Mikrobiologia. Opettajat. MM, Opinto-opas Elintarvike- ja ympäristötieteiden laitos Mikrobiologia

Transkriptio

1 on oppiaine, joka käsittelee ja tutkii mikroorganismeja ja niiden kiehtovaa maailmaa. Maatalousmetsätieteellisessä tiedekunnassa mikrobiologian opetus ja tutkimus kohdistuu etenkin mikro-organismien ihmiselle ja hänen toiminnoilleen tuottamiin hyötyihin ja haittoihin. Erityishuomio on mikrobiologian sovelluksissa maa- ja metsätaloudessa, puunjalostusteollisuudessa, elintarvikkeiden tuotannossa sekä ympäristönhoidon biotekniikassa. n oppiaineessa voi erikoistua sivuainevalintojen mukaan ympäristömikrobiologiaan, elintarvikemikrobiologiaan ja biotekniikkaan. n osasto on vastuussa myös biotekniikan pääaineen mikrobi- ja ympäristöbiotekniikan opintosuunnasta (kts. tarkemmin biotekniikan pääaineen esittelyn kohdalta). Tutkinnon suorittaneet sijoittuvat pääasiallisesti tutkimuslaitoksiin, teollisuuteen ja hallinto- ja opetustehtäviin. PL 56 (Biokeskus 1, Viikinkaari 9), Helsingin yliopisto, puh. (09) 1911,fax (09) Saano, Aimo, geneettisen mikrobiekologian dosentti, Metsähallitus, puh , aimo.saano(at)metsa.fi Saarela, Maria, mikrobiologian dosentti, VTT, puh. (09) , maria.saarela(at)vtt.fi Salkinoja-Salonen, Mirja, professori (emerita), tutkimusjohtaja, mirja.salkinoja-salonen(at)helsinki.fi Sibakov, Mervi, mikrobiologian dosentti, Teknologiateollisuus Smolander, Aino, maamikrobiologian dosentti, Metla, puh , aino.smolander(at)metla.fi Steffen, Kari, mikrobiologian dosentti, kari.steffen(at)helsinki.fi Suihko, Maija-Liisa, mikrobiologian dosentti Suominen, Leena, ympäristöbiotekniikan dosentti, leena.suominen(at)helsinki.fi Valo, Risto, ympäristöbiotekniikan dosentti, Maa ja Vesi Oy, puh. (09) , risto.valo(at)poyry.fi Varmanen, Pekka, mikrobiologian dosentti, pekka.varmanen(at)helsinki.fi Virta, Marko, mikrobibiotekniikan dosentti, marko.virta(at)helsinki.fi Opettajat Hatakka, Annele, mikrobi- ja ympäristöbiotekniikan vastuuprofessori, puh. (09) , annele.hatakka(at)helsinki.fi Saris, Per, elintarvikemikrobiologian vastuuprofessori, osaston esimies, puh. (09) , per.saris(at)helsinki.fi Sivonen, Kaarina, soveltavan mikrobiologian vastuuprofessori, puh. (09) , kaarina.sivonen(at)helsinki.fi Lindström, Kristina, dos., yliopistonlehtori, puh. (09) , kristina.lindstrom(at)helsinki.fi Lundell, Taina, dos., yliopistonlehtori, opintoneuvoja, puh. (09) , taina.lundell(at)helsinki.fi Timonen Sari, dos., yliopistonlehtori, puh. (09) , sari.timonen(at)helsinki.fi N.N., yliopistonlehtori Fritze, Hannu, mikrobiekologian dosentti, Metla, puh , hannu.fritze(at)metla.fi Haikara, Auli, teollisuusmikrobiologian dosentti Husu-Kallio, Jaana, elintarvikemikrobiologian dosentti, EVIRA, jaana.husu-kallio(at)evira.fi Höijer, Laura, mikrobiekologian dosentti Jokela, Jouni, soveltavan mikrobiologian dosentti, puh , jouni.jokela(at)helsinki.fi Jørgensen, Kirsten, mikrobiekologian dosentti, SYKE, puh. (09) , kirsten.jorgensen(at)syke.fi Kitunen, Veikko, analyyttisen ympäristökemian dosentti, Metla, puh , veikko.kitunen(at)metla.fi Lyhs, Ulrike, elintarvikemikrobiologian dosentti, ulrike.lyhs(at)helsinki.fi Lyra, Christina, mikrobiekologian dosentti, christina.lyra(at)helsinki.fi Maijala, Pekka, sienibiotekniikan dosentti, pekka.maijala(at)helsinki.fi Manninen, Pentti, ympäristöanalytiikan dosentti, Insinööritoimisto Paavo Ristola Oy, puh , pentti.manninen(at)ristola.com Mättö, Jaana, anaerobimikrobiologian dosentti Niemelä, Seppo, professori (emeritus), puh. (09) , sam.niemela(at)kolumbus.fi Niemi, Maarit, mikrobiologian dosentti, SYKE, puh. (09) , maarit.niemi(at)syke.fi Raevuori, Markku, elintarvikehygienian dosentti, professori, Lihateollisuuden tutkimuskeskus, puh. (03) , markku.raevuori(at)ltk.inet.fi 1

2 Tutkintovaatimukset KANDIDAATIN TUTKINTO, 180 op opintopisteet vuosi YLEISOPINNOT, op Y120 Opintoihin orientoiva jakso MMKEM100 Pehmeä lasku eli johdatus tiedeyhteisöön*) 5 1 Y96 Matematiikan tasokoe 1 1 Y100 Matematiikka Y130 Tilastollisen päättelyn perusteet 5 2 YFYS1 Fysiikka Y10 ATK MAA200 Maaperätieteen perusteet 5 1 *) sisältää 1 op HOPS ja 1 op äidinkielen opintoja Henkilökohtainen opintosuunnitelma (HOPS), 2 op MMKEM200 HOPS-tori 1 2 Kandidaatin tutkinnossa on yhteesä 2 op HOPS-työskentelyä seuraavasti: opintojen aloituksen HOPS-työskentely (1 op) sisältyy opintojaksoon MMKEM100. Toisena ja tarvittaessa kolmantena vuotena HOPS päivitetään HOPS-torilla (1 op). PÄÄAINEOPINNOT, 68 op Perusopinnot, 25 op MIKRO200 n peruskurssi 5 1 MIKRO210 n perusopintoseminaari*) 5 1 MIKRO220 n laboratorioharjoitukset MIKRO231 Elintarvikemikrobiologia 5 2 MIKRO241 Ympäristömikrobiologia 5 3 *) sisältää 1 op TVT-opintoja Aineopinnot, 46 op MIKRO232 Elintarvikemikrobiologian laboratoriotyöt 5 2 MIKRO242 Ympäristömikrobiologian laboratoriotyöt 5 3 MIKRO401 Mikrobiologin työhön tutustuminen 1 3 MIKRO450 Kandidaatin kirjatentti 10 3 MIKRO480 Kandidaatin seminaari*) 4 3 MIKRO490 Kandidaatintutkielma 6 3 Kypsyysnäyte *) sisältää 1 op TVT ja 2 op äidinkielen opintoja Vaihtoehtoisia mikrobiologian, biotekniikan, bioinformatiikan, solubiologian ja genetiikan teoriaopintojaksoja, esimerkiksi mm. YBIOT315 Mikrobibiotekniikka, 5 op YBIOT525 Sienten ja uusiutuvien luonnonmateriaalien biotekniikka, 5 op Biotieteen perusteet I ja II, Genetiikan perusteet, 3 op (Bio- ja ympäristötieteellinen tiedekunta) KIELIOPINNOT SEKÄ TIETO- JA VIESTINTÄTEKNIIKAN (TVT) OPINNOT, 15 op Toinen kotimainen kieli vieras kieli 3 1 TVT-ajokortti 3 1 Kandidaatin tutkinnossa suoritettavat äidinkielen opinnot on integroitu opintojaksoihin MMKEM100 (1 op) ja MIKRO480 (2 op), lisäksi 2 op TVT-opintoja on integroitu opintojaksoihin MIKRO210 (1 op) ja MIKRO480 (1 op). MUUT OPINNOT, 15 op BKEM100 Biokemia I 5 1 BKEM101 Biokemia I harjoitustyöt 5 2 BIOT200 Geenitekniikan perusteet BIOT201 Geenitekniikan harjoitustyöt SIVUAINEOPINNOT, 25 op Kemian perusopinnot Elintarvikealan sivuainekokonaisuus 1 25 VAPAASTI VALITTAVAT OPINNOT 3-29 Muita sivuaineopintoja 2 tai muita opintoja. KANDIDAATIN TUTKINTO YHTEENSÄ 180 2

3 1 Elintarviketieteiden kandidaatin tutkinnossa pakollinen sivuaine. Valitaan seuraavista: Elintarviketieteiden perusopinnot (25 opintopistettä) tai 25 opintopisteen elintarvikekemian, ravitsemustieteen tai elintarviketeknologian sivuainekokonaisuus. 2 Myös maatalous- ja metsätieteiden kandidaatiksi valmistuville suositellaan toisen sivuaineen suorittamista. Sivuaine voidaan valita esim. seuraavista: akvaattiset tieteet, biokemia ja molekyylibiologia, biotekniikka, ekologia, geologia, kasvibiologia, kasvintuotannon biologia, limnologia, maaperä- ja ympäristötiede, metsäekologia, perinnöllisyystiede, ympäristötieteiden monialainen sivuaine, ympäristönsuojelu. MAISTERIN TUTKINTO, 120 op YLEISOPINNOT, 1 op opintopisteet vuosi Henkilökohtainen opintosuunnitelma (HOPS), 1 op MIKRO501 Maisterin opintojen HOPS 1 4 PÄÄAINEOPINNOT, 91 op Syventävät opinnot, 91 op MIKRO510 n tutkiva työkurssi 20 4 MIKRO560 Mikrobigenetiikka 5 4 MIKRO500 n syventävät laboratoriotyöt MIKRO575 Elintarvike- ja ympäristöhygienia ja valvonta MIKRO600 Maisterin tutkielma 40 5 MIKRO610 Harjoittelu ja harjoittelukertomus 3 4 MIKRO630 n seminaari MIKRO650 Maisterin kirjatentti 10 5 SIVUAINEOPINNOT, 25 op Elintarvikealan perusopinnot 2 25 VAPAASTI VALITTAVAT OPINNOT 3-28 MAISTERIN TUTKINTO YHTEENSÄ Valitaan seuraavista: MIKRO520, MIKRO580, MIKRO590, YBIOT540, YBIOT570 2 Pakollinen sivuaine elintarviketieteiden maisterin tutkinnossa ellei k.o. perusopintoja ole suoritettu kandidaatin tutkinnossa. Erikoistuminen ssa voi erikoistua elintarvike- tai ympäristömikrobiologiaan tai biotekniikkaan. Erikoistuminen tapahtuu vähintään 25 op:een sivuaineopinnoilla. Sivuaineopinnoista on sovittava henkilökohtaisen opintosuunnitelman (HOPS) laatimisen yhteydessä. Vapaasti valittaviksi opinnoiksi soveltuvat esim. bioinformatiikan, biokemian, kliinisen mikrobiologian, matematiikan, molekyylibiologian, perinnöllisyystieteen ja yleisen mikrobiologian opinnot ja tiedekunnan yhteiset opintojaksot sekä ylimääräiset kieli- ja viestintäopinnot. Elintarvikemikrobiologia Elintarvikemikrobiologiaan erikoistuva ja ETK- tai ETMtutkintoa suorittava koostaa sivuaineekseen elintarviketieteiden perusopinnot (25 opintopistettä) tai 25 opintopisteen elintarvikekemian, ravitsemustieteen tai elintarviketeknologian sivuainekokonaisuuden sekä valitsee kandidaatin ja/tai maisterin tutkielmansa aiheen elintarvikealalta tai sen lähitieteistä. Ympäristömikrobiologia Sivuainekokonaisuus tai sivuaineiden opinnot suositellaan valittaviksi esim. seuraavista: akvaattiset tieteet, biokemia ja molekyylibiologia, biotekniikka, ekologia, geologia, kasvibiologia, kasvintuotannon biologia, limnologia, maaperä- ja ympäristötiede, metsäekologia, perinnöllisyystiede, ympäristötieteiden monialainen sivuaine (YMS), ympäristönsuojelu. Opintokokonaisuuden (25 op) suorittaminen sivuaineesta on suositeltavaa. Kandidaatin ja maisterin tutkielmien aiheet tulee valita niin, että ne tukevat erikoistumisalaa. Biotekniikka n opiskelijat voivat liittää biotekniikan sivuainekokonaisuuden joko kandidaatin- tai maisterintutkintoonsa riippuen muista pakollisista sivuaineista ja biotekniikassa vaadittavien esitietovaatimuksien täyttymisestä biokemiassa, mikrobiologiassa ja genetiikassa. n osasto on vastuussa mikrobi- ja ympäristöbiotekniikan opintosuunnasta biotekniikan pääaineessa. Ympäristöbiotekniikan kurssit (YBIOT) löytyvät mikrobiologian opinto-opasteksteistä. Opintokokonaisuudet n perusopinnot n aineopinnot n syventävät opinnot Opintokokonaisuudet sivuaineopiskelijoille n sivuainekokonaisuus 25 op on vastaava kuin pääaineopiskelijoiden perusopinnot. Sivuaineopiskelijat voivat kuitenkin korvata opintojakson MIKRO210 itsenäisesti suoritettavalla opintojaksolla MIKRO290, jos tiedonhaun ja -käsittelyn osaaminen on hankittu aiemmissa opinnoissa. 3

4 n sivuaineopintopaketti (25 op) MIKRO200 n peruskurssi 5 MIKRO210 n perusopintoseminaari 5 vaihtoehtoisesti MIKRO290 n katsauksen kirjoittaminen (5) MIKRO220 n laboratorioharjoitukset 5 MIKRO231 Elintarvikemikrobiologia 3 5 MIKRO241 Ympäristömikrobiologia 3 5 Mikäli sivuaineena suoritettavan n perusopintojen opintojaksoista osa kuuluu opiskelijan muihin opintokokonaisuuksiin, voidaan mikrobiologian perusopintoihin sisällyttää muita mikrobiologian tai mikrobi- ja ympäristöbiotekniikan teoriaopintoja. 3 Sivuaineopiskelijat voivat korvata toisen teoriaopintojakson jo suoritettua teoriaopintojaksoa täydentävällä laboratoriokurssilla MIKRO232 tai MIKRO242. Näille laboratoriotyökursseille osallistumisesta on sovittava erikseen mikrobiologian opintoneuvojan ja oppiainevastaavan professorin kanssa. n aineopintojen laajuus sivuaineopiskelijoille on 60 op (sisältää perusopinnot 25 op). Sivuaineopiskelija ei tee kandidaatin tutkielmaa (MIKRO490) vaan tekee kandidaatin seminaarissa (MIKRO480) seminaarityön, jolloin kandidaatin seminaarin laajuus on 5 op. Vaihtoehtoisten opintojen laajuus sivuaineopiskelijoiden aineopinnoissa on 12 op. On suositeltavaa, että sivuaineena tehtävistä aineopinnoista laaditaan opintosuunnitelma mikrobiologian opintoneuvojan kanssa. Opintosuunnitelman tarkastaa ja hyväksyy oppiainevastaava professori. Opintojaksot Opetustiedot WebOodissa Kaikki mikrobiologian opintojaksoille esivaatimuksina mainitut opintosuoritukset on mahdollista korvata vastaavan sisältöisillä opintojaksoilla tai vastaavilla tiedoilla ja taidoilla. Kursseilla menestyminen edellyttää aktiivista osallistumista luennoille, seminaareihin ja ryhmätöihin. Laboratoriotyökursseilla on läsnäolopakko. n opintojaksoihin sekä kurssi- ja kirjatentteihin ilmoittaudutaan WebOodiin. Laboratoriotyökursseille tulee ilmoittautua viimeistään kaksi viikkoa ennen kurssin alkua. Laboratoriotyökursseille hyväksytään vain vaaditut opintosuoritukset suorittaneet ja määräaikaan mennessä ilmoittautuneet opiskelijat. Ensisijaisesti hyväksytään mikrobiologian pääaineopiskelijat, seuraavaksi ne opiskelijat, joille kurssi on muutoin pakollisena tutkintoon, ja kolmanneksi sivuaineopiskelijat, mikäli laboratoriotyö-ryhmissä on tilaa. Viimeisimmät tiedot annettavasta opetuksesta löytyvät mikrobiologian osaston ilmoitustaululta ja verkkosivuilta n peruskurssi (MIKRO200) 5 op Kohderyhmä: n ja biotekniikan pää- ja sivuaineopiskelijat sekä opiskelijat, joille kurssi on muutoin osa tutkintoa. Ajoitus: III periodi. Suoritetaan 1. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: Suositus YKEM010 ja YKEM020. Tavoite: Kurssi antaa perustiedot erilaisten mikrobien ominaisuuksista. Mikrobien biologisten ominaisuuksien lisäksi kurssi antaa pohjatiedot mikrobiologiselle laboratoriotyöskentelylle. Sisältö: Kurssilla perehdytään mikro-organismien tutkimiseen ja havaitsemiseen sekä niiden evoluutioon ja ekologiaan. Opimme ymmärtämään, miten mikrobit selviävät eri olosuhteissa ja millaista aineenvaihduntaa siihen tarvitaan. Kurssilla tutustutaan erilaisiin mikrobiryhmiin - bakteereihin, arkkeihin, sieniin ja viruksiin sekä tarkastellaan niiden roolia mm. aineiden kierroissa, biotekniikassa ja sairauksien aiheuttajina. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Madigan, Martinko, Dunlap, Clark Brock Biology of Microorganisms, 12. painos, Pearson Benjamin Cummings, Pearson Education, Inc.,1061 s.. Luentoja täydentää kirja n perusteita Salkinoja-Salonen, M. (toim.) Soveltavan kemian ja mikrobiologian laitos, Helsingin yliopisto. Suoritustavat: K46 - H10- R 20 - I57. Luentokurssi. Arviointi: Kirjallinen kuulustelu. Vastuuhenkilö: Kaarina Sivonen n perusopintoseminaari (MIKRO210) 5 op Kohderyhmä: n pää- ja sivuaineopiskelijat. Ajoitus: IV periodi. Suositellaan 1. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200 ja MMKEM100 tai vastaava johdantojakso. Tavoite: n tiedon lähteiden tunteminen ja mikrobiologian aseman ymmärtäminen tieteenalana ja yhteiskunnassa, tiedonhankintaprosessi, tieteellinen kommunikaatio ja esittäminen. Sisältö: Sähköinen tiedonhaku ja tiedekirjaston ja tietokantojen käyttö (1 op TVT), mikrobiologisen tutkimustiedon muodostuminen tutkimuksesta julkaisuun, tutustuminen mikrobiologian osaston tutkimukseen, erilaiset tiedon lähteet ja lähdekritiikki, englanninkielisen kirjallisuuden lukeminen ja ymmärtäminen, suullinen esittäminen ja power point. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Madigan, Martinko, Dunlap, Clark Brock Biology of Microorganisms, 12. painos, Pearson Benjamin Cummings, Pearson Education, Inc., 1061 s. Suoritustavat: K20 - H22 - R10 - I80. Seminaarityöskentelyn, ryhmätöiden, kirjallisten kotitehtävien, keskustelun, tiedonhaun ja oman esityksen kautta harjoitellaan eri tiedonlähteiden käyttöä. Arviointi: Annetut kirjalliset ja suulliset tehtävät hyväksytysti suoritettuina. Aktiivinen osallistuminen. Vastuuhenkilö: Kristina Lindström Lisätiedot: Seminaarilla on Moodle-alusta käytössä. n laboratorioharjoitukset (MIKRO220) 5 op Kohderyhmä: n pää- ja sivuaineopiskelijat sekä opiskelijat, joille kurssi on muutoin osa tutkintoa. Ajoitus: I, II tai III periodissa, kolme ryhmää. Suoritetaan 2. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200, YKEM010, YKEM020 ja TVT-ajokortti. Tavoite: Laboratoriokurssin tavoitteena on oppia toimimaan turvallisesti mikrobiologisessa 4

5 laboratoriossa, ottamaan ja käsittelemään mikrobeja sisältäviä näytteitä, oppia mikrobien siirrostus- ja viljelytekniikat sekä aseptiikkaa ja mikroskopointia, mikrobien kasvun käsite, ravintoalustojen valmistus ja käyttö mikrobien kasvatuksessa, mikrobien entsymaattiset reaktiot. Sisältö: Kurssilla opetellaan aseptinen ja turvallinen työskentely, sterilointi ja desinfiointi, mikrobien viljely käyttäen omasta näytteestä eristettyä mikrobipuhdasviljelmää, mikroskopointi ja Gramvärjäys, mikrobien tunnistus ja mikrobitiheyden mittaaminen. Tuloksista kirjoitetaan työselostukset itsenäisenä ja parityöskentelynä. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Työohjemoniste, joka on ostettavissa ennen kurssia Yliopistopainosta. Suoritustavat: H8-I87. Laboratoriokurssi, jolla on läsnäolopakko. Kurssilla on ohjattua työskentelyä neljän viikon ajan 4 h päivässä 3 kertaa viikossa joko ma+ke+pe tai ti+to+pe. Vaihtoehtoisia ryhmiä on 3 kpl syyslukukaudella. Arviointi: Kirjallinen tentti ja kirjalliset työselostukset. Laboratoriotyöpäiväkirjan pitäminen ja palauttaminen. Vastuuhenkilö: Taina Lundell Elintarvikemikrobiologia (MIKRO231) 5 op Kohderyhmä: n pää- ja sivuaineopiskelijat. Ajoitus: III periodi. Suositellaan suoritettavaksi 2. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200 (tai Biotieteiden perusteet I ja II sekä BIOT102) ja MIKRO220. Tavoite: Elintarvikkeisiin ja veteen liittyvien keskeisten mikrobiologisten käsitteiden ja ongelmien tunteminen. Sisältö: Omavalvonta, hygieniapassi, vesi- ja elintarvikestandardit, elintarvikevälitteiset patogeenit, elintarvikkeiden pilaantuminen, fermentointituotteet, vesi elintarvikkeena: juoma- ja talousvedet. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kurssilla osoitettu kirjallisuus. Suoritustavat: K42- H0- R10- I81. Luentokurssi. Arviointi: Kirjallinen kuulustelu. Elintarvikemikrobiologian laboratoriotyöt (MIKRO232) 5 op Kohderyhmä: n pää- ja sivuaineopiskelijat. Ajoitus: IV periodi. Suositellaan suoritettavaksi 2. tai 3. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO220, YKEM010, YKEM020 ja TVT-ajokortti. MIKRO231 joko suoritettuna tai samanaikaisesti käytynä. Tavoite: Perehtyminen elintarvike- ja vesimikrobiologian keskeisiin menetelmiin ja organismeihin. Omavalvonnan periaate ja toteuttaminen. Sisältö: Valvontastandardit (juomavesi ja elintarvikkeet), elintarvikkeiden ja veden patogeenit ja niiden eristäminen ja tunnistaminen, fermentointi, hygienia, ilman mikrobiologinen laatu, kvantitatiivinen PCR elintarvikenäytteestä. Mikrobiologisten määritysten epävarmuus. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kurssityömoniste, menetelmästandardeja. Suoritustavat: K10 - H80 - R10 - I33. Laboratoriokurssi, jolla on läsnäolopakko. Arviointi: Kirjalliset työselostukset ja loppuseminaarin esitykset. Vastuuhenkilö: n yliopistonlehtorit. This course is also available in English to International Master s Degree students. Food Microbiology (MIKRO233) 4 op Ajoitus: Master studies, 1st year, periods I-IV Tavoite: Basics of food and water microbiology. Sisältö: Water and food standard methods of analysis, food pathogens, microbiological spoilage of food, fermentation products. Microbiological safety in food production. Microbiological quality of drinking water. Oppimateriaali ja kirjallisuus: J.M Jay et al. Modern Food Microbiology, seventh edition. Springer Science + Business media Inc. 2005, NY, USA. Parts I, II, III,V and VI. Additional material is found on the Moodle platform. Suoritustavat: Literature examination. Corresponding lectures (MIKRO231 period III) are given in Finnish. Arviointi: Literature examination Ympäristömikrobiologia (MIKRO241) 5 op Kohderyhmä: n pää- ja sivuaineopiskelijat, myös Bio- ja ympäristötieteellisestä tiedekunnasta, sekä ympäristötieteiden opiskelijat. Ajoitus: I periodi. Suositellaan suoritettavaksi 3. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO210, MIKRO220, YKEM010, YKEM020, BKEM100 ja MAA200. Tavoite: Ymmärrys ympäristön tärkeimmistä mikrobiologisista prosesseista. Sisältö: Maa- ja vesiekosysteemien mikrobiekologia ja aineiden kierrot, mikrobi-kasvi -vuorovaikutussuhteet, ympäristön kunnostus ja valvonta, jätevesien käsittely ja vaikutus ympäristöön. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Kurssilla esitetty kirjallisuus. Suoritustavat: K63 - H0 - R10 - I60. Luennot, ryhmätyöt, keskustelut, esitykset ja kotitehtävät. Arviointi: Kirjallinen ja suullinen kuulustelu, kurssityöt. Vastuuhenkilö: Sari Timonen Ympäristömikrobiologian laboratoriotyöt (MIKRO242) 5 op Kohderyhmä: n pää- ja sivuaineopiskelijat. Ajoitus: II periodi. Suositellaan suoritettavaksi 3. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO210, MIKRO220, YKEM010, YKEM020, BKEM100, MAA200, TVT-ajokortti, MIKRO241 suoritettuna tai samanaikaisesti käytynä, tai vastaavat opinnot suoritettuina. Tavoite: Ekosysteemien mikrobiologisen tutkimuksen keskeiset menetelmät. Sisältö: Mikrobibiomassan ja sen aktiivisuuden mittaaminen, biohajoavuuden ja toksisuuden testaaminen, mikrobien prosessit, esim. entsyymiaktiivisuus. Sisältää omien tulosten käsittelyä tilasto- ja taulukkolaskennan menetelmillä. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Työohjeet, kurssilla esitetty kirjallisuus Suoritustavat: K0 - H85 -R8 - I20. Laboratoriokurssi, jolla on läsnäolopakko, maastotyöpäivä ja seminaari. Arviointi: Työselostukset, seminaariesitys Vastuuhenkilö: n yliopistonlehtorit 5

6 Agriculture and environment: ecosystem services (MIKRO260) 6 cr Ajoitus: Summer course, August 3 to 19, 2010 Edeltävät opinnot: Basic studies in Agricultural, Environmental, or Soil Sciences, or other appropriate field. Tavoite: Students will learn to recognise a range of ecosystem services related to agricultural production and to understand the currently available agronomic and technological advances which enhance the ecosystem services in agro-ecosystems. Students will be able to apply ecological principles and agronomic knowledge to practical on-farm solutions. In addition, the course aims to provide students with working skills in an intercultural, multilingual and interdisciplinary group. Sisältö: The course will demonstrate students how natural processes in ecosystems used for agriculture support the continuous provisioning of food and other biomass, contribute to the purification of waters and soil, and create recreational and cultural experiences in farmland. On a practical level, the course will equip students with relevant skills in the field and in the lab. In addition, the course provides students with information on the environmental policies as well as agriculture-related research in Finland. The course will consist of lectures, discussions, fieldwork, exercises, study excursions, reading as well as individual and small group assignments. Learning will be facilitated by a problem based approach. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Provided by the teachers. Suoritustavat: A pre-course reading, lectures, work in field and lab, study excursions, individual work and group work (incl. a drama session and seminar), and one-day public seminar on current topics in ecosystems, environment and agriculture. Arviointi: Individual and group assignments. Vastuuhenkilö: Iryna Herzon, Mika Kähkönen. Yhteydet muihin opintojaksoihin: Lisätiedot: The course is offered as a Helsinki Summer School course. More information: Students are expected to complete a pre-course assignment. Information about the assignment will be sent to the admitted students. Teaching in English. n katsauksen kirjoittaminen (MIKRO290) 5 op Kohderyhmä: Sivuaineopiskelijat Ajoitus: n perusopinnoissa. Edeltävät opinnot: MIKRO200 Tavoite: Katso opintojakso MIKRO210. Oppimateriaali ja kirjallisuus: n alan tieteellinen kirjallisuus. Suoritustavat: I 133 Vastuuhenkilö: Kristina Lindström Lisätiedot: n perusopinnot 25 op sivuaineena suoritettaessa voidaan tällä kurssilla korvata opintojakso MIKRO210, jos tiedonhaun ja - käsittelyn osaaminen on hankittu aiemmissa opinnoissa. Korvaavuudesta on sovittava vastuuopettajan kanssa etukäteen. Mikrobiologin työhön tutustuminen (MIKRO401) 1 op Kohderyhmä: n pääaineopiskelijat. Ajoitus: I tai II periodi, opintovuosi. Edeltävät opinnot: MMKEM100, MMKEM200, MIKRO210 ja MIKRO220. Tavoite: Tutustuttaa opiskelijat mikrobiologien sijoittumiseen työelämässä ja antaa tietoa rekrytoinnista. Sisältö: Viikin Rekry-viikoille osallistuminen, annettujen tehtävien suoritus, osallistumisraportin kirjoitus. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Jaettu tai haettavaksi annettu kirjallinen materiaali. Suoritustavat: K12- H3- I12. Arviointi: Osallistuminen, raportit. Vastuuhenkilö: Taina Lundell Lisätiedot: Opintojakso voidaan suorittaa joko osallistumalla Viikin Rekry-viikolle tai vähintään 1 kk:n työharjoitteluna yliopiston ulkopuolella. Jälkimmäisessä tapauksessa kirjoitetaan harjoitteluraportti. Harjoittelusta ja suorituksista on sovittava vastuuopettajan kanssa. Kandidaatin kirjatentti (MIKRO450) 10 op Kohderyhmä: n kandidaattivaiheen pääaineopiskelijat. Maisteriohjelmissa siltaopintoja tekevät pääaineopiskelijat. Ajoitus: Kandidaatintutkinnon lopputentti, yleensä 3. opiskeluvuonna Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO210, MIKRO231, MIKRO241. Tavoite: Saada käsitys mikrobiologiasta ja sen yhteyksistä muihin tieteenaloihin sekä kokonaiskuvan muodostaminen mikrobiologian eri osa-alueista. Sisältö: Mikrobien metabolia ja genetiikka, evoluutio, mikrobien monimuotoisuus, mikrobiekologia, immunologia ja mikrobitaudit, mikrobit teollisuudessa ja tutkimuksessa. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Madigan, Martinko, Dunlop, Clark Brock Biology of Microorganisms, 12. painos, Pearson Benjamin Cummings, Pearson Education, Inc., 1061 s. Suoritustavat: I 267. Kirjatentti. Arviointi: Kirjallinen ja suullinen kuulustelu. Kirjallisen kuulustelun voi tehdä kahdessa osassa. Kuulustelutilaisuudet laitoksen ja oppiaineen yleisinä tenttipäivinä. Ilmoittautuminen WebOodiin. Lisätiedot: Suoritettaessa kirjallinen kuulustelu kahdessa osassa ensimmäiseen kuulusteluun luetaan kirjan luvut 1-19 ja toiseen kuulusteluun luvut (Brock Biology of Microorganisms, 12. painos). Kirjallisten tenttiosioiden hyväksytyn suorittamisen jälkeen tulee varata vastuuopettajalta aika suulliseen kuulusteluun. Kandidaatin seminaari (MIKRO480) 4 op Kohderyhmä: n kandidaattivaiheen pääaineopiskelijat. Ajoitus: I-II periodi tai III-IV periodi, 3. opiskeluvuosi. Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO210, MMKEM100, MMKEM200, TVT-ajokortti. Tavoite: Tieteellisen kirjallisuuden käyttö. Tieteellinen etiikka ja oikeat toimintatavat. Tieteellisen aiheen valinta, tieteellisen kirjoitustyylin oppiminen ja esseen kirjoittaminen äidinkielellä. Kandidaatin tutkielman kirjoitustyön aloitus. Sisältö: Kirjaston käyttö, äidinkielen opetus (2 op), mikrobiologian alan tiedon ja tieteellisten käytäntöjen omaksuminen, essee ja suullinen esittäminen (1 op TVT). Oppimateriaali ja kirjallisuus: Erilaisia mikrobiologian tiedon lähteitä. Suoritustavat: K20- H37- R10- I40. Seminaari. 6

7 Arviointi: Osallistuminen, annetut tehtävät, essee kandidaatin tutkielman aiheesta. Vastuuhenkilö: Kristina Lindström Lisätiedot: Kandidaatin seminaarilla on Moodle-alusta käytössä. Seminaari on mahdollista aloittaa sekä syysettä kevätlukukaudella. Kandidaatin tutkielma (MIKRO490) 6 op Kohderyhmä: n pääaineopiskelijat. Ajoitus: 3. opiskeluvuosi Edeltävät opinnot: n perusopinnot (25 op) suoritettu. MIKRO480 samanaikaisesti. Tavoite: Tieteellisen aiheen käsittelyn ja kirjoitustyylin oppiminen ja tutkielman kirjoittaminen äidinkielellä. Sisältö: Kandidaatin kirjallisen tutkielman itsenäinen laatiminen osallistumalla seminaarityöskentelyyn MIKRO480 Kandidaatin seminaarissa. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Erilaisia mikrobiologian tiedon lähteitä. n alan tieteellinen kirjallisuus. Suoritustavat: I 160. Itsenäistä työskentelyä tutkijan ohjauksessa. Arviointi: Kandidaatintutkielman tarkastus ja arvostelu. Vastuuhenkilö: Kristina Lindström Yhteydet muihin opintojaksoihin: MIKRO480 samanaikaisesti. Lisätiedot: Kandidaatintutkielmaan liittyy kirjallinen kypsyyskoe. Maisterin opintojen HOPS (MIKRO501) 1 op Kohderyhmä: n maisteriopiskelijat. Ajoitus: Kandidaatin tutkinnon jälkeen tai maisterin tutkintoon tähtäävien opintojen alkuvaiheessa. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto. Tavoite: Laatia henkilökohtainen opintosuunnitelma maisterin tutkintoon sisällytettävistä opinnoista ja niiden ajoituksesta. Sisältö: Henkilökohtainen opintojen suunnittelu mikrobiologian opintoneuvojan tai HOPS-ohjaavan opettajan kanssa, minkä jälkeen itsenäisen kirjallisen suunnitelman laatiminen. Suoritustavat: K5- R2 - I20 Arviointi: Hyväksytty kirjallinen tai sähköinen suunnitelma. Vastuuhenkilö: Taina Lundell Lisätiedot: HOPSin voi laatia vapaamuotoisena tai käyttää WebOodin HOPS-pohjaa. HOPS-suunnitelma palautetaan vastuuopettajalle joko sähköisesti (Oodi- HOPS) tai tulostettuna (vapaamuotoinen HOPS). n tutkiva työkurssi (MIKRO510) 20 op Kohderyhmä: n tai biotekniikan maisteriopiskelijat. Ajoitus: III ja IV periodeissa. Suoritetaan maisterin opintojen 1. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto mikrobiologiassa, biotekniikassa tai vastaavissa biotieteissä, tai mikrobiologian aineopinnot, MIKRO450, BIOT200, BIOT201, Y96, Y100, Y130 ja Y10 (ATK2) suoritettuina. Tavoite: Valmius itsenäiseen työskentelyyn mikrobiologisessa laboratoriossa töiden suunnittelusta tulosten esittämiseen. Sisältö: Mikrobin eristäminen ja karakterisointi eri menetelmillä (perinteiset menetelmät, mikroskopointi, API, 16S-PCR, 16S-sormenjäljet ja fylogenia, FAME, tulosten käsittely). Laboratoriotyöskentelyn hyvät käytännöt. Posterin ja kirjallisten raporttien teko. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Työohjeet, käsikirjat, tieteellinen kirjallisuus Suoritustavat: K50 - H250 - R10 - I224. Laboratoriokurssi. Arviointi: Kirjallinen työselostus, väliraportit, laboratoriotyöskentely, aktiivisuus ja posteri. Vastuuhenkilö: Taina Lundell ja Sari Timonen Yhteydet muihin opintojaksoihin: Tilastotieteen ja bioinformatiikan opinnoista sekä kuvankäsittelytaidoista on hyötyä. This course is also available in English to International Master s Degree students. Nova-course of the Soil Soc network (MIKRO520) 3 op Kohderyhmä: M.Sc. and PhD students. Vastuuhenkilö: Kristina Lindström Lisätiedot: The amount of credits may vary. MScFood Microbiology Literature Examination (MIKRO451) 5 op Kohderyhmä: MScFood students who intend to take the MIKRO510 laboratory course. Ajoitus: 2nd year of Master s studies. Edeltävät opinnot: MIKRO233 and MIKRO576. Tavoite: To obtain understanding of microbiology and its interconnections with other disciplines as well as an overall picture of microbiology in different areas. Sisältö: Microbial metabolism and genetics, evolution, microbial diversity, microbial ecology, immunology, microbes in industry and research. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Madigan, Martinko, Dunlop, Clark (2009) Brock Biology of Microorganisms, 12th edition, chapters: 1, 4, 5, 7-14, 18-19, 21-26, 29-31, in total 453 pages. Suoritustavat: Self study 150 h. Book exam. Arviointi: Written examination takes place on general examination dates. Registration through Weboodi. Lisätiedot: This examination must be completed with MIKRO233 and MIKRO575 prior to the commencement of the MIKRO510 laboratory course (a prerequisite for master s thesis work in the Microbiology division, Food Safety track of MScFood). Mikrobigenetiikan laboratoriokurssi (MIKRO560) 5 op Kohderyhmä: Maisterivaiheen opiskelijat ja jatkoopiskelijat Ajoitus: IV periodi, maisteriopinnoissa. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto mikrobiologiassa tai biotekniikassa sekä MIKRO510 tai vastaavat opinnot. Tavoite: Mikrobigenetiikan keskeisten työmenetelmien omaksuminen. Sisältö: Esim. transformaatio, konjugaatio, kloonaus, sekvensointi sekä merkki- ja reportterigeenien käyttö. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Työohjeet, käsikirjat, tieteellinen kirjallisuus. Suoritustavat: K18- H80- R5- I30. Laboratoriotyökurssi, opiskelijoiden omat esitykset, kirjallinen työselostus. Arviointi: Työselostukset, suulliset esitykset. Vastuuhenkilö: Marko Virta, Manu Tamminen Lisätiedot: Laboratoriotöiden tukena on opiskelijoiden itsenäinen perehtyminen töiden teoriaan. 7

8 Elintarvike- ja ympäristöhygienia ja valvonta (MIKRO575) 5 op Kohderyhmä: Maisterivaiheen opiskelijat. Ajoitus: II periodi. Edeltävät opinnot: MIKRO200 ja MIKRO220 (tai Biotietieteiden perusteet I ja II sekä BIOT102). Tavoite: Elintarvikkeisiin, veteen ja ympäristöön liittyvien keskeisten mikrobiologisten käsitteiden ja ongelmien tunteminen hygieniaan ja valvontaan liittyen. Sisältö: Epidemiologiset tutkimukset, elintarvikevalvonta Suomessa ja muualla, hygienia, omavalvonta, HACCP hygieniapassi, vesi- ja elintarvikestandardit, elintarvikevälitteiset, zoonoottiset ja ympäristön patogeenit, niiden eristäminen ja tyypittäminen. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Salkinoja-Salonen, Mirja (toim) n perusteita, sivut , Korkeala, Hannu (toim) Elintarvikehygienia ja osoitettuja artikkeleita. Suoritustavat: K60-R10 -I63. Luentokurssi Arviointi: Kirjallinen kuulustelu. Food and Environmental Hygiene and Control (MIKRO576) 5 op Ajoitus: Master studies Tavoite: Basics of hygiene and food control. Sisältö: Epidemiological studies, food control in Finland and elsewhere, hygiene, selfcontrol, HACCP, certificate of hygiene skills, water, environmental and food standards, food, zoonotic and environmental pathogens, isolation and typing of pathogens. Oppimateriaali ja kirjallisuus: J.M. Jay et al. Modern Food Microbiology, seventh edition. Springer Science + Business media Inc. 2005, NY, USA. Parts IV, VI and VII. Additional material is found on the Moodle platform. Suoritustavat: Literature examination. Corresponding lectures (MIKRO575, period II) are given in Finnish. Arviointi: Literature examination Syanobakteerien tutkimusmenetelmät (MIKRO580) 5 op Kohderyhmä: n, biotekniikan, bio- ja akvaattisten tieteiden maisteriopiskelijat ja jatkoopiskelijat. Ajoitus: I tai II periodi, joka toinen vuosi. Suoritetaan maisteriopinnoissa. Edeltävät opinnot: n perus- ja aineopinnot sekä MIKRO510, tai biotekniikan tai biotieteiden kandidaatintutkinto. Tavoite: Oppia syventäviä laboratoriotutkimusmenetelmiä ja niiden käyttöä tieteellisen tiedon tuottamisessa. Tavoitteena on saada lisää menetelmällisiä valmiuksia mm. mikrobiologian alan pro gradu -työn kokeellisen osuuden tekoa varten. Sisältö: Kurssilla tutustutaan syanobakteeritutkimuksen uusimpiin menetelmiin. Kurssityöt sisältävät sekä molekyylibiologisia (esim. gpcr, DGGE, T-RFLP, mikrolastu, sekvensointi ja sekvenssien ja genomien analyysi) että kemiallisia ja biokemiallisia menetelmiä (esim. LC-MS, ELISA). Oppimateriaali ja kirjallisuus: Luennoilla esille tuleva kirjallisuus ja laboratoriotyömoniste. Suoritustavat: K24 - H80 - I29 Laboratoriotyökurssi, jolla on myös luentoja ja demonstraatioita. Arviointi: Hyväksytyt työselostukset. Vastuuhenkilö: Kaarina Sivonen Lisätiedot: Opintojakso pyritään järjestämään syyslukukaudella joka toinen vuosi vuorotellen opintojakson YBIOT540 kanssa. Työskentely tutkimusryhmässä (MIKRO590) 5 op Kohderyhmä: n tai biotekniikan maisteriopiskelijat. Ajoitus: Maisteriopinnoissa, syventävät opinnot, periodit I-IV. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto ja MIKRO510 tai vastaavat opinnot. Tavoite: Oppia itsenäiseen laboratorio- ja suunnittelutyöhön tutkimusryhmässä. Sisältö: Ohjattu työskentely tutkimusryhmässä suoritetaan pääsääntöisesti mikrobiologian osaston tutkimusryhmissä. Ohjattu työskentely (4-6 viikkoa) vastaa 5 op oppimis- ja tutkimussuunnitelman mukaisesti. Suoritustavat: H + I 134. Oppimis- ja tutkimussuunnitelman laatiminen, laboratoriotyötä itsenäisesti ja ryhmän jäsenenä, laboratoriotyöpäiväkirjan ylläpito, tutkimusraportin kirjoittaminen. Arviointi: Työpäiväkirja, tutkimusraportti, laboratoriotyöskentely., Kaarina Sivonen, Annele Hatakka, Kristina Lindström, Taina Lundell, Sari Timonen ja Marko Virta. Lisätiedot: Opiskelija ottaa omatoimisesti yhteyttä tutkimusryhmän johtajaan ja hyväksyttää oppimis- ja tutkimussuunnitelmansa oppiaineen vastuuprofessorilla tai opintoneuvojalla ennen työn aloitusta. Suunnittelu- ja raportointiohjeita saa opintoneuvojalta. Maisterin tutkielma (MIKRO600) 40 op Kohderyhmä: n maisteriopiskelijat. Ajoitus: Maisteriopinnoissa. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto, MIKRO510 ja MIKRO560 tai vastaavat opinnot suoritettuina. Tavoite: Maisterin tutkielma eli pro gradu -työ harjaannuttaa opiskelijaa tieteelliseen työskentelyyn. Sisältö: Työtä ohjaa mikrobiologian opettaja (professorit, dosentit). Työn voi aloittaa, kun vastuuprofessori on hyväksynyt gradutyön suunnitelman (kirjallinen, 1-2 sivua) ja työn ohjaajan tai ohjausryhmän. Tutkielma laaditaan ja kirjoitetaan kokeellisesta työstä ja sitä tukevasta kirjallisuudesta. Opiskelija pitää pro gradu -työstään esityksen seminaarissa MIKRO630. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Käytetään kansainvälistä tieteellistä kirjallisuutta Suoritustavat: K 28 - H I 500 Arviointi: Kirjallinen pro gradu -työ. Maatalousmetsätieteellisen tiedekunnan maisterintutkielman arviointimatriisin kriteereiden mukainen arviointi, jonka tekee vastuuprofessori yhdessä valitsemansa ulkopuolisen arvioijan kanssa. Vastuuhenkilö: Kaarina Sivonen (mikrobiologia) ja Per Saris (elintarvikemikrobiologia) Lisätiedot: Maisterintutkielmaan liitetään tiivistelmä, joka laaditaan Maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan tiivistelmälomakkeelle äidinkielellä. Pro gradu -ohjeita on mikrobiologian opetuksen verkkosivuilla kohdassa Ohjeita sekä MIKRO630 - seminaarin Moodle-alustalla. Harjoittelu ja harjoittelukertomus (MIKRO610) 3 op 8

9 86489 Kohderyhmä: n pääaineopiskelijat. Ajoitus: Maisterin tutkinnon syventävissä opinnoissa esim. kesäaikana. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto, MIKRO510. Tavoite: Tutustua työskentelyyn mikrobiologian alan laboratoriossa (tutkimuslaitoksessa, teollisuudessa, sairaalassa, valvonnassa tai yliopistossa). Sisältö: Pakollinen 3 kuukauden harjoittelu suoritetaan mikrobiologisessa laboratoriossa, kun kandidaatin tutkinto tai vastaavat opinnot on suoritettu. Harjoittelua oman osaston ulkopuolisessa laboratoriossa suositellaan. Suoritustavat: Ohjeita harjoittelupaikan etsimisestä ja valinnasta saa mikrobiologian harjoitteluvalvojalta. Arviointi: Hyväksytty harjoittelukertomus ja näytetty työtodistus. Vastuuhenkilö: Taina Lundell Yhteydet muihin opintojaksoihin: MIKRO510. Lisätiedot: Lisätietoja saa mikrobiologian opiskelijoiden Moodle-alustalta ja vastuuopettajalta. Suoraan maisterin tutkielmaan liittyvää työskentelyä ei hyväksytä harjoitteluna. Harjoittelupaikasta ja harjoittelukertomuksen sisällöstä tulee sopia etukäteen vastuuopettajan kanssa. Harjoittelusta on esitettävä harjoittelukertomus ja työtodistus. Opetusharjoittelu (MIKRO620) 2-4 op Kohderyhmä: n ja biotekniikan pääaineopiskelijat. Ajoitus: Syventävät tai jatko-opinnot. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto ja MIKRO510 suoritettuina. Tavoite: n opetuksellisten taitojen harjoittelu. Sisältö: Opetusharjoittelu suoritetaan toimimalla apuopettajana ensisijaisesti MIKRO220 n laboratorioharjoitukset -kurssilla (2 op). Tämän jälkeen on mahdollisuus toimia apuopettajana tarvittaessa muilla mikrobiologian laboratoriokursseilla, esim. MIKRO232, MIKRO242 ja MIKRO500-sarjan syventävien opintojen laboratoriokurssit (a 2 op). Suoritustavat: K 54 = 2 op. Osallistuminen vastuuopettajan kanssa kurssin valmisteluun ja opetukseen. Arviointi: Osallistumisen ja aktiivisuuden perusteella hyväksytty. Vastuuhenkilö: n yliopistonlehtorit. Lisätiedot: Ilmoittautuminen etukäteen mikrobiologian yliopistonlehtoreille. n seminaari (MIKRO630) 3 op Kohderyhmä: n ja biotekniikan maisterivaiheen pääaineopiskelijat. Ajoitus: Maisteriopinnoissa. Periodit I-IV. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto. Tavoite: Suullinen tieteellinen esitys, esitelmien kuuntelu suomeksi ja englanniksi, tieteellinen keskustelu. Sisältö: Osallistuminen 20 seminaarikertaan ja oma esitys. Oppimispäiväkirja tai tiivistelmän kirjoittaminen jokaisesta kuullusta esityksestä. Suoritustavat: K 20 - I 60 Arviointi: Oppimispäiväkirja tai 20 seminaaritiivistelmän kooste, osallistuminen, oma esitys. Arviointi hyväksytty/hylätty. Vastuuhenkilö: Soveltavan mikrobiologian professori ja Kristina Lindström Lisätiedot: Hyväksytty suoritus vaatii oman pro gradu -työn esityksen lisäksi 20 osallistumiskertaa, joista 5 tulee olla englanninkielisiä esityksiä ja 5 voi olla muita kuin MIKRO630-seminaarin tutkimusesityksiä. Seminaarilla on Moodle-alusta käytössä. Maisterin kirjatentti (MIKRO650) 10 op Kohderyhmä: n maisterivaiheen pääaineopiskelijat. Ajoitus: Maisteriopinnoissa. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto, MIKRO510 ja MIKRO560. Tavoite: Oman suuntautumisalan ja mikrobiologian yleisen teorian syvällinen hallinta. Sisältö: Kirjallisuuden avulla perehdytään yleiseen ja soveltavaan mikrobiologiaan lukemalla ja opiskelemalla itsenäisesti mikrobiologian osaston ohjeiden mukaan valittua kirjallisuutta. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Valitaan mikrobiologian opetuksen verkkosivulla ja Moodlealustalla olevan tenttikirjallisuusohjeen mukaan. Suoritustavat: I 267. Kuulustelut laitoksen yleisinä tenttipäivinä, ilmoittautuminen WebOodiin. Kirjallisuus on sovittava etukäteen vastuuprofessorin kanssa. Ilmoita kuulusteltava kirjallisuus tenttiin ilmoittautuessasi. Mikrobibiotekniikka (YBIOT315) 5 op Ajoitus: II periodi. Suositellaan suoritettavaksi 2. tai 3. opiskeluvuotena. Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO210 ja MIKRO220 tai Biotieteiden perusteet I ja II sekä BIOT102. Tavoite: Perehdyttää mikrobeihin elävinä tehtaina ja mikrobien käyttöön biotekniikan sovelluksissa. Sisältö: Proteiinien, erityisesti entsyymien tuotto, bioaktiivisten metaboliittien ja orgaanisten yhdisteiden biotekninen tuotto mikrobeilla, mikrobien monimuotoisuus, ympäristöbiotekniikka, bioremediaatio. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Valikoidut tieteelliset artikkelit ja oppikirjat. Suoritustavat: K36 - H0 - R29 - I68 Arviointi: Kotitentti, kirjalliset tehtävät ja suullinen esitys. Vastuuhenkilö: Annele Hatakka Sienten ja uusiutuvien luonnonmateriaalien biotekniikka (YBIOT525) 5 op Ajoitus: IV periodi. Suositellaan suoritettavaksi 3. opintovuotena tai maisterin tutkinnossa. Edeltävät opinnot: MIKRO200, MIKRO210 ja MIKRO220, tai Biotieteiden perusteet I ja II sekä BIOT102. Tavoite: Perehdyttää sienten taksonomiaan, fysiologiaan, ekologiaan ja biotekniseen käyttöön. Sisältö: Sienet eliöryhmänä, sienten hajotustoiminta ja ekologinen merkitys, sienten biotekninen käyttö etenkin uusiutuvien luonnonmateriaalien muokkaajina, puun komponentteja hajottavat entsyymit kuten sellulaasit, hemisellulaasit, ligniiniä hajottavat entsyymit, syötävät sienet, puunjalostusteollisuuden sovellukset. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Valikoidut tieteelliset artikkelit ja oppikirjat. Suoritustavat: K36 - H0 - R29 - I68. Luennot, suulliset esitykset, kirjalliset tehtävät. Arviointi: Kotitentti, kirjalliset tehtävät ja suullinen esitys. Vastuuhenkilö: Annele Hatakka 9

10 Sienten biotekniikan tutkimusmenetelmät (YBIOT540) 5 op Kohderyhmä: Maisterivaiheen pääaineopiskelijat mikrobiologiassa tai biotekniikassa. Ajoitus: I tai II periodi. Järjestetään joka 3. vuosi vuorotellen MIKRO580 ja YBIOT570 opintojaksojen kanssa. Edeltävät opinnot: Kandidaatin tutkinto ja MIKRO510, BKEM100, BKEM101, BIOT200 ja BIOT201 tai vastaavat opinnot suoritettuina. Tavoite: Laboratoriovalmiuksien ja tutkimusmenetelmien oppiminen mikrobientsyymien ja -metaboliittien bioteknisessä tuotossa, eristyksessä ja ilmentymisessä. Sisältö: Metsäsienten eristys ja kasvatus tuottoorganismeina, proteiinien eristys, entsyymien elektroforeettinen ja kineettinen karakterisointi ja käyttö biokatalyytteinä, RNA-eristys, sienigeenien ilmentymisen seuranta (RT-PCR, qpcr), sienten genomiikka. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Harjoitustyöohjeet ja valikoidut tieteelliset artikkelit. Suoritustavat: K12 - H75 - R23 - I25. Laboratoriotyötä, luentoja, itsenäistä ja parityöskentelyä. Seminaariesitys. Arviointi: Ennakkotehtävien ja kirjallisten työselostusten hyväksytty palauttaminen. Loppuseminaarin esitys ja laboratoriotyökirja. Vastuuhenkilö: Taina Lundell Suosituksena on YBIOT315 tai YBIOT525 opintojaksojen suoritus samanaikaisesti tai ennen kurssia. Bioinformatiikan, biokemian ja genetiikan opinnoista on hyötyä. Forest microbiology and biotechnology (YBIOT570) 5 cr Kohderyhmä: Master s level and doctoral students in microbiology, biotechnology, biology or forest sciences. Ajoitus: I or II study term. To be arranged every 3 rd year in sequence with MIKRO580 and YBIOT540. Edeltävät opinnot: Bachelor s degree in biosciences, forestry or related subjects. YBIOT315 and YBIOT525 recommended. Tavoite: Introduction to the diversity of microbes within forests and forest ecosystems, and biotechnological application of microbes derived from their natural environments. Sisältö: Forest excursion, taking and treatment of microbiology samples from forests and forest soil, visits to research institutes and forest-based factory, laboratory work and demonstrations, lectures and scientific presentations. Oppimateriaali ja kirjallisuus: Laboratory instructions, selected scientific reading and research articles. Suoritustavat: Lectures and seminar 30 h, instructed group work 75 h, group work 10 h, independent work 20 h. The course comprises lectures, forest excursion trip, laboratory demonstrations and group work, oral presentation, and writing of the course report. Arviointi: Accepted writing of the course report and given study tasks, oral presentation, seminar attendance and participation. Vastuuhenkilö: Annele Hatakka Lisätiedot: The course uses Moodle-learning platform. Lectures, instructions and study material are given in English. 10