artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja

Huhtikuu 2014 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 72 Versio 1 Kvalitatiivinen in vitro -diagnostiikka Käytetään QIAsymphony SP/AS- ja Rotor-Gene Q -laitteiden kanssa 4570366 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, SAKSA Valmistuttaja: QIAGEN. Valmistaja: ELITech. R2 1076954FI Sample & Assay Technologies

QIAGEN Sample & Assay Technologies QIAGEN on johtava innovatiivisten näyte- ja määritysteknologioiden toimittaja. QIAGENin tuotteet mahdollistavat kaikkien biologisten näytteiden sisällön eristämisen ja detektointiin. Pitkälle kehitetyt ja laadukkaat tuotteemme ja palvelumme takaavat luotettavan prosessin näytteestä tulokseen. QIAGENin uraauurtavan toiminnan ydinalueita ovat seuraavat: DNA:n, RNA:n ja proteiinien puhdistaminen nukleiinihappojen ja proteiinien määritykset microrna-tutkimus ja RNAi näyte- ja määritysteknologioiden automatisointi. Tavoitteenamme on toimittaa tuotteita, joiden avulla asiakkaamme saavuttavat menestystä ja läpimurtoja. Lisätietoja on osoitteessa www.qiagen.com.

Sisällysluettelo Käyttötarkoitus 4 Tiivistelmä ja selitykset 4 Patogeenitiedot 4 Menetelmän periaate 5 Tarvittavat materiaalit 6 Kitin sisältö 6 Tarvittavat materiaalit, jotka eivät sisälly pakkaukseen 6 Varoitukset ja varotoimenpiteet 9 Turvallisuustiedot 9 Yleiset varotoimenpiteet 9 Reagenssin säilytys ja käsittely 10 Näytteiden käsittely ja säilytys 10 Toimenpide 13 Kontrollit 14 Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (sisäinen MRSA/SA-kontrolli) valmistelu 15 Analyysin kontrolliasetukset ja analyysin parametriasetukset 17 Protokollat DNA:n eristys ja analyysin asetus QIAsymphony SP/AS -laitteessa 18 PCR Rotor-Gene Q -laitteessa 32 Tulosten tulkinta 35 Vianetsintä 42 Laadunvalvonta 47 Rajoitukset 47 Suorituksen ominaispiirteet 48 Viitteet 48 Symbolit 50 Yhteystiedot 51 Tilaustiedot 52 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 3

Käyttötarkoitus artus MRSA/SA QS-RGQ -kitti on kvalitatiivinen in vitro -diagnostiikkatesti, jolla voidaan detektoida suoraan Staphylococcus aureus (SA) ja metisilliiniresistentti Staphylococcus aureus (MRSA) nenänäytteistä puhdistetun DNA:n avulla. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitti on tarkoitettu auttamaan MRSA-infektioiden ehkäisemisessä ja hallintaan saamisessa terveydenhuoltoympäristöissä. Näytteitä on viljeltävä rinnan, jotta saadaan organismeja epidemiologista tyypitystä ja altistuksen jatkotestausta varten. Tiivistelmä ja selitykset artus MRSA/SA QS-RGQ -kitti koostuu käyttövalmiista järjestelmästä, jolla voidaan detektoida metisilliiniresistentin Staphylococcus aureuksen (MRSA) ja Staphylococcus aureuksen (SA) DNA polymeraasiketjureaktion (PCR) avulla Rotor-Gene Q -laitteissa, kun näyte ja määritys on valmisteltu QIAsymphony SPja AS -laitteissa. Patogeenitiedot Staphylococcus aureus (S. aureus) on vastustuskyvyltään heikentyneeseen elimistöön tarttuva patogeeni, joka elää iholla ja sieraimissa noin 30 prosentissa ihmisistä. Se voi aiheuttaa hyvin laajan kirjon erilaisia sairauksia (1). S. aureus pystyy mukautumaan nopeasti antibioottihoitojen aiheuttamaan selektiiviseen paineeseen, mikä on aiheuttanut metisilliiniresistenttien S. aureus (MRSA) -kantojen syntymisen ja leviämisen. Metisilliiniresistentit stafylokokkikannat syntyvät, kun stafylokokin kasettikromosomi mec (SCCmec) pääsee solun sisään ja lisää itsensä alttiiden kantojen kromosomiin. SCCmec on liikkuva geneettinen elementti, joka sisältää meca-geenin koodaaman laajakirjoisen beeta--laktaamiresistenssin keskeisen determinantin. meca-geeni koodaa muunnettua penisilliiniin sitoutuvaa PBP2aproteiinia, jolla on erittäin alhainen affiniteetti kaikkia beetalaktaamiantibiootteja (3) kohtaan. Metisilliiniresistentti S. aureus mecalga251 -kanta (joka on luokiteltu nykyään mecc-kannaksi) on kliinisesti merkittävä MRSA-variantti, jota voi esiintyä jopa 4 6 prosentissa kaikista MRSA-infektioista (4, 5). Tutkimukset ovat osoittaneet, että mecc-nukleotidi on vain 68,7-prosenttisesti homologinen meca-geenin kanssa (6). Uutta meca-homologia on havaittu ihmisillä Englannissa, Skotlannissa ja Tanskassa, ja siitä saattaa tulla uusi yleinen terveysuhka (7). 4 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Sairaalahoidossa kehittyneet MRSA:n aiheuttamat infektiot ovat nousseet viime aikoina merkittäväksi terveydenhuoltolaitoksia vaivaavaksi ongelmaksi, sillä niiden infektio-osuus ja aiheuttama kuolleisuus ovat suuria ja niiden hoito on kallista (8). Lisäksi avohoitoperäinen MRSA (ns. CA-MRSA) on alkanut levitä laajemmalle muutamien viime vuosien aikana, ja se on lisännyt infektiomääriä sairaaloissa ja korostanut siten kattavien infektionhallintaohjelmien tarvetta. Menetelmän periaate MRSA/SA Master ja Mg-Sol sisältävät reagensseja ja entsyymejä, joilla voidaan monistaa ja detektoida spesifisesti kohdealueet metisilliiniresistenttien geenien meca ja mecc (mecalga251) sisältä sekä SA-spesifisen geenin sisältä. MecA- ja mecc-kohteet detektoidaan Rotor-Gene Q -laitteiden Cycling Green - fluoresenssikanavalla, ja S. aureus -spesifinen kohde detektoidaan laitteiden Cycling Orange -fluoresenssikanavalla. S. aureus -spesifinen geeni tunnistaa yksiselitteisesti koagulaasipositiivisen SA:n, ja meca- tai mecc-kohteet tunnistavat yksiselitteisesti metisilliiniresistenssigeenin. Sekä SA-spesifisten että metisilliiniresistenssin markkereiden läsnäolo samana suhteellisena, syklin kynnysarvon eron perusteella mitattuna määränä ilmaisee MRSA:n läsnäolon; erilaiset suhteelliset määrät tai pelkästään S. aureus - spesifisen geenimarkkerin läsnäolo osoittaa näytteessä olevan SA:ta. Lisäksi artus MRSA/SA QS-RGQ -kitti sisältää eksogeenisen monistusjärjestelmän, jolla voi tunnistaa mahdollisen PCR-reaktion eston sekä tarkkailla reagenssin eheyttä. Tämä detektoidaan sisäisenä kontrollina (IC) Rotor-Gene Q -laitteiden Cycling Crimson -fluoresenssikanavassa. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 5

Tarvittavat materiaalit artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin sisältö riittää 72 kokeeseen 24 reaktion 1 3 erässä QIAsymphony RGQ -laitteessa. MRSA/SA Masterin ja kontrollien täyttötilavuudet mahdollistavat pienemmät eräkoot (enintään 6 erää mahdollista, mutta tällöin reaktioiden kokonaismäärä kittiä kohti on pienempi). Rotor-Gene Q -instrumenttiin mahtuu enintään 72 reaktioputkea. Kitin sisältö artus MRSA/SA QS-RGQ Kit (72) Tuotenumero 4570366 Reaktioiden määrä 72 Sininen MRSA/SA Master 3 x 850 µl Keltainen MRSA/SA Mg-Sol* 3 x 200 µl Vihreä Punainen Sisäinen MRSA/SAkontrolli Positiivinen MRSAmecA/SA-kontrolli 3 x 500 µl 6 x 1 500 µl Ruskea Positiivinen 6 x 1 500 MRSAmecC/SA-kontrolli µl Valkoinen Negatiivinen MRSA/SAkontrolli 3 x 100 µl artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja (englanninkielinen) 1 * Magnesiumliuos. Tarvittavat materiaalit, jotka eivät sisälly pakkaukseen Kun käsittelet kemikaaleja, käytä aina asianmukaista suojavaatetusta, kertakäyttökäsineitä ja suojalaseja. Lisätietoja on asianmukaisissa käyttöturvallisuustiedotteissa, jotka ovat saatavana tuotteen toimittajalta. Tarvikkeet ja reagenssit näytteen esikäsittelyyn enat -keruukitti (enat Collection Kit), joka sisältää enat-putken (2 ml) ja tavallisen FLOQSwab -näytepuikon suojapussissa (tuotenumero 4669848) 6 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Suositus: Positiivisten ja negatiivisten näytteiden prosessikontrollien biologiset materiaalit (ks. sivu 14) Sovittimet QIAsymphony SP -laitteeseen Eluaattimikroputkiteline QS (Cooling Adapter, EMT, v2, Qsym, tuotenumero 9020730) yhdistettynä QIAsymphony SP/AS Transfer Frame - siirtokehyksen kanssa Valinnainen: Putkituki 3B (Insert, 2.0 ml v2, samplecarr. (24), Qsym, tuotenumero 9242083) Putkituki 1A (13 mm, sample carrier, Qsym, tuotenumero 9242058) Tarvikkeet ja reagenssit QIAsymphony SP -laitteeseen QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit (tuotenumero 937055) Buffer ATL (4 x 50 ml) (puskuri ATL) (tuotenumero 939016) Sample Prep Cartridges, 8-well (näytteen valmistelusylinteriampullit, 8- kuoppainen) (tuotenumero 997002) 8-Rod Covers (kannet 8-tangolle) (tuotenumero 997004) Filter-Tips, 1500 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 997024) Filter-Tips, 200 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 990332) Elution Microtubes CL (EMTR) (eluaattimikroputket) (tuotenumero 19588) Tip disposal bags (kärkien hävityspussit) (tuotenumero 9013395) Empty tubes 12 80 mm (tyhjät putket) (tuotenumero 4670002), positiivisten kontrollien täyttöä varten Caps, 12 mm (korkit) (tuotenumero 4670003), enat-keruuputken uudelleen sulkemista varten Micro tubes 2.0 ml Type H, without skirted base (mikroputket 2,0 ml H, ilman reunustettua pohjaa) (tuotenumero 72.693) tai Micro tubes 2.0 ml Type I, with skirted base (mikroputket 2,0 ml I, reunustettu pohja) (Sarstedt, tuotenumero 72.694, www.sarstedt.com), käytettäviksi sisäisten kontrollien kanssa Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (putket 14 ml, 17 x 100 mm polystyreeni, pyöreäpohjainen) (Corning, tuotenumero 352051; BD oli putkien aiempi toimittaja, mutta Corning, Inc. on nykyään näiden putkien toimittaja), käyttöön näytteiden ja sisäisen kontrollin kanssa artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 7

Sovittimet ja reagenssipidikkeet QIAsymphony AS -laitteelle Reagenssipidike 1 QS) (Cooling Adapter, Reagent Holder 1, Qsym, tuotenumero 9018090) RG-liuskaputket 72 QS (Cooling Adapter, RG Strip Tubes 72, Qsym, tuotenumero 9018092) Tarvikkeet QIAsymphony AS -laitteeseen Strip Tubes ja Caps, 0.1 ml (liuskaputket ja korkit) (tuotenumero 981103) Tubes, conical, 2 ml, Qsym AS (kartioputket) (tuotenumero 997102) Tubes, conical, 5 ml, Qsym AS (kartioputket) (tuotenumero 997104) Filter-Tips, 1 500 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 997024) Filter-Tips, 200 µl (suodatinkärjet) (Tuotenumero. 990332) Filter-Tips, 50 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 997120) Tip disposal bags (kärkien hävityspussit) (tuotenumero 9013395) Yleiset laboratoriolaitteet Pipetit (säädettävät)* ja steriilit pipettikärjet, joissa on suodattimet Vortex-sekoittaja* Pöytämallinen sentrifugi* roottorilla 2 ml:n reaktioputkille Laitteet näytteen valmisteluun ja analyysin asettamiseen QIAsymphony SP (tuotenumero 9001297),* ohjelmistoversio 4.0 tai uudempi QIAsymphony AS (tuotenumero 9001301),* ohjelmistoversio 4.0 tai uudempi Laitteet PCR:ää varten Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM -laite Rotor-Gene AssayManager, versio 1.0 tai uudempi * Varmista, että laitteet on tarkastettu ja kalibroitu valmistajan suositusten mukaan. Mahdollisuuksien mukaan Rotor-Gene Q 5plex HRM -laite, joka on valmistettu toukokuussa 2011 tai myöhemmin. Valmistuspäivämäärä käy ilmi laitteen takaosassa olevasta sarjanumerosta. Sarjanumeron muoto on kkvvnnn. kk merkitsee tuotankokuukautta, v valmistusvuoden kahta viimeistä lukua, ja nnn ilmaisee laitteen tunnisteen. 8 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Varoitukset ja varotoimenpiteet In vitro -diagnostiikkaan Turvallisuustiedot Kun käsittelet kemikaaleja, käytä aina asianmukaista suojavaatetusta, kertakäyttökäsineitä ja suojalaseja. Lisätietoja on vastaavissa käyttöturvallisuustiedotteissa. Ne ovat saatavana PDF-tiedostoina Internetosoitteessa www.qiagen.com/safety. Voit hakea, lukea ja tulostaa kaikkien QIAGEN-kittien ja niiden osien käyttöturvallisuustiedotteet. Katso QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi -kitin turvallisuustiedot kitin mukana toimitetusta QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook) -käsikirjasta. Katso laitteiden turvallisuustiedot seuraavista dokumenteista: QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - Yleinen kuvaus (QIAsymphony SP/AS User Manual General Description), QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - QIAsymphony SP -laitteen käyttö (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS - käyttöohje - QIAsymphony AS -laitteen käyttö (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS), QIAsymphony Management Console käyttöohje (QIAsymphony Management Console User Manual), Rotor- Gene AssayManager -ydinsovelluksen käyttöohje (Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual), artus Basic Plug-in käyttöohje (artus Basic Plugin User Manual), sekä Rotor-Gene Q -laitteen mukana toimitetusta käyttöohjeesta. Hävitä näyte- ja analyysijäte paikallisten turvallisuusmääräysten mukaisesti. Yleiset varotoimenpiteet Noudata aina seuraavia ohjeita: Käytä steriilejä pipettikärkiä, joissa on suodattimet. Manuaalisissa toimenpiteissä pidä putket suljettuina aina mahdollisuuksien mukaan ja vältä kontaminaatiota. Sulata kaikki osat huolellisesti huoneenlämpötilassa (15 25 C) ennen analyysin aloittamista. Sekoita sulatetut osat (pipetoimalla toistuvasti ylös ja alas tai pulssivorteksoimalla) ja sentrifugoi lyhyesti. Varmista, ettei reagenssiputkissa ole vaahtoa eikä kuplia. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 9

Älä sekoita keskenään osia kiteistä, joiden eränumerot poikkeavat toisistaan. Noudata yleisiä varotoimenpiteitä. Kaikkia potilasnäytteitä on pidettävä tartuntavaarallisina ja käsiteltävä sen mukaisesti. Varmista, että tarvittavat sovittimet jäähdytetään valmiiksi 2 8 C:n lämpötilaan. Työskentele ripeästi ja pidä PCR-reagenssit jäässä tai jäähdyttimessä ennen niiden täyttämistä. Siirry työnkulun vaiheesta suoraan seuraavaan vaiheeseen ilman taukoja. Siirtoaika QIAsymphony AS- ja Rotor-Gene Q -laitteiden välillä ei saa ylittää 30 minuuttia. Tarkista, että huolto on suoritettu ja vaihdettavat osat (esim. kärkien ohjaimet) on asennettu takaisin paikoilleen. Tarkista, että sovelluksen prosessitiedostot ja vaadittu Rotor-Gene AssayManager -liitännäinen on asennettu. Reagenssin säilytys ja käsittely artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin osia on säilytettävä 15... 30 C:n lämpötilassa. Ne ovat stabiileja etikettiin merkittyyn viimeiseen käyttöpäivämäärään saakka. Toistuvaa sulatusta ja pakastusta (> 3 kertaa) on vältettävä, sillä se saattaa heikentää analyysin suoritusta. Kaikkia QIAsymphony AS -laitteeseen täytettyjä reagensseja käytetään vain kyseiseen erään. Älä poista jäljelle jääneitä osia käyttääksesi niitä toiseen PCR:ään. Näytteiden käsittely ja säilytys Tietoja ihmisen nenänäytteiden käsittelystä ja säilyttämisestä on kohdassa Table 1. Kaikkia näytteitä on käsiteltävä tartuntavaarallisena materiaalina. 10 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Taulukko 1. Ihmisen nenänäytteiden käsittely, säilytys ja valmistelu Näytteenotto Näytteen kuljetus Näytteiden säilytys Näytteen keräämiseen on käytettävä enat -keruukittiä, joka sisältää enat-putken (2 ml) ja tavallisen FLOQSwab -näytepuikon suojapussissa (tuotenumero 4669848). 1. Avaa enat-näytekeruupussi ja ota enat-putki ja FLOQSwab pois pussista. Hävitä Pasteur-pipetti. 2. Ota FLOQSwab suojapussista. Kerää näyte FLOQSwabnäytetikulla seuraavien ohjeiden mukaisesti.* 3. Kostuta näytetikku 30 µl:lla steriiliä suolaliuosta tai vettä tai käytä näytetikkua kuivana. Älä käytä enatelatusainetta tikun kostuttamiseen. 4. Työnnä varoen 1,5 cm:n FLOQSwab sieraimeen. 5. Kierrä sitä 5 kertaa nenän limakalvoja vasten painamalla samalla etusormella nenän ulkopuolelta. Ota sen jälkeen näytetikku pois nenästä. 6. Työnnä sama FLOQSwab varoen toiseen sieraimeen ja toista vaiheen 5 mukainen menettely. 7. Kierrä aseptisesti toimien enat-putken korkki auki ja ota korkki pois niin, ettei elatusainetta pääse vuotamaan pois putkesta. 8. Työnnä FLOQSwab putkeen. 9. Taivuta sitä niin, että se katkeaa katkaisukohdasta. 10. Laita korkki takaisin putkeen ja sulje se tiiviisti. 11. Kirjoita näytteen tiedot putken etikettiin tai merkitse näytteen sisältö jollain muulla tavoin. Lähetä näyte testauslaboratorioon. Särkymätön kuljetus. Toimita enat-putkeen kerätty näytetikku testauspaikkaan artus MRSA/SA QS-RGQ -testiä varten viikon kuluessa näytteen keruusta. Postikuljetus patogeenisten materiaalien kuljetusta koskevan lainsäädännön mukaisesti. 4 25 C:ssa enintään 4 viikon ajan (ml. kuljetukseen tarvittava aika). Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 11

Taulukko 1. Jatkoa Näytteen valmistelu 1. Laita näytteen sisältävä enat-putki bioturvalliseen kappiin ja sekoita putkea 10 15 sekunnin ajan vorteksisekoittimella niin, että näyte irtoaa näytekärjestä, ja dispergoi ja suspendoi näyte tasaisesti nestemäiseen kuljetusaineeseen. 2. Irrota enat-putken korkki ja ota näytetikku pois käyttäen putken korkkia kahvana. Sen jälkeen näyteputket laitetaan QIAsymphony SP -laitteeseen kohdassa Protokolla: DNA:n eristys ja analyysin asetus QIAsymphony SP/AS -laitteessa sivulla 18 kuvatusti. 3. Kun protokollan DNA:n eristys ja analyysin asetus QIAsymphony SP/AS -laitteessa on valmis, sulje enat-putki uudelleen käyttämällä uutta korkkia (12 mm; tuotenumero 4670003) ja pidä sitä 2 8 C:ssa, jos uusintatesti on tarpeen (ks. Tulosten tulkinta sivulta 35). * Huomautus: Kun näytteenkeruun aikana käsitellään näytevanupuikkoa, käyttäjä ei saa koskea merkityn murtumakohdan alapuoliseen alueeseen eli katkaisuviivasta tikun nailonnukkakärkeen. Muutoin vanupuikon varsi kontaminoituu, mikä tekee testituloksista kelvottomia. Älä käytä liiallista voimaa, painoa tai taivuta voimakkaasti näytteitä kerätessäsi, sillä muutoin näytetikun varsi voi murtua. Kun olet ottanut tikulla näytteen, vanupuikon varsi katkeaa murtumaviivan kohdalta, kun vartta taivutetaan putken sivulla. Näytetikun annetaan tippua kuljetusainetta sisältävään putkeen. Käyttäjä heittää tikun kahvaosan hyväksyttyyn jäteastiaan. Tämän jälkeen putken kierrekorkki laitetaan takaisin ja putki suljetaan tiiviisti. Korkin kiertäminen enat-putkeen siirtää katkenneen tikun varren pään korkissa olevaan suppilonmuotoiseen muovattuun tilaan. Tämä muovattu suppilonmuotoinen tila ottaa vastaan rikkoutuneen vanupuikon varren ja kiinnittää sen tiiviisti paikalleen kitkan vaikutuksesta. Kun enat-putken korkki avataan ja otetaan pois testauslaboratoriossa, vanupuikko on tiiviisti kiinni korkissa. Näin käyttäjä voi irrottaa näytteen helposti käyttämällä putken korkkia kahvana, jonka avulla näytettä pidetään ja käsitellään. International Air Transport Association (IATA) (Kansainvälinen ilmakuljetusliitto). Vaarallisia aineita koskevat määräykset. 12 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Toimenpide Taulukko 2. Yleistä tietoa Kitti Näytemateriaali Alkuvaiheen puhdistus Näytetilavuus (ml. liikamäärä) Analyysin parametriasetus Analyysin kontrollin oletusasetus artus MRSA/SA QS-RGQ Kit 4570366 Nenänäyte, joka kerätään 2 ml:n enatputkeen QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi Kit (tuotenumero 937055) 2 000 µl; 1 500 µl positiivisille kontrolleille artus_mrsa_na-swab800_v1 Complex800_V6_DSP_artus_MRSA Eluaattitilavuus 60 µl Tarvittava QIAsymphonyohjelmistoversio Tarvittava QIAsymphony SP/AS - konfigurointiprofiili Versio 4.0 tai uudempi Oletusprofiili 1 Master-seoksen tilavuus 25 µl Mallitilavuus 15 µl Reaktioiden määrä Ajoaika QIAsymphony SP/AS -moduulissa Käyttöaika Rotor-Gene Q -laitteessa 6 72* (ml. kaikki QIAsymphony SP- ja QIAsymphony AS -laitteeseen täytettävät kontrollit) 6 reaktiota: noin 90 minuuttia 72 reaktiota: noin 305 minuuttia Noin 120 minuuttia * Varmista, että 72 reaktion ja 1 analyysitelineen sovittimen rajaa ei ylitetä. Vältä pitkää inkubaatioaikaa (> 30 minuuttia) analyysin päättymisen ja Rotor-Gene Q -laitteeseen siirron välillä. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 13

Kontrollit Positiiviset kontrollit Positiivisilla kontrolleilla MRSAmecA/SA ja MRSAmecC/SA (toimitetaan artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin mukana) seurataan näytteen valmistelun ja sen jälkeisen analyysin tehoa. Positiiviset kontrollit asetetaan QIAsymphony SP - laitteeseen ennen DNA:n puhdistamista (katso sivulta 2421 lisätietoja positiivisten kontrollien täyttämisestä). Negatiivinen kontrolli Negatiivinen MRSA/SA-kontrolli (jota kutsutaan QIAsymphony-ohjelmistossa NTC -kirjainyhdistelmällä, joka tulee englannin kielen termeistä no template control (ei-mallikontrolli)) täytetään QIAsymphony AS -laitteeseen ennen monistusta poistetun näytteen tilalle (katso vaihe 9 sivulta 26). Negatiivisella kontrollilla tarkkaillaan PCR:n kontaminaatiota (katso vaiheesta 19 sivulta 29 lisätietoja negatiivisen kontrollin täyttämisestä). Näytteen prosessikontrollit Positiiviset ja negatiiviset kontrollikannat on testattava rutiininomaisesti kussakin laboratoriossa paikallisten, osavaltio- ja/tai liittovaltiotason asetusten tai akkreditointijärjestöjen ohjeiden tai vaatimusten mukaisesti. Positiivinen näytteen prosessikontrolli (Positive Specimen Process Control, PSPC) on tarkoitettu koko prosessin valvomiseen. Negatiivinen näytteen prosessikontrolli (Negative Specimen Process Control, NSPC) detektoi reagenssin tai ympäristökontaminaation MRSA/SA-DNA:n avulla. Näytettä, johon on lisätty noin 5 10 3 CFU:ta MRSA:ta (esim. American Type Culture Collection, ATCC BAA-1556) tai hyvin karakterisoitua MRSA-isolaattia tai tunnettua MRSApositiivista kliinistä näytettä voidaan käyttää positiivisena näytteen prosessikontrollina. Näytettä, johon on lisätty noin 1 10 7 CFU:ta Staphylococcus epidermidis -bakteeria (esim. ATCC 12228) tai jotain muuta kuin S. aureus Staphylococcus sp. -kantaa, tai MRSA/SA-DNA-negatiiviselta henkilöltä saatua näytettä voidaan käyttää negatiivisena näytteen prosessikontrollina. PSPC ja NSPC on suspendoitava 2 ml:aan enatelatusainetta enat-keruukitin enat-putkiin (tuotenumero 4669848), minkä jälkeen ne täytetään QIAsymphony SP:n putkialustaan. Lisätietoja näytteiden prosessikontrollien täyttämisestä on sivulla 25. 14 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (sisäinen MRSA/SA-kontrolli) valmistelu QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi -kitin käyttäminen yhdessä artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin kanssa edellyttää sisäisen kontrollin (MRSA/SA IC) lisäämistä puhdistusprosessiin näytteen valmistelun ja sen jälkeisen analyysin tehon valvontaa varten. Sisäinen kontrolli (MRSA/SA IC) toimitetaan artus MRSA/SA QS-RGQ -kitissä, ja sitä on lisättävä kantaja-rna:n (CARRIER) ja puskuri-ave:n (AVE) seoksen kanssa. Sisäisestä kontrollista, kantaja-rna:sta (CARRIER) ja puskuri-ave:sta (AVE) koostuvan seoksen kokonaistilavuus on 120 µl/näyte. Valmista seos kantaja-rna:sta (CARRIER) ja puskuri-ave:sta (AVE) lisäämällä 1350 µl puskuri- AVE:a (AVE), joka toimitetaan QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi -kitissä, lyofilisoidun kantaja-rna:n (CARRIER) uudelleensuspensoimiseksi. Sekoita putki kääntämällä ylösalaisin. Sisäisen kontrollin (IC) laskentaan on käytettävä IC Calculator -laskinta QIAsymphony Management Console (QMC) -konsolissa. Taulukossa 3 esitetään sisäisen kontrollin lisääminen näytteeseen suhteessa 0,1 µl per 1 µl eluaattia. Suosittelemme valmistamaan uuden seoksen jokaiseen käyttöön juuri ennen käyttöä. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 15

Taulukko 3. Kantaja-RNA:n ja sisäisen kontrollin (MRSA/SA IC) valmistelu Osa Kantaja-RNA:n aine (CARRIER) Sisäinen kontrolli (MRSA/SA IC) n = Näytteiden ja kontrollien määrä n 13 Tilavuus (µl) (Sarstedt-putket)* n 13 Tilavuus (µl) (BD-putket) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 (n + 3) x 9 (n + 5) x 9 Puskuri-AVE (AVE) (n + 3) x 108 (n + 5) x 108 Näytteen lopullinen tilavuus (kuollut tilavuus poislukien) 120 120 Kokonaistilavuus n näytteelle (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Micro tubes 2.0 ml Type H -mikroputket ja Micro tubes 2.0 ml Type I -mikroputket (Sarstedt, tuotenumerot 72.693 ja 72.694). Jos sisäinen kontrolli valmistellaan aineliuoksena suuremmassa putkessa, kerro jokaisen osan kokonaistilavuus käytettyjen sisäisten kontrollien putkien määrällä. Kolmea lisänäytettä vastaava sisäisen kontrollin seos (ts. 360 µl) on tarpeen. Älä ylitä 1,92 ml:n kokonaistilavuutta (vastaa enintään 13 näytettä). Jos 2,0 ml:n mikroputkissa käytetään useampaa kuin 13 reaktiota, aseta reaktiot suuremmassa putkessa ja siirrä useaan putkeen. Varmista, että jokaista putkea varten lisätään 3 lisäreaktiota vastaava ylimäärä. Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (putket 14 ml, 17 x 100 mm polystyreeni, pyöreäpohjainen) (Corning, tuotenumero 352051). (BD oli putkien aiempi toimittaja, mutta Corning, Inc. on nykyään näiden putkien toimittaja.) Viittä lisänäytettä vastaava sisäisen kontrollin seos (ts. 600 µl) on tarpeen. Älä ylitä 13,92 ml:n kokonaistilavuutta (vastaa enintään 111 näytettä). Seoksen laskenta IC Calculator -laskurilla 1. Avaa QMC. 2. Valitse IC Calculator -kuvake. 3. Valitse Complex800_V6_DSP_artus_MRSA ACS-pudotusvalikosta. 4. Syötä tarvittava näytemäärä. 5. Valitse sisäiseen kontrolliin käytettävä tuote. 6. Valitse eluaatin tilavuus 60 µl. 7. Valitse sisäisen kontrollin tilaksi Internal Control/Eluate (Sisäinen kontrolli/eluaatti) ja 0.1 µl. 16 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

8. Käynnistä sisäisen kontrolliseoksen laskenta painamalla Calculate (Laske). IC-laskimen näytön oikeassa reunassa nähdään reagenssien tilavuudet, jotka on sekoitettava sisäisen kontrollin seosta varten, sekä käytettävä putkityyppi. Analyysin kontrolliasetukset ja analyysin parametriasetukset Analyysin kontrolliasetukset ovat yhdistelmä protokollasta ja lisäparametreista, kuten sisäisestä kontrollista, näytteen puhdistamista varten QIAsymphony SP - laitteessa. Jokaiseen protokollaan on asennettu valmiiksi analyysin oletuskontrolliasetukset. Analyysin parametriasetukset ovat yhdistelmä analyysin määritelmästä ja määritetyistä lisäparametreista, kuten replikaattien määrä ja analyysistandardien määrä, analyysin asettamista varten QIAsymphony AS - laitteessa. Integroitua käyttöä varten QIAsymphony SP/AS -laitteessa analyysin parametrisarja, artus_mrsa_na-swab800_v1, on linkitetty suoraan analyysin kontrollisarjaan, Complex800_V6_DSP_artus_MRSA, jolla määritellään näytteen puhdistusprosessi. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 17

Protokolla: DNA:n eristys ja analyysin asetus QIAsymphony SP/AS -laitteessa Tärkeitä huomioitavia seikkoja ennen aloittamista Varmista, että tunnet QIAsymphony SP/AS -laitteiden käyttötavan. Katso lisätietoja laitteiden mukana toimitetuista ohjeista, ja katso käyttöohjeiden uusimmat versiot Internet-osoitteesta www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx. Lataa Application Package -sovelluspakkaus artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin tuoteluettelon verkkosivujen (www.qiagen.com/p/artus-mrsa-sa-qs-rgq- Kit-CE) Resources (Resurssit) -valikon Protocol Files -kohdasta. Ennen kuin käytät reagenssisylinteriampullia (RC) ensimmäistä kertaa, tarkista, että reagenssisylinteriampullin (RC) puskureissa QSL2 ja QSB1 ei ole sakkaa. Tarvittaessa poista puskuria QSL2 ja QSB1 sisältävät kaukalot reagenssisylinteriampullista (RC) ja inkuboi 30 minuuttia 37 C:n lämpötilassa. Ravistele välillä, jotta sakka liukenee. Aseta kaukalot takaisin oikeisiin paikkoihin. Jos reagenssisylinteriampulli on jo lävistetty, varmista, että kaukalot suljetaan uudelleenkäytettävillä tiivisteliuskoilla. Inkuboi sitten koko reagenssisylinteriampullia (RC) 30 minuuttia 37 C:n lämpötilassa vesihauteessa. Ravista välillä.* Anna reagenssien jäähtyä huoneenlämpötilaan (15 25 C). Varmista, että puskurissa ATL (ATL) ei ole sakkaa. Jos sakkaa on muodostunut, liuota se lämmittämällä puskuria 70 C:n lämpötilassa vesihauteessa ravistaen varovasti.* Poista ilmakuplat pinnalta, ja anna puskurin jäähtyä huoneenlämpötilaan (15 25 C). Pyri välttämään reagenssisylinteriampullin (RC) ja puskurin ATL (ATL) voimakasta ravistelua. Muuten saattaa muodostua vaahtoa, joka voi vaikeuttaa nestetason detektointia. Työskentele ripeästi ja pidä PCR-reagenssit jäässä tai jäähdyttimessä ennen niiden täyttämistä. Reagenssimäärät on optimoitu riittämään 3 erään, jotka koostuvat 24 reaktiosta per kitti ja per ajo. Varmista, että kaikki eluaatit näytteen valmistelusta ja kaikki artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin osat ovat laitteessa enintään näytteen puhdistuksen ja 72 analyysireaktion analyysiasetuksen vaatiman normaalin * Varmista, että laitteet on tarkastettu ja kalibroitu valmistajan suositusten mukaan. 18 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

ajan, mukaan lukien enintään 30 minuutin siirtoaika QIAsymphony AS - laitteesta Rotor-Gene Q -laitteeseen. Huomautus: Älä käytä sellaista Elution Microtubes CL -putkitelinettä, jota on jo käytetty eri QIAsymphony SP -laitteessa. Älä määritä telineen tunnusta manuaalisesti. Ennen käyttöä tehtävät toimenpiteet Ennen käyttöä kaikki artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin analyysireagenssit on sulatettava kokonaan, sekoitettava (toistuvalla pipetoinnilla ylös ja alas tai pikavorteksoinnilla) ja sentrifugoitava vähintään 3 sekuntia. Vältä ilmakuplien muodostumista ja vaahtoutumista reagensseissa. Valmistele kaikki tarvittavat seokset. Valmistele tarvittaessa RNA:ta (CARRIER) ja sisäistä kontrollia sisältävät seokset juuri ennen aloittamista. Lisätietoja, katso Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (sisäinen MRSA/SA-kontrolli) valmistelu, sivulla 15. Ennen integroidun ajon käynnistämistä varmista, että kaikki laitteet ovat puhtaita ja että kaikki vaihdettavat osat on asetettu paikoilleen (esim. kärkien ohjaimet) seuraavien mukana toimitettujen käyttöohjeiden kunnossapito-ohjeissa kuvatulla tavalla: QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - Yleinen kuvaus (QIAsymphony SP/AS User Manual General Description), QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - QIAsymphony SP -laitteen käyttö (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - QIAsymphony AS -laitteen käyttö (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS) ja QIAsymphony Management Console käyttöohje (QIAsymphony Management Console User Manual). Pyri minimoimaan ristikontaminaation riski suorittamalla kunnossapitotoimenpiteet säännöllisesti. Varmista, että QIAsymphonyn prosessiprofiili Default Profile 1 on aktiivinen. Valittu profiili näkyy kosketusnäytön alaoikeassa reunassa. Supervisor (Pääkäyttäjä) -oikeuksilla sisäänkirjautunut henkilö voi muuttaa profiilia Tools (Työkalut) -välilehden Configuration (Konfigurointi) - valikossa. Toimenpide QIAsymphony SP:n bakteeri-dna:n puhdistus 1. Sulje QIAsymphony SP/AS -moduulin kaikki lokerot ja suojukset. 2. Käynnistä laite ja odota, kunnes näytössä näkyy Sample Preparation (Näytteen valmistelu) -ikkuna ja alustustoimenpide on valmis. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 19

Virtakytkin sijaitsee QIAsymphony SP -laitteen alavasemmassa reunassa. 3. Kirjaudu sisään moduuliin. 4. Valmistele QIAsymphony SP -laitteen Waste (Jäte) -lokero. Avaa Waste -lokero. Tyhjennä nestejätepullo ja aseta takaisin paikalleen. Poista kansi ennen jätenestepullon asettamista lokeroon. Aseta kärkien syöttölaite paikalleen. Huomautus: Pöytämallisessa ja QIAsymphony Cabinet SP/AS -laitteessa on käytettävä erilaisia kärkien syöttölaitteita. Aseta kärkien kiinnitysasema paikalleen. Aseta tyhjät yksikkölaatikot paikalleen (katso taulukko 4 ja kuva 1). Varmista, että aukossa 4 (lähinnä käyttäjää) on vähintään yksi tyhjä yksikkölaatikko. Asenna tyhjä kärkien hävityspussi (jätelokeron alapuolelle pöytämallia käytettäessä tai jäteastiaan QIAsymphony Cabinet SP/AS -laitetta käytettäessä). Sulje Waste -lokero ja suorita skannaus. Taulukko 4. Tarvittavat muovivälineet 1 3 näyte-erää varten Yksi erä, 24 näytettä Kaksi erää, 48 näytettä Kolme erää, 72 näytettä Tyhjät yksikkölaatikot 2 3 4 Kuva 1. Yksikkölaatikoiden paikka. 5. Eluate (Eluaatti) -lokeron täyttö. 20 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Aseta sovitin (Elution Microtubes Rack QS) siirtokehykseen. Avaa Eluate -lokero. Aseta sovitinkokoonpano ja siirtokehys Eluate -lokeron aukkoon 1. Valitse kosketusnäytössä Elution Slot 1 (Eluaatin lokero 1). Poista uuden Elution Microtubes CL -telineen pohjaosa kiertämällä telinettä, kunnes pohja irtoaa. Skannaa Elution Microtubes CL -telineen viivakoodi käsikäyttöisellä viivakoodinlukijalla. Aseta teline Elution Slot 1 -aukossa olevaan sovittimeen. Poista Elution Microtubes CL -telineen kansi. Sulje Eluate -lokero. Paina OK. Odota, että skannaus on valmis. 6. Täytä Reagents ja Consumables (Reagenssit ja tarvikkeet) -lokero (Figure 2). Avaa Reagents ja Consumables -lokero. Ota reagenssisylinteriampulli (RC) ja tarkista ennen ensimmäistä käyttökertaa, että puskurit QSL2 ja QSB1 eivät sisällä sakkaa. Jos puskurit QSL2 ja QSB1 sisältävät sakkaa, noudata sivun 18 ohjeita. Huomautus: Yritä välttää reagenssisylinteriampullin (RC) voimakasta ravistelua, sillä se voi johtaa vaahtoutumiseen, joka saattaa vaikeuttaa nestetason detektointia. Aseta reagenssisylinteriampulli (RC) harmaaseen reagenssisylinteriampullin pidikkeeseen. Varmista, että magneettihiukkaset on kokonaan suspendoitu uudelleen. Vorteksoi magneettihiukkaset sisältävää kaukaloa voimakkaasti vähintään 3 minuuttia ennen käyttöä. Aseta magneettihiukkaset sisältävä kaukalo takaisin reagenssisylinteriampulliin (RC). Poista magneettihiukkaset sisältävän kaukalon kansi ennen reagenssisylinteriampullin (RC) asettamista paikalleen. Avaa entsyymiputket. Aseta entsyymiputkien kannet korkkipidikkeisiin harmaassa reagenssisylinteriampullin pidikkeessä. Huomautus: Jos entsyymiputket sisältävät ilmakuplia, poista ilmakuplat pinnalta. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 21

Asenna entsyymiteline (ER) reagenssisylinteriampulliin (RC). Asenna lävistyskansi (PL) reagenssisylinteriampulliin (RC) ja napsauta varovasti paikalleen. Aseta valmisteltu reagenssisylinteriampulli (valmistellut reagenssisylinteriampullit) (RC) paikkoihin RC 1 ja/tai RC 2. Yksi uusi reagenssisylinteriampulli (RC) riittää enintään 48 näytteeseen. Paina kosketusnäytössä R+C. Paina Bottle ID (Pullon tunnus) -painiketta. Paina tekstikenttää ja skannaa puskuri-atl:n (ATL) viivakoodi käsikäyttöisellä viivakoodinlukijalla. Puskuri ATL (B1) Kärkitelineet 1 4 Reagenssiampullit 1 2 Kärkitelineet 5 18 Yksikkölaatikot 1 3 Yksikkölaatikko 4 Kuva 2. Reagenssien ja tarvikkeiden asemointi QIAsymphony SP -laitteeseen. Avaa puskuri ATL:n (ATL) pullo ja tarkista, ettei se sisällä sakkaa. Jos puskuri ATL (ATL) sisältää sakkaa, noudata ohjeita sivulla 18. Aseta puskuri ATL:n (ATL) pullo paikkaan B1, joka on reagenssisylinteriampullin aukon 1 (RC 1) vieressä. Huomautus: Yritä välttää puskuripullon voimakasta ravistelua. Muutoin saattaa muodostua vaahtoa, joka voi vaikeuttaa nestetason detektointia. Täytä riittävästi kertakäyttöisiä 200 µl suodatinkärkiä sisältäviä telineitä kärkitelinepidikkeisiin 1 4 (katso taulukko 5, sivu 24). Täytä riittävästi kertakäyttöisiä 1500 µl suodatinkärkiä sisältäviä telineitä kärkitelinepidikkeisiin 5 18 (katso taulukko 5, sivu 24). Varmista, että kaikki telineet lukkiutuvat paikoilleen. 22 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Huomautus: Suosittelemme täyttämään suodatinkärkiä määrättyä määrää enemmän kaikissa kokovaihtoehdoissa, jotta suodatinkärkiä on käytettävissä riittävä määrä automaattista häiriöiden käsittelyä varten. Poista näytteen valmistelusylinteriampullien yksikkölaatikoiden kansi ja täytä riittävä määrä näytteen valmistelusylinteriampulleja yksikkölaatikon pidikkeisiin 1 3 (katso taulukko 5, sivu 24). Poista 8-tangon kansien yksikkölaatikon kansi ja täytä yksikkölaatikkoon riittävä määrä 8-tangon kansia yksikkölaatikon pidikkeisiin 4 (katso taulukko 5, sivu 24). Huomautus: Muoviset tarvikkeet voivat siirtyä paikoiltaan kuljetuksen tai säilytyksen aikana. Tarkista, että kaikki muoviset tarvikkeet on kohdistettu oikein yksikkölaatikossa ennen sen asettamista QIAsymphony SP - laitteeseen. Paina tarvikenäytössä OK. Sulje Reagents ja Consumables -lokero ja suorita skannaus. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 23

Taulukko 5. Tarvittavat muovivälineet 1 3 näyte-erää varten Yksi erä, 24 näytettä* Kaksi erää, 48 näytettä* Kolme erää, 72 näytettä* Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 200 µl 34 (2 telinettä) 60 (2 telinettä) 86 (3 telinettä) Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 1500 µl 123 (4 telinettä) 205 (7 telinettä) 295 (10 telinettä) Sylinteriampullit näytteen valmisteluun Kannet 8- tangolle 18 36 54 3 6 9 * Useampaan kuin yhteen skannaukseen tarvitaan lisää kertakäyttöisiä suodatinkärkiä. 32 suodatinkärkeä/kärkiteline, 28 näytteen valmistelusylinteriampullia/yksikkölaatikko ja kaksitoista 8-tangon kantta/yksikkölaatikko. Tarvittavien suodatinkärkien määrä käsittää suodatinkärjet yhteen skannaukseen per reagenssisylinteriampulli. 7. Täytä putkialusta positiivisilla kontrolleilla. Pipetoi 1,5 ml positiivista MRSAmecA/SA-kontrollia (toimitetaan artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin mukana) tyhjään enat-putkeen (tuotenumero 4670002; käytä putkitukea 1A enat-putkille). Aseta positiivista MRSAmecA/SA-kontrollia sisältävä putki ensimmäisen näytealustan kohtaan 1. Pipetoi 1,5 ml positiivista MRSAmecC/SA-kontrollia (toimitetaan artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin mukana) tyhjään enat-putkeen (tuotenumero 4670002; käytä putkitukea 1A enat-putkille). Aseta positiivista MRSAmecC/SA-kontrollia sisältävä putki ensimmäisen näytealustan kohtaan 2. Huomautus: Varmista, että positiiviset kontrollit ovat oikeilla paikoillaan. Jos positiiviset kontrollit ovat väärissä paikoissa, Rotor-Gene AssayManager ei pysty tuomaan tulostiedostoa. Älä aseta kontrolleja muulle saman AS-erän alustalle. 24 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Huomautus: Näytteiden ja kontrollien sijainti analyysitelineessä voidaan näyttää ennen ajon aloittamista. Kun AS-erä on luotu (vaihe 12, sivu 27), paina Assays (Analyysit) -lokeron painiketta kosketusnäytössä ja valitse vastaava Assay (Analyysi) -paikka. Kunkin paikan näytetyyppi tulee näyttöön ( Type ), kun Sample (Näyte) -valintapainiketta painetaan. 8. Suositus: Täytä putkialusta näytteen prosessikontrolleilla (lisätietoja on sivulla 14). Suspendoi uudelleen tunnettu positiivinen näytteen prosessikontrolli (Positive Specimen Process Control, PSPC) 2 ml:aan enat-elatusainetta enat-keruukitin enat-putkeen (tuotenumero 4669848; käytä putkitukea 1A enat-putkille). Aseta tämä positiivisen näytteen prosessikontrollia sisältävä putki ensimmäisen näytealustan kohtaan 3. Suspendoi uudelleen tunnettu negatiivinen näytteen prosessikontrolli (Negative Specimen Process Control, NSPC) 2 ml:aan enatelatusainetta toiseen enat-keruukitin enat-putkeen (tuotenumero 4669848; käytä putkitukea 1A enat-putkille). Aseta tämä negatiivisen näytteen prosessikontrollia sisältävä putki ensimmäisen näytealustan kohtaan 4. Huomautus: Valinnaiset näytteen prosessikontrollit analysoidaan tavallisina näytteinä. Väärä tulos ei tee automaattisesti Rotor-Gene AssayManager - ajosta virheellistä. 9. Täytä näytteet Sample -lokeroon (putkialustaan). Aseta valmistellut näytteet (katso sivu 11) 2 ml:n enat-putkissa näyteputkialustalle, joka jo sisältää kontrollit (käytä putkitukea 1A enatputkille). Valmistele tarvittaessa lisää näyteputkialustoja. Älä lisää lisäkontrolleja näyteputkialustoihin samaan AS-erään yhdistämistä varten (katso vaihe 12). Huomautus: Jos näytteissä on viivakoodit, aseta näytteet putkialustalle niin, että viivakoodit ovat kokonaan näkyvissä. Varmista, että näyte- ja kontrolliputket on asetettu oikein ja napsautettu paikoilleen. Aseta kaikki näytealustat Sample -lokeron aukkoihin 1 4. (Kun täyttö on suoritettu oikein, oranssi merkkivalo syttyy.) Huomautus: Täytä ensin kontrollit ja näytteet sisältävä näyteputkialusta paikkaan 1. Älä käytä yli 71 näytettä ja kontrollia samassa ajossa. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 25

Negatiivinen kontrolli, joka on täytettävä QIAsymphony AS -laitteeseen, tarkoittaa yhtä lisäreaktiota, ja siksi se tarvitsee myös yhden tulospaikan. 10. Käytettäessä integroidun ajon asetusta syötä QIAsymphonykosketusnäytössä jokaiselle käsiteltävälle näyte-erälle tarvittavat tiedot. Paina kosketusnäytössä Integrated Run (Integroitu ajo). Paina Define run (Määritä ajo). Valitse SP Batch 1 (SP erä 1) (tai Full Process Controls -kontrolleja (koko prosessin kontrollit) sisältävän näytealustan vastaava eränumero, jos käytetään jatkuvaa täyttöä). Paina Edit samples (Muokkaa näytteitä). Varmista, että näytteille on määritetty oikea laboratoriolaite eli COP#606C enat Tube. Korjaa laboratoriolaitteen määritystä tarvittaessa. Paina ID/Type (Tunnus/tyyppi). Valitse ensimmäinen kohta ja paina Sample ID (Näytetunnus). Paina tekstikenttää ja syötä positiivinen MRSA meca -kontrolli. Paina sitten OK. Valitse ensimmäinen kohta ja paina EC+. Valitse toinen kohta ja paina Sample ID. Paina tekstikenttää ja syötä positiivinen MRSA mecc -kontrolli. Paina sitten OK. Valitse toinen kohta ja paina EC+. Korjaa tarvittaessa mahdolliset näytteiden viivakoodivirheet ja syötä tunnukset. Paina OK. Huomautus: Älä määritä näytetyyppiä EC+ muille kuin artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin mukana toimitettua positiivista kontrollia sisältäville putkille. Rotor-Gene AssayManager hylkää ajot, joiden kontrollimalli on väärin. 11. Suoritettavien analyysien määritys. Paina vastaavaa SP Batch (SP erä) -painiketta. Paina Define assays (Määritä analyysit). Valitse analysoitavat näytteet. Valitse analyysi artus_mrsa_na-swab800_v1 ryhmässä artus QS- RGQ. 26 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Paina OK. Toista kohta 11 kaikille käsiteltäville erille ja näytteille. 12. QIAsymphony AS -erän määritys. Valitse kaikki integroidussa QIAsymphony RGQ -prosessissa käsiteltävät erät. Paina Create AS batch (Luo AS-erä). Huomautus: Kaikki QIAsymphony SP -erät, jotka on määritetty samaan QIAsymphony AS -erään (integroitu QIAsymphony RGQ -ajo), käsitellään samassa analyysin asetusmenettelyssä. Aseta ajo jonoon painamalla OK. 13. Sisäisen kontrolliseoksen täyttö Sample -lokeroon. Aseta aiemmin valmistellut sisäisen kontrolliseoksen putket (katso kuva 15) näytealustalle (käytä putkitukea 3B 2 ml:n mikroputkille). Aseta näytealusta Sample -lokeron aukkoon A. Huomautus: Tietyillä nestetasoilla etiketittömissä 14 ml:n putkissa (ks. Tarvikkeet ja reagenssit QIAsymphony SP -laitteeseen ) voi tapahtua kirkkaan nesteen ja putken aiheuttamia lukuvirheitä. Tämän voi välttää kiinnittämällä tyhjä etiketti putkeen tai merkitsemällä putken viivakoodilukijaa kohti oleva alue pysyvällä tussilla. 14. Sisäisten kontrollien paikkojen määritys. Paina Define ICs (Määritä sisäiset kontrollit) -painiketta. Valitse sisäisen kontrolliseoksen paikka. Valitse vastaava sisäinen kontrolli Complex 800_V6_DSP artus MRSA/SA kansiosta Required (Tarvittava). Varmista, että on määritetty oikea laboratoriolaite. Jos näin ei ole, korjaa laboratoriolaitteen määritystä painamalla IC Tubes (Sisäisen kontrollin putket). Paina OK. 15. Ajon käynnistys. Käynnistä ajo painamalla Run (Ajo) -painiketta. Lue ja vahvista näytössä näkyvä ilmoitus. Suosittelemme odottamaan laitteen vieressä, kunnes se on suorittanut sisäisten kontrolliputkien nestetason detektoinnin (QIAsymphony SP - alustan tilaksi muuttuu running (käynnissä)). artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 27

Huomautus: Älä keskeytä tai pysäytä ajoa prosessin aikana (hätätapausta lukuun ottamatta), sillä sen seurauksena vastaavat näytteet ja analyysireaktiot merkittäisiin epäselviksi. Rotor-Gene AssayManager hylkää epäselvät analyysireaktiot. Huomautus: Näytteitä voidaan jatkuvasti täyttää ja lisätä tähän ajoon (reagenssien täyttöön saakka) tai uuteen QIAsymphony RGQ -ajoon. QIAsymphony AS -lokeroiden täyttö analyysin asetusta varten 16. Tyhjän kärkien hävityspussin ja kärkien syöttölaitteen asennus. Asenna tyhjä kärkien hävityspussi pöytämallin käyttöä varten tai jäteastiaan QIAsymphony SP/AS Cabinet -laitetta käytettäessä. Avaa Eluate ja Reagents (Eluaatti ja reagenssit) -lokero ja Assays (Analyysit) -lokero QIAsymphony AS -laitteessa. Avaa suojus ja aseta kärkien syöttölaite laitteeseen. Huomautus: Pöytämallisessa ja QIAsymphony Cabinet SP/AS -laitteessa on käytettävä erilaisia kärkien syöttölaitteita. Sulje suojus. Lue ja vahvista näytössä näkyvä ilmoitus. 17. Analyysitelineen asetus Analyysit -lokeroon. Paina aukkoa 5 Assay (Analyysi) (keltainen). Täytä tarvittava määrä liuskaputkia (4 putkea = 1 segmentti) esijäähdytettyyn Rotor-Gene Strip Tubes 72 QS -jäähdytyssovittimeen kosketusnäytössä esitetyllä tavalla. Huomautus: Täytä kokonaiset liuskaputket. Älä riko liuskaputkia. Aseta sovitin ja liuskaputket Assays -lokeron aukkoon 5. Paina kosketusnäytössä Rack ID (Telinetunnus), syötä käyttäjäkohtainen telinetunnus ja paina OK. Huomautus: Myös automaattisen tunnustoiminnon käyttö on mahdollista. Paina Load (Täytä). 18. Suodatinkärkien täyttö Assays - ja Eluate ja Reagents -lokeroon. Täytä vähintään Assay Setup Loading Information (Analyysin asetus Täyttötiedot) -näytössä ilmoitettu suodatinkärkien määrä. Huomautus: Aloita kärkitelineiden täyttö takaosasta (jäähdytyssovittimien läheltä). Harvinaisissa tapauksissa pipetointipää ei ehkä ulotu kaikkiin paikkoihin suojusta kohti, jolloin laite saattaa pysähtyä automaattisesti. Suosittelemme täyttämään suodatinkärkiä määrättyä määrää enemmän 28 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

kaikissa kokovaihtoehdoissa, jotta suodatinkärkiä on käytettävissä riittävä määrä automaattista häiriöiden käsittelyä varten. 19. Reagenssien täyttö Eluate ja Reagents -lokeroon. Ennen käyttöä kaikki analyysireagenssit on sulatettava kokonaan, sekoitettava ja sentrifugoitava vähintään 3 sekuntia. Vältä reagensseissa ilmakuplien muodostumista ja vaahtoutumista (katso menettelyn kuvaus kohdassa Tärkeitä huomioitavia seikkoja ennen aloittamista, sivu 18). Paina kosketusnäytössä aukkoa 3 Reagent (Reagenssi) (keltainen). Valmistele esijäähdytetty reagenssipidike kosketusnäytössä näkyvien ohjeiden mukaan. Valitse kosketusnäytössä putkien paikat, täytä tyhjä putki master-seosta varten ja täytä vähintään tarvittava määrä oikeita reagensseja ja negatiivista kontrollia vastaaviin putkiin vastaavissa paikoissa kosketusnäytön ohjeiden mukaisesti. Huomautus: Samaa reagenssityyppiä (MRSA/SA Master tai Mg-Sol) saattaa olla tarpeen yhdistää yhteen putkeen, jos tarvittava määrä ylittää vastaavien reagenssien täyttötilavuuden. Yksi putki MRSA/SA Master -reagenssia ja yksi putki Mg-Sol -reagenssia riittää 24 QIAsymphony SP -eluaattiin (ml. kontrollit) sekä yhteen negatiiviseen kontrolliin. Jos eräkoko on enintään 17 reaktiota, suosittelemme käyttämään 100 µl:aa Mg-Sol-reagenssia. Huomautus: Sakeiden reagenssien käsittely manuaalisilla pipeteillä saattaa olla vaikeaa. Varmista, että MRSA/SA Master siirretään kokonaan vastaavaan putkeen. Huomautus: Vaihtoehtoisesti voit valita kosketusnäytössä luettelonäkymän ja valmistella reagenssisovittimen vastaavasti. Loading Information File (Täyttötietotiedosto) voidaan ladata QMC- tai USB-liitännän kautta (ja tulostaa) sen jälkeen, kun QIAsymphony AS -erä on määritelty ja asetettu jonoon. Paina kosketusnäytössä Scan Kit Barcode (Skannaa kitin viivakoodi) ja paina kitin vaaleansinistä viivakoodia. Paina tekstikenttää ja skannaa kitin viivakoodi artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin yläosassa käsikäyttöisellä viivakoodinlukijalla. Huomautus: Jos kitin viivakoodia ei lueta tässä vaiheessa, Rotor-Gene AssayManager hylkää QIAsymphony AS -tulostiedoston tuonnin aikana. Aseta valmisteltu reagenssisovitin Eluate ja Reagents -lokeron aukkoon 3. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 29

Paina Load -painiketta. Sulje molemmat lokerot. Avaa skannausikkuna painamalla Scan. Skannaa kaikki QIAsymphony AS -osat painamalla Scan -painiketta. Huomautus: Suosittelemme odottamaan skannauksen päättymistä laitteen vierellä. Analyysin asetus käynnistyy automaattisesti, kun näytteen valmistelu QIAsymphony SP -laitteessa on valmis. 20. QIAsymphony AS -erän ajan päättymisen tarkastus analyysitelineen poistamista varten. Kun QIAsymphony AS -skannaus on valmis, laskettu integroidun ajon aika näkyy Integrated Run Overview (Integroidun ajon yleiskuva) - näytössä. QIAsymphony AS -ajon päättymisen ja Rotor-Gene Q -laitteen käynnistymisen välinen aika saa olla enintään 30 minuuttia. Varmista, että analyysiteline siirretään Rotor-Gene Q -laitteeseen 30 minuutin kuluessa analyysin ajon päättymisestä. Analyysitelineen poisto ja tulostiedoston siirto 21. QIAsymphony AS -erän ja analyysitelineen poisto. Avaa Assays - ja Eluate ja Reagents -lokerot. Poista sovittimet ja liuskaputket, ja sulje putket korkeilla. Paina aukkoa 5 Assay. Paina Remove (Poista) -painiketta. Poista reagenssisovitin ja hävitä reagenssit paikallisten turvallisuusmääräysten mukaisesti. Paina aukkoa 3 Reagent (Reagenssi). Paina Remove (Poista) -painiketta. Sulje Assays - ja Eluate ja Reagents -lokerot. Avaa skannausikkuna painamalla Scan. Skannaa vasemmalla ja oikealla olevat sovittimet painamalla Scan - painiketta (yleensä esivalittu). Poista integroitu ajo painamalla Integrated Batch (Integroitu ajo) (vihreä) painiketta. Lue ja vahvista näkyvä ilmoitus. 30 artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014

Lopullinen QIAsymphony AS -tulostiedosto luodaan ja voidaan siirtää joko USB-tikulle tai valittuun kansioon (\log\results\as) QMC-liitännän kautta. 22. Tulostiedoston siirto valittuun kansioon. Jos tulostiedosto siirretään USBtikulla, noudata ohjeita kohdassa 22a. Jos tulostiedosto siirretään QMCliitännän kautta, noudata kohdan 22b ohjeita. 22a. Tulostiedoston siirtäminen USB-tikun avulla. Liitä USB-tikku. Valitse Tools (Työkalut). Valitse File Transfer (Tiedoston siirto). Valitse Result Files (Tulostiedostot) -kohta Save to USB Stick (Tallenna USB-tikulle) -sarakkeessa. Paina Transfer (Siirrä) -painiketta. Lue ja vahvista näkyvä ilmoitus. Kun siirto on valmis, paina OK ja poista USB-tikku. Jatka kohdasta Protokolla: PCR Rotor-Gene Q -laitteessa, sivu 32. 22b. Tulostiedoston siirto QMC-liitännän kautta. Kirjaudu sisään oikeaan QIAsymphony SP/AS -laitteeseen. Valitse siirtotiedoston kuvake. Valitse muoto Result File AS (Tulostiedosto AS). Valitse tulostiedosto, jolla on oikea aikaleima ja erätunnus, Etäkohde - tiedostojen luettelosta (oikea sarake). Siirrä tulostiedosto Local Site (Paikallinen kohde) -kohteeseen (tiedosto tallennetaan polkuun, joka on määritelty kohdassa Tools (Työkalut), Options (Vaihtoehdot), File Transfer (Tiedoston siirto), \log\results\as). Huomautus: Jos useita QIAsymphony AS -eriä konfiguroidaan integroituun ajoon, tarkista kärkien hävityspussin jäljellä oleva tila ja täytä QIAsymphony AS -lokerot uudelleen kohdan 15 ohjeista alkaen. Jatka kohdasta Protokolla: PCR Rotor-Gene Q -laitteessa, sivu 32. Huomautus: Suosittelemme liuskaputkien korkkien merkitsemistä oikean asemoinnin varmistamiseksi sekä jäähdytetyn kuljetuskehyksen käyttöä kontaminaation välttämiseksi. artus MRSA/SA QS-RGQ -kitin käsikirja 04/2014 31