PubMed-opas kesäkuu 2012 Tämän ohjeen päivittämisessä on osittain käytetty apuna Turun yliopiston kirjaston Tieteenalakirjasto Protoksen Lääketieteen kirjaston opasta, joka puolestaan pohjautuu osittain Itä-Suomen yliopiston kirjaston aiempaan PubMed-oppaaseen.
PubMed Itä-Suomen yliopiston ja KYSin verkoissa Avaa PubMed tietokanta kirjaston Pikalinkit -sivulta tai Nelli-portaalista (Tietokannat) tai KYSin tieteellisen kirjaston sivulta suoraan osoitteesta http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?otool=ifikuplib Näin aktivoituvat -linkit UEF:ssa käytössä oleviin aineistoihin ja onnistuu pääsy kokoteksteihin myös etäkäytössä (kirjautuminen Nelliin UEFAD-tunnuksilla tai kysiläisten Nelli-tunnuksilla) -ikonit näkyvät viitteiden Abstract -näytöllä, jonka saa valittua Display Settings valikosta (koko viitelista abstract-näkymässä) tai klikkaamalla viitteen otsikkoa (yksittäinen viite abstract-näkymässä)
Kirjoita hakusanasi hakutilaan ja klikkaa Search (vapaasanahaku) Ohjeita, uutuustiedotteita, tutoriaaleja ja usein kysyttyjen kysymysten vastauksia Single Citation Matcher - yksittäisen viitteen haku Clinical Queries hakusuodattimia PubMed Mobile - älypuhelimissa toimiva karsittu hakuliittymä MeSH Database asiasanasto, Journals -lehtitietokanta, ja ClinicalTrials.gov - tutkimusrekisteri
1. Katkaise hakusana *- merkillä hakeaksesi eri taivutusmuotoja (sunburns) 2. Kirjoita fraasitermit lainausmerkkeihin, jolloin sen osat pysyvät yhdessä 3. Hae myös mahdollisilla synonyymeilla ja rinnakkaistermeillä 4. Siirry Advanced linkistä hakuhistoriaan ja yhdistä hakujoukkojen numerot Boolen logiikalla Editkirjoitustilassa
Edit-linkistä aktivoituu Advanced Search Builderin kirjoitustila, Cancel-linkistä se sulkeutuu. Hakuhistoria säilyy 8 tuntia käyttämälläsi koneella. Selaimen välimuistin poisto hävittää historian. Search-linkistä hakutulokset avautuvat selailuun. Add to history linkistä näet tulosjoukon hakuhistoriassa. Kirjoitustilan kokoa voi muuttaa siirtämällä oikeaa alanurkkaa. Clear tyhjää kirjoitustilan. Hakuhistoriassa tulosjoukot ovat linkkejä tulosten selailuun. Clear history tyhjentää hakuhistorian.
YouTube: PubMed Advanced Search Builder Hakuluukkuja voi lisätä tai poistaa plus- ja miinusmerkeillä Hakutermin voi kohdistaa eri tietoihin. Hakulauseke muodostuu Edit tilaan. Author, Journal ja MeSH Terms - kentissä hakutermin voi valita ohjelman ehdottamalta listalta
Haku toteutuu lausekkeena (#3 OR #2) AND #1 Klikkaamalla hakujoukon numeroa voi siirtää sen Edit -hakutilaan yhdistäen Boolen operaattoreilla. Hakujoukon voi poistaa listalta, katsella hakutuloksia ja toteutunutta hakulauseketta (details) sekä tallentaa MyNCBI -alueelle YouTube: PubMed Advanced Search Builder
Display Setting linkistä voi valita viitteiden näyttömuodon (summary oletuksena), näytettävän määrän ja lajittelutavan. Hakufiltterit aktivoituvat päälle ja pois klikkaamalla. Lisää löytyy linkistä Choose additional filters. Clear All poistaa kaikki rajaukset (YouTube: PubMed Filters) Manage Filter linkistä voi pysyvästi valita filttereitä toimimaan aina hauissa
Send to toiminnot; katso seuraava kalvo Search details -tilassa näkyy miten automatic term mapping on muokannut vapaatekstihaun hakulauseketta (katso See more)
Send to: -linkistä voi valitut viitteet lähettää s-postina (E-mail), tallentaa tiedostoon (File) tai viitteidenhallintaohjelmaa varten (Citation Manager), viedä väliaikaisesti leikepöydälle (Clipboard) tai pysyvästi kokoelmiin (Collections; My Bibliography). Nämä viimeksi mainitut edellyttävät My NCBI tunnuksen luomista ennen talletusta
MyNCBI-alueella voi valita, että hakutermit korostuvat selailussa Abstract-näytöllä kokoteksti avautuu lehden/kustantajan linkistä, jos verkkoalueella on pääsy lehteen tai se on open access tai free julkaisu. -ikonista avautuu kokotekstit vain kirjaston tilaamiin aineistoihin (etäkäyttö kirjautuneena Nelliin). Ikoni on myös eitilatuissa kohteissa Artikkelin sisältöä kuvaavat MeSH asiasanat (medical subject headings). Major MeSH termin kohdalla on *-merkki Add to Favorites valikossa voi viitteen siirtää kokoelmiinsa tai poistaa klikkaamalla kokoelman nimeä. Tämä edellyttää kirjautumista MyNCBI alueelle.
MeSH (Medical Subject Headings) on lääketieteen sanasto (asiasanasto, tesaurus, valvottu sanasto), jota käytetään viitteiden sisällönkuvailussa. Yhtä käsitettä vastaa aina yksi termi, vaikka sillä olisikin useita synonyymeja. Asiasanaston käyttö tekee hauista systemaattisia. Klikkaamalla MeSH-termiä voit tehdä PubMed linkistä uuden haun valitulla termillä MeSH linkistä voi tarkastella termiä MeSH Databasessa Add to Search linkistä voi termin siirtää hakutermiksi hakutilaan muiden mahdollisten lisäksi
Restrict to MeSH Major Topics rajaa haun viitteisiin, joissa termi on pääasiasanana. Valitse MeSH termi Add to search builder -painikkeella ja suorita haku Search PubMed painikkeella. Useampia termejä voi yhdistää sopivalla Boolen operaattorilla
MeSH termin aihemääritelmä Subheadings -termit ovat tarkentavia aputermejä, joita voi liittää päätermiin yhden tai useampia. MeSH -asiasanasto on hierarkkinen ja haussa käytetään myös valitun termin alta kaikkia spesifisempiä termejä. Tämän piirteen voi ohittaa valitsemalla Do not include MeSH Terms found below this term Hakutermi tässä tilanteessa: "Photosensitivity Disorders/etiology"[Mesh:NoExp]
MyNCBI alueelle kirjautuneena voit tallentaa hakutuloksia (viitteitä) ja myös jakaa niitä (private / public) Voit tallentaa myös hakulauseita ja asettaa uutuusvahteja Lisäksi voi säätää omia filttereitä ja näytön asetuksia MyNCBI -tunnukset voit luoda tästä linkistä YouTube: PubMed My NCBI
Tehdyn haun voi tallentaa MyNCBI alueelle pysyvästi klikkaamalla Save Search linkkiä. Hakulausekkeen voi ajastaa lähettämään sähköpostiin päivityksiä uusista tuloksista. Tallennetun haun asetuksia voi myöhemmin muokata.
Kirjautuneena My NCBI alueelle voit tallentaa viitteitä yksityisiin tai julkisiin kokoelmiin (My Bibliography, Collections) Voit palata hakutuloksiin milloin tahansa tekemättä samaa hakua uudelleen Voit ajastaa haun tapahtumaan halutuin välien ja tiedot tulevat sähköpostiisi Voit valita valmiita hakufilttereitä ja luoda omia
Laajoja ohjeita Lyhyitä (1-5 min) animaatioita PubMedin eri toiminnoista. Havainnollisia animoituja ohjeita löytyy osoitteessa http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html