PubMed-opas Itä-Suomen yliopiston kirjasto KYSin tieteellinen kirjasto helmikuu 2011
Aloitus Osoitteesta http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ifikuplib Nelli-portaalista (Tietokannat) UEF:n kirjaston sivuilta pikalinkeistä KYSin tieteellisen kirjaston sivulta Pääset PubMediin mistä tahansa, koska se on maksutta verkossa, mutta Nelli-portaalin tai em.osoitteen kautta saat käyttöösi SFX-linkityksen, joka helpottaa artikkelien kokoteksteihin pääsemisessä, ja mahdollistaa myös etäkäytön esim. kotimikrolta
Limits-linkistä pääset asettamaan hakutulokselle rajauksia. Voit aloittaa hakusi (vapaasanahaku) kirjoittamalla hakusanasi tai lauseesi hakuruutuun ja klikkaamalla Search. Advanced Search -linkistä pääset mm. hakuhistoriaan. Näistä linkeistä pääset mm. pikaohjeisiin, uutuustiedotteisiin, animoituihin tutoriaaleihin ja usein kysyttyjen kysymysten vastauksiin. Näistä linkeistä pääset mm. yksittäisen viitteen hakuun, suodattimiin ja ja muihin lisätyökaluihin. Näistä linkeistä pääset mm. asiasanastoon (MeSH), lehtitietokantaan ja ClinicalTrials.govtutkimusrekisteriin. Sivun alaosan linkit johtavat mm. muihin NCBI: ja NLM:n tietokantoihin.
Katkaise hakusana *- merkillä, jos se taipuu (voi jatkua), kuten tässä, kun myös monikko sunburns on mahdollinen. Kirjoita hakutermin ympärille lainausmerkit, jos se muodostuu useammasta sanasta (fraasi, sanaliitto). Hae myös synonyymeilla ja rinnakkaistermeillä. Voit yhdistää hakujoukot käyttämällä niiden numeroita ja Boolen logiikkaa. Hakuhistorian näet klikkaamalla Advanced Search. Hakuhistoriaan kertyy lista tekemistäsi hauista. Jokainen haku saa numeron. Esimerkkihaussa on aiheena ihon palaminen auringossa ja ihosyöpä. Ensiksi haetaan ihon palamista, sitten ihosyöpää. Yhdistämällä hakutulokset saadaan todennäköisesti viitteitä tutkimuksista, jotka käsittelevät ihon palamisen ja ihosyövän yhteyksiä. Haetaan aluksi jokaisella termillä erikseen ja yhdistetään hakutulokset sitten hakuhistorian kautta. Tämän jälkeen hakua on yleensä rajattava.
Voit yhdistää hakujoukkoja myös klikkaamalla haun numeroa ja valitsemalla sitten pikkuvalikosta sopivan operaattorin. Jos hakulauseessasi on sekä AND-että ORoperaattoreita, joudut yleensäkorjaamaan sulkujen paikkoja käsin. Hakuhistoria säilyy kahdeksan tuntia sillä mikrolla, jolla teit haun. Jos tyhjennät selaimen välimuistin, historia häviää. Boolen logiikka: AND = kaikkien hakusanojen oltava hakutuloksessa OR = jonkin (ainakin yhden) hakusanoista oltava hakutuloksessa (kaikkikin voivat olla) NOT = sana ei saa olla hakutuloksessa Käytä sulkuja OR-lauseen ympärillä, jos käytät samassa hakulauseessa myös ANDia. Hakuhistoriasta näet tekemiesi hakujen viitemäärät ja voit klikkaamalla palata niihin. Hakuhistorian voi tyhjentää tästä. Alapuolella on linkki ohjeisiin. Linkkejä haun apuvälineisiin kuten MeSH-sanastoon ja yksittäisen viitteen hakulomakkeelle (Single CitationMatcher).
Rajauksiin (limits) pääset tästä. Tuloksena on satoja viitteitä. Haluat luultavasti rajata hakutulosta. Rajausmahdollisuuksia on paljon. Aikarajauksissa on valmiita vaihtoehtoja (tässä viimeisimpien kolmen vuoden aikana ilmestyneet artikkelit) tai voit itse määritellä rajauksen (Specify date range). Sopiva rajaus riippuu aiheestasi ja tiedontarpeestasi. Myös valmiit filtterit auttavat rajaamaan esim. vain katsausartikkeleihin. Älä sorru Free full text rajaukseen, kun sinulla on käyttöoikeus kymmeniintuhansiin kirjaston maksamiin e-lehtiin. Kielirajaus kannattaa tehdä aina, oman kielitaidon mukaan. Kaikki PubMedviitteet ovat englanniksi, mutta lehtiä, joihin viitataan ilmestyy kymmenillä kielillä. Viitteessä esim. [Article in French.] Julkaisutyypillä voi rajata. Subsetit rajaavat hakutulosta tietyn määritellyn lehtilistan (esim. Core clinical journals) tai aihealueen mukaan. Rajaa haku ikäryhmään/iin tästä, jos aiheesi sitä edellyttää. Halutessasi voit myös valita, mistä tietokannan tietueiden kentistä hakusanojasi haetaan. Title/abstract-rajausta käytetään usein. Kun olet valinnut haluamasi rajaukset, klikkaa Search.
Hakutuloksen oletusnäyttö on summary (pelkät viitetiedot), 20 viitettä sivulla ja lajittelu uutuusjärjestys. Äsken rajatun haun hakutulos 120 viitettä näkyy nyt siten, että jokaisesta viitteestä näytetään paitsi perustiedot myös abstrakti (tiivistelmä) sekä linkitykset kokotekstiin = artikkeliin. Voit muuttaa näkymää klikkaamalla Display settings ja valitsemalla esim. Abstract ja 200 viitettä sivulla kuten tässä. Näkymä muuttuu, kun klikkaat Apply. Lehden/kustantajan linkistä avautuu koko artikkeli, jos verkosta, jossa olet, on pääsy ko. lehteen, tai jos lehti/artikkeli on vapaasti verkossa (maininta free tai open access). SFX-kuvake (S-links)näkyy kaikissa viitteissä, myös niissä, joissa lehden omaa linkkiä ei ole. Se kertoo lehden/artikkelin saatavuuden UEF:n ja KYSin verkoissa (myös etäkäyttönä). Katso tarkemmin erillisestä SFX-oppaasta. Huom. Yksittäisen viitteen abstract-näytöllä nämä linkit ovat sivun oikeassa yläkulmassa eivätkä tiivistelmän alla.
Send to valikon kautta voit hallita ja tallentaa viitteitäsi. Voit valita osan hakutuloksen viitteistä ruksaamalla ne tai ottaa mukaan koko hakutuloksen. File = Tallenna tiedostona (txt). (Huom. Valitse lisäksi Format = MEDLINE, jos viet viitteet viitteidenhallintajärjestelmään, esim. RefWorks.) E-mail = lähetä sähköpostiin (tässä esimerkkinä) Clipboard = tallenna PubMedin leikepöydälle, joka säilyy 8 tuntia kuten hakuhistoriakin. Käytä viitteiden keräilemiseen, jos haluat usemman haun tulokset samaan tiedostoon tms. Collections = Lisää kokoelmaksi PubMedin MyNCBI-palvelussa, joka on kenen tahansa maksutta käyttöön otettavissa olevan henkilökohtainen viite- ja hakuhistoriasäilö.
Voit tallentaa hakutuloksia (viitteitä) ja myös jakaa niitä. Voit tallentaa myös hakulauseita ja asettaa uutuusvahteja. Lisäksi voi säätää omia filttereitä ja näytön asetuksia. Kirjautuminen henkilökohtaiselle MyNCBI-tilille mahdollistaa viitteiden tallentamisen omalle alueelle PubMedissä. Voit palata tarkistelemaan hakusi tuloksia milloin tahansa myöhemmin ilman, että joutuisit tekemään haun uudelleen. Lue lisää palvelusta, jos haluat ottaa sen käyttöön. Voit rekisteröityä eli tehdä itsellesi MyMCBI-tilin tästä.
Linkkien alapuolella on lisää tietoa. Klikkaa MeSH-terms nähdäksesi, millä Medical Subject Headings sanaston termeillä artikkelin sisältöä on kuvattu. MeSH (Medical Subject Headings) on laaja lääketieteen sanasto (asiasanasto, tesaurus, valvottu sanasto), jota käytetään viitteiden indeksoinnissa. Klikkaamalla jotakin viitteen MeSHtermiä avaat pienen valikon, josta klikkaamalla voit tehdä PubMed-haun ko. termillä, tässä MeSH-termi (= MeSH Heading) Melanoma tarkennettuna subheadingilla (qualifierilla) etiology. Huom. Jos termin perässä on *- merkki, on se määritelty artikkelin yhdeksi pääaiheeksi (Major Heading). Yhtä käsitettä vastaa aina yksi termi, vaikka sillä olisikin useita synonyymeja. Asiasanaston käyttö systematisoi hakua.
Hakulause ilmestyy hakuruutuun ja siitä näkyy, että se on tehty nimenomaan sanaston termein. Huomaa, että käytetyt rajaukset pysyvät päällä ja vaikuttavat tähänkin hakuun. Klikkaamalla Change pääset halutessasi muuttamaan rajauksia. Klikkaamalla Remove näet hakutuloksen ilman mitään rajauksia. Suoraan sanastoon pääset PubMedin etusivun linkistä MeSH Database.
Kun teet haun sanaston avulla, hae ensin aihettasi vastaavaa MeSH-termiä MeSH Databasesta kirjoittamalla se sanaston hakuruutuun. Hakutuloksena on tässä esimerkissä yksi termi, joka on sama Sunburn, jota käytettiin myös vapaasanahaussa. Termin alla on sen määritelmä Subheadingit ovat tarkentavia (apu)termejä, joita voi liittää päätermiin yhden tai useampia. Tehdäksesi PubMed-haun löytyneellä MeSHtermillä klikkaa Add to search builder. (Jos yksi termi riittää klikkaa Search PubMed.)
Jos tarvitset toisenkin (tai usemman) termin, hae sanastosta seuraavaksi sitä (niitä). Hakusanoilla skin cancer saadaan hakutulokseksi MeSH-termi Skin Neoplasms. Klikkaa Add to search builder liittääksesi termin hakuun. Oletusoperaattori AND toimii tässä, mutta vaihda sitä, jos olet tekemässä OR-hakulausetta. Kun kaikki tarpeelliset termit ovat hakulaatikossa, klikkaa Search PubMed. Entry terms kohdassa näet MeSH-termin synonyymeja ja rinnakkaistermejä. Näitä et tarvitse MeSH-haussa, koska sanaston termi vastaa niitä kaikkia. Huom. Ylemmän tason termillä haettaessa haetaan myös viitteet, joissa on jokin sen alla olevista termeistä, ellei tätä ns. explodetoimintoa erikseen estetä tästä. Myös termin paikka sanaston moniportaisessa hierarkiassa näkyy.
Klikattuasi MeSH Databasen puolella Search PubMed siirryt PubMediin, näet hakulauseesi hakuruudussa ja hakutuloksen sen alla. Huomaa, että asetetut rajaukset pysyvät edelleen voimassa. Voit käsitellä hakutulosta aivan samoin kuin vapaasanahaun tulosta. Myös tämä haku näkyy hakuhistoriassa. Hakuhistorian kautta voit yhdistellä eri tavoin tehtyjen hakujen tulosjoukkoja.
Lisää ohjeita? Paljon lisää havainnoillisia, animoituja ohjeita (tutoriaaleja) on PubMedissä http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html Laaja koulutusmateriaali. Monta lyhyttä (1-5 min) esitystä (liikkuva kuva ja ääni) PubMedin eri toiminnoista. Tarjolla myös webcasteja.