Clostridium difficile Suomessa tänään Saara Kotila Neuvottelukokous mikrobiologian laboratorioiden edustajille 7..28
CD-infektioiden seuranta Suomessa C. difficile (CD) tartuntatautirekisteriin ilmoitettava löydös..28 lähtien Tartuntatauti-ilmoitusten tilanne 3..28: C. difficile (toksiini, 28 ) 4562 Insidenssi: 86,8 tapausta/ asukasta 7..28
CD-infektioiden seuranta Suomessa Diagnostiikka kliinisissä laboratorioissa: Toksiinintuoton (molekyylibiologinen) analyysi, viljely hoidollinen merkitys, torjuntatoimien tehostus Genotyypitys = Koko/osaperimän molekyylibiologinen analyysi paikallinen epidemiaselvitys ja torjuntatoimien tehokkuus kansallinen ja kansainvälinen vertailu hoidollinen merkitys? 7..28
CD-infektioiden seuranta Suomessa C. difficilen genotyypitys Kansanterveyslaitoksessa (KTL) Hengitystie- ja anaerobibakteerilaboratoriossa (HABA) PCR-ribotyypitys PFGE MLVA 7..28
PCR-ribotyypitys Eurooppalainen referenssimenetelmä O Neill et alii. Anaerobe 996;2:25-9 NPHS Microbiology Cardiff, Anaerobe Reference Unit Operating Procedures Manual. ASOP39. Draft 3//6 Perustuu polymorfiaan 6S - 23S rrna - geenien välisellä alueella -alukkeet: 5 - CTG GGG TGA AGT CGT AAC AAG G -3 5 - GCG CCC TTT GTA GCT TGA CC -3 8 tunnettua ribotyyppiä tähän mennessä 7..28
PCR-ribotyyppiprofiileja Dice (Opt:.%) (Tol.%-.%) (H>.% S>.%) [.%-5.8%] [3.4%-.%] PCR O'Neill PCR O'Neill 6 8 type type 27 type 2 type 8 type type 78 type 45 CD 27 / 8 CD 28 / 8 CD 29 / 8 CD 23 / 8 CD 58 / 7 CD 27 / 8 CD 28 / 8 CD 22 / 8 CD 2 / 8 CD 8 / 7 CD 78 / 8 CD 26 / 7 CD 4 / 7 CD LV 7 CD LV 6 CD LV 62 CD LV 5 type type type unknown 2 type 27 type 27 type 27 unknown 6 unknown 27 unknown 5 unknown 7 unknown 2 unknown 2 unknown 5 unknown 5 unknown 49 unknown 49 Reference strain type type type type 27 type 27 type 27 Reference strain Reference strain type 2 type 8 Reference strain Reference strain type type Reference strain type 78 type 78 Reference strain type 45 type 45 7..28
Molekyyliepidemiologiaa erottelevammin Pulssikenttägeelielektroforeesi (PFGE) Koko genomin analyysi restriktioendonukleaasilla pilkkomisen ja elektroforeesin jälkeen Tähän mennessä PFGE:n erottelukyky sama kuin PCRribotyypityksen Dice (Opt:.%) (Tol.%-.%) (H>.% S>.%) [.%-.%] 2 4 6 63.3 4.8 8 94.7 Strains PFGE type Ribotype-PCR. FIN-CD. NAP subtype 27. UK-CD. NAP 27. UK-CD. NAP2. FIN-CD2. Unique type Unknown. Lambda Ladder. FIN-CD3. Non- typeable Unknown 5 strain (DNA degradation) Figure. PFGE dendrogram of the three Finnish clinical C. difficile strains and two UK-CD strains as controls. The scale bar at the top of the dendrogram represents similarity. 7..28
Molekyyliepidemiologiaa erottelevammin Multi-locus variable number of tandem repeat analysis (MLVA) Toistuvien DNA-jaksojen PCR ja sekvensointi/fragmenttianalyysi Clostridium difficile -kantoja voidaan jakaa PFGE:llä ja MLVA:lla edelleen alatyyppeihin Killgore et alii. JCM 28 7..28
Diagnostiikka C. difficile -diagnostiikka Suomessa, kesäkuu 26: Kysely 32 sairaalalaboratorioon, joista 28 vastasi mukaan lukien Kaikki 7 yliopistollista sairaalalaboratoriota 5 keskussairaaloissa toimivaa laboratoriota 6 yksityisten sairaaloiden/lääkäriasemien laboratoriota 7..28 Mentula -7, Könönen -8
Diagnostiikka Suositus: viljely + A- ja B-toksiinit osoittava toksiinitesti 28 vastanneesta laboratoriosta 24 ilmoitti tekevänsä C. difficile -diagnostiikkaa 6 (67 %) laboratorion tutkimusvalikoimiin kuului sekä viljely että toksiinin osoitus Positiivinen vastaus perustui Toks-osoitukseen ja viljelyyn (42 %) laboratoriossa Joko toks-osoitukseen tai viljelyyn tutkimuspyynnöstä riippuen 6 (25 %) laboratoriossa Pelkkään toks-osoitukseen ulosteesta 5 (2 %) laboratoriossa Pelkkään viljelyyn 3 (3 %) laboratoriossa 7..28
Diagnostiikka CD -diagnostiikassa käytetyt toksiininosoitusmenetelmät (yht. 2 lab./88 %) CD-diagnostiikkakysely kesäkuussa 26 2 8 6 4 2 EIA (TcdA+TcdB) Membraani- EIA (TcdA+TcdB) Toksigeeninen viljely (TcdA+TcdB) Membraani- EIA (TcdA) Toksigeeninen viljely (TcdA) PCR (TcdA+TcdB) 7..28
Diagnostiikka Viljely (yht. 9 lab./79 %) Yleisimmät selektiiviset kasvatusalustat CCFA (8 lab.) CCEY (6 lab.) Lisäksi muutamassa laboratoriossa FAA- tai Brucella -maljoja joihin lisätty sykloseriini ja kefoksitiini, myös FAA-malja ilman antibioottilisäyksiä ( lab.) Kasvatus 48 h (paitsi lab. 24 h) pytyssä (5 lab.) tai anaerobikaapissa (4 lab.) Tunnistus: Pesäkemorfologia ja tyypillinen haju Lisäksi > ½ laboratorioista gramvärjäys ja fluoresenssi 7..28
Diagnostiikka Muutokset C. difficile -diagnostiikassa vuosina 996-26 Menetelmä Laboratorioiden lukumäärä 996 997 998 999 2 2 22 23 24 25 26 Viljely 6 6 6 6 7 8 8 9 9 9 9 Toksiini A+B 2 3 3 6 8 4 5 7 Toksiini A 2 2 3 8 5 4 3 PCR (tcda, tcdb) - - - - - - - 7..28
Diagnostiikka Kesä 28: CD-diagnostiikkatilanteen päivitys (yhteydenotto laboratorioihin sähköpostitse/puhelimitse) 23 CD-diagnostiikkaa tekevää laboratoriota Kaikissa laboratorioissa käytössä molempia toksiineja osoittavat testit 2 (87 %) lab. käyttivät viljelyä ja toksiininosoitusta rinnakkain 3 yliopistollisen sairaalan laboratoriossa patogeenisuuslokuksen (PaLoc) geenien detektio PCR:lla 7..28
Virulenssigeenien PCR-detektio Toksiinintuoton molekyylibiologinen analyysi Virulenssigeenien multiplex-pcr (HUSLAB) PaLoc/CDT-PCR (UTULAB, OYS) PaLoc/CDT-PCR vs. ribotyypitys: 27? spesifisyys: 96% herkkyys: % vastaa kirjallisuutta (toksinotyyppi III) Ribotyypitys varmistukseksi ja klonaalisuuden arviointiin -> molekyyliepidemiologia cdu-2 tcda tcdb cdtb tcdc 7..28
Genotyypitysseuranta 2..27-> Hypervirulentin PCR-ribotyyppi 27:n levinneisyys Suomessa? Kantojen valintakriteerit/siro (ESGCD): Toksiinia tuottava C. difficile -kanta Vakava infektio (tehohoito, kolektomia, uudelleen sairaalahoitoon ottaminen, kuolema) TAI Epidemiaepäily ( 3 C. difficile -tapausta/ 4 vko/ samassa yksikössä) 7..28
Genotyypitysseuranta 2..27-3.9.28 Lähettäjä lkm 27 muu HUSLAB 6 5 9 26 Medix (Espoo) Kymenlaakson ks 62 47 5 UTULAB 49 8 5 53 Satakunnan ks 36 9 4 3 Etelä-Karjalan ks 2 7 OYS 33 8 5 ISLAB (Kuopio) 4 4 ISLAB (Joensuu) Päijät-Hämeen ks 3 2 Vaasan ks TAYS 2 Lapin ks Yhteensä 2 364 63 6 2 4 Satakunta Etelä-Karjala 7..28 Varsinais-Suomi Kymenlaakso Helsinki ja Uusimaa
Ttr-ilmoitukset vs. KTL:lle lähetetyt kannat v. 28 Sairaanhoitopiiri tt-rekisteriin ilmoitetut CD-löydökset KTL:lle lähetetyt CDkannat (% ttr:in ilmoitetuista) Helsingin ja Uudenmaan shp Varsinais-Suomen shp Satakunnan shp Kanta-Hämeen shp Pirkanmaan shp Päijät-Hämeen shp Kymenlaakson shp Etelä-Karjalan shp Etelä-Savon shp Itä-Savon shp Pohjois-Karjalan shp Pohjois-Savon shp 488 659 257 7 33 42 65 7 4 36 68 62 65 (4) 64 () 3 (2) 2 () () 36 (22) (4) () 4 (2) TTR:iin ilmoitetuista, viljelyyn perustuvista löydöksistä lähetetty KTL:lle genotyypitykseen 5 % (SIRO -kriteerit) Keski-Suomen shp 23 Etelä-Pohjanmaan shp 98 Vaasan shp 25 Keski-Pohjanmaan shp 72 Pohjois-Pohjanmaan shp 337 5 () Kainuun shp 7 Länsi-Pohjan shp 45 Lapin shp 54 2 () 7..28
Toksiinipositiivinen CD: Genotyypitys 28 Ribotyypitetyistä kannoista 27 45 % 7 % Muut 38 % (kymmeniä erilaisia) Vakavia tapauksia yhtä lailla ribotyyppi 27 kuin non- 27 joukossa Vastaa kirjallisuutta: Morgan et alii. PLosONE 28;3:e82 Nuorilla muita ribotyyppejä kuin 27 Tieto karttuu vain tyypittämällä lisää 7..28
Muut ribotyypit Tyyppi 27: hypervirulentti binääritoksiini pos, 8 bp tcdc deleetio, toksinotyyppi III Tyyppi : hyvin yleinen Iso-Britanniassa 99-luvulla Tyyppi 2: Saksa, Belgia, Unkari, Espanja Tyyppi 23: bin tox +, 54bp tcdc deleetio, toksinotyyppi IV Tyyppi 45: bin tox +, 39bp tcdc deleetio, toksinotyyppi VI Tyyppi 78: 39bp deleetio, toksinotyyppi V Eristetty sioista ja vasikoista Yleistynyt Alankomaissa viime vuosina Tyyppi 78 pos. potilaat nuorempia, infektio usein avohoitoon liittyvä (Goorhuis et alii. CID 28) 7..28
PCR-ribotyyppi 27 Euroopassa Outbreaks due to PCRribotype 27 Sporadic cases due to PCRribotype 27 7..28 Kuijper et alii. Eurosurveillance 28
Mitä seuraavaksi Kannat/näytteet pakkaseen Genotyypitys: epidemiologia, torjuntatoimien teho? Taudinaiheuttamiskyky/kuolleisuus: 27 vs. muut ribotyypit? ECDC kartoitus loppuvuodesta 28 ECCMID 29 Helsingissä 7..28
Kiitokset Anni Virolainen-Julkunen Salha Ibrahem Silja Mentula Marja Rasinperä Anne Bryk Arja Kanervo-Nordström Anne Rinta-Opas Marja Piekkola Jari Jalava Eija Könönen Outi Lyytikäinen Jon Brazier Ed Kuijper Celine Harmanus Kliiniset mikrobiologian laboratoriot Sairaanhoitopiirien infektiolääkärit 7..28