Double-stranded methylation patterns of a 104-bp L1 promoter in DNAs from fetal fibroblast passages 10, 14, 17, and 22 using barcoded hairpinbisulfite PCR. Fifteen L1 sequences were analyzed for passages 10, 14 and 17. Twelve L1 sequences were analyzed for passage 22. (Posted on the Laird Lab webpage 11-03-06). FETAL FIBROBLASTS, PASSAGE 10 AB255 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTTGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTGGT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCCGCGTGGTTTGTTATGAGTGTG- AB257 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTTG GCTTAGTTTTTTTT--TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGAGTTTA- AB258 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGATGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGATTATTGTGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAATGGCGTATTAAGTGATGTGTTAATT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTATTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTGATAATATGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGAGTAAT- AB261 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGTGTATTAAGTGATGTGTTTTAA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTTA- AB262 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTATATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTGG GCTTAGTTTCTTTTTTTGTTGCTTGCTGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGTGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTATTGCGTGGTTTGTTATGA-TTAT- AB263 (100%) TTAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGTGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTGTTAAGTGATGTGTTTAAT GGTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGGG- AB264 (98.2%) TTAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTGT GGTTAGTTTTTTTTTTTTTTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGGT- AB266 (100%) CGAGTAAAAGAAAGGGGTGACGGATGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTATGA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTTG- AB267 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTGTT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGGGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTAT- AB269 (100%) CGAGTTGAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTTT GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGTTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGAGTTGG- AB270 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATAGATGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTTGAATATTGTGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGTATATTAAGTGATGTGTTAGAT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTATGGGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGTGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGTGTGGTTTGTTATGAGTATA-
AB271 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTTA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTGGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTGA- AB273 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTGAGG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGGA- AB275 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAATATGGCGTATTAAGTGATGTGTTGTTT GCTTAGTTTT-TTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTGTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTAAG- AB276 (100%) TGAGTTAAAGAAAGGGATGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAATAGCGTATTAAGTGATGTGTTGGGG GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGTTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGTTGGATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGAGTTTT- FETAL FIBROBLASTS, PASSAGE 14 AB299 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGGAAATCGGGTTATTTTTATTCGAAGATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAGGTGATGTGTTATGC GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTTTAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTAGG- AB300 (100%) TGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGGCGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTATAT GGTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTGTGTGGATTTTTTAATTTAGTG-GGGTGGGCTTATGATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATG-GTTT-- AB301 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGAGGTGTTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGCGTATTAAGTGATGTGTTGTAT GCTTAGTTTTTTTTTTTGTTGCTTTTGNGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGAGTTT-- AB302 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGG-GTGATGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAGGAAACGGTGTATTAAGTGATGTGTTTATT GCTTAGTTTTTTTTTTTTATTATTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTGA- AB303 (100%) TGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTTGAATATTGTGTTTTTTAGATTGGTTTAAGAAACGGTGTATTAAGTGATGTGTTTTTA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGTGAAAAGTTTGGTTGAATTTTTTGCTGTGTGGTTTGTTATGAGTTTT- AB305 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGGAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATTGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTGTTT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGAT- AB306 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGGCGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTATAT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATGATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATG-GTTT-- AB307 (100%) TGAGTTAAAGAAAAGGGTGATGGATGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTTGAATATTGTGTTTTTTAGATTGGTTTAAAAAATGGTGTATTAAGTGATGTGTTAATG GTTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTGTGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTT-TAATGTGAAAAGTTTGGTTGAATTTTTTGTTGTGTGGTTTGTTATGAGTACG-
AB308 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATTGGGTTGTTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTATTG GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGTGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTCTT- AB310 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGATGTATTTGGAAAGTCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTAGAT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTATTTATGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGTA- AB311 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATAGACGTATCTGGGAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTGTT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTGTGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGAG- AB313 (98.2%) TGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGGTGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTTGAATATTGTGTTTTATAGATTGGTTTAAAAAATGGTGTATTAAGTGATGTGTTTTAG GTTTAGTTTTTTTT--TATTGTTTGTGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGTGAAGTGTTTGGTTGAATTTTTTGTTGTGTGGTTTGCTATGAGTTGG- AB314 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGGCGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTATAT GCTTAGTTTTTTTT -TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATGATGCGAAAAGTTTGGTTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATG-GTTT-- AB315 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGATGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGTGTATTAAGTGATGTGTTGGTT GCTTAGTTTTTTTTTTTTCTGCTTGTGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTATGTGGTTTGTTATGAGTTTT- AB316 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGGTCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTTA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTAGA- FETAL FIBROBLASTS, PASSAGE 17 AB341 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTTGAATATTGCGTTTTTTTGATTGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTTGTA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATGATGCGAAAAGATTGATTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGATG- AB345 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTAGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTTTTG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGTTTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCCGCGTGGTTTGTTATGAAT- AB346 (98.2%) CGAGTTAAAGAAATAGGTGACGGAGGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGCTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGTATATTAAGTGATGTTTTG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGTGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGATGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGTGTGGTTTGTTATGTTG- AB347 (100%) -AAGTTAAAGAAAGGG-GTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTTTTT GTTTAGTTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGGGG- AB351 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGATGTATTTGGAAAATTAGGTTATTTTTATTTGAATATTGTGTTTTTTAGATTTGTTTAAAAAATGGCGTATTAAGTGATGTGAGT GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGTGTAGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGTGAAAAGTTTGGATGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGTGT-
AB352 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGACGTGTTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGTGTATTAAGTGATGTAAAG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTATTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGA- AB353 (98.2%) TAAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGATGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGATTATTGTATTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTTTTA GTTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGAGCTGATAATGTGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGG- AB354 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTAGTG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGTGT- AB355 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGATGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTAATTCGAATATTGCGTTTTTTAGGTCGGTTTAAAAAACGGTGTATTAAGTGATGTTGGG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTATGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGTTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTATGTGGTTTGTTATGTGA- AB357 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTT-AGATCGGTTTAAGAAATGGCGTATTAAGTGATGTTTTA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTAGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGTTA- AB362 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATAGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTTGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGTGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGCTT- AB364 (100%) CGAGTTAAAGGAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGGTG GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGCTTATGATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGGAA- AB366 (100%) TTAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGTGTATTAAGTGATGTTATG GGTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGTAT- AB367 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTATGG GCTTAGTTTTTTTT--TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGGAA- AB371 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTCATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGCGTATTAAGTGATGTGAGT GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAAGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGGTTTGTTATGTGT-
FETAL FIBROBLASTS, PASSAGE 22 AB284 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATAG-ATGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTTGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAATGGCGTATTA-GTGATGTGTTAGGT GCTTAGTTTTTTTTTTTA-TTGTTTGTGTGGATTTTTTAATTTAGTGAGGGTGGATTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGCGTGG-TTGTTATGAGTTTG- AB285 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGAGTGACGGACGTATTTGGAAAATTAGGTTATTTTTATTTGAATATTGTGTTTTTTAGATCGGTTT-AAAAATGGTGTATTA-GTGATGTGTTATAG GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGTGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGTGTGG-TTGTTATGAGTAAG- AB286 (100%) TGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGATGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTTGAATATTGCGTTTTTTAGATTGGTTTAAGAAATGGTATATTAAGTGATGTGTTGTTA ATTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGATTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGTGTGGTTTGTTATGAGTTGG- AB287 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTGTTAAGTGATGTGTTTTGA GCTTAGTTTTTTTTT-TATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAACGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGAT- AB288 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGATGGATATATTTGGAAAATCGGATTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATTGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTATG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTGTGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGATTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTGGG- AB289 (98.2%) CGAGTTAAAGAAAGGAGTGACGGACGTATTTGGAAAATTAGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAA-AAATGGTGTATTAAGTGATGTGTTTTTA GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGTTGTGTGGTTTGTTATGAGTGGT- AB290 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTTGAGTATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTATTG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTATTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTAAG- AB292 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGACGGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAAAAACGGTGTATTAAGTGATGTGTTTTTT GTTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCTGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTTA- AB293 (100%) TGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGAACGTATTTGGAAAATCGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATTGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTAATGTGTTATTT GTTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGCTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGTTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTT-- AB295 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGATGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATCGGTTTAAGAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTTTGG GCTTAGTTTTTTTTTTTATTGCTTGCGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTGT- AB296 (100%) TGAGTTAAAGAAAGGGGTGATAGATGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTTGAATATTGTATTTTTTAGAACGGTTTAAAAAACGGCGTATTAAGTGATGTGTTGAGA ATTTAGTTTTTTTTTTTATTGTTTGTGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGTTTATGATGTGAAAAGTTTTGCTGAATTTTTTGCTGCGTGGTTTGTTATGAGTTGT- AB297 (100%) CGAGTTAAAGAAAGGGGTGACGGAGGTATTTGGAAAATTGGGTTATTTTTATTCGAATATTGCGTTTTTTAGATTGGTTTTAAAAATGGTGTATTAAGTGATGTGTTGTTT GCTTAGTTTTTTTTT-TGTTGCTTTTGTGGATTTTTTAGTTTAGTGAGGGTGGGCTTATAATGCGAAAAGTTTGGTTGAAATTTTTGTTGTGTGGTTTGTTATGAGTGAA-
Double-stranded methylation patterns of L1 promoter sequences in DNAs from fetal fibroblast passages 10, 14, 17 and 22, using barcoded hairpin-bisulfite PCR. The full set of sequences from which data were derived for Table I in Burden et al., 2005 are presented here. Methylation states were inferred using barcoded hairpin-bisulfite PCR, as described in Materials and Methods. Methylated CpG sites are highlighted in red and non-methylated CpG sites in blue. The hairpin linker is gray with yellow-highlighted bases within the linker representing the barcode. Evolutionary divergences both within genomic consensus CpG dyads and at sites not within CpG dyads are also highlighted in yellow. For both examples of evolutionary divergence, information on the complementary strands of individual DNA duplexes distinguishes evolutionary changes from PCR errors, which are highlighted in green. Conversion efficiency of each sequence follows the sequence-identification number above each sequence; nonconverted non-cpg cytosines, highlighted in magenta, were observed, but only sequences with 98.2% conversion of non-cpg cytosines (representing one or zero non-conversion events per sequence) were used for analysis. Dashes within the sequence indicate sequencing errors resulting from uncalled bases.