta löytyvät tiedostoista viitteet.bib ja BibTeX-template.bib. Tiedoston gradumalli.tex lähdeluettelo tehdään BibTEXillä seuraavasti: 1. Kirjoitetaan tarvittavat lähdeviitteet BibTEX-tietokantaan eli tässä tapauksessa tiedostoon viitteet.bib 2. Lisätään komennot \bibliographystyle{utastmth} ja \bibliography {viitteet} tiedoston gradumalli.tex siihen kohtaan, johon halutaan lähdeluettelon tulostuvan. 3. Käännetään gradumalli.tex LATEXilla, jonka jälkeen gradumalli.aux sisältää mm. kaikki \cite-komentojen aikaansaamat tekstiviitteet. 4. Ajetaan ohjelma BibTEX8 komentoriviltä komennolla bibtex8 -B -c 88591fi.csf gradumalli Tuloksena syntyy tiedosto gradumalli.bbl, joka sisältää lähdeluettelon ympäristössä thebibliography. 5. Käännetään tiedosto gradumalli.tex taas LATEXilla, jolloin lähdeluettelo tulostuu komennon \bibliography{viitteet} osoittamaan kohtaan. 6. Käännetään tiedosto gradumalli.tex vielä kerran LATEXilla, jonka jälkeen kaikki tekstissä olevat viitteet osoittavat oikeisiin lähteisiin. 22
Lähdeluetteloon tulevat tällä tavoin vain ne lähteet, joihin tekstissä on viitattu. Mikäli lähdeluetteloon halutaan myös sellaisia lähteitä, joihin ei ole viitattu, voidaan käyttää komentoa \nocite{avain1, avain2,... } Tämä lisää lähdeluetteloon avaimia avain1, avain2,... vastaavat lähdeviitteet. Komennolla \nocite{*} lähdeluetteloon kirjoitetaan kaikki tietokannassa olevat lähdeviitteet. Lähdeluettelon tyyli valitaan komennolla \bibliographystyle{tyyli} Tätä komentoa on aina käytettävä, kun lähdeluettelo tehdään BibTEXillä. Sopivin paikka sille on juuri ennen komentoa \bibliography. Argumentti tyyli on Bib- TEXin tyylitiedosto (tyyli.bst). Tilastotieteen tutkielmia varten on tehty tyylitiedosto utastmth.bst. Tässä tiedostossa oletetaan, että BibTEX-tietueissa on käytetty language-kenttää, jolla valitaan kuhunkin lähdeviitteeseen automaattisesti lisättävät sanat ja kielen mukainen tavutus. Oletusarvoisesti kieli on suomi, jos language-kenttää ei ole määritelty. Alkuperäinen BibTEX käyttää 7-bittistä ASCII-koodia, joten sen kanssa on hankala käyttää englannin kielen aakkostoon kuulumattomia kirjaimia, mm. ä:tä ja ö:tä. Lisäksi BibTEX ei osaa järjestää näitä kirjaimia sisältäviä lähdeviitteitä suomen kielen aakkosjärjestykseen. BibTEXistä on olemassa 8-bittinen versio, BibTEX8, jonka käyttämän 8-bittisen merkistön voi määritellä täysin haluamakseen. Oletusarvoisesti BibTEX8 järjestää lähdeluettelon englannin kielen mukaiseen järjestykseen, mutta suomenkielisessä gradussa lähdeluettelo aakkostetaan tietenkin suomen kielen mukaan. Tilastotieteen gradumalliin kuuluu tiedosto 88591fi.csf, joka määrittelee ISO 8859-1 eli Latin 1 -merkistön ja suomen kielen aakkosjärjestyksen BibTEX8:lle. Tällöin myös päätiedostossa (tässä gradumalli.tex) on käytettävä Latin 1 -merkistöä. Huomaa, että BibTEX8:aa käytettäessä yleisimpiä tarkkeita sisältäviä kirjaimia (mm. å, ä ja ö) ei tarvitse eikä pidäkään kirjoittaa.bib-tietokantaan LATEXin tarkekomentojen avulla (siis esim. {\"a}), vaan aivan sellaisenaan, kuten ne suoraan näppäimistöltä saadaan. 23