artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja

Joulukuu 2015 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja Versio 1 72 Kvalitatiivinen in vitro -diagnostiikka Käyttöön QIAsymphony SP/AS- ja Rotor-Gene Q -laitteissa 4573366 QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, SAKSA R4 1075392FI Sample & Assay Technologies

QIAGEN Sample and Assay Technologies QIAGEN on johtava innovatiivisten näyte- ja määritysteknologioiden toimittaja. QIAGENin tuotteet mahdollistavat kaikkien biologisten näytteiden sisällön eristämisen ja detekoinnin. Pitkälle kehitetyt ja laadukkaat tuotteemme ja palvelumme takaavat luotettavan prosessin näytteestä tulokseen. QIAGENin uraauurtavan toiminnan ydinalueita ovat: DNA:n, RNA:n ja proteiinien puhdistaminen nukleiinihappojen ja proteiinien määritykset microrna-tutkimus ja RNAi näyte- ja määritysteknologioiden automatisointi. Tavoitteenamme on toimittaa tuotteita, joiden avulla asiakkaamme saavuttavat menestystä ja läpimurtoja. Lisätietoja on osoitteessa www.qiagen.com.

Sisällysluettelo Käyttötarkoitus 4 Tiivistelmä ja selitykset 4 Patogeenitiedot 4 Menetelmän periaate 5 Tarvittavat materiaalit 6 Sarjan sisältö 6 Tarvittavat materiaalit, jotka eivät sisälly pakkaukseen 6 Varoitukset ja varotoimenpiteet 8 Turvallisuustiedot 8 Yleiset varotoimenpiteet 9 Reagenssin säilytys ja käsittely 10 Näytteiden käsittely ja säilytys 10 Toimenpide 12 Kontrollit 13 Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (VanR sisäinen kontrolli) valmistelu 13 Analyysin kontrolliasetukset ja analyysin parametriasetukset 15 Protokollat DNA:n eristys ja analyysin asetus QIAsymphony SP/AS -laitteessa 16 PCR Rotor-Gene Q -laitteessa 28 Tulosten tulkinta 32 Vianetsintä 37 Laadunvalvonta 42 Rajoitukset 42 Suorituksen ominaispiirteet 43 Viitteet 43 Symbolit 44 Yhteystiedot 45 Tilaustiedot 46 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 3

Käyttötarkoitus artus VanR QS-RGQ -sarja on in vitro polymeraasiketjureaktioanalyysi (PCR), joka on tarkoitettu käyttöön QIAsymphony SP/AS- ja Rotor Gene Q -laitteiden kanssa. Sitä käytetään vankomysiinin resistenssigeenejä vana ja vanb koodaavien nukleiinihappojen kvalitatiiviseen osoittamiseen suoraan ihmisen perianaalisista tai rektaalisista näytteistä potilailla, joilla on vankomysiiniresistentin enterokokin (VRE) kolonisaatioriski. Koe on tarkoitettu käyttöön suoraan potilasnäytteissä. artus VanR QS-RGQ -sarja on tarkoitettu käyttöön vankomysiiniresistentin kolonisaation tunnistamisen, ehkäisyn ja hallinnan apuvälineenä. artus VanR QS-RGQ -sarjaa ei ole tarkoitettu VRE-infektion diagnosointiin eikä infektion hoidon ohjaukseen tai seurantaan. Viljelyssä on käytettävä menetelmiä, jotka auttavat tunnistamaan organismit epidemiologiseen tyypitykseen ja vahvistustestaukseen. Tiivistelmä ja selitykset artus VanR QS-RGQ -sarja koostuu käyttövalmiista järjestelmästä vana ja vanb DNA:n detekointiin polymeraasiketjureaktion (PCR) avulla RotorGene Q -laitteissa, kun näyte on valmisteltu ja analyysi asetettu QIAsymphony SP- ja AS -laitteissa. Patogeenitiedot Enterokokkibakteereja esiintyy yleisimmin ihmisen ruoansulatuskanavassa ja naisen sukupuolielimissä. Nämä bakteerit voivat helposti kehittää vastustuskyvyn antibiooteille, minkä vuoksi ne ovat uhka henkilöille, jotka ovat olleet pitkään sairaalahoidossa ja saaneet pitkäaikaista antibioottihoitoa (1). Vankomysiiniresistentit geenit vana ja vanb ovat yleisesti kehittyviä resistenssigeenejä, ja niitä esiintyy yleisimmin vankomysiiniresistenteissä enterokokki-infektioissa (VRE) (2). Vankomysiiniresistenssin esiintyvyyden Enterococcus faecium -isolaateissa on osoitettu olevan jopa 40 % Euroopassa (3). Esiintyvyyden yleistyminen voi johtaa antibioottien käytön lisääntymiseen, mikä puolestaan edesauttaa antibioottiresistenssin kehittymistä. Tästä syystä on tärkeää aktiivisten seurantaohjelmien avulla tunnistaa varhaisessa vaiheessa potilaat, joille on pesiytynyt vankomysiiniresistenttejä geenejä, jotta infektiot pystytään asianmukaisesti eristämään ja niiden leviäminen estämään (3, 4). 4 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Menetelmän periaate VanR Master A ja VanR Master B sisältävät reagensseja ja entsyymejä kohdealueiden spesifiseen monistamiseen vankomysiiniresistenttiin enterokokkiin liittyvissä vana- ja vanb -geeneissä sekä spesifisten amplikonien suoraan detekointiin Rotor-Gene Q -laitteiden Cycling Green- ja Cycling Orange - fluoresenssikanavissa. Lisäksi artus VanR QS-RGQ -sarja sisältää toisen heterologisen kontrollijärjestelmän mahdollisten virheiden tunnistamiseksi koko analyysiprosessin aikana. Tämä detekoidaan sisäisenä kontrollina (IC) Rotor- Gene Q -laitteiden Cycling Crimson -fluoresenssikanavassa. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 5

Tarvittavat materiaalit artus VanR QS-RGQ -sarjan sisältö riittää 72 kokeeseen 24 reaktion 1 3 erässä QIAsymphony RGQ -laitteessa. Rotor-Gene Q -instrumenttiin mahtuu enintään 72 reaktioputkea. Sarjan sisältö artus VanR QS-RGQ Kit (72) Tuotenumero 4573345 Reaktioiden määrä 72 Sininen VanR Master A 3 x 330 µl Violetti VanR Master B 3 x 600 µl Vihreä Punainen VanR Internal Control (sisäinen kontrolli) VanR Positive Control (positiivinen kontrolli) 3 x 540 µl 3 x 330 µl Valkoinen VanR Negative Control (negatiivinen kontrolli) 3 x 330 µl artus VanR QS-RGQ Kit Handbook (artus VanR QS-RGQ - sarjan käsikirja) (englanninkielinen) 1 Tarvittavat materiaalit, jotka eivät sisälly pakkaukseen Kun käsittelet kemikaaleja, käytä aina asianmukaista suojavaatetusta, kertakäyttökäsineitä ja suojalaseja. Lisätietoja on asianmukaisissa käyttöturvallisuustiedotteissa, jotka ovat saatavana tuotteen toimittajalta. Tarvikkeet ja reagenssit näytteenottoon BD ESwab Collection Kit (BD ESwab -näytteenottosarja) (Becton Dickinson, tuotenumero 220245) Sovittimet QIAsymphony SP -laitteeseen Elution Microtube Rack QS (eluaattimikroputkiteline QS) (Cooling Adapter (jäähdytyssovitin), EMT, v2, Qsym, tuotenumero 9020730) yhdistettynä QIAsymphony SP/AS Transfer Frame -siirtokehyksen kanssa 6 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Tube Insert 3B (putkituki 3B) (Insert (lisäke), 2.0 ml v2, samplecarr. (24), Qsym, tuotenumero 9242083) Tarvikkeet ja reagenssit QIAsymphony SP -laitteeseen QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini -sarja (tuotenumero 937036) Buffer ATL (puskuri ATL) (4 x 50 ml) (tuotenumero 939016) Sample Prep Cartridges, 8-well (näytteen valmistelusylinteriampullit, 8- kuoppainen) (tuotenumero 997002) 8-Rod Covers (kannet 8-tangolle) (tuotenumero 997004) Filter-Tips, 1500 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 997024) Filter-Tips, 200 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 990332) Elution Microtubes CL (EMTR) (eluaattimikroputket) (tuotenumero 19588) Tip disposal bags (kärkien hävityspussit) (tuotenumero 9013395) Micro tubes 2.0 ml Type H, without skirted base (mikroputket 2,0 ml, tyyppi H, ilman reunustettua pohjaa) (tuotenumero 72.693) tai Micro tubes 2.0 ml Type I, with skirted base (mikroputket 2,0 ml, tyyppi I, reunustettu pohja) (Sarstedt, tuotenumero 72.694, www.sarstedt.com) käyttöön näytteille ja sisäisille kontrolleille Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (putket 14 ml, 17 x 100 mm polystyreeni, pyöreäpohjainen) (Becton Dickinson, tuotenumero 352051) käyttöön sisäisille kontrolleille Sovittimet ja reagenssipidikkeet QIAsymphony AS -laitteelle Reagent holder 1 QS (reagenssipidike 1 QS) (Cooling Adapter - jäähdytyssovitin, Reagent Holder 1 -reagenssipidike, Qsym, tuotenumero 9018090) RG Strip Tubes 72 QS (RG-liuskaputket 72 QS) (Cooling Adapter - jäähdytyssovitin, RG Strip Tubes -liuskaputket 72, Qsym, tuotenumero 9018092) Tarvikkeet QIAsymphony AS -laitteeseen Strip Tubes and Caps, 0.1 ml (liuskaputket ja korkit) (tuotenumero 981103) Tubes, conical, 2 ml, Qsym AS (kartioputket) (tuotenumero 997102) Tubes, conical, 5 ml, Qsym AS (kartioputket) (tuotenumero 997104) Filter-Tips, 1500 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 997024) artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 7

Filter-Tips, 200 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 990332) Filter-Tips, 50 µl (suodatinkärjet) (tuotenumero 997120) Tip disposal bags (kärkien hävityspussit) (tuotenumero 9013395) Yleiset laboratoriolaitteet Pipetit (säädettävät) * ja steriilit pipettikärjet suodattimilla Vortex-sekoittaja* Pöytämallinen sentrifugi* roottorilla 2 ml:n reaktioputkille Laitteet näytteen valmisteluun ja analyysin asettamiseen QIAsymphony SP (tuotenumero 9001297),* ohjelmistoversio 4.0 tai uudempi QIAsymphony AS (tuotenumero 9001301),* ohjelmistoversio 4.0 tai uudempi Laitteet PCR:tä varten Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM -laite Rotor-Gene AssayManager, versio 1.0 tai uudempi Varoitukset ja varotoimenpiteet In vitro -diagnostiikkaan Turvallisuustiedot Kun käsittelet kemikaaleja, käytä aina asianmukaista suojavaatetusta, kertakäyttökäsineitä ja suojalaseja. Lisätietoja on vastaavissa käyttöturvallisuustiedotteissa. Ne ovat saatavana PDF-tiedostoina Internetosoitteessa www.qiagen.com/safety. Voit hakea, lukea ja tulostaa kaikkien QIAGEN -tarvikesarjojen ja niiden osien käyttöturvallisuustiedotteet. * Varmista, että laitteet on tarkastettu ja kalibroitu valmistajan suositusten mukaan. Mahdollisuuksien mukaan Rotor-Gene Q 5plex HRM -laite, joka on valmistettu tammikuussa 2010 tai myöhemmin. Valmistuspäivämäärä käy ilmi laitteen takaosassa olevasta sarjanumerosta. Sarjanumeron muoto on KKVVNNN. KK merkitsee tuotankokuukautta, VV valmistusvuoden kahta viimeistä lukua, ja NNN ilmaisee laitteen tunnisteen. Ennen kesäkuuta 2014 valmistetut Rotor-Gene Q- ja Rotor-Gene Q MDx -laitteet saattavat tarvita muokkausta, jos niitä halutaan käyttää artus VanR QS-RGQ -sarjan kanssa. Tämä muokkaus on tehtävä vain kerran. Ilman muokkausta ennen kesäkuuta 2014 valmistetut laitteet (sarjanumero aiempi kuin R0614999) eivät ehkä kykene käsittelemään mainittua analyysia oikein. (Katso lisätietoja kohdasta "Rajoitukset" sivulta 42. 8 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Katso QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini -sarjan turvallisuustiedot sarjan mukana toimitetusta QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Kit Instructions for Use (Handbook) -käsikirjasta. Katso laitteiden turvallisuustiedot seuraavista dokumenteista: QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - Yleinen kuvaus (QIAsymphony SP/AS User Manual General Description), QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - QIAsymphony SP -laitteen käyttö (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony SP), QIAsymphony SP/AS - käyttöohje - QIAsymphony AS -laitteen käyttö (QIAsymphony SP/AS User Manual Operating the QIAsymphony AS), QIAsymphony Management Console käyttöohje (QIAsymphony Management Console User Manual), Rotor- Gene AssayManager -ydinsovelluksen käyttöohje (Rotor-Gene AssayManager Core Application User Manual), artus Basic Plug-in -käyttöohje (artus Basic Plugin User Manual), sekä Rotor-Gene Q -laitteen mukana toimitetusta käyttöohjeesta. Hävitä näyte- ja analyysijäte paikallisten turvallisuusmääräysten mukaisesti. Seuraavat varoitukset ja varotoimet koskevat artus VanR QS-RGQ -sarjan osia: artus VanR IC Sisältö: Seos: 5-kloro-2-metyyli-4-isotiatsoliini-3-oni ja 2-metyyli-2H - isotiatsoliini-3-oni (3:1). Varoitus! Voi aiheuttaa allergisen ihoreaktion. Käytä suojakäsineitä/ suojavaatetusta/silmäsuojainta/kasvosuojainta. VanR Positive Control Sisältö: Seos: 5-kloro-2-metyyli-4-isotiatsoliini-3-oni ja 2-metyyli-2H - isotiatsoliini-3-oni (3:1). Varoitus! Voi aiheuttaa allergisen ihoreaktion. Käytä suojakäsineitä/ suojavaatetusta/silmäsuojainta/kasvosuojainta. Yleiset varotoimenpiteet Noudata aina seuraavia ohjeita: Käytä steriilejä pipettikärkiä, joissa on suodattimet. Manuaalisissa toimenpiteissä pidä putket suljettuina aina mahdollisuuksien mukaan ja vältä kontaminaatiota. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 9

Sulata kaikki osat huolellisesti huoneenlämpötilassa (15 25 C) ennen analyysin aloittamista. Sekoita sulatetut osat (pipetoimalla toistuvasti ylös ja alas tai pulssivorteksoimalla) ja sentrifugoi lyhyesti. Varmista, ettei reagenssiputkissa ole vaahtoa eikä kuplia. Älä sekoita keskenään osia sarjoista, joiden eränumerot poikkeavat toisistaan. Noudata yleisiä varotoimenpiteitä. Kaikkia potilasnäytteitä on pidettävä tartuntavaarallisina ja käsiteltävä sen mukaisesti. Varmista, että tarvittavat sovittimet jäähdytetään valmiiksi 2 8 C:n lämpötilaan. Työskentele ripeästi ja pidä PCR-reagenssit jäässä tai jäähdyttimessä ennen niiden täyttämistä. Siirry työnkulun vaiheesta suoraan seuraavaan vaiheeseen ilman taukoja. Siirtoaika QIAsymphony AS- ja Rotor-Gene Q -laitteiden välillä ei saa ylittää 30 minuuttia. Tarkista, että huolto on suoritettu ja vaihdettavat osat (esim. kärkien ohjaimet) on asennettu takaisin paikoilleen. Reagenssin säilytys ja käsittely artus VanR QS-RGQ -sarjan osia on säilytettävä -30...-10 C:n lämpötilassa. Ne ovat stabiileja etikettiin merkittyyn viimeiseen käyttöpäivämäärään saakka. Toistuvaa sulatusta ja pakastusta (> 3 kertaa) on vältettävä, sillä se saattaa heikentää analyysin suoritusta. Kaikkia QIAsymphony AS -laitteeseen täytettyjä reagensseja käytetään vain kyseiseen erään. Älä poista jäljelle jääneitä osia käyttääksesi niitä toiseen PCR:ään. Näytteiden käsittely ja säilytys Tietoja ihmisen rektaalisten tai perianaalisten näytteiden käsittelystä ja säilyttämisestä on taulukossa 1. Kaikkia näytteitä on käsiteltävä tartuntavaarallisena materiaalina. 10 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Taulukko 1. Ihmisen rektaalisten tai perianaalisten näytteiden käsittely, säilytys ja valmistelu Näytteenotto Näytteen kuljetus Näytteiden säilytys (ml. kuljetusaika) Näytteen valmistelu Ihmisen rektaaliset tai perianaaliset näytteet, jotka on otettu Liquid Amies -kuljetusaineeseen BD ESwab Collection Kit -näytteenottosarjalla (Becton Dickinson, tuotenumero 220245) Särkymätön kuljetus Kuljetus 24 tunnin kuluessa näytteenotosta Postikuljetus patogeenisten materiaalien kuljetusta koskevan lainsäädännön mukaisesti* Näytteet on kuljetettava viileässä (2 8 C) 2 8 C enintään 7 vrk -10...-30 C enintään 30 vrk Aseta 300 µl nestettä näytteestä, joka on otettu Liquid Amies -kuljetusaineeseen BD ESwab Collection Kit -näytteenottosarjalla (Becton Dickinson, tuotenumero 220245), Sarstedt 2,0 ml:n mikroputkeen (tyyppi H, ilman reunustettua pohjaa (tuotenumero 72.693)) tai Sarstedt 2,0 ml:n mikroputkeen (tyyppi I, reunustettu pohja (tuotenumero 72.694)) ja aseta QIAsymphony SP -laitteeseen. *International Air Transport Association (IATA) (Kansainvälinen ilmakuljetusliitto). Vaarallisia aineita koskevat määräykset. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 11

Toimenpide Taulukko 2. Yleistä tietoa Sarja artus VanR QS-RGQ Kit, 4573366 Näytemateriaali Alkuvaiheen puhdistus Näytetilavuus (ml. liikamäärä) Analyysin parametriasetus Analyysin kontrollin oletusasetus Ihmisen rektaaliset tai perianaaliset näytteet QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini -sarja (tuotenumero 937036) 300 µl artus_vanr_rec-swab200_v1 Complex200_V6_DSP_artus_VanR Eluaattitilavuus 110 µl Tarvittava QIAsymphonyohjelmistoversio Tarvittava QIAsymphony SP/AS - konfigurointiprofiili Versio 4.0 tai uudempi Oletusprofiili 1 Master-seoksen tilavuus 25 µl Mallitilavuus 15 µl Reaktioiden määrä Käyttöaika QIAsymphony SP/AS -laitteessa Käyttöaika Rotor-Gene Q -laitteessa 24 72* (ml. kaikki QIAsymphony SP- ja QIAsymphony AS -laitteeseen täytettävät kontrollit) 24 reaktiota: noin 90 minuuttia 72 reaktiota: noin 280 290 minuuttia Noin 120 minuuttia * Varmista, että 72 reaktion ja 1 analyysitelineen sovittimen rajaa ei ylitetä. Vältä pitkää inkubaatioaikaa (> 30 minuuttia) analyysin päättymisen ja Rotor-Gene Q -laitteeseen siirron välillä. 12 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Kontrollit Positiivinen kontrolli VanR positiivisella kontrollilla (toimitetaan artus VanR QS-RGQ -sarjassa) seurataan näytteen valmistelun ja senjälkeisen analyysin tehoa. Positiivinen kontrolli asetetaan QIAsymphony SP -laitteeseen ennen DNA:n puhdistamista (katso sivulta 21 lisätietoja positiivisen kontrollin täyttämisestä). Negatiivinen kontrolli VanR negatiivinen kontrolli (toimitetaan artus VanR QS-RGQ -sarjassa) täytetään QIAsymphony SP -laitteeseen ennen DNA:n puhdistusta potilasnäytteen paikalle. Se auttaa tunnistamaan kontaminaation näytteen valmistelun ja/tai senjälkeisen analyysin aikana (katso sivulta 21 lisätietoja negatiivisen kontrollin täyttämisestä). Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (VanR sisäinen kontrolli) valmistelu Käytettäessä QIAsymphony DSP Virus/Pathogen -sarjoja yhdessä artus VanR QS-RGQ -sarjan kanssa puhdistusprosessiin on lisättävä sisäistä kontrollia (VanR sisäinen kontrolli), joka koostuu inaktivoidusta, intaktista Geobacillus stearothermophilus -bakteerista. Sen tarkoituksena on seurata näytteen valmistelun ja senjälkeisen analyysin tehoa. Sisäinen kontrolli (VanR sisäinen kontrolli) toimitetaan artus VanR QS-RGQ - sarjassa, ja sitä on lisättävä kantaja-rna:n (CARRIER) ja puskuri-ave:n (AVE) seoksen kanssa. Sisäisestä kontrollista, kantaja-rna:sta (CARRIER) ja puskuri-ave:sta (AVE) koostuvan seoksen kokonaistilavuus on 120 µl/näyte. Valmista seos kantaja-rna:sta (CARRIER) ja puskuri-ave:sta (AVE) lisäämällä 1350 µl puskuri-ave:a (AVE), joka toimitetaan QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Mini -sarjassa, lyofilisoidun kantaja-rna:n (CARRIER) uudelleensuspensoimiseksi. Sekoita putki kääntämällä ylösalaisin. Sisäisen kontrollin (IC) laskentaan on käytettävä IC Calculator -laskinta QIAsymphony Management Console (QMC) -konsolissa. Taulukossa 3 esitetään sisäisen kontrollin lisääminen näytteeseen suhteessa 0,1 µl per 1 µl eluaattia. Suosittelemme valmistamaan uuden seoksen jokaiseen käyttöön juuri ennen käyttöä. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 13

Taulukko 3. Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (VanR sisäinen kontrolli) valmistelu Osa Kantaja-RNA:n aine (CARRIER) Sisäinen kontrolli (VanR sisäinen kontrolli) n = Näytteiden ja kontrollien määrä n 13 Tilavuus (µl) (Sarstedt-putket)* n 13 Tilavuus (µl) (BD-putket) (n + 3) x 3 (n + 5) x 3 (n + 3) x 14 (n + 5) x 14 Puskuri-AVE (AVE) (n + 3) x 103 (n + 5) x 103 Näytteen lopullinen tilavuus (kuollut tilavuus poislukien) 120 120 Kokonaistilavuus n näytteelle (n + 3) x 120 (n + 5) x 120 * Micro tubes 2.0 ml Type H -mikroputket ja Micro tubes 2.0 ml Type I -mikroputket (Sarstedt, tuotenumerot 72.693 ja 72.694). Jos sisäinen kontrolli valmistellaan aineliuoksena suuremmassa putkessa, kerro jokaisen osan kokonaistilavuus käytettyjen sisäisten kontrollien putkien määrällä. Kolmea lisänäytettä vastaava sisäisen kontrollin seos (ts. 360 µl) on tarpeen. Älä ylitä 1,92 ml:n kokonaistilavuutta (vastaa enintään 13 näytettä). Jos 2,0 ml:n mikroputkissa käytetään useampaa kuin 13 reaktiota, aseta reaktiot suuremmassa putkessa ja siirrä useaan putkeen. Varmista, että jokaista putkea varten lisätään 3 lisäreaktiota vastaava ylimäärä. Tubes 14 ml, 17 x 100 mm polystyrene round-bottom (Becton Dickinson, tuotenumero 352051). Viittä lisänäytettä vastaava sisäisen kontrollin seos (ts. 600 µl) on tarpeen. Seoksen laskenta IC Calculator -laskurilla 1. Avaa QMC. 2. Valitse IC Calculator -kuvake. 3. Valitse Complex200_V6_DSP_artus_VanR ACS-pudotusvalikosta. 4. Syötä tarvittava näytemäärä. 5. Valitse sisäiseen kontrolliin käytettävä tuote. 6. Valitse eluaatin tilavuus 110 µl. 7. Valitse sisäisen kontrollin tilaksi Internal Control/Eluate (Sisäinen kontrolli / eluaatti) ja 0.1 µl. 8. Käynnistä sisäisen kontrolliseoksen laskenta painamalla Calculate (Laske). 14 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

IC-laskimen näytön oikeassa reunassa nähdään reagenssien tilavuudet, jotka on sekoitettava sisäisen kontrollin seosta varten, sekä käytettävä putkityyppi. Analyysin kontrolliasetukset ja analyysin parametriasetukset Analyysin kontrolliasetukset ovat yhdistelmä protokollasta ja lisäparametreista, kuten sisäisestä kontrollista, näytteen puhdistamista varten QIAsymphony SP - laitteessa. Jokaiseen protokollaan on asennettu valmiiksi analyysin oletuskontrolliasetukset. Analyysin parametriasetukset ovat yhdistelmä analyysin määritelmästä ja määritetyistä lisäparametreista, kuten replikaattien määrä ja analyysistandardien määrä, analyysin asettamista varten QIAsymphony AS - laitteessa. Integroitua käyttöä varten QIAsymphony SP/AS -laitteessa analyysin parametriasetukset, artus_vanr_rec-swab200_v1, on linkitetty suoraan analyysin kontrolliasetuksiin, Complex200_V6_DSP_artus_VanR, jolla määritellään näytteen puhdistusprosessi. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 15

Protokolla: DNA:n eristys ja analyysin asetus QIAsymphony SP/AS -laitteessa Tärkeitä huomioitavia seikkoja ennen aloittamista Varmista, että tunnet QIAsymphony SP/AS -laitteiden käyttötavan. Katso lisätietoja laitteiden mukana toimitetuista ohjeista, ja katso käyttöohjeiden uusimmat versiot Internet-osoitteesta www.qiagen.com/products/qiasymphonyrgq.aspx. Lataa Application Package -sovelluspakkaus Protocol Files - protokollatiedostoista artus VanR QS-RGQ Kit -verkkoluettelosivujen (www.qiagen.com/p/artus-vanr-qs-rgq-kit-ce) Resources (Resurssit) - kohdassa. Ennen kuin käytät reagenssisylinteriampullia (RC) ensimmäistä kertaa, tarkista, että reagenssisylinteriampullin (RC) puskureissa QSL2 ja QSB1 ei ole sakkaa. Tarvittaessa poista puskuria QSL2 ja QSB1 sisältävät kaukalot reagenssisylinteriampullista (RC) ja inkuboi 30 minuuttia 37 C:n lämpötilassa. Ravistele välillä, jotta sakka liukenee. Aseta kaukalot takaisin oikeisiin paikkoihin. Jos reagenssisylinteriampulli on jo lävistetty, varmista, että kaukalot suljetaan uudelleenkäytettävillä tiivisteliuskoilla. Inkuboi sitten koko reagenssisylinteriampullia (RC) 30 minuuttia 37 C:n lämpötilassa vesihauteessa. Ravistele välillä. * Anna reagenssien jäähtyä huoneenlämpötilaan (15 25 C). Varmista, että puskurissa ALT (ALT) ei ole sakkaa. Jos sakkaa on muodostunut, liuota se lämmittämällä puskuria 70 C:n lämpötilassa vesihauteessa ravistaen varovasti.* Poista ilmakuplat pinnalta, ja anna puskurin jäähtyä huoneenlämpötilaan (15 25 C). Pyri välttämään reagenssisylinteriampullin (RC) voimakasta ravistelua. Muuten saattaa muodostua vaahtoa, joka voi vaikeuttaa nestetason detekointia. Työskentele ripeästi ja pidä PCR-reagenssit jäässä tai jäähdyttimessä ennen niiden täyttämistä. Reagenssimäärät on optimoitu riittämään 3 erään, jotka koostuvat 24 reaktiosta per sarja ja per ajo. Varmista, että kaikki eluaatit näytteen valmistelusta ja kaikki artus VanR QS- RGQ -sarjan osat ovat laitteessa enintään näytteen puhdistuksen ja 72 analyysireaktion analyysiasetuksen vaatiman normaalin ajan, mukaan * Varmista, että laitteet on tarkastettu ja kalibroitu valmistajan suositusten mukaan. 16 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

lukien enintään 30 minuutin siirtoaika QIAsymphony AS -laitteesta Rotor- Gene Q -laitteeseen. Ennen käyttöä tehtävät toimenpiteet Ennen käyttöä kaikki artus VanR QS-RGQ -sarjan analyysireagenssit on sulatettava kokonaan, sekoitettava (toistuvalla pipetoinnilla ylös ja alas tai pikavorteksoinnilla) ja sentrifugoitava vähintään 3 sekuntia. Vältä ilmakuplien muodostumista ja vaahtoutumista reagensseissa. Valmistele kaikki tarvittavat seokset. Valmistele tarvittaessa RNA:ta (CARRIER) ja sisäistä kontrollia sisältävät seokset juuri ennen aloittamista. Lisätietoja, katso Kantaja-RNA:n (CARRIER) ja sisäisen kontrollin (VanR sisäinen kontrolli) valmistelu, sivulla 13. Ennen integroidun ajon käynnistämistä varmista, että kaikki laitteet ovat puhtaita ja että kaikki vaihdettavat osat on asetettu paikoilleen (esim. kärkien ohjaimet) seuraavien mukana toimitettujen käyttöohjeiden kunnossapito-ohjeissa kuvatulla tavalla: QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - Yleinen kuvaus, QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - Operating the QIAsymphony SP -laitteen käyttö, QIAsymphony SP/AS -käyttöohje - QIAsymphony AS -laitteen käyttö ja QIAsymphony Management Console - käyttöohje. Pyri minimoimaan ristikontaminaation riski suorittamalla kunnossapitotoimenpiteet säännöllisesti. Varmista, että QIAsymphonyn prosessiprofiili Default Profile 1 on aktiivinen. Valittu profiili näkyy kosketusnäytön alaoikeassa reunassa. Supervisor (Pääkäyttäjä) -oikeuksilla sisäänkirjautunut henkilö voi muuttaa profiilia Tools (Työkalut) -välilehden Configuration (Konfigurointi) - valikossa. Toimenpide 1. Sulje QIAsymphony SP/AS -laitteen kaikki lokerot ja suojukset. 2. Käynnistä laite ja odota, kunnes näytössä näkyy Sample Preparation (Näytteen valmistelu) -ikkuna ja alustustoimenpide on valmis. Virtakytkin sijaitsee QIAsymphony SP -laitteen alavasemmassa reunassa. 3. Kirjaudu sisään laitteeseen. 4. Valmistele QIAsymphony SP -laitteen Waste (Jäte) -lokero. Avaa Waste -lokero. Tyhjennä nestejätepullo ja aseta takaisin paikalleen. Poista kansi ennen jätenestepullon asettamista lokeroon. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 17

Aseta kärkien syöttölaite paikalleen. Huomautus: Pöytämallisessa ja QIAsymphony Cabinet SP/AS -laitteessa on käytettävä erilaisia kärkien syöttölaitteita. Aseta kärkien kiinnitysasema paikalleen. Aseta tyhjät yksikkölaatikot paikalleen (katso taulukko 4 ja kuva 1). Varmista, että aukossa 4 (lähinnä käyttäjää) on vähintään yksi tyhjä yksikkölaatikko. Asenna tyhjä kärkien hävityspussi (jätelokeron alapuolelle pöytämallia käytettäessä tai jäteastiaan QIAsymphony Cabinet SP/AS -laitetta käytettäessä). Sulje Waste -lokero ja suorita skannaus. Taulukko 4. Tarvittavat muovivälineet 1 3 näyte-erää varten Yksi erä, 24 näytettä Kaksi erää, 48 näytettä Kolme erää, 72 näytettä Tyhjät yksikkölaatikot 2 3 4 Kuva 1. Yksikkölaatikoiden paikka. 5. Eluate (Eluaatti) -lokeron täyttö. Aseta sovitin (Elution Microtubes Rack QS) siirtokehykseen. Avaa Eluate -lokero. Aseta sovitinkokoonpano ja siirtokehys Eluate -lokeron aukkoon 1. Valitse kosketusnäytössä Elution Slot 1 (Eluaatin lokero 1). Poista Elution Microtubes CL -telineen pohjaosa kiertämällä telinettä, kunnes pohja irtoaa. 18 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Skannaa Elution Microtubes CL -telineen viivakoodi käsikäyttöisellä viivakoodinlukijalla. Aseta teline Elution Slot 1 -aukossa olevaan sovittimeen. Poista Elution Microtubes CL -telineen kansi. Sulje Eluate -lokero. Paina OK. Odota, että skannaus on valmis. 6. Reagents and Consumables (Reagenssit ja tarvikkeet) -lokeron täyttö (kuva 2). Avaa Reagents and Consumables -lokero. Ota reagenssisylinteriampulli (RC) ja tarkista ennen ensimmäistä käyttökertaa, että puskurit QSL2 ja QSB1 eivät sisällä sakkaa. Jos puskurit QSL2 ja QSB1 sisältävät sakkaa, noudata ohjeita sivulla 16. Huomautus: Yritä välttää reagenssisylinteriampullin (RC) voimakasta ravistelua, sillä se voi johtaa vaahtoutumiseen, joka saattaa vaikeuttaa nestetason detekointia. Aseta reagenssisylinteriampulli (RC) harmaaseen reagenssisylinteriampullin pidikkeeseen. Varmista, että magneettihiukkaset on kokonaan suspendoitu uudelleen. Vorteksoi magneettihiukkaset sisältävää kaukaloa voimakkaasti vähintään 3 minuuttia ennen käyttöä. Aseta magneettihiukkaset sisältävä kaukalo takaisin reagenssisylinteriampulliin (RC). Poista magneettihiukkaset sisältävän kaukalon kansi ennen reagenssisylinteriampullin (RC) asettamista paikalleen. Avaa entsyymiputket. Aseta entsyymiputkien kannet korkkipidikkeisiin harmaassa reagenssisylinteriampullin pidikkeessä. Huomautus: Jos entsyymiputket sisältävät ilmakuplia, poista ilmakuplat pinnalta. Asenna entsyymiteline (ER) reagenssisylinteriampulliin (RC). Asenna lävistyskansi (PL) reagenssisylinteriampulliin (RC) ja napsauta varovasti paikalleen. Aseta valmisteltu reagenssisylinteriampulli (valmistellut reagenssisylinteriampullit) (RC) paikkoihin RC 1 ja/tai RC 2. Yksi uusi reagenssisylinteriampulli (RC) riittää enintään 96 näytteeseen. Paina kosketusnäytössä R+C. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 19

Paina Bottle ID (Pullon tunnus) -painiketta. Paina tekstikenttää ja skannaa puskuri-atl:n (ATL) viivakoodi käsikäyttöisellä viivakoodinlukijalla. Kuva 2. Reagenssien ja tarvikkeiden asemointi QIAsymphony SP -laitteeseen. Avaa puskuri ATL:n (ATL) pullo ja tarkista, ettei se sisällä sakkaa. Jos puskuri ATL (ATL) sisältää sakkaa, noudata ohjeita sivulla 16. Aseta puskuri ATL:n (ATL) pullo paikkaan B1, joka on reagenssisylinteriampullin aukon 1 (RC 1) vieressä (paikka 1 yllä olevassa kuvassa). Täytä riittävästi kertakäyttöisiä 200 µl suodatinkärkiä sisältäviä telineitä kärkitelinepidikkeisiin 1 4 (katso taulukko 5, sivu 21). Täytä riittävästi kertakäyttöisiä 1500 µl suodatinkärkiä sisältäviä telineitä kärkitelinepidikkeisiin 5 18 (katso taulukko 5, sivu 21). Varmista, että kaikki telineet lukkiutuvat paikoilleen. Huomautus: Suosittelemme täyttämään suodatinkärkiä määrättyä määrää enemmän kaikissa kokovaihtoehdoissa, jotta suodatinkärkiä on käytettävissä riittävä määrä automaattista häiriöiden käsittelyä varten. Poista näytteen valmistelusylinteriampullien yksikkölaatikoiden kansi ja täytä riittävä määrä näytteen valmistelusylinteriampulleja yksikkölaatikon pidikkeisiin 1 3 (katso taulukko 5, sivu 21). Poista 8-tangon kansien yksikkölaatikon kansi ja täytä yksikkölaatikkoon riittävä määrä 8-tangon kansia yksikkölaatikon pidikkeisiin 4 (katso taulukko 5, sivu 21). Huomautus: Muoviset tarvikkeet voivat siirtyä paikoiltaan kuljetuksen tai säilytyksen aikana. Tarkista, että kaikki muoviset tarvikkeet on kohdistettu 20 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

oikein yksikkölaatikossa ennen sen asettamista QIAsymphony SP - laitteeseen. Paina tarvikenäytössä OK. Sulje Reagents and Consumables -lokero ja suorita skannaus. Taulukko 5. Tarvittavat muovivälineet 1 3 näyte-erää varten Yksi erä, 24 näytettä* Kaksi erää, 48 näytettä* Kolme erää, 72 näytettä* Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 200 µl 34 (1 teline) 60 (2 telinettä) 86 (3 telinettä) Kertakäyttöiset suodatinkärjet, 1500 µl 123 (4 telinettä) 205 (7 telinettä) 295 (10 telinettä) Sylinteriampullit näytteen valmisteluun Kannet 8- tangolle 18 36 54 3 6 9 * Useampaan kuin yhteen skannaukseen tarvitaan lisää kertakäyttöisiä suodatinkärkiä. 32 suodatinkärkeä/kärkiteline, 28 näytteen valmistelusylinteriampullia/yksikkölaatikko ja kaksitoista 8-tangon kantta/yksikkölaatikko. Tarvittavien suodatinkärkien määrä käsittää suodatinkärjet yhteen skannaukseen per reagenssisylinteriampulli. 7. Positiivisten ja negatiivisten kontrollien täyttö Sample (Näyte) -lokeroon (putkialustaan). Aseta VanR positiivista kontrollia sisältävä putki (toimitetaan artus VanR QS-RGQ -sarjassa) ensimmäisen näytealustan kohtaan 1 (käytä putkitukea 3B 2 ml:n mikroputkille). Aseta VanR negatiivista kontrollia sisältävä putki (toimitetaan artus VanR QS-RGQ -sarjassa) ensimmäisen näytealustan kohtaan 2 (käytä putkitukea 3B 2 ml:n mikroputkille). Huomautus: Varmista, että positiivinen ja negatiivinen kontrolli ovat oikeilla paikoillaan. Jos positiivinen ja negatiivinen kontrolli ovat väärissä paikoissa, artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 21

Rotor-Gene AssayManager ei pysty tuomaan tulostiedostoa. Älä aseta kontrolleja muulle saman AS-erän alustalle. 8. Näytteiden täyttö Sample -lokeroon (putkialustaan). Aseta valmistellut näytteet (katso sivu 11) 2 ml:n mikroputkissa näyteputkialustalle, joka jo sisältää kontrollit (käytä putkitukea 3B 2 ml:n mikroputkille). Valmistele tarvittaessa lisää näyteputkialustoja, mutta ilman kontrolleja. Huomautus: Jos näytteissä on viivakoodit, aseta näytteet putkialustalle niin, että viivakoodit ovat kokonaan näkyvissä. Varmista, että näyte- ja kontrolliputket on asetettu oikein ja napsautettu paikoilleen. Aseta kaikki näytealustat Sample -lokeron aukkoihin 1 4. Kun täyttö on suoritettu oikein, oranssi merkkivalo syttyy. 9. Käytettäessä integroidun ajon asetusta syötä QIAsymphonykosketusnäytössä jokaiselle käsiteltävälle näyte-erälle tarvittavat tiedot. Paina kosketusnäytössä Integrated Run (Integroitu ajo). Paina Define run (Määritä ajo). Valitse SP Batch 1 (SP erä 1) (tai Full Process Controls -kontrolleja (koko prosessin kontrollit) sisältävän näytealustan vastaava eränumero, jos käytetään jatkuvaa täyttöä). Paina Edit samples (Muokkaa näytteitä). Varmista, että näytteille on määritetty oikea laboratoriolaite. Korjaa laboratoriolaitteen määritystä tarvittaessa. Paina ID/Type (Tunnus/tyyppi). Valitse ensimmäinen kohta ja paina Sample ID (Näytetunnus). Paina tekstikenttää ja syötä VanR positiivinen kontrolli. Paina sitten OK. Valitse ensimmäinen kohta ja paina EC+. Valitse toinen kohta ja paina Sample ID. Paina tekstikenttää ja syötä VanR negatiivinen kontrolli. Paina sitten OK. Valitse toinen kohta ja paina EC. Korjaa tarvittaessa mahdolliset näytteiden viivakoodivirheet ja syötä tunnukset. 22 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Paina OK. Huomautus: Älä määritä näytetyyppiä EC+ tai EC- muihin kuin artus VanR QS-RGQ -sarjassa toimitettua positiivista tai negatiivista kontrollia sisältäviin putkiin. Rotor-Gene AssayManager hylkää ajot, joiden kontrollimalli on väärin. Jos käsittelet koenäytteiden lisäksi aiemmin karakterisoituja näytteitä, muista määritellä kyseisten näytteiden näytetyypiksi näyte. 10. Suoritettavien analyysien määritys. Paina vastaavaa SP Batch (SP erä) -painiketta. Paina Define assays (Määritä analyysit). Valitse analysoitavat näytteet. Valitse analyysi artus_vanr_rec-swab200_v1 ryhmässä artus QS- RGQ. Paina OK. Toista kohta 10 kaikille käsiteltäville erille ja näytteille. 11. QIAsymphony AS -erän määritys. Valitse kaikki integroidussa QIAsymphony RGQ -prosessissa käsiteltävät erät. Paina Create AS batch (Luo AS-erä). Huomautus: Kaikki QIAsymphony SP -erät, jotka on määritetty samaan QIAsymphony AS -erään (integroitu QIAsymphony RGQ -ajo), käsitellään samassa analyysin asetusmenettelyssä. Aseta ajo jonoon painamalla OK. 12. Sisäisen kontrolliseoksen täyttö Sample -lokeroon. Aseta aiemmin valmistellut sisäisen kontrolliseoksen putket (katso kuva 13) näytealustalle (käytä putkitukea 3B 2 ml:n mikroputkille). Aseta näytealusta Sample -lokeron aukkoon A. 13. Sisäisten kontrollien paikkojen määritys. Paina Define ICs (Määritä sisäiset kontrollit) -painiketta. Valitse sisäisen kontrolliseoksen paikka. Valitse vastaava sisäinen kontrolli Complex200_V6_DSP_artus_VanR kansiosta Required (Tarvittava). artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 23

Varmista, että on määritetty oikea laboratoriolaite. Jos näin ei ole, korjaa laboratoriolaitteen määritystä painamalla IC Tubes (Sisäisen kontrollin putket). Paina OK. 14. Ajon käynnistys. Käynnistä ajo painamalla Run (Ajo) -painiketta. Lue ja vahvista näytössä näkyvä ilmoitus. Suosittelemme odottamaan laitteen vieressä, kunnes se on suorittanut sisäisten kontrolliputkien nestetason detekoinnin (QIAsymphony SP - alustan tilaksi muuttuu running (käynnissä)). Huomautus: Älä keskeytä tai pysäytä ajoa prosessin aikana (hätätapausta lukuun ottamatta), sillä sen seurauksena vastaavat näytteet ja analyysireaktiot merkittäisiin epäselviksi. Rotor-Gene AssayManager hylkää epäselvät analyysireaktiot. Huomautus: Näytteitä voidaan jatkuvasti täyttää ja lisätä tähän ajoon (reagenssien täyttöön saakka) tai uuteen QIAsymphony RGQ -ajoon. QIAsymphony AS -lokeroiden täyttö analyysin asetusta varten 15. Tyhjän kärkien hävityspussin ja kärkien syöttölaitteen asennus. Asenna tyhjä kärkien hävityspussi Waste -lokeron alapuolelle pöytämallia käytettäessä tai jäteastiaan QIAsymphony Cabinet SP/AS - laitetta käytettäessä. Avaa Eluate and Reagents (Eluaatti ja reagenssit) -lokero ja Assays (Analyysit) -lokero QIAsymphony AS -laitteessa. Avaa suojus ja aseta kärkien syöttölaite laitteeseen. Huomautus: Pöytämallisessa ja QIAsymphony Cabinet SP/AS -laitteessa on käytettävä erilaisia kärkien syöttölaitteita. Sulje suojus. Lue ja vahvista näytössä näkyvä ilmoitus. 16. Analyysitelineen asetus Analyysit -lokeroon. Paina aukkoa 5 Assay (Analyysi) (keltainen). Täytä tarvittava määrä liuskaputkia (4 putkea = 1 segmentti) esijäähdytettyyn Rotor-Gene Strip Tubes 72 QS -jäähdytyssovittimeen kosketusnäytössä esitetyllä tavalla. Huomautus: Täytä kokonaiset liuskaputket. Älä riko liuskaputkia. Aseta sovitin ja liuskaputket Assays -lokeron aukkoon 5. 24 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Paina kosketusnäytössä Rack ID (Telinetunnus), syötä käyttäjäkohtainen telinetunnus ja paina OK. Huomautus: Myös automaattisen tunnustoiminnon käyttö on mahdollista. Paina Load (Täytä). 17. Suodatinkärkien asetus Analyysit -lokeroon. Täytä vähintään Assay Setup Loading Information (Analyysin asetus Täyttötiedot) -näytössä ilmoitettu suodatinkärkien määrä. Huomautus: Aloita kärkitelineiden täyttö takaosasta (jäähdytyssovittimien läheltä). Harvinaisissa tapauksissa pipetointipää ei ehkä ulotu kaikkiin paikkoihin suojusta kohti, jolloin laite saattaa pysähtyä automaattisesti. Suosittelemme täyttämään suodatinkärkiä määrättyä määrää enemmän kaikissa kokovaihtoehdoissa, jotta suodatinkärkiä on käytettävissä riittävä määrä automaattista häiriöiden käsittelyä varten. 18. Reagenssien täyttö Eluate and Reagents -lokeroon. Ennen käyttöä kaikki analyysireagenssit on sulatettava kokonaan, sekoitettava ja sentrifugoitava vähintään 3 sekuntia. Vältä reagensseissa ilmakuplien muodostumista ja vaahtoutumista (katso menettelyn kuvaus kohdassa Tärkeitä huomioitavia seikkoja ennen aloittamista, sivu 16). Paina kosketusnäytössä aukkoa 3 Reagent (Reagenssi) (keltainen). Valmistele esijäähdytetty reagenssipidike kosketusnäytössä näkyvien ohjeiden mukaan. Valitse kosketusnäytössä putkien paikat, täytä tyhjä putki master-seosta varten ja täytä vähintään tarvittava määrä oikeaa reagenssia vastaaviin putkiin vastaavissa paikoissa kosketusnäytön ohjeiden mukaisesti. Huomautus: Samaa reagenssityyppiä (VanR Master A tai VanR Master B) saattaa olla tarpeen yhdistää yhteen putkeen, jos tarvittava määrä ylittää vastaavien reagenssien täyttötilavuuden. Yksi putki VanR Master A - reagenssia ja VanR Master B -reagenssia riittää 24 QIAsymphony SP - eluaatille (ml. kontrollit). Huomautus: Sakeiden reagenssien käsittely manuaalisilla pipeteillä saattaa olla vaikeaa. Varmista, että VanR Master A ja VanR Master B siirretään kokonaan vastaaviin putkiin. Huomautus: Vaihtoehtoisesti voit valita kosketusnäytössä luettelonäkymän ja valmistella reagenssisovittimen vastaavasti. Loading Information File (Täyttötietotiedosto) voidaan ladata QMC- tai USB-liitännän kautta (ja tulostaa) sen jälkeen, kun QIAsymphony AS -erä on määritelty ja asetettu jonoon. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 25

Paina kosketusnäytössä Scan Kit Barcode (Skannaa sarjan viivakoodi) ja paina sarjan vaaleansinistä viivakoodia. Paina tekstikenttää ja skannaa sarjan viivakoodi artus VanR QS-RGQ - sarjan yläosassa käsikäyttöisellä viivakoodinlukijalla. Aseta valmisteltu reagenssisovitin Eluate and Reagents -lokeron aukkoon 3. Paina Load -painiketta. Sulje molemmat lokerot. Avaa skannausikkuna painamalla Scan. Skannaa kaikki QIAsymphony AS -osat painamalla Scan -painiketta. Huomautus: Suosittelemme odottamaan skannauksen päättymistä laitteen vierellä. Analyysin asetus käynnistyy automaattisesti, kun näytteen valmistelu QIAsymphony SP -laitteessa on valmis. 19. QIAsymphony AS -erän ajan päättymisen tarkastus analyysitelineen poistamista varten. Kun QIAsymphony AS -skannaus on valmis, laskettu integroidun ajon aika näkyy Integrated Run Overview (Integroidun ajon yleiskuva) - näytössä. QIAsymphony AS -ajon päättymisen ja Rotor-Gene Q -laitteen käynnistymisen välinen aika saa olla enintään 30 minuuttia. Varmista, että analyysiteline siirretään Rotor-Gene Q -laitteeseen 30 minuutin kuluessa analyysin ajon päättymisestä. Analyysitelineen poisto ja tulostiedoston siirto 20. QIAsymphony AS -erän ja analyysitelineen poisto. Avaa Assays - ja Eluate and Reagents -lokerot. Poista sovittimet ja liuskaputket, ja sulje putket korkeilla. Paina aukkoa 5 Assay. Paina Remove (Poista) -painiketta. Poista reagenssisovitin ja hävitä reagenssit paikallisten turvallisuusmääräysten mukaisesti. Paina aukkoa 3 Reagent (Reagenssi). Paina Remove -painiketta. Sulje Assays - ja Eluate and Reagents -lokerot. 26 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Avaa skannausikkuna painamalla Scan. Skannaa vasemmalla ja oikealla olevat sovittimet painamalla Scan - painiketta (yleensä esivalittu). Poista integroitu ajo painamalla Integrated Batch (Integroitu ajo) (vihreä) painiketta. Lue ja vahvista näkyvä ilmoitus. Lopullinen QIAsymphony AS -tulostiedosto luodaan ja voidaan siirtää joko USB-tikulle tai valittuun kansioon (\log\results\as) QMC-liitännän kautta. 21. Tulostiedoston siirto valittuun kansioon. Jos tulostiedosto siirretään USBtikulla, noudata ohjeita kohdassa 21a. Jos tulostiedosto siirretään QMCliitännän kautta, noudata ohjeita kohdassa 21b. 21a. Tulostiedoston siirtäminen USB-tikulla. Liitä USB-tikku. Valitse Tools (Työkalut). Valitse File Transfer (Tiedoston siirto). Valitse Result Files (Tulostiedostot) -kohta Save to USB Stick (Tallenna USB-tikulle) -sarakkeessa. Paina Transfer (Siirrä) -painiketta. Lue ja vahvista näkyvä ilmoitus. Kun siirto on valmis, paina OK ja poista USB-tikku. Jatka kohdasta Protokolla: PCR Rotor-Gene Q -laitteessa, sivu 28. 21b. Tulostiedoston siirto QMC-liitännän kautta. Kirjaudu sisään oikeaan QIAsymphony SP/AS -laitteeseen. Valitse siirtotiedoston kuvake. Valitse muoto Result File AS (Tulostiedosto AS). Valitse tulostiedosto, jolla on oikea aikaleima ja erätunnus, Etäkohde - tiedostojen luettelosta (oikea sarake). Siirrä tulostiedosto Local Site (Paikallinen kohde) -kohteeseen (tiedosto tallennetaan polkuun, joka on määritelty kohdassa Tools (Työkalut), Options (Vaihtoehdot), File Transfer (Tiedoston siirto), \log\results\as). artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 27

Huomautus: Jos useita QIAsymphony AS -eriä konfiguroidaan integroituun ajoon, täytä QIAsymphony AS -lokerot uudelleen kohdan 15 ohjeista alkaen. Jatka kohdasta Protokolla: PCR Rotor-Gene Q -laitteessa, sivu 28. Huomautus: Suosittelemme liuskaputkien korkkien merkitsemistä oikean asemoinnin varmistamiseksi sekä jäähdytetyn kuljetuskehyksen käyttöä kontaminaation välttämiseksi. Protokolla: PCR Rotor-Gene Q -laitteessa Tärkeitä huomioitavia seikkoja ennen aloittamista Tutustu huolellisesti Rotor-Gene Q -laitteeseen ennen protokollan käynnistämistä. Katso laitteen käyttöopas. Rotor-Gene AssayManager mahdollistaa PCR-tulosten automaattisen tulkinnan. artus VanR QS-RGQ -sarja on prosessoitava Rotor-Gene Q -laitteessa käyttäen Rotor-Gene AssayManagerin automaattista tulosten tulkintaa. Jaksotusparametrit lukitaan ajosta. Lataa Application Package -sovelluspakkaus Protocol Files - protokollatiedostoista artus VanR QS-RGQ sarjan verkkoluettelosivujen (www.qiagen.com/p/artus-vanr-qs-rgq-kit-ce) Resources (Resurssit) - kohdassa. Kun liitännäinen on asennettu ja analyysiprofiili tuotu (katso jäljempänä Ennen käyttöä tehtävät toimenpiteet ), Rotor-Gene AssayManager pystyy QIAsymphony AS -tulostiedoston sisältämien tietojen perusteella asettamaan ajon reaaliaikaista PCR:n monistusta varten ja sen jälkeen suorittamaan automaattisen tulosten tulkinnan. Koko järjestelmän prosessin turvallisuuden takaamiseksi on aktivoitava seuraavat asetukset Closed (Suljettu) -tilaa varten. Material number required (Tarvittava materiaalinumero), Valid expiry date required (Tarvittava voimassa oleva umpeutumispäivämäärä) ja Lot number required (Tarvittava eränumero). Ennen käyttöä tehtävät toimenpiteet Kun automaattisessa tulosten tulkinnassa käytetään artus VanR QS-RGQ sarjaa ja Rotor-Gene AssayManageria, uusimman artus Basic -liitännäisen on oltava asennettuna Rotor-Gene AssayManageriin. 28 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Käynnistä asennus kaksoisnapsauttamalla ArtusBasic.Installation.msi ja noudata näytössä näkyviä ohjeita. Lisätietoja on kohdassa Liitännäisten asennus (katso mukana toimitettu Rotor-Gene AssayManager Core Application -käyttöopas). artus VanR QS-RGQ -sarjan käyttäminen ihmisen rektaalisille tai perianaalisille näytteille edellyttää tiedoston AP_artus_VanR_recswab200_QS_V1_0_0.iap tuontia Rotor-Gene AssayManageriin. Tuo analyysiprofiili Rotor-Gene AssayManageriin navigoimalla kohtaan Configuration Environment (Konfigurointiympäristö) ja valitsemalla sitten Assay Profile (Analyysiprofiili) -välilehti. Napsauta Import (Tuo) ja valitse tiedostoikkunassa AP_artus_VanR_rec-swab200_QS_V1_0_0.iap. Napsauta Open (Avaa). Analyysiprofiili ladataan ja lisätään käytettävissä olevien analyysiprofiilien luetteloon. Huomautus: Analyysiprofiilin samaa versiota ei voida tuoda kahdesti. Toimenpide 1. Roottorin valmistelu ja ajon käynnistys Rotor-Gene Q -laitteessa. Aseta 72-kuoppainen roottori roottoripidikkeeseen. Täytä roottori liuskaputkilla. Aloita paikasta 1 ja täytä liuskaputket oikeassa suunnassa. Aseta käyttämättömiin paikkoihin tyhjiä korkillisia liuskaputkia. Kiinnitä lukkorengas. Aseta roottori ja lukkorengas Rotor-Gene Q -laitteeseen. Jos tiedonsiirtoon suoraan QIAsymphony SP/AS -laitteesta käytetään USB-tikkua, pura pakattu QIAsymphony AS -tulostiedosto. Tulostiedostot tallennetaan polkuun \log\results\as. Huomautus: Useimmissa tietokoneissa pakatut tiedostot voidaan purkaa napsauttamalla tiedostoa hiiren oikealla painikkeella ja sitten Extract (Pura) näkyviin tulevassa valikossa. Käynnistä Rotor-Gene AssayManager. Kirjaudu sisään suljettuun tilaan. Valitse Setup (Asetus) -ympäristö, jos sitä ei ole valittu valmiiksi. Tuo QIAsymphony AS -tulostiedosto näytön alaosassa. Valitse lähde QIAsymphony kohdassa Import type (Tuontityyppi). Avaa Select file (Valitse tiedosto) -ikkunassa vastaava QIAsymphony AS -tulostiedosto ja napsauta Open (Avaa). artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 29

Lue ja vahvista näkyvä ilmoitus. Tuonnin jälkeen valitse vastaava työluettelo työluettelon hallintaluettelosta ja napsauta Apply (Käytä) -painiketta. Syötä kokeen nimi. Valitse käytettävä sykleri Cycler selection (Syklerin valinta) -ikkunassa. Valitse oikea lukitusrenkaan kiinnitys ja vahvista näytössä, että lukitusrengas on kiinnitetty. Sulje Rotor-Gene Q -laitteen kansi. Napsauta Start run (Käynnistä ajo) -painiketta. Huomautus: Jos ajossa käytetään useita syklereitä, voit tarkistaa ajon etenemisen siirtymällä vastaavan syklerin ympäristöön. Kun ajo on valmis, napsauta Finish run... (Päätä ajo). Käyttäjänä sisäänkirjautuneet henkilöt: Napsauta Release (Vapauta). Hyväksyjänä sisäänkirjautuneet henkilöt: Napsauta Release and go to approval (Vapauta ja siirry hyväksyntään). 2. Vapautus ja tulosten raportointi. Jos käytit aiemmin Release -ympäristöä, valitse Approval (Hyväksyntä) -ympäristö. Paina Apply filter (Käytä suodatinta) (tai valitse etukäteen omat suodatinvaihtoehdot). Valitse koe. Napsauta Start approval (Käynnistä hyväksyntä). Hyväksy jokaisen koenäytteen tulokset. Hyväksy haluamasi Rotor-Gene AssayManagerin analysoimat tulokset Accepted (Hyväksytty) - painikkeella. Jos Rotor-Gene AssayManagerin arvioima koenäytteen tulos ei jostakin syystä ole hyväksyttyvä, hylkää se Rejected (Hylätty) - painikkeella. Huomautus: Rotor-Gene Q -laitteen automaattisesti Invalid (Hylätty) -tilaan asetettua tulosta ei voida enää muuntaa kelvolliseksi tulokseksi, vaikka tulos hylätään. Valinnainen: Kommenttien syöttö. Napsauta Release /report data (Vapauta / raportoi tiedot...). Valitse raporttiprofiili ja napsauta OK. Raportti luodaan ja tallennetaan automaattisesti. 30 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Huomautus: Käyttäjältä vaaditaan hyväksymisoikeudet analyysin vapauttamiseen. Tyhjennä Rotor-Gene Q -laite ja hävitä liuskaputket paikallisten turvallisuusmääräysten mukaisesti. 3. Kunnossapidon suorittaminen. Kun integroidun QIAsymphony SP/AS -ajon kaikki QIAsymphony AS - erät ovat valmiita, suorita tavanomaiset kunnossapitotoimenpiteet QIAsymphony SP/AS -käyttöohjeen Yleinen kuvaus -kohdassa kuvatulla tavalla. Huomautus: Tämä voidaan tehdä milloin tahansa ennen seuraavan integroidun ajon aloittamista paikallisten määräysten tai tarpeiden mukaan. Suorita päivittäiset, viikoittaiset ja vuosittaiset kunnossapitotoimenpiteet QIAsymphony SP/AS -käyttöohjeen Yleinen kuvaus -kohdassa kuvatulla tavalla. artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 31

Tulosten tulkinta Tässä luvussa kuvataan tulosten tulkinta Rotor-Gene Q -laitteessa. Katso myös näytteen tilatiedot QIAsymphony SP/AS -tulostiedostoista analysoidessasi koko työnkulkua näytteestä tulokseen. Käytä vain näytteitä, joiden tila on kelvollinen. artus VanR QS-RGQ -sarjan analyysiprofiili ihmisen rektaalisille tai perianaalisille näytteille sisältää analyysitulosten automaattisen tulkinnan säännöt. Jokainen näyte ja kontrolli näyttää erillisen tuloksen jokaiselle kohteelle: vana, vanb ja sisäinen kontrolli. Kullekin tulokselle raportoidaan tilaksi Signal detected (Signaali detekoitu), No signal (Ei signaalia) tai INVALID (Kelvoton). Positiiviset/negatiiviset kontrollitulokset: Kaikkien positiivisen kontrollin ( Positive Control ) ja negatiivisen kontrollin ( Negative Control ) kohteiden on oltava kelvollisia, jotta analyysin kelvollinen tila voidaan vahvistaa ja testitulokset voidaan raportoida. Jos jokin positiivisen tai negatiivisen kontrollin kohteista on kelvoton, ajon jokaisen näytteen tulos on INVALID. Koko analyysiajo on suoritettava uudelleen. Positiivisen kontrollin on raportoitava Signal detected -tulosvana:lle, vanb:lle ja sisäiselle kontrollille. Negatiivisen kontrollin on raportoitava Signal detected -tulos sisäiselle kontrollille ja No signal -tulos spesifisille kohteille. Näytetulokset: Yhteenveto tulosten tulkinnasta on taulukossa 6 (sivu 33). Koska tulokset raportoidaan erikseen vana ja vanb-kohteille, näytettä pidetään positiivisena vankomysiiniresistenssille, jos näytteessä detekoidaan toinen kohteista. Sisäisen kontrollin signaali on detekoitava näytteissä, joissa ei detekoidavana- ja/tai vanb-signaalia. Jos sisäisen kontrollin signaalia ei detekoida tai se on INVALID, kaikki näytteen kohteet ovat INVALID. Näyte on testattava uudelleen. Sisäisen kontrollin kohteen tulokseksi voidaan raportoida No signal tai INVALID näytteissä, joissa on detekoitu vana- ja/tai vanb-signaali. Näissä tapauksissa raportoidaan vana:n ja vanb:n tulokset. Uudelleentestaus ei ole tarpeen. 32 artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015

Huomautus: Joissakin positiivisissa vankomysiiniresistenssin näytteissä sisäisen kontrollin PCR odotetaan mahdollisesti olevan inhiboitunut, mikä johtaa No signal - tai INVALID -tulokseen sisäiselle kontrollille. Joissakin näytteissä vana:n tai vanb:n tulokseksi saatetaan raportoida INVALID. Näissä tapauksissa suosittelemme näytteen testaamista uudelleen. Jos vana:n tai vanb:n tulokseksi raportoidaan INVALID ja merkki ilmoittaa CT_ABOVE_ ACCEPTED_RANGE, tätä näytettä ei tarvitse testata uudelleen ja sitä pidetään negatiivisena, jos sisäinen kontrolli on kelvollinen. Taulukko 6. Yhteenveto tulosten tulkinnasta Kohdetulos vana vanb Sisäinen kontrolli Signaali detekoitu Signaali detekoitu Signaali detekoitu/ Ei signaalia / Kelvoton Vankomysiiniresi stenssi detekoitu näytteessä Kyllä Signaali detekoitu Ei signaalia Signaali detekoitu/ Ei signaalia / Kelvoton Kyllä Ei signaalia Signaali detekoitu Signaali detekoitu/ Ei signaalia / Kelvoton Kyllä Ei signaalia Ei signaalia Signaali detekoitu Ei Taulukko jatkuu seuraavalla sivulla artus VanR QS-RGQ -sarjan käsikirja 12/2015 33